Revisiting molecular diagnostics of Streptococcus pneumoniae

Streptococcus pneumoniae is a human pathobiont that colonizes the nasopharynx. S. pneumoniae is responsible for causing non-invasive and invasive disease such as otitis, pneumonia, meningitis, and sepsis, being a leading cause of infectious diseases worldwide. Due to similarities with closely related species sharing the same niche, it may be a challenge to correctly distinguish S. pneumoniae from its relatives when using only non-culture based methods such as real time PCR (qPCR). In 2007, a molecular method targeting the major autolysin (lytA) of S. pneumoniae by a qPCR assay was proposed by Carvalho and collaborators to identify pneumococcus. Since then, this method has been widely used worldwide. In 2013, the gene encoding for the ABC iron transporter lipoprotein PiaA, was proposed by Trzcinzki and collaborators to be used in parallel with the lytA qPCR assay. However, the presence of lytA gene homologues has been described in closely related species such as S. pseudopneumoniae and S. mitis and the presence of piaA gene is not ubiquitous between S. pneumoniae. The hyaluronate lyase gene (hylA) has been described to be ubiquitous in S. pneumoniae. This gene has not been used so far as a target for the identification of S. pneumoniae. The aims of our study were to evaluate the specificity, sensitivity, positive predicted value (PPV) and negative predicted value (NPV) of the lytA and piaA qPCR methods; design and implement a new assay targeting the hylA gene and evaluate the same parameters above described; analyze the assays independently and the possible combinations to access what is the best approach using qPCR to identify S. pneumoniae. A total of 278 previously characterized strains were tested: 61 S. pseudopneumoniae, 37 Viridans group strains, 30 type strains from other streptococcal species and 150 S. pneumoniae strains. The collection included both carriage and disease isolates. By Mulilocus Sequence Analysis (MLSA) we confirmed that strains of S. pseudopneumoniae could be misidentified as S. pneumoniae when lytA qPCR assay is used. The results showed that as a single target, lytA had the best combination of specificity, sensitivity, PPV and NPV being, 98.5%, 100.0%, 98.7% and 100.0% respectively. The combination of targets with the best values of specificity, sensibility, PPV and NPV were lytA and piaA, with 100.0%, 93.3%, 97.9% and 92.6%, respectively. Nonetheless by MLSA we confirmed that strains of S. pseudopneumoniae could be misidentified as S. pneumoniae and some capsulated (23F, 6B and 11A) and non-capsulated S. pneumoniae were not Identified using this assay. The hylA gene as a single target had the lowest PPV. Nonetheless it was capable to correctly identify all S. pneumoniae.

Dispersão de sementes por aves na galeria ripícola e matriz envolvente

As galerias ripícolas são habitats com uma grande disponibilidade de recursos alimentares e abrigo para a fauna, estando entre os habitats mais importantes e vulneráveis do mundo. São uma fonte de produção de frutos, o que atrai muitos animais, como as aves frugívoras, que são os principais dispersores de sementes na bacia do Mediterrâneo. O objetivo principal deste estudo foi estudar os padrões de dispersão de sementes por aves na interface galeria ripícola-matriz florestal envolvente (Montado). Foram marcadas com fluorescência plantas-mãe produtoras de frutos, e utilizadas armadilhas para sementes e transectos, para a recolha dos dejetos de aves onde, posteriormente, se detetaram as sementes dispersadas. Constatou-se que a dispersão de sementes e a abundância de plantas-mãe foi superior a distâncias mais próximas da ribeira, diminuindo à medida que esta distância aumenta. A espécie mais dispersada foi Smilax aspera e as espécies com sementes de menor dimensão, foram dispersadas a uma maior distância da planta-mãe, provavelmente devido a este tipo de sementes permanecerem mais tempo no trato intestinal das aves. Os resultados deste estudo apresentam algumas implicações para a colonização da matriz adjacente por plantas produtoras de frutos; ABSTRACT: Riparian galleries are habitats with a large availability food resources and shelter for animals, being among the most important and vulnerable habitats in the world. These zones are a great source of fruits attracting many animals, such as frugivorous birds, which are the main seed dispersers in the Mediterranean basin. The objective of this thesis is the study of seed dispersal patterns by birds, in the riparian gallery and in the surrounding forest matrix (Montado). Fruits of several plant species were used to collect bird droppings and detect fluorescent seeds in those droppings. Fruit abundance and seed dispersal were higher close to the stream, and decreased rapidly with an increase in distance from the stream. From all species, the most dispersed was Smilax aspera and species with smaller seed were found at a significantly larger distance from parents plants than species with large seeds. This can be explained by the fact that smaller seed stay longer in the intestinal tract of the birds. The results of this study present some implications for the colonization of freshly fruit plants from the riparian gallery into the adjacent matrix.

A implantação de hidrelétricas na Amazônia brasileira, impactos socioambientais e à saúde com as transformações no território : o caso da UHE de Belo Monte

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Humanas, Departamento de Geografia, Pós-Graduação em Geografia, 2016.

Incidência de fungos em pós-colheita de banana 'Prata anã'(Musa AAB)

Este trabalho teve por objetivo determinar a ocorrência e a freqüência de fungos em banana 'Prata anã' e elucidar o agente causal das podridões em pós-colheita de frutos provenientes do norte de Minas Gerais. Dois métodos de isolamento foram adotados: diluição em placas, a partir da lavagem de frutos verdes, e direto de frutos maduros. Os fungos Colletotrichum musae, Trichoderma harzianum, Fusarium equisetii, Penicillium sp. Aspergillus parasiticus, Trichothecium roseum, Colletotrichum acutatum, Alternaria sp., Cladosporium musae e Curvularia lunata foram os mais freqüentemente associados aos frutos. A patogenicidade desses fungos foi testada pela substituição de discos da casca de frutos verdes por discos de micélio. Colletotrichum musae apresentou área média lesionada em torno do ponto de inoculação igual a 5,8 cm², enquanto para os demais fungos testados não passou de 1,50 cm². Os resultados mostraram que C. musae é o agente primário das podridões dos frutos examinados com 100 % de incidência e os demais fungos limitaram-se a necrosar os ferimentos em torno do ponto de inoculação. O modo de infecção latente, causada por C. musae, parece favorecer, primeiramente, a colonização interna dos tecidos e, posteriormente, a ação dos fungos oportunistas, que aceleram as podridões nos frutos e na coroa.

Apropriação e privatização de territórios no Brasil e Paraguai : relação dependente e subimperialismo

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Sociais, Centro de Pesquisa e Pós-Graduação sobre as Américas, Programa de Pós-Graduação em Estudos Comparados sobre as Américas, 2015.

A estação do neolítico antigo Cardial de Cabranosa (Vila do Bispo)

A introdução da economia neolítica (agricultura e domesticação) no território português ficar-se-ia a dever, segundo J. Zilhão, à presença directa de pequenos grupos implantados na região do maciço calcário da Estremadura os quais, depois de algumas centenas de anos, mediante processo de interacção finalmente desencadeado com os grupos mesolíticos sediados na parte mais interior do estuário do Tejo, estão na origem da subsequente expansão da economia de produção neolítica pelo interior do território hoje português. A teoria do "enclave neolítico" do maciço calcário estremenho, decorrente da aceitação do modelo da "colonização pioneira" preconizado por J. Zilhão foi, depois, alargada pelo mesmo autor à região do Baixo Alentejo e do Algarve, mas a mesma poderia aplicar-se à região da Figueira da Foz onde, nos inícios do século XX, António dos Santos Rocha escavou as estações de Várzea do Lírio e de Junqueira.

Do imaginado ao imaginário : magia, improviso e salvação nas narrativas orais tradicionais e nos discursos de formação da Igreja e da religiosidade católica no Brasil

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Sociais, Departamento de Sociologia, 2016.

Povoações, freguesias e vilas na Paraíba Colonial: Pombal e Sousa, 1697-1800

The towns presently named Pombal and Sousa, located in the hinterland of the State of Paraíba, Brazil, still keep vestiges of the colonization process they went through along the 18th and 19th centuries, when they both emerged as settlement nuclei in the extreme West of the then captaincy of Paraíba and attained the status of freguesia and vila in a later period. This research aims to comprehend the process of urban formation and development of the colonial urban nuclei of Pombal and Sousa as they became povoados (hamlets), freguesias (parishes) and vilas (small urban communities with a local government), according to territorial expansion policies implemented by the Portuguese government from 1697 to 1800. The choice of the two urban settlements for this survey lies in the fact that they were part of the great conquest and colonization program undertaken by the Portuguese Crown. Another aspect that was considered was the fact that those towns are the oldest urban nuclei of Paraíba s hinterland. They came into being as early as in the times of the colony, thus producing a favorable environment to the study of the changes that occurred in the captaincy s hinterland scenery resulting from the process of formation and development of the colonial urban space. Three fundamental categories of analysis were defined since they have a direct bearing upon the urban configuration of the two colonization nuclei: povoado, freguesia and vila. The three of them are related to civil and ecclesiastic jurisdictions. Field, documentation and bibliography surveys were undertaken in order to develop the study. They allowed for the finding of vestiges of the old, colonial urban structures and for the development of theoretical analysis based on present-day studies of issues relating to the colonial urban history. The study purposes were, therefore, to try to understand how the old urban nuclei of Pombal and Sousa fit in the territorial expansion policies undertaken by the Portuguese government; to relate the process of urban formation and development of such nuclei with the categories of analysis povoação-freguesia-vila by discussing the relations and influences they exert over one another and their territory, as well as to unveil, as much as possible, the configuration the urban spaces that were shaped along the 18th century

Diagnóstico de uma unidade de SAF em assentamento.

O assentamento Sepé Tiaraju consiste no primeiro do estado de São Paulo criado pela modalidade de PDS (Projeto de Desenvolvimento Sustentável), por isso necessitando de um sistema de produção que alie a conservação ambiental, com o desenvolvimento, soberania alimentar e geração de renda às famílias assentadas. Atendendo a uma demanda do INCRA (Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária) e principalmente dos agricultores assentados, a EMBRAPA ? Meio Ambiente (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária) vem desenvolvendo no assentamento um projeto que visa a apropriação por parte dos agricultores e a capacitação dos mesmos em SAFs (Sistemas Agroflorestais). No decorrer do projeto pode-se identificar que mesmo sensibilizados com o tema, os agricultores ainda tinham dificuldades em planejar seus SAFs, e atendendo a essa demanda dos agricultores fo realizado um curso para que os mesmos pudessem planejar suas áreas de SAFs. O resultado desse curso foram cinco implantações de SAFs em sistemas de mutirões participativos, que proporcionou uma rica troca de experiência entre os agricultores e técnicos presentes, pois os mesmos colaboravam em cada área a ser implantada, com seus conhecimentos ao mesmo tempo em que aprendiam com as experiências dos outros; resultando em um desenho diferente a cada implantação realizada, pois se levou em consideração os objetivos do agricultor que estava implantando o sistema, as características de cada lote, e o conhecimento de manejo do agricultor.

Implantação participativa de sistemas agroflorestais no assentamento Sepé Tiaraju - SP.

O assentamento Sepé Tiaraju consiste no primeiro do estado de São Paulo criado pela modalidade de PDS (Projeto de Desenvolvimento Sustentável), por isso necessitando de um sistema de produção que alie a conservação ambiental, com o desenvolvimento, soberania alimentar e geração de renda às famílias assentadas. Atendendo a uma demanda do INCRA (Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária) e principalmente dos agricultores assentados, a EMBRAPA ? Meio Ambiente (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária) vem desenvolvendo no assentamento um projeto que visa a apropriação do conhecimento e a capacitação em SAFs (Sistemas agroflorestais) por parte dos agricultores. No decorrer do projeto pode-se identificar que mesmo sensibilizados com o tema, os agricultores ainda tinham dificuldades em planejar seus SAFs, e atendendo a essa demanda dos agricultores foi realizado um curso para que os mesmos pudessem planejar suas áreas de SAFs. O resultado desse curso foram cinco implantações de SAFs em sistemas de mutirões participativos, que proporcionou uma rica troca de experiência entre os agricultores e técnicos presentes, pois os mesmos colaboravam com seus conhecimentos em cada área a ser implantada, ao mesmo tempo em que aprendiam com as experiências dos outros; resultando em um desenho diferente a cada implantação realizada, pois se levou em consideração os objetivos do agricultor que estava implantando o sistema, as características de cada lote, e o conhecimento de manejo do agricultor.

Construção participativa de SAFs em assentamentos.

O assentamento Sepé Tiaraju consiste no primeiro do estado de São Paulo criado pela modalidade de PDS (Projeto de Desenvolvimento Sustentável), por isso necessitando de um sistema de produção que alie a conservação ambiental, com o desenvolvimento, soberania alimentar e geração de renda às famílias assentadas. Atendendo a uma demanda do INCRA (Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária) e principalmente dos agricultores assentados, a EMBRAPA ? Meio Ambiente (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária) vem desenvolvendo no assentamento um projeto que visa a apropriação por parte dos agricultores e a capacitação dos mesmos em SAFs (Sistemas Agroflorestais). No decorrer do projeto pode-se identificar que mesmo sensibilizados com o tema, os agricultores ainda tinham dificuldades em planejar seus SAFs, e atendendo a essa demanda dos agricultores foi realizado um curso para que os mesmos pudessem planejar suas áreas de SAFs. O resultado desse curso foram cinco implantações de SAFs em sistemas de mutirões participativos, que proporcionou uma rica troca de experiência entre os agricultores e técnicos presentes, pois os mesmos colaboravam em cada área a ser implantada, com seus conhecimentos ao mesmo tempo em que aprendiam com as experiências dos outros; resultando em um desenho diferente a cada implantação realizada, pois se levou em consideração os objetivos do agricultor que estava implantando o sistema, as características de cada lote, e o conhecimento de manejo do agricultor.

Assentamentos rurais no Brasil: uma releitura.

Por meio de diagnósticos de sistemas de produção e de trabalho etnográfico, foram realizadas análises dos processos socioeconômicos dos assentamentos rurais do Rio Grande do Sul e da Bahia, assim como do espaço de mediação da reforma agrária nesses estados, especialmente na cadeia clientelistica que se estabeleceu entre o Instituto Ncional de Colonização e Reforma Agrária (Incra) e as agências de mediação.

Tafonomia e paleoicnologia do neogénico superior do sector Cacela-Huelva (SE da Ibéria)

Tese de doutoramento em Paleontologia. Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Univ. do Algarve, 2005

Dispersal, sex ad clonality in the marine environment: population genetic structure of the seagrass Cymodocea nodosa on Mediterranean and Atlantic coasts

Dissertação de dout. em Ecologia, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Univ. do Algarve, 2005

Viabilidade operacional e econômica da utilização de micro tratores em sistema de manejo florestal comunitário no oeste da Amazônia.

Em meados da década de 1990, a Embrapa Acre iniciou o desenvolvimento de um projeto de manejo florestal comunitário no Projeto de Colonização Pedro Peixoto, no Acre, o qual propõe métodos acessíveis para produtores rurais de baixa renda e que consideram suas relações com a floresta, os meios que dispõem e suas tradições como agricultores familiares. Originalmente, no sistema de manejo do PC Peixoto o transporte primário da madeira da floresta até as vias de escoamento é praticado com animais (bois de carga), no entanto, é verificado que a eficiência desse método é baixa. Diante dessa limitação, foi proposto substituir os animais por micro tratores, acoplados a carretas basculantes. Este trabalho tem por objetivo apresentar os índices técnicos e econômicos da colheita de madeira do PC Peixoto com a inserção de um micro trator em substituição aos animais. O equipamento foi o micro trator Yanmar Agritech TC-14, 14 cv. Comparado aos animais, o micro trator mostrou-se vantajoso em muitos aspectos, tanto na melhoria do desempenho e produtividade, que praticamente dobrou, como também em relação aos custos, apontando para a viabilidade da sua utilização.