Catechol 2,3-dioxygenase-assisted cleavage of aromatics by “anaerobic” termite gut spirochetes and genomic evidence of a complete meta-pathway

The termite hindgut microbial ecosystem functions like a miniature lignocellulose-metabolizing natural bioreactor, has significant implications to nutrient cycling in the terrestrial environment, and represents an array of microbial metabolic diversity. Deciphering the intricacies of this microbial community to obtain as complete a picture as possible of how it functions as a whole, requires a combination of various traditional and cutting-edge bioinformatic, molecular, physiological, and culturing approaches. Isolates from this ecosystem, including Treponema primitia str. ZAS-1 and ZAS-2 as well as T. azotonutricium str. ZAS-9, have been significant resources for better understanding the termite system. While not all functions predicted by the genomes of these three isolates are demonstrated in vitro, these isolates do have the capacity for several metabolisms unique to spirochetes and critical to the termite system’s reliance upon lignocellulose. In this thesis, work culturing, enriching for, and isolating diverse microorganisms from the termite hindgut is discussed. Additionally, strategies of members of the termite hindgut microbial community to defend against O₂-stress and to generate acetate, the “biofuel” of the termite system, are proposed. In particular, catechol 2,3-dioxygenase and other meta-cleavage catabolic pathway genes are described in the “anaerobic” termite hindgut spirochetes T. primitia str. ZAS-1 and ZAS-2, and the first evidence for aromatic ring cleavage in the phylum (division) Spirochetes is also presented. These results suggest that the potential for O₂-dependent, yet nonrespiratory, metabolisms of plant-derived aromatics should be re-evaluated in termite hindgut communities. Potential future work is also illustrated.

The combinatorics of transcriptional regulation

The ability to regulate gene expression is of central importance for the adaptability of living organisms to changes in their internal and external environment. At the transcriptional level, binding of transcription factors (TFs) in the vicinity of promoters can modulate the rate at which transcripts are produced, and as such play an important role in gene regulation. TFs with regulatory action at multiple promoters is the rule rather than the exception, with examples ranging from TFs like the cAMP receptor protein (CRP) in E. coli that regulates hundreds of different genes, to situations involving multiple copies of the same gene, such as on plasmids, or viral DNA. When the number of TFs heavily exceeds the number of binding sites, TF binding to each promoter can be regarded as independent. However, when the number of TF molecules is comparable to the number of binding sites, TF titration will result in coupling ("entanglement") between transcription of different genes. The last few decades have seen rapid advances in our ability to quantitatively measure such effects, which calls for biophysical models to explain these data. Here we develop a statistical mechanical model which takes the TF titration effect into account and use it to predict both the level of gene expression and the resulting correlation in transcription rates for a general set of promoters. To test these predictions experimentally, we create genetic constructs with known TF copy number, binding site affinities, and gene copy number; hence avoiding the need to use free fit parameters. Our results clearly prove the TF titration effect and that the statistical mechanical model can accurately predict the fold change in gene expression for the studied cases. We also generalize these experimental efforts to cover systems with multiple different genes, using the method of mRNA fluorescence in situ hybridization (FISH). Interestingly, we can use the TF titration affect as a tool to measure the plasmid copy number at different points in the cell cycle, as well as the plasmid copy number variance. Finally, we investigate the strategies of transcriptional regulation used in a real organism by analyzing the thousands of known regulatory interactions in E. coli. We introduce a "random promoter architecture model" to identify overrepresented regulatory strategies, such as TF pairs which coregulate the same genes more frequently than would be expected by chance, indicating a related biological function. Furthermore, we investigate whether promoter architecture has a systematic effect on gene expression by linking the regulatory data of E. coli to genome-wide expression censuses.

A quase conversação na comentosfera dos j-blogs: um estudo das interações na interface de comentários de quatro blogs jornalísticos institucionais

Este trabalho se situa na fronteira entre as áreas de Comunicação Social e Linguística e é voltado à investigação das interações ocorridas nos espaços dedicados à publicação de comentários de leitores em quatro blogs jornalísticos institucionais: Blog do Noblat, Blog MiriamLeitão.com, Blog do Reinaldo Azevedo e Blog do Josias de Souza. Com ele, pretende-se definir como cada leitor utiliza seus comentários para se relacionar com o jornalista autor do blog (o blogueiro), com outros leitores que também publicam suas opiniões (os leitores-comentaristas) e com o tópico tratado no texto (postagem) escrito pelo blogueiro. Além disso, considerando que autores da área de Comunicação Social discutem os blogs como um dispositivo amplamente conversacional, o propósito desta pesquisa é também esclarecer, à luz dos princípios da Análise da Conversação, se efetivamente ocorre uma conversação entre os participantes no ambiente de troca de mensagens dos blogs. Para a realização do estudo, foi compilado um corpus de 400 comentários cujo conteúdo demonstra a visão crítica de leitores dos blogs acima citados acerca de um mesmo tema: o apagão ocorrido em 10 de novembro de 2009 em 18 estados brasileiros. Tais mensagens foram trabalhadas a partir de um método predominantemente qualitativo e interpretativo, sendo que uma abordagem quantitativa também foi considerada para permitir uma visão mais abrangente e comparativa dos dados. Na ausência de um referencial teórico da Linguística que abrangesse os fenômenos interacionais percebidos nos comentários dos blogs, optou-se por desenvolver uma proposta de análise de base empírica, que norteou todo o desenvolvimento do trabalho. Entre as conclusões preliminares da pesquisa, pode-se dizer que, ao mesmo tempo em que os blogs inauguraram uma nova forma de relacionamento entre o jornalista e sua audiência, há indícios de grande parte dos leitores utilizem os blogs como um espaço restrito à publicação de opiniões isoladas, em vez de enxergá-lo como um ambiente com amplas possibilidades interativas, e, consequentemente, propício à discussão

Use of social networks and the Internet 2.0 in marketing management by SMEs

Nowadays, enterprises, and especially SMEs, are immersed in a very difficult economic situation. Therefore, they need new and innovative tools to compete in that environment. Integration of the internet 2.0 and social networks in marketing strategies of companies could be the key to success. If social networks are well managed, they can bring a lot to enterprise plans. Moreover, social networks are very attractive from an economic point of view as companies can find most of their customers on it.

Distributed Control and Optimization for Communication and Power Systems

We are at the cusp of a historic transformation of both communication system and electricity system. This creates challenges as well as opportunities for the study of networked systems. Problems of these systems typically involve a huge number of end points that require intelligent coordination in a distributed manner. In this thesis, we develop models, theories, and scalable distributed optimization and control algorithms to overcome these challenges.

This thesis focuses on two specific areas: multi-path TCP (Transmission Control Protocol) and electricity distribution system operation and control. Multi-path TCP (MP-TCP) is a TCP extension that allows a single data stream to be split across multiple paths. MP-TCP has the potential to greatly improve reliability as well as efficiency of communication devices. We propose a fluid model for a large class of MP-TCP algorithms and identify design criteria that guarantee the existence, uniqueness, and stability of system equilibrium. We clarify how algorithm parameters impact TCP-friendliness, responsiveness, and window oscillation and demonstrate an inevitable tradeoff among these properties. We discuss the implications of these properties on the behavior of existing algorithms and motivate a new algorithm Balia (balanced linked adaptation) which generalizes existing algorithms and strikes a good balance among TCP-friendliness, responsiveness, and window oscillation. We have implemented Balia in the Linux kernel. We use our prototype to compare the new proposed algorithm Balia with existing MP-TCP algorithms.

Our second focus is on designing computationally efficient algorithms for electricity distribution system operation and control. First, we develop efficient algorithms for feeder reconfiguration in distribution networks. The feeder reconfiguration problem chooses the on/off status of the switches in a distribution network in order to minimize a certain cost such as power loss. It is a mixed integer nonlinear program and hence hard to solve. We propose a heuristic algorithm that is based on the recently developed convex relaxation of the optimal power flow problem. The algorithm is efficient and can successfully computes an optimal configuration on all networks that we have tested. Moreover we prove that the algorithm solves the feeder reconfiguration problem optimally under certain conditions. We also propose a more efficient algorithm and it incurs a loss in optimality of less than 3% on the test networks.

Second, we develop efficient distributed algorithms that solve the optimal power flow (OPF) problem on distribution networks. The OPF problem determines a network operating point that minimizes a certain objective such as generation cost or power loss. Traditionally OPF is solved in a centralized manner. With increasing penetration of volatile renewable energy resources in distribution systems, we need faster and distributed solutions for real-time feedback control. This is difficult because power flow equations are nonlinear and kirchhoff's law is global. We propose solutions for both balanced and unbalanced radial distribution networks. They exploit recent results that suggest solving for a globally optimal solution of OPF over a radial network through a second-order cone program (SOCP) or semi-definite program (SDP) relaxation. Our distributed algorithms are based on the alternating direction method of multiplier (ADMM), but unlike standard ADMM-based distributed OPF algorithms that require solving optimization subproblems using iterative methods, the proposed solutions exploit the problem structure that greatly reduce the computation time. Specifically, for balanced networks, our decomposition allows us to derive closed form solutions for these subproblems and it speeds up the convergence by 1000x times in simulations. For unbalanced networks, the subproblems reduce to either closed form solutions or eigenvalue problems whose size remains constant as the network scales up and computation time is reduced by 100x compared with iterative methods.

Tutoria e formação humana no ensino superior a distância

O presente estudo trata da relação que se estabelece entre o atual modelo de sociedade e os objetivos para a formação dos alunos no ensino superior, com foco nos processo educacional na modalidade a distância. Os impactos das transformações causadas pela sociedade do Informacionismo foram estudados em áreas como a cultura, a economia e a sociedade, mas ainda estão carecendo de estudos mais profundos sobre seus reflexos sobre a educação e a formação humana. Um novo tempo exige uma nova forma de compreender como esses processos se dão e como podemos viabilizá-los, para além da técnica, com o olhar voltado para a educação, mas também para a formação humana, com objetivos que nos permitam conceber uma Universidade para o século XXI. Os cursos superiores na modalidade a distância oferecem a possibilidade de um processo educacional com o uso das novas tecnologias digitais, em ambientes virtuais de aprendizagem, como novas forma de comunicação e interação que reconfiguram as relações entre: espaço e tempo; professor e aluno e, principalmente, ensino e formação. Por esse motivo, a tese central centra-se na necessidade dos tutores, docentes responsáveis diretamente pela interação com os alunos na EAD, exercerem a sua autonomia para a escolha das estratégias de mediação que façam seus alunos aprenderem efetivamente e com liberdade para a tomada de decisões sobre as suas práticas em sala de aula, para uma EAD formadora.

Self-assembly of metallated TPP porphyrin by external dipyridyl ligands

Póster presentado en: XXII International Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography (UICr), 22–30 Agosto 2011. Madrid, España

Self-assembly of metalloporphyrins: first TPP-bipy coordination polymer with CoII (TPP=meso-tetraphenylporphyrin and bipy=4,4´-bipyridine)

Póster presentado en: 11th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry. 2-5 Diciembre 2011. Barcelona, España (ISABC 2011)

Evaluation of a programme to improve emotional intelligence during adolescence

348 p.

Can the dead speak? appropriation and rewriting of the canon in Angela Carters Nights at the circus and in Margaret Atwoods The Penelopiad

Esta dissertação visa estudar como autoras pós-modernas se apropriam e reescrevem textos canônicos em uma tentativa de trazer à tona e desconstruir as metanarrativas patriarcais, que informam tais textos. Tal objetivo pretende ser alcançado através de um estudo sobre a formação do cânone literário, dos conceitos de mito e principalmente das estratégias narrativas utilizadas por essas autoras em seu processo criativo. Para tal, um estudo sobre intertextualidade, a paródia e a intertextualidade paródica é levado a cabo nesta dissertação. Dois romances figuram como objeto de investigação neste trabalho. O romance Nights at the Circus, da escritora inglesa Angela Carter, é o primeiro a ser analisado. Nesse romance, as estratégias de apagamento das fronteiras entre os gêneros e a intertextualidade paródica entre textos e mitos clássicos como formas de apropriação e subversão do cânone, são privilegiadas. O outro romance que se faz presente nesta dissertação é a obra da autora canadense Margaret Atwood intitulada The Penelopiad. Nesse romance, personagens que antes eram marginalizados ou não tinham voz figuram como personagens principais, como é o caso de Penélope e de suas doze criadas. Esta dissertação visa, assim, mostrar como essas apropriações de textos canônicos exercem um papel fundamental no questionamento da artificialidade de discursos que são naturalizados e dos valores propagados pelos mesmos

Subtypes of Patients Experiencing Exacerbations of COPD and Associations with Outcomes

Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a complex and heterogeneous condition characterized by occasional exacerbations. Identifying clinical subtypes among patients experiencing COPD exacerbations (ECOPD) could help better understand the pathophysiologic mechanisms involved in exacerbations, establish different strategies of treatment, and improve the process of care and patient prognosis. The objective of this study was to identify subtypes of ECOPD patients attending emergency departments using clinical variables and to validate the results using several outcomes. We evaluated data collected as part of the IRYSS-COPD prospective cohort study conducted in 16 hospitals in Spain. Variables collected from ECOPD patients attending one of the emergency departments included arterial blood gases, presence of comorbidities, previous COPD treatment, baseline severity of COPD, and previous hospitalizations for ECOPD. Patient subtypes were identified by combining results from multiple correspondence analysis and cluster analysis. Results were validated using key outcomes of ECOPD evolution. Four ECOPD subtypes were identified based on the severity of the current exacerbation and general health status (largely a function of comorbidities): subtype A (n = 934), neither high comorbidity nor severe exacerbation; subtype B (n = 682), moderate comorbidities; subtype C (n = 562), severe comorbidities related to mortality; and subtype D (n = 309), very severe process of exacerbation, significantly related to mortality and admission to an intensive care unit. Subtype D experienced the highest rate of mortality, admission to an intensive care unit and need for noninvasive mechanical ventilation, followed by subtype C. Subtypes A and B were primarily related to other serious complications. Hospitalization rate was more than 50% for all the subtypes, although significantly higher for subtypes C and D than for subtypes A and B. These results could help identify characteristics to categorize ECOPD patients for more appropriate care, and help test interventions and treatments in subgroups with poor evolution and outcomes.

Impacto de la web 2.0 en los perfiles profesionales

En pleno siglo XXI, el uso de Internet y los avances no sólo afectan a las personas sino que las empresas también deben evolucionar al mismo ritmo y adaptar todas sus prácticas a dichos avances. Con la aparición de la Web 2.0, ciertos aspectos de las empresas han quedado obsoletos y se han debido adaptar a la nueva era: la era de la comunicación e de la interacción a través de Internet. Se han creado nuevos modelos de negocio, se han mejorado actividades de la cadena de valor, han surgido nuevas estrategias de marketing y comunicación corporativa y se han creado unos nuevos canales de venta, alrededor del fenómeno e-Commerce. En cuanto a los trabajadores, las empresas han comenzado a valorar nuevas competencias relacionadas con el uso de Internet y la Web 2.0. Dichas competencias pueden ser comunes para muchos puestos de trabajo, por ejemplo el uso de redes sociales o la gestión de la información, otras son más específicas y dependen del puesto de trabajo que consideremos. Finalmente, la aparición de la Web 2.0 ha exigido a las empresas a crear nuevas áreas y puestos de trabajo o modificar los actuales para adecuarse a los nuevos tiempos y tendencias. Así surgen los diferentes perfiles profesionales de las áreas de Estrategia Digital, Marketing Digital, Contenido Digital, Social Media, Análisis Big Data, e-Commerce y Mobile Marketing. Estos perfiles gozan de mucha popularidad y demanda por parte de las empresas y se estima que va a crecer aún más el número de puestos relacionados con el ámbito digital, ya que son las profesiones del futuro.

Social Media Marketing como herramienta del mix de comunicación

[ES]El presente TFG plantea un análisis de la utilización de las redes sociales dentro de la estrategia de comunicación de las organizaciones empresariales. Para ello, se estudia el contexto comunicacional actual, caracterizado por la fragmentación y dispersión de las audiencias, la saturación, la pérdida de la eficacia de la publicidad tradicional, los nuevos hábitos de consumo de medios y la explosión de la conectividad, y el papel de las distintas herramientas de comunicación en entornos digitales: página web, blog corporativo, email marketing, gestión multimedia, mobile marketing, E-commerce y Social Media Marketing. En este contexto y por su relevancia, nos centramos en el estudio de las estrategias de Social Media Marketing. Para ello abordamos las ventajas e inconvenientes de la utilización de redes sociales, cómo efectuar la planificación de la comunicación en redes sociales (objetivos, público, contenidos, plataformas, plan de acción e indicadores), y las nuevas profesiones ligadas a su gestión. Un aspecto relevante que también se analiza es la gestión de la reputación online y las implicaciones que el uso de redes sociales tiene sobre ella, así como los protocolos de actuación ante posibles crisis derivadas de la presencia en estos canales. En las redes sociales se encuentran prácticamente todos los stakeholders de las empresas/marcas, fuente de información continua para mejorar sus negocios. Su utilización, dentro de una comunicación integral de marketing, permite fortalecer la imagen corporativa y lograr un posicionamiento claro y a largo plazo.

NÃO ESTOU SÓ: o uso dos celulares e a cultura de consumo na ficação de jovens do Rio de Janeiro

O objetivo dessa pesquisa foi analisar como se dão as relações afetivas através da socialização de jovens cariocas de classe média da zona sul do Rio de Janeiro, estabelecidas através do contato por telefonia celular. Com isso, foi possível verificar as novas dinâmicas na subjetividade contemporânea, pautadas na cultura de consumo, a partir da apropriação desse conjunto de tecnologias da comunicação, nas relações sociais e afetivas, em especial na ficação, além das relações entre amigos e namorados. Parto do pressuposto de que os indivíduos contemporâneos estão se apropriando, em larga escala, das tecnologias de comunicação, tornando cotidiana e corriqueira a efetuação de contatos sociais intermediados por tais artefatos tecnológicos. Para este estudo, utilizei como metodologia uma compilação de etnografias (visto que cada antropólogo organiza no campo a sua etnografia), para que fosse possível o acesso de diversas nuanças das relações afetivas em territórios privados e íntimos dos jovens que participaram deste estudo através de entrevistas e observação participante. Constatei que eles se apropriaram do celular como conjunto de tecnologias de comunicação pessoal portáteis e, em especial, das mensagens de texto como uma forma de manutenção e ampliação das relações afetivas através de estratégias de performance que possibilitam: seduzir concomitantemente diversas pessoas com mínimo investimento afetivo e exposição e máximo aproveitamento no tocante a estímulos de sedução; manter registros afetivos regulares entre namorados, independente de onde e do que estejam fazendo, visto que as mensagens podem ficar armazenadas e serem acessadas com discrição mesmo em lugares e situações em que seria inapropriado falar por telefone; registrar memórias afetivas, em virtude de no celular poder ser armazenado e revisto um grande número de dados que se tornam marcos de referência de situações amorosas; estimular recordações de emoções vivenciadas em cada situação e; marcar encontros de sociabilização entre amigos com o mínimo investimento de tempo e baixo custo de comunicação e máxima eficiência na recepção do conteúdo informacional. Dentro deste cenário, verifiquei que a dinâmica social gerada possivelmente reflete em mudanças nas formas com que os relacionamentos afetivos são mantidos e ampliados, favorecendo com isso a constituição de novas subjetividades.

Mídias Livres: um estudo sobre formas de ação política no campo midiático

Esta pesquisa tem como tema as chamadas mídias livres, que se inserem no contexto das lutas pela democratização da mídia e na defesa da comunicação como direito humano fundamental de uma sociedade democrática. Ao longo da história dessas formas de ação política, pode-se observar uma relação entre as diversas mudanças sócio-políticas, tecnológicas e essas práticas. Diante disso, o objetivo da pesquisa é refletir sobre as atuais formas de ação política no campo midiático a partir do estudo dessas práticas intituladas livres. Como questões importantes para a pesquisa, pergunta-se sobre os sentidos que o termo liberdade assume nessas práticas e o papel que as tecnologias de comunicação podem ter nas mudanças das formas de ação política na atualidade, que parecem problematizar noções como direito à comunicação e resistência. Para tanto, a pesquisa analisa algumas iniciativas que ganharam o Prêmio Pontos de Mídia Livre do Ministério da Cultura, em especial o Projeto Viva Favela. Como estratégias metodológicas, a pesquisa empírica apoiou-se na análise de produções de algumas das chamadas mídias livres, em trabalho de campo e entrevistas.