Coifman-aallokkeet ja skaalaussuotimen muodostus differentiaalievoluut ion avulla

Ortogonaalisen M-kaistaisen moniresoluutioanalyysin matemaattiset perusteet esitetään yksityiskohtaisesti. Coifman-aallokkeiden määritelmä yleistetään dilaatiokertoimelle M ja nollasta poikkeavalle häviävien momenttien keskukselle.Funktion approksimointia näytepisteistä aallokkeiden avulla pohditaan ja erityisesti esitetään approksimaation asymptoottinen virhearvio Coifman-aallokkeille. Skaalaussuotimelle osoitetaan välttämättömät ja riittävät ehdot, jotka johtavat yleistettyihin Coifman-aallokkeisiin. Moniresoluutioanalyysin tiheys todistetaansuoraan Lebesguen integraalin määritelmään perustuen yksikön partitio-ominaisuutta käyttäen. Todistus on riittävä sellaisenaan avaruudessa L2(Wd) käyttämättä Fourier-tason ominaisuuksia tai ehtoja. Mallatin algoritmi johdetaan M-kaistaisille aallokkeille ja moniuloitteisille signaaleille. Algoritmille esitetään myös rekursiivinen muoto. Differentiaalievoluutioalgoritmin avulla ratkaistaan Coifman-aallokkeisiin liittyvien skaalaussuotimien kertoimien arvoja useille skaalausfunktiolle. Approksimaatio- ja kuvanpakkausesimerkkejä esitetään menetelmien havainnollistamiseksi. Differentiaalievoluutioalgoritmin avulla etsitään myös referenssikuville optimoitu skaalaussuodin. Löydetty suodin on regulaarinen ja erittäinsymmetrinen.

La lluita política del poder local en la primera meitat del segle XIX i la formació de la identitat social de la Lledia contemporània

El darrer decenni ha estat molt profitós per la historiografia local lleidatana dedicada a la investigació de la primera meitat del segle XIX. Diversos treballs impulsats sota la protecció del “modern” Estudi General i, darrerament, de l’autònoma Universitat de Lleida han anat emplenant algunes peces del complex trencaclosques històric en què s’ha convertit l’estudi de la substitució del caduc sistema feudal per l’estat liberal. La síntesi històrica a través dels textos apareguts fins ara, que es presenta en aquest congrés, pretén mostrar una aproximació a la configuració d’unes identitats socials a nivell local, que tingueren el seu origen en la lluita per controlar el poder en els primers cinquanta anys del segle XIX. Tot i que encara no ha acabat el buidatge exhaustiu de tota la documentació oficial i privada que en els diversos arxius de la ciutat hi ha acumulada, si que es comencen a manifestar una sèrie de constants en el comportament social dels grups urbans a mesura que els treballs de recerca donen a conèixer realitats històriques emmarcades en estudis més concrets. Així, cada cop s’ha pogut anar precisant amb més exactitud les línies mestres de la situació evolutiva en què es trobava la Lleida decimonònica en els aspectes socials, econòmics i polítics.

Wikis e innovación docente

El Espacio Europeo de Educación Superior exige un cambio en las metodologías docentes tradicionales que las nuevas tecnologías pueden favorecer. La Web 2.0 ofrece gran variedad de posibilidades para hacer del estudiante un agente activo en el proceso de aprendizaje, pero es la tecnología wiki la que parece adaptarse mejor a las nuevas necesidades docentes, como son la consideración de una serie de competencias genéricas para la formación integral del alumno que van más allá de los meros conocimientos específicos de una asignatura. Los profesores universitarios están empezando a experimentar con wikis en sus asignaturas, pero el apoyo institucional que reciben no parece suficiente para que el uso de esta herramienta se generalice en toda la universidad.

Gene flow and gene flux shape evolutionary patterns of variation in Drosophila subobscura

Gene flow (defined as allele exchange between populations) and gene flux (defined as allele exchange during meiosis in heterokaryotypic females) are important factors decreasing genetic differentiation between populations and inversions. Many chromosomal inversions are under strong selection and their role in recombination reduction enhances the maintenance of their genetic distinctness. Here we analyze levels and patterns of nucleotide diversity, selection and demographic history, using 37 individuals of Drosophila subobscura from Mount Parnes (Greece) and Barcelona (Spain). Our sampling focused on two frequent O-chromosome arrangements that differ by two overlapping inversions (OST and O3+4), which are differentially adapted to the environment as observed by their opposing latitudinal clines in inversion frequencies. The six analyzed genes (Pif1A, Abi, Sqd, Yrt, Atpa and Fmr1) were selected for their location across the O-chromosome and their implication in thermal adaptation. Despite the extensive gene flux detected outside the inverted region, significant genetic differentiation between both arrangements was found inside it. However, high levels of gene flow were detected for all six genes when comparing the same arrangement among populations. These results suggest that the adaptive value of inversions is maintained, regardless of the lack of genetic differentiation within arrangements from different populations, and thus favors the Local Adaptation hypothesis over the Coadapted Genome hypothesis as the basis of the selection acting on inversions in these populations.

Family Size Evolution in Drosophila Chemosensory Gene Families: A Comparative Analysis with a Critical Appraisal of Methods

Gene turnover rates and the evolution of gene family sizes are important aspects of genome evolution. Here, we use curated sequence data of the major chemosensory gene families from Drosophila-the gustatory receptor, odorant receptor, ionotropic receptor, and odorant-binding protein families-to conduct a comparative analysis among families, exploring different methods to estimate gene birth and death rates, including an ad hoc simulation study. Remarkably, we found that the state-of-the-art methods may produce very different rate estimates, which may lead to disparate conclusions regarding the evolution of chemosensory gene family sizes in Drosophila. Among biological factors, we found that a peculiarity of D. sechellia's gene turnover rates was a major source of bias in global estimates, whereas gene conversion had negligible effects for the families analyzed herein. Turnover rates vary considerably among families, subfamilies, and ortholog groups although all analyzed families were quite dynamic in terms of gene turnover. Computer simulations showed that the methods that use ortholog group information appear to be the most accurate for the Drosophila chemosensory families. Most importantly, these results reveal the potential of rate heterogeneity among lineages to severely bias some turnover rate estimation methods and the need of further evaluating the performance of these methods in a more diverse sampling of gene families and phylogenetic contexts. Using branch-specific codon substitution models, we find further evidence of positive selection in recently duplicated genes, which attests to a nonneutral aspect of the gene birth-and-death process.

Patterns of nucleotide diversity at the regions encompassing the Drosophila insulin-like peptide (dilp) genes: demography vs positive selection in Drosophila melanogaster.

In Drosophila, the insulin-signaling pathway controls some life history traits, such as fertility and lifespan, and it is considered to be the main metabolic pathway involved in establishing adult body size. Several observations concerning variation in body size in the Drosophila genus are suggestive of its adaptive character. Genes encoding proteins in this pathway are, therefore, good candidates to have experienced adaptive changes and to reveal the footprint of positive selection. The Drosophila insulin-like peptides (DILPs) are the ligands that trigger the insulin-signaling cascade. In Drosophila melanogaster, there are several peptides that are structurally similar to the single mammalian insulin peptide. The footprint of recent adaptive changes on nucleotide variation can be unveiled through the analysis of polymorphism and divergence. With this aim, we have surveyed nucleotide sequence variation at the dilp1-7 genes in a natural population of D. melanogaster. The comparison of polymorphism in D. melanogaster and divergence from D. simulans at different functional classes of the dilp genes provided no evidence of adaptive protein evolution after the split of the D. melanogaster and D. simulans lineages. However, our survey of polymorphism at the dilp gene regions of D. melanogaster has provided some evidence for the action of positive selection at or near these genes. The regions encompassing the dilp1-4 genes and the dilp6 gene stand out as likely affected by recent adaptive events.

Oikosulkumoottorin roottorivaurioiden tunnistaminen staattorivirran avulla

Diplomityössä esitellään menetelmiä sauvarikon toteamiseksi. Työn tarkoituksena on tutkia roottorivaurioita staattorivirran avulla. Työ jaetaan karkeasti kolmeen osa-alueeseen: oikosulkumoottorin vikoihin, roottorivaurioiden tunnistamiseen ja signaalinkäsittelymenetelmiin, jonka avulla havaitaan sauvarikko. Oikosulkumoottorin vikoja ovat staattorikäämien vauriot ja roottorivauriot. Roottorikäämien vaurioita ovat roottori sauvojen murtuminen sekä roottorisauvan irtoaminen oikosulkujenkaan päästä. Roottorivaurioiden tunnistamismenetelmiä ovat parametrin arviointi ja virtaspektrianalyysi. Työn alkuosassa esitellään oikosulkumoottorien rakenne ja toiminta. Esitellään moottoriin kohdistuvia vikoja ja etsitään ratkaisumenetelmiä roottorivaurioiden tunnistamisessa. Lopuksi tutkitaan, kuinka staattorimittaustietojen perusteella saadut tulokset voidaan käsitellä FFT -algoritmilla ja kuinka FFT -algoritmi voidaan toteuttaa sulautettuna Sharc -prosessorin avulla. Työssä käytetään ADSP 21062 EZ -LAB kehitysympäristöä, jonka avulla voidaan ajaa ohjelmia RAM-sirusta, joka on vuorovaikutuksessa SHARC -laudassa oleviin laitteisiin.

Matkapuhelimen puhelinmuistiopalvelimen tietorakenteiden ja lajittelualgoritmien analysointi ja suunnittelu

Puhelinmuistio on yksi matkapuhelimen käytetyimmistä ominaisuuksista. Puhelinmuistion tulee siksi olla kaikissa tilanteissa mahdollisimman nopeasti käytettävissä. Tämä edellyttää puhelinmuistiopalvelimelta tehokkaita tietorakenteita ja lajittelualgoritmeja. Nokian matkapuhelimissa puhelinmuistiopalvelin käyttää hakurakenteena järjestettyjä taulukoita. Työn tavoitteena oli kehittää puhelinmuistiopalvelimen hakutaulukoiden lajittelu mahdollisimman nopeaksi. Useita eri lajittelualgoritmeja vertailtiin ja niiden suoritusaikoja analysoitiin eri tilanteissa. Insertionsort-lajittelualgoritmin todettiin olevan nopein algoritmi lähes järjestyksessä olevien taulukoiden lajitteluun. Analyysin perusteella Quicksort-algoritmi lajittelee nopeimmin satunnaisessa järjestyksessä olevat taulukot. Quicksort-insertionsort –hybridialgoritmin havaittiin olevan paras lajittelualgoritmi puhelinmuistion lajitteluun. Sopivalla parametroinnilla tämä algoritmi on nopea satunnaisessa järjestyksessä olevalle aineistolle. Se kykenee hyödyntämään lajiteltavassa aineistossa valmiina olevaa järjestystä. Algoritmi ei kasvata merkittävästi muistinkulutusta. Uuden algoritmin ansiosta hakutaulukoiden lajittelu nopeutuu parhaimmillaan useita kymmeniä prosentteja.

Rintamamiestalon saneerauksen energiataloudellinen tarkastelu

Työssä määritettiin Kaakkois-Suomessa sijaitsevan rintamamiestalon eri energiasaneerausvaihtoehtojen kannattavuus. Taselaskenta pohjautui pääosin Suomen rakentamismääräyskokoelman osaan D5. Tarkastelu laajennettiin koskemaan myös yleisesti rintamamiestaloja. Tällöin referenssitalona toimi kyseinen kohdetalo konstruktiossa, jossa talon vaipan eristeet olivat alkuperäiset ja lämmitysjärjestelmä uusimisen tarpeessa. Työssä kehitettiin toimiva laskenta-algoritmi, jolla pystytään määrittämään tyypillisten rintamamiestalojen energiasaneerausten kannattavuus eri lämmitysjärjestelmillä ja eri ilmastovyöhykkeillä. Samalla saadaan määritellyksi yksittäisten rakenneosien saneerauksen vaikutukset talon energiantarpeeseen. Käytännössä kaikkiin 1950-luvulla rakennettuihin rintamamiestaloihin on vuosien kuluessa tehty asumisviihtyvyyttä lisääviä parannuksia, mutta energiaa säästävät investoinnit ovat jääneet vähemmälle. Energiantarve on niissä tyypillisesti 400 kWh asuinneliötä kohti vuodessa, kun vastaava talo nyt rakennettuna kuluttaisi 55% - 60% vähemmän energiaa.

El margen continental catalán (II): Evolución tectonosedimentaria y registro paleobiológico

Los presentes segundo a cuarto números junto con el primero del volumen 29 de Acta Geologica Hispanica, forman parte de un conjunto temático centrado en 'El margen continental catalán'. Estos números especiales tienen por objeto recoger algunas de las contribuciones realizadas sobre esta unidad estructural por varios equipos de trabajo de distintas disciplinas y especialidades, cuya actividad se ha venido desarrollando en el marco de numerosos proyectos de investigación nacionales e internacionales o bien dentro del desempeño de su actividad profesional. La investigación geológica y geofísica en la cuenca Catalano-Balear, con el margen continental catalán formando parte de su margen nordoccidental, ha sido muy intensa debido al interés petrolífero de esta zona...

Statistical Analysis of Spectral Images

Tämä diplomityö liittyy Spektrikuvien tutkimiseen tilastollisen kuvamallin näkökulmasta. Diplomityön ensimmäisessä osassa tarkastellaan tilastollisten parametrien jakaumien vaikutusta väreihin ja korostumiin erilaisissa valaistusolosuhteissa. Havaittiin, että tilastollisten parametrien väliset suhteet eivät riipu valaistusolosuhteista, mutta riippuvat kuvan häiriöttömyydestä. Ilmeni myös, että korkea huipukkuus saattaa aiheutua värikylläisyydestä. Lisäksi työssä kehitettiin tilastolliseen spektrimalliin perustuvaa tekstuurinyhdistämisalgoritmia. Sillä saavutettiin hyviä tuloksia, kun tilastollisten parametrien väliset riippuvuussuhteet olivat voimassa. Työn toisessa osassa erilaisia spektrikuvia tutkittiin käyttäen itsenäistä komponenttien analyysia (ICA). Seuraavia itsenäiseen komponenttien analyysiin tarkoitettuja algoritmia tarkasteltiin: JADE, kiinteän pisteen ICA ja momenttikeskeinen ICA. Tutkimuksissa painotettiin erottelun laatua. Paras erottelu saavutettiin JADE- algoritmilla, joskin erot muiden algoritmien välillä eivät olleet merkittäviä. Algoritmi jakoi kuvan kahteen itsenäiseen, joko korostuneeseen ja korostumattomaan tai kromaattiseen ja akromaattiseen, komponenttiin. Lopuksi pohditaan huipukkuuden suhdetta kuvan ominaisuuksiin, kuten korostuneisuuteen ja värikylläisyyteen. Työn viimeisessä osassa ehdotetaan mahdollisia jatkotutkimuskohteita.

Quantitative proteomics in the characterization of T helper lymphocyte differentiation

The term proteome is used to define the complete set of proteins expressed in cells or tissues of an organism at a certain timepoint. Respectively, proteomics is used to describe the methods, which are used to study such proteomes. These methods include chromatographic and electrophoretic techniques for protein or peptide fractionation, mass spectrometry for their identification, and use of computational methods to assist the complicated data analysis. A primary aim in this Ph.D. thesis was to set-up, optimize, and develop proteomics methods for analysing proteins extracted from T-helper (Th) lymphocytes. First, high-throughput LC-MS/MS and ICAT labeling methods were set-up and optimized for analysing the microsomal fraction proteins extracted from Th lymphocytes. Later, iTRAQ method was optimized to study cytokine regulated protein expression in the nuclei of Th lymphocytes. High-throughput LC-MS/MS analyses, like ICAT and iTRAQ, produce large quantities of data and robust software and data analysis pipelines are needed. Therefore, different software programs used for analysing such data were evaluated. Moreover, a pre-filtering algorithm was developed to classify good-quality and bad-quality spectra prior to the database searches. Th-lymphocytes can differentiate into Th1 or Th2 cells based on surrounding antigens, co-stimulatory molecules, and cytokines. Both subsets have individual cytokine secretion profiles and specific functions. Th1 cells participate in the cellular immunity against intracellular pathogens, while Th2 cells have important role in the humoral immunity against extracellular parasites. An abnormal response of Th1 and Th2 cells and imbalance between the subsets are charasteristic of several diseases. Th1 specific reactions and cytokines have been detected in autoimmune diseases, while Th2 specific response and cytokine profile is common in allergy and asthma. In this Ph. D. thesis mass spectrometry-based proteomics was used to study the effects of Th1 and Th2 promoting cytokines IL-12 and IL-4 on the proteome of Th lymphocytes. Characterization of microsomal fraction proteome extracted from IL-12 treated lymphobasts and IL-4 stimulated cord blood CD4+ cells resulted in finding of cytokine regulated proteins. Galectin-1 and CD7 were down-regulated in IL-12 treated cells, while IL-4 stimulation decreased the expression of STAT1, MXA, GIMAP1, and GIMAP4. Interestingly, the transcription of both GIMAP genes was up-regulated in Th1 polarized cells and down-regulated in Th2 promoting conditions.

Comparative genomics of Hedgehog loci in chordates and the origin of Shh regulatory novelties

The origin and evolution of the complex regulatory landscapes of some vertebrate developmental genes, often spanning hundreds of Kbp and including neighboring genes, remain poorly understood. The Sonic Hedgehog (Shh) genomic regulatory block (GRB) is one of the best functionally characterized examples, with several discrete enhancers reported within its introns, vast upstream gene-free region and neighboring genes (Lmbr1 and Rnf32). To investigate the origin and evolution of this GRB, we sequenced and characterized the Hedgehog (Hh) loci from three invertebrate chordate amphioxus species, which share several early expression domains with Shh. Using phylogenetic footprinting within and between chordate lineages, and reporter assays in zebrafish probing >30 Kbp of amphioxus Hh, we report large sequence and functional divergence between both groups. In addition, we show that the linkage of Shh to Lmbr1 and Rnf32, necessary for the unique gnatostomate-specific Shh limb expression, is a vertebrate novelty occurred between the two whole-genome duplications.

Broken colinearity of the amphioxus Hox cluster.

Background In most eumetazoans studied so far, Hox genes determine the identity of structures along the main body axis. They are usually linked in genomic clusters and, in the case of the vertebrate embryo, are expressed with spatial and temporal colinearity. Outside vertebrates, temporal colinearity has been reported in the cephalochordate amphioxus (the least derived living relative of the chordate ancestor) but only for anterior and central genes, namely Hox1 to Hox4 and Hox6. However, most of the Hox gene expression patterns in amphioxus have not been reported. To gain global insights into the evolution of Hox clusters in chordates, we investigated a more extended expression profile of amphioxus Hox genes. Results Here we report an extended expression profile of the European amphioxus Branchiostoma lanceolatum Hox genes and describe that all Hox genes, except Hox13, are expressed during development. Interestingly, we report the breaking of both spatial and temporal colinearity for at least Hox6 and Hox14, which thus have escaped from the classical Hox code concept. We show a previously unidentified Hox6 expression pattern and a faint expression for posterior Hox genes in structures such as the posterior mesoderm, notochord, and hindgut. Unexpectedly, we found that amphioxus Hox14 had the most divergent expression pattern. This gene is expressed in the anterior cerebral vesicle and pharyngeal endoderm. Amphioxus Hox14 expression represents the first report of Hox gene expression in the most anterior part of the central nervous system. Nevertheless, despite these divergent expression patterns, amphioxus Hox6 and Hox14 seem to be still regulated by retinoic acid. Conclusions Escape from colinearity by Hox genes is not unusual in either vertebrates or amphioxus and we suggest that those genes escaping from it are probably associated with the patterning of lineage-specific morphological traits, requiring the loss of those developmental constraints that kept them colinear.