A influência dos factores humanos, ambientais e do pastoreio na ocorrência de geneta (Genetta genetta) no Sítio Monfurado

O presente estudo determina e analisa a importância relativa de diversos descritores ambientais, de pastoreio e de influência humana directa na distribuição da geneta (Genetta genetta L., 1758). O estudo decorreu em Monfurado, Sítio de Importância Comunitária, no Sul de Portugal. A área de estudo é predominantemente agrícola, maioritariamente ocupada por montado. A análise do padrão de distribuição deste carnívoro através de partição da variância e de ITMC (lnformation Theoretic Model Comparison) teve como objectivo orientar as prioridades na gestão das actividades humanas, compatíveis com a presença da espécie. Os resultados mostram que a distribuição da geneta é maioritariamente influenciada pelos descritores ambientais, apresentando uma relação positiva com densidade de montado com matos, conteúdo de matéria orgânica do solo e índice de Shannon de diversidade vertical da vegetação. A sua presença parece também ser promovida por níveis intermédios de pastoreio e fora das zonas de caça do regime cinegético especial. ABSTRACT; This study determines and analyses the relative importance of several environmental, livestock and human descriptors in the distribution of the common genet (Genetta genetta L., 1758). The study was conducted in Monfurado, a Site of Communitary lmportance, in South Portugal. The study area is Mediterranean farmland and is dominated by evergreen oak tree stands, named "montado". Modeling the distribution of this carnivore species was evaluated on the basis of ITMC (lnformation Theoretic Model Comparison) and variation partitioning techniques aiming to define human management activities compatible with the species conservation. The results show that the species distribution is mainly influenced by the environmental descriptors, and is positively related with montado and shrubs density, soil organic matter and Shannon's index of vertical vegetation diversity. Genet presence is favoured by intermediate levels of grazing and outside of game estates areas.

Caracterização molecular de cianobactérias de sistemas aquáticos portugueses

As alterações climáticas favorecem a ocorrência global de episódios de precipitação e seca extremas, colocando em risco a qualidade da água em sistemas aquáticos usados consumo humano ou recreação. O fenómeno de seca, em particular, será mais frequente e severo, alterando toda a hidrodinâmica dos sistemas aquáticos e, consequentemente, a ecologia das comunidades aquáticas. A ocorrência de blooms de cianobactérias intensificarse- á sob este novo cenário climático. Em Portugal, estudos parcelares em rios e barragens têm sido realizados com enfoque em cianobactérias tóxicas e outras bactérias patogénicas, mas não há trabalhos publicados acerca da composição da comunidade bacteriana (CCB). O presente trabalho pretende colmatar esta falha, com particular atenção para a ocorrência de blooms cianobacterianos, em vários sistemas aquáticos portugueses lóticos e lênticos. Este objectivo foi alcançado utilizando metodologias moleculares, como a técnica rDNA 16S-DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), independente do cultivo, e a sequenciação. Dados ambientais foram também determinados para correlacionar com as variações sazonais ou espaciais da diversidade da CCB. O impacto da seca na distribuição espacial da CCB foi também investigado. A lagoa da Vela é um caso de estudo especial, devido à vasta documentação sobre a ocorrência de blooms de cianobactérias durante os últimos anos, e várias estirpes isoladas de blooms foram estudadas em mais detalhe. Os resultados mostraram, em geral, perfis de DGGE típicos de verão vs. inverno nos sistemas aquáticos estudados. Nos sistemas lênticos, os filótipos dominantes afiliaram com Cyanobacteria (formas unicelulares, coloniais e filamentosas), eucariotas fototróficos e Actinobacteria, enquanto nos rios, Bacteroidetes e Betaproteobacteria foram dominantes. Nos sistemas lênticos, os factores mais significativos para a sazonalidade da CCB incluíram a temperatura da água, a condutividade e a clorofila a, apesar da variação extrema dos níveis de precipitação, sugerindo que a BCC poderá resistir a mudanças severas causadas pela seca. Nos rios, a sazonalidade da CCB foi principalmente definida pela temperatura e os níveis de amónia. No verão seco de 2005, as barragens do Alentejo (Sul de Portugal) mostraram similaridade na CCB, com filótipos comuns de Cyanobacteria, Actinobacteria e Alphaproteobacteria. No entanto, os perfis de DGGE sugerem filótipos ubíquos em sistemas portugueses geograficamente distantes. Na Lagoa da Vela, a seca conduziu à redução drástica do nível da água e à variação na diversidade espacial da CCB (e cianobactérias dominantes) e potencial tóxico, o que pode ter impacto directo nos utilizadores da lagoa. Os resultados também mostraram a presença de estirpes tóxicas de Microcystis na lagoa e um bloom não clonal de estirpes de Aphanizomenon aphanizomenoides, com diferentes morfótipos, genótipos e ecótipos.

Lichenicidin biosynthesis and search for novel antibacterial peptides

A estirpe Bacillus licheniformis I89 possui a capacidade de produzir alguns compostos com actividade antibacteriana. No presente estudo, a separação desses compostos foi realizada através da aplicação de vários procedimentos, incluindo extracção em fase sólida e cromatografia liquida de alta pressão. Dois destes compostos bioactivos constituem o lantibiótico de classe II lichenicidina e são caracterizados pela massas molecular de 3250 Da (Bliα) e 3020 Da (Bliβ). O cluster responsável pela biossíntese da lichenicidina foi heterologamente expresso em Escherichia coli, constituindo a primeira descrição da produção de um lantibiótico totalmente in vivo num hospedeiro Gram-negativo. Este sistema foi subsequentemente explorado com o objectivo de relacionar cada proteína codificada no cluster genético da lichenicidina na produção dos péptidos Bliα e Bliβ. O desenvolvimento do sistema de trans complementação possibilitou a produção de variantes destes péptidos. A análise das massas moleculares destas variantes assim como a análise dos padrões de fragmentação obtidos por MS/MS permitiu a revisão de algumas das características estruturais previamente proposta para Bliα e Bliβ. A análise dos genes hipoteticamente envolvidos na protecção da estirpe produtora contra a acção antibiótica da lichenicidina revelou, que em E. coli, a sua ausência não resulta no aumento da susceptibilidade a este composto. Verificou-se também que a presença destes genes não é essencial para a produção de lichenicidina em E. coli. Foi também confirmado experimentalmente que a membrana externa da E. coli constitui uma barreira natural para a entrada dos péptidos na célula. De facto, uma das características intrigantes da produção de lichenicidina por uma bactéria de Gram negativo reside no mecanismo de transporte dos dois péptidos através da membrana externa. Neste estudo foi demonstrado que na ausência da proteína de membrana TolC, a massa molecular de Bliα e Bliβ não foi identificada no sobrenadante de E. coli, demonstrando assim que a sua presença no ambiente extra-celular não se devia a um processo de lise bacteriana. Foi ainda avaliada a capacidade da maquinaria biossintética da lichenicidina para produzir o lantibiótico haloduracina, através do processamento de chimeras lichenicidina-haloduracina, contudo, os resultados foram negativos. Verificou-se ainda que em determinadas condições de incubação, a diferenciação da morfologia original da estirpe B. licheniformis I89 pode ocorrer. Esta dissociação implicou a transição da colónia parental e rugosa para uma colónia de aparência mais simples e suave. Desta forma, as diferenças das duas morfologias em termos de taxa de crescimento, esporulação e actividade antibiótica foram investigadas. Considerando especificamente Bliα e Bliβ verificou-se que a abundância destes péptidos nas culturas do fenótipo fino é geralmente inferior aquela identificada nas culturas do fenótipo parental. Por último, a diversidade de elementos genéticos constituintes de péptido sintetases não ribossomais (NRPS) foi investigada em lagoas no centro de Portugal e em solos provenientes de caves do sul de Portugal, revelando a presença de potenciais novas NRPS nestes ambientes.

O que é para ti um tubarão? percepções das crianças sobre os tubarões em contexto (educação) informal de ciências

Dissertação de mest., Didáctica e Inovação no Ensino das Ciências (Biologia/Geologia), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2011

Paisagem pré-histórica submersa da baía de Armação de Pêra

Dissertação de mest., Geomática (Análises de Sistemas Ambientais), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2012

O lugar e a horta na montanha: o caso de Fortes na serra do Algarve

As culturas regadas compreendem ao longo da história uma importância decisiva nas áreas de montanha do Mediterrâneo Ocidental. Frequentemente coninadas a parcelas bem delimi- tadas no lanco dos cursos de água ou associadas a uma dimen- são sazonal ajustada aos regimes torrenciais, as hortas inscre- vem-se aqui, tradicionalmente, numa economia de subsistência assente na variedade de recursos e num calendário complexo de trabalhos na terra. apesar dos traços distintivos que marcam cada uma das áreas de montanha nesta região, surpreendem, por vezes, as semelhanças que poderemos encontrar a norte e a sul do Mediterrâneo, em expressões tão diversas como a posição do assentamento humano na paisagem, a disposição irregular das árvores do pomar de sequeiro nas encostas, o contraste entre as culturas regadas e as vertentes agrestes, a debulha dos cereais nas eiras circulares, a secagem dos frutos nas esteiras ou a morfologia de determinadas construções elementares.

Aspectos da biologia reprodutiva e alimentar da chilreta Sternula albifrons em habitats natural e alternativo na Ria Formosa

Este trabalho descreve a biologia reprodutiva e dieta da chilreta Sternula albifrons no Sul de Portugal, entre 2008 e 2010. Foram analisadas as variáveis reprodutivas: tamanho médio das posturas, sucesso de eclosão e volume dos ovos entre os vários anos e habitats natural (Praias) e alternativo (Salinas). A dieta foi caracterizada a partir da identificação dos otólitos sagitais encontrados nos regurgitos recolhidos perto dos ninhos nas colónias das salinas. Foram identificados um máximo de 11 espécies ou géneros de peixe na dieta da chilreta. O peixe-rei (Atherina spp.) e os góbios (Pomatoschistus spp.) foram as espécies com maior frequência de ocorrência nos regurgitos (sempre superior a 75% e 25% respectivamente). Foram encontradas diferenças significativas somente na proporção da presa “itens não identificados” o que se deve às limitações do próprio método. Os resultados obtidos para as várias variáveis reprodutivas foram comparados com outros estudos anteriores das mesmas colónias por forma a avaliar a adequabilidade das salinas como habitats alternativos de nidificação. Não foram encontradas diferenças significativas nas variáveis reprodutivas entre os habitats natural e alternativo o que suporta a ideia de que as salinas são um habitat alternativo adequado para a nidificação da chilreta no Sul de Portugal. São discutidas algumas acções de conservação para as colónias em questão.

Biogeoquímica do manganês, ferro, cobre e cádmio em sedimentos da Ria Formosa

A Ria Formosa é uma laguna costeira de características mesotidais, situada na costa Sul de Portugal, que apresenta pronunciadas variações sazonais de temperatura e radiação luminosa. As extensas zonas intertidais desta laguna são inundadas pela maré duas vezes por dia ficando, por isso, também sujeitas a flutuações semidiurnas de temperatura, pressão e radiação luminosa. Estas condições podem afectar os equilíbrios físico-químicos existentes no sedimento. Foi elaborado um esquema de amostragem de sedimentos em suspensão e de fundo em diversos locais da zona intertidal da Ria Formosa em duas escalas de tempo distintas: (a) uma escala sazonal, com o objectivo de estudar a influência das variações anuais de temperatura e os mecanismos por si desenvolvidos na composição elementar dos sedimentos; (b) ao longo de alguns minutos durante a inundação dos sedimentos pela água da maré, com objectivo de estudar o efeito da maré nos equilíbrios físico-químicos existentes no interior do sedimento. Nos sedimentos recolhidos sazonalmente foi medida a temperatura, o pH e o potencial redox, determinado o conteúdo em matéria orgânica e os teores de Al, Si, Mn, Fe, Cu e Cd na fracção sólida. Na água intersticial foram determinadas as concentrações de Mn(II), Fe, Cu e Cd totais dissolvidos. Nas amostras de água intersticial colhidas durante a inundação dos sedimentos foram determinadas as concentrações de Cl-, Mn(II), Fe(II), Fe(III), Cu e Cd totais dissolvidos. A variação do teor de cloretos na água intersticial indicou que a inundação dos sedimentos intertidais pela maré causa infiltração da água através da superfície do sedimento e movimentos de água intersticial no seu interior. Estes movimentos de fluídos ocorreram preferencialmente nas camadas de maior permeabilidade. As alterações ao equilíbrio dinâmico da água intersticial foram mais intensas nos primeiros 28 minutos de inundação, diminuindo ao longo do tempo. Os processos físicos acima referidos provocaram a exportação de Mn(II), Fe(III), Cu e Cd totais dissolvidos da água intersticial para a coluna de água e simultaneamente induziram a oxidação das espécies reduzidas de manganês e de ferro. O Mn(II) foi oxidado a Mn(IV) na camada superficial dos sedimentos e, também, exportado para a coluna de água. A oxidação do Fe(II) a Fe(III) ocorreu, por sua vez, no interior do sedimento numa curta escala de tempo (<7 min.), saindo para a coluna de água uma pequena porção de Fe(III). Estas alterações, provocadas pela inundação dos sedimentos intertidais, mascararam eventuais variações sazonais das concentrações de Mn e Fe na fracção intersticial dos sedimentos. Os perfis de Cu e Cd totais dissolvidos na água intersticial mostraram a existência de várias zonas de mobilização nos primeiros 4 cm de sedimento. A mobilização de Cu não apresentou uma variação sazonal enquanto que as concentrações de Cd mostraram um incremento no Verão. Neste período, o cálculo de fluxos difusivos indicou uma intensificação dos processos de transferência destes metais através da interface sedimento-água relativamente aos existentes no interior do sedimento. Os fluxos difusivos de Cu foram uma ordem de grandeza inferiores ao transporte advectivo associado à inundação pela maré, enquanto que para o Cd as estimativas dos fluxos difusivos e do transporte advectivo foram comparáveis. Em suma, os resultados obtidos mostraram que a distribuição destes elementos na água intersticial é reflexo do regime de transporte-reacção induzido pela inundação dos sedimentos intertidais, sendo para o Fe mais importantes os processos de reacção, enquanto que para o Mn, Cu e Cd os transportes advectivos são mais rápidos do que as reacções. Com base nestes resultados é proposto um modelo para os ciclos de Mn, Fe, Cu e Cd nas zonas intertidais de lagunas costeiras.

Exploring an uncommon host-parasite interaction to unveil the uniqueness of Perkinsus sp as a model organism

We report the exploration of some unique metabolic pathways in Perkinsus olseni a marine protist parasite, responsible to significant mortalities in mollusks, especially in bivalves all around the world. In Algarve, south of Portugal carpet shell clam Ruditapes decussatus mortalities can reach up to 70%, causing social and economic losses. The objective of studying those unique pathways, is finding new therapeutic strategies capable of controlling/eliminating P. olseni proliferation in clams. In that sense metabolic pathways, were explored, and drugs affecting these cycles were tested for activity. The first step involved the identification of the genes behind those pathways, the reconstitution of the main steps, and molecular characterization of those genes and later on, the identification of possible targets within the genes studied. Metabolic cycles were screened due to the fact of not being present in host or differ in a critical way, such as the following pathways: shikimate, MEP-­‐ isoprenoids, Leloir cycle for chitin production, purine biosynthesis (unique among protists), the de novo synthesis of folates (absent in metazoa) and some unique genes like, the alternative oxidase (a branch of respiratory chain) and the hypoxia sensor HPH. All those pathways were covered and possible chemical inhibition using therapeutic drugs was tested with positive results. The relation between the common host Ruditapes decussatus and P. olseni was also explored in a dimension not possible some years ago. With the accessibility to second generation sequencers and microarray analysis platforms, genes involved in host defense or parasite virulence and resistance to the host were deciphered, allowing aiming to new targets (mechanisms and pathways), offering new possibilities for the control of Perkinsus in close environments. The thousands of genes, generated by this work, sequenced and analyzed from this commercial valuable clam and for Perkinsus olseni will be an important and value tool for the scientific community, allowing a better understanding of host-­‐parasite interactions, promoting the usage of P. olseni as an emerging model for alveolata parasites.

Caracterização de óleos especialmente ricos em ácidos gordos essenciais e ensaio preliminar da sua potencial aplicação em piscicultura

Tese de doutoramento, Biologia, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Universidade do Algarve, 2001

Ecology of the invertebrate macrofauna of a Ria Formosa lagoon salt marsh

Tese de doutoramento, Ecologia, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Universidade do Algarve, 2003

Evaluation of the protective effect of Phlomis purpurea against Phytophthora cinnamomi in Fagaceae and of root metabolites involved

Tese de doutoramento, Ciências Agrárias (Proteção de Plantas), Faculdade de Ciência e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2014

Avaliação da contaminação microbiológica e da resposta ao stress ambiental em moluscos bivalves da Ria Formosa

Dissertação de mestrado, Tecnologia de Alimentos, Instituto Superior de Engenharia, Universidade do Algarve, 2015

Organização e variabilidade das indústrias líticas durante o Gravetense no Sudoeste Peninsular

Tese de doutoramento, Arqueologia, Faculdade de Ciências Humanas e Sociais, Universidade do Algarve, 2013

Isolamento e purificação do nortriterpeno phlomispurpentaolone a partir de raízes de Phlomis purpurea e determinação da sua atividade citotóxica nas linhas celulares HeLa e L929

Dissertação de mestrado, Ciências Farmacêuticas, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015