Habitat shifts: an experimental study on disappearing canopies of Cystoseira barbata (Stackhouse) C. Agard and the habitat replacing them

Cambiamenti di habitat in ambienti marini: uno studio sperimentale sulla perdita di foreste a Cystoseira barbata (Stackhouse) C. Agardh e sui popolamenti che le sostituiscono La presente tesi affronta il tema scientifico generale di come prevedere e mitigare la perdita di habitat marini naturali causata dalle attività umane. La tesi si è focalizzata sugli habitat subtidali a “canopy” formati da macroalghe brune a tallo eretto dell’ordine Fucales, che per morfologia, ruolo ed importanza ecologica possono essere paragonate alle “foreste” in ambienti terrestri temperati. Questi sistemi sono tra i più produttivi in ambienti marini, e sono coinvolti in importanti processi ecologici, offrendo cibo, protezione, riparo ed ancoraggio a diverse altre specie animali e vegetali, modificando i gradienti naturali di luce, sedimentazione e idrodinamismo, e partecipando al ciclo dei nutrienti. Sulle coste temperate di tutto il mondo, le foreste di macroalghe a canopy sono in forte regressione su scala locale, regionale e globale. Questo fenomeno, che sta accelerando a un ritmo sempre più allarmante, sta sollevando interesse e preoccupazione. Infatti, data la loro importanza, la perdita di questi habitat può avere importanti conseguenze ecologiche ed economiche, tra cui anche il possibile declino della pesca che è stato osservato in alcune aree in seguito alla conseguente riduzione della produttività complessiva dei sistemi marini costieri. Nel Mar Mediterraneo questi tipi di habitat sono originati prevalentemente da alghe appartenenti al genere Cystoseira, che sono segnalate in forte regressione in molte regioni. Gli habitat a Cystoseira che ancora persistono continuano ad essere minacciati da una sineregia di impatti antropici, ed i benefici complessivi delle misure di protezione fin ora attuate sono relativamente scarsi. Scopo della presente tesi era quello di documentare la perdita di habitat a Cystoseira (prevalentemente Cystoseira barbata (Stackhouse) C. Agardh) lungo le coste del Monte Conero (Mar Adriatico centrale, Italia), e chiarire alcuni dei possibili meccanismi alla base di tale perdita. Studi precedentemente condotti nell’area di studio avevano evidenziato importanti cambiamenti nella composizione floristica e della distribuzione di habitat a Cystoseira in quest’area, e avevano suggerito che la scarsa capacità di recupero di questi sistemi potesse essere regolata da interazioni tra Cystoseira e le nuove specie dominanti sui substrati lasciati liberi dalla perdita di Cystoseira. Attraverso ripetute mappature dell’habitat condotte a partire da Luglio 2008 fino a Giugno 2010, ho documentato la perdita progressiva delle poche, e sempre più frammentate, patch di habitat originate da questa specie in due siti chiamati La Vela e Due Sorelle. Attraverso successivi esperimenti, ho poi evidenziato le interazioni ecologiche tra le specie dominanti coinvolte in questi cambiamenti di habitat, al fine di identificare possibili meccanismi di feedback che possano facilitare la persistenza di ciascun habitat o, viceversa, l’insediamento di habitat alternativi. La mappatura dell’habitat ha mostrato un chiaro declino della copertura, della densità e della dimensione degli habitat a Cystoseira (rappresentati soprattutto dalla specie C. barbata e occasionalmente C. compressa che però non è stata inclusa nei successivi esperimenti, d’ora in avanti per semplicità verrà utilizzato unicamente il termine Cystoseira per indicare questo habitat) durante il periodo di studio. Nel sito Due Sorelle le canopy a Cystoseira sono virtualmente scomparse, mentre a La Vela sono rimaste poche, sporadiche ed isolate chiazze di Cystoseira. Questi habitat a canopy sono stati sostituiti da nuovi habitat più semplici, tra cui soprattutto letti di mitili, feltri algali e stand monospecifici di Gracilaira spp.. La mappatura dell’habitat ha inoltre sottolineato una diminuzione del potenziale di recupero del sistema con un chiaro declino del reclutamento di Cystoseira durante tutto il periodo di studio. Successivamente ho testato se: 1) una volta perse, il recupero di Cystoseira (reclutamento) possa essere influenzato dalle interazioni con le nuove specie dominanti, quali mitili e feltri algali; 2) il reclutamento di mitili direttamente sulle fronde di Cystoseira (sia talli allo stadio adulto che giovanili) possa influenzare la sopravvivenza e la crescita della macroalga; 3) la sopravvivenza e la crescita delle nuove specie dominanti, in particolare mitili, possa essere rallentata dalla presenza di canopy di Cystoseira. I risultati dimostrano che le nuove specie dominanti insediatesi (feltri algali e mitili), possono inibire il reclutamento di Cystoseira, accelerandone il conseguente declino. L’effetto diretto dei mitili sulle fronde non è risultato particolarmente significativo né per la sopravvivenza di Cystoseira che finora non è risultata preclusa in nessun stadio di sviluppo, né per la crescita, che nel caso di individui adulti è risultata leggermente, ma non significativamente, più elevata per le fronde pulite dai mitili, mentre è stato osservato il contrario per i giovanili. La presenza di canopy a Cystoseira, anche se di piccole dimensioni, ha limitato la sopravvivenza di mitili. Questi risultati complessivamente suggeriscono che una foresta di macroalghe in buone condizioni può avere un meccanismo di autoregolazione in grado di facilitare la propria persistenza. Quando però il sistema inizia a degradarsi e a frammentarsi progressivamente, i cambiamenti delle condizioni biotiche determinati dall’aumento di nuove specie dominanti contribuiscono alla mancanza di capacità di recupero del sistema. Pertanto le strategie per una gestione sostenibile di questi sistemi dovrebbero focalizzarsi sui primi segnali di cambiamenti in questo habitat e sui possibili fattori che ne mantengono la resilienza.

Equine and human mutual welfare: a whole subject? Critical aspects and possible strategies in equine-assisted activities and therapies

General aim of the study is equine welfare, particularly concerning different husbandry methodic and inter-specific relational factors. Specific aim is the evaluation of possible mutual (to humans and to equines) benefits and the analysis of critical factors/strength points, of human-horse relationship within Therapeutic Riding context (TR). The peculiarities of human-horse relationship (compared to the bond with “Pet”) are analyzed, concerning their socio-anthropological, psychological, psycho-dynamic distinctive characteristics. 8 European representative therapeutic riding centers (TRC) were therefore selected (on the basis of their different animals’ husbandry criteria, and of the different rehabilitative methodologies adopted). TRC were investigated through 2 different questionnaires, specifically settled to access objective/subjective animal welfare parameters; the quality of human-horse relationship; technicians’ emotional experienced. 3 Centers were further selected, and behavioral (145 hours of behavioral recording) and physiological parameters (heart rate and heart rate variability) were evaluated, aimed to access equine welfare and horses’ adaptive responses/coping (towards general environment and towards TR job). Moreover a specific “handling-task” was ideated and experimented, aimed to measure the quality of TR technicians-horses relationship. We did therefore evaluate both the individual horses’ responses and the possible differences among Centers. Data collected highlight the lack of univocal standardized methodic, concerning the general animals’ management and the specific methodologies (aimed to improve animal welfare and to empower TR efficacy). Some positive and some critical aspects were detected concerning TR personnel-horse relationship. Another experimental approach did evaluate the efficacy (concerning the mutual benefits’ empowerment) of an “ethologically-fitted” TR intervention, aimed to educate children to and through the relationship with horses. Our data evidenced that the improvement of human horse relationship, through structured educational programs for TR personnel might have important consequences both to human and equine welfare.

Pyrolysis-Gas Chromatography-Mass Spectometry and Chemometric Analysis for the Characterization of Complex Matrices

The present PhD thesis was focused on the development and application of chemical methodology (Py-GC-MS) and data-processing method by multivariate data analysis (chemometrics). The chromatographic and mass spectrometric data obtained with this technique are particularly suitable to be interpreted by chemometric methods such as PCA (Principal Component Analysis) as regards data exploration and SIMCA (Soft Independent Models of Class Analogy) for the classification. As a first approach, some issues related to the field of cultural heritage were discussed with a particular attention to the differentiation of binders used in pictorial field. A marker of egg tempera the phosphoric acid esterified, a pyrolysis product of lecithin, was determined using HMDS (hexamethyldisilazane) rather than the TMAH (tetramethylammonium hydroxide) as a derivatizing reagent. The validity of analytical pyrolysis as tool to characterize and classify different types of bacteria was verified. The FAMEs chromatographic profiles represent an important tool for the bacterial identification. Because of the complexity of the chromatograms, it was possible to characterize the bacteria only according to their genus, while the differentiation at the species level has been achieved by means of chemometric analysis. To perform this study, normalized areas peaks relevant to fatty acids were taken into account. Chemometric methods were applied to experimental datasets. The obtained results demonstrate the effectiveness of analytical pyrolysis and chemometric analysis for the rapid characterization of bacterial species. Application to a samples of bacterial (Pseudomonas Mendocina), fungal (Pleorotus ostreatus) and mixed- biofilms was also performed. A comparison with the chromatographic profiles established the possibility to: • Differentiate the bacterial and fungal biofilms according to the (FAMEs) profile. • Characterize the fungal biofilm by means the typical pattern of pyrolytic fragments derived from saccharides present in the cell wall. • Individuate the markers of bacterial and fungal biofilm in the same mixed-biofilm sample.

Untersuchungen zur Lebensweise und zur Populationskontrolle des Gemeinen Ohrwurms Forficula auricularia L. (Insecta, Dermaptera) in Rebanlagen

Der Gemeine Ohrwurm (Forficula auricularia LINNAEUS 1758) wurde bisher im Weinbau als natürlicher Gegenspieler verschiedener Rebschädlinge zu den Nützlingen gezählt. Etwa seit 2005 verursacht er aufgrund stark ansteigender Populationsdichten Schäden in pfälzischen Rebanlagen. Ohrwürmer halten sich massenhaft in den Trauben auf. Zusammen mit ihren Exkrementen geraten sie bei der Lese in großer Zahl ins Erntegut. Die Tiere werden von der weinbaulichen Praxis als sehr störend und qualitätsmindernd empfunden und ihre Einstufung als Nützling kritisch gesehen. Aufgrund dieser Problematik wurde im Mai 2007 ein durch den Forschungsring des Deutschen Weinbaus (FDW) finanziertes Forschungsprojekt am Dienstleistungszentrum Ländlicher Raum Rheinpfalz in Neustadt an der Weinstraße begonnen. Bis 2010 wurden offene Fragen zur Erfassung und Populationsbiologie des Gemeinen Ohrwurms in Rebanlagen bearbeitet, die von ihm verursachten Schäden beschrieben und Strategien zu seiner Befallsregulation entwickelt. Am Boden aktive Ohrwürmer wurden mit Bodenfallen nach BARBER (1931) aufgenommen. In der Laubwand des Rebstockes wurden die Ohrwürmer mit eigens konzipierten Bambusfallen erfasst. F. auricularia ist in pfälzischen Rebanlagen die dominierende Ohrwurm-Art. Im Projektverlauf wurde der univoltine Entwicklungszyklus des Gemeinen Ohrwurms in pfälzischen Rebanlagen vollständig aufgeklärt. In der Vegetationsperiode beeinflussten die Intensität der Bodenbewirtschaftung mit der resultierenden Flächenbegrünung, die Bodenart, die Lufttemperatur, die Luftfeuchtigkeit und die Niederschlagsmenge die Befallsdichten am Rebstock signifikant. Der Ohrwurm-Befall in den Trauben war signifikant von der Kompaktheit und vom Gewicht der Trauben sowie dem Fäulnisanteil pro Traube und von eingewachsenen Rebblättern in den Trauben abhängig. Das Überwinterungs- und Brutverhalten wurde durch die Art und Weise der Bodenbewirtschaftung beeinflusst beziehungsweise gestört.rnLabor- und Freilandversuche haben gezeigt, dass F. auricularia Pilzpathogene wie die Graufäule (Botrytis cinerea PERSOON 1794) und den Pinselschimmel (Penicillium crustosum THOM 1930) auf gesunde Trauben überträgt. Ferner haben Fraßversuche ergeben, dass der Ohrwurm nur faule und vorgeschädigte Beeren anfressen kann und keine intakten Beeren verletzt. Durch analytische und sensorische Untersuchungen wurde festgestellt, dass Ohrwurm-Kot sensorische Fehltöne im Wein verursachen kann. Diese werden durch das im Kot enthaltene 2-Methyl-1,4-benzochinon hervorgerufen, das eine Komponente des arteigenen Abwehrsekrets ist. Da sich der Ohrwurm jahreszeitlich bedingt entweder im Boden oder am Rebstock aufhält, wurden befallsregulierende Maßnahmen im Boden- und Laubwandbereich der Rebanlage durchgeführt. Durch Tiefengrubbern mit Umbruch der Begrünung im Herbst und Frühjahr wurden die überwinternden Imagines und die Gelege geschädigt, so dass in der darauf folgenden Vegetationsperiode die Befallsdichten in der Laubwand geringfügig aber nicht signifikant abnahmen. Die während der Aufwanderungsphase der Ohrwürmer Ende Juni durchgeführte mechanische Störung der Begrünung reduzierte den Ohrwurm-Befall am Rebstock bis zu drei Wochen nach der Maßnahme signifikant. In der Laubwand der Rebstöcke wurden die Befallsdichten durch die Insektizide SpinTor (Wirkstoff Spinosad: 0,01%) und Steward® (Wirkstoff Indoxacarb: 0,0125 %) sowie sekundär durch partielles Entblättern der Laubwand dauerhaft bis zur Traubenlese reduziert. rn

Proposta di traduzione di un capitolo del libro per bambini Le petit gus

L’origine di questo elaborato deriva dalla mia volontà di approcciarmi alla letteratura per l’infanzia e confrontarmi con un genere di traduzione mai affrontato prima d’ora. Ho suddiviso il mio lavoro in quattro capitoli. Nel primo capitolo presenterò brevemente la letteratura per l’infanzia e alcune soluzioni adottate nella traduzione di questo genere di opere. Procederò poi con la presentazione dell’autrice e dei suoi principali lavori, per poi concludere con un’introduzione del libro da me scelto e qualche riferimento a Le Petit Nicolas, il capolavoro al quale l’autrice Desmarteau si è ispirata. Nel secondo capitolo svolgerò un’analisi più approfondita del testo di partenza, soffermandomi in primo luogo sulle scelte lessicali adottate dall’autrice. In questa sezione esporrò le possibili difficoltà che a mio avviso si potrebbero riscontrare nella traduzione dei nomi propri, delle espressioni idiomatiche e dei riferimenti culturali . In seguito prenderò in esame il linguaggio giovanile e il ruolo delle immagini all’interno dell’opera. Nel terzo capitolo ho inserito il testo originale del capitolo che ho deciso di tradurre e la mia proposta di traduzione. Concludo infine con un commento generale della mia versione nel quale espongo alcune problematiche incontrate durante lo svolgimento del mio lavoro e le possibili soluzioni pensate.

L'assioma di scelta : Storia e influenza sulla matematica del novecento.

L’assioma di scelta ha una preistoria, che riguarda l’uso inconsapevole e i primi barlumi di consapevolezza che si trattasse di un nuovo principio di ragionamento. Lo scopo della prima parte di questa tesi è quello di ricostruire questo percorso di usi più o meno impliciti e più o meno necessari che rivelarono la consapevolezza non solo del fatto che fosse indispensabile introdurre un nuovo principio, ma anche che il modo di “fare matematica” stava cambiando. Nei capitoli 2 e 3, si parla dei moltissimi matematici che, senza rendersene conto, utilizzarono l’assioma di scelta nei loro lavori; tra questi anche Cantor che appellandosi alla banalità delle dimostrazioni, evitava spesso di chiarire le situazioni in cui era richiesta questa particolare assunzione. Il capitolo 2 è dedicato ad un caso notevole e rilevante dell’uso inconsapevole dell’Assioma, di cui per la prima volta si accorse R. Bettazzi nel 1892: l’equivalenza delle due nozioni di finito, quella di Dedekind e quella “naturale”. La prima parte di questa tesi si conclude con la dimostrazione di Zermelo del teorema del buon ordinamento e con un’analisi della sua assiomatizzazione della teoria degli insiemi. La seconda parte si apre con il capitolo 5 in cui si parla dell’intenso dibattito sulla dimostrazione di Zermelo e sulla possibilità o meno di accettare il suo Assioma, che coinvolse i matematici di tutta Europa. In quel contesto l’assioma di scelta trovò per lo più oppositori che si appellavano ad alcune sue conseguenze apparentemente paradossali. Queste conseguenze, insieme alle molte importanti, sono analizzate nel capitolo 6. Nell’ultimo capitolo vengono riportate alcune tra le molte equivalenze dell’assioma di scelta con altri enunciati importanti come quello della tricotomia dei cardinali. Ci si sofferma poi sulle conseguenze dell’Assioma e sulla sua influenza sulla matematica del Novecento, quindi sulle formulazioni alternative o su quelle più deboli come l’assioma delle scelte dipendenti e quello delle scelte numerabili. Si conclude con gli importanti risultati, dovuti a Godel e a Cohen sull’indipendenza e sulla consistenza dell’assioma di scelta nell’ambito della teoria degli insiemi di Zermelo-Fraenkel.

Controllo della tensione della rete di distribuzione in media tensione tramite comunicazione diretta con la generazione distribuita.

Le attività riguardanti la mia tesi sono state svolte presso Hera S.p.A.. Hera ha iniziato nel 2013 un progetto sperimentale di implementazione di tecnologie cosiddette smart grid su una porzione di rete gestita. Il progetto di Hera si focalizza su diversi aspetti riguardanti sia l’automazione della rete MT, ai fini della riduzione del tempo necessario per individuare il guasto in linea, sia su aspetti riguardanti la regolazione della tensione. In particolare la mia attività di tesi si è incentrata sugli aspetti riguardanti la regolazione della tensione, partendo da una panoramica di quelli che sono ad oggi i metodi più diffusi di regolazione della tensione agendo essenzialmente sul regolatore sotto carico del trasformatore AT/MT presente in cabina primaria e descrivendo quello che è invece il metodo analizzato nel dimostrativo di Hera. In particolare mi sono soffermato sulla regolazione di tensione realizzata con il supporto dei generatori distribuiti connessi alla rete MT di Hera i quali possono, nei limiti delle loro capability, intervenire all’occorrenza assorbendo od erogando potenza reattiva. Il supporto dei generatori distribuiti può essere richiesto qualora la regolazione realizzata con la variazione del commutatore sottocarico del trasformatore in cabina primaria non sia sufficiente per ottenere il risultato desiderato. Appare sin d’ora evidente che questo tipo di regolazione presuppone l’esistenza di una infrastruttura di comunicazione tra il centro operativo del distributore e il campo, inteso come i nodi su cui sono connessi i generatori. Nell’ambito del dimostrativo Hera ha quindi progettato e sta ora realizzando l’infrastruttura di comunicazione che permette la comunicazione del centro di telecontrollo con i generatori. Questa infrastruttura ha caratteristiche particolarmente performanti non tanto per conseguire gli scopi della regolazione, che comunque non necessitano di tempi di latenza eccessivamente stringenti, quanto piuttosto per implementare un’automazione di rete veloce che permette di evitare la disalimentazione degli utenti a monte di guasto attraverso una selezione rapida e intelligente del ramo guasto.

Clinical and histologic evaluation of granular Beta-tricalcium phosphate for the treatment of human intrabony periodontal defects: a report on five cases

BACKGROUND: The aim of the study is to clinically and histologically evaluate the healing of advanced intrabony defects treated with open flap debridement and the adjunct implantation of granular beta tricalcium phosphate (beta-TCP). METHODS: Five patients, each displaying advanced combined 1- and 2-wall intrabony defects around teeth scheduled for extraction or root resection, were recruited. Approximately 6 months after surgery, the teeth or roots were removed together with a portion of their surrounding soft and hard tissues and processed for histologic evaluation. RESULTS: The mean probing depth (PD) was reduced from 10.8 +/- 2.3 mm presurgically to 4.6 +/- 2.1 mm, whereas a mean clinical attachment level (CAL) gain of 5.0 +/- 0.7 mm was observed. The increase in gingival recession was 1.2 +/- 3.2 mm. The histologic evaluation indicated the formation of new cellular cementum with inserting collagen fibers to a varying extent (mean: 1.9 +/- 0.7 mm; range: 1.2 to 3.03 mm) coronal to the most apical extent of the root instrumentation. The mean new bone formation was 1.0 +/- 0.7 mm (range: 0.0 to 1.9 mm). In most specimens, beta-TCP particles were embedded in the connective tissue, whereas the formation of a mineralized bone-like or cementum-like tissue around the particles was only occasionally observed. CONCLUSION: The present data indicates that treatment of intrabony periodontal defects with this beta-TCP may result in substantial clinical improvements such as PD reduction and CAL gain, but this beta-TCP does not seem to enhance the regeneration of cementum, periodontal ligament, and bone.

[Femoroacetabular impingement: trigger for the development of coxarthrosis]

Femoroacetabular impingement (FAI) is frequent; the estimated prevalence ranges between 10 and 15%. Our 10-years experience strongly suggests that FAI leads to osteoarthritis. Isolated acetabular or femoral abnormalities are rare, even though in women acetabular and in men femoral abnormalities predominate. Normal radiographs do not exclude the presence of FAI. Symptoms are related to the degree of deformity and occur earlier in the presence of activities requiring high levels of motion. The majority of patients with FAI are under the age of 40 years.In contrast to impingement in total hip replacement, the natural hip is under much higher constraint, not allowing to escape from impingement-induced shear forces by subluxation or complete dislocation. FAI-induced shear forces due to an aspherical femoral head/neck (cam type) are therefore high, causing outside-in damage with cleavage lesions of the acetabular cartilage by forced flexion and internal rotation. The cartilage of the femoral head remains initially intact, which cannot be explained by the classic concept of osteoarthritis. After the femoral head has migrated into the acetabular cartilage defect, vertical forces contribute to the further course of osteoarthritis. Tears between the labrum and cartilage, as seen by MRI, are not avulsions of the labrum from the cartilage but rather outside-in avulsions of the cartilage from the labrum. In acetabular overcoverage (pincer type) the labrum is the first structure to fail and acetabular cartilage damage develops thereafter.The treatment of FAI in patients under the age of 40 years is aimed at joint preservation. The clinical result is worse in the presence of significant cartilage damage. Therefore, early appreciation of FAI and timely therapeutic intervention as well as professional and athletic adjustment are important if osteoarthritis is to be prevented.

The double-stranded RNA-activated protein kinase mediates radiation resistance in mouse embryo fibroblasts through nuclear factor kappaB and Akt activation

PURPOSE: Activation of the double-stranded RNA-activated protein kinase (PKR) leads to the induction of various pathways including the down-regulation of translation through phosphorylation of the eukaryotic translation initiation factor 2alpha (eIF-2alpha). There have been no reports to date about the role of PKR in radiation sensitivity. EXPERIMENTAL DESIGN: A clonogenic survival assay was used to investigate the sensitivity of PKR mouse embryo fibroblasts (MEF) to radiation therapy. 2-Aminopurine (2-AP), a chemical inhibitor of PKR, was used to inhibit PKR activation. Nuclear factor-kappaB (NF-kappaB) activation was assessed by electrophoretic mobility shift assay (EMSA). Expression of PKR and downstream targets was examined by Western blot analysis and immunofluorescence. RESULTS: Ionizing radiation leads to dose- and time-dependent increases in PKR expression and function that contributes to increased cellular radiation resistance as shown by clonogenic survival and terminal nucleotidyl transferase-mediated nick end labeling (TUNEL) apoptosis assays. Specific inhibition of PKR with the chemical inhibitor 2-AP restores radiation sensitivity. Plasmid transfection of the PKR wild-type (wt) gene into PKR(-/-) MEFs leads to increased radiation resistance. The protective effect of PKR to radiation may be mediated in part through NF-kappaB and Akt because both NF-kappaB and Akt are activated after ionizing radiation in PKR+/+ but not PKR-/- cells. CONCLUSIONS: We suggest a novel role for PKR as a mediator of radiation resistance modulated in part through the protective effects of NF-kappaB and Akt activation. The modification of PKR activity may be a novel strategy in the future to overcome radiation resistance.

Surface antigens and potential virulence factors from parasites detected by comparative genomics of perfect amino acid repeats

ABSTRACT: BACKGROUND: Many parasitic organisms, eukaryotes as well as bacteria, possess surface antigens with amino acid repeats. Making up the interface between host and pathogen such repetitive proteins may be virulence factors involved in immune evasion or cytoadherence. They find immunological applications in serodiagnostics and vaccine development. Here we use proteins which contain perfect repeats as a basis for comparative genomics between parasitic and free-living organisms. RESULTS: We have developed Reptile http://reptile.unibe.ch, a program for proteome-wide probabilistic description of perfect repeats in proteins. Parasite proteomes exhibited a large variance regarding the proportion of repeat-containing proteins. Interestingly, there was a good correlation between the percentage of highly repetitive proteins and mean protein length in parasite proteomes, but not at all in the proteomes of free-living eukaryotes. Reptile combined with programs for the prediction of transmembrane domains and GPI-anchoring resulted in an effective tool for in silico identification of potential surface antigens and virulence factors from parasites. CONCLUSION: Systemic surveys for perfect amino acid repeats allowed basic comparisons between free-living and parasitic organisms that were directly applicable to predict proteins of serological and parasitological importance. An on-line tool is available at http://genomics.unibe.ch/dora.