PACKMOL: A Package for Building Initial Configurations for Molecular Dynamics Simulations

Adequate initial configurations for molecular dynamics simulations consist of arrangements of molecules distributed in space in such a way to approximately represent the system`s overall structure. In order that the simulations are not disrupted by large van der Waals repulsive interactions, atoms from different molecules Must keep safe pairwise distances. Obtaining Such a molecular arrangement can be considered it packing problem: Each type molecule must satisfy spatial constraints related to the geometry of the system, and the distance between atoms of different molecules Must be greater than some specified tolerance. We have developed a code able to pack millions of atoms. grouped in arbitrarily complex molecules, inside a variety of three-dimensional regions. The regions may be intersections of spheres, ellipses, cylinders, planes, or boxes. The user must provide only the structure of one molecule of each type and the geometrical constraints that each type of molecule must satisfy. Building complex mixtures, interfaces, solvating biomolecules in water, other solvents, or mixtures of solvents, is straight forward. In addition. different atoms belonging to the same molecule may also be restricted to different spatial regions, in Such a way that more ordered molecular arrangements call be built, as micelles. lipid double-layers, etc. The packing time for state-of-the-art molecular dynamics systems varies front a few seconds to a few Minutes in a personal Computer. The input files are simple and Currently compatible with PDB, Tinker, Molden, or Moldy coordinate files. The package is distributed as free software and call be downloaded front http://www.ime.unicamp.br/similar to martinez/packmol/. (C) 2009 Wiley Periodicals. Inc. J Comput Chem 30: 2157-2164, 2009

Dynamics of Bose-Einstein condensates in double-well potentials

We study the dynamics of Bose-Einstein condensates in symmetric double-well potentials following a sudden change of the potential from the Mott-insulator to the superfluid regime. We introduce a continuum approximation that maps that problem onto the wave-packet dynamics of a particle in an anharmonic effective potential. For repulsive two-body interactions the visibility of interference fringes that result from the superposition of the two condensates following a stage of ballistic expansion exhibits a collapse of coherent oscillations onto a background value whose magnitude depends on the amount of squeezing of the initial state. Strong attractive interactions are found to stabilize the relative number dynamics. We visualize the dynamics of the system in phase space using a quasiprobability distribution that allows for an intuitive interpretation of the various types of dynamics.

Dialectics of Diaspora Space: a Study of Contemporary, Diasporic, South Asian Fiction

In light of these continuing debates concerning immigration, national identity and belonging, re-examinations of immigrant and ethnic communities, often referred to as ‘diaspora,’ have become increasingly popular and prudent. Khachig Tololian, editor of Diaspora magazine, calls diaspora “exemplary communities of the transnational moment.”5 In an increasingly globalized world, where labor, capital, and resources are passed fluidly from continent to continent, diaspora are created by relocation or displacement of immigrant workers and their descendents.6 For these unskilled, immigrant laborers, middle class immigrants, and the children of both groups, adaptation to the culture, society, and life in a new ‘host’ country can be difficult, to say the least. So, in response to a new cultural landscape and a tenuous sense belonging, as well as to maintain a connection with a shared past, citizens of the world’s numerous diaspora replicate linguistic, cultural, and social norms, creating their own “cultural space[s]” that mirror and often replace a past relationship to their land of origin, or ‘home’.

A Study in the Theology of Christian Social Action

In this paper I have attempted to present a summary of my exposition of the theology of Rauschenbusch and Niebuhr, and of my own understanding of the issues of Christian Social Action. I have tried to reproduce in this short space the thought of these men, in a manner which should make it comprehensible and which should relate it to the larger questions of social action. This year’s work as a Senior Scholar has proved invaluable because of the discipline of self-directed study which the work taught, and because of myriad possibilities of future investigation which it has suggested. I hope that someday this present manuscript may be expanded into something more substantial. The personal value of such a project, in my opinion, must be measured by the contribution which the project makes to the individual’s general experience, and not merely by the written work which is produced. Therefore, although this manuscript is rather brief, it represents a great deal of value which I feel that I can measure only by my own experience.

Participação Infantil: experiência de pesquisa realizada em organização social na Zona Oeste do Rio de Janeiro

Este trabalho se propõe a ser um fio na teia de reflexões que tecem o debate sobre a participação infantil a partir do ponto de vista das crianças em co-operação com adultos. Sua trama se compõe de campos distintos e autônomos - infância, direito social e participação -, que se cruzam e inter-relacionam, investigados no âmbito de uma experiência realizada na organização social Fundação Xuxa Meneghel, que tem como eixo central de suas ações a promoção e a proteção de crianças e adolescentes que vivem em situação de vulnerabilidade social na Zona Oeste do município do Rio de Janeiro. Trata-se de uma micro-experiência, que pretende compreender o ser criança em relação aos seus direitos humanos e sociais, observando sua influência nas práticas sociais presentes na nossa cultura. O direito à participação infantil - entendida como ferramenta para a auto-proteção e a promoção das crianças como sujeitos plenos exercitando a cidadania - se materializou numa investigação em que as concepções metodológicas convencionais foram se re-construindo por meio das vozes infantis em diálogo com seus pares e com os adultos. As crianças apresentaram seus pontos de vista e as significações que atribuem ao seu entorno e a suas possibilidades e limites de participar de forma genuína nas suas principais instâncias de socialização: família, escola e comunidade. A experiência se constitui numa provocação do olhar para as identidades e as culturas das crianças que dela participaram, para suas vivências expressas por representações de ações e emoções contextualizadas no tempo e no espaço, numa tentativa de compor com elas - e ampliando para todas as crianças da instituição - uma compreensão do que significa o direito de participar, ensinado e apreendido em perspectiva social e cultural.

Escolha social e valores irredutíveis: uma aproximação da economia política e a ideologia

No presente paper, nós provamos que qualquer função da escolha social satisfaz o princípio da independência das alternativas irrelevantes (IIA) de Arrow se o comportamento individual é menu-dependente. Portanto, o 'Teorema da Possibilidade Geral' de Arrow não é válido quando as preferências individuais são determinadas por valores irredutíveis. Nesse contexto, qualquer instrumento de agregação que satisfaça os princípios não-ditatoriais e paretianos de unanimidade (maioria simples, por exemplo) também faz IIA. Esse poderia ser um resultado importante para a teoria da escolha social, enquanto um comportamento individual determinado por valores irredutíveis (interesse próprio, ideologia, Ética e normas sociais, por exemplo) podendo validar democracia representativa. A importância relativa de tais valores e da possibilidade de reversão da preferência determina a dinâmica da escolha social, de acordo com os princípios democráticos.

Dinâmica de institucionalização de práticas sociais: estudo da responsabilidade social no campo das organizações bancárias

The scope of this theses is to understand the dynamics of the institutionalization of Corporate Social Responsibility (CSR) within the Field of Banking Organizations in Brazil. Using the social analysis model put forward by Boltanski and Chiapello (1999) and reverting to the conceptual basis of the institutional approach and using Bourdieu¿s notion of interest (1996), we arrive at an analytical model that enabled us to assess CSR as part of a movement of displacement of capitalism. The theory we propose here is that with the institutionalization of CSR, actions are justified in terms of the common good, being legitimized by structural confirmations and arrangements and, at the same time, heeding the inherent interests of the Field. The means used for comprehension of the dynamics of the institutionalization of CSR were: (1) the analysis of the construction of the phenomenon of CSR, which enabled us to identify critical factors and events, leaders in Brazil and associated ratification of the institutionalization of this social practice; (2) the description of the Field of Banking Organizations and the identification of the elements of its CSR in History, which are essential steps for understanding the justifications for insertion of the Field in the movement towards CSR; (3) the identification of key players in the institutionalization of the social practice within the Field, as well as the categorization of practical actions considered socially responsible to be found in the organizations researched, analyzing them in terms of justifications and interests; (4) the analysis of the dissemination and sedimentation of structural arrangements linked to CSR in the organizations of the Field, such as specific areas created to deal with CSR, social reports and organizational websites. The field research assessed some 30 organizations and included documentary analysis and interviews. We noted that, from being a marginal and isolated action, over the course of the past decade CSR has become a structured action in banking organizations, while at the same time becoming transformed into a social value, capable of contributing to the legitimacy of the Field. In this respect, research showed that retail banks are those that are inserted in the movement towards CSR, which ratifies the thesis of the phenomenon as displacement of capitalism.

Discursos e a construção do "real": um estudo do processo de formação e institucionalização do campo da biotecnologia

Comprehension of the processes of formation of new organizational fields is the main objective that stimulated the theoretical reflection and empirical research that I present in this paper. My intention here is to uphold the potential for the application of seemingly dichotomous perspectives in terms of the objectivity/subjectivity dimension in the comprehension of the objective in question. The contribution of Foucault, with his concept of discourse, is linked to the proposal of critical constructivism represented by Latour and studies of science and technology. Juxtaposing these perspectives, I examined the dynamics of the biotechnological field on the basis of the dialectic of movements of demarcation/circularity, which is basically a simultaneous movement of (dis)construction of the boundaries of a field. The dialectic of demarcation/circularity is made up of the set of relations established between heterogeneous elements ¿ institutions, economic and social processes, behavioral patterns, systems of norms, techniques, types of classification, forms of characterization, in other words it finds ways of emerging in the course of discursive formations. This theoretical proposal ¿ which incorporates an overlooked dimension in institutional analysis, especially in organization studies (power) ¿ has the advantage of contributing to enhancing comprehension of the dynamics of institutionalization. By proposing that the institutional processes arise within discursive fields, the argument put forward is that such processes contribute to the productivity of the power relations in these fields. In empirical terms, I conducted a descriptive and exploratory research directed at the biotechnology sector. The research was based on a historical perspective, since the analysis spans the period from the origins of genetic science (beginning of the 20th century) through to recent developments in biotechnology in the USA (beginning of the 21st century). The USA was chosen as the locus of research, principally due to the fact that structuring of the field of biotechnology originated in that country, subsequently spreading to other countries around the world. Starting from this theoretical and methodological framework, three discursive formations are highlighted: organization, information and network. Each of the discursive formations is characterized by a dominant set of discourses that prepare the ground for the appearance and (trans)formation of the focus-objects under analysis. In this process, organizations appear in at least two ways: as boundary-organizations ¿ which are important for understanding the movement of the approximation of different discursive domains ¿ and as new organizations, which accompany the (trans)formation of new fields, whereby prevailing discourses materialize at a given historical moment and contribute to breathe life into new discourses, which in turn spark off new power relations. Among the conclusions of this work, I would highlight the following: questioning the 'organizational' dimension of the fields; the relationship revealed not only between the discourses and the institutionalized practices, but also with the process of construction of legitimacy; and the redefinition of the concept of organizations, based on new conceptions relating to the limits of the topic, the objectivity/subjectivity, and space/time dichotomy.

Transparência, a resposta institucional à pressão social: o caso do Tribunal de Contas do Estado do Rio de Janeiro

The present work aims to identify emerging organizational changes in the Court of Accounts of the State of Rio de Janeiro - TCE/RJ that are happening in the contemporary scenery known as the Age of Information. The search for the comprehension of the institutional dynamics is oriented by concepts originated from the theory of complexity, which believe that the public services external control system can be understood in a political, technical and legal environment with growing levels of learning and innovation. While chasing the possible causes of these changes, we try to prove the hypothesis that the TCE/RJ is turning into a more transparent organization. For this purpose, we define the outlines and reaches of the principle of transparency, based in bibliographical and documental researches, and analyze the phenomenon perceived in a explanation research through semi-structured interviews performed with two groups: a sample representing the universe under jurisdiction entities top level directors and the other obtained in the universe of formal and informal leaderships existing in the educational body of the institution. The conclusion of the present work confirms the initial questions, indicating that the organization is really becoming more and more transparent. The social-technical changes that are happening today at the TCE/RJ are caused by the growing social pressure for more effective results in the control of public expenditures. Under the systemic point of view, we observe cracks in the protective bell-glass that evolves the institution - previously hermetic to the external contingencies and that works today as a SAC - Adaptive Complex System. Aspects such as organization structural changes, the introduction of strategic planning and the growing democratization of the decision process are producing a new organizational culture. The seniority of the Technical Headcount contributes to establish the pre-conditions for the development of a administration where the participation of the TCE/RJ technical employees adds importance to its development as an institution that generates republican effects in the society from its less hermetic decision process.

Responsabilidade social empresarial no mercado de seguros brasileiro: influências culturais e implicações relacionais

The Brazilian insurance market is the ambience in which this research study takes place in search for a better understanding of how cultural characteristics are related with organizational signs, practices and expectations on social responsibility. The concepts of social responsibility as well as the concept of culture are presented and discussed from different points of view, in accordance with different authors and trough several methodological approaches, in order to establish a coherent theoretical basis for qualitative data analysis. The phenomenological attitude assumed by the researcher in especial dialogues situations during the field research phase added new possibilities of apprehension or emergence of each studied organization self orientation in terms of pre-occupation with social issues intimately related with their insurance activities in the market place. Final reflections show the complexity of the insurance cultural context in the studied Brazilian segment, in which cultural and subcultural national and organizational singularities appear. However leaving space for common values and coherent orientation toward the peculiar understanding of social responsibility as inherent to any insurance company activities, themselves. Last comments point out that future research studies may give additional contribution for the continuity of the discussions initiated in this dissertation, expecting that some changes in the organizational posture and practices may happen, especially those related with risk taking and broad processes of communication with clients and society as a whole.

Estratégia, legitimidade e biocombustíveis: uma perspectiva geopolítica

A temática ambiental está cada vez mais presente, não apenas na esfera de governos, organizações internacionais e de grandes corporações, como também em pesquisas e trabalhos acadêmicos na área de Estratégia de negócios. Apesar da histórica negligência a essa temática, a literatura de gestão estratégica vem incorporando crescentemente elementos relacionados ao meio ambiente no âmbito da estratégia. Uma das formas de se obter desempenho condizente com demandas ambientais tem sido protagonizada por meio de investimentos em biocombustíveis, passando a ter implicações práticas nas estratégias de diversas organizações no mundo. O objetivo de pesquisa deste trabalho foi o de investigar por que e como o etanol foi incorporado na estratégia formal de uma organização brasileira historicamente vinculada ao setor petrolífero no Brasil. Partindo de uma perspectiva geopolítica, esta tese argumenta que a dinâmica que envolve a incorporação do etanol na estratégia dessa organização não pode ser compreendida apenas por meio de uma dimensão estritamente econômica. No decorrer da tese, é considerada a pertinência de se levar em conta ou não uma dimensão de poder para compreender o fenômeno investigado. Para a condução da pesquisa, buscou-se para mostrar a importância do conceito de legitimidade na dinâmica das estratégias relacionadas aos biocombustíveis. No decorrer da investigação, a distinção entre Norte e Sul global foi apontada como uma das facetas do processo de incorporação do meio ambiente em estratégias e políticas no nível internacional, na qual perspectivas neoliberais buscam sustentar a centralidade da dimensão econômica, tornando menos visível as assimetrias de poder entre países do Norte e Sul global. As implicações do processo de incorporação do etanol na estratégia da organização estudada também foram analisadas nos níveis organizacional e nacional, na qual foram ressaltados os conflitos de interesses existentes em cada um desses níveis. Conclui-se que a incorporação do etanol está imersa em um contexto caracterizado por disputas geopolíticas, tanto no nível nacional quanto internacional, mostra a pertinência de considerar outras dimensões de análise em investigações na área de Estratégia, como os aspectos relacionados a poder e espaço geográfico.

Gestão social do desenvolvimento: a exclusão dos representantes dos empresários? o caso do programa Territórios da Cidadania norte-RJ

A incorporação do enfoque territorial como fundamento para as políticas de desenvolvimento rural ocasionou, dentre outros avanços, no rompimento com a tradição vertical e centralizadora das estratégias de desenvolvimento, e na consequente valorização das iniciativas e dos atores locais. Tal abordagem acolhe a gestão social, e seus princípios da inclusão, relativo à incorporação dos atores excluídos do processo decisório, e do pluralismo, que diz respeito à multiplicidade de atores na tomada de decisões sobre as políticas públicas. No caso brasileiro, o enfoque territorial é encampado pelo Programa de Desenvolvimento Sustentável dos Territórios Rurais e pelo seu sucessor, o Programa Territórios da Cidadania. No entanto, a trajetória das políticas de desenvolvimento rural é francamente setorial, ao privilegiar as organizações vinculadas à agricultura familiar e excluir as organizações representantes dos empresários, apesar dos princípios portados pela gestão social e da adoção da abordagem territorial, que implicam na mobilização das forças sociais dinâmicas presentes nos territórios. Assim, considerada a importância da participação empresarial para o êxito das políticas dessa natureza, este trabalho analisa as possibilidades de inclusão das representações dos empresários para o pluralismo no âmbito do Programa Territórios da Cidadania. Para tanto, realizou-se um estudo de caso no Norte- RJ, no qual foram entrevistados representantes da sociedade civil, dos empresários, do SEBRAE e do Ministério do Desenvolvimento Agrário, cujas informações foram complementadas por análise documental, e tratadas por meio de análise de conteúdo com grade mista elaborada com base no conceito de cidadania deliberativa habermasiano. Os resultados relevam que as representações empresariais não estão inseridas no colegiado territorial do Norte-RJ, e tampouco conhecem o Programa Territórios da Cidadania. As entidades da sociedade civil, que consideram o colegiado como Fórum da Agricultura Familiar, rechaçam indistintamente a inclusão dos empresários por conta de diferenças sócio-políticas, agravadas pelo histórico da região. O pluralismo também é atravancado pelos processos de formação do território, de composição do colegiado e de elaboração e avaliação dos projetos. As representações empresariais, por seu turno, já estão inseridas em outras instâncias de participação social, como conselhos municipais de políticas públicas, e aceitam a dinâmica que rege estes espaços pautados na racionalidade substantiva. Sua inserção pode ser facilitada pelo SEBRAE/RJ que, além de gozar de prestígio dentre os empresários, tem fomentado a articulação dos atores territoriais. Não obstante as possibilidades para a inclusão, o modelo de gestão social em vigor não é capaz de promover a concertação social das forças dinâmicas em prol do desenvolvimento do território Norte-RJ. Palavras-

Jogos Pan-Americanos de 2007: uma avaliação social

O presente estudo objetivou verificar até que ponto os impactos e o legado da implementação dos Jogos Pan-americanos de 2007 alteraram as condições sociais e a forma de utilização do espaço urbano na cidade do Rio de Janeiro. Considerou-se que a competição das Américas esteja inserida na aplicação dos conceitos da cidade global, uma vez que os festivais esportivos internacionais se transformaram em megaeventos na esteira da consolidação do pensamento do planejamento urbano competitivo. Para contextualizar essa análise foi necessária uma pesquisa sobre a trajetória urbana da cidade-sede na interseção dos dois movimentos: cidade global e megaeventos. Tendo em vista que a decisão da realização do megaevento carioca foi tomada pela esfera pública, assim como o seu financiamento, foram analisados os gastos estatais e reclassificados, segundo a metodologia de O‟Connor (1977), e divididos nas funções de acumulação e de legitimação com o intuito de identificar os favorecidos e os desfavorecidos pela política pública efetivada. Os resultados da investigação sinalizam um aprofundamento da desigualdade social e urbana, via transferências de recursos públicos para o domínio do capital privado