Aikaerotteisesti fluoresenssia mittaavan reaaliaikaisen PCR-laitteen kehitys

Kvantitatiivinen reaaliaikainen polymeraasiketjureaktio (engl. polymerase chain reaction, PCR) on osoittautunut käyttäjäystävällisimmäksi menetelmäksi nukleiinihapposekvenssien kvantitoimisessa. Tätä menetelmää voidaan herkistää pienempien DNA-pitoisuuksien havaitsemiseen käyttämällä hyväksi aikaerotteista fluorometriaa (engl. time-resolved fluorometry, TRF) ja luminoivia lantanidileimoja, joiden fluoresenssin pitkän eliniän ansiosta emission mittaus voidaan suorittaa vasta hetki virittävän valopulssin jälkeen, jolloin lyhytikäinen taustasäteily ehtii sammua. Tuloksena saadaan korkea signaali-taustasuhde. Tämän diplomityön tarkoituksena oli rakentaa TRF:än pystyvä reaaliaikainen PCR-laite, sillä tällaista laitetta ei ole markkinoilla tarjolla. Laite rakennettiin kehittämällä lämpökierrätin ja yhdistämällä se valmiiseen TRF:än kykenevään mittapäähän. Mittapään ja lämpökierrättimen hallitsemiseksi kehitettiin myös tietokoneohjelma. Valon tuottamiseksi ja mittaamiseksi haluttiin käyttää edullisia komponentteja, joten työssä käytettiin valmiin mittapään optiikkaa, jossa viritys tapahtuu hohtodiodilla (engl. light-emitting diode, LED) ja lantanidileiman emission mittaus fotodiodilla (engl. photodiode, PD) tai valomonistinputkella (engl. photomultiplier tube, PMT). Myös mittapään suorituskykyä tutkittiin. Työtä varten kehitettiin lämpökierrätin, joka koostui Peltier-elementillä lämmitettävästä PCR-putkitelineestä ja lämpökannesta. Mittalaitteen suorituskyvyn tutkimiseen käytettiin kelaattikomplementaatioon perustuvaa PCR-tuotteen havaitsemismenetelmää. Kelaattikomplementaatio perustuu kahteen erilliseen oligonukleotidimolekyyliin, joista toiseen on sidottu lantanidi-ioni ja toiseen valoa absorboiva ligandirakenne, jotka yhdessä muodostavat fluoresoivan kokonaisuuden. Kehitetyn lämpökierrättimen todettiin olevan tarpeeksi tarkka sekä tehokas ja sen lämmitys- ja jäähdytysnopeuden maksimeiksi saatiin 2,6 °C/sekunti. Detektorina käytetyn PD:n ei todettu olevan tarpeeksi herkkä emission havainnoimiseksi ja se korvattiin laitteessa PMT:llä. Käytetyllä PCR-määrityksellä kynnyssykleiksi (engl. threshold cycle, Ct) sekä kehitetylle että referenssilaitteelle saatiin 28,4 käyttämällä samaa 100 000 kopion DNA:n aloitusmäärää. Työssä osoitettiin, että on mahdollista kehittää edullisia komponentteja käyttävä, TRF:än pystyvä, reaaliaikainen PCR-laite, joka kykenee vastaavaan Ct-arvoon kuin vertailulaite. PD:n herkkyys ei kuitenkaan riittänyt. Tulokset olivat lupaavia, sillä LED- ja PD-teknologiat kehittyvät ja markkinoille on tullut myös muita komponentteja, joiden avulla on tulevaisuudessa mahdollista kehittää vielä herkempi laite.

Estimación del consumo de potencia en un terminal portátil multimedia basada en la PMU del procesador

Este proyecto se incluye en una línea de trabajo que tiene como objetivo final la optimización de la energía consumida por un dispositivo portátil multimedia mediante la aplicación de técnicas de control realimentado, a partir de una modificación dinámica de la frecuencia de trabajo del procesador y de su tensión de alimentación. La modificación de frecuencia y tensión se realiza a partir de la información de realimentación acerca de la potencia consumida por el dispositivo, lo que supone un problema ya que no suele ser posible la monitorización del consumo de potencia en dispositivos de estas características. Este es el motivo por el que se recurre a la estimación del consumo de potencia, utilizando para ello un modelo de predicción. A partir del número de veces que se producen ciertos eventos en el procesador del dispositivo, el modelo de predicción es capaz de obtener una estimación de la potencia consumida por dicho dispositivo. El trabajo llevado a cabo en este proyecto se centra en la implementación de un modelo de estimación de potencia en el kernel de Linux. La razón por la que la estimación se implementa en el sistema operativo es, en primer lugar para lograr un acceso directo a los contadores del procesador. En segundo lugar, para facilitar la modificación de frecuencia y tensión, una vez obtenida la estimación de potencia, ya que esta también se realiza desde el sistema operativo. Otro motivo para implementar la estimación en el sistema operativo, es que la estimación debe ser independiente de las aplicaciones de usuario. Además, el proceso de estimación se realiza de forma periódica, lo que sería difícil de lograr si no se trabajase desde el sistema operativo. Es imprescindible que la estimación se haga de forma periódica ya que al ser dinámica la modificación de frecuencia y tensión que se pretende implementar, se necesita conocer el consumo de potencia del dispositivo en todo momento. Cabe destacar también, que los algoritmos de control se tienen que diseñar sobre un patrón periódico de actuación. El modelo de estimación de potencia funciona de manera específica para el perfil de consumo generado por una única aplicación determinada, que en este caso es un decodificador de vídeo. Sin embargo, es necesario que funcione de la forma más precisa posible para cada una de las frecuencias de trabajo del procesador, y para el mayor número posible de secuencias de vídeo. Esto es debido a que las sucesivas estimaciones de potencia se pretenden utilizar para llevar a cabo la modificación dinámica de frecuencia, por lo que el modelo debe ser capaz de continuar realizando las estimaciones independientemente de la frecuencia con la que esté trabajando el dispositivo. Para valorar la precisión del modelo de estimación se toman medidas de la potencia consumida por el dispositivo a las distintas frecuencias de trabajo durante la ejecución del decodificador de vídeo. Estas medidas se comparan con las estimaciones de potencia obtenidas durante esas mismas ejecuciones, obteniendo de esta forma el error de predicción cometido por el modelo y realizando las modificaciones y ajustes oportunos en el mismo. ABSTRACT. This project is included in a work line which tries to optimize consumption of handheld multimedia devices by the application of feedback control techniques, from a dynamic modification of the processor work frequency and its voltage. The frequency and voltage modification is performed depending on the feedback information about the device power consumption. This is a problem because normally it is not possible to monitor the power consumption on this kind of devices. This is the reason why a power consumption estimation is used instead, which is obtained from a prediction model. Using the number of times some events occur on the device processor, the prediction model is able to obtain a power consumption estimation of this device. The work done in this project focuses on the implementation of a power estimation model in the Linux kernel. The main reason to implement the estimation in the operating system is to achieve a direct access to the processor counters. The second reason is to facilitate the frequency and voltage modification, because this modification is also done from the operating system. Another reason to implement the estimation in the operating system is because the estimation must be done apart of the user applications. Moreover, the estimation process is done periodically, what is difficult to obtain outside the operating system. It is necessary to make the estimation in a periodic way because the frequency and voltage modification is going to be dynamic, so it needs to know the device power consumption at every time. Also, it is important to say that the control algorithms have to be designed over a periodic pattern of action. The power estimation model works specifically for the consumption profile generated by a single application, which in this case is a video decoder. Nevertheless, it is necessary that the model works as accurate as possible for each frequency available on the processor, and for the greatest number of video sequences. This is because the power estimations are going to be used to modify dynamically the frequency, so the model must be able to work independently of the device frequency. To value the estimation model precision, some measurements of the device power consumption are taken at different frequencies during the video decoder execution. These measurements are compared with the power estimations obtained during that execution, getting the prediction error committed by the model, and if it is necessary, making modifications and settings on this model.

PMU-basierte Zustandsabschätzung in Smart Distribution

Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Elektrotechnik und Informationstechnik, Dissertation, 2016

Strateginen suorituskyvyn mittaus osana johdon ohjausjärjestelmiä: Case-tutkimus johdon ohjausjärjestelmistä pakettina

Tämän tutkielman tavoitteena on kuvata ja analysoida johdon ohjausjärjestelmien toimintaa pakettina ja hahmottaa strategisen suorituskyvyn mittauksen merkitystä sekä roolia johdon ohjausjärjestelmäpaketissa. Paketti-näkökulman ottaminen johdon ohjausjärjestelmiin edustaa laajempaa näkemystä ohjauksesta, jossa johdon laskentatoimen järjestelmien lisäksi ohjausjärjestelmiksi katsotaan kaikki ne formaalit ja epäformaalit järjestelmät, joilla organisaatiota ohjataan kohti sen tavoitteita. Tutkielman teoreettinen viitekehys pohjautuu laajaan, mutta rakenteelliseen ohjausjärjestelmäpakettimalliin, johon strateginen suorituskyvyn mittaus luetaan osakokonaisuudeksi määritellen sen ominaispiirteet ohjauksen näkökulmasta. Tutkielman tutkimusote on luonteeltaan toiminta-analyyttinen ja empiirinen tutkimus toteutettiin case-tutkimuksena varsinaissuomalaisessa rakennusteollisuuden yrityksessä. Empiirinen aineisto koostuu case-yrityksen johdon sekä muun henkilöstön haastatteluista yhdessä case-yrityksessä suoritetun havainnoinnin sekä saadun sisäisen ja ulkoisen arkistomateriaalin kanssa. Tutkimuksen aineisto kerättiin vuoden 2010 syksyn ja 2011 kevään välisenä aikana. Suoritetun empiirisen tutkimuksen tulokset vahvistavat aikaisempia tuloksia siitä, miten johdon ohjausjärjestelmäpaketti toimii. Tutkimustulokset korostavat toiminnallisten vaatimusten ja johdonmukaisuuden merkitystä johdon ohjausjärjestelmäpakettia analysoitaessa. Kulttuuri havaittiin merkittäväksi ohjausjärjestelmäksi ja se osaltaan vaikutti siihen, millaiseksi paketin muiden ohjausjärjestelmien rooli muodostuu. Case-yrityksessä strategisella suorituskyvyn mittauksella tavoitellaan organisaation huomion kiinnittämistä strategian kannalta olennaisiin seikkoihin, jotka tässä tutkimuksessa tunnistettiin toiminnan tehostamiseksi ja kasvuksi. Strateginen suorituskyvyn mittaus nivoutuu yhteen erinäisten hallinnollisten ohjausjärjestelmien kanssa juuri sen interaktiivisen käytön kautta, ja siten se tukee asetettuihin toiminnallisiin vaatimuksiin vastaamista yhdessä kulttuurin kanssa. Näitä pääasiallisia ohjausjärjestelmiä tukevat muut johdon implementoimat ohjausjärjestelmät yhdessä päätöksien kanssa olla käyttämättä tiettyjä järjestelmiä ohjaukseen. Siten ohjausjärjestelmäpaketin sisäinen vuorovaikutus ilmenee eri ohjausjärjestelmien keskinäisen johdonmukaisuuden kautta, eivätkä ne ole erotettavissa toisistaan kuin analyyttisessä mielessä

Intrusion Detection Systems in SDN-based Self-Healing PMU Networks

Nowadays, Power grids are critical infrastructures on which everything else relies, and their correct behavior is of the highest priority. New smart devices are being deployed to be able to manage and control power grids more efficiently and avoid instability. However, the deployment of such smart devices like Phasor Measurement Units (PMU) and Phasor Data Concentrators (PDC), open new opportunities for cyber attackers to exploit network vulnerabilities. If a PDC is compromised, all data coming from PMUs to that PDC is lost, reducing network observability. Our approach to solve this problem is to develop an Intrusion detection System (IDS) in a Software-defined network (SDN). allowing the IDS system to detect compromised devices and use that information as an input for a self-healing SDN controller, which redirects the data of the PMUs to a new, uncompromised PDC, maintaining the maximum possible network observability at every moment. During this research, we have successfully implemented Self-healing in an example network with an SDN controller based on Ryu controller. We have also assessed intrinsic vulnerabilities of Wide Area Management Systems (WAMS) and SCADA networks, and developed some rules for the Intrusion Detection system which specifically protect vulnerabilities of these networks. The integration of the IDS and the SDN controller was also successful. \\To achieve this goal, the first steps will be to implement an existing Self-healing SDN controller and assess intrinsic vulnerabilities of Wide Area Measurement Systems (WAMS) and SCADA networks. After that, we will integrate the Ryu controller with Snort, and create the Snort rules that are specific for SCADA or WAMS systems and protocols.

Real-time PMU monitoring of an IEEE 5-Bus Network implemented on OPAL system

This thesis studies the state-of-the-art of phasor measurement units (PMUs) as well as their metrological requirements stated in the IEEE C37.118.1 and C37.118.2 Standards for guaranteeing correct measurement performances. Communication systems among PMUs and their possible applicability in the field of power quality (PQ) assessment are also investigated. This preliminary study is followed by an analysis of the working principle of real-time (RT) simulators and the importance of hardware-in-the-loop (HIL) implementation, examining the possible case studies specific for PMUs, including compliance tests which are one of the most important parts. The core of the thesis is focused on the implementation of a PMU model in the IEEE 5-bus network in Simulink and in the validation of the results using OPAL RT-4510 as a real-time simulator. An initial check allows one to get an idea about the goodness of the results in Simulink, comparing the PMU data with respect to the load-flow steady-state information. In this part, accuracy indices are also calculated for both voltage and current synchrophasors. The following part consists in the implementation of the same code in OPAL-RT 4510 simulator, after which an initial analysis is carried out in a qualitative way in order to get a sense of the goodness of the outcomes. Finally, the confirmation of the results is based on an examination of the attained voltage and current synchrophasors and accuracy indices coming from Simulink models and from OPAL system, using a Matlab script. This work also proposes suggestions for an upcoming operation of PMUs in a more complex system as the Digital Twin (DT) in order to improve the performances of the already-existing protection devices of the distribution system operator (DSO) for a future enhancement of power systems reliability.

Primatology in southern Brazil: a transdisciplinary approach to the conservation of the brown-howler-monkey Alouatta guariba clamitans (Primates, Atelidae)

Human interventions in natural environments are the main cause of biodiversity loss worldwide. The situation is not different in southern Brazil, home of five primate species. Although some earlier studies exist, studies on the primates of this region began to be consistently carried out in the 1980s and have continued since then. In addition to important initiatives to study and protect the highly endangered Leontopithecus caissara Lorrini & Persson, 1990 and Brachyteles arachnoides E. Geoffroy, 1806, other species, including locally threatened ones, have been the focus of research, management, and protection initiatives. Since 1993, the urban monkeys program (PMU, Programa Macacos Urbanos) has surveyed the distribution and assessed threats to populations of Alouatta guariba clamitans (Cabrera, 1940) in Porto Alegre and vicinity. PMU has developed conservation strategies on four fronts: (1) scientific research on biology and ecology, providing basic knowledge to support all other activities of the group; (2) conservation education, which emphasizes educational presentations and long-term projects in schools near howler populations, based on the flagship species approach; (3) management, analyzing conflicts involving howlers and human communities, focusing on mitigating these problems and on appropriate relocation of injured or at-risk individuals; and finally, (4) Public Policies aimed at reducing and/or preventing the impact of urban expansion, contributing to create protected areas and to strengthen environmental laws. These different approaches have contributed to protect howler monkey populations over the short term, indicating that working collectively and acting on diversified and interrelated fronts are essential to achieve conservation goals. The synergistic results of these approaches and their relationship to the prospects for primatology in southern Brazil are presented in this review.

Bases pel desenvolupament i l’aplicació d'un tractament interdisciplinar del dolor crònic pediàtric

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada al Pain Management Unit de la University of Bath-Royal National Hospital for Rheumatic Disease, a Gran Bretanya, entre juliol i setembre del 2006. El dolor crònic en pediatria es defineix com aquell que és persistent o recurrent durant tres o més mesos. Recentment la prevalença a la nostra població entre els escolars de 8 a 16 anys ha estat quantificada en el 37.3%. Davant d’aquestes dades i coneixent la magnitud de l’impacte que el dolor crònic té en aquestes edats, sorgeix la necessitat de desenvolupar programes d’intervenció per donar una resposta a aquesta problemàtica en la nostra població. Les investigacions realitzades assenyalen que els programes multidisciplinars són els que obtenen una major eficàcia. Aquests programes estan adreçats a minimitzar l’impacte dels diferents factors que conformen l’experiència de dolor: físics, emocionals, cognitius, conductuals i socials. A Europa només l’hospital on s’ha realitzat l’estada ofereix un programa d’aquestes característiques. El servei que ofereixen en aquesta Unitat de dolor pediàtric està sent el model de referència pel disseny d’un programa de tractament a la nostra població. Per aquest motiu, s’ha realitzat una estada d’un mes de durada a la PMU, amb l’objectiu d’aprendre els procediments terapèutics per adaptar-los i aplicar-los en el nostre context. Sis adolescents amb problemes de dolor crònic i discapacitat associada, acompanyats de les seves mares han participat en aquest programa de tractament grupal interdisciplinari d’orientació cognitiu-conductual de tres setmanes. Es realitzen aproximadament 110 hores de tractament, distribuïdes en sessions de 50 minuts, d’activitat física i ocupacional, teràpia cognitiu-conductual i educació. Aquesta estada ha permès d’una banda, la formació d’un psicòleg dintre d’un equip de dolor pediàtric interdisciplinar i de l’altra evidenciar l’efectivitat que aquest programa interdisciplinar de rehabilitació cognitiu-conductual té pel maneig del dolor crònic i la discapacitat associada.

Etat de santé des migrants précarisés : l'exemple de l'aide d'urgence dans le Canton de Vaud

En 2008, la PMU et le CHUV ont mis en place une commission chargée d'évaluer, pour le canton de Vaud, les demandes fondées sur des arguments médicaux d'aménagement des conditions d'hébergement de personnes soumises au régime de l'aide d'urgence, introduit à la suite de l'acceptation en votation populaire, le 24 septembre 2006, de la nouvelle loi sur l'asile (LAsi). Nous présentons le contexte historique, politique, institutionnel et médical dans lequel ce groupe de travail intervient, ainsi que ses modalités de fonctionnement, puis abordons les résultats d'une analyse récente de nos données sur les caractéristiques démographiques et l'état de santé des personnes dont les dossiers nous ont été soumis. Cette analyse révèle leur mauvaise santé générale, notamment psychique, avec en particulier une prévalence très élevée d'états de stress post-traumatiques. De façon surprenante, les événements traumatiques surviennent assez fréquemment après l'arrivée en Suisse. Nous évoquons pour conclure une série de préoccupations éthiques en rapport avec cette activité.

La prise en charge de l'hypertension artérielle par des médecins en formation suit-elle les recommandations actuelles?

Résumé De nombreuses recommandations nationales et internationales sont publiées régulièrement qui définissent la manière dont les patients hypertendus devraient être pris en charge. Ces recommandations sont-elles suivies et applicables ? Dans cette étude transverse effectuée à la PMU à Lausanne, nous avons évalué la qualité de la prise en charge de 225 patients hypertendus suivis par des assistants en formation de médecine de premier recours. Ces 225 patients ont été retenus après une sélection de 1044 dossiers de la consultation générale de la PMU. Les résultats montrent que la moyenne des 3 dernières pressions artérielles était contrôlée dans 32,4% des cas à moins de 140/90 mmHg (TA systolique contrôlée à 42% et TA diastolique à 58%). 60% des patients ont eu une mesure de pression à chacune des 3 dernières consultations. 79% des mesures se terminaient par 0 ou par 5(théoriquement 20%). Le contrôle de la pression artérielle n'était pas statistiquement différent quelles que soient les comorbidités connues (diabète, insuffisance rénale ou insuffisance cardiaque). En conclusion, la qualité de la mesure et de la prise en charge de la TA par les médecins de premier recours en formation est comparable à celle retrouvée en pratique ambulatoire et pourrait être améliorée. Les recommandations basées sur la stratification des FRCV se heurtent à des problèmes dans leur application pratique. Le contrôle de la TA n'est pas meilleur chez les patients à haut risque cardio-vasculaire.

Valeur ajoutée de la supervision du médecin-assistant par un médecin de famille dans une permanence [Added value of family practitioners' supervision of junior doctors in a walk-in clinic].

The pending workforce crisis in family medicine has triggered various initiatives. This article describes the PMU-FLON walk-in clinic, a project of the Institute of General Medicine University of Lausanne. The working conditions in this clinic are close to that of a family practice. Doctors in training are supervised by family doctors who work part-time in the clinic. The objective is to improve training in the various fields of family medicine, from technical skills (improving optimal use of diagnostic tools), to integrating patients' requests in a more global patient-centered approach. This new educational model allows doctors in training to benefit from the specific approaches of different trainers. It will contribute to promoting quality family medicine in the future.

Relay card for capacitance measurements

In this bachelor's thesis a relay card for capacitance measurements was designed, built and tested. The study was made for the research and development laboratory of VTI Technologies, which manufactures capacitive silicon micro electro mechanical accelerometers and pressure sensors. As the size of the sensors is decreasing the capacitance value of the sensors also decreases. The decreased capacitance causes a need for new and more accurate measurement systems. The technology used in the instrument measuring the capacitance dictates a framework how the relay card should be designed, thus the operating principle of the instrument must be known. To achieve accurate results the measurement instrument and its functions needed to be used correctly. The relay card was designed using printed circuit board design methods that minimize interference coupling to the measurement. The relay card that was designed in this study is modular. It consists of a separate CPU card, which was used to control the add-on cards connected to it. The CPU card was controlled from a computer through a serial bus. Two add-on cards for the CPU card were designed in this study. The first one was the measurement card, which could be used to measure 32 capacitive sensors. The second add-on card was the MUX card, which could be used to switch between two measurement cards. The capacitance measurements carried out through the MUX card and the measurement cards were characterized with a series of test measurements. The test measurement data was then analysed. The relay card design was confirmed to work and offer accurate measurement results up to a measurement frequency of 10 MHz. The length of the measurement cables limited the measurement frequency.

Nivelen passiivinen mobilisaatio jäykän nilkan hoitona

Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää passiivisen mobilisaation vaikutusta ylemmän nilkkanivelen liikelaajuuteen ja siinä mahdollisesti esiintyvään kipuun. Lisäksi tavoitteena oli lisätä manuaalisen terapian tunnettuutta yhtenä jalkaterapian hoitomenetelmänä. Tutkimusmenetelmä oli kokeellinen yksittäistapaustutkimus. Tutkimuseen valittiin harkinnanvaraisesti neljä (n=4) henkilöä, joilla oli ainakin toisen ylemmän nilkkanivelen liikelaajuus dorsaalifleksioon alle 10̊. Lisäksi nivelessä saattoi esiintyä kipua. Passiivista mobilisaatiota annettiin kaksi kertaa viikossa kolmen viikon ajan. Perustasonmittaukset suoritettiin neljä kertaa ennen hoitojaksoa kahden viikon aikana ja kolme kertaa seurantajakson (6 viikkoa) aikana kahden viikon välein. Tiedonhankintamenetelminä olivat kysely- ja tutkimuslomake, kivun ja haitan arviointilomake. Ylemmän nilkkanivelen liikelaajuuden mittaus tehtiin Ficherin goniometrillä. Perustasonmittauksissa nilkkanivelten liikelaajuuden vaihtelu oli 3̊̊-14̊ polvi suorana ja polvi koukussa 5̊- 16̊. Kyselyn mukaan kahdella tutkittavalla esiintyi kipua ainakin toisessa ylemmässä nilkkanivelessä. Hoitojakson aikana kaikien tutkittavien liikelaajuus lisääntyi 3̊- 8̊ polvi suorana ja polvi koukussa 2̈̊- 9̊. Kolme henkilöä saavutetti normaalin kävelyn vaativan liikelaajuuden, 10̊ polvi suorana ja 15̊ polvi koukussa. Seurantavaiheessa liikelaajuudet lisääntyivät alkumittauksiin verratuna kolmella henkilöllä. Yhdellä henkilöllä saavutettu liikelaajuus säilyi seurantavaiheen loppuun asti. Mobilisaatio ei vaikuttanut merkittävästi ylemmän nilkkanivelen kipuun. Koska tämä oli yksittäistapaustutkimus ja tutkimusjoukko oli pieni (N=4), tutkimustuloksia ei voida yleistää. Tutkimustulokset ovat kuitenkin lupaavia ja ne antavat viitteen siitä, että passiivisella mobilisaatiolla voidaan lisätä ylemmän nilkkanivelen liikelaajuutta. Tutkimus antaa lisää näyttöä jalkaterapian alaraajoja tukevista hoitomenetelmistä ja erityisesti nivelen passiivisen mobilisaation vaikutuksesta ylemmän nilkkanivelen liikerajoitukseen. Mobilisaatio on tehokas hoitomenetelmä ja hyvä vaihtoehto perinteisille pehmytkudosperäisen jäykän nilkan hoitomuodoille. Tutkimusta ja sen tuloksia voivat hyödyntää kaikki terveysalan ammattilaiset, jotka työssään käyttävät passiivista mobilisaatiota. Tutkimuksen avulla jalkaterapeutit voivat parantaa omaa kriittistä työotettaan, työnsä seurantaa sekä hoitotulosten dokumentointia.

Automaattisen nukleiinihappoeristyslaitteen ja reaaliaikaisen PCR-menetelmän soveltuvuus herpes simplex -virusten keskushermostoinfektiodiagnostiikkaan

Keskushermosto- ja neonataali-infektiot ovat herpes simplex -virusten aiheuttamista taudeista vakavimpia. Niihin on olemassa lääkitys, joka on tehokkain, kun se aloitetaan aivan sairauden alkuvaiheessa. Näiden infektioiden diagnostiikassa PCR-menetelmä on herkin. Tämä menetelmä on kuitenkin työläs ja aikaa vievä, joten uudet nopeammat menetelmät ovat tervetulleita. Opinnäytetyö tehtiin HUSLABin virologian osastolle. Työssä testattiin QIAGENIN artus®HSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkausta, joka on tehty käytettäväksi Roche diagnosticsin reaaliaikaisella PCR-laitteella LightCyclerillä. Lisäksi työssä testattiin automaattista bioMérieuxin NucliSens easyMAG- nukleiinihappoeristyslaitetta. Referenssinä käytettiin HUSLABin virologian osastolla testaushetkellä käytössä olevia menetelmiä. Reaaliaikaisen PCR-menetelmän herkkyyttä testattiin positiivisilla HSV-1 ja HSV-2 kontrollilaimennussarjoilla. Menetelmän oikeellisuutta testattiin määrittämällä laaduntarkkailu- ja potilasnäytteitä, jotka olivat likvoria. Tuloksia verrattiin QCMD:n antamiin ja perinteisellä ”in house”- PCR-menetelmällä saatuihin referenssituloksiin. Spesifisyyttä testattiin muiden ihmisten herpesvirusten positiivisilla kontrolleilla. Automaattisen nukleiinihappoeristysmenetelmän toimivuutta testattiin HSV-positiivisilla ja -negatiivisilla likvornäytteillä, jotka oli aikaisemmin eristetty fenoli-kloroformiuutolla. Tulokset QIAGENIN artus®HSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkauksesta olivat hyviä. Kont-rollilaimennussarjan määrityksessä reaaliaikainen PCR-menetelmä osoittautui perinteistä ”in house”- PCR-menetelmää herkemmäksi. Potilasnäytteiden määrityksessä tulokset olivat yhtenevät. EasyMAG- nukleiinihappoeristysmenetelmällä eristettyjen potilasnäytteiden määrityksistä saadut tulokset olivat myös hyviä. Kun tuloksia verrattiin fenoli-kloroformiuutolla saatuihin tuloksiin, olivat tulokset yhtä näytettä lukuun ottamatta yhtenevät. Molemmat testattavat menetelmät ovat nopeita ja virhelähteiden mahdollisuus on vähäisempi kuin perinteisessä ”in house”-PCR menetelmässä ja fenoli-kloroformiuutolla nukleiinihappoa eristettäessä. Tutkimusten tulokset osoittivat molempien menetelmien soveltuvan hyvin HSV:n eristykseen ja määritykseen likvornäytteistä.