Development of the Simulation Environment for the Mobile Phone User Interfaces

Diplomityössä käsitellään Nokia Mobile Phonesin matkapuhelimien käyttöliittymäohjelmistojen suunnittelu-ja testausympäristön kehitystä. Ympäristöön lisättiin kaksi ohjelmistomodulia avustamaan simulointia ja versionhallintaa. Visualisointityökalulla matkapuhelimen toiminta voidaan jäljittää suunnittelu- kaavioihin tilasiirtyminä, kun taas vertailusovelluksella kaavioiden väliset erot nähdään graafisesti. Kehitetyt sovellukset parantavat käyttöliittymien suunnitteluprosessia tehostaen virheiden etsintää, optimointia ja versionhallintaa. Visualisointityökalun edut ovat merkittävät, koska käyttöliittymäsovellusten toiminta on havaittavissa suunnittelu- kaavioista reaaliaikaisen simuloinnin yhteydessä. Näin virheet ovat välittömästi paikannettavissa. Lisäksi työkalua voidaan hyödyntää kaavioita optimoitaessa, jolloin sovellusten kokoja muistintarve pienenee. Graafinen vertailutyökalu tuo edun rinnakkaiseen ohjelmistosuunnitteluun. Eri versioisten suunnittelukaavioiden erot ovat nähtävissä suoraan kaaviosta manuaalisen vertailun sijaan. Molemmat työkalut otettiin onnistuneesti käyttöön NMP:llä vuoden 2001 alussa.

ELEKTRONIIKKATEHTAAN PAIKALLISESTIVALMISTETTUJEN KOMPONENTTIEN HANKINTAKETJUN KEHITTÄMINEN

Varastojen vähentämiseksi ehdotetaan usein eräkokojen pienentämistä. Tämä sopii sellaiseen toimintaympäristöön, jossa voidaan ostaa nimikkeitä oman valmistuksen ja myynnin tahdissa. Kun kiihkeärytmisessä elektroniikkabisneksessä alihankkijoilta ja varustetoimittajilta sitovasti tilataan hyvin lyhyellä toimitusajalla, ei oston eräkokojen pienentäminen kevennä materiaalivirtaa. Täytyy ottaa löysät pois hankintaketjun toimitusajoista. Monessa toimitusketjussa jalostava työ vaatii vain murto-osan toimitusajasta, ja loppuaika kuluu varastoissa odotteluun, kuljettamiseen ja moninkertaiseen tarkastamiseen. Hukka-ajan leikkaamisen ohessa haetaan muita kustannussäästöjä. Korkeiden työvoimakustannusten rasittama teollisuus on pyrkinyt teknisillä ratkaisuilla korvaamaan palkkatyövoiman erilaisilla mekaanisilla järjestelmillä. Pisimmällä ollaan pienerä- ja yksittäisvalmistusta harjoittavissa konepajoissa, joissa on investoitu FM-järjestelmiin. Diplomityössä on esitetty kaksi nivoutuvaa tutkimusprojektia, joista ensimmäinen keskittyy miehittämättömän käytön kehittämiseen ja toinen keventää hankintaketjun materiaalivirtaa. Ensin esiteltävä projekti on elektroniikkateollisuudelle uusi aluevaltaus. Siksi asiassa on jouduttu tekemään runsaasti perustutkimusta ja etenemään etappi kerrallaan. Projektin tuloksena on saatu aikaan automaattinen, joustava kuljetin, joka yksinään pystyy toimimaan ilman työvoimaa niin pitkään kunnes sen akut pitää ladata. Joustavan kuljettimen sisältävän järjestelmän muita elementtejä ei projektissa nostettu samalle miehittämättömän käytön tasolle, vaan ensin päätettiin hankkia kokemuksia kuljettimen toiminnasta. Toinen projekti syventää yhteistyötä yrityksen alihankkijan kanssa. Alihankkija on yksi harvojen Suomesta hankittavien komponenttien toimittaja. Siksi on pidetty tärkeänä tiivistää toimitusaikaa lähemmäs yrityksen sitovan tilauskannan pituutta. Tutkittavaksi valittiin mahdollisuus siirtää alihankkijan tuotantolaite yrityksen välittömään läheisyyteen, jolloin yrityksen tuotanto voisi tilata komponenttierän alihankkijan koneelta, kun se lähtötilanteessa tilataan komponenttivarastosta. Ennusteen perusteella tilattaisiin vain raaka-aine, mutta arvoa lisäävä työ tehtäisiin vain ja ainoastaan tilauksen mukaisesti.

RasGAP Shields Akt from Deactivating Phosphatases in Fibroblast Growth Factor Signaling but Loses This Ability Once Cleaved by Caspase-3.

Fibroblast growth factor receptors (FGFRs) are involved in proliferative and differentiation physiological responses. Deregulation of FGFR-mediated signaling involving the Ras/PI3K/Akt and the Ras/Raf/ERK MAPK pathways is causally involved in the development of several cancers. The caspase-3/p120 RasGAP module is a stress sensor switch. Under mild stress conditions, RasGAP is cleaved by caspase-3 at position 455. The resulting N-terminal fragment, called fragment N, stimulates anti-death signaling. When caspase-3 activity further increases, fragment N is cleaved at position 157. This generates a fragment, called N2, that no longer protects cells. Here, we investigated in Xenopus oocytes the impact of RasGAP and its fragments on FGF1-mediated signaling during G2/M cell cycle transition. RasGAP used its N-terminal Src homology 2 domain to bind FGFR once stimulated by FGF1, and this was necessary for the recruitment of Akt to the FGFR complex. Fragment N, which did not associate with the FGFR complex, favored FGF1-induced ERK stimulation, leading to accelerated G2/M transition. In contrast, fragment N2 bound the FGFR, and this inhibited mTORC2-dependent Akt Ser-473 phosphorylation and ERK2 phosphorylation but not phosphorylation of Akt on Thr-308. This also blocked cell cycle progression. Inhibition of Akt Ser-473 phosphorylation and entry into G2/M was relieved by PHLPP phosphatase inhibition. Hence, full-length RasGAP favors Akt activity by shielding it from deactivating phosphatases. This shielding was abrogated by fragment N2. These results highlight the role played by RasGAP in FGFR signaling and how graded stress intensities, by generating different RasGAP fragments, can positively or negatively impact this signaling.

Les émotions, bien connaître les siennes pour mieux gérer les leurs

L'adolescence est une période de modification profonde du vécu émotionnel, tant sur le plan qualitatif que quantitatif. La pathologie mentale vient, de plus, compliquer le processus de gestion des émotions, dans les excès ou les débordements; du côté des agirs, ou des manques, du côté de l'abrasion des affects ou de l'alexithymie. Les mouvements émotionnels suscités chez les soignants par les adolescents en souffrance sont colorés des mêmes excès. Pouvoir les reconnaître, les accepter et les gérer de manière souple et modulée nous offre de précieuses informations sur ce que vivent nos patients et leur permet de percevoir et de mesurer leurs effets à travers un miroir et ainsi percevoir une part de leur fonctionnement. Cette capacité soignante a des vertus pare-excitantes et constitue un modèle de gestion des émotions que nos patients adolescents peuvent intégrer. Des ateliers prenant en compte la gestion des émotions complètent ce travail ardu du soignant, qui mobilise son énergie et vient se questionner au plus près de ce qu'il vit et ressent dans sa fonction.

Combined T2 -preparation and two-dimensional pencil-beam inner volume selection.

PURPOSE: To improve coronary magnetic resonance angiography (MRA) by combining a two-dimensional (2D) spatially selective radiofrequency (RF) pulse with a T2 -preparation module ("2D-T2 -Prep"). METHODS: An adiabatic T2 -Prep was modified so that the first and last pulses were of differing spatial selectivity. The first RF pulse was replaced by a 2D pulse, such that a pencil-beam volume is excited. The last RF pulse remains nonselective, thus restoring the T2 -prepared pencil-beam, while tipping the (formerly longitudinal) magnetization outside of the pencil-beam into the transverse plane, where it is then spoiled. Thus, only a cylinder of T2 -prepared tissue remains for imaging. Numerical simulations were followed by phantom validation and in vivo coronary MRA, where the technique was quantitatively evaluated. Reduced field-of-view (rFoV) images were similarly studied. RESULTS: In vivo, full field-of-view 2D-T2 -Prep significantly improved vessel sharpness as compared to conventional T2 -Prep, without adversely affecting signal-to-noise (SNR) or contrast-to-noise ratios (CNR). It also reduced respiratory motion artifacts. In rFoV images, the SNR, CNR, and vessel sharpness decreased, although scan time reduction was 60%. CONCLUSION: When compared with conventional T2 -Prep, the 2D-T2 -Prep improves vessel sharpness and decreases respiratory ghosting while preserving both SNR and CNR. It may also acquire rFoV images for accelerated data acquisition.

Actividades de aprendizaje y evaluación a través del Campus Virtual. Experiencia en Fisiología y Fisiopatología I del Grado de Farmacia

[spa] Nuestro objetivo consiste en fomentar, entre alumnos internos del Departamento de Fisiología, el autoaprendizaje, el trabajo autónomo y en equipo, espíritu crítico y habilidad para buscar y analizar información. A la vez se pretende iniciar a estos alumnos en los sistemas de transferencia de resultados de la investigación básica a la investigación aplicada. Para ello a los alumnos se les proporciona materiales que contienen información sobre las materias objeto de aprendizaje y enlaces a diferentes sitios webs de interés relacionados con el tema. En ellos se promueve la exposición de trabajos y la participación en jornadas especializadas. El uso de estos materiales bajo supervisión del profesorado, ha permitido la mejora del conocimiento en Fisiología y la creación de equipos especializados en diferentes aspectos de la Fisiología. Además, la transferencia de información entre alumnos, ha propiciado que puedan adquirir una visión clara y amplia sobre qué es un trabajo de investigación básica o un trabajo de investigación aplicada, así como la importancia del trabajo en equipo, lo que ha posibilitado que pudieran diseñar pequeños experimentos y estudiar su aplicabilidad. Al final del periodo de formación, los alumnos demostraron haber adquirido las competencias genéricas CG1, CG3, CG5, CG6, CG11, CG13 y CG15 incluidas en la ficha Verifica para el Grado en Farmacia, así como las competencias específicas para el módulo 5 (Medicina y Farmacología) CEM5.8, CEM5.9 y CEM5.11, concluyendo así que la aplicación de métodos de enseñanza basados en el autoaprendizaje (bajo supervisión de equipos docentes) constituye una excelente herramienta para la promoción de la adquisición de competencias generales y específicas en el Grado en Farmacia.

A statistical shape model of the human second cervical vertebra.

PURPOSE: Statistical shape and appearance models play an important role in reducing the segmentation processing time of a vertebra and in improving results for 3D model development. Here, we describe the different steps in generating a statistical shape model (SSM) of the second cervical vertebra (C2) and provide the shape model for general use by the scientific community. The main difficulties in its construction are the morphological complexity of the C2 and its variability in the population. METHODS: The input dataset is composed of manually segmented anonymized patient computerized tomography (CT) scans. The alignment of the different datasets is done with the procrustes alignment on surface models, and then, the registration is cast as a model-fitting problem using a Gaussian process. A principal component analysis (PCA)-based model is generated which includes the variability of the C2. RESULTS: The SSM was generated using 92 CT scans. The resulting SSM was evaluated for specificity, compactness and generalization ability. The SSM of the C2 is freely available to the scientific community in Slicer (an open source software for image analysis and scientific visualization) with a module created to visualize the SSM using Statismo, a framework for statistical shape modeling. CONCLUSION: The SSM of the vertebra allows the shape variability of the C2 to be represented. Moreover, the SSM will enable semi-automatic segmentation and 3D model generation of the vertebra, which would greatly benefit surgery planning.

Rotation mentale et différences sexuelles: influence des axes directionnels extraits de l'environnement

Les tâches nécessitant des manipulations et des transformations de figures géométriques et de formes, comme les tâches de rotation mentale, donnent lieu à des différences de performance entre hommes et femmes qui restent intrigantes. Plusieurs hypothèses ont été proposées pour expliquer ces différences. La plus récurrente porte sur les différences de stratégie globale vs locale utilisées pour traiter l'information. Bien que cette conjecture soit intéressante, elle reste difficile à opérationnaliser car elle englobe tous les mécanismes cognitifs (acquisition, conservation et récupération de l'information). Ce travail prend la forme d'un retour aux sources dans la mesure où il se base sur des recherches anciennes qui ont montré que les hommes perçoivent significativement mieux que les femmes la verticale et l'horizontale. Il teste l'hypothèse selon laquelle les hommes, comparativement aux femmes, présentent une plus forte indépendance au champ perceptif visuel et sont donc plus susceptibles d'utiliser la verticalité et l'horizontalité pour résoudre une tâche de rotation mentale. Une première série d'expériences s'est penchée sur la perception spatiale pour évaluer son impact sur la résolution d'une tâche impliquant la rotation mentale. Les résultats ont montré que seuls les hommes se référaient à la verticalité et à l'horizontalité pour résoudre la tâche. Une seconde série d'expériences ont investigué l'effet de la présence, ou absence, d'axes directionnels directement liés à une tâche de rotation mentale. Elles ont été menées également en environnement réel afin d'évaluer comment le déplacement actif ou passif, correspondant à un changement de perspective en lieu et place d'une rotation mentale, module la performance des hommes et des femmes. Les résultats n'ont pas mis en évidence de différence sexuelle. Notre hypothèse est vérifiée puisque c'est uniquement lorsque la tâche ne présente pas d'axes orthogonaux évidents mais implicites que seuls les hommes, plus indépendants au champ perceptif visuel que les femmes, utilisent la perception de la verticalité et de l'horizontalité pour améliorer leur compétence en rotation mentale. -- Tasks that require manipulation and transformation of geometric shapes and forms, like tasks of mental rotation and give rise to differences in performance between men and women, remain intriguing. Several hypotheses have been proposed to explain these differences. The most recurring hypothesis addresses differences in global versus local strategies for processing information. While this conjecture is interesting, it remains difficult to study because it encompasses all the cognitive mechanisms (acquisition, retention and output). This work returns to the sources, which are based on earlier research that shows that men are significantly better than women at perceiving verticality and horizontality. It tests the hypothesis according to which men, as compared to women, exhibit a greater independence on the perceptive visual field, and therefore are more susceptible to utilizing the verticality and the horizontality to solve a mental rotation task. A first set of experiments examined spatial perception in order to assess its impact on the resolution of a task involving mental rotation. The results showed that only men referred to the verticality and the horizontality to solve the task. A second series of experiments investigated the effect of a presence, or absence of directional axes directed tied to the task of mental rotation. They were also conducted in a real world environment to evaluate how the active or passive displacement, corresponding to a change in perspective instead of a mental rotation, modulates the performance of men and women. The results did not show sex differences. Our hypothesis is verified: it is only when the task presents no obvious, but implicit orthogonal axes that men, who exhibit a greater independence on the perceptive visual field than women, use the perception of verticality and horizontality to improve their competence in mental rotation.

Täysmoduuli- ja semimoduulihyttien vertailu laivassa NB 1361

Tämän insinöörityön tavoitteena oli vertailla täysja semimoduulihyttien tarkoituksenmukaista käyttöä laivassa NB 1361. Moduulihyttejä on käytetty Helsingin telakalla jo pitkään, mutta enenevässä määrin halutaan siirtyä täysmoduulihyttien käyttöön. Nykyään kokoonpanotelakan on kehityttävä lisääntyvässä määrin siihen suuntaan, että telakalla asennetaan valmiit materiaalit, komponentit ja esivalmisteet. Laiva NB 1361:ssä telakan omilla hyttialueilla ei tarvitse käyttää semimoduulihyttejä asennusajan ja kustannusten säästämiseksi verrattuna täysmoduulihytteihin. Aker Yards Cabins saavuttaa omilla hyttialueillaan hyötyä käyttämällä semimoduulihyttejä oikeissa paikoissa verrattuna täysmoduulihytteihin. Vertailu osoittaa, että semimoduulihytti säästää aikaa ja kustannuksia, kun sitä käytetään oikeassa paikassa oikeaan aikaan. Täysmoduulihytti on sisustussuunnittelun ja tuotannonohjauksen lähtökohta laivan suunnittelun aloituksesta lähtien, mutta semimoduulihytin käyttöä tulee miettiä, kun muut työt kuin hyttiasennukset pitkittävät hyttialueiden valmistumista.

Virtausjakauman kokeellinen määritys levylämmönsiirtimissä

Diplomityön tavoitteena oli kokeellisen tutkimuksen keinoin selvittää juotettujen levylämmönsiirtimien levypakkarakenteessa virtausten käyttäytyminen ja jakautuminen sekä löytää ideoita ja kehitysehdotuksia levylämmönsiirtimen levypakan ja levyprofiilin kehittämiseksi. Kokeellinen tutkimus suoritettiin Oy Danfoss Ab LPM:n levylämmönsiirtimien tutkimuslaboratoriossa. Virtausjakauman tutkimusta varten suunniteltiin ja valittiin tutkimuslaitteisto, joka koostui termoelementtiantureista, tiedonkeruulaitteistosta sekä ohjelmistosta. Lämmönsiirtimistä mitattiin ensiö- ja toisiopuolen tilavuusvirrat ja painehäviöt sekä lämpötilat ennen ja jälkeen lämmönsiirtimen. Tutkimuslaitteiston avulla mitattiin lämpötiloja lämmönsiirtimen sisältä levyväleistä. Mittaukset suoritettiin neljällä levypakkarakenteella useilla massavirran arvoilla. Mittaustuloksista määritettiin levylämmönsiirtimien lämpö- ja virtaustekniset ominaisuudet nesteen Reynoldsin luvun funktiona sekä selvitettiin nesteen virtausjakaumat. Mittaustuloksien perusteella laskettuja virtausjakauman arvoja verrattiin teorian mukaan laskettuihin jakaumiin. Mitatuista siirtimistä lasketut massavirrat viittaavat siihen, että suurin osa nesteestä virtaa siirtimien keskeltä tai lähempää loppupäätä kuin alkupäästä. Teorian mukaan suurin nestemäärä virtaisi siirtimen alkupäästä vähentyen tasaisesti kohti levypakan loppupäätä. Teorian mukaiselle virtausjakaumalle ja lasketuille jakaumille ei löydetty yhteyttä. Tutkimuksessa havaittiin suuria, jopa yli 20 asteen, lämpötilaeroja levyväleistä ulostulevissa virtauksissa. Levyvälien virtauksen käyttäytymisen ja jakautumisen tutkiminen nähdäänkin levypakan pitkittäistä kehittämistä suurempana mielenkiinnon ja kehittämisen kohteena.

Les étudiant(e)s en médecine mènent une recherche dans La communauté [Male/female medical students conduct research in the community].

Pendant quatre semaines, les étudiant(e)s en médecine de 3e année de l'Université de Lausanne mènent une enquête dans la communauté sur le sujet de leur choix. L'objectif de ce module est de faire découvrir aux futurs médecins les déterminants non biomédicaux de la santé, de la maladie et de l'exercice de la médecine : les styles de vie, les facteurs psychosociaux et culturels, l'environnement, les décisions politiques, les contraintes économiques, les questions éthiques, etc. Par groupes de cinq, les étudiant(e)s commencent par définir une question de recherche originale et en explorent la littérature scientifique. Leur travail de recherche les amène à entrer en contact avec le réseau d'acteurs de la communauté concernés, professionnels ou associations de patients dont ils analysent les rôles et influences respectives. Chaque groupe est accompagné par un(e) tuteur(trice), enseignant(e) de la Faculté de biologie et de médecine de l'Université de Lausanne. Les étudiant(e)s présentent la synthèse de leurs travaux pendant un congrès de deux jours à la fin du module. Quatre travaux parmi les plus remarquables ont été choisis pour être publiés dans la Revue Médicale Suisse et Primary Care.

Redox Signaling by the RNA Polymerase III TFIIB-Related Factor Brf2.

TFIIB-related factor 2 (Brf2) is a member of the family of TFIIB-like core transcription factors. Brf2 recruits RNA polymerase (Pol) III to type III gene-external promoters, including the U6 spliceosomal RNA and selenocysteine tRNA genes. Found only in vertebrates, Brf2 has been linked to tumorigenesis but the underlying mechanisms remain elusive. We have solved crystal structures of a human Brf2-TBP complex bound to natural promoters, obtaining a detailed view of the molecular interactions occurring at Brf2-dependent Pol III promoters and highlighting the general structural and functional conservation of human Pol II and Pol III pre-initiation complexes. Surprisingly, our structural and functional studies unravel a Brf2 redox-sensing module capable of specifically regulating Pol III transcriptional output in living cells. Furthermore, we establish Brf2 as a central redox-sensing transcription factor involved in the oxidative stress pathway and provide a mechanistic model for Brf2 genetic activation in lung and breast cancer.

Longitudinal monitoring of endogenous steroids in human serum by UHPLC-MS/MS as a tool to detect testosterone abuse in sports.

The detection of testosterone abuse in sports is routinely achieved through the 'steroidal module' of the Athlete Biological Passport by GC-MS(/MS) quantification of selected endogenous anabolic androgenic steroids (EAAS) from athletes' urines. To overcome some limitations of the "urinary steroid profile" such as the presence of confounding factors (ethnicity, enzyme polymorphism, bacterial contamination, and ethanol), ultrahigh performance liquid chromatography (UHPLC) measurements of blood concentrations of testosterone, its major metabolites, and precursors could represent an interesting and complementary strategy. In this work, two UHPLC-MS/MS methods were developed for the quantification of testosterone and related compounds in human serum, including major progestogens, corticoids, and estrogens. The validated methods were then used for the analyses of serum samples collected from 19 healthy male volunteers after oral and transdermal testosterone administration. Results from unsupervised multiway analysis allowed variations of target analytes to be assessed simultaneously over a 96-h time period. Except for alteration of concentration values due to the circadian rhythm, which concerns mainly corticosteroids, DHEA, and progesterone, significant variations linked to the oral and transdermal testosterone administration were observed for testosterone, DHT, and androstenedione. As a second step of analysis, the longitudinal monitoring of these biomarkers using intra-individual thresholds showed, in comparison to urine, significant improvements in the detection of testosterone administration, especially for volunteers with del/del genotype for phase II UGT2B17 enzyme, not sensitive to the main urinary marker, T/E ratio. A substantial extension of the detection window after transdermal testosterone administration was also observed in serum matrix. The longitudinal follow-up proposed in this study represents a first example of 'blood steroid profile' in doping control analysis, which can be proposed in the future as a complement to the 'urinary module' for improving steroid abuse detection capabilities.

L'informatique: un outil remarquable pour l'enseignement de la médecine interne générale [The informatics: a remarkable tool for teaching general internal medicine].

INTERMED training implies a three week course, integrated in the "primary care module" for medical students in the first master year at the school of medicine in Lausanne. INTERMED uses an innovative teaching method based on repetitive sequences of e-learning-based individual learning followed by collaborative learning activities in teams, named Team-based learning (TBL). The e-learning takes place in a web-based virtual learning environment using a series of interactive multimedia virtual patients. By using INTERMED students go through a complete medical encounter applying clinical reasoning and choosing the diagnostic and therapeutic approach. INTERMED offers an authentic experience in an engaging and safe environment where errors are allowed and without consequences.

Prospective motion correction with FID-triggered image navigators

In this work, we propose a method for prospective motion correction in MRI using a novel image navigator module, which is triggered by a free induction decay (FID) navigator. Only when motion occurs, the image navigator is run and new positional information is obtained through image registration. The image navigator was specifically designed to match the impact on the magnetization and the acoustic noise of the host sequence. This detection-correction scheme was implemented for an MP-RAGE sequence and 5 healthy volunteers were scanned at 3T while performing various head movements. The correction performance was demonstrated through automated brain segmentation and an image quality index whose results are sensitive to motion artifacts.