Selecting Relevant Genes with a Spectral Approach

Array technologies have made it possible to record simultaneously the expression pattern of thousands of genes. A fundamental problem in the analysis of gene expression data is the identification of highly relevant genes that either discriminate between phenotypic labels or are important with respect to the cellular process studied in the experiment: for example cell cycle or heat shock in yeast experiments, chemical or genetic perturbations of mammalian cell lines, and genes involved in class discovery for human tumors. In this paper we focus on the task of unsupervised gene selection. The problem of selecting a small subset of genes is particularly challenging as the datasets involved are typically characterized by a very small sample size ?? the order of few tens of tissue samples ??d by a very large feature space as the number of genes tend to be in the high thousands. We propose a model independent approach which scores candidate gene selections using spectral properties of the candidate affinity matrix. The algorithm is very straightforward to implement yet contains a number of remarkable properties which guarantee consistent sparse selections. To illustrate the value of our approach we applied our algorithm on five different datasets. The first consists of time course data from four well studied Hematopoietic cell lines (HL-60, Jurkat, NB4, and U937). The other four datasets include three well studied treatment outcomes (large cell lymphoma, childhood medulloblastomas, breast tumors) and one unpublished dataset (lymph status). We compared our approach both with other unsupervised methods (SOM,PCA,GS) and with supervised methods (SNR,RMB,RFE). The results clearly show that our approach considerably outperforms all the other unsupervised approaches in our study, is competitive with supervised methods and in some case even outperforms supervised approaches.

MicroRNAs Modulate Hematopoietic Lineage Differentiation

MicroRNAs (miRNAs), an abundant class of ~22 nucleotide non-coding RNAs, are thought to play an important regulatory role in animal and plant development at the posttranscriptional level. Many miRNAs cloned from mouse bone marrow cells are differentially regulated in various hematopoietic lineages, suggesting that they might influence hematopoietic lineage differentiation. Some human miRNAs are linked to leukemias: the miR-15a/miR-16 locus is frequently deleted or down-regulated in patients with B-cell chronic lymphocytic leukemia and miR-142 is at a translocation site found in a case of aggressive B-cell leukemia. miR-181, a miRNA upregulated only in the B cell lineage of mouse bone marrow cells, promotes B cell differentiation and inhibits production of CD8⁺ T cells when expressed in hematopoietic stem/progenitor cells. In contrast miR-142s inhibits production of both CD4⁺ and CD8⁺ T cells and does not affect B cells. Collectively, these results indicate that microRNAs are components of the molecular circuitry controlling mouse hematopoiesis and suggest that other microRNAs have similar regulatory roles during other facets of vertebrate development.

Polimorfismos de los genes ABCB1 y CYP2C8 en pacientes sometidos a TASPE. Análisis farmacogenético del Paclitaxel en la toxicidad y movilización de progenitores hemopoyéticos

Fundamentos. La eficacia de paclitaxel junto con rhG-CSF en la movilización de progenitores hematopoyéticos, se ha probada en pacientes hematológicos. Farmacogenéticamente el paclitaxel presenta una alta variabilidad inter-individual. Los genes CYP2C8 y ABCB1 involucrados en su metabolismo y transporte podrían afectar dicha variabilidad inter-individual. Objetivo. Evaluar en una cohorte retrospectiva de pacientes sometidos a TASPE, el efecto de algunos polimorfismos de nucleótido simple (del gen CYP2C8 y del gen ABCB1) sobre la eficacia en la movilización y toxicidad hematológica inducida por del paclitaxel. Materiales y Métodos. Un grupo de 107 pacientes recibieron paclitaxel y rhG-CSF como esquema movilizador. Los polimorfismos genotipados fueron para los genes ABCB1 rs1045642 A>G, ABCB1 rs2032582 C>A, ABCB1 rs2032582 C>T, CYP2C8 rs10509681 C>T, y CYP2C8 rs11572080 A>G. Resultados. El uso de paclitaxel logró éxito movilizador en más del 80% de los pacientes con linfomas o mieloma (p=0,0021), pero no lo fue en la leucemia aguda. En pacientes con mieloma la variable G>rs1045642 del gen ABCB1 se asoció con mala movilización (p= 0,018) y mayor toxicidad hematológica (p= 0,034). El alelo C>rs10509681 del gen CYP2C8 se relacionó con mayor toxicidad en pacientes con linfoma (p= 0,045) y mieloma múltiple (p=0,042), y portadores del alelo TT en homocigosis presentaron una mayor toxicidad hematológica comparada con los portadores CC o CT (p= 0,027). Conclusión. Este estudio sugiere que los SNPs de las variables alélicas analizadas en los genes CYP2C8 y ABCB1 en algunos grupos de pacientes inciden en la capacidad movilizadora y afectan el grado de toxicidad hematológica.

Ideación suicida y algunos factores biopsicosociales asociados con estas en pacientes adultos con leucemia, linfomas, cáncer gástrico o cáncer colorrectal Informe de investigación

El cáncer es una de las enfermedades con mayor impacto en la población mundial, debido a que genera alteraciones en las áreas de ajuste de los individuos, su núcleo familiar y social circundante. El presente estudio tiene como objetivo establecer la prevalencia de ideación suicida en pacientes con cáncer de tejidos blandos (leucemias y linfomas) y cáncer gástrico (colorectal). Fue un estudio exploratorio descriptivo, de la línea de investigación en Psicooncología y Cuidado Paliativo a la cual pertenece el proyecto: “Conducta suicida (ideación suicida, intención suicida y suicidio frustrado) y factores biopsicosociales asociadas a esta en pacientes con cáncer”. La población que participó en este estudio fueron pacientes adultos del Centro de Investigaciones oncológicas de la clínica San Diego CIOSAD. De esta investigación se puede concluir que la prevalencia de ideación suicida en pacientes con estos tipos de cáncer es de 4.9% (N=10). Los factores asociados a la ideación suicida fueron: número de hijos, dolor y ansiedad en la última semana y estrato socioeconómico

Evaluación a largo plazo en mujeres tratadas con laser para depilación facial en uniláser medica

El vello facial no deseado es un problema común en las mujeres, los tratamientos láser han mostrado efectividad para su manejo. Objetivo: Evaluar los resultados de la depilación láser en cara de las pacientes tratadas a largo plazo (20 sesiones o más ) luego de un seguimiento de 6 meses durante los años 1997 y 2012. Metodología: 55 mujeres que con tipo de piel II a V recibieron 20 o más sesiones de láser con seguimiento mayor a 6 meses posterior al la última sesión. Resultados: la edad promedio fue (32 ± 9,3 años), el 18,2 % presentaban SOP o Hiperandrogenismo el número de sesiones en cara fue de (30,84 ± 12,132), un promedio de disparos de (6,330 ± 7,804), los Kilojulios acumulados tuvieron un promedio de (126,5 ± 161,4) la fluencia promedio fue (18,5 ± 3,2 Julios/cm2), el láser de Alexandrita fue utilizado en el 98% de las pacientes. Se encontró cambios significativos entre el conteo inicial y el final de vello facial (484,9 ± 568.9 (med=300) vs. 103,33± 138,63 (med=60), p<0.001, Test de Wilcoxon). El 32.7% mostraron reducción > 90% (5,5% reducción del 100%). Conclusión : El tratamiento con de depilación con láser mostro una reducción significativa del vello facial, en mujeres mayores de 14 años con un tratamiento a largo plazo (20 sesiones o más), con una tasa de reducción mayor del 90% en 32.7% de las pacientes y un promedio de reducción del grupo de 79,36 ±15,51 %, similar a lo reportado en los diferentes estudios (77%).

Comparación farmacoeconómica (costo – utilidad / beneficio / efectividad) del Rituximab, con el tratamiento convencional para pacientes con Linfoma No Hodgkins

El Linfoma no Hodgkin es un cáncer maligno que tiene baja incidencia a nivel nacional pero altos costos en la atención catalogándose por su manejo como enfermedad de alto costo. El tratamiento de acuerdo a fase de tratamiento, clasificación histológica y respuesta a tratamiento se consideran las alternativas de tratamiento determinadas en guías clínicas en este trabajo se revisará el tratamiento con quimioterapia (CHOP) y el tratamiento con Rituximab + CHOP Objetivo: Evaluar comparativamente el tratamiento con quimioterapia y el Rituximab en cuanto a costo beneficio / utilidad /efectividad y el efecto de ambas terapias sobre la calidad de vida y carga de enfermedad, desde la perspectiva del marco normativo vigente y la aplicación del mismo en una EPS Resultados: en los análisis de costo beneficio, utilidad y efectividad, se evidenció que los costos del tratamiento del Rituximab superan los de quimioterapia, pero al comparar los resultados obtenidos mediante AVISA, y QALY, confirmaron los resultados evidenciados en literatura, siendo estas las variables más sensibles para determinación de protocolos de manejo de Linfoma No Hodgkin. Conclusiones: aunque el Rituximab es una buena opción terapéutica para el Linfoma No Hodgkin, los costos que se ocasionan por este medicamento sobrepasan la compensación recibida por estos usuarios, es necesario que las políticas públicas relacionen este tipo de análisis para adecuar los ingresos a los egresos y permitir el equilibrio económico de la atención, no permitir que por cuestiones de economía empresarial se tomen alternativas equivocas que pueden ir el menos cabo de la salud de los usuarios.

Evaluación de la exposición a solventes orgánicos en pintores de carros de la ciudad de Bogotá

Introducción. Los pintores de vehículos automotores están expuestos a solventes puros o mezclas de estos, los cuales se han asociado con efectos neurológicos y mutacarcinogénicos. Materiales y Métodos. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal para caracterizar las condiciones de salud y trabajo de individuos expuestos a solventes orgánicos en talleres de lámina y pintura en Bogotá. Se comparó un grupo de expuestos a solventes orgánicos con un grupo no expuestos. Se determinaron concentraciones de benceno, tolueno y xileno (BTX) en aire, se aplicó una encuesta individual y se midieron en orina, los ácidos fenil mercaptúrico, hipúrico, orto-para metilhipúrico como metabolitos de benceno, tolueno y xileno. Los resultados de las mediciones y de la encuesta se correlacionaron para establecer el panorama de exposición. Resultados: hubo diferencias estadísticamente significativas entre la población expuesta y la población no expuesta a solventes (p = 0,00) para los tres metabolitos de BTX. Se encontraron correlaciones positivas entre el tolueno en aire y ácido hipúrico en orina de los expuestos, (Spearman de 0,82) y entre el xileno en aire y el ácido o-metilhipúrico (Spearman de 0,76). Se encontraron valores de ácido hipúrico por encima de los límites permisibles en 11 2 trabajadores y de ácido p-metilhipúrico en 8 de ellos. No hubo valores para ácido fenilmercapturico fuera de límite. Discusión: los pintores de carros se encuentran expuestos a niveles altos de solventes orgánicos en sus sitios de trabajo y no cuentan con condiciones adecuadas de higiene y seguridad industrial para realizar sus labores.

Convergencia de vías de señalización en un modelo de apoptosis

La sepsis es un evento inflamatorio generalizado del organismo inducido por un daño causado generalmente por un agente infeccioso. El patógeno más frecuentemente asociado con esta entidad es el Staphylococcus aureus, responsable de la inducción de apoptosis en células endoteliales debida a la producción de ceramida. Se ha descrito el efecto protector de la proteína C activada (PCA) en sepsis y su relación con la disminución de la apoptosis de las células endoteliales. En este trabajo se analizó la activación de las quinasas AKT, ASK1, SAPK/JNK y p38 en un modelo de apoptosis endotelial usando las técnicas de Western Blotting y ELISA. Las células endoteliales (EA.hy926), se trataron con C2-ceramida (130μM) en presencia de inhibidores químicos de cada una de estas quinasas y PCA. La supervivencia de las células en presencia de inhibidores químicos y PCA fue evaluada por medio de ensayos de activación de las caspasas 3, 7 y 9, que verificaban la muerte celular por apoptosis. Los resultados evidencian que la ceramida reduce la activación de AKT y aumenta la activación de las quinasas ASK, SAPK/JNK y p38, en tanto que PCA ejerce el efecto contrario. Adicionalmente se encontró que la tiorredoxina incrementa la activación/fosforilación de AKT, mientras que la quinasa p38 induce la defosforilación de AKT.

Tratamiento de Artritis reumatoide con antagonistas del factor de necrosis tumoral alfa y su asociación con el desarrollo de melanoma cutáneo: revisión sistemática de la literatura y meta-análisis.

Introducción: El tratamiento con antagonistas del factor de necrosis tumoral alfa (anti TNF) ha impactado el pronóstico y la calidad de vida de los pacientes con artritis reumatoide (AR) positivamente, sin embargo, se interroga un incremento en el riesgo de desarrollar melanoma. Objetivo: Conocer la asociación entre el uso de anti TNF y el desarrollo de melanoma maligno en pacientes con AR. Metodología: Se realizó una búsqueda sistemática en MEDLINE, EMBASE, COCHRANE LIBRARY y LILACS para ensayos clínicos, estudios observacionales, revisiones y meta-análisis en pacientes adultos con diagnóstico de AR y manejo con anti TNF (Certolizumab pegol, Adalimumab, Etanercept, Infliximab y Golimumab). Resultados: 37 estudios clínicos cumplieron los criterios de inclusión para el meta-análisis, con una población de 16567 pacientes. El análisis de heterogeneidad no fue significativo (p=1), no se encontró diferencia en el riesgo entre los grupos comparados DR -0.00 (IC 95% -0.001; -0.001). Un análisis adicional de los estudios en los que se reportó al menos 1 caso de melanoma (4222 pacientes) tampoco mostró diferencia en el riesgo DR -0.00 (IC 95% -0.004 ; -0.003). Conclusión: En la evidencia disponible a la fecha no encontramos asociación significativa entre el tratamiento con anti TNF en pacientes con diagnóstico de AR y el desarrollo de melanoma cutáneo.

Carcinoma de tiroides una verdadera pandemia?

El diagnóstico de cáncer de tiroides se ha incrementado y las posibilidades de detección de una enfermedad subclínica son altas, toda vez que disponemos de herramientas de detección más sensibles y de fácil acceso. Por ende, el clínico requiere conocer la historia natural del nódulo tiroideo y del carcinoma papilar de tiroides de bajo riesgo para brindar a su paciente el mejor tratamiento basado en la evidencia clínica. El objetivo de esta revision es reconocer los elementos clínicos que han condicionado el aumento inusitado de casos de cáncer de tiroides. Conclusión: El sobrediagnóstico del cáncer de tiroides es una realidad, que se posibilita por el uso extendido de biopsia por aspiración con aguja fina ((BACAF)) después de la detección de un nódulo tiroideo, en gran parte de manera incidental, sin acarrear la mayoría de las veces un mejor pronóstico después de su tratamiento.

Contribuição para o estudo do linfoma no cão em Portugal : análise da casuística em dois centros de referência

O linfoma é um grupo heterogéneo de neoplasias que apresentam morfologia variável e apresentações clínicas diversas, exigindo diferentes abordagens diagnósticas e terapêuticas. O prognóstico difere bastante entre os canídeos afectados. A presente dissertação refere-se a um estudo retrospectivo (2008-2012), de 50 canídeos com linfoma, com o objectivo de comparar os resultados obtidos com a bibliografia publicada, determinando ainda o impacto do imunofenótipo (B ou T) na sobrevida de cães com linfoma. Foi registado o mesmo número de machos e fêmeas e as raças mais frequentes foram o Boxer, Rottweiller e Cocker Spaniel. O diagnóstico da doença foi realizado maioritariamente por histopatologia de linfonodo (56%), revelando 84% de linfomas da forma multicêntrica. Quando determinado, o imunofenótipo mais frequente foi o de células B (69%). A maioria dos canídeos estava em estadios avançados da doença (III-V) (98%) no momento do diagnóstico, revelando 54% dos casos sub-estadio "b" segundo a OMS. O tratamento quimioterápico mais utilizado foi o protocolo CHOP (n=26) seguido do COP (n=9). A toxicidade hematológica e gastrointestinal secundárias à quimioterapia estiveram em igual número (22% cada), não se observando efeitos adversos em 56% dos cães com linfoma. Por último, o tempo médio de sobrevivência registado foi de 393 dias. Não foi encontrada uma relação estatísticamente significativa entre as variáveis (raça, sub-estadio e sexo) e o imunofenótipo de linfoma, sendo os tempos médios de sobrevivência de linfomas T e B semelhantes, 388 e 463 dias, respectivamente. No nosso caso, as principais diferenças encontradas, relativamente à bibliografia publicada, foram uma quantidade elevada de pacientes em sub-estadio "b" e os tempos médios de sobrevivência semelhantes para os diferentes imunofenótipos.

Endocrine regulation of ovarian antral follicle development in cattle

Antral follicle growth in cattle occurs in two distinct phases; the first 'slow' growth phase spans the time from antrum acquisition to a size of approximately 3 mm detectable by transrectal ultrasound, and the second 'fast' phase is gondadotrophin-dependent and includes cohort growth, dominant follicle (DF) selection, and DF growth. This review summarises current concepts of the relative roles FSH and LH, ovarian and metabolic hormones play mainly in the second phase of antral follicle growth in animals of different reproductive and nutritional states. It is proposed that differential FSH response may enable one cohort follicle to become selected, and that follicular secretions, particularly inhibin, suppress FSH and thus are responsible for DF selection and dominance. Acute dependence of the DF on LH pulses will determine DF lifespan, and the LH pulse profile can be influenced by metabolic hormones such as leptin, providing one possible link for nutritional state and reproduction. Direct ovarian effects of acute and chronic changes in growth hormone, insulin and insulin-like growth factor (IGF)-I have been described on cohort follicles, DF oestrogen activity and on DF growth. Influences of metabolic hormones on early antral follicles undergoing their first 'slow' growth phase are less well described, yet metabolic hormones appear to enhance growth into the cohort available for FSH-induced emergence, and may influence subsequent developmental competence of oocytes. (C) 2003 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

The long-term effect of active immunization against inhibin in goats

This experiment addresses the long-term effect of active immunization of goats against a recombinant ovine inhibin alpha subunit (roIHN-alpha). In late anestrus 100 mu g of roINH-alpha was administered to 40 pluriparous Boer goat does, followed, 4 weeks later, by a booster injection. Weekly blood samples were drawn to monitor the inhibin binding capacity with the aid of a radio-tracer binding assay. From the onset until 48 h after the end of each estrus, follicular development and ovulation rate were monitored at 24 h intervals by transrectal ultrasonography. Beginning in August and continuing into January, does were mated at every other estrus, and submitted to transcervical embryo collection. Seven months after the first immunization, the does were mated again and permitted to carry to term. All immunized does produced inhibin antibodies, an elevated titre being first detected 2 weeks after primary immunization. Maximum titres were reached after 6 weeks, i.e. 2 weeks after the booster injection. Thereafter, in the course of the following 32 weeks, the titre subsided gradually. The does started cycling by mid-August. At that stage the average number of follicles more than 4 mm in diameter, ovulations and total embryos and ova recovered were 14.7 (+/- 2.3), 5.3 (+/- 0.7) and 4.4 (+/- 1.0), respectively. A steady decline followed and in January the corresponding means were: 5.2 (+/- 0.6) follicles, 3.1 (+/- 0.6) ovulations and 1.2 (+/- 0.4) embryos and ova recovered. When mated toward the end of the breeding season, 85% of the does became pregnant to the first mating and 73% went to term. Healthy kids were born, the average litter size being 2.2 (+/- 0.1). In conclusion, immunization of goats against a recombinant inhibin alpha-subunit proved to be a practicable means of producing embryos for transfer purposes. After about half a year, when the inhibin antibody titre has subsided, it is possible to return the does to the breeding flock without risking complications with normal breeding activity. (c) 2009 Elsevier Inc. All rights reserved.