Funktion und Biogenese kleiner RNAs in Dictyostelium discoideum

RNA mediated gene silencing pathways are highly conserved among eukaryotes and they have been well investigated in animals and in plants. Longer dsRNA molecules trigger the silencing pathways: RNase III proteins and their dsRNA binding protein (dsRBP) partners recognize those molecules as a substrate and process 21 nucleotide long microRNAs (miRNAs) or small interfering RNAs (siRNAs). Some organisms encode RNA dependent RNA polymerases (RdRPs), which are able to expand the pool of existing siRNAs. Argonaute proteins are able to bind small regulatory RNAs and are subsequently recruited to target mRNAs by base complementary. This leads in turn to transcriptional or posttranscriptional silencing of respective genes. The Dictyostelium discoideum genome encodes two Dicer homologues (DrnA and DrnB), five Argonaute proteins (AgnA to AgnE) and three RdRPs (RrpA to RrpC). In addition, the amoeba is known to express miRNAs and siRNAs, while the latter derive mainly from the DIRS-1 retrotransposon. One part of this work focused on the miRNA biogenesis pathway of D. discoideum. It was shown that the dsRNA binding protein RbdB is a necessary component for miRNA processing in the amoeba. There were no mature miRNAs detectable by Northern blot analysis in rbdB- strains, which is also true for drnB mutants. Moreover, primary miRNA-transcripts (pri-miRNAs) accumulated in rbdB- and drnB- strains. Fluorescence microscopy studies showed a nuclear localization of RbdB. RbdB accumulated in distinct perinucleolar foci. These were reminiscent of plant dicing bodies that contain essential protein components for miRNA processing. It is well known that RNase III enzymes and dsRBPs work together during miRNA processing in higher eukaryotes. This work demonstrated that the same is true for members of the amoebozoa supergroup. In Arabidopsis the nuclear zinc finger protein Serrate (SE) is also necessary for miRNA processing. The D. discoideum homologue SrtA, however, is not relevant which has been shown by the analysis of the respective knockdown strain. MiRNAs are known to be differentially expressed in several RNAi knockout strains. The accumulation of miRNAs in agnA- strains and a strong decrease in rbdB- strains were criteria that could thus be successfully used (among others) to identify and validate new miRNAs candidates by Illumina®-RNA sequencing. In another part of this study, the silencing and amplification of the DIRS-1 retrotransposons was analyzed in more detail. It was already known that DIRS-1 transcripts and extrachromosomal DIRS-1 DNA molecules accumulated in agnA- strains. This phenotype was correlated with the loss of endogenous DIRS-1 siRNAs in the knockout strain. By deep sequencing analysis of small RNAs from the AX2 wild type and the agnA- strain, the strong decrease of endogenous DIRS-1 siRNAs in the mutant strain (accounting for 70 %) could be confirmed. Further analysis of the data revealed an unequal distribution of DIRS-1 derived siRNAs along the retroelement in the wild type strain, since only very few of them matched the inverted terminal repeats (ITRs) and the 5’- half of the first open reading frame (ORF). Besides, sense and antisense siRNAs were asymmetrically distributed, as well. By using different reporter constructs it was shown indirectly that AgnA is necessary for the RrpC mediated production of secondary DIRS-1 siRNAs. These analyses also demonstrated an amplification of siRNAs in 5’- and in 3’-direction. Further analysis of the agnA- strain revealed that not only DIRS-1 sense transcripts but also ORF2 and ORF3 encoded proteins were enriched. In contrast, the ORF1 encoded protein GAG was equally expressed in the mutant and the wild type. This might reflect the unequal distribution of endogenous DIRS-1 siRNAs along the retrotransposon. Southern Blot and PCR-analyses showed that extrachromosomal DIRS-1 DNA molecules are present in the cytoplasm of angA- strains and that they are complementary to sense transcripts of intact DIRS-1 elements. Thus, the extrachromosomal DIRS-1 intermediates are likely incomplete cDNA molecules generated by the DIRS-1 encoded reverse transcriptase. One could hypothesize that virus like particles (VLPs) are the places of DIRS-1 cDNA synthesis. At least, DIRS-1 GAG proteins interact and fluorescence microscopy studies showed that they localize in distinct cytoplasmic foci which accumulate in close proximity to the nuclei.

Identifying the factors governing attitude towards the e-Agriservice among dairy farmers in Maharashtra, India

Information and communication technology (ICT) projects have a great potential to revolutionise the information delivery system by bridging the gap between farmers and extension personnel. aAQUA (Almost All Questions Answered) portal was launched by the Developmental Informatics Laboratory (DIL) at Indian Institute of Technology (IIT) Mumbai, Maharashtra, India in 2003 as an information providing system to deliver technology options and tailored information for the problems and queries raised by Indian dairy farmers. To measure the effectiveness of this service the attitudinal dimensions of the users of aAQUA e-Agriservice were investigated using a 22 item scale. A simple random sampling technique was used to select 120 dairy farmers from which data were collected and subjected to factor analysis to identify the underlying constructs in this research. From the attitude items, four components were extracted and named as the pessimistic, utility, technical and efficacy perspective, which influenced the development of varied level of attitudinal inclination towards the e-Agriservice. These components explained 64.40 per cent of variation in the attitude of the users towards the aAQUA e-Agriservice. This study provides a framework for technically efficient service provision that might help to reduce the pessimistic attitude of target population to adopt e-Agriservice in their farming system. The results should also be helpful for researchers, academics, ICT based service providers and policy makers to consider these perspectives while planning and implementing ICT projects.

Structural insights into the allosteric activation mechanism of cGMP-dependent protein kinase I

Cyclic GMP-dependent protein kinase (PKG) is a key transducer in the NO-cGMP signaling pathway. In this line, PKG has been considered an important drug target for treating hypertensive cardiovascular and pulmonary diseases. However, the investigation of PKG’s allosteric activation mechanism has been hampered by a lack of structural information. One of the fundamental questions on the cGMP-dependent activation of PKG is how the enzyme can distinguish cGMP over cAMP and selectively respond to cGMP. To ensure proper signaling, PKG must have developed unique features to ensure its activation upon the right activation signal. In this thesis, the cGMP-selective activation mechanism of PKG was studied through determining crystal structures of three truncated constructs of the regulatory domain [CNB-A (92-227), CNB-B (271-369), and CNB-A/B (92-351)] of PKG Iβ in the absence or presence of cyclic nucleotides. Herein, two individual CNB domain structures with biochemical data revealed that the C-terminal CNB domain (CNB-B) is responsible for cGMP selectivity, while the N-terminal CNB-domain (CNB-A) has a higher binding affinity for both cGMP and cAMP without showing any selectivity. Based on these crystal structures, mutagenesis studies were performed in which the critical residues for cyclic nucleotide selectivity and activation were identified. Furthermore, we discovered that the conformational changes of the C-terminal helix of the CNB-B that bridges between the regulatory and catalytic domains including the hydrophobic capping interaction are crucial for PKG activation. In addition, to observe the global conformation of the activated R-domain, I solved a co-crystal structure of the CNB-A/B with cGMP. Although a monomeric construct was crystallized, the structure displays a dimer. Strikingly, the CNB-A domain and its bound cGMP provide a key interface for this dimeric interaction. Using small angle X-ray scattering (SAXS), the existence of the cGMP-mediated dimeric interface within the CNB domains was confirmed. Furthermore, measuring cGMP-binding affinities (EC50) of the dimeric interface mutants as well as determining activation constants (Ka) revealed that the interface formation is important for PKG activation. To conclude, this thesis study provides a new mechanistic insight in PKG activation along with a newly found interface that can be targeted for designing PKG-specific activity modulators.

A Distributed Model for Mobile Robot Environment-Learning and Navigation

A distributed method for mobile robot navigation, spatial learning, and path planning is presented. It is implemented on a sonar-based physical robot, Toto, consisting of three competence layers: 1) Low-level navigation: a collection of reflex-like rules resulting in emergent boundary-tracing. 2) Landmark detection: dynamically extracts landmarks from the robot's motion. 3) Map learning: constructs a distributed map of landmarks. The parallel implementation allows for localization in constant time. Spreading of activation computes both topological and physical shortest paths in linear time. The main issues addressed are: distributed, procedural, and qualitative representation and computation, emergent behaviors, dynamic landmarks, minimized communication.

Taming Chaotic Circuits

Control algorithms that exploit chaotic behavior can vastly improve the performance of many practical and useful systems. The program Perfect Moment is built around a collection of such techniques. It autonomously explores a dynamical system's behavior, using rules embodying theorems and definitions from nonlinear dynamics to zero in on interesting and useful parameter ranges and state-space regions. It then constructs a reference trajectory based on that information and causes the system to follow it. This program and its results are illustrated with several examples, among them the phase-locked loop, where sections of chaotic attractors are used to increase the capture range of the circuit.

Augmented state Kalman filtering for AUV navigation

Addresses the problem of estimating the motion of an autonomous underwater vehicle (AUV), while it constructs a visual map ("mosaic" image) of the ocean floor. The vehicle is equipped with a down-looking camera which is used to compute its motion with respect to the seafloor. As the mosaic increases in size, a systematic bias is introduced in the alignment of the images which form the mosaic. Therefore, this accumulative error produces a drift in the estimation of the position of the vehicle. When the arbitrary trajectory of the AUV crosses over itself, it is possible to reduce this propagation of image alignment errors within the mosaic. A Kalman filter with augmented state is proposed to optimally estimate both the visual map and the vehicle position

Tamizaje neonatal para fibrosis quística en una muestra de la ciudad de Bogotá

La Fibrosis Quística es la enfermedad autosómica recesiva mas frecuente en caucásicos. En Colombia no se conoce la incidencia de la enfermedad, pero investigaciones del grupo de la Universidad del Rosario indican que podría ser relativamente alta. Objetivo: Determinar la incidencia de afectados por Fibrosis Quística en una muestra de recién nacidos de la ciudad de Bogotá. Metodología: Se analizan 8.297 muestras de sangre de cordón umbilical y se comparan tres protocolos de tamizaje neonatal: TIR/TIR, TIR/DNA y TIR/DNA/TIR. Resultados: El presente trabajo muestra una incidencia de 1 en 8.297 afectados en la muestra analizada. Conclusiones: Dada la relativamente alta incidencia demostrada en Bogotá, se justifica la implementación de Tamizaje Neonatal para Fibrosis Quística en Colombia.

La sabiduría como competencia gerencial

Aunque el concepto de sabiduría ha sido ampliamente estudiado por expertos de áreas como la filosofía, la religión y la psicología, aún enfrenta limitaciones en cuanto a su definición y evaluación. Por esto, el presente trabajo tiene como objetivo, formular una definición del concepto de sabiduría que permita realizar una propuesta de evaluación del concepto como competencia en los gerentes. Para esto, se realizó un análisis documental de tipo cualitativo. De esta manera, se analizaron diversos textos sobre la historia, las definiciones y las metodologías para evaluar tanto la sabiduría como las competencias; diferenciando la sabiduría de otros constructos y analizando la diferencia entre las competencias generales y las gerenciales para posteriormente, definir la sabiduría como una competencia gerencial. Como resultado de este análisis se generó un prototipo de prueba denominado SAPIENS-O, a través del cuál se busca evaluar la sabiduría como competencia gerencial. Como alcances del instrumento se pueden identificar la posibilidad de medir la sabiduría como competencia en los gerentes, la posibilidad de dar un nuevo panorama a las dificultades teóricas y empíricas sobre la sabiduría y la posibilidad de facilitar el estudio de la sabiduría en ambientes reales, más específicamente en ambientes organizacionales.

Factores asociados a calidad de vida en pacientes de hemodiálisis incidentes y prevalentes

Introducción: la insuficiencia renal crónica IRC ha aumentado su prevalencia en los últimos años pasando de 44.7 pacientes por millón en 1993 a 538.46 pacientes por millón en 2010, los pacientes quienes reciben terapia de remplazo renal hemodiálisis en Colombia cada vez tienen una mayor sobrevida. El incremento de los pacientes y el incremento de la sobrevida nos enfocan a mejorar la calidad de vida de los años de diálisis. Metodología: se comparó la calidad de vida por medio del SF-36 en 154 pacientes con IRC estadio terminal en manejo con hemodiálisis, 77 pacientes incidentes y 77 pacientes prevalentes, pertenecientes a una unidad renal en Bogotá, Colombia. Resultados: se encontró una disminución de la calidad de vida en los componentes físicos (PCS) y metales (MCS) de los pacientes de hemodiálisis en ambos grupos. En el modelo de regresión logística la incapacidad laboral (p=0.05), el uso de catéter (p= 0,000), el bajo índice de masa corporal (p=0.021), la hipoalbuminemia (p=0,033) y la anemia (p=0,001) fueron factores determinantes en un 78,9% de baja calidad de vida de PCS en los pacientes incidentes con respecto a los prevalentes. En el MCS de los pacientes incidentes vs. Prevalentes se encontró la hipoalbuminemia (p=0.007), la anemia (p=0.001) y el acceso por catéter (p=0.001) como factores determinantes en un 70.6% de bajo MCS Conclusiones: la calidad de vida de los pacientes de diálisis se encuentra afectada con mayor repercusión en el grupo de los pacientes incidentes, se debe mejorar los aspectos nutricionales, hematológicos y de acceso vascular en este grupo.

Los horarios laborales y su influencia en la percepción del equilibro trabajo-familia

Conciliar el trabajo y la familia es una lucha cotidiana que cada persona realiza para satisfacer las exigencias de ambas dimensiones de su vida. El no tener consciencia del problema que surge en el empleado para lograr esta conciliación y la ausencia de soluciones eficaces a éste, no sólo afecta a la organización a través de la baja productividad, el absentismo, el aumento del estrés, entre otros efectos; sino también a la vida familiar, social, física y psicológica del trabajador. Es por ello, que este proyecto de grado busca a partir de la revisión de la literatura mostrar cómo la percepción que tienen los trabajadores de su equilibrio trabajo-familia, se ve influenciada por un factor organizativo, como lo son los turnos laborales; además evidenciar las soluciones que se han implementado en las diferentes empresas de manera exitósa, para finalmente plantear estrategias que se puedan aplicar en las organizaciones facilitando el equilibrio trabajo-familia de los trabajadores.

Capacidades dinámicas; la fuente de sostenibilidad ante el cambio

Las capacidades dinámicas constituyen un aporte importante a la estrategia empresarial. De acuerdo con esta premisa se desarrolla el siguiente documento, al reconocer que la generación de competencias se consolida como la base teórica para el logro de sostenibilidad ante eventos de cambio que puedan afectar la estabilidad y la toma de decisiones de las organizaciones. Dada la falta de aplicación empírica del concepto se ha elaborado este paper, en el que se demuestran e identifican las herramientas que la aplicación empiríca puede dar a las organizaciones y los instrumentos que proveen para la generación de valor. A través del caso de estudio ASOS.COM se ejemplifica la necesidad de detección y aprovechamiento de oportunidades y amenazas, así como la reconfiguración, renovación y generación de competencias de segundo orden para enfrentar el cambio. De esta manera por medio de las habilidades creadas al interior de las empresas con enfoque en el aprendizaje e innovación se logra la comprensión del negocio y el afianzamiento de mejores escenarios futuros.

Condiciones asistenciales y administrativas que potencialmente influirían en la satisfacción del cliente interno y externo de un servicio de salud: Implicaciones para la gestión operacional

Calidad en salud y Satisfacción en salud son dos fenómenos de naturaleza distinta, sin embargo la literatura reporta que en las mediciones de ambas parecen evaluarse factores similares en la prestación de los servicios de salud. La calidad en salud hace referencia a las ¨creencias que como forma de la percepción forman parte de la cognición mientras que la satisfacción concebida como un juicio de valor positivo o negativo que construye el sujeto que ha recibido el servicio de acuerdo al cumplimiento de sus expectativas, es considerada uno de los principales objetivos de la calidad de atención en salud y un indicador del óptimo funcionamiento de las instituciones hospitalarias, así entonces, el objetivo de este estudio fue determinar cuáles son las características asistenciales y administrativas que potencialmente influirían en la valoración de la satisfacción del usuario y funcionario frente a la atención en los servicios de salud del Hospital Municipal del Guamo-Tolima, mediante la identificación, medición y descripción de las mismas .Los resultados del estudio obtenidos a partir de la comparación de medias de cada uno de los ítems evaluados, y de la diferencia significativa de medias, mostraron que existen diferencias significativas entre la importancia asignada por los usuarios frente a la asignada por los funcionarios.

Liderazgo, poder y calidad de vida profesional en un contexto hospitalario

El propósito de este estudio es describir la relación entre los estilos de liderazgo, la percepción que tiene el personal asistencial en relación con las tácticas de influencia y la percepción de la calidad de vida profesional de los trabajadores de un hospital de cuarto nivel de la ciudad de Bogotá. Para ello, se utilizaron tres instrumentos: MLQ -5X, IBQ y CVP35 respectivamente. Se encontraron relaciones positivas entre dos componentes de la calidad de vida profesional, asociaciones fuertes entre las tácticas de influencia que se caracterizan por basarse en el conocimiento como mediador en el trabajo y, en relación con los estilos de liderazgo, las tácticas de legitimación y presión se relacionan con el estilo transaccional.

Should rituximab be considered as the first-choice treatment for severe autoimmune rheumatic diseases?

The present study aimed to assess the tolerance and efficacy of rituximab (RTX), a chimeric IgG1 monoclonal antibody directed against the CD20 receptor present in B lymphocytes, in patients with autoimmune rheumatic diseases (AIRD). For this purpose, patients treated with RTX and their respective clinical charts were comprehensively examined. Indications for treatment were a refractory character of the disease, inefficacy or intolerance of other immunosuppressors. Activity indexes (SLEDAI, DAS28, and specific clinical manifestations) were used to evaluate efficacy. Serious side effects were also recorded. Seventy-four patients were included. Forty-three patients had systemic lupus erythematosus (SLE), 21 had rheumatoid arthritis (RA), 8 had Sjögren’s syndrome (SS), and 2 had Takayasu’s arteritis (TA). RTX was well-tolerated in 66 (89%) patients. In 8 patients (SLE = 3, SS = 3, RA = 2), serious side effects lead to discontinuation. The mean follow-up period was 12 ± 7.8 (2–35) months. The efficacy of RTX was registered in 58/66 (87%) patients, of whom 36 (83%) had SLE, 18/21 (85%) had RA, 3/8 (37%) had SS, and 1 had TA. The mean time of efficacy was 6.3 ± 5.1 weeks. A significant steroid-sparing effect was noticed in half of the patients. These results add further evidence for the use of RTX in AIRD. Based on its risk–benefit ratio, RTX might be used as the first-choice treatment for patients with severe AIRD.

Factores psicológicos asociados al desempeño académico en los cursos universitarios de estadística: diferencias por sexo y área de titulación

Se examinaron factores auto-perceptivos (autoconcepto,autoeficacia) y actitudinales referentes a la estadísticapara determinar si las interacciones entre el perfil autoperceptivo/actitudinal del estudiante, el sexo y el área detitulación se asocian con el rendimiento académico y laansiedad estadística. En una muestra de estudiantes universitarioscolombianos (178 mujeres, 154 hombres), losanálisis de conglomerados revelaron dos perfiles autoperceptivos/actitudinales significativamente distintos,según los niveles bajos (perfil-1) o altos (perfil-2) en lasvariables de agrupación (autoconcepto, autoeficacia yactitudes hacia la estadística). Los análisis de varianzay de covarianza mostraron que el perfil auto-perceptivo/actitudinal de los estudiantes tiene un efecto significativoen el rendimiento y la ansiedad estadística, que varía porsexo y área de titulación. Los hallazgos contrastan conlos de otros estudios que examinan los mismos constructosseparadamente.