Bioinformática: base de datos de matrices de expresión génica para su análisis vía web

El IBB ha desarrollado un servidor de aplicaciones: http://revolutionresearch.uab.es para el análisis de microarrays. Estas microarrays las obtienen y las suben a la base de datos local los usuarios de la aplicación. En la presente memoria se detalla el proceso realizado para automatizar la subida de microarrays públicas a la base de datos local. Estas microarrays se obtendrán del NCBI. El proceso de descarga de microarrays se realizará cada dos meses y estará sincronizado con un proceso de descarga de genes marcadores de microarrays del NCBI. En la memoria también se describen las fases realizadas para crear la interfaz web para gestionar estas microarrays públicas y las modificaciones realizadas sobre el aplicativo web para permitir realizar análisis con estas microarrays.

A context-based methodology for integrating Web 2.0 services in learning scenarios

The emergence of the Web 2.0 technologies in the last years havechanged the way people interact with knowledge. Services for cooperation andcollaboration have placed the user in the centre of a new knowledge buildingspace. The development of new second generation learning environments canbenefit from the potential of these Web 2.0 services when applied to aneducational context. We propose a methodology for designing learningenvironments that relates Web 2.0 services with the functional requirements ofthese environments. In particular, we concentrate on the design of the KRSMsystem to discuss the components of this methodology and its application.

LdShake: learning design solutions sharing and co-edition

Two important challenges that teachers are currently facing are the sharing and the collaborative authoring of their learning design solutions, such as didactical units and learning materials. On the one hand, there are tools that can be used for the creation of design solutions and only some of them facilitate the co-edition. However, they do not incorporate mechanisms that support the sharing of the designs between teachers. On the other hand, there are tools that serve as repositories of educational resources but they do not enable the authoring of the designs. In this paper we present LdShake, a web tool whose novelty is focused on the combined support for the social sharing and co-edition of learning design solutions within communities of teachers. Teachers can create and share learning designs with other teachers using different access rights so that they can read, comment or co-edit the designs. Therefore, each design solution is associated to a group of teachers able to work on its definition, and another group that can only see the design. The tool is generic in that it allows the creation of designs based on any pedagogical approach. However, it can be particularized in instances providing pre-formatted designs structured according to a specific didactic method (such as Problem-Based Learning, PBL). A particularized LdShake instance has been used in the context of Human Biology studies where teams of teachers are required to work together in the design of PBL solutions. A controlled user study, that compares the use of a generic LdShake and a Moodle system, configured to enable the creation and sharing of designs, has been also carried out. The combined results of the real and controlled studies show that the social structure, and the commenting, co-edition and publishing features of LdShake provide a useful, effective and usable approach for facilitating teachers' teamwork.

La adaptación de los periódicos digitales al entorno de la Web 2.0.

El propósito de esta comunicación es analizar el estado actual de los periódicos digitales, prestandoespecial atención a la adaptación de éstos al entorno de la Web 2.0. Para llevar a cabo este trabajo sehan estudiado, entre otras, las siguientes variables: el tipo de herramientas propias de la Web 2.0que los periódicos digitales han incorporado a sus sitios web, la forma en que éstas ha cambiado elproceso de creación de los productos periodísticos, la respuesta que los periódicos digitales hanrecibido por parte de la audiencia y el nuevo tipo de interacción creado con los usuarios.

Biana: a software framework for compiling biological interactions and analyzing networks

Background: The analysis and usage of biological data is hindered by the spread of information across multiple repositories and the difficulties posed by different nomenclature systems and storage formats. In particular, there is an important need for data unification in the study and use of protein-protein interactions. Without good integration strategies, it is difficult to analyze the whole set of available data and its properties.Results: We introduce BIANA (Biologic Interactions and Network Analysis), a tool for biological information integration and network management. BIANA is a Python framework designed to achieve two major goals: i) the integration of multiple sources of biological information, including biological entities and their relationships, and ii) the management of biological information as a network where entities are nodes and relationships are edges. Moreover, BIANA uses properties of proteins and genes to infer latent biomolecular relationships by transferring edges to entities sharing similar properties. BIANA is also provided as a plugin for Cytoscape, which allows users to visualize and interactively manage the data. A web interface to BIANA providing basic functionalities is also available. The software can be downloaded under GNU GPL license from http://sbi.imim.es/web/BIANA.php.Conclusions: BIANA's approach to data unification solves many of the nomenclature issues common to systems dealing with biological data. BIANA can easily be extended to handle new specific data repositories and new specific data types. The unification protocol allows BIANA to be a flexible tool suitable for different user requirements: non-expert users can use a suggested unification protocol while expert users can define their own specific unification rules.

Research- Web app for android

Application development for mobile devices has evolved substantially in recent years. Creating apps for mobile systems is becoming a standard in order to create better solutions to meet the market demand. Currently, half of the US population own Smartphones. This market comprises 150 million people, and 28% of these people consider mobiles their primary way of accessing the Web (Hales, 2013). A common feature of most websites tailored for mobile devices is that they are reduced versions of the desktop site. Several factors that must be considered when making this transition from desktop sites to mobile devices are: identifying elements from the desktop website that should be displayed on the mobile device screen; the amount of information the institution (BSU in this case) wishes to provide and designing an interface that will please the users;

HTPSELEX--a database of high-throughput SELEX libraries for transcription factor binding sites.

HTPSELEX is a public database providing access to primary and derived data from high-throughput SELEX experiments aimed at characterizing the binding specificity of transcription factors. The resource is primarily intended to serve computational biologists interested in building models of transcription factor binding sites from large sets of binding sequences. The guiding principle is to make available all information that is relevant for this purpose. For each experiment, we try to provide accurate information about the protein material used, details of the wet lab protocol, an archive of sequencing trace files, assembled clone sequences (concatemers) and complete sets of in vitro selected protein-binding tags. In addition, we offer in-house derived binding sites models. HTPSELEX also offers reasonably large SELEX libraries obtained with conventional low-throughput protocols. The FTP site contains the trace archives and database flatfiles. The web server offers user-friendly interfaces for viewing individual entries and quality-controlled download of SELEX sequence libraries according to a user-defined sequencing quality threshold. HTPSELEX is available from ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/databases/htpselex/ and http://www.isrec.isb-sib.ch/htpselex.

The Microbe browser for comparative genomics.

The Microbe browser is a web server providing comparative microbial genomics data. It offers comprehensive, integrated data from GenBank, RefSeq, UniProt, InterPro, Gene Ontology and the Orthologs Matrix Project (OMA) database, displayed along with gene predictions from five software packages. The Microbe browser is daily updated from the source databases and includes all completely sequenced bacterial and archaeal genomes. The data are displayed in an easy-to-use, interactive website based on Ensembl software. The Microbe browser is available at http://microbe.vital-it.ch/. Programmatic access is available through the OMA application programming interface (API) at http://microbe.vital-it.ch/api.

Me interesa : web de notícies personal

El projecte tracta d'un portal web que té com a funció principal mostrar informació de diferents pàgines web en una sola plana web a través dels RSS. La web mostra la informació de diferents maneres: - L'usuari visitant podrà consultar aquella informació que desitgi d'entre tota la informació general de la que disposa la web. - L'usuari registrat pot personalitzar aquella informació que és del seu interès i organitzar-la al gust. Es disposa d'una part per l'administració de la web on es gestiona tota la informació general i es poden consultar informes analítics.

New reference tables and user-friendly Internet application for predicted heart weights.

BACKGROUND: Knowledge of normal heart weight ranges is important information for pathologists. Comparing the measured heart weight to reference values is one of the key elements used to determine if the heart is pathological, as heart weight increases in many cardiac pathologies. The current reference tables are old and in need of an update. AIMS: The purposes of this study are to establish new reference tables for normal heart weights in the local population and to determine the best predictive factor for normal heart weight. We also aim to provide technical support to calculate the predictive normal heart weight. METHODS: The reference values are based on retrospective analysis of adult Caucasian autopsy cases without any obvious pathology that were collected at the University Centre of Legal Medicine in Lausanne from 2007 to 2011. We selected 288 cases. The mean age was 39.2 years. There were 118 men and 170 women. Regression analyses were performed to assess the relationship of heart weight to body weight, body height, body mass index (BMI) and body surface area (BSA). RESULTS: The heart weight increased along with an increase in all the parameters studied. The mean heart weight was greater in men than in women at a similar body weight. BSA was determined to be the best predictor for normal heart weight. New reference tables for predicted heart weights are presented as a web application that enable the comparison of heart weights observed at autopsy with the reference values. CONCLUSIONS: The reference tables for heart weight and other organs should be systematically updated and adapted for the local population. Web access and smartphone applications for the predicted heart weight represent important investigational tools.

Disseny i implementació d'una pàgina web de subhastes

Amb la situació econòmica actual pot ser interessant poder vendre objectes que ja no s’utilitzen i també poder-ne comprar de segona mà. Amb aquesta idea sorgeix el projecte de crear una pàgina de subhastes online on la gent pugui comerciar amb les coses que ja no necessita. Tenint en compte el concepte inicial, el propietari de la pàgina no rebrà cap retribució ni percentatge de cada subhasta, tot l’import serà pel venedor. L’objectiu principal és el de poder oferir un lloc on després de registrar-se, els usuaris puguin veure i pujar per els articles que altres persones estan subhastant i també la possibilitat de crear les seves pròpies subhastes. Cada usuari disposarà d’un espai personal on veure les subhastes amb les que ha interactuat i així no perdre-les de vista i també on poder veure en cada moment l’estat de les subhastes que ha creat. La vista d’una subhasta s’actualitzarà automàticament sense haver de recarregar la pàgina i si algú puja durant l’últim minut la subhasta s’allargarà un minut més per evitar puges a l’últim moment i així maximitzar el preu final. Hi haurà un administrador que serà l’encarregat de gestionar el bon funcionament de la pàgina amb permís per afegir, editar, consultar i eliminar tota la informació disponible. Per portar a terme el projecte s’ha utilitzat PHP per la part de programació i MySQL com a sistema gestor de bases de dades.

Directrius per a l'accessibilitat al contingut web, versió 1.0

Aquestes directrius expliquen com fer que el contingut web sigui accessible a persones amb discapacitats i s'adrecen a creadors de contingut (autors de pàgines web o dissenyadors de llocs web) i a creadors d'eines d'autor. L'objectiu principal d'aquestes directrius és promoure l'accessibilitat. Tanmateix, l'aplicació de les directrius facilitarà l'accés al contingut a tot tipus d'usuari, sigui quin sigui l'agent d'usuari usat (navegador web, navegador de veu, telèfon mòbil, ordinador de cotxe, etc.) o les condicions de l'entorn de consulta (entorns sorollosos, espais mal il·luminats, entorns en què no es poden usar les mans, etc.). L'aplicació d'aquestes directrius també ajudarà els usuaris a trobar la informació d'una manera més ràpida dins el web. Les directrius no pretenen desincentivar l'ús d'imatges, vídeo, etc., sinó que expliquen com fer que el contingut multimèdia sigui més accessible a una àmplia audiència.Aquest és un document de referència per a uns principis d'accessibilitat i idees de disseny. Algunes de les estratègies comentades tracten d'aspectes relatius a la internacionalització del web i a l'accés des de terminals mòbils. Tanmateix, el document se centra en l'accessibilitat i no tracta exhaustivament dels aspectes relacionats amb altres activitats del W3C. Si voleu més informació sobre aquests temes podeu consultar les pàgines inicials W3C Mobile Access Activity (per a l'accés des de terminals mòbils) i W3C Internationalization Activity (per als aspectes d'internacionalització).Aquest document està pensat per a ser estable en el temps i, per tant, no dóna informació específica sobre si els navegadors funcionen o no amb una determinada tecnologia, ja que aquesta informació varia molt ràpidament. Aquesta informació es pot trobar al web de la Web Accessibility Initiative ,WAI, (Iniciativa d'Accessibilitat Web) [WAI-UA-SUPPORT].Aquest document inclou un annex que organitza tots els punts de verificació ordenats per tema i per prioritat. Els punts de l'annex estan enllaçats a les respectives definicions en el document. Els temes recollits en l'annex inclouen les imatges, el contingut multimèdia, les taules, els marcs, els formularis i els scripts. L'annex es presenta en forma de taula o com a simple llista.Un document a part, amb el títol Techniques for Web Content Accessibility Guidelines 1.0 (Tècniques per a les directrius per a l'accessibilitat al contingut web, versió 1.0) ([TECHNIQUES]) explica com posar a la pràctica els punts citats fins aquí. El document de tècniques explica cada punt amb més detalls i dóna exemples usant el llenguatge d'etiquetatge d'hipertext (HTML), fulls d'estil en cascada (CSS), el llenguatge d'integració multimèdia sincronitzada (SMIL) o el llenguatge d'etiquetatge matemàtic (MathML). Aquest document també inclou tècniques per a provar o validar una pàgina web i un índex dels elements i atributs HTML amb les tècniques que els usen. El document de tècniques està pensat per a seguir de prop els canvis tecnològics i es preveu que s'actualitzi més sovint que les directrius.Nota: Algunes de les característiques descrites en les directrius no estan encara implementades en tots els navegadors o eines multimèdia; en concret pot ser que no es puguin utilitzar funcions noves d'HTML 4.0, de CSS1 o CSS2.Les Directrius per a l'accessibilitat al contingut web, versió 1.0 són part d'una col·lecció de directrius sobre accessibilitat publicades per la Web Accessibility Initiative, WAI (Iniciativa d'Accessibilitat Web). La col·lecció comprèn User Agent Accessibility Guidelines (Directrius d'accessibilitat per a agents d'usuari) [WAI-USERAGENT] i Authoring Tool Accessibility Guidelines (Directrius d'accessibilitat per a eines d'autor [WAI-AUTOOLS].

EuroPhenome: a repository for high-throughput mouse phenotyping data.

The broad aim of biomedical science in the postgenomic era is to link genomic and phenotype information to allow deeper understanding of the processes leading from genomic changes to altered phenotype and disease. The EuroPhenome project (http://www.EuroPhenome.org) is a comprehensive resource for raw and annotated high-throughput phenotyping data arising from projects such as EUMODIC. EUMODIC is gathering data from the EMPReSSslim pipeline (http://www.empress.har.mrc.ac.uk/) which is performed on inbred mouse strains and knock-out lines arising from the EUCOMM project. The EuroPhenome interface allows the user to access the data via the phenotype or genotype. It also allows the user to access the data in a variety of ways, including graphical display, statistical analysis and access to the raw data via web services. The raw phenotyping data captured in EuroPhenome is annotated by an annotation pipeline which automatically identifies statistically different mutants from the appropriate baseline and assigns ontology terms for that specific test. Mutant phenotypes can be quickly identified using two EuroPhenome tools: PhenoMap, a graphical representation of statistically relevant phenotypes, and mining for a mutant using ontology terms. To assist with data definition and cross-database comparisons, phenotype data is annotated using combinations of terms from biological ontologies.

User experience strategy

L'objectiu d'aquest projecte era desenvolupar una metodologia de user experience strategy per aconseguir que el client d'una pàgina web tingui una mateixa experiència tant si fa servir una plataforma com una altra, aplicant diferents tècniques de disseny centrades en l'usuari.

ABS: a database of Annotated regulatory Binding Sites from orthologous promoters

Information about the genomic coordinates and the sequence of experimentally identified transcription factor binding sites is found scattered under a variety of diverse formats. The availability of standard collections of such high-quality data is important to design, evaluate and improve novel computational approaches to identify binding motifs on promoter sequences from related genes. ABS (http://genome.imim.es/datasets/abs2005/index.html) is a public database of known binding sites identified in promoters of orthologous vertebrate genes that have been manually curated from bibliography. We have annotated 650 experimental binding sites from 68 transcription factors and 100 orthologous target genes in human, mouse, rat or chicken genome sequences. Computational predictions and promoter alignment information are also provided for each entry. A simple and easy-to-use web interface facilitates data retrieval allowing different views of the information. In addition, the release 1.0 of ABS includes a customizable generator of artificial datasets based on the known sites contained in the collection and an evaluation tool to aid during the training and the assessment of motif-finding programs.