Exploration of the visual system: Part 1: Dissection of the mouse eye for RNA, protein, and histological analyses

Due to the power of genetics, the mouse has become a widely used animal model in vision research. However, its eyeball has an axial length of only about 2 mm. The present protocol describes how to easily dissect the small rodent eye post mortem. This allows collecting different tissues of the eye, i.e., cornea, lens, iris, retina, optic nerve, retinal pigment epithelium (RPE), and sclera. We further describe in detail how to process these eye samples in order to obtain high‐quality RNA for RNA expression profiling studies. Depending on the eye tissue to be analyzed, we present appropriate lysis buffers to prepare total protein lysates for immunoblot and immuno‐precipitation analyses. Fixation, inclusion, embedding, and cryosectioning of the globe for routine histological analyses (HE staining, DAPI staining, immunohistochemistry, in situ hybridization) is further presented. These basic protocols should allow novice investigators to obtain eye tissue samples rapidly for their experiments.

Optimisation of data analysis method for a fluidized bed combustion test rig

Nowadays the used fuel variety in power boilers is widening and new boiler constructions and running models have to be developed. This research and development is done in small pilot plants where more faster analyse about the boiler mass and heat balance is needed to be able to find and do the right decisions already during the test run. The barrier on determining boiler balance during test runs is the long process of chemical analyses of collected input and outputmatter samples. The present work is concentrating on finding a way to determinethe boiler balance without chemical analyses and optimise the test rig to get the best possible accuracy for heat and mass balance of the boiler. The purpose of this work was to create an automatic boiler balance calculation method for 4 MW CFB/BFB pilot boiler of Kvaerner Pulping Oy located in Messukylä in Tampere. The calculation was created in the data management computer of pilot plants automation system. The calculation is made in Microsoft Excel environment, which gives a good base and functions for handling large databases and calculations without any delicate programming. The automation system in pilot plant was reconstructed und updated by Metso Automation Oy during year 2001 and the new system MetsoDNA has good data management properties, which is necessary for big calculations as boiler balance calculation. Two possible methods for calculating boiler balance during test run were found. Either the fuel flow is determined, which is usedto calculate the boiler's mass balance, or the unburned carbon loss is estimated and the mass balance of the boiler is calculated on the basis of boiler's heat balance. Both of the methods have their own weaknesses, so they were constructed parallel in the calculation and the decision of the used method was left to user. User also needs to define the used fuels and some solid mass flowsthat aren't measured automatically by the automation system. With sensitivity analysis was found that the most essential values for accurate boiler balance determination are flue gas oxygen content, the boiler's measured heat output and lower heating value of the fuel. The theoretical part of this work concentrates in the error management of these measurements and analyses and on measurement accuracy and boiler balance calculation in theory. The empirical part of this work concentrates on the creation of the balance calculation for the boiler in issue and on describing the work environment.

Incidence of Garlic common latent virus in Argentina, and phylogenetic and recombination analyses of isolates

The objective of this work was to estimate the incidence and prevalence of Garlic common latent virus (GarCLV) in the main production regions of garlic (Allium sativum) in Argentina, and to perform phylogenetic and recombination analyses in isolates from these regions. Leaf samples (3,050) were taken from four garlic commercial types, in 13 departments of the four main garlic-producing provinces of Argentina, in a 1,175-ha sampling area. Virus infection was evaluated with DAS-Elisa test using specific antiserum, and the phylogenetic and recombination analyses were done with capsid protein (CP) nucleotide sequence of seven GarCLV isolates from the provinces. The incidence of GarCLV in the evaluated provinces varied between 6.7 and 22% of the samples, whereas the prevalence varied between 52.6 and 70%. In the analysis of garlic commercial types, Morado showed the highest incidence of the virus, in the province of San Juan, whereas Rosado Paraguayo had the lowest incidence, in the province of Cordoba. Nucleotide identity in the CP sequences ranged between 80.3 and 97.6%. The phylogenetic analysis shows the presence of two main groups of GarCLV and of a possible third group that would include only a German isolate. The recombination analysis between isolates from different parts of the world evidences the presence of recombinant isolates from Poland and Australia.

Ohjelmistoyritysten liiketoimintamallit Kaakkois-Suomessa

Tutkielman tavoitteena on tunnistaa Kaakkois-Suomen alueella olevat ohjelmistoyritysten tyypilliset yritysryhmät ja kuvata niiden toimintaa. Tunnistamalla alueen ohjelmistoyrityksille ominaiset piirteet työ antaa myös pohjaa tulevien kehityskohteiden löytämisessä ja kehitystoimenpiteiden kohdistamisessa useisiin samantyyppisiin yrityksiin. Työn taustaksi esitellään ohjelmistoalaa ja ohjelmistoliiketoiminnan malleja, joiden pohjalta muodostetaan viitekehys alueen ohjelmistoyritysten empiiriseen tarkasteluun. Empiriaosuudessa tarkastellaan työn teoreettisessa osiossa esitettyjen liiketoimintamallien toteutumista Kaakkois-Suomessa ja ryhmitellään alueen ohjelmistoyritykset erottelevimpien tekijöiden avulla. Tutkimus on luonteeltaan kvantitatiivinen kokonaistutkimus Kaakkois-Suomen ohjelmistoyrityksistä, ja tutkimusotteeltaan deskriptiivinen eli kuvaileva. Tutkimusaineisto perustui tutkimusryhmän suorittamaan strukturoituun haastatteluun, jossa haastateltiin kaikkiaan 58 ohjelmistoyrityksen vastuuhenkilöitä. Tutkimustulosten perusteella alueelta pystyttiin tunnistamaan neljä toimintatavoiltaan erilaista ohjelmistoliiketoiminnan perustyyppiä: asiakaslähtöiset toimijat (26 toimipaikkaa), räätälöijät (14 toimipaikkaa), integroijat (10 toimipaikkaa) ja tuotteistajat (8 toimipaikkaa). Tulokset osoittavat, että perinteisten ohjelmistoalan liiketoimintamallien kuvaukset ja niistä tehtävät yleistykset antavat hyvän lähtökohdan ohjelmistoyritysten tarkasteluun. Kuitenkin perinteisten ohjelmistoalan liiketoimintamallien antama näkökulma on liian rajoittunut,jos halutaan tarkastella syvällisemmin ohjelmistoyritysten liiketoimintalogiikkaa.

APROS code benchmarking inboiling water reactor accident analyses

Diplomityö käsittelee kiehutusvesilaitosten transienttien ja onnettomuuksien analysointia APROS-ohjelmiston avulla. Työ on tehty Teollisuuden Voima Oy:n (TVO) Olkiluoto 1 ja 2 laitosyksiköiden mallin pohjalta. Raportissa esitetään ohjelmiston käyttämiä yhtälöitäja laskentamalleja yleisellä tasolla. Työssä esitellään laitoksen yleispiirteet turvallisuustoimintoineen ja kuvataan ohjelmaan suureksi osaksi aiemmin luotua laskentamallia. Työssä on luetteloitu voimassa olevatlisensiointianalyysit, joiden joukosta on valittu laskentatapauksia ohjelmiston suorituskyvyn arviointia varten. Lisäksi työhön on valittu laskentatapauksia muilla kuin lisensointiin käytetyillä ohjelmilla lasketuista analyyseistä. Lisäksi on suoritettu vertailulaskuja konservatiivisen ja realistisen mallin erojen esille saamiseksi. Laskentatapauksia ovat mm. ylipainetransientti, jäähdytteen menetysonnettomuus ja oletettavissa oleva käyttöhäiriö, jossa pikasulku ei toimi (ATWS). Diplomityön edetessä laitosmallia on kehitetty edelleen lisäämällä joitakin järjestelmiä ja tarkentamalla joidenkin komponenttien kuvausta. Työssä ilmeni, että APROS soveltuu jäähdytteenmenetysonnettomuuden ja suojarakennuksen yhtäaikaiseen analyysiin. APROS.n vaste nopeisiin transientteihin jäi kuitenkin vertailutasosta. Tämän työn perusteella APROS-mallia kehitys jatkuu edelleen siten, että se soveltuisi entistä paremmin myös nopeiden transienttien ja ATWS-tilanteiden kuvaamiseen. Työssä olevaa lisensointianalyysien kuvausta tullaan käyttämään hyväksi selvitettäessä laitoksen turvallisuuden väliarviossa tarvittavien analyysien määrää ja laatua. Nyt saatuja kokemuksia voidaan hyödyntää myös mahdollisen kolmiulotteisen sydänmallin hankinnassa APROS-ohjelmistoon. Tässä diplomityössä esitettyjä parannuksia voidaan käyttää hyväksi SAFIRtutkimusohjelman hankkeiden suunnittelussa.

Esituotannon aikainen konseptien verifiointi muovituotteen valmistusessa

 Diplomityön tavoitteena on tutkia ja kehittää muovituotteen valmistuskonseptien verifiointimenetelmiä ja luoda malli, jolla saadaan esituotantovaiheestalähtien parannettu tuotantoprosessi massatuotannon aloittamiseen (ramp up). Työn tavoitteena on myös toimia viestintäkeinona lisäämässä organisaation tietoisuutta esituotantovaiheen tärkeydestä. Työ pohjautuu tekijän aikaisempaan tutkimukseen "esituotantoprosessista oppimisen vaikutukset massatuotannon aloitukseen", joka on tehty erikoistyönä v.2006. Tutkimus menetelminä on käytetty pääasiassa prosessien kuvaamista, benchmarkingia, asiantuntijoiden haastatteluja sekä analysoitu toteutuneita projekteja. Lopputuloksena on saatu toimintamalli, joka vastaa hyvin pitkälle prosessien kuvausten aikana syntynyttä mallia. Keskeisenä ajatuksena on valmistuskonseptin verifioinnin kytkeminen tuotteen mekaniikkasuunnittelun kypsyyteen. Koko projektia koskevien tavoitteiden määrittäminen johdetaan ramp up tavoitteista. Verifioitavaksi valitaan kriittisin tuote ja prosessi. Tähän on teoreettisena viitekehyksenä käytetty Quality Function Deployment (QFD) menetelmää. Jatkotoimenpiteiksi esitetään ramp up tavoitteiden ja mittareiden kehittämistä, joilla pystytään seuraamaan ja ohjaamaan projektia jo heti alusta alkaen. Lisätutkimusta tarvitaan myös esituotannon aikaisten prosessiparametrien suunnitteluun ja optimointiin.

Laadullinen tutkimus metsäteollisuuden ohjelmistotoimittajista Kaakkois-Suomessa: Nykytilanne

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää paikallisten metsäteollisuuteen toimittavien pienten ja keskisuurten ohjelmistoyritysten nykytilannetta, hyviä käytäntöjä ja toiminnan ongelmia. Tunnistamalla pienten ja keskisuurten ohjelmistoyritysten nykytilanne on mahdollista suunnitella konkreettisia yrityksille suunnattavia kehittämistoimenpiteitä. Työssä on keskitytty tutkimaan metsäteollisuuteen toimittavia kaakkoissuomaisia pieniä ja keskisuuria ohjelmistoyrityksiä. Työn viitekehyksenä esitellään metsäteollisuuden nykytilannetta, kehitystrendejä sekä kehitystrendien vaikutusta metsäteollisuusyritysten tietojärjestelmätarpeisiin. Lisäksi työn viitekehyksessä esitellään tutkimuksessa käytetyt kvalitatiiviset tutkimusmenetelmät.Tutkimus on luonteeltaan kvalitatiivinen eli laadullinen ja tutkimusotteeltaan deskriptiivinen eli kuvaileva. Tutkimusaineisto koostui 19 asiantuntijahaastattelusta ja dokumenttiaineistosta. Tutkimusaineiston analysoinnissa käytin aineistopohjaista meneelmää ja tapaustutkimusta. Tutkimustulosten perusteella pystyttiinkuvaamaan tutkimuksessa mukana olleille 10 paikalliselle pienelle ja keskisuurelle ohjelmistoyritykselle yhteisiä ominaisuuksia. Tämän lisäksi pystyttiin tunnistamaan ohjelmistoyrityksistä kolme erilaista tyyppiä ja luonnehtimaan kunkin tyypin nykytilannetta, hyviä käytäntöjä ja toiminnan ongelmia. Tunnistetut paikallisten pienten ja keskisuurten ohjelmistoyritysten tyypit ovat: erikoistuja, ennakoija ja keräilijä. Tutkimustulokset antavat hyvän lähtökohdan tulevaisuuden kehitystrendien tunnistamisessa ja toiminnankehitystoimenpiteiden suunnittelussa.

Genetic association analyses reveal a role for vitamin D insufficiency in hepatitis C virus-associated hepatocellular carcinoma development

Background: V itamin D insufficiency has been associated with the occurrence of various types of cancer, but causal relationships remain elusive. Methods: Associations between t he r isk o f HCV-related HCC development and CYP2R1 , GC, and DHCR7 genotypes, which are genetic determinants of reduced 25-OH-vitamin D3 (25[OH]D3) serum levels, were determined. Results: A t otal of 5604 HCV-infected patients, 1279 with a nd 4325 without progression to HCC, w ere identified. The well-known association between 25(OH)D3 s erum levels and variations in CYP2R1 ( rs1993116, rs10741657), GC ( rs2282679), a nd DHCR7 ( rs7944926, rs12785878) g enotypes was also apparent in patients w ith chronic hepatitis C. The same genotypes of t hese single nucleotide polymorphisms (SNPs), w hich are associated with reduced 25(OH)D3 s erum levels, were significantly associated with HCV-associated HCC (P=0.07 [OR=1.13] for CYP2R1 , P=0.007 [OR=1.56] for GC, P=0.003 [OR=1.42] for DHCR7; ORs for risk genotypes). In contrast, no association between t hese genetic variations and the o utcome of antiviral therapy with pegylated interferon-α and ribavirin ( P>0.2 for e ach SNP) or liver fibrosis progression rate (P>0.2 for each SNP) was observed, s uggesting a specific influence o f the genetic d eterminants of 25(OH)D3 s erum levels o n hepatocarcinogenesis. Conclusions: Our data suggest a relatively weak but functionally relevant role for vitamin D in the prevention of HCV-related HCC development. Controlled clinical trials to assess the benefit of vitamin D supplementation in HCVinfected patients with advanced liver fibrosis or cirrhosis are warranted.

Uudistumiskykyinen strategian toteuttaminen, case Oy Hartwall Ab

Tutkielman tutkimusongelmana oli, miten organisaatio voi toteuttaa strategiaansa uudistumiskykyisesti. Tutkimusongelmaa tutkittiin kartoittavasti, kuvailevasti ja selittävästi. Tutkimuksessa lähdettiin liikkeelle strategian toteuttamisen teoreettisen tarkastelupohjan rakentamisesta. Strategian toteuttamisen näkökulmat yhdistettiin Ståhlen (1999) kehittämään kolmiulotteiseen tietoympäristömalliin. Tämänsynteesin pohjalta luotiin uudistumiskykyinen strategian toteuttaminen -malli. Mallin perusteella vastattiin tutkimusongelmaan ja ehdotettiin case-yritykselle strategian toteuttamisen kehittämistoimenpiteitä. Tutkielman tutkimusstrategiana käytettiin Survey-tutkimusta. Tällä pyrittiin tutkimaan case-yrityksen myyntiorganisaation uudistumiskyvyn tasoa ja analysoimaanuudistumiskyky -mittauksen tulosten pohjalta organisaation uudistumiskykyistä strategian toteuttamista. Tutkimuksen metodiksi valittiin kyselylomakepohjainen KM-factor¿-mittari. KM-factor¿-mittaus suoritettiin case-yritys Oy Hartwall Ab:ssä kevään 2004 aikana. Mittauksen perusjoukkona oli Oy Hartwall Ab:n myyntiorganisaatio. Mittauksen otoskoko oli N=64, henkilöstö: N=49, johto: N=15. Henkilöstönvastausprosentti oli 71 %:a ja johdon 78 %:a. Kyselylomake oli internet-pohjainen. KM-factor¿-mittauksen tulokset analysoi businessXray Oy. Tutkielman tekijä analysoi KM-factor¿-mittauksen tuloksia hyödyntämällä uudistumiskykyinen strategian toteuttaminen -mallia. Organisaatio voi toteuttaa strategiaansa uudistumiskykyisesti toteuttamalla ja uudistamalla strategiaansa yhtenäisesti strategisen fokuksensa mukaisesti. Tämä onnistuu toteuttamalla strategiaa uudistumiskykyisen strategian toteuttamisen -mallin mukaisesti. Mallia hyödyntämällä organisaation johto kykenee organisoimaanstrategian toteutuksen yrityksen strategisen fokuksen mukaisesti.

Performance measurement oforder-delivery chain in SMEs: Case study

Tutkimus pyrkii selvittämään, kuinka tehokas suorituskykymittaristo voidaan parhaiten suunnitella pk-yrityksessä. Tutkimuksen tavoitteena on luoda suorituskykymittaristo pienen kohdeyrityksen johtajien tarpeisiin. Päähuomion kohteena on yrityksen tilaus-toimitusketju ja arvoverkko. Työ on luonteeltaan kvalitatiivinen toimintatutkimus, joka noudattaa toiminta-analyyttista tutkimusotetta. Työn teoriaosassa selvitetään, kuinka suorituskyvyn mittaaminen sekä materiaali-, tieto- ja rahavirtojen hallinta on kehittynyt viime vuosina pk-yrityksen näkökulmasta. Mittariston suunnittelu aloitetaan kohdeyrityksen perusteellisella analyysilla. Tämän pohjalta määritellään yrityksen kriittiset menestystekijät, joista lopulta johdetaan suorituskykymittarit. Tutkimuksen perusteella voidaan todeta, että yleinen asenne mittaamista kohtaan, strategian huomioinnin puute sekä tietojärjestelmien rajoitteet ovat päähaasteita pk-yrityksen suorituskyvyn mittaamisessa. Mittareiden tuleekin olla melko yksinkertaisia ja helppoja käyttää, jotta mittaamisen ei koettaisi kuluttavan rajallisia resursseja liikaa. Mittariston tulee kuitenkin antaa kokonaisvaltainen kuva yrityksen suorituskyvystä, johon vaikuttavat kaikki arvoverkon osapuolet ja heidän yhteistyö toistensa kanssa.

Longitudinal analyses of immune responses to Plasmodium falciparum derived peptides corresponding to novel blood stage antigens in coastal Kenya

We have recently described 95 predicted alpha-helical coiled-coil peptides derived from putative Plasmodium falciparum erythrocytic stage proteins. Seventy peptides recognized with the highest level of prevalence by sera from three endemic areas were selected for further studies. In this study, we sequentially examined antibody responses to these synthetic peptides in two cohorts of children at risk of clinical malaria in Kilifi district in coastal Kenya, in order to characterize the level of peptide recognition by age, and the role of anti-peptide antibodies in protection from clinical malaria. Antibody levels from 268 children in the first cohort (Chonyi) were assayed against 70 peptides. Thirty-nine peptides were selected for further study in a second cohort (Junju). The rationale for the second cohort was to confirm those peptides identified as protective in the first cohort. The Junju cohort comprised of children aged 1-6 years old (inclusive). Children were actively followed up to identify episodes of febrile malaria in both cohorts. Of the 70 peptides examined, 32 showed significantly (p<0.05) increased antibody recognition in older children and 40 showed significantly increased antibody recognition in parasitaemic children. Ten peptides were associated with a significantly reduced odds ratio (OR) for an episode of clinical malaria in the first cohort of children and two of these peptides (LR146 and AS202.11) were associated with a significantly reduced OR in both cohorts. LR146 is derived from hypothetical protein PFB0145c in PlasmoDB. Previous work has identified this protein as a target of antibodies effective in antibody dependent cellular inhibition (ADCI). The current study substantiates further the potential of protein PFB0145c and also identifies protein PF11_0424 as another likely target of protective antibodies against P. falciparum malaria

Strategic investment appraisal; extended real options approach

Tutkielma keskittyy lisäämään investointiarviointiprosessien rationaalisuutta strategisten investointien arvioinnissa duopoli- / oligopolimarkkinoilla. Tutkielman päätavoitteena on selvittää kuinka peliteorialla laajennettu reaalioptioperusteinen investointien arviointimenetelmä, laajennettu reaalioptiokehikko, voisi mahdollisesti parantaa analyysien tarkkuutta. Tutkimus lähestyy ongelmaa investoinnin ajoituksen sekä todellisten investoinnin arvoattribuuttien riippuvuuksien kautta. Laajennettu reaalioptiokehikko on investointien analysointi- ja johtamistyökalu, joka tarjoaa osittain rajoitetun (sisältää tällä hetkellä ainoastaan parametrisen ja peliteoreettisen epävarmuuden) optimaalisen arvovälin investoinnin todellisesta arvosta. Kehikossa, ROA kartoittaa mahdolliset strategiset hyödyt tunnistamalla investointiinliittyvät eri optiot ja epävarmuudet, peliteoria korostaa ympäristön luomia paineita investointiin liittyvän epävarmuuden hallitsemisessa. Laajennettu reaalioptiokehikko tarjoaa rationaalisemman arvion strategisen investoinnin arvosta, koska se yhdistää johdonmukaisemmin option toteutuksen ja siten myös optioiden aika-arvon, yrityksen todellisiin rajoitettuihin (rajoituksena muiden markkinatoimijoiden toimet) polkuriippuvaisiin kyvykkyyksiin.

Les pédagogues de Port-Royal : Saint-Cyran, de Saci, Lancelot, Guyot, Coustel, Le Maitre, Nicole, Arnauld, etc., Jacqueline Pascal, histoire des "Petites écoles" ([Reprod.]) / notices, extraits et analyses avec des notes par I. [Irénée] Carré,...

Collection : Archives de la linguistique française ; 75

Kansainvälinen markkinavalinta ohjelmistoalan mikroyrityksessä

Tutkielman tutkimusongelmana on, miten kansainvälinen kohdemarkkinoiden valinta pitäisi suorittaa ohjelmistoalan mikroyrityksessä. Tutkielma on kvalitatiivinen, yksittäinen tapaustutkimus. Teoriaosassa tutkimusongelmaa lähestytään tarkastelemalla kirjallisuutta, joka käsittelee kansainväliseen kohdemarkkinavalintaan vaikuttavia tekijöitä sekä olemassa olevia markkinavalintamalleja. Vanhojen mallien pohjalta kehitetään uusi käytännönläheinen ohjelmistoalan mikroyritykselle sopiva maavalintamalli. Kehitetty maavalintamalli koostuu eri vaiheista, joita ovat 1) sisäisten tekijöiden kartoittaminen, 2) alkukarsinta, 3) yrityksen kilpailukyvyn ja markkinoiden houkuttelevuuden mittaaminen matriisin avulla. Kehitettyä mallia sovelletaan tapausyritykseen tekemällä kansainvälinen markkinavalinta perustuen työpöytätutkimukseen, jossa käytetään Internetistä saatavaa sekundääridataa ja markkinatietoa. Työn lopussa esitetään markkinavalinnan tulokset ja toimenpidesuositukset yrityksen johdolle. Tutkimus osoittaa, että resurssipulasta huolimatta systemaattinen ja loogisesti etenevä maavalintaprosessi on mahdollista toteuttaa myös mikroyrityksessä. Ennalta määrätyt numeeriset rajat valintakriteereille mahdollistavat markkinoiden tarkastelun objektiivisuuden. Suurimpana haasteena ohjelmistoalan mikroyrityksen kansainvälisessä kohdemarkkinavalinnassa on yrityksen kilpailukyvyn mittaaminen eri markkinoilla. Tämäjohtuu osin ohjelmistoalan dynaamisesta luonteesta sekä kilpailija-analyysien subjektiivisuudesta.