Mean Squared Residue Based Biclustering Algorithms for the Analysis of Gene Expression Data

Computational Biology is the research are that contributes to the analysis of biological data through the development of algorithms which will address significant research problems.The data from molecular biology includes DNA,RNA ,Protein and Gene expression data.Gene Expression Data provides the expression level of genes under different conditions.Gene expression is the process of transcribing the DNA sequence of a gene into mRNA sequences which in turn are later translated into proteins.The number of copies of mRNA produced is called the expression level of a gene.Gene expression data is organized in the form of a matrix. Rows in the matrix represent genes and columns in the matrix represent experimental conditions.Experimental conditions can be different tissue types or time points.Entries in the gene expression matrix are real values.Through the analysis of gene expression data it is possible to determine the behavioral patterns of genes such as similarity of their behavior,nature of their interaction,their respective contribution to the same pathways and so on. Similar expression patterns are exhibited by the genes participating in the same biological process.These patterns have immense relevance and application in bioinformatics and clinical research.Theses patterns are used in the medical domain for aid in more accurate diagnosis,prognosis,treatment planning.drug discovery and protein network analysis.To identify various patterns from gene expression data,data mining techniques are essential.Clustering is an important data mining technique for the analysis of gene expression data.To overcome the problems associated with clustering,biclustering is introduced.Biclustering refers to simultaneous clustering of both rows and columns of a data matrix. Clustering is a global whereas biclustering is a local model.Discovering local expression patterns is essential for identfying many genetic pathways that are not apparent otherwise.It is therefore necessary to move beyond the clustering paradigm towards developing approaches which are capable of discovering local patterns in gene expression data.A biclusters is a submatrix of the gene expression data matrix.The rows and columns in the submatrix need not be contiguous as in the gene expression data matrix.Biclusters are not disjoint.Computation of biclusters is costly because one will have to consider all the combinations of columans and rows in order to find out all the biclusters.The search space for the biclustering problem is 2 m+n where m and n are the number of genes and conditions respectively.Usually m+n is more than 3000.The biclustering problem is NP-hard.Biclustering is a powerful analytical tool for the biologist.The research reported in this thesis addresses the problem of biclustering.Ten algorithms are developed for the identification of coherent biclusters from gene expression data.All these algorithms are making use of a measure called mean squared residue to search for biclusters.The objective here is to identify the biclusters of maximum size with the mean squared residue lower than a given threshold. All these algorithms begin the search from tightly coregulated submatrices called the seeds.These seeds are generated by K-Means clustering algorithm.The algorithms developed can be classified as constraint based,greedy and metaheuristic.Constarint based algorithms uses one or more of the various constaints namely the MSR threshold and the MSR difference threshold.The greedy approach makes a locally optimal choice at each stage with the objective of finding the global optimum.In metaheuristic approaches particle Swarm Optimization(PSO) and variants of Greedy Randomized Adaptive Search Procedure(GRASP) are used for the identification of biclusters.These algorithms are implemented on the Yeast and Lymphoma datasets.Biologically relevant and statistically significant biclusters are identified by all these algorithms which are validated by Gene Ontology database.All these algorithms are compared with some other biclustering algorithms.Algorithms developed in this work overcome some of the problems associated with the already existing algorithms.With the help of some of the algorithms which are developed in this work biclusters with very high row variance,which is higher than the row variance of any other algorithm using mean squared residue, are identified from both Yeast and Lymphoma data sets.Such biclusters which make significant change in the expression level are highly relevant biologically.

Role of academic bodies with special references to the academic programmes in the universities in Kerala

This makes a thorough study of Role of Academic Bodies with Special Reference to the Academic Programmes in the Universities in Kerala. The present study has dealt with the constitution, powers and functions of the authorities of the universities in Kerala, especially the academic bodies which have well-defined powers and function. This thesis gives in detail the role and functions of the academic bodies in the four universities in Kerala, under study: and examines the role-effectiveness of these bodies. To sum up, it can be concluded that the academic bodies in the universities in Kerala do not function as effectively as envisaged in the laws of the universities. They have a maintenance-oriented approach rather than a dynamic one, without thinking in terms of introducing innovations. They need improvement in the various aspects of their constitution, selection of members and their mode of functioning

Wastewater Treatment Project for Palma Soriano, Cuba: Assessment of Cultural and Ecological Conditions

The Palma Project is an experiment in the use of cultural identity as a social trigger to address ecological degradation. The research methodology draws from environmental, social and urban analyses to unveil the best strategy to address the ecological, river restoration and water treatment challenges in Berkeley, California’s “Sister City” in southeast Cuba, Palma Soriano. The objective is to provide a better quality of life and to create new opportunities for the local community to reconnect with natural cycles of water and the cultivation of their own land. The project aim is to promote the strength and capacity of local communities to protect their own environment based upon a master plan, which includes natural wastewater treatment, reforestation, urban agriculture and the facilitation and utilization of a public space bordering the major river which flows by Palma Soriano, the Cauto. This project will contribute and produce healthy water recycling for Palma, provide a potable water source for the city, encourage ecological restoration of the riparian zone of the Cauto, and provide new opportunities for food production. It is designed to preserve the cultural identity of the local community, and to restore the essential balance between the community’s need to sustain both itself and the natural environment.

La Nueva Era : mercado y crisis de sentido. Estudio exploratorio realizado en Bogotá

Es una investigación pionera que pretende comprender el desarrollo del fenómeno social Nueva Era en Bogotá, por ello el objetivo de este estudio es indagar sobre los motivos que tiene los bogotanos para consumir productos y servicios de la Nueva Era. A partir de una metodología de investigación cualitativa donde se utilizaron técnicas de recolección tales como: la entrevista semi-estructurada, el cuestionario y la observación participante donde las unidades de análisis fueron los propietarios y consumidores de tres centros calificados Nueva Era que fueron, Serviteca del Alma, Centro Unifinismo, Wahikarie de Colombia E.U, se logro corroborar la hipótesis que el capitalismo informacional con su economía de mercado y la globalización que han generado una sociedad de red, ha desatado una crisis de sentido en los individuos, el llamado mercado “Nueva Era” es una alternativa para resolver dicha problemática.

Trauma abdominal penetrante: Revision sistematica de la literatura

Introducción El manejo de las heridas abdominales penetrantes ha variado en los últimos 30 años, la laparotomía mandatoria es la conducta más usada en el Hospital Occidente De Kennedy a pesar presentar complicaciones y aumentar las tasas de morbimortalidad. Existen diferentes conductas selectivas del trauma abdominal penetrante como son: valoraciones físicas seriadas, ultrasonografía, laparoscopia, TAC de triple contraste y lavado peritoneal; sin embargo no se ha definido cuál de estos métodos es el más eficiente para el diagnóstico. El objetivo es determinar cual es el método diagnostico más efectivo para evaluar el trauma abdominal penetrante dependiendo del sitio topográfico de la lesión. Métodos: Revisión sistemática de la literatura en revistas indexadas a nivel mundial y literatura gris colombiana. Se escogieron artículos entre 1990 y 2010 que suministraran la mejor evidencia. Se evaluó su calidad metodológica de acuerdo a las recomendaciones desarrolladas por la Asociación Médica Americana en JAMA 1993. Adicionalmente se utilizó el SCORE de calidad metodológico publicado en la revista Chilena de Cirugía 2003. Los estudios incluidos fueron organizados en una tabla de evidencia donde se tuvo en cuenta los siguientes puntos: fecha de publicación, revista, autor, nivel de evidencia y desenlace principal. Resultados: En total se encontraron 98 artículos, según los criterios de elegibilidad se seleccionaron 57 y se adiciono 2 guías de manejo clínico. A pesar de la heterogeneidad de los estudios se encontró concordancia en 17 artículos en cuanto la disminución de complicaciones, tiempo de estancia hospitalaria y disminución de laparotomías negativas con el uso de la TAC de triple contraste y la laparoscopia diagnostica. Conclusión: No existe un juicio para determinar que metodología diagnóstica es la más eficiente en el manejo conservador, pero resulta evidente que la tendencia actual del manejo del trauma abdominal está dirigida a seleccionar y a enfocar al paciente de forma individual. Las alternativas más efectivas hasta el momento ha considerar son la TAC de triple contraste y la laparoscopia diagnostica en las heridas en flancos, dorso y región toracoabdominal respectivamente.

Adherencia a criterios de pertinencia de revascularización coronaria del colegio americano de cardiología, servicio de hemodinamia Fundación Cardioinfantil- Bogotá 2011

Titulo: Adherencia a criterios de pertinencia de revascularización coronaria del colegio americano de cardiología 2009, en el servicio de hemodinámica de la fundación cardioinfantil Bogotá 2011. Introducción: La enfermedad cardiovascular es la principal causa de morbimortalidad a nivel mundial, teniendo mayor prevalencia enfermedad coronaria. Existen guías especificas para el manejo de esta enfermedad sin embargo su aplicación se entorpece por factores diversos. Este estudio quiere evaluar la adherencia, en el laboratorio de hemodinamia de la Fundación Cardioinfantil, a las guías de pertinencia de intervencionismo coronario de la ACCF (American college of cardiology foundation). Objetivo General: Evaluar el nivel de adherencia a criterios de pertinencia de revascularización coronaria del colegio americano de cardiología 2009, en el servicio de hemodinámia de la fundación cardioinfantil Bogotá 2011. Métodos: Se revisaron 200 historias clínicas pacientes con diagnóstico de síndrome coronario agudo, llevados a intervención coronaria, según características de pacientes , intervención, y nivel de adherencia se clasifico la intervención como apropiada, incierta e inadecuada . Resultados: De la población analizada, el 71% (n=142) de las intervenciones fueron clasificados como apropiadas, 20% (N=40) como inapropiadas y 8,5% (n=17) como inciertas. Los desenlaces y complicaciones no tuvieron asociación estadísticamente significativa (p> 0,005) con la adherencia a los criterios de pertinencia. Conclusiones: Respecto a la literatura existente el número de intervenciones inapropiadas es mayor en la FCI, comparado con estudios practicados en América Latina y Norte América, sin embargo una adherencia del 80 %, ubica a esta institución en un adecuado nivel de adherencia.

La tecnología del hidrógeno, una oportunidad estratégica para la perdurabilidad del sector energético en Colombia

El incremento de la actividad humana en el último siglo y el desarrollo de tecnologías ligadas con el petróleo como vector energético, han generado efectos medioambientales adversos que aunados con las limitadas reservas mundiales de crudo y su estrecha relación con el crecimiento económico mundial ha generado presiones economías, políticas y sociales en todos los países. Esta situación ha dinamizado la investigación y desarrollo de nuevas tecnologías basadas en el hidrogeno como un nuevo vector energético tecnológicamente compatible que permita la portabilidad de energía con el menor impacto ambiental y económico a la luz de la prospectiva de consumo y la perdurabilidad energética. Este trabajo identifica las experiencias más relevantes respecto a la tecnología del hidrogeno a nivel mundial con el fin de consolidar un plan estratégico para la incorporación del hidrógeno como vector energético al portafolio productivo colombiano mediante la aplicación de un modelo que permite el análisis del nivel de integración de los sectores educativo, empresarial y gubernamental, teniendo como base los resultados del análisis estructural y análisis de actores.

Un intento de disolución al problema de Gettier

Esta monografía cuestiona la validez de la crítica de Gettier a la suficiencia de lo que ha sido conocido como el análisis “tradicional” del conocimiento. Este análisis establece el conocimiento como creencia, verdadera justificada. Gettier en su famoso artículo "Is Justified True Belief Knowledge?" Propone una serie de contraejemplos que parecen cumplir con las tres condiciones recién establecidas, pero no puede ser considerado conocimiento. La monografía explora dos estrategias principales para responderle a Gettier: por un lado, me pregunto sí los contraejemplos realmente cumplen con las tres condiciones. Yo argumento que los contraejemplos de Gettier son imperfectos en cuanto a que no pueden cumplir con la condición de creencia; y si esto es así los contraejemplos no serían una amenaza al análisis “tradicional” del conocimiento ni tampoco serían una prueba de su insuficiencia. Por otro lado, si uno pudiera aceptar la validez de los contraejemplos uno podría aun cuestionar su relevancia. Esto es lo que pretendo hacer en la segunda parte de este trabajo. Intento mostrar que una solución al problema de Gettier no mejora para nada nuestra investigación metodológica, ni cambia de ninguna manera la forma en que nosotros adquirimos nuestras creencias y nuestro conocimiento en general. Por lo tanto, los contraejemplos de Gettier aun si pudieran funcionar correctamente (lo cual defiendo en la primera parte de la monografía que no es así) son irrelevantes y no son una amenaza real al análisis “tradicional” del conocimiento. La monografía se propone, entonces, efectuar una disolución más que una solución al problema de Gettier.

Evaluación del Rocuronio Mediante Aceleromiografía en Pacientes con Sobrepeso u Obesidad

Introducción El rocuronio es un relajante muscular utilizado en la práctica anestésica diaria en la que la dosis depende del peso corporal. Se ha demostrado que en el paciente obeso se debe calcular en base a el peso ideal y no al peso real; sin embargo, no hay claridad de como esto modifica el tiempo de latencia y recuperación del medicamento en esta población. Metodología Se realizó un estudio observacional prospectivo para evaluar los resultados de la aceleromiografía en pacientes con sobrepeso u obesidad comparados con pacientes con IMC normal. Los desenlaces fueron tiempo de latencia, tiempo duración 25 y tiempo de recuperación de la función neuromuscular. Resultados Se incluyeron 40 pacientes por medio de muestreo por conveniencia con una relación de 1:1 según peso corporal. No hubo diferencias significativas en las condiciones de la población a diferencia de la clasificación de ASA y el IMC (p=0,03). En el tiempo de latencia no hubo diferencias significativas (p=0.31) ni en el tiempo duración 25, y al evaluar los tiempos de recuperación del bloqueo neuromuscular se encontró una diferencia significativa en los pacientes con sobrepeso (p=0.01). Ningún paciente requirió reversión farmacológica del rocuronio. Discusión Se puede afirmar que existe una disminución en la duración de acción del rocuronio en pacientes con IMC elevado, significativamente menor a la descrita en la literatura para las dosis aplicadas. La dosificación basada en peso ideal puede realmente ser insuficiente en el paciente con sobrepeso u obesidad para alcanzar la duración clínica de este medicamento.

Plan de mercadeo para el lanzamiento de la marca Coppertone® en Colombia

Las razones que motivan la realización de este trabajo de investigación radican en que los productos de filtración y protección solar ocupan una alta demanda en Colombia gracias a su posición geográfica y condición climática, lo que hace que sean de consumo masivo gracias a que abastecen necesidades tanto al nivel de salud como estético en personas de todas las edades. A pesar de que se reconoce que la marca a introducir en el mercado colombiano -Coppertone®- cuenta con una trayectoria de más de 60 años en el mercado internacional, y que además su primer producto fue el primer protector solar en el mercado, resulta necesario realizar un estudio y caracterización al nivel nacional, de manera que permita reconocer los distintos agentes que participan en el mismo, las oportunidades, amenazas, alternativas y mecanismos de comercialización con los cuales MSD puede contar y debe tener en cuenta a la hora de introducir en Colombia dicha marca.

Caracterización de los pacientes críticos ventilados en la Fundación Santa Fe de Bogotá 2009 a 2013

Objetivo: Caracterizar a los pacientes que recibieron ventilación mecánica en las unidades de cuidado intensivo (UCI) de la Fundación Santa Fe de Bogotá entre los años 2009 y 2013. Metodología: Se analizó una cohorte retrospectiva de los pacientes en UCI que requirieron soporte ventilatorio mecánico al ingreso a la unidad independientemente de la causa. Resultados: La media de edad de los pacientes fue 63,83 años; el diagnóstico más frecuente de ingreso fue revascularización miocárdica, seguido por neumonía y recambio valvular aórtico; en el 43% de los casos la causa de la falla fue el estado postoperatorio. Los modos ventilatorios más frecuentemente utilizados fueron SIMV (27,5%) y ventilación asistida controlada (26,12%). El 50% de los pacientes fueron ventilados con PEEP < 6 cmH2O. La mortalidad bruta fue del 15%. 22% de los pacientes tuvieron estancia prolongada en UCI. Se aplicó protocolo de retiro de ventilación mecánica en el 77% de los pacientes. La duración de la ventilación mecánica es mayor a medida que aumenta la edad del paciente entre los 60 y los 80 años. La mortalidad es cercana al 50% alrededor de los 50 años y mayor a 80% después de los 80 años. El soporte ventilatorio por cinco o más días aumentó la mortalidad a 80% o más. Discusión y Conclusiones: Estos resultados son comparables a los encontrados en estudios previos. Este estudio puede ser considerado como el primer paso para generar un registro adecuado de la ventilación de la mecánica de las unidades de cuidado intensivo del país.

Sugammadex versus neostigmina en la reversión de la relajación neuromuscular en neurocirugía. Experimento clínico. Reporte preliminar

Existen grupos quirúrgicos específicos donde es mandatorio el uso de relajantes neuromusculares no despolarizantes, como es el caso de los pacientes llevados a procedimiento de neurocirugía; debido a sus características particulares el rocuronio es una buena alternativa para este tipo de procedimientos, ya sea en bolos o en infusión. Sin embargo la relajación residual y los efectos adversos de los medicamentos para revertir la relajación neuromuscular deben tenerse en cuenta en este grupo de pacientes en particular. El presente trabajo busca comparar la reversión de la relajación de infusiones de rocuronio, con Neostigmina mas Atropina vs la reversión con Sugammadex en pacientes llevados a manejo quirúrgico de lesiones supratentoriales por parte del servicio de neurocirugía de la Fundación Cardioinfantil, evaluando complicaciones durante la administración de los medicamentos y 24 horas posoperatorias, así como los tiempos para extubación y salida de salas de cirugía. Estudio con características de experimento prospectivo, aleatorizado, ciego, controlado. En este documento se realiza un reporte preliminar descriptivo de 14 pacientes reclutados hasta la actualidad.

Revisión sistemática de la literatura para el manejo de dolor central en esclerosis múltiple

El dolor es un síntoma muy común en pacientes con Esclerosis Múltiple, pues del 42 al 65% de los enfermos lo presentan, y es calificado como el síntoma más severo entre el 8 y el 32%. Todos los síndromes dolorosos centrales se presentan por lesión o disfunción del sistema nervioso central, causando discapacidad severa y deterioro de la calidad de vida de los pacientes.

Cambios maculares y de capa de fibras nerviosas ganglionares posterior a la vitrectomía pars plana y sus factores pronósticos en la fundación oftalmológica nacional

OBJETIVOS: Determinar los factores pronóstico, cambios maculares morfológicos y de capa de fibras nerviosas ganglionares posterior a vitrectomía pars plana, en la Fundación Oftalmológica Nacional. MATERIALES Y MÉTODOS: Estudio longitudinal de antes y después (3y6 meses) de la vitrectomía pars plana (VPP) en pacientes con membrana epirretiniana, agujero macular, síndrome de tracción vítreo macular y opacidades vítreas no-inflamatorias. Se realizó seguimiento clínico y con tomografía de coherencia óptica. RESULTADOS: Grupo de 60 pacientes (mujeres 65.0%), edad promedio 65.45+9.49años y tiempo de enfermedad promedio 23+29.79meses. Las indicaciones de VPP (n=60ojos) fueron agujero macular (38.3%) y membrana epirretiniana (36.7%). Se encontró diferencia significativa entre grosor del complejo capa de células ganglionares (CCG)+capa plexiforme interna (CPI) inicial y 3 meses (p=0.039), correlación entre grosor del complejo CCG+CPI al tercer y sexto mes (r=0.704,p<0.001) y grosor del complejo CCG+CPI al tercer mes con grosor foveal central (CFT) al tercer y sexto mes (r=–0.594,p<0.001 y r=–0.595,p=0.001). Mayores de 65años tenían menor grosor de CFNG a 6meses (r=-0.528,p=0.007). El grosor de CFNG promedio y la presencia de la zona elipsoide inicial fueron factores pronósticos de buena agudeza visual al tercer mes de VPP (r2=0.414,p=0.018, y r2=0.414,p=0.010). CONCLUSIÓN: El grosor de CFNG y la presencia de la zona elipsoide inicial tienen alta capacidad predictiva de buena agudeza visual al tercer mes de VPP, y, correlación inversa entre grosor del complejo CCG+CPI con CFT al tercer y sexto mes de VPP.

Estudio sobre el impacto de las TIC en estudiantes y profesores de la Universidad del Rosario

Se evalúa la percepción de los estudiantes y profesores de la Universidad del Rosario sobre el uso de las TIC dentro del espacio educativo de la Universidad. Evaluando aspectos como conectividad, infraestructura, competencias generales, uso de las herramientas tecnológicas en la aulas de clase entre otros.