Detecção de Cowpea aphid-borne mosaic virus em feijão-de-porco no estado do Pará.

O feijão-de-porco é uma leguminosa utilizada em recuperação e recobrimento do solo e controle de plantas invasoras, por possuir efeito alelopático sobre outras espécies de plantas. A sua produtividade pode ser afetada por doenças, entre elas destacam-se as causadas por vírus. Em Altamira-PA, no campo experimental da Embrapa, observou-se plantas de feijão-de-porco apresentando os sintomas característicos de viroses como o mosaico, nanismo e deformação foliar. Assim, o objetivo deste trabalho foi identificar a espécie de vírus em amostras de feijão-de-porco. Para isso, as amostras foliares foram avaliadas utilizando os testes ELISA e em sequida o de RT-PCR com primers específicos para CABMV (CABMV-F e CABMV-R). No teste de RT-PCR obteve-se a banda esperada de 221 pb correspondente à parte do gene da capa proteica do vírus CABMV. Este foi o primeiro relato de CABMV em feijão-de-porco no Estado do Pará.

Detecção de oito vírus em videiras por meio de RT-PCR em tempo real.

2011

Desenvolvimento de um meio semi-seletivo para a detecção de Pseudomonas syringae pv. tomato.

Desenvolveu-se um meio semi-seletivo para Pseudomonas syringae pv. tomato (Pst), objetivando seu uso em detecção do patógeno em sementes de tomate. A seletividade do meio foi obtida através de antibiogramas e testes de crescimento do patógeno, representado por 04 isolados procedentes de Guaíra, SP, Botucatu, SP, Coimbra,MG e Planaltina, GO. Também, foram comparadas diversas concentrações do agente antifúngico clorotalonil e do agente halofílico. O meio proposto tem a seguinte constituição, tendo como base o meio B de King: proteose peptona n.3, 10g; KH2PO4, 1,5g; MgSO4, 7H2O, 15g; glicerol, 10 ml; NaCl, 15 g; Clorotalonil, 200 ug/ml; agar, 15g; agua destilada, 1000 ml; acrescido dos antibioticos cefadroxil, 50 ug/ml; cefalexina, 50 ug/ml e clindamicina, 100 ug/ml. Este meio apresenta um índice de repressividade de 1,3%, alto índice de supressividade e sensibilidade de 10(2) UFC/ml de Pst.

Métodos para detecção de Clavibacter michiganense subsp. michiganense e Xanthomonas campestris pv. vesicatoria em sementes de tomate.

Visando detectar Clavibacter michiganense subsp. michiganense (Cm) e Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (Xcv) em sementes de tomate, duas técnicas foram comparadas: meio semi-seletivo e planta indicadora. Os seguintes parâmetros foram avaliados: soluções extratoras de Cm e Xcv de sementes inteiras e moídas, especificidade e sensibilidade. Os resultados mostraram que os meios semi-seletivos MB1M (MB1 + telurito de potássio, ácido borico e benomil) e TAM (peptona, brometo de potássio, cloreto de cálcio, agar + Tween 80, cefalexina e clorotalonil), foram mais eficientes para detecção de Cm e Xcv, a partir de sementes moídas em tampão fosfato do que os meios disponíveis e, apresentaram maior especificidade e sensibilidade, detectando 10(2) - 10(3) ufc/ml de Cme Xcv em comparacao a 10(3) - 10(4) ufc/ml da inoculação em plântulas de tomateiro (cvs. Angela Gigante e Santa Cruz).

Xanthomonas campestris pv. phaseoli em sementes de feijão. I. Detecção por serologia.

Foram comparadas quatro técnicas de extração e dois métodos serológicos para a detecção de xanthomonas campestris pv. phaseoli (Xcph) e do "Strain" fuscans (Xcphf) em sementes de feijão (Phaseolus vulgaris). As técnicas de extração incluíram sementes moídas e inteiras, com ou sem assepsia superficial, imersas em água destilada ou meio liquido (3g extrato de levedura/L) esterilizados e incubação por 2 horas, a temperatura ambiente (sementes moídas) ou 18-24 hs, a 5-10 .C (sementes inteiras). Para a identificação do patógeno, foram comparadas as técnicas serológicas de microprecipitina em placas e dupla difusao em gel-de-agar. A melhor técnica de extração foi a imersão de sementes inteiras em água destilada esterilizada, por 18-24 horas, a 5-10 .C. O método damicroprecipitina apresentou maior sensibilidade, mas menor especificidade que a dupla difusão em gel-de-agar. O antissoro do "Strain" fuscans reagiu tanto com o antígeno homólogo (Xcphf) como com o heterólogo (Xcph). Sob o ponto de vista prático este antissoro pode ser usado para a detecção dos patógenos causadores do crestamento bacteriano do feijoeiro. A sensibilidade do método da dupla difusão não foi suficiente para a detecção segura de baixas incidências do patógeno em amostras de sementes de feijão.

Xanthomonas campestris pv. phaseoli: método para detecção em semente de feijão.

1992

Detecção de Xanthomonas campestris pv. phaseoli e fungos em sementes de feijão produzidas no Estado de São Paulo.

Foi pesquisada a presença de Xanthomonas campestris pv. phaseoli e de fungos em sementes certificadas de feijão produzidas pela Secretaria da Agricultura do Estado de São Paulo nas safras da seca e inverno de 1991 e 1993. A bactéria foi detectada através do método de inoculação em planta indicadora de feijoeiro da cultivar CNF 0010. A incidência de fungos foi determinada pelo método do papel de filtro. Quanto a bactéria, foram examinadas amostras de 188 lotes em 1991 e 124 em 1993. Para os fungos foram analisadas amostras de 147 lotes no ano de 1991. Em 1991, a bacteria foi detectada somente nas amostras de Aracatuba (16,7%), Paraguacu Paulista (18,2%) e Sao Jose do Rio Preto (4%) com incidental mínima de (0,5%). No ano de 1993, X. camperstris pv. phaseoli foi encontrada nas amostras de Araçatuba (6,3%), Bauru (20%), Fernandópolis (12,7%), Lucelia (33,3%), Marilia (12,5%), Paraguacu Paulista (50,0%), Presidente Prudente (46,7%), Ribeirao Preto (16,7%), Santo Anastacio (66,7%), Sao José do Rio Preto (40,0%). Em 1991, a bactéria foi detectada em apenas 5,3% das amostras analisadas, ocorrendo em 1993 um aumento da incidência do patogeno, que foi detectado em 30,6% das amostras, provavelmente devido as condicoes climaticas favoraveis ao crestamento bacteriano. Foram encontrados os fungos Colletotrichum lindemuthianum, Rhizoctonia solani, Macrophomina phaseolina, Phaeoisariopsis griseola e Alternaria spp.. As regiões de Aguaí, Aracatuba, Avaré e Lucélia apresentaram maior incidência destes fungos. Entre as 147 amostras analisadas, R. solani foi detectada em Araçatuba em 28,6% das amostras, Bauru (50,0%), Fernadópolis (8,7%), Lucélia (27,0%) e Marília (7,5%) e C. lindemuthianum em Araçatuba (3,3%), Avaré (25,0%) e Lucélia(5,5%). Os demais fungos foram detectados em baixas incidências podendo-se concluir que com relação a presença de fungos, os lotes analisados apresentaram boa qualidade sanitária. Os resultados mostraram que houve alta contaminação das sementes por X. campestris pv. phaseoli em 1993, o que ocorreu aumento do inoculo nas sementes de 1991 para 1993, destacando-se os municípios P. Paulista, S. José da Rio Preto, Santo Anastácio e Presidente Prudente como os que apresentam maior infecção das sementes.

Mapeamento de QTLs associados com a resistência à Helmintosporiose em sorgo.

2016

Detecção de isolados Escherichia coli multirresistentes e genotipicamente relacionados em fezes e carcaças suínas.

2016

Mapping quantitative trait loci in a wild population using linkage and linkage disequilibrium analyses

Historical information can be used, in addition to pedigree, traits and genotypes, to map quantitative trait locus (QTL) in general populations via maximum likelihood estimation of variance components. This analysis is known as linkage disequilibrium (LD) and linkage mapping, because it exploits both linkage in families and LD at the population level. The search for QTL in the wild population of Soay sheep on St. Kilda is a proof of principle. We analysed the data from a previous study and confirmed some of the QTLs reported. The most striking result was the confirmation of a QTL affecting birth weight that had been reported using association tests but not when using linkage-based analyses. Copyright © Cambridge University Press 2010.

Linkage mapping of CVD risk traits in the isolated Norfolk Island population

To understand the underlying genetic architecture of cardiovascular disease (CVD) risk traits, we undertook a genome-wide linkage scan to identify CVD quantitative trait loci (QTLs) in 377 individuals from the Norfolk Island population. The central aim of this research focused on the utilization of a genetically and geographically isolated population of individuals from Norfolk Island for the purposes of variance component linkage analysis to identify QTLs involved in CVD risk traits. Substantial evidence supports the involvement of traits such as systolic and diastolic blood pressures, high-density lipoprotein-cholesterol, low-density lipoprotein-cholesterol, body mass index and triglycerides as important risk factors for CVD pathogenesis. In addition to the environmental inXuences of poor diet, reduced physical activity, increasing age, cigarette smoking and alcohol consumption, many studies have illustrated a strong involvement of genetic components in the CVD phenotype through family and twin studies. We undertook a genome scan using 400 markers spaced approximately 10 cM in 600 individuals from Norfolk Island. Genotype data was analyzed using the variance components methods of SOLAR. Our results gave a peak LOD score of 2.01 localizing to chromosome 1p36 for systolic blood pressure and replicated previously implicated loci for other CVD relevant QTLs.

Functionally associated molecular genetic marker map construction in perennial ryegrass (Lolium perenne L.)

A molecular marker-based map of perennial ryegrass (Lolium perenne L.) has been constructed through the use of polymorphisms associated with expressed sequence tags (ESTs). A pair-cross between genotypes from a North African ecotype and the cultivar Aurora was used to generate a two-way pseudo-testcross population. A selection of 157 cDNAs assigned to eight different functional categories associated with agronomically important biological processes was used to detect polymorphic EST–RFLP loci in the F1(NA6 × AU6) population. A comprehensive set of EST–SSR markers was developed from the analysis of 14,767 unigenes, with 310 primer pairs showing efficient amplification and detecting 113 polymorphic loci. Two parental genetic maps were produced: the NA6 genetic map contains 88 EST–RFLP and 71 EST–SSR loci with a total map length of 963 cM, while the AU6 genetic map contains 67 EST–RFLP and 58 EST–SSR loci with a total map length of 757 cM. Bridging loci permitted the alignment of homologous chromosomes between the parental maps, and a sub-set of genomic DNA-derived SSRs was used to relate linkage groups to the perennial ryegrass reference map. Regions of segregation distortion were identified, in some instances in common with other perennial ryegrass maps. The EST-derived marker-based map provides the basis for in silico comparative genetic mapping, as well as the evaluation of co-location between QTLs and functionally associated genetic loci.

Genetic Impacts of the Hull on Barley Grain Quality

Barley hull plays an important role in malt and feed quality and processing. In this study we measured the variation in hull con-tent along with other grain quality traits namely, kernel discolouration and degree of pre-harvest sprouting, in a single map-ping population. There were significant (p < 0.05) genetic as well as environment effects. In addition, heritability was calculated for hull content to be 29% and 47% for two years’ data. From the analysis, major QTL markers were identified in con-trolling the expression of hull content on chromosomes 2 (2H), and 6 (6H) with significant (P < 0.05) LOD scores of 5.4 and 3.46 respectively. Minor QTLs were identified on 1 (7H), 4 (4H), 5 (1H) and 7 (5H). The region at marker Bmac310 on 4(4H) could be associated with dormancy gene SD4. A number of the QTLs also coincided with regions for either kernel discolouration or preharvest sprouting resistance (dormancy). The results indicate that variation exists for hull content, which is influenced by both growing environment as well as genetically, although the genetic variance explained less than half of the total variance. Further, hull content also impacts on other grain quality attributes including dormancy, sprouting resistance and kernel appearance.

Rice molecular breeding laboratories in the genomics era: Current status and future considerations

Using DNA markers in plant breeding with marker-assisted selection (MAS) could greatly improve the precision and efficiency of selection, leading to the accelerated development of new crop varieties. The numerous examples of MAS in rice have prompted many breeding institutes to establish molecular breeding labs. The last decade has produced an enormous amount of genomics research in rice, including the identification of thousands of QTLs for agronomically important traits, the generation of large amounts of gene expression data, and cloning and characterization of new genes, including the detection of single nucleotide polymorphisms. The pinnacle of genomics research has been the completion and annotation of genome sequences for indica and japonica rice. This information-coupled with the development of new genotyping methodologies and platforms, and the development of bioinformatics databases and software tools-provides even more exciting opportunities for rice molecular breeding in the 21st century. However, the great challenge for molecular breeders is to apply genomics data in actual breeding programs. Here, we review the current status of MAS in rice, current genomics projects and promising new genotyping methodologies, and evaluate the probable impact of genomics research. We also identify critical research areas to "bridge the application gap" between QTL identification and applied breeding that need to be addressed to realize the full potential of MAS, and propose ideas and guidelines for establishing rice molecular breeding labs in the postgenome sequence era to integrate molecular breeding within the context of overall rice breeding and research programs.

Confirmation of QTL mapping and marker validation for partial seedling resistance to crown rot in wheat line '2-49'

We have tested the efficacy of putative microsatellite single sequence repeat (SSR) markers, previously identified in a 2-49 (Gluyas Early/Gala) × Janz doubled haploid wheat (Triticum aestivum) population, as being linked to partial seedling resistance to crown rot disease caused by Fusarium pseudograminearum. The quantitative trait loci (QTLs) delineated by these markers have been tested for linkage to resistance in an independent Gluyas Early × Janz doubled haploid population. The presence of a major QTL on chromosome 1DL (QCr.usq-1D1) and a minor QTL on chromosome 2BS (QCr.usq-2B1) was confirmed. However, a putative minor QTL on chromosome 2A was not confirmed. The QTL on 1D was inherited from Gluyas Early, a direct parent of 2-49, whereas the 2B QTL was inherited from Janz. Three other putative QTLs identified in 2-49 × Janz (on 1AL, 4BL, and 7BS) were inherited by 2-49 from Gala and were not able to be confirmed in this study. The screening of SSR markers on a small sample of elite wheat genotypes indicated that not all of the most tightly linked SSR markers flanking the major QTLs on 1D and 1A were polymorphic in all backgrounds, indicating the need for additional flanking markers when backcrossing into some elite pedigrees. Comparison of SSR haplotypes with those of other genotypes exhibiting partial crown rot resistance suggests that additional, novel sources of crown rot resistance are available.