Histogram-based DNA analysis for the visualization of chromosome, genome and species information

We describe a novel approach to explore DNA nucleotide sequence data, aiming to produce high-level categorical and structural information about the underlying chromosomes, genomes and species. The article starts by analyzing chromosomal data through histograms using fixed length DNA sequences. After creating the DNA-related histograms, a correlation between pairs of histograms is computed, producing a global correlation matrix. These data are then used as input to several data processing methods for information extraction and tabular/graphical output generation. A set of 18 species is processed and the extensive results reveal that the proposed method is able to generate significant and diversified outputs, in good accordance with current scientific knowledge in domains such as genomics and phylogenetics.

On the DNA of eleven mammals

This paper studies the DNA code of eleven mammals from the perspective of fractional dynamics. The application of Fourier transform and power law trendlines leads to a categorical representation of species and chromosomes. The DNA information reveals long range memory characteristics.

Multi-dimensional scaling applied to histogram-based DNA analysis

This paper aims to study the relationships between chromosomal DNA sequences of twenty species. We propose a methodology combining DNA-based word frequency histograms, correlation methods, and an MDS technique to visualize structural information underlying chromosomes (CRs) and species. Four statistical measures are tested (Minkowski, Cosine, Pearson product-moment, and Kendall τ rank correlations) to analyze the information content of 421 nuclear CRs from twenty species. The proposed methodology is built on mathematical tools and allows the analysis and visualization of very large amounts of stream data, like DNA sequences, with almost no assumptions other than the predefined DNA “word length.” This methodology is able to produce comprehensible three-dimensional visualizations of CR clustering and related spatial and structural patterns. The results of the four test correlation scenarios show that the high-level information clusterings produced by the MDS tool are qualitatively similar, with small variations due to each correlation method characteristics, and that the clusterings are a consequence of the input data and not method’s artifacts.

Analysis and visualization of chromosome information

This paper analyzes the DNA code of several species in the perspective of information content. For that purpose several concepts and mathematical tools are selected towards establishing a quantitative method without a priori distorting the alphabet represented by the sequence of DNA bases. The synergies of associating Gray code, histogram characterization and multidimensional scaling visualization lead to a collection of plots with a categorical representation of species and chromosomes.

A implementação do Balanced Scorecard nos trabalhos de auditoria interna e o seu contributo para a estratégia organizacional - caso do sector público: autarquia local

Mestrado em Auditoria

Parcerias logisticas: estudos de caso

O processo de globalização tem contribuído para o desenvolvimento da reestruturação das firmas, por vezes são necessárias alianças, o que implica alterações na cadeia de valor, sendo fundamentais novas formas de relacionamento interpessoal e de operação. Os Pólos Industriais representam a presença física de entidades em determinadas posições geográficas, responsáveis pelo desenvolvimento económico, tecnológico e social da região. Este trabalho de investigação tem como intuito geral verificar o contributo efetivo para o aumento de vantagem competitiva das firmas parceiras na logística e produção de componentes para o setor automóvel, tendo como estudo do caso Caetano Coatings Automotive. O estudo foi realizado no Pólo Industrial do Carregado, com base numa pesquisa empírica, cumulativamente com revisão da literatura inerente às parcerias em cluster no sector automóvel e várias visitas ao local. Para a realização deste objetivo foi utilizado o método do estudo do caso por permitir ao investigador através da observação direta e entrevista analisar fenómenos atuais. Tal recolha de dados demonstra que alterações de localização e o fator proximidade contribuem para aumento de competitividade do Pólo Industrial através da redução do espaço e tempo e consequentemente redução de custos e lead-time. Foram analisadas de forma comparativa o desenvolvimento das firmas que detinham e detêm parcerias no Pólo Industrial, tendo sido identificado de forma significativa as contribuições para o aumento da vantagem competitiva. Os resultados obtidos evidenciam fatores que contribuem para novos tipos de relacionamento e aumento de vantagem competitiva foi devida à deslocalização das firmas parceiras integradas no Pólo Industrial.

Conhecimentos sobre VIH sida nos clientes de um hospital de Lakes State, Sudão do Sul

Enquadramento: O VIH/Sida exige uma ação direcionada na vertente da prevenção, cujo suporte integra a transmissão de conhecimentos promotores da adoção e manutenção de comportamentos seguros, em conformidade com as características sociais e culturais dos indivíduos. Objetivos: Validar, para a população do Sudão do Sul, a Escala de Conhecimentos sobre VIH/Sida, The HIV Knowledge Questionnaire: HIV-KQ-45, de Carey et al. (1997); analisar de que forma as variáveis sociodemográficas influenciam os conhecimentos sobre VIH/Sida, dos cidadãos de Mapuordit Sudão do Sul; verificar se a frequência de formação sobre VIH/Sida influencia o seu nível de conhecimentos. Metodologia: Estudo quantitativo, descritivo-analítico e transversal, com 232 clientes do Mary Immaculate de Mapuordit Hospital. Foi utilizado um Questionário de caracterização sociodemográfica e do contexto de formação sobre o VIH/Sida, e o HIV Knowledge Questionnaire (HVI-K-Q) de Carey, Morrison-Beedy e Johnson (1997). Resultados: Amostra é maioritariamente masculina (74.6%), com uma média de idade 22,83 (±5.793 anos). A análise fatorial confirmatória do HIV-K-Q permitiu apurar 5 fatores, cujos valores médios mais significativos foram nos fatores preconceitos/medos (média=80.60%), conhecimentos sobre os comportamentos de risco (média=76.58%) e vias de transmissão (média=70.36%). Os sudaneses pontuaram maioritariamente com razoáveis conhecimentos sobre a Sida (média=68.08%). As mulheres, os participantes mais velhos, com companheiro(a), mais escolarizados, profissionalmente ativos, a distar do hospital =<20 Km, deslocando-se num veículo não motorizado e com diagnóstico de VIH relataram mais conhecimentos sobre a Sida. Os participantes com informação sobre a prevenção do VIH/Sida e frequência em workshop na área demonstraram melhores conhecimentos. Revelaram-se preditivas dos conhecimentos acerca da doença as habilitações literárias (β=0.32) e o diagnóstico de VIH/Sida (β=0.14) revelou-se preditor dos conhecimentos sobre os comportamentos de risco. Conclusão: As casuísticas significativas do VIH/Sida justificam considerar as habilitações literárias e a presença de diagnóstico VIH/Sida como variáveis a avaliar previamente ao planeamento estratégico das ações de educação para a prevenção do VIH/Sida no Sudão do Sul. Palavras-chave: Conhecimentos; VIH/Sida; Sudão do Sul.

Disruption and phenotypic analysis of six open reading frames from chromosome VII of Saccharomyces cerevisiae reveals one essential gene

Six open reading frames (ORFs) located on chromosome VII of Saccharomyces cerevisiae (YGR205w, YGR210c, YGR211w, YGR241c, YGR243w and YGR244c) were disrupted in two different genetic backgrounds using short-flanking homology (SFH) gene replacement. Sporulation and tetrad analysis showed that YGR211w, recently identified as the yeast ZPR1 gene, is an essential gene. The other five genes are non-essential, and no phenotypes could be associated to their inactivation. Two of these genes have recently been further characterized: YGR241c (YAP1802) encodes a yeast adaptor protein and YGR244c (LSC2) encodes the b-subunit of the succinyl-CoA ligase. For each ORF, a replacement cassette with long flanking regions homologous to the target locus was cloned in pUG7, and the cognate wild-type gene was cloned in pRS416.

Analysis of a 17.9 kb region from Saccharomyces cerevisiae chromosome VII reveals the presence of eight open reading frames, including BRF1 (TFIIIB70) and GCN5 genes

We report the nucleotide sequence of a 17,893 bp DNA segment from the right arm of Saccharomyces cerevisiae chromosome VII. This fragment begins at 482 kb from the centromere. The sequence includes the BRF1 gene, encoding TFIIIB70, the 5' portion of the GCN5 gene, an open reading frame (ORF) previously identified as ORF MGA1, whose translation product shows similarity to heat-shock transcription factors and five new ORFs. Among these, YGR250 encodes a polypeptide that harbours a domain present in several polyA binding proteins. YGR245 is similar to a putative Schizosaccharomyces pombe gene, YGR248 shows significant similarity with three ORFs of S. cerevisiae situated on different chromosomes, while the remaining two ORFs, YGR247 and YGR251, do not show significant similarity to sequences present in databases.

Sequencing of a 9.9 kb segment on the right arm of yeast chromosome VII reveals four open reading frames, including PFK1, the gene coding for succinyl-CoA synthetase (beta-chain) and two ORFs sharing homology with ORFs of the yeast chromosome VIII

A 9.9 kb DNA fragment from the right arm of chromosome VII of Saccharomyces cerevisiae has been sequenced and analysed. The sequence contains four open reading frames (ORFs) longer than 100 amino acids. One gene, PFK1, has already been cloned and sequenced and the other one is the probable yeast gene coding for the beta-subunit of the succinyl-CoA synthetase. The two remaining ORFs share homology with the deduced amino acid sequence (and their physical arrangement is similar to that) of the YHR161c and YHR162w ORFs from chromosome VIII.

Sequencing of a 17.6 kb segment on the right arm of yeast chromosome VII reveals 12 ORFs, including CCT, ADE3 and TR-I genes, homologues of the yeast PMT and EF1G genes, of the human and bacterial electron-transferring flavoproteins (beta-chain) and of the Escherichia coli phosphoserine phosphohydrolase, and five new ORFs.

A 17.6 kb DNA fragment from the right arm of chromosome VII of Saccharomyces cerevisiae has been sequenced and analysed. The sequence contains twelve open reading frames (ORFs) longer than 100 amino acids. Three genes had already been cloned and sequenced: CCT, ADE3 and TR-I. Two ORFs are similar to other yeast genes: G7722 with the YAL023 (PMT2) and PMT1 genes, encoding two integral membrane proteins, and G7727 with the first half of the genes encoding elongation factors 1gamma, TEF3 and TEF4. Two other ORFs, G7742 and G7744, are most probably yeast orthologues of the human and Paracoccus denitrificans electron-transferring flavoproteins (beta chain) and of the Escherichia coli phosphoserine phosphohydrolase. The five remaining identified ORFs do not show detectable homology with other protein sequences deposited in data banks. The sequence has been deposited in the EMBL data library under Accession Number Z49133.

The complete sequence of a 9000 bp fragment of the right arm of Saccharomyces cerevisiae chromosome VII contains four previously unknown open reading frames

We report the sequence of a 9000 bp fragment from the right arm of Saccharomyces cerevisiae chromosome VII. Analysis of the sequence revealed four complete previously unknown open reading frames, which were named G7587, G7589, G7591 and G7594 following standard rules for provisional nomenclature. Outstanding features of some of these proteins were the homology of the putative protein coded by G7589 with proteins involved in transcription regulation and the transmembrane domains predicted in the putative protein coded by G7591.

Estudo empírico da caracterização da selecção de fornecedores

O problema de selecção de fornecedores/parceiros é uma parte integrante e importante nas empresas que se propõem a um desempenho competitivo e lucrativo na sua área de actividade. A escolha do melhor fornecedor/parceiro passa na maior parte da vezes por fazer uma análise cuidada dos factores que podem influenciar positiva ou negativamente essa escolha. Desde cedo este problema tem vindo a ser alvo de inúmeros estudos, estudos esses que se focam essencialmente nos critérios a considerar e nas metodologias a adoptar para optimizar a escolha dos parceiros. De entre os vários estudos efectuados, muitos são os que consideram como critérios chave o custo do produto, a qualidade, a entrega e a reputação da empresa fornecedora. Ainda assim, há muitos outros que são referidos e que na sua maioria se apresentam como subcritérios. No âmbito deste trabalho, foram identificados cinco grandes critérios, Qualidade, Sistema Financeiro, Sinergias, Custo e Sistema Produtivo. Dentro desses critérios, sentiu-se a necessidade de incluir alguns subcritérios pelo que, cada um dos critérios chave apresenta cinco subcritérios. Identificados os critérios, foi necessário perceber de que forma são aplicados e que modelos são utilizados para se poder tirar o melhor partido das informações. Sabendo que existem modelos que privilegiam a programação matemática e outros que fazem uso de ponderações lineares para se identificar o melhor fornecedor, foi realizado um inquérito e contactadas empresas por forma a perceber quais os factores que mais peso tinham nas suas decisões de escolha de parceiros. Interpretados os resultados e tratados os dados foi adoptado um modelo de ponderação linear para traduzir a importância de cada um dos factores. O modelo proposto apresenta uma estrutura hierárquica e pode ser aplicado com o método AHP de Saaty ou o método de Análise de Valor. Este modelo permite escolher a ou as alternativas que melhor se adequam aos requisitos das empresas.

Cytostatics occupational exposure: genotoxic effects assessment

The use of cytostatics drugs in anticancer therapy is increasing. Health care workers can be occupationally exposed to these drugs classified as carcinogenic, mutagenic or teratogenic. Workers may be exposed to this drug, being in the hospital settings the main focus dwelled upon the pharmacy, and nursing personnel. Although the potential therapeutic benefits of hazardous drugs outweigh the risks of side effects for ill patients, exposed health care workers can have the same side effects with no therapeutic benefit. The exposure to these substances is epidemiologically linked to cancer and nuclear changes detected by the cytokinesis-block micronucleus test (CBMN). This method is extensively used in molecular epidemiology, since it determines several biomarkers of genotoxicity, such as micronuclei (MN), which are biomarkers of chromosomes breakage or loss, nucleoplasmic bridges (NPB), common biomarkers of chromosome rearrangement, poor repair and/or telomeres fusion, and nuclear buds (NBUD), biomarkers of elimination of amplified DNA.

Biomonitorization in hospital settings with cytostatics occupational exposure

Exposure in a hospital setting is normally due to the use of several antineoplastic drugs simultaneously. Nevertheless, the effects of such mixtures at the cell level and on human health in general are unpredictable and unique due to differences in practice of hospital oncology departments, in the number of patients, protection devices available, and the experience and safety procedures of medical staff. Health care workers who prepare or administer hazardous drugs or who work in areas where these drugs are used may be exposed to these agents in the air, on work surfaces, contaminated clothing, medical equipment, patient excreta, and other surfaces. These workers include specially pharmacists, pharmacy technicians, and nursing personnel. Exposures may occur through inhalation resulting from aerosolization of powder or liquid during reconstitution and spillage taking place while preparing or administering to patients, through Cytokinesis-block micronucleus test (CBMN) is extensively used in biomonitoring, since it determines several biomarkers of genotoxicity, such as micronuclei (MN), which are biomarkers of chromosomes breakage or loss, nucleoplasmic bridges (NPB), common biomarkers of chromosome rearrangement, poor repair and/or telomeres fusion, and nuclear buds (NBUD), biomarkers of elimination of amplified DNA.