A type IB topoisomerase with DNA repair activities

Previously we have characterized type IB DNA topoisomerase V (topo V) in the hyperthermophile Methanopyrus kandleri. The enzyme has a powerful topoisomerase activity and is abundant in M. kandleri. Here we report two characterizations of topo V. First, we found that its N-terminal domain has sequence homology with both eukaryotic type IB topoisomerases and the integrase family of tyrosine recombinases. The C-terminal part of the sequence includes 12 repeats, each repeat consisting of two similar but distinct helix-hairpin-helix motifs; the same arrangement is seen in recombination protein RuvA and mammalian DNA polymerase β. Second, on the basis of sequence homology between topo V and polymerase β, we predict and demonstrate that topo V possesses apurinic/apyrimidinic (AP) site-processing activities that are important in base excision DNA repair: (i) it incises the phosphodiester backbone at the AP site, and (ii) at the AP endonuclease cleaved AP site, it removes the 5′ 2-deoxyribose 5-phosphate moiety so that a single-nucleotide gap with a 3′-hydroxyl and 5′-phosphate can be filled by a DNA polymerase. Topo V is thus the prototype for a new subfamily of type IB topoisomerases and is the first example of a topoisomerase with associated DNA repair activities.

Essential role for mammalian copper transporter Ctr1 in copper homeostasis and embryonic development

The trace metal copper (Cu) plays an essential role in biology as a cofactor for many enzymes that include Cu, Zn superoxide dismutase, cytochrome oxidase, ceruloplasmin, lysyl oxidase, and dopamine β-hydroxylase. Consequently, Cu transport at the cell surface and the delivery of Cu to intracellular compartments are critical events for a wide variety of biological processes. The components that orchestrate intracellular Cu trafficking and their roles in Cu homeostasis have been elucidated by the studies of model microorganisms and by the characterizations of molecular basis of Cu-related genetic diseases, including Menkes disease and Wilson disease. However, little is known about the mechanisms for Cu uptake at the plasma membrane and the consequences of defects in this process in mammals. Here, we show that the mouse Ctr1 gene encodes a component of the Cu transport machinery and that mice heterozygous for Ctr1 exhibit tissue-specific defects in copper accumulation and in the activities of copper-dependent enzymes. Mice completely deficient for Ctr1 exhibit profound growth and developmental defects and die in utero in mid-gestation. These results demonstrate a crucial role for Cu acquisition through the Ctr1 transporter for mammalian Cu homeostasis and embryonic development.

Genetic characterization of a mammalian protein-protein interaction domain by using a yeast reverse two-hybrid system.

Many biological processes rely upon protein-protein interactions. Hence, detailed analysis of these interactions is critical for their understanding. Due to the complexities involved, genetic approaches are often needed. In yeast and phage, genetic characterizations of protein complexes are possible. However, in multicellular organisms, such characterizations are limited by the lack of powerful selection systems. Herein we describe genetic selections that allow single amino acid changes that disrupt protein-protein interactions to be selected from large libraries of randomly generated mutant alleles. The strategy, based on a yeast reverse two-hybrid system, involves a first-step negative selection for mutations that affect interaction, followed by a second-step positive selection for a subset of these mutations that maintain expression of full-length protein (two-step selection). We have selected such mutations in the transcription factor E2F1 that affect its ability to heterodimerize with DP1. The mutations obtained identified a putative helix in the marked box, a region conserved among E2F family members, as an important determinant for interaction. This two-step selection procedure can be used to characterize any interaction domain that can be tested in the two-hybrid system.

Biossensores de pH, ureia e glicose utilizando a microeletrônica de filmes finos de AZO e TIO2

Este trabalho apresenta o desenvolvimento de biossensores de pH, ureia e glicose, utilizando óxidos como plataforma para a parte seletiva. Os filmes finos de óxidos condutores foram produzidos por diferentes técnicas de deposição, como spin-coat, dip-coat, spray-pyrolysis e casting. Os materiais fabricados foram AZO e TiO2, ambos depositados sobre substratos de FTO, ITO ou vidro hidroflilizado. O número de camadas foi variado para cada técnica e as caracterizações morfológicas e estruturais foram feitas por MEV, DRX e FTIR. As caracterizações elétricas foram feitas por EGFET e voltametria cíclica. Os filmes foram testados como sensores de pHs na faixa de 2 a 8. O filme depositado com AZO em substrato de FTO pela técnica de spray-pyrolysis apresentou melhor resposta, com sensibilidade de 31,7 mV/pH entre toda a faixa de pHs do 2 ao 8. Já para os filmes de TiO2, o filme produzido por dip-coat com 5 camadas em substrato de FTO apresentou sensibilidade de 37,8 mV/pH entre a faixa de pHs de 2 a 8. Paralelamente, os filmes tiveram suas superfícies funcionalizadas com proteínas como urease ou glicose oxidase. Neste caso, os dispositivos foram testados entre as concentrações de 5 a 200 mg/dL de ureia e glicose. Como biossensor de ureia, o filme de TiO2 depositado por spin-coat com 5 camadas em substrato de FTO apresentou a maior sensibilidade, com valor 3,32 mV/(mg/dL) entre as concentrações de 5 a 120 mg/dL. Para os filmes estudados como biossensores de glicose, o melhor resultado também foi obtido pelo filme de TiO2 depositado por spin-coat com 5 camadas em substrato de FTO, apresentando sensibilidade em torno de 6,18 mV/(mg/dL) entre as concentrações de 5 a 200 mg/dL. Alguns resultados encontrados foram iguais ou melhores aos encontrados na literatura vigente, mesmo que os dispositivos ainda são passíveis de otimização.

Propriedades superficiais de filmes à base de gelatina

O objetivo do presente trabalho foi caracterizar as propriedades superficiais de filmes à base de gelatina. Para o qual foram elaborados filmes de: (i) Gelatina plastificado com glicerol (G) (gelatina: 5 g/100 g SFF; glicerol: 30 g/100 g de gelatina), (ii) Gelatina reforçado com montmorilhonita (G/MMT) (gelatina: 5 g/100 g SFF; glicerol: 30 g/100 g de gelatina; MMT: 5 g/100 g de gelatina) e Gelatina plastificado com citrato de acetiltributila (G/ATB) (gelatina: 5 g/100 g SFF; ATB: 50 g/100 de gelatina; lecitina de soja: 60 g/100 g de ATB; etanol: 20 g/100 g SFF). Os filmes foram produzidos mediante o uso de um aplicador automático de filmes \"Spreading\". Logo, os filmes foram submetidos a testes para determinação da espessura, umidade e propriedades óticas (brilho, cor e opacidade). Também foi caracterizada a microestrutura por microscopia eletrônica de varredura (MEV) e microscopia de força atômica (AFM); às imagens obtidas por MEV foi aplicado um analise de imagem mediante o programa Image J, para obter o valor da dimensão fractal (DF). Depois foram caracterizadas as propriedades superficiais de ângulo de contato (AC), molhabilidade ou coeficiente de espalhamento (Se), e energia livre superficial (ELS) mediante a medida do ângulo de contato pelo método da gota séssil (água: 5 µL e 1-Bromonaftaleno: 3 µL). Para o cálculo da ELS também foi aplicado o método de Owens-Wendt. Estas caracterizações foram feitas em ambos os lados do filme, lado ar e lado placa. A natureza do filme de G/ATB influenciou na umidade e as propriedades óticas, enquanto que os filmes de G e G/MMT apresentaram características similares. Em relação à microestrutura e rugosidade, o filme de G apresentou a superfície mais homogênea e lisa, contrario ao observado no filme de G/MMT, que apresentou a maior rugosidade seguida do filme de G/ATB. Foi observado que houve uma relação entre os valores de rugosidade e DF. De acordo com o valor do AC, os filmes apresentaram um caráter hidrofóbico, pois seus valores foram superiores a 65° (em ambos os lados dos filmes), na seguinte ordem: G/MMT > G > G/ATB; sendo que o Se seguiu a mesma tendência. Cabe mencionar também que não foi encontrada uma correlação significativa entre os valores de AC e rugosidade. Em função dos valores de AC, Se e ELS (especificamente a componente polar), o filme de G/ATB apresentou o menor caráter hidrofóbico, pois apresentou menores valores de AC e maiores valores de Se em comparação com os outros dois filmes. Os valores da componente polar da G/ATB foram os maiores, explicando de melhor maneira o caráter menos hidrofóbico deste filme. Pode-se concluir que os filmes à base de gelatina elaborados no presente trabalho têm propriedades hidrofóbicas (AC>65°), sendo a G/MMT o filme com melhores características hidrofóbicas.

Caracterização vibracional e térmica de compósitos de LLDPES modificados e sílica (OU) Caracterização vibracional e térmica de compósitos de lldpe\'s funcionallzados e sílica de superfície modificada

Compósitos de polímeros de polietileno linear de baixa densidade (LLDPE) possuem baixo desempenho mecânico devido principalmente à sua fraca interação, intermolecular, entre a cadeia polimérica e a carga. Uma maneira de minimizar esse baixo desempenho mecânico se faz com a mudança da estrutura química da poliolefina com a inserção de um grupo polar a sua cadeia, ou seja, faz-se a funcionalização das poliolefinas. O sistema de funcionalização adotado foi o processamento reativo, no qual foi utilizado para este sistema de processamento o misturador de dupla rosca acoplado a um reâmetro de torque. Neste trabalho, os grupos polares inseridos à cadeia dos polímeros de LLDPE\'s de copolímeros 1-buteno e 1-octeno (LLDPE-but e LLDPE-oct) foram o anidrido maléico (AM) e o anidrido tetrahidroftálico (ATF). Para a confecção dos compósitos foram utilizadas as cargas de microesferas de sílica modificada, no qual foi inserido compostos silanados em sua superfície (3-aminopropilsilano - APS - e trimetoxiclorosilano TMCISi) para estudo de interação com as poliolefinas funcionalizadas. Neste trabalho foram realizados ensaios de caracterização térmica, vibracional além de análises de torque do polímero fundido, análises do grau de reticulação e ensaios mecânicos de tração por elongação. Na caracterização térmica foram utilizadas as técnicas: termogravimetria (TG) e calorimetria exploratória diferencial (DSC). Na caracterização vibracional utilizou-se a espectroscopia fotoacústica no infravermelho (PAS-IR) e a espectroscopia de espalhamento Raman. Pela técnica PAS-IR foi possível comprovar a inserção dos anidridos à cadeia das poliolefinas assim como foi possível verificar a interação entre o polímero funcionalizado e a carga. Pelas técnicas térmicas de DSC e TG foi possível verificar mudanças das propriedades do compósito frente aos polímeros originais ou funcionalizados. Os ensaios mecânicos comprovaram que os compósitos de polímeros funcionalizados possuem maior elongação e tensão à ruptura comparada aos compósitos dos LLDPE\'s não funcionalizados

Two classes of metric spaces

The class of metric spaces (X,d) known as small-determined spaces, introduced by Garrido and Jaramillo, are properly defined by means of some type of real-valued Lipschitz functions on X. On the other hand, B-simple metric spaces introduced by Hejcman are defined in terms of some kind of bornologies of bounded subsets of X. In this note we present a common framework where both classes of metric spaces can be studied which allows us to see not only the relationships between them but also to obtain new internal characterizations of these metric properties.

Painéis de partículas homogêneas cimento-bagaço de cana-de-açúcar curados por carbonatação acelerada

O presente estudo teve como objetivo produzir e avaliar o desempenho de painéis de partículas homogêneas de cimento-bagaço de cana-de-açúcar curados por carbonatação acelerada. Para atingir os resultados foram realizados ensaios de caracterizações morfológica e físico-química das partículas de bagaço de cana-de-açúcar, bem como ensaio de termometria para identificar a compatibilidade da matéria prima (bagaço) com o cimento. Os painéis de partículas cimento-bagaço produzidos foram submetidos a dois processos de cura distintos: 1- cura por 48 h em câmara climática, seguida por 24 h em ambiente com concentração de 15% ±0.6 de CO2, seguida por 24 dias em ambiente saturado ao ar; 2- cura em câmara climática por 48 h, seguida por 25 dias em ambiente saturado ao ar. Ao final dos 28 dias de cura e após ensaio de envelhecimento acelerado de imersão e secagem foram realizadas as caracterizações físico-mecânicas seguindo as recomendações das normativas DIN: 310; 322 e 323, bem como caracterização microestrutural e de condutividade térmica do painel de partículas cimento-bagaço. Os resultados obtidos indicaram que os painéis de partículas cimento-bagaço curados por carbonatação acelerada apresentaram melhor desempenho físico-mecânico quando comparados aos painéis não carbonatados, pois a carbonatação melhorou a interface entre as partículas e a matriz cimentícia, proporcionando maior adesividade entre as fases. E, além disso, reduziu o pH do meio alcalino em que as partículas de bagaço de cana-de-açúcar estão inseridas, minimizando o processo de degradação da lignina, celulose e hemicelulose.

Desenvolvimento e caracterização do filtro óptico de interferência variável para detectores de alta resolução espectral e biossensores.

O presente trabalho está fundamentado no desenvolvimento de uma metodologia e/ou uma tecnologia de obtenção e caracterização de filtros ópticos de interferência de banda passante variável [C.M. da Silva, 2010] e de banda de corte variáveis, constituídos por refletores dielétricos multicamadas de filmes finos intercalados por cavidades de Fabry-Perot não planares com espessuras linearmente variáveis, que apresentam a propriedade do deslocamento linear da transmitância máxima espectral em função da posição, isto é, um Filtro de Interferência Variável (FIV). Este método apresenta novas e abrangentes possibilidades de confecção de filtros ópticos de interferência variável: lineares ou em outras formas desejadas, de comprimento de onda de corte variável (passa baixa ou alta) e filtros de densidade neutra variável, através da deposição de metais, além de aplicações em uma promissora e nova área de pesquisa na deposição de filmes finos não uniformes. A etapa inicial deste desenvolvimento foi o estudo da teoria dos filtros ópticos dielétricos de interferência para projetar e construir um filtro óptico banda passante convencional de um comprimento de onda central com camadas homogêneas. A etapa seguinte, com base na teoria óptica dos filmes finos já estabelecida, foi desenvolver a extensão destes conhecimentos para determinar que a variação da espessura em um perfil inclinado e linear da cavidade entre os refletores de Bragg é o principal parâmetro para produzir o deslocamento espacial da transmitância espectral, possibilitando o uso de técnicas especiais para se obter uma variação em faixas de bandas de grande amplitude, em um único filtro. Um trabalho de modelagem analítica e análise de tolerância de espessuras dos filmes depositados foram necessários para a seleção da estratégia do \"mascaramento\" seletivo do material evaporado formado na câmara e-Beam (elétron-Beam) com o objetivo da obtenção do filtro espectral linear variável de características desejadas. Para tanto, de acordo com os requisitos de projeto, foram necessárias adaptações em uma evaporadora por e-Beam para receber um obliterador mecânico especialmente projetado para compatibilizar os parâmetros das técnicas convencionais de deposição com o objetivo de se obter um perfil inclinado, perfil este previsto em processos de simulação para ajustar e calibrar a geometria do obliterador e se obter um filme depositado na espessura, conformação e disposição pretendidos. Ao final destas etapas de modelagem analítica, simulação e refinamento recorrente, foram determinados os parâmetros de projeto para obtenção de um determinado FIV (Filtro de Interferência Variável) especificado. Baseadas nos FIVs muitas aplicações são emergentes: dispositivos multi, hiper e ultra espectral para sensoriamento remoto e análise ambiental, sistemas Lab-on-Chip, biossensores, detectores chip-sized, espectrofotometria de fluorescência on-chip, detectores de deslocamento de comprimento de onda, sistemas de interrogação, sistemas de imageamento espectral, microespectrofotômetros e etc. No escopo deste trabalho se pretende abranger um estudo de uma referência básica do emprego do (FIV) filtro de interferência variável como detector de varredura de comprimento de ondas em sensores biológicos e químicos compatível com pós processamento CMOS. Um sistema básico que é constituído por um FIV montado sobre uma matriz de sensores ópticos conectada a um módulo eletrônico dedicado a medir a intensidade da radiação incidente e as bandas de absorção das moléculas presentes em uma câmara de detecção de um sistema próprio de canais de microfluidos, configurando-se em um sistema de aquisição e armazenamento de dados (DAS), é proposto para demonstrar as possibilidades do FIV e para servir de base para estudos exploratórios das suas diversas potencialidades que, entre tantas, algumas são mencionadas ao longo deste trabalho. O protótipo obtido é capaz de analisar fluidos químicos ou biológicos e pode ser confrontado com os resultados obtidos por equipamentos homologados de uso corrente.

Topologias maximais com respeito a algumas famílias de subconjuntos

Seja (X; t) um espaço topológico e seja F a família de todos os subconjuntos de X que satisfazem uma propriedade topológica dada P (invariante por homeomorfismos). Se acrescentarmos abertos novos à topologia e se F\' é a família de todos os subconjuntos do novo espaço que satisfazem a propriedade P, podemos ter que F ≠ F\'. Se isto sempre acontece, dizemos que o espaço (X; t) é maximal com respeito à família F. Neste trabalho estudaremos os espaços topológicos maximais com respeito a algumas famílias de subconjuntos: discretos, compactos, densos, conexos e das sequências convergentes.

Motzkin decomposition of closed convex sets via truncation

A nonempty set F is called Motzkin decomposable when it can be expressed as the Minkowski sum of a compact convex set C with a closed convex cone D. In that case, the sets C and D are called compact and conic components of F. This paper provides new characterizations of the Motzkin decomposable sets involving truncations of F (i.e., intersections of FF with closed halfspaces), when F contains no lines, and truncations of the intersection F̂ of F with the orthogonal complement of the lineality of F, otherwise. In particular, it is shown that a nonempty closed convex set F is Motzkin decomposable if and only if there exists a hyperplane H parallel to the lineality of F such that one of the truncations of F̂ induced by H is compact whereas the other one is a union of closed halflines emanating from H. Thus, any Motzkin decomposable set F can be expressed as F=C+D, where the compact component C is a truncation of F̂. These Motzkin decompositions are said to be of type T when F contains no lines, i.e., when C is a truncation of F. The minimality of this type of decompositions is also discussed.

Constraint qualifications in linear vector semi-infinite optimization

Linear vector semi-infinite optimization deals with the simultaneous minimization of finitely many linear scalar functions subject to infinitely many linear constraints. This paper provides characterizations of the weakly efficient, efficient, properly efficient and strongly efficient points in terms of cones involving the data and Karush–Kuhn–Tucker conditions. The latter characterizations rely on different local and global constraint qualifications. The global constraint qualifications are illustrated on a collection of selected applications.

Robust Solutions of MultiObjective Linear Semi-Infinite Programs under Constraint Data Uncertainty

The multiobjective optimization model studied in this paper deals with simultaneous minimization of finitely many linear functions subject to an arbitrary number of uncertain linear constraints. We first provide a radius of robust feasibility guaranteeing the feasibility of the robust counterpart under affine data parametrization. We then establish dual characterizations of robust solutions of our model that are immunized against data uncertainty by way of characterizing corresponding solutions of robust counterpart of the model. Consequently, we present robust duality theorems relating the value of the robust model with the corresponding value of its dual problem.

Calmness of the Feasible Set Mapping for Linear Inequality Systems

In this paper we deal with parameterized linear inequality systems in the n-dimensional Euclidean space, whose coefficients depend continuosly on an index ranging in a compact Hausdorff space. The paper is developed in two different parametric settings: the one of only right-hand-side perturbations of the linear system, and that in which both sides of the system can be perturbed. Appealing to the backgrounds on the calmness property, and exploiting the specifics of the current linear structure, we derive different characterizations of the calmness of the feasible set mapping, and provide an operative expresion for the calmness modulus when confined to finite systems. In the paper, the role played by the Abadie constraint qualification in relation to calmness is clarified, and illustrated by different examples. We point out that this approach has the virtue of tackling the calmness property exclusively in terms of the system’s data.

Constraint qualifications in convex vector semi-infinite optimization

Convex vector (or multi-objective) semi-infinite optimization deals with the simultaneous minimization of finitely many convex scalar functions subject to infinitely many convex constraints. This paper provides characterizations of the weakly efficient, efficient and properly efficient points in terms of cones involving the data and Karush–Kuhn–Tucker conditions. The latter characterizations rely on different local and global constraint qualifications. The results in this paper generalize those obtained by the same authors on linear vector semi-infinite optimization problems.