Statistical Model to DNA Melting

Um modelo estatístico para o DNA é estudado a fim de se obter informações sobre o comportamento de variáveis termodinâmicas. Atenção especial é dada à desnaturação térmica desta macromolécula.

Expanding the spectrum of PTH1R mutations in patients with primary failure of tooth eruption

Objectives: Primary failure of tooth eruption (PFE) is a rare autosomal-dominant disease characterized by severe lateral open bite as a consequence of incomplete eruption of posterior teeth. Heterozygous mutations in the parathyroid hormone 1 receptor (PTH1R) gene have been shown to cause PFE likely due to protein haploinsufficiency. To further expand on the mutational spectrum of PFE-associated mutations, we report here on the sequencing results of the PTH1R gene in 70 index PFE cases. Materials and methods: Sanger sequencing of the PTH1R coding exons and their immediate flanking intronic sequences was performed with DNA samples from 70 index PFE cases. Results: We identified a total of 30 unique variants, of which 12 were classified as pathogenic based on their deleterious consequences on PTH1R protein while 16 changes were characterized as unclassified variants with as yet unknown effects on disease pathology. The remaining two variants represent common polymorphisms. Conclusions: Our data significantly increase the number of presently known unique PFE-causing PTH1R mutations and provide a series of variants with unclear pathogenicity which will require further in vitro assaying to determine their effects on protein structure and function. Clinical relevance: Management of PTH1R-associated PFE is problematic, in particular when teeth are exposed to orthodontic force. Therefore, upon clinical suspicion of PFE, molecular DNA testing is indicated to support decision making for further treatment options. © 2013 Springer-Verlag Berlin Heidelberg.

The phenotype of Floating-Harbor syndrome: clinical characterization of 52 individuals with mutations in exon 34 of SRCAP

Background Floating-Harbor syndrome (FHS) is a rare condition characterized by short stature, delays in expressive language, and a distinctive facial appearance. Recently, heterozygous truncating mutations in SRCAP were determined to be disease-causing. With the availability of a DNA based confirmatory test, we set forth to define the clinical features of this syndrome. Methods and results Clinical information on fifty-two individuals with SRCAP mutations was collected using standardized questionnaires. Twenty-four males and twenty-eight females were studied with ages ranging from 2 to 52 years. The facial phenotype and expressive language impairments were defining features within the group. Height measurements were typically between minus two and minus four standard deviations, with occipitofrontal circumferences usually within the average range. Thirty-three of the subjects (63%) had at least one major anomaly requiring medical intervention. We did not observe any specific phenotype-genotype correlations. Conclusions This large cohort of individuals with molecularly confirmed FHS has allowed us to better delineate the clinical features of this rare but classic genetic syndrome, thereby facilitating the development of management protocols.

Über die Funktion und Struktur der Tyrosinase aus Streptomyces antibioticus

Für die Aufklärung der chemisch anspruchsvollen Monophenolase-Reaktion von Tyrosinasen wurde ein System entwickelt, um das Zielprotein aus dem Bakterium Streptomyces antibioticus in großen Mengen und mit hoher Reinheit zu isolieren. Zudem konnte ein hypothetischer Reaktionsmechanismus für die Monophenolase- und die Diphenolase-Aktivität der Tyrosinase formuliert werden. Die beiden Reaktionen der S. antibioticus-Tyrosinase wurden kinetisch analysiert und auf diesem Weg die Aktivität des Enzyms mit jener der sehr gut charakterisierten Tyrosinase aus dem Pilz Agaricus bisporus verglichen. Hierbei wurden signifikante Unterschiede festgestellt, die auf die verschiedenartigen Proteinstrukturen zurückgeführt wurden. Auch konnte gezeigt werden, dass einige sekundäre Pflanzenstoffe, die vor allem in Wein zu finden sind und in ihrer chemischen Struktur den Tyrosinasesubstraten ähnlich sind, die Aktivität dieses Enzyms maßgeblich beeinflussen. Das O2-Transportprotein Hämocyanin aus der Vogelspinne Eurypelma californicum, das wie die Tyrosinase zu der Familie der Typ-3-Kupferproteine gehört, ist nach chemischer Aktivierung zur Phenoloxidase zur enzymatischen Quervernetzung von Proteinen fähig. Die Tatsache, dass diese Quervernetzung auch das Hämocyanin selbst betrifft, sowie der erfolgreiche Nachweis von Hämocyanin in der Kutikula des genannten Organismus, legen die Vermutung nahe, dass die physiologische Funktion von Hämocyanin im Rahmen der Sklerotisierung des Exoskeletts in einer aktiven und passiven Beteiligung an Gerbungsprozessen im Integument besteht.

Schaderreger im Wurzelraum von Reben (Vitis spp.) - Vorkommen, Wirkung, Interaktionen - und Möglichkeiten zu deren Kontrolle durch Maßnahmen des Integrated Pest Management (IPM)

Ziel der Untersuchungen war es, das Vorkommen, die Wirkungen und die Interaktionen bodenbürtiger Vitis-Pathogene in Pfropfrebenbeständen zu untersuchen und die Möglichkeiten ihrer Kontrolle im Rahmen des Integrated Pest Managements zu eruieren. Ein Schwerpunkt lag dabei bei den in Zusammenhang mit einem Befall der Rebstöcke durch D. vitifoliae stehenden Wuchsdepressionen und Absterbeerscheinungen. Hintergrund dieser Untersuchungen war die Hypothese, dass sich die Böden von Rebanlagen mit und ohne Wuchsdepressionen und Absterbeerscheinungen der Reben aufgrund ihrer pathogen- bzw. krankheitssuppressiven Eigenschaften unterscheiden. Andererseits wurde untersucht, ob die die Wurzeln besiedelnde Reblaus selbst durch den entomopathogenen Pilz M. anisopliae biologisch kontrolliert werden kann. Im Verlauf dieser Untersuchungen wurde im Wurzelsystem der Reben ein bis dahin unbekannter obligater Parasit aus der Gruppe der Plasmodiophorales identifiziert, der der Gattung Sorosphaera zugewiesen werden konnte. Dies gab Anlass zur morphologischen und ökologischen Untersuchung dieses neuen Organismus, der dann in der Folge als Sorosphaera viticola Kirchmair, Neuhauser, Huber beschrieben wurde. Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass die krankheits- bzw. pathogenkonduktiven und -suppressiven Eigenschaften der Böden dafür verantwortlich sind, ob es in einer Rebanlage zu Ausfallerscheinungen kommt oder nicht, wobei ein direkter Zusammenhang mit der Bewirtschaftung der Flächen, namentlich der Versorgung der Böden mit organischer Substanz hergestellt werden konnte.

Characterization of primary biogenic aerosol particles by DNA analysis: Diversity of airborne Ascomycota and Basidiomycota

Primary biogenic aerosol (PBA) particles account for large proportions of air particulate matter, and they can influence the hydrological cycle and climate as nuclei for water droplets and ice crystals in clouds, fog, and precipitation. Moreover, they can cause or enhance human, animal, and plant diseases. The actual abundance and properties of PBA particles and components in the atmosphere are, however, still poorly understood and quantified. rnIn this study, the identity, diversity, and frequency of occurrence of PBA particles were investigated by DNA analysis. Methods for the extraction, amplification, and analysis of DNA from aerosol filter samples were developed and optimized for different types of organisms, including fungi, bacteria, and plants. The investigations were focused on fungal DNA, and over 2500 sequences were obtained from air samples collected at different locations and climatic zones around the world (tropical, mid-latitude, sub-polar; continental, marine). rnNearly all fungal DNA sequences could be attributed to the phyla of Ascomycota and Basidiomycota. With regard to species richness, the ratio of Basidiomycota to Ascomycota was much higher in continental air samples (~60:40) than in marine air samples (~30:70). Pronounced differences in the relative abundance and seasonal cycles of various groups of fungi were detected in coarse and fine particulate matter from continental air, with more plant pathogens in the coarse and more human pathogens and allergens in the respirable fine particle fraction (<3 µm). The results of this study provide new information and insights into the sources of PBA particles and the interactions of the biosphere with the atmosphere, climate, and public health. rn

Enantioselektive Organokatalyse in Epoxidierungen und Cyanhydrinbildungen

In der vorliegenden Arbeit mit dem Titel „Enantioselektive Organokatalyse in Epoxidierungen und Cyanhydrinbildungen“ wurde die Synthese zweier Cyclophan-carbaldimine durchgeführt. Beide Verbindungen bestehen aus einem Glykosyl-Baustein und einem Paracyclophan-Baustein, die über eine Imin-Bindung verbrückt sind. Die Cyclophan-carbaldimine wurden dann als Katalysatoren in einer Reihe von enantioselektiven Reaktionen verwendet. Enantioselektive Reaktionen bilden von zwei spiegelbildlichen Produkten stets eines im Überschuss. Zu diesen Reaktionen zählen die in dieser Arbeit durchgeführten enantioselektiven Epoxidierungen und enantioselektiven Cyanhydrinsynthesen. Die enantioselektiven Epoxidierungen waren dabei als Teil der Totalsynthesen der Naturstoffe Dasyscyphin D und Caripyrin geplant. Diese beiden Naturstoffe zeigten in biologischen Tests am Institut für Biotechnologie und Wirkstoffforschung (IBWF) in Kaiserslautern Aktivität gegen den Reisbrand-Pilz Magnaporthe grisea, der für Ernteverluste in beträchtlichem Ausmaß verantwortlich ist. Das Caripyrin selbst beinhaltet eine Epoxidstruktur. Mittels der oben angeführten Katalysatoren wurde versucht, diese Epoxidstruktur selektiv einzuführen. Dies gelang nicht, aber der Naturstoff konnte mittels Epoxidierung durch m-Chlorperbenzoesäure erstmals dargestellt werden. In mehreren biologischen Vergleichstests am IBWF Kaiserslautern zeigte auch das synthetische Caripyrin mit dem natürlichen Caripyrin vergleichbare biologische Aktivität.rnDas Dasyscyphin D an sich trägt keine Epoxidfunktion. Dennoch spielt sie auch hier eine wichtige Rolle. Innerhalb der geplanten Totalsynthese von Dasyscyphin D sollte die Farnesylseitenkette eines aromatischen Ringes selektiv epoxidiert werden. Durch einen elektrophilen Angriff an dieses Epoxid sollte im Anschluss eine Cyclisierung zum Dasyscyphin-Grundgerüst eingeleitet werden, aus dem dann Dasyscyphin D dargestellt werden sollte. Im Gegensatz zur Caripyrin-Synthese, bei der die selektive Epoxidierung nicht gelang, scheint sie in der Synthese von Dasyscyphin D sattgefunden zu haben, allerdings ist eine Isolierung des Reaktionsproduktes noch nicht gelungen. Folglich konnte das Dasyscyphin D noch nicht erfolgreich synthetisiert werden.rnDie Versuche zur enantioselektiven Cyanhydrin-Synthese waren nicht Bestandteil einer Totalsynthese. Die Cyanhydrine wurden zuerst als Racemate synthetisiert und gaschromatographisch vermessen, um auf diese Weise die exakten Retentionszeiten der einzelnen Enantiomere zu ermitteln. Anschließend wurden die Cyanhydrine dann enantioselektiv dargestellt und ebenfalls gaschromatographisch vermessen. Durch den Vergleich mit den racemischen Cyanhydrinen konnte dabei direkt aus der Reaktionslösung gemessen werden, was erforderlich war, da eine Isolierung der Cyanhydrine unter den gewählten Reaktionsbedingen nicht gelang. Aus den gaschromatographischen Messungen konnten Enantiomerenüberschüsse von bis zu 95 % ermittelt werden. Weiterhin ergaben die Messungen, dass der Arabinosyl-Katalysator im Vergleich mit dem Galactosyl-Katalysator eine geringere Enantioselektivität induziert, was vermutlich auf leichte räumliche Differenzen der beiden Katalysatoren zurückzuführen ist. Ein weiteres wichtiges Ergebnis war, dass beide Katalysatoren, wie geplant, unterschiedliche Enantiomere im Überschuss bilden. Die Glykosyl- und Paracyclophan-Bausteine der beiden Katalysatoren waren so gewählt worden, dass beide Katalysatoren pseudo-Enantiomere bilden. Auf diese Weise sollte eine Einflussnahme auf das gebildete Enantiomer durch die Wahl des entsprechenden Cyclophan-carbaldimin-Katalysators möglich gemacht werden, was, wie bereits erwähnt, gelang.rn

Zelluläre und molekulare Mechanismen der angeborenen Immunität

Die myeloide Zelllinie MUTZ-3 konnte als geeignetes Modellsystem zur Charakterisierung der TREM-1-Signaltransduktion etabliert werden, da diese TREM-1 und dessen essentielles Adaptermoleküle DAP12 funktional exprimiert. Übereinstimmend mit bisherigen Daten wurden die Kinasen PI3K und p38-MAPK als wichtige Regulatoren in der Signalweiterleitung nach TREM-1-Aktivierung identifiziert, wobei sich einige Unterschiede in der exakten Signalhierarchie zwischen monozytären und granulozytären Zellen ergaben. So erfolgt die Aktivierung von PI3K und p38-MAPK in PMN unabhängig voneinander und in monozytären Zellen findet die Aktivierung von p38-MAPK vor der Akt-Phosphorylierung statt und ist für Letztere notwendig. Zudem ist die Ca2+-Mobilisierung in PMN nur von PI3K abhängig und in monozytären Zellen von PI3K und p38-MAPK. Bei der durch TLR- oder NLR-Koligation gesteigerten TREM-1-Aktivierung sind PI3K und p38-MAPK ebenfalls zentrale Regulatoren. Es ergaben sich ebenfalls Unterschiede in der exakten TREM-1-Signaltransduktion.rnrnEin Mausmodell für invasive Aspergillose (IA) wurde erfolgreich etabliert, wobei die wichtige Rolle der PMN bei der Abwehr von Pilzinfektionen durch deren Depletion mit unterschiedlichen Antikörpern belegt wurde. Für das Abtöten von A. fumigatus-Konidien sind oxidative und nicht-oxidative PMN-Effektormechanismen notwendig. Dabei konnte die essentielle Rolle der oxidativen PMN-Effektorfunktionen anhand NADPH-Oxidase-defizienter p47phox-/- und gp91phox-/- Mäuse für das Überleben von Pilzinfektionen gezeigt werden. Dagegen war die Infektion von Neutrophiler Elastase defizienter ELANE Mäuse nicht letal. Dies deutet darauf hin, dass diese als prototypische Serinprotease und wichtiger Bestandteil der NET-Formation nicht essentiell für das Überleben von IA ist oder durch andere, nicht-oxidative Effektormechanismen kompensiert werden kann. Keinen Einfluss auf die IA hatte die Depletion von Arginin mittels ADI-PEG, da weder das Überleben der Mäuse noch das Abtöten der Pilzkonidien beeinflusst wurde. Außerdem wurden keine Veränderung in der Einwanderung und Aktivierung von PMN nach Infektion quantifiziert. Dagegen induzierte die Defizienz in ADAMTS13 (ADAMTS13-/- Mäuse) eine verminderte Rekrutierung von PMN, einhergehend mit erhöhter Mortalität, vermindertem Abtöten von A. fumigatus-Konidien und erhöhter Schädigung der Lunge bei IA. Da in vitro keine generellen oder pilzspezifischen Defekte der PMN quantifiziert wurden, muss ADAMTS13 die Einwanderung der PMN beeinflussen. Normalerweise spaltet die Protease ADAMTS13 den von-Willebrand-Faktor (vWF), der die Quervernetzung und das Anhaften von Blutplättchen an beschädigte Gefäßwände steuert. Ob und wie ADAMTS13 oder der vWF die verminderte PMN-Einwanderung bei Pilzinfektionen verursacht, muss weiter untersucht werden.rnrnZusammenfassend verbessern die erhaltenen Daten für eine zellspezifische TREM-1-Signaltransduktion, ein von oxidativen und nicht-oxidativen PMN-Effektorfunktionen abhängiges sowie Arginin-unabhängiges Abtöten vom Pilz A. fumigatus als auch der Einfluss von ADAMTS13 und vWF bei der Rekrutierung von PMN nach A. fumigatus-Infektion unser Verständnis der angeborenen Immunität. Diese Erkenntnisse dienen der zukünftigen Entwicklung von Therapien zur Behandlung von schweren Entzündungsreaktionen wie Aspergillose und Sepsis.

Verteporfin plus Ranibizumab for Choroidal Neovascularization in Age-related Macular Degeneration: Twelve-month MONT BLANC Study Results

To compare the efficacy and safety of same-day verteporfin photodynamic therapy (PDT) and intravitreal ranibizumab combination treatment versus ranibizumab monotherapy in neovascular age-related macular degeneration.

Multi-stage ytterbium fiber-amplifier seeded by a gain-switched laser diode

We demonstrated all-fiber amplification of 11 ps pulses from a gain-switched laser diode at 1064 nm. The diode was driven at a repetition rate of 40 MHz and delivered 13 µW of fiber-coupled average output power. For the low output pulse energy of 325 fJ we have designed a multi-stage core pumped pre-amplifier in order to keep the contribution of undesired amplified spontaneous emission as low as possible. By using a novel time-domain approach for determining the power spectral density ratio (PSD) of signal to noise, we identified the optimal working point for our pre-amplifier. After the pre-amplifier we reduced the 40 MHz repetition rate to 1 MHz using a fiber coupled pulse-picker. The final amplification was done with a cladding pumped Yb-doped large mode area fiber and a subsequent Yb-doped rod-type fiber. With our setup we reached a total gain of 73 dB, resulting in pulse energies of >5.6 µJ and peak powers of >0.5 MW. The average PSD-ratio of signal to noise we determined to be 18/1 at the output of the final amplification stage.

Investigation on colloidal Te doped CdSe (CdSe:Te) quantum dots suspension in a liquid-core fiber

Here, we demonstrate the use of a colloidal CdSe:Te quantum dots suspension as active liquid-core in a specially designed optical element, based on a double-clad optical fiber structure. The liquid-core fiber was realized by filling the hollow core of a capillary and waveguiding of the core was ensured by using a liquid host that exhibits a larger refractive index than the cladding material of the capillary. Since the used capillary possessed a cladding waveguide structure, we obtained a liquid-core double-clad structure. To seal the liquid-core fiber and e.g. prevent the formation of bubbles, we developed a technique based on SMA connectors. The colloidal CdSe:Te quantum dots were excited by cladding-pumping using a pump laser at 532nm operating in the continuous-wave regime. We investigated the photoluminescence emitted from the colloidal CdSe:Te quantum dots suspension liquid-core and guided by the double-clad fiber structure. We observed a red shift of the (core) emission, that depends on the liquid-core fiber length and the pump power. This shift is due to the absorption of unexcited colloidal quantum dots and due to the waveguiding properties of the core. Here we report a core photoluminescence output power of 79.2μW (with an integrated brightness of ≈ 215.5 W/cm2sr ). Finally, we give an explanation, why lasing could not be observed in our experiments when setup as a liquid-core fiber cavity.