Identification et caractérisation des principaux fragments du collagène de type II du cartilage équin, produit in vitro par l'enzyme cathepsine K

La dégradation protéolytique du collagène de type II est considérée comme étant un facteur majeur dans le processus irréversible de dégradation de la matrice cartilagineuse lors d’ostéoarthrose. Outre les collagénases de la famille des métaloprotéinases de la matrice (MMP-1, -8, -13), la cathepsine K est parmi les seules enzymes susceptibles de dégrader la triple hélice intacte du collagène de type II, devenant ainsi un élément pertinent pour les recherches sur l’ostéoarthrose. L’objectif à court terme de notre étude consiste en l’identification et la caractérisation de sites de clivage spécifiques de la cathepsine K sur le collagène de type II équin. La technique d’électrophorèse SDS-PAGE 1D permet la visualisation des produits de digestion et la validation des résultats de la caractérisation moléculaire des fragments protéolytiques. La caractérisation est réalisée en combinant la digestion trypsique précédant l’analyse HPLC-ESI/MS. Les résultats ont permis d’établir les sites, présents sur la carte peptidique de la molécule de collagène de type II équin, des 48 résidus prolines (P) et 5 résidus lysines (K) supportant une modification post-traductionnelle. De plus, 6 fragments majeurs, différents de ceux produits par les MMPs, sont observés par SDS-PAGE 1D puis confirmés par HPLC-ESI/MS, correspondant aux sites suivants : F1 [G189-K190], F2 [G252-P253], F3 [P326-G327], F4 [P428-G429], F5 [P563-G564] et F6 [P824-G825]. Le fragment F1 nouvellement identifié suggère un site de clivage différent de l’étude antérieure sur le collagène de type II bovin et humain. L’objectif à long terme serait le développement d’anticorps spécifiques au site identifié, permettant de suivre l’activité protéolytique de la cathepsine K par immunohistochimie et ÉLISA, dans le cadre du diagnostic de l’ostéoarthrose.

Interpretation of the centromere epigenetic mark to maintain genome stability

Le centromère est la région chromosomique où le kinétochore s'assemble en mitose. Contrairement à certaines caractéristiques géniques, la séquence centromérique n'est ni conservée entre les espèces ni suffisante à la fonction centromérique. Il est donc bien accepté dans la littérature que le centromère est régulé épigénétiquement par une variante de l'histone H3, CENP-A. KNL-2, aussi connu sous le nom de M18BP1, ainsi que ces partenaires Mis18α et Mis18β sont des protéines essentielles pour l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé aux centromères. Des évidences expérimentales démontrent que KNL-2, ayant un domaine de liaison à l'ADN nommé Myb, est la protéine la plus en amont pour l'incorporation de CENP-A aux centromères en phase G1. Par contre, sa fonction dans le processus d'incorporation de CENP-A aux centromères n'est pas bien comprise et ces partenaires de liaison ne sont pas tous connus. De nouveaux partenaires de liaison de KNL-2 ont été identifiés par des expériences d'immunoprécipitation suivies d'une analyse en spectrométrie de masse. Un rôle dans l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé aux centromères a été attribué à MgcRacGAP, une des 60 protéines identifiées par l'essai. MgcRacGAP ainsi que les protéines ECT-2 (GEF) et la petite GTPase Cdc42 ont été démontrées comme étant requises pour la stabilité de CENP-A incorporé aux centromères. Ces différentes observations ont mené à l'identification d'une troisième étape au niveau moléculaire pour l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé en phase G1, celle de la stabilité de CENP-A nouvellement incorporé aux centromères. Cette étape est importante pour le maintien de l'identité centromérique à chaque division cellulaire. Pour caractériser la fonction de KNL-2 lors de l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé aux centromères, une technique de microscopie à haute résolution couplée à une quantification d'image a été utilisée. Les résultats générés démontrent que le recrutement de KNL-2 au centromère est rapide, environ 5 minutes après la sortie de la mitose. De plus, la structure du domaine Myb de KNL-2 provenant du nématode C. elegans a été résolue par RMN et celle-ci démontre un motif hélice-tour-hélice, une structure connue pour les domaines de liaison à l'ADN de la famille Myb. De plus, les domaines humain (HsMyb) et C. elegans (CeMyb) Myb lient l'ADN in vitro, mais aucune séquence n'est reconnue spécifiquement par ces domaines. Cependant, il a été possible de démontrer que ces deux domaines lient préférentiellement la chromatine CENP-A-YFP comparativement à la chromatine H2B-GFP par un essai modifié de SIMPull sous le microscope TIRF. Donc, le domaine Myb de KNL-2 est suffisant pour reconnaître de façon spécifique la chromatine centromérique. Finalement, l'élément reconnu par les domaines Myb in vitro a potentiellement été identifié. En effet, il a été démontré que les domaines HsMyb et CeMyb lient l'ADN simple brin in vitro. De plus, les domaines HsMyb et CeMyb ne colocalisent pas avec CENP-A lorsqu'exprimés dans les cellules HeLa, mais plutôt avec les corps nucléaires PML, des structures nucléaires composées d'ARN. Donc, en liant potentiellement les transcrits centromériques, les domaines Myb de KNL-2 pourraient spécifier l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé uniquement aux régions centromériques.

The study of RNA tertiary interactions in tRNA structure and function

Le rôle des deux paires de bases universelles inverse Hoogsteen U : A ( RHUAs ) présentent chez les ARNt standards , une dans la boucle T et l'autre dans le noyau de la forme en L , a été étudiée. Pour chacun des RHUAs , un criblage génétique spécialisé in vivo chez les bactéries , le système suppresseur ambre ( pour l'étude de la RHUA dans la boucle T ) et le système d'ARNt de la sélénocystéine ( tRNASec ) ( pour l'étude de la RHUA dans le noyau ) , ont été utilisé pour générer des variants fonctionnels à partir de multiples librairies combinatoires . Ces variants ont ensuite été séquencé et soumis à une analyse systématique qui comprend la modélisation informatique et un type d'analyse phylogénétique. Les résultats du système suppresseur ambre ont montré un ensemble de variants fonctionnels qui ne nécessitent pas le motif RHUA dans la boucle T et qui ont remplacé la méthode standard de l'interaction entre les boucles D et T avec une double hélice interboucle , ILDH . D'autres études ont abouti à la détermination d'un modèle In silico de l'alternative à la norme standard de la boucle T, sous le nom de type III . Les résultats du système tRNASec ont révélé que pour cette ARNt exceptionnel, l'absence de RHUA ( dans le noyau ) assure une flexibilité accrue qui est spécifiquement nécessaire pour la fonction de tRNASec . Ainsi, les ARNt standards , à la différence de tRNASec , avec la présence universelle de RHUA dans le noyau , a été naturellement sélectionnée pour être rigide . Pris ensemble, la RHUA joue un rôle essentiel dans la stabilisation des interactions tertiaires.

Étude protéomique des partenaires d`interaction de XPA en présence et en absence de dommage à l`ADN

La réparation par excision de nucléotides (NER) permet l'élimination des lésions provoquant une distorsion de la double hélice de l’ADN. Ces lésions sont induites par plusieurs agents environnementaux comme les rayons UV, ainsi que par certaines drogues chimio- thérapeutiques tel que le cisplatine. Des défauts dans la NER conduisent à de rares maladies autosomiques héréditaires : La xérodermie pigmentaire (XP), le syndrome de Cockayne (CS), le syndrome de sensibilité aux UVSS et la trichothiodystrophie (TTD). Ces maladies sont associées soit à une prédisposition élevée au cancer de la peau et / ou à de graves anomalies du développement neurologique. Le groupe de patients XP-A représente le deuxième groupe (XP) le plus fréquent, et possède la forme la plus sévère combinant cancer de la peau avec un haut risque de dégénérescence neurologique. À date, aucune explication n`a été proposée pour les symptômes neurologiques observés chez ces patients. Nous avions suggéré ainsi que la protéine XPA possède d`autres fonctions dans d`autres processus cellulaires, ceci en interagissant avec des partenaires protéiques différents de ceux déjà connus. Afin de confirmer cette hypothèse nous avions réalisé une étude protéomique à grande échelle en combinant la spectrométrie de masse à une immunoprécipitation en Tandem d`affinité (TAP), afin d`identifier de nouvelles protéines interagissant directement avec XPA. Nous avions montré que XPA peut interagir avec MRE11, la protéine clé de la réparation par recombinaison homologue. Des études additionnelles sont requises pour confirmer cette interaction et comprendre sa fonction

Ciencia Interactiva.

Resumen basado en la publicación

Utilidad de la relación estratégica comunitaria y el marketing en los mercados internacionales

Dentro de este trabajo de investigación se quiere profundizar en la teoría que abarca la relación estratégica comunitaria en los mercados internacionales donde se quiere resaltar si ha habido investigaciones alrededor de este tema y si el aporte que se está dando en esta investigación realmente si es información nueva que se está investigando. Se quiere enfocar la investigación hacia como las empresas están realizando la penetración de mercados internacionales pensando en la comunidad en la que están ingresando, sus costumbres, creencias y aspectos sociales.

Matemáticas contextualizadas.

El artículo forma parte de un dossier titulado: La cultura matemática

The role of genes.

Explica los cromosomas, la duplicación del ADN, y las mutaciones. Los estudiantes de entre once y catorce años aprenden cómo los genes influyen en que los rasgos físicos pasen de una generación a otra, qué es una doble hélice y si las mutaciones son útiles o perjudiciales.

A bioquímica no final do milenio : un século de historia. 'La bioquímica al final del milenio : un siglo de historia'

Resumen basado en el de la publicación

Observación de formas.

El artículo forma parte de una sección de la revista dedicada a propuestas didácticas para educación secundaria

Toxicidade genética das antraciclinas : associação entre estrutura química e ação inibitória sobre a topoisomerase II

Considerando não apenas a importância das antraciclinas na terapêutica do câncer, mas também os efeitos colaterais associados ao uso destas drogas, o presente estudo procurou avaliar a atividade genotóxica de seis antraciclinas em uso clínico - doxorrubicina (DOX), daunorrubicina (DNR), epirrubicina (EPI), idarrubicina (IDA), além dos análogos de última geração, pirarrubicina (THP) e aclarrubicina (ACLA). Para tanto, foi empregado o Teste de Mutação e Recombinação Somática (SMART) em Drosophila melanogaster, que permite a detecção simultânea de mutação gênica e cromossômica, assim como de eventos relacionados com recombinação mitótica - possibilitando quantificar a contribuição deste último parâmetro genético para a genotoxicidade total induzida pelas drogas em estudo. Os dados obtidos a partir desta análise demonstraram que todas as antraciclinas estudadas induziram acréscimos significativos, relacionados tanto à mutação, quanto à recombinação nas células somáticas deste inseto. Além disso, a recombinação mitótica - entre cromossomos homólogos - foi o evento responsável por, aproximadamente, 62 a 100% da toxicidade genética observada. A comparação do potencial genotóxico dos diferentes análogos, através da padronização do número de danos genéticos por unidade de tratamento (mM), caracterizou a ACLA e o THP como as drogas mais potentes – sendo cerca de 20 vezes mais efetivas, como genotoxinas, do que a DOX, o análogo menos potente. Já que a principal ação genotóxica desta família de compostos está relacionada à inibição da topoisomerase II (topo II) – uma enzima que atua no relaxamento da supertorção da dupla hélice de DNA, através da quebra e posterior religação de suas fitas - as diferenças observadas podem ser atribuídas ao mecanismo envolvido neste bloqueio Enquanto os análogos DOX, DNR, EPI, IDA e THP atuam como venenos de topo II - tornando permanentes as quebras induzidas pela enzima - a ACLA inibe a função catalítica desta enzima, impedindo a sua ligação ao DNA. Cabe ainda ressaltar que a genotoxicidade da ACLA não está restrita à sua atividade catalítica sobre a topo II, mas também à sua ação como veneno de topo I e à sua habilidade de intercalar-se na molécula de DNA. Quando a potência genotóxica destas drogas foi associada a suas estruturas químicas, observou-se que substituições no grupamento amino-açúcar levaram a uma maior atividade tóxico-genética, quando comparadas a modificações no cromóforo. Cabe ainda ressaltar que as modificações estruturais, presentes nos análogos DOX, DNR, EPI, IDA e THP, não alteraram a sua ação recombinogênica. No entanto, no que se refere a ACLA, observaram-se decréscimos significativos na indução de recombinação mitótica - que podem ser atribuídas às múltiplas substituições presentes tanto no grupamento amino-açúcar quanto no cromóforo. O conjunto destas observações evidencia que a genotoxicidade total das drogas em estudo está centrada na indução de recombinação homóloga - um evento predominantemente envolvido tanto na iniciação, quanto na progressão do câncer. A alta incidência de tumores secundários, em pacientes submetidos ao tratamento com as antraciclinas, pode, pois, ser atribuída à ação preferencial destas drogas sobre a recombinação mitótica – embora a atividade mutagênica não possa ser desconsiderada.

Sistemas locais de inovação : estudo de estratégias de planejamento regional (parques e pólos tecnológicos intra-urbanos)

Com o objetivo de melhor se adaptar ao ambiente de competição (informacional) global, que se estrutura e se impõe a partir de uma ´divisão inter-regional do trabalho´, as regiões tendem a desenvolver estratégias de planejamento regional e urbano com o objetivo de impulsionar o parque produtivo informacional local. Intentam desta maneira compôr mecanismos locais que permitam a formação de um Sistema Local de Inovação, baseado na interação sinergética entre os atores sociais. Esta articulação regional trabalha em diversas esferas espaciais (e consequentemente temporais), uma vez que a fluida lógica estrutural do sistema informacional global (´espaço de fluxos´) difere dos mecanismos locais de articulação, pois estes estão ligados teluricamente às tradições culturais (´espaço de lugares´). Segundo Castells, o ´espaço de fluxos´ é definido como sendo um sistema de alcance global estruturado em redes (nós e eixos) permeadas por informações que circulam (eletronicamente) instantaneamente. Porém a dinâmica do sistema é gerada a partir do historicamente construído ´espaço de lugares´(local), articulado reflexivamente a partir da ação de três instituições internas (reconhecidas pelo modelo da Hélice Tripla como: universidades, empresas e governo). De maneira geral, podemos observar que a universidade, enquanto instituição empreendedora e voltada para a produção de inovações informacionais, passa a exercer importante função catalisadora deste processo de organização das forças produtivas regionais (a nível de ´espaço de lugares´) Reconhecendo que há uma tendência à incompatibilidade entre as esferas espaciais de articulação citadas (embora elas tenham uma existência ativa), esta dissertação irá sugerir a pertinência da observação de uma articulação espacial híbrida, tanto global-informacional quanto local-cultural (denominada ´espaço híbrido´), atuando estrategicamente na construção dos Sistemas Locais de Inovação. Desta maneira, com a finalidade de estruturar espacialmente os Sistemas Locais de Inovação, uma das principais estratégias que o planejador regional dispõe é a da formação e potencialização de clusters espaciais de inovação, na forma de programas de criação de pólos e/ou parques tecnológicos (e/ou tecnópoles). Tendo como objetivo a criação de um processo produtivo local sinergético e informacional, são projetadas e aplicadas políticas industriais e urbanas de longo prazo que buscam retirar o máximo possível da proximidade espacial existente e/ou induzida. Como estudo de caso, serão analisados projetos intra-urbanos atuantes nas áreas das Ciências da Vida. Inicialmente serão apresentados quatro casos internacionais, para por fim serem comparados ao projeto Porto Alegre Tecnópole (e em especial ao projeto Cidade Saúde de Porto Alegre).

Fatores que influenciam a probabilidade de ocorrência de inovação tecnológica em micro e pequenas empresas brasileiras : uma análise quantitativa dos dados da PINTEC 2008

A presente pesquisa visa identificar os fatores que influenciam a inovação tecnológica em micro e pequenas empresas brasileiras, por meio da análise dos dados secundários da Pesquisa de Inovação Tecnológica (PINTEC 2008), conduzida pelo Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) junto a 16.371 empresas de ramos industriais e de serviços selecionados. Para tanto, foi feita a modelagem estatística dos microdados relativos à sub-amostra formada pelas 3.092 micro e pequenas empresas inquiridas pela PINTEC 2008. A análise das correlações entre as variáveis que influenciam as inovações e quatro variáveis que caracterizam o tipo e a abrangência das inovações tecnológicas – inovação em produto para o mercado nacional, inovação em produto para o mercado mundial, inovação em processo para o mercado nacional, inovação em processo para o mercado mundial – permitiu selecionar as variáveis independentes mais significativas em termos de influência sobre a ocorrência de inovação em micro e pequenas empresas. Com base nessas mesmas correlações, foram elaboradas regressões logísticas (logit), nas quais as variáveis dependentes escolhidas foram as quatro variáveis caracterizadoras do tipo e da abrangência da inovação acima mencionadas, e as variáveis independentes foram selecionadas dentre aquelas com maior poder explicativo sobre a ocorrência de inovação. Foram tomadas as devidas precauções para evitar a ocorrência de multicolinearidade nas regressões. Os resultados das regressões, analisados à luz da revisão bibliográfica, revelam a importância das variáveis independentes para a ocorrência de inovação em micro e pequenas empresas, e ajudam nas reflexões sobre possíveis melhorias nas políticas de estímulo à inovação tecnológica em micro e pequenas empresas.

Método de previsão de capacidade de carga de estacas : aplicação dos conceitos de energia do ensaio SPT

A previsão da capacidade de carga de estacas constitui-se um dos desafios da engenharia de fundações por requerer, na teoria, a estimativa de propriedades do solo, suas alterações pela execução da fundação e o conhecimento do mecanismo de interação solo-estaca. Devido à dificuldade de reproduzir analítica e numericamente o mecanismo de interação solo-estaca, a prática brasileira faz uso correlações empíricas, relacionando diretamente os resultados do ensaio SPT com o desempenho do elemento de fundação. Apesar da grande contribuição dos métodos tradicionalmente utilizados, a sua validade está limitada à prática construtiva regional e às condições específicas dos casos históricos utilizados em seu estabelecimento. Com o objetivo de incorporar à engenharia de fundações brasileira um novo método de previsão de capacidade de carga de estacas, obtido diretamente a partir de ensaios SPT, desenvolveu-se nesta pesquisa uma metodologia baseada na interpretação do ensaio SPT sugerida por Odebrecht (2003). À luz desta nova interpretação, utiliza-se a força dinâmica de reação do solo à cravação do amostrador SPT para estimar a capacidade de carga de estacas, relacionando os mecanismos de mobilização de resistência do amostrador (modelo) com os da estaca (protótipo). No intuito de validar a metodologia proposta, organizou-se neste trabalho, um expressivo banco de dados compostos por 325 provas de carga à compressão e 43 provas de carga à tração, executadas em diferentes regiões do país. Das provas de carga à compressão, 132 casos são de estacas cravadas pré-moldadas de concreto, 28 de estacas metálicas, 95 de estacas hélice contínua e 70 casos de estacas escavadas. Já nas provas de carga à tração, 3 casos são de estacas cravadas pré-moldadas, 31 de estacas hélice contínua e 9 casos de estacas escavadas. Conclui-se a partir de análises comparativas entre cargas previstas e medidas que o método proposto é capaz de prever de forma satisfatória a capacidade de carga de estacas. Uma análise estatística dos dados possibilitou atribuir à estimativa de capacidade de carga, um intervalo de confiança das previsões, baseado na confiabilidade requerida para o projeto.

A arquitetura jurídico-institucional de um ambiente de inovação brasileiro: o Parque Tecnológico de São José dos Campos.

O presente trabalho objetiva investigar a arquitetura jurídico-institucional de um ambiente inovativo denominado parque tecnológico. Este é um arranjo imobiliário que conta com os elementos da chamada tríplice hélice - academia, setor privado e Estado. Almeja a transformação do conhecimento em desenvolvimento, por meio de atividades fundadas em ciência, tecnologia e inovação (C&T&I). A pretensão é contribuir com a premissa de que esses arranjos são frutos da nova lógica econômica baseada no conhecimento e da atual concepção sistêmica de inovação que exige interdependência e interação dos seus agentes. Dentre esses destacamos, o Estado, por ser o ator mais paciente por resultados e o potencial idealizador, fomentador e articulador de processos inovativos sistemicamente pensados. A estratégia Estudo de Caso Único foi eleita para observar, em detalhes, a arquitetura jurídico-institucional do Parque Tecnológico de São José dos Campos, bem como para, a partir de um olhar jurídico-institucional, retirar aprendizados dessa experiência que possam ser aproveitados em novas modelagens de parques tecnológicos e de políticas públicas que focam a estruturação de ambientes inovativos sistêmicos. Foram priorizados exames qualitativos: (i) da sua fisiologia jurídico-institucional; (ii) dos agentes envolvidos e das respectivas amarrações jurídicas estabelecidas; (iii) da influência do Estado e das políticas públicas que o permeiam; (iv) do seu processo de implantação e desenvolvimento; e (v) dos desafios jurídico-formais e jurídico-institucionais que enfrenta. Compreendeu-se que parques tecnológicos são estruturados como arranjos híbridos, segundo a lógica da inovação em sistema, em que os elementos da tríplice hélice atuam em sinergia a partir da ativa atuação do Estado. Sua arquitetura jurídico-institucional decorre da aplicação de tecnologias de contratação e de regulação aplicadas em ambientes alicerçados em fatores institucionais específicos.