Étude et décontamination du transcriptome de novo du nématode doré Globodera rostochiensis

Le nématode doré, Globodera rostochiensis, est un nématode phytoparasite qui peut infecter des plantes agricoles telles la pomme de terre, la tomate et l’aubergine. En raison des pertes de rendement considérables associées à cet organisme, il est justifiable de quarantaine dans plusieurs pays, dont le Canada. Les kystes du nématode doré protègent les œufs qu’ils contiennent, leur permettant de survivre (en état de dormance) jusqu’à 20 ans dans le sol. L’éclosion des œufs n’aura lieu qu’en présence d’exsudats racinaires d’une plante hôte compatible à proximité. Malheureusement, très peu de connaissances sont disponibles sur les mécanismes moléculaires liés à cette étape-clé du cycle vital du nématode doré. Dans cet ouvrage, nous avons utilisé la technique RNA-seq pour séquencer tous les ARNm d’un échantillon de kystes du nématode doré afin d’assembler un transcriptome de novo (sans référence) et d’identifier des gènes jouant un rôle dans les mécanismes de survie et d’éclosion. Cette méthode nous a permis de constater que les processus d’éclosion et de parasitisme sont étroitement reliés. Plusieurs effecteurs impliqués dans le mouvement vers la plante hôte et la pénétration de la racine sont induits dès que le kyste est hydraté (avant même le déclenchement de l’éclosion). Avec l’aide du génome de référence du nématode doré, nous avons pu constater que la majorité des transcrits du transcriptome ne provenaient pas du nématode doré. En effet, les kystes échantillonnés au champ peuvent contenir des contaminants (bactéries, champignons, etc.) sur leur paroi et même à l’intérieur du kyste. Ces contaminants seront donc séquencés et assemblés avec le transcriptome de novo. Ces transcrits augmentent la taille du transcriptome et induisent des erreurs lors des analyses post-assemblages. Les méthodes de décontamination actuelles utilisent des alignements sur des bases de données d’organismes connus pour identifier ces séquences provenant de contaminants. Ces méthodes sont efficaces lorsque le ou les contaminants sont connus (possède un génome de référence) comme la contamination humaine. Par contre, lorsque le ou les contaminants sont inconnus, ces méthodes deviennent insuffisantes pour produire un transcriptome décontaminé de qualité. Nous avons donc conçu une méthode qui utilise un algorithme de regroupement hiérarchique des séquences. Cette méthode produit, de façon récursive, des sous-groupes de séquences homogènes en fonction des patrons fréquents présents dans les séquences. Une fois les groupes créés, ils sont étiquetés comme contaminants ou non en fonction des résultats d’alignements du sous-groupe. Les séquences ambiguës ayant aucun ou plusieurs alignements différents sont donc facilement classées en fonction de l’étiquette de leur groupe. Notre méthode a été efficace pour décontaminer le transcriptome du nématode doré ainsi que d’autres cas de contamination. Cette méthode fonctionne pour décontaminer un transcriptome, mais nous avons aussi démontré qu’elle a le potentiel de décontaminer de courtes séquences brutes. Décontaminer directement les séquences brutes serait la méthode de décontamination optimale, car elle minimiserait les erreurs d’assemblage.

Production de matériel servant au développement du jugement professionnel des enseignantes et enseignants du primaire

Avec la mise en œuvre de la réforme qui requiert des compétences professionnelles de haut niveau chez les enseignantes et enseignants, ceux-ci doivent exercer davantage leur autonomie professionnelle. En plus de maitriser les savoirs à enseigner, ils doivent se prononcer sur le choix de matériel, le modèle d'encadrement de l'école, prévoir des situations d'apprentissage et d'évaluation qui répondent aux besoins et processus cognitifs de chacun des élèves pour le développement de compétences. Ils sont maintenant en relation professionnelle avec l'élève. Par conséquent, ils doivent faire preuve de jugement professionnel dans l'exercice de leur fonction. Nous nous sommes penchée sur les moyens à mettre en oeuvre pour développer le jugement professionnel chez les enseignantes et enseignants. C'est en ce sens que nous pensons qu'un programme de formation continue par rapport au développement du jugement professionnel peut aider les enseignantes et enseignants dans la prise de décision et dans la justification de celle-ci, que ce soit au primaire ou au secondaire

Analyse des besoins langagiers d’assistants d’enseignement internationaux poursuivant des études supérieures en sciences et en génie et des implications en découlant pour l’évaluation de leurs compétences langagières : une étude de cas

Méthodologie:Les données de types quantitatif et qualitatif ont été recueillies en utilisant des questionnaires, des entrevues et des observations de classe.La collecte et l’analyse des données ont été réalisées en adoptant le modèle de compétence communicative (Bachman & Palmer, 2010), le modèle d’analyse des besoins langagiers (Long, 2005) et le modèle des caractéristiques des tâches (Bachman & Palmer, 2010)

Étude des voies de signalisation activées par la prostaglandine F2α dans les cellules de cancer colorectal

Le cancer colorectal représente la troisième forme de cancer la plus fréquente au Canada. Malgré les récents développements, aucun traitement curatif n’est disponible pour les patients diagnostiqués à un stade avancé de la maladie. Plusieurs évidences supportent un rôle important des prostaglandines dans cette maladie. En effet, une surexpression des récepteurs de type EP et FP est remarquée. Ces derniers ainsi que les molécules de signalisations intracellulaires qu’ils activent représentent donc de nouvelles cibles pour traiter ce cancer. Nous et d’autres groupes avons démontré que les protéines G monomériques sont des petits interrupteurs moléculaires importants dans la signalisation intracellulaire engagée par les récepteurs dans des cellules saines mais qu’un dérèglement de celles-ci est associé au cancer. L’objectif principal de ce projet de recherche vise donc à identifier les voies de signalisations par lesquelles le récepteur FP contribue aux capacités invasives des cellules tumorales d’origine colorectale. Notre hypothèse est que la protéine ARF6, une des 6 isoformes des ARFs, et la protéine RhoA, agissent pour coordonner l’activation des voies de signalisations associées à la migration et l’invasion cellulaire. Nos résultats ont indiqué que la stimulation des cellules HEK293 exprimant de façon stable le récepteur FP (HA-FP) ainsi que les cellules SW480, une lignée invasive de cancer colorectal, par le PGF2α augmentait les niveaux d’activation d’ARF6 mais également de la protéine RhoA. De plus, d’autres médiateurs et intermédiaires associés à la réorganisation du cytosquelette comme la cofiline et la chaine légère de la myosine (MLC) ont été hautement phosphorylés suite à la stimulation par la prostaglandine. Ces observations sont associées avec une augmentation des fibres de stress dans les cellules. Nous avons tenté de déterminer si l’inhibition de ces protéines G affectait la capacité du PGF2α à activer ces intermédiaires de signalisation ainsi que certains effets biologiques. Ainsi, nos expériences contribueront à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles pour le traitement du cancer colorectal.

Étude des voies de signalisation activées par la prostaglandine F2α dans les cellules de cancer colorectal

Le cancer colorectal représente la troisième forme de cancer la plus fréquente au Canada. Malgré les récents développements, aucun traitement curatif n’est disponible pour les patients diagnostiqués à un stade avancé de la maladie. Plusieurs évidences supportent un rôle important des prostaglandines dans cette maladie. En effet, une surexpression des récepteurs de type EP et FP est remarquée. Ces derniers ainsi que les molécules de signalisations intracellulaires qu’ils activent représentent donc de nouvelles cibles pour traiter ce cancer. Nous et d’autres groupes avons démontré que les protéines G monomériques sont des petits interrupteurs moléculaires importants dans la signalisation intracellulaire engagée par les récepteurs dans des cellules saines mais qu’un dérèglement de celles-ci est associé au cancer. L’objectif principal de ce projet de recherche vise donc à identifier les voies de signalisations par lesquelles le récepteur FP contribue aux capacités invasives des cellules tumorales d’origine colorectale. Notre hypothèse est que la protéine ARF6, une des 6 isoformes des ARFs, et la protéine RhoA, agissent pour coordonner l’activation des voies de signalisations associées à la migration et l’invasion cellulaire. Nos résultats ont indiqué que la stimulation des cellules HEK293 exprimant de façon stable le récepteur FP (HA-FP) ainsi que les cellules SW480, une lignée invasive de cancer colorectal, par le PGF2α augmentait les niveaux d’activation d’ARF6 mais également de la protéine RhoA. De plus, d’autres médiateurs et intermédiaires associés à la réorganisation du cytosquelette comme la cofiline et la chaine légère de la myosine (MLC) ont été hautement phosphorylés suite à la stimulation par la prostaglandine. Ces observations sont associées avec une augmentation des fibres de stress dans les cellules. Nous avons tenté de déterminer si l’inhibition de ces protéines G affectait la capacité du PGF2α à activer ces intermédiaires de signalisation ainsi que certains effets biologiques. Ainsi, nos expériences contribueront à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles pour le traitement du cancer colorectal.

Étude comparative de deux méthodes de fabrication de yogourt grec à échelle pilote utilisant l’ultrafiltration comme technique de concentration - Étude basée sur la méthode d’Analyse de Cycle de Vie

Le yogourt grec, pouvant être obtenu par concentration du yogourt traditionnel par ultrafiltration (UF), connaît une croissance exceptionnelle en Amérique du Nord (+100% depuis 2012), et représente le premier segment de marché des produits laitiers fermentés en 2014. Cependant, d’un point de vue environnemental, la production du yogourt grec fait face à plusieurs enjeux et défis. Son élaboration nécessite trois fois plus de lait que le yogourt traditionnel de par l’étape de concentration nécessaire à l’atteinte de la concentration protéique cible. De plus, l’étape d’UF du yogourt génère un perméat acide (coproduit du yogourt) difficilement valorisable. Néanmoins, une alternative consistant à effectuer l’étape d’UF sur le lait avant sa fermentation permet d’éliminer la production du perméat acide, et génère un perméat de lactosérum doux déprotéiné dont les voies de valorisation sont davantage connues. Cette stratégie pourrait donc potentiellement réduire l’impact environnemental du procédé et générer des coproduits plus facilement valorisables, améliorant ainsi l’écoefficience du procédé de fabrication de yogourt grec. Dans cette optique, ce projet de recherche visait à comparer l’impact environnemental sur l’ensemble du cycle de vie de la production de yogourt grec selon deux procédés : en effectuant l’étape de concentration par UF avant l’étape de fermentation (UF LAIT), ou après (UF YOG) comme utilisé dans l’industrie. Ainsi, des expérimentations à échelle pilote ont été réalisées dans le but de comparer ces deux procédés. Le nouveau procédé (UF LAIT) permettrait une réduction des consommations d’énergie à l’étape de transformation étant donné que l’UF du lait avant fermentation permet de réduire la quantité de matière première à transformer d’environ un tiers. Cependant l’Analyse du Cycle de Vie (ACV) des deux procédés donne comme résultat un bilan environnemental défavorable à (UF LAIT) comparativement au procédé traditionnel (UF YOG) à cause d’une plus grande consommation de lait, qui est responsable d’environ 80% des impacts sur le cycle de vie du yogourt grec. Cet impact majeur pour UF LAIT l’est encore même lorsque dans une analyse de sensibilité le perméat doux de UF LAIT est alloué à l’étape d’UF contrairement au perméat acide de UF YOG qui est considéré comme un déchet non valorisable.

Eléments nutritifs et production primaire dans les lagunes du Côte d'Ivoire : cycle annuel

This paper collects most of the information gathered between October 1974 and July 1976 within the framework of a research program concerning the hydrobioclimate of ivorian lagoons and especially the Ebrié lagoon. Monthly surveys concerning the latter were carried out during 1975. The following parameters - and their vertical distribution wherever it had a meaning - were systematically gathered in a system of fifty-five stations: Transparency (Secchi), Temperature, Salinity, Chlorophylla, Dissolved oxygen, phosphate, nitrate, nitrite. These data provide an outline of the annual cycle of nutrients and primary production of the Ivoirian lagoons

Stratégies d'adaptation d'étudiantes et d'étudiants en contexte d'apprentissage par problèmes dans un programme du collégial.

Le cadre de référence de cet essai explique les concepts de l'approche par compétences, de l'apprentissage par problèmes, de l'adaptation ainsi que des stratégies d'adaptation fonctionnelles, dysfonctionnelles et à la variabilité fonctionnelle décrites par Carver, Scheier et Weintraub (1989) et mène aux objectifs de cette recherche.

Élaboration d'un questionnaire pour mieux connaître le profil des étudiantes et étudiants de première année du programme de soins infirmiers du Cégep Limoilou.

Dans le cadre de cet essai, axé sur la recherche-développement, nous avions comme objectifs de concevoir un questionnaire pour dresser un profil des étudiantes et des étudiants en première session de soins infirmiers, de le valider et de l'expérimenter auprès de ces derniers. En nous basant sur la recension des écrits, la méthodologie de cet essai présente de quelle façon nous avons procédé à l'élaboration du questionnaire. Bref, notre recherche-développement comporte l'analyse du processus de développement du questionnaire incluant la conception, la réalisation et les mises à l'essai, en tenant compte de la recension des écrits réalisée précédemment et des données recueillies à chacune des phases de la démarche de recherche.

L’évolution de la production des voyelles du français chez des immigrants adultes hispanophones : une étude de cas

Cette recherche s’inscrit dans le domaine des études visant à documenter le processus d’apprentissage du système phonologique de la langue du pays d’accueil chez des apprenants hispanophones du français en situation d’immigration. Nous avons effectué une étude de cas à l’aide d’enregistrements recueillis à quatre reprises pour documenter l’appropriation de sept nouvelles voyelles françaises à l’intérieur de paires minimales courantes comme vu et vous. Nous avons observé une réorganisation importante de l’inventaire des voyelles suscitée par le passage de l’espagnol au français : création d’une nouvelle catégorie phonétique pour les voyelles antérieures arrondies et distinction des nouveaux contrastes [e/ɛ], [o/ɔ] et [a/ɑ]. Par ailleurs, nous avons noté une amélioration marquée des contrastes vocaliques chez l’un des quatre participants, et une légère amélioration chez les trois autres.

Arrêt du grand conseil par lequel il est jugé pour les religieux de l'abbaye de Longvilliers, contre Mre Charles d'Aumont, abbé commandataire de ladite abbaye, qu'en attendant le partage parfait des biens de ladite abbaye en trois lots, et le jugement des autres contestations, le concordat passé anciennement entre les parties sera exécuté, et lesdits religieux payés par ledit abbé de toutes leurs pensions, comme étant au nombre requis par ledit concordat, les trois absents pour cause d'étude et exercices de religion censés présents

[Acte. 1692-07-16. Paris]

Le Misanthrope de Molière : étude et analyse / par René Doumic, de l'Académie française

Collection : Les Chefs-d'oeuvre de la littérature expliqués