Analytical strategies for the comprehensive profiling of histone post translational modifications by mass spectrometry and implications for functional analyses

Le long bio-polymère d'ADN est condensé à l’intérieur du noyau des cellules eukaryotes à l'aide de petites protéines appelées histones. En plus de leurs fonctions condensatrices,ces histones sont également la cible de nombreuses modifications post-traductionnelles(MPT), particulièrement au niveau de leur section N-terminale. Ces modifications réversibles font partie d’un code d’histones épi-génétique transmissible qui orchestre et module dynamiquement certains événements impliquant la chromatine, tels l’activation et la désactivation de gènes ainsi que la duplication et la réparation d’ADN. Ces modifications sont impliquées subséquemment dans la signalisation et la progression de cancers, tels que la leucémie. En conséquence, l'élucidation des modifications d’histones est importante pour comprendre leurs fonctions biologiques. Une méthodologie analytique a été mise au point en laboratoire pour isoler, détecter, et quantifier les MPT d’histones en utilisant une approche rapide à deux volets à l’aide d’outils bioinformatiques spécialisés. La méthodologie développée en laboratoire a été validée en utilisant des histones de souche sauvage ainsi que deux types d’histones mutants déficients en enzymes acétyltransferase. Des trois sources d’histones utilisées, la seule MPT qui a démontré un changement significatif est l’acétylation de l’histone H3 à lysine 56 (H3K56ac). L’expression et la stoechiométrie de cette MPT, issue de cellules de souche sauvage et de cellules mutantes, ont été déterminées avec précision et comparées. Les fonctions de balayage polyvalentes d'un instrument à trappe ionique quadrupôle linéaire hybride ont été utilisées pour améliorer la détection de protéines intactes. Le mode de balayage « enhanced multiply charged » (EMC) a été modifié pour contenir et détecter les ions de protéines intactes situées dans la trappe ionique linéaire. Ce mode de balayage nommé « targeted EMC » (tEMC) a permis de quadrupler le niveau de sensibilité (signal/interférence), et quintupler la résolution du mode de balayage conventionnel. De plus, la capacité de séparation des charges du tEMC a réduit de façon significative les effets de « space charge » dans la trappe ionique linéaire. La résolution supérieure du mode tEMC a permis de différencier plusieurs isoformes modifiées, particulièrement pour l’histone H3. L’analyse des peptides d’histones trypsiques à l’aide du mode de balayage « MRM » a permis le séquençage et la quantification de MPT avec un haut degré de précision. La seule MPT qui était sous-exprimée entre l’histone de souche sauvage et le mutant DOT1L fut la méthylation de l’histone H3 lysine 79(H3K79me1). Les effets de deux inhibiteurs d’enzymes HDAC (HDACi) sur l’expression de MPT d’histone ont été évalués en utilisant la méthodologie analytique mentionnée. Les histones extraites de cellules normales et cancéreuses ont été exposées à du Vorinostat(SAHA) ou du Entinostat (MS-275) pour une période de 24 à 72 heures. Deux histones furent principalement affectées, soit H3 et H4. Étonnamment, les mêmes effets n'ont pas été détectés lorsque les cellules normales ont été traitées avec le HDACi pour une période de 48 à 72 heures. Une méthode absolue de quantification avec une courbe d’étalonnage a été développée pour le peptide H3K56ac. Contrairement à certaines publications, nos résultats démontrent que cette MPT est présente dans les cellules mammifères avec une stoechiométrie très basse (< 0,1%) et n'est pas surexprimée de façon significative après le traitement au HDACi.

Self-assembly of PS-PVP block copolymers and their complexes at the air/water interface

Une compréhension approfondie et un meilleur contrôle de l'auto-assemblage des copolymères diblocs (séquencés) et de leurs complexes à l'interface air/eau permettent la formation contrôlée de nanostructures dont les propriétés sont connues comme alternative à la nanolithographie. Dans cette thèse, des monocouches obtenues par les techniques de Langmuir et de Langmuir-Blodgett (LB) avec le copolymère dibloc polystyrène-poly(4-vinyl pyridine) (PS-PVP), seul ou complexé avec de petites molécules par liaison hydrogène [en particulier, le 3-n-pentadécylphénol (PDP)], ont été étudiées. Une partie importante de notre recherche a été consacrée à l'étude d'une monocouche assemblée atypique baptisée réseau de nanostries. Des monocouches LB composées de nanostries ont déjà été rapportées dans la littérature mais elles coexistent souvent avec d'autres morphologies, ce qui les rend inutilisables pour des applications potentielles. Nous avons déterminé les paramètres moléculaires et les conditions expérimentales qui contrôlent cette morphologie, la rendant très reproductible. Nous avons aussi proposé un mécanisme original pour la formation de cette morphologie. De plus, nous avons montré que l'utilisation de solvants à haut point d’ébullition, non couramment utilisés pour la préparation des films Langmuir, peut améliorer l'ordre des nanostries. En étudiant une large gamme de PS-PVP avec des rapports PS/PVP et des masses molaires différents, avec ou sans la présence de PDP, nous avons établi la dépendance des types principaux de morphologie (planaire, stries, nodules) en fonction de la composition et de la concentration des solutions. Ces observations ont mené à une discussion sur les mécanismes de formation des morphologies, incluant la cinétique, l’assemblage moléculaire et l’effet du démouillage. Nous avons aussi démontré pour la première fois que le plateau dans l'isotherme des PS-PVP/PDP avec morphologie de type nodules est relié à une transition ordre-ordre des nodules (héxagonal-tétragonal) qui se produit simultanément avec la réorientation du PDP, les deux aspects étant clairement observés par AFM. Ces études ouvrent aussi la voie à l'utilisation de films PS-PVP/PDP ultraminces comme masque. La capacité de produire des films nanostructurés bien contrôlés sur différents substrats a été démontrée et la stabilité des films a été vérifiée. Le retrait de la petite molécule des nanostructures a fait apparaître une structure interne à explorer lors d’études futures.

Souveraineté, démocratie et gouvernance mondiale chez David Held : le problème de la démocratie au-delà de l’État national

Dans le contexte de la mondialisation contemporaine, le développement d’une structure de gouvernance à plusieurs niveaux nous oblige à revoir notre compréhension de la souveraineté de l’État et de l’exercice de la démocratie. Notre objectif consiste à présenter la pensée de David Held au sujet des conséquences de ces transformations de la gouvernance politique sur la théorie démocratique. Dans un premier temps, nous analyserons les conséquences de l’atténuation de la souveraineté de l’État, dorénavant partagée avec diverses organisations supranationales, sur la théorie de l’État démocratique moderne. Nous verrons comment Held répond au déficit démocratique constaté au sein de ces organisations, en adaptant le principe de subsidiarité au système de gouvernance multicouche émergeant, et ce, afin de rétablir la congruence entre les décideurs et les destinataires de leurs décisions, caractéristique de l’activité (libérale) démocratique. Dans un deuxième temps, nous présenterons les fondements normatifs du modèle théorique qu’il préconise pour assurer la démocratisation de ce nouveau système de gouvernance. Nous verrons pourquoi, selon Held, la poursuite de l’idéal démocratique exige aujourd’hui la mise en oeuvre d’une variété de droits, inspirés des valeurs sociales-démocrates, qu’il faut enchâsser dans le cadre constitutionnel de toutes les institutions de gouvernance du monde contemporain. De plus, nous dégagerons les objectifs institutionnels qu’il faut atteindre afin de parvenir à la réalisation d’une social-démocratie mondiale. Nous conclurons avec une brève analyse critique de son interprétation du principe de subsidiarité et de son approche “du haut vers le bas” (top-down) des processus conduisant à la démocratisation des institutions supranationales.

Exploitation sexuelle à des fins commerciales en Inde : expériences de femmes prostituées à la gare de Varanasi

L’exploitation sexuelle à des fins commerciales fait de plus en plus de victimes en Inde. Compte tenu de l’ampleur constatée du phénomène et de la gravité de ses multiples conséquences, notre recherche vise à mieux connaître et comprendre l’expérience vécue par les femmes se livrant à des activités sexuelles contre rémunération. Plus précisément, elle a comme objectifs de décrire le cheminement ayant conduit ces femmes à se livrer à de telles pratiques ainsi que leur réalité quotidienne et comment elles perçoivent leur situation pour ensuite être en mesure de formuler des propositions d’interventions préventives ou s’adressant aux femmes se livrant déjà à des activités sexuelles à des fins commerciales. Nous avons choisi de nous intéresser aux femmes vivant et se prostituant à la gare de Varanasi. Une approche qualitative a été privilégiée dans la réalisation de la recherche. Huit entrevues ont été réalisées avec des femmes et fillettes qui se prostituent à la gare, trois avec des intervenants sociaux y travaillant et l’observation in situ a permis d’enrichir le matériel recueilli. Ces prostituées sont souvent issues d’un milieu familial dysfonctionnel. C’est en situation de fuite ou d’abandon familial qu’elles s’installent à la gare. Il s’agit d’un endroit où les femmes sont en situation d’extrême vulnérabilité et où les conditions de vie sont misérables. Exposées aux dangers de la vie à la gare et accessibles aux proxénètes, la prostitution devient une option pour y survivre. Les besoins d’intervention auprès de ces femmes sont multiples et y répondre est complexe. Une approche favorisant la réduction des méfaits et la prévention paraît être les avenues à privilégier.

Les tests de causalité en variance entre deux séries chronologiques multivariées

Les modèles de séries chronologiques avec variances conditionnellement hétéroscédastiques sont devenus quasi incontournables afin de modéliser les séries chronologiques dans le contexte des données financières. Dans beaucoup d'applications, vérifier l'existence d'une relation entre deux séries chronologiques représente un enjeu important. Dans ce mémoire, nous généralisons dans plusieurs directions et dans un cadre multivarié, la procédure dévéloppée par Cheung et Ng (1996) conçue pour examiner la causalité en variance dans le cas de deux séries univariées. Reposant sur le travail de El Himdi et Roy (1997) et Duchesne (2004), nous proposons un test basé sur les matrices de corrélation croisée des résidus standardisés carrés et des produits croisés de ces résidus. Sous l'hypothèse nulle de l'absence de causalité en variance, nous établissons que les statistiques de test convergent en distribution vers des variables aléatoires khi-carrées. Dans une deuxième approche, nous définissons comme dans Ling et Li (1997) une transformation des résidus pour chaque série résiduelle vectorielle. Les statistiques de test sont construites à partir des corrélations croisées de ces résidus transformés. Dans les deux approches, des statistiques de test pour les délais individuels sont proposées ainsi que des tests de type portemanteau. Cette méthodologie est également utilisée pour déterminer la direction de la causalité en variance. Les résultats de simulation montrent que les tests proposés offrent des propriétés empiriques satisfaisantes. Une application avec des données réelles est également présentée afin d'illustrer les méthodes

Les décisions d'hospitalisation et de soins psychiatriques sans le consentement des patients dans des contextes clinique et judiciaire: une étude du pluralisme normatif appliqué

Thèse de doctorat réalisée en cotutelle avec l'Institut du social et du politique de l'École Normale supérieure de Cachan.

Féministe musulmane engagée au Québec : stratégies identitaires et paradoxes politiques : le cas de Salwa, ni kamikaze, ni soumise

À travers l’étude du cas de Salwa, féministe musulmane engagée au Québec, ce mémoire a pour objectif de relever divers facteurs qui contraignent et orientent l’engagement politique d’une féministe musulmane en contexte occidental. Si nous avions au départ postulé que l’intersection de ses identités de « femme » et de « musulman(e) », deux catégories hiérarchiques1 qui nous semblaient alors centrales dans l’élaboration de notre problématique, entraînerait chez Salwa divers paradoxes politiques en raison des tensions existant entre le féminisme et le multiculturalisme dans les démocraties occidentales, l’analyse de la gestion identitaire de ces paradoxes politiques chez Salwa, par notre approche interdisciplinaire et intersectionnelle, a révélé l’existence d’une multitude d’identités non hiérarchiques revendiquées - mais occultées au niveau politique par ce même contexte – qui remet en question la centralité de ces catégories de « femme » et de « musulman(e) ». Ainsi, si nous croyions que le contexte énoncé pouvait orienter l’engagement politique des féministes musulmanes dans un sens réducteur en exigeant d’elles qu’elle priorisent, malgré leur identité de femme et de musulmane, un axe de lutte, entre le sexisme et le racisme, nous voyons qu’une prise en compte, même intersectionnelle, des seuls axes d’oppression interagissant dans la construction de l’identité politique d’un individu peut être tout aussi réductrice. Si l’approche intersectionnelle veut arriver à 1 Nous qualifions ces catégories de « hiérarchiques » en ce qu’elles sont présentées dans notre problématique comme des catégories relationnelles co-construites au sein de rapports sociaux inégalitaires dans un ordre social hiérarchique, en opposition à des catégories « non hiérarchiques » que la théorie et/ou l’empirie ne problématise(nt) pas comme hiérarchiques pour le cas spécifique qui nous intéresse. ii prendre en compte l’imbrication des axes d’oppression agissant simultanément chez un même individu, elle doit aussi prendre en compte la façon dont le contexte occulte l’interaction des identités hiérarchiques et non hiérarchiques en réduisant l’individu à son ou ses axe(s) d’oppression présumé(s).

Intervention policière en milieu scolaire : expérience et point de vue des acteurs

Contexte et objectif. Afin de résorber le problème de la violence en milieu scolaire, de nombreux programmes et partenariats « police-école » ont vu le jour. Malgré la popularité de ces initiatives, les évaluations établissent toutefois que leurs effets sur la violence et la délinquance sont plutôt triviaux. Récemment, le programme de prévention « Unité sans violence » a été implanté dans plusieurs écoles de la région métropolitaine de Montréal et une évaluation préliminaire rapporte que son introduction fut suivie d’une baisse significative de la victimisation. À l’aide d’une approche mixte, l’objectif de ce mémoire est d’explorer la pertinence des concepts du rôle paradoxale et de l’intervention en contexte d’autorité afin de mieux comprendre les interactions entre les partenaires du programme et d’identifier de nouvelles pistes permettant de mieux comprendre les effets des programmes policiers en milieu scolaire. Méthodologie. La recherche repose sur des données qualitatives et quantitatives. D’une part, des entretiens semi-directifs ont été réalisés auprès des intervenants (policiers, enseignants et éducateurs spécialisés) afin de recueillir leur point de vue et expérience par rapport au programme. D’autre part, des questionnaires ont été administrés aux élèves de cinquième et sixième année de 20 écoles, ce qui a permis de documenter leur perception des policiers. Résultats. Les résultats aux entrevues suggèrent que les rôles d’aidant du policier et celui plus répressif s’inscrivent en continuité plutôt qu’en contradiction. Les rôles d’éducateur et de « grand frère » du policier seraient très bien reçus par les élèves. L’expérience des policiers, leur approche empathique et personnalisée ainsi que leur intérêt pour le travail communautaire apparaissent comme des éléments clés du bon déroulement du programme. Les résultats aux questionnaires montrent d’ailleurs que les élèves ont une perception très favorable des policiers. Conclusion. Les concepts de rôle et d’intervention en contexte d’autorité apparaissent comme des éléments clés qui devraient être intégrés à toute recherche évaluative visant à mieux comprendre l’effet des programmes policiers sur la délinquance. De plus, d’autres évaluations quantitatives du programme « Unité sans violence » sont nécessaires pour mieux comprendre l’influence de certaines de ses composantes, soit le renforcement positif, l’étalement du programme tout au long de l’année scolaire, le rôle des enseignants dans la transmission du message et l’exposition continue au programme entre la cinquième et sixième année.

Analyse de la corrélation conditionnelle dérivée de la coévolution d’un système de trois gènes par un modèle du maximum de vraisemblance

Les gènes codant pour des protéines peuvent souvent être regroupés et intégrés en modules fonctionnels par rapport à un organelle. Ces modules peuvent avoir des composantes qui suivent une évolution corrélée pouvant être conditionnelle à un phénotype donné. Les gènes liés à la motilité possèdent cette caractéristique, car ils se suivent en cascade en réponse à des stimuli extérieurs. L’hyperthermophilie, d’autre part, est interreliée à la reverse gyrase, cependant aucun autre élément qui pourrait y être associé avec certitude n’est connu. Ceci peut être dû à un déplacement de gènes non orthologues encore non résolu. En utilisant une approche bio-informatique, une modélisation mathématique d’évolution conditionnelle corrélée pour trois gènes a été développée et appliquée sur des profils phylétiques d’archaea. Ceci a permis d’établir des théories quant à la fonction potentielle du gène du flagelle FlaD/E ainsi que l’histoire évolutive des gènes lui étant liés et ayant contribué à sa formation. De plus, une histoire évolutive théorique a été établie pour une ligase liée à l’hyperthermophilie.

La construction identitaire d'une ONG par la communication : le cas de Médecins sans frontières

L’objet de ce mémoire est de s’interroger sur la co-construction et la négociation de l’identité organisationnelle par la parole dans les interactions quotidiennes. Cette étude a été menée sur une organisation du monde de l’humanitaire, Médecins Sans Frontières (MSF) et plus précisément sur une mission réalisée dans la région du Nord- Kivu en République Démocratique du Congo. Les données ont été collectées en employant la méthode du vidéo shadowing, encore appelée vidéo filature, une approche consistant à suivre et filmer des acteurs dans leurs interactions du quotidien, et particulièrement, dans notre cas, le chef de mission. La méthodologie utilisée pour analyser les enregistrements vidéo a, par la suite, été inspirée de l’analyse de conversation et de l’ethnométhodologie. Les concepts phares sur lesquels se base cette recherche sont la « ventriloquie » et la « présentification », deux concepts en communication organisationnelle développés par François Cooren de l’École de Montréal. Plus précisément, nous nous sommes attachés à montrer comment les acteurs de MSF cultivent l’identité et l’image de leur organisation à travers des « conversations identitaires». Nous avons ainsi pu observer et analyser comment les acteurs de l’organisation agissent par le biais de la parole pour construire et établir l’identité de leur organisation, et à travers cela, leur propre identité.

Intégration de la visualisation à multiples vues pour le développement du logiciel

Le développement du logiciel actuel doit faire face de plus en plus à la complexité de programmes gigantesques, élaborés et maintenus par de grandes équipes réparties dans divers lieux. Dans ses tâches régulières, chaque intervenant peut avoir à répondre à des questions variées en tirant des informations de sources diverses. Pour améliorer le rendement global du développement, nous proposons d'intégrer dans un IDE populaire (Eclipse) notre nouvel outil de visualisation (VERSO) qui calcule, organise, affiche et permet de naviguer dans les informations de façon cohérente, efficace et intuitive, afin de bénéficier du système visuel humain dans l'exploration de données variées. Nous proposons une structuration des informations selon trois axes : (1) le contexte (qualité, contrôle de version, bogues, etc.) détermine le type des informations ; (2) le niveau de granularité (ligne de code, méthode, classe, paquetage) dérive les informations au niveau de détails adéquat ; et (3) l'évolution extrait les informations de la version du logiciel désirée. Chaque vue du logiciel correspond à une coordonnée discrète selon ces trois axes, et nous portons une attention toute particulière à la cohérence en naviguant entre des vues adjacentes seulement, et ce, afin de diminuer la charge cognitive de recherches pour répondre aux questions des utilisateurs. Deux expériences valident l'intérêt de notre approche intégrée dans des tâches représentatives. Elles permettent de croire qu'un accès à diverses informations présentées de façon graphique et cohérente devrait grandement aider le développement du logiciel contemporain.

La production culturelle à l'ère de la convergence au Québec : analyse de la circulation d'Occupation Double de Quebecor

Ce mémoire est consacré à la production culturelle en contexte de convergence au Québec. Dans le premier chapitre, je démontre comment différents éléments en sont venus à façonner la production culturelle contemporaine québécoise et comment la convergence médiatique est susceptible d’orienter la production et la parution de textes culturels. J'y expose aussi les bases d'une approche de la circulation par le biais de laquelle je propose de construire théoriquement mon objet d'étude. Le deuxième chapitre est consacré à la démarche méthodologique qui a présidé ma recherche. J'y présente d'abord le terrain de l'analyse, soit la téléréalité Occupation Double, en tant que phénomène intertextuel dont j'étudie les diverses configurations sur et à travers les principales plates-formes de Quebecor. Je poursuis en décrivant la constitution du corpus de textes à l'étude ainsi que les principaux paramètres d'analyse inspirés de la théorie de la circulation et de la méthode intertextuelle privilégiée. Le troisième chapitre rend compte des résultats d’analyse, présentant deux circuits médiatiques m’ayant permis d’observer les possibilités d’émergence de personnages construits autour des concurrents de la téléréalité Occupation Double. J’initie par la suite une piste de réflexion sur la création de zones d’intimité performées par ces mêmes personnages. En conclusion, je fais un retour sur l’évolution de mes recherches et constats et propose une réflexion sur l’intimité performée et les genres possiblement pressentis pour l’endosser.

Enjeux liés à la confidentialité du dossier médical d’enfants en milieu scolaire

La protection de l’intimité et de la vie privée des personnes est une préoccupation majeure de notre société car elle favorise la santé et le bien-être des individus. La confidentialité est un des éléments du droit au respect de la vie privée. Élément indispensable à la relation de confiance, le respect de la confidentialité soulève quelques problèmes quant à son maintien dans la relation impliquant les enfants. L’objectif de la présente étude est tout d’abord, d’explorer les différentes dynamiques entourant le secret thérapeutique ou la confidentialité de même que son application, à la lumière des pratiques internationales. Ensuite, elle vise à comprendre les perceptions et le sens de la confidentialité du dossier médical des enfants chez les professionnels de la santé et de l’éducation. Enfin, ce travail vise à comprendre les motivations et la connaissance des impacts du bris de confidentialité par ces professionnels. Il s'agit d'une étude qualitative de nature exploratoire. Les données proviennent d'entrevues semi-dirigées réalisées auprès de dix-neuf personnes oeuvrant de près ou de loin auprès des enfants. Une grille d'entrevue a été utilisée pour la collecte des données. Les résultats permettent d'observer que : tout d’abord, sur le plan international, il y a une absence d’uniformité dans l’application du concept de confidentialité. Son degré de protection dépend du contexte juridique d'un système donné Ensuite, l’étude démontre une relation entre la sensibilité du répondant et son milieu professionnel usuel. En effet, les professionnels de la santé, membres de corporation professionnelle, ont une vision beaucoup plus déontologique de la confidentialité et ils sont très sensibles à la question de la confidentialité, car celle-ci constitue une valeur centrale. Par contre, les professionnels de l’éducation, en l’absence d’identité professionnelle commune, s’inspirent d’une approche institutionnelle qu’éthique et ils apparaissent nettement moins sensibles à la confidentialité. Bref, le respect de la confidentialité est lié à une question de responsabilité sociale des professionnels. Enfin, le bris de la confidentialité est motivé par divers facteurs légitimes (pour raisons légale ou judiciaire, contexte de collaboration) et illégitimes (la négligence, l’erreur, l’inconduite).

Large scale identification of protein SUMOylation by mass spectrometry in HEK293 cells

Les fichiers qui accompagnent mon document sont des tableaux supplémentaires réalisés avec Excel (Microsoft Office), dans la version papier du mémoire ces fichiers sont sur un CD-ROM.

Reproduction et échanges génétiques horizontaux chez les champignons mycorhiziens à arbuscules

3 vidéos sont dans des fichiers complémentaires à ce mémoire