The Fasciola hepatica genome: gene duplication and polymorphism reveals adaptation to the host environment and the capacity for rapid evolution

BACKGROUND: The liver fluke Fasciola hepatica is a major pathogen of livestock worldwide, causing huge economic losses to agriculture, as well as 2.4 million human infections annually.

RESULTS: Here we provide a draft genome for F. hepatica, which we find to be among the largest known pathogen genomes at 1.3 Gb. This size cannot be explained by genome duplication or expansion of a single repeat element, and remains a paradox given the burden it may impose on egg production necessary to transmit infection. Despite the potential for inbreeding by facultative self-fertilisation, substantial levels of polymorphism were found, which highlights the evolutionary potential for rapid adaptation to changes in host availability, climate change or to drug or vaccine interventions. Non-synonymous polymorphisms were elevated in genes shared with parasitic taxa, which may be particularly relevant for the ability of the parasite to adapt to a broad range of definitive mammalian and intermediate molluscan hosts. Large-scale transcriptional changes, particularly within expanded protease and tubulin families, were found as the parasite migrated from the gut, across the peritoneum and through the liver to mature in the bile ducts. We identify novel members of anti-oxidant and detoxification pathways and defined their differential expression through infection, which may explain the stage-specific efficacy of different anthelmintic drugs.

CONCLUSIONS: The genome analysis described here provides new insights into the evolution of this important pathogen, its adaptation to the host environment and external selection pressures. This analysis also provides a platform for research into novel drugs and vaccines.

A Constitution of Social Governance for the European Union

This chapter considers the EU’s socio-economic constitution under the lens of humaneness. It argues that the EU’s unique socio-economic constitution demands equilibrium of socio-economic integration instead of widening the gap between economic integration at EU levels and social integration at national levels. While the EU lacks the legislative competences to achieve this equilibrium, the constitutional principle still prevails. Indeed, the EU competences reflect its own values as well as the socio-economic constitutions of its constituent Member States. These frequently do not allow for total state-governance of social spheres such as working life, education, care or other social services. Instead, societal actors are given scope to (co-)govern these spheres at national levels. Accordingly, the apparent tension between the EU’s socio-economic values and principles and its limited competences in the social policy field can be resolved through a dynamic interpretation of the EU Treaties towards a “constitution of social governance”. This interpretation reads the Treaties as authorising governance by societal actors. The chapter connects the idea of humanness to the ideals of social governance at EU level and proposes two options for practical application of the concept. These are rules for trans-national labour markets based on European collective labour agreements and a European higher education sector developed by agreements between universities.

Knowledge Exchange, Spatial Analysis & Healthy Urban Environments (KESUE): Project Report

The Knowledge Exchange, Spatial Analysis and Healthy Urban Environments (KESUE) project has extended work previously undertaken by a QUB team of inter-disciplinary researchers engaged with the Physical Activity in the Regeneration of Connswater (PARC) project (Tully et al, 2013). The PARC project focussed on parts of East Belfast to assess the health impact of the Connswater Community Greenway. The KESUE project has aimed to extend some of the tools used initially in East Belfast so that they have data coverage of all of Belfast and Derry-Londonderry. The purpose of this has been to enable the development of evidence and policy tools that link features of the built environment with physical activity in these two cities. The project has used this data to help shape policy decisions in areas such as physical activity, park management, public transport and planning.

Working with a range of local partners who part-funded the project (City Councils in Belfast and Derry-Londonderry, Public Health Agency, Belfast Healthy Cities and Department of Regional Development), this project has mapped all the footpaths in the two cities (covering 37% of the NI population) and employed this to develop evidence used in strategies related to healthy urban planning. Using Geographic Information Systems (GIS), the footpath network has been used as a basis for a wide range of policy-relevant analyses including pedestrian accessibility to public facilities, site options for new infrastructure and assessing how vulnerable groups can access services such as pharmacies. Key outputs have been Accessibility Atlases and maps showing how walkability of the built environment varies across the two cities.

In addition to generating this useful data, the project included intense engagement with potential users of the research, which has led to its continued uptake in a number of policies and strategies, creating a virtuous circle of research, implementation and feedback. The project has proved so valuable to Belfast City Council that they have now taken on one of the researchers to continue the work in-house.

Measuring a cell's response to stress:the p53 pathway.

Translation as an Evaluative Concept

Testing the hypothesis that the concept of translation is evaluative rather than merely descriptive, Blumczyński analyses its increasingly popular use in three areas: political discourse, life writing and biomedical publications. He argues that translation as an evaluative concept is concerned with profound rather than superficial issues: to translate something is to assert its significance and value. At the same time, translation brings to the surface real and authentic things, producing its therapeutic value: it makes us more visible to ourselves, exposes pretences and thus brings relief. Finally, translation delivers on its own ethical imperative by breaking the spell of proverbial good intentions and bringing things to completion.

Translating Values:Evaluative Concepts in Translation

This collection explores the central importance of values and evaluative concepts in cross-cultural translational encounters. Written by a group of international scholars from a diverse range of linguistic and cultural backgrounds, the chapters in this book consider what it means to translate cultures by examining core values and their relationship to key evaluative concepts (such as authenticity, clarity, home, honour, or justice) and how they influence the complex multidimensional process of translation. This book will be of interest to academics studying cross-cultural and inter-linguistic interactions, to translators and interpreters, students of translation and of modern languages, and all those dealing with multilingual and multicultural settings.

Navigating the Borderlands: Brian McGilloway as Contemporary Cartographer of the Liminal in the Ulster Landscape

Set in the borderlands between Letterkenny and Derry-Londonderry, a landscape scarred by geological fold, river and cartographer’s pen, the Ulster crime novelist Brian McGilloway chronicles the hopes and fears of a contemporary society unable to escape a complicated history, redolent and entwined with the voices of its ‘ghosts of its past.’ Through his choice of chief protagonist, An Garda Síochána officer Benedict Devlin, McGilloway turns detective to critically investigate the both the seemingly straightforward and the unseen dwelling in the rural Ulster landscape. Following in the footsteps of Nordic and Tartan Noir in making commentary on current societ,y McGilloway recognises the importance of the past in trying to reach an understanding of the present. His critique however goes beyond criminal behaviour motivated primarily by politics or religion, allowing a deeper and more meaningful diagnosis of the ‘state of the nation’. Place, name and event become especially important in contextualising the liminality of McGilloway’s real rural border settings. In doing so, McGilloway continues in the rich tradition of Ulster poet such as Heaney, MacNiece, Muldoon and Hewitt in trying to rationalise the man-made amidst the elemental in the land of both the ‘Planter & The Gael.’ History, language, tradition and the sacral are all instruments of investigation in helping McGilloway present a revealing pathology and atlas of our times to his readers. Turning literary investigator, the author contends that there is much to learn from this physiography, not just for the borderlands region, but for the wider countryside and society beyond. Keywords Cultural Atlas, Crime Fiction, Place, Poetry, Rural.

Remedios Varo's Feminine, Spiritual Quest

Remedios Varo occupies a marginal position in the Surrealist canon, despite her direct involvement with Breton’s circle and in spite of the fact that her work is attributed a universal significance. It has been interpreted as representing a journey towards identity and freedom, a search for female empowerment, and as a spiritual quest. Moreover, critical focus on the mythic/exoteric ‘female’ quest has been to the detriment of the mystical/esoteric significance of the paintings. This article argues that it is in the combination of these strands that Varo’s radicalism might be found. It shows that by presenting a female, spiritual quest for enlightenment—which exists apart from a traditionally male-dominated, western religious schema—Varo circumvented her ordained role within the artistic, spiritual, and political communities of which she was a part.

The Virgin Father (Revival of 2009 production):The Virgin Father: A Stage Play (Revival of 2009 production)

A stage play touring Cushendall, Down Arts Centre, The Playhouse Derry/Londonderry, with a further one-week run at the Lyric Theatre, Belfast.

Projecto de receptores integrados de banda larga

O presente trabalho tem como objectivo o estudo e projecto de receptores optimizados para sistemas de comunicações por fibra óptica de muito alto débito (10Gb/s e 40Gb/s), com a capacidade integrada de compensação adaptativa pós-detecção da distorção originada pela característica de dispersão cromática e de polarização do canal óptico. O capítulo 1 detalha o âmbito de aplicabilidade destes receptores em sistemas de comunicações ópticas com multiplexagem no comprimento de onda (WDM) actuais. O capítulo apresenta ainda os objectivos e principais contribuições desta tese. O capítulo 2 detalha o projecto de um amplificador pós-detecção adequado para sistemas de comunicação ópticos com taxa de transmissão de 10Gb/s. São discutidas as topologias mais adequadas para amplificadores pós detecção e apresentados os critérios que ditaram a escolha da topologia de transimpedância bem como as condições que permitem optimizar o seu desempenho em termos de largura de banda, ganho e ruído. Para além disso são abordados aspectos relacionados com a implementação física em tecnologia monolítica de microondas (MMIC), focando em particular o impacto destes no desempenho do circuito, como é o caso do efeito dos componentes extrínsecos ao circuito monolítico, em particular as ligações por fio condutor do monólito ao circuito externo. Este amplificador foi projectado e produzido em tecnologia pHEMT de Arsenieto de Gálio e implementado em tecnologia MMIC. O protótipo produzido foi caracterizado na fábrica, ainda na bolacha em que foi produzido (on-wafer) tendo sido obtidos dados de caracterização de 80 circuitos protótipo. Estes foram comparados com resultados de simulação e com desempenho do protótipo montado num veículo de teste. O capítulo 3 apresenta o projecto de dois compensadores eléctricos ajustáveis com a capacidade de mitigar os efeitos da dispersão cromática e da dispersão de polarização em sistemas ópticos com débito binário de 10Gb/s e 40Gb/s, com modulação em banda lateral dupla e banda lateral única. Duas topologias possíveis para este tipo de compensadores (a topologia Feed-Forward Equalizer e a topologia Decision Feedback Equaliser) são apresentadas e comparadas. A topologia Feed-Forward Equaliser que serviu de base para a implementação dos compensadores apresentados é analisada com mais detalhe sendo propostas alterações que permitem a sua implementação prática. O capítulo apresenta em detalhe a forma como estes compensadores foram implementados como circuitos distribuídos em tecnologia MMIC sendo propostas duas formas de implementar as células de ganho variável: com recurso à configuração cascode ou com recurso à configuração célula de Gilbert. São ainda apresentados resultados de simulação e experimentais (dos protótipos produzidos) que permitem tirar algumas conclusões sobre o desempenho das células de ganho com as duas configurações distintas. Por fim, o capítulo inclui ainda resultados de desempenho dos compensadores testados como compensadores de um sinal eléctrico afectado de distorção. No capítulo 4 é feita uma análise do impacto da modulação em banda lateral dupla (BLD) em comparação com a modulação em banda lateral única (BLU) num sistema óptico afectado de dispersão cromática e de polarização. Mostra-se que com modulação em BLU, como não há batimento entre portadoras das duas bandas laterais em consequência do processo quadrático de detecção e há preservação da informação da distorção cromática do canal (na fase do sinal), o uso deste tipo de modulação em sistemas de comunicação óptica permite maior tolerância à dispersão cromática e os compensadores eléctricos são muito mais eficientes. O capítulo apresenta ainda resultados de teste dos compensadores desenvolvidos em cenários experimentais de laboratório representativos de sistemas ópticos a 10Gb/s e 40Gb/s. Os resultados permitem comparar o desempenho destes cenários sem e com compensação eléctrica optimizada, para os casos de modulação em BLU e em BLD, e considerando ainda os efeitos da dispersão na velocidade de grupo e do atraso de grupo diferencial. Mostra-se que a modulação BLU em conjunto com compensação adaptativa eléctrica permite um desempenho muito superior á modulação em BLD largamente utilizada nos sistemas de comunicações actuais. Por fim o capítulo 5 sintetiza e apresenta as principais conclusões deste trabalho.

All-optical processing systems based on semiconductor optical amplifiers

Nesta tese investigam-se e desenvolvem-se dispositivos para processamento integralmente óptico em redes com multiplexagem densa por divisão no comprimento de onda (DWDM). O principal objectivo das redes DWDM é transportar e distribuir um espectro óptico densamente multiplexado com sinais de débito binário ultra elevado, ao longo de centenas ou milhares de quilómetros de fibra óptica. Estes sinais devem ser transportados e encaminhados no domínio óptico de forma transparente, sem conversões óptico-eléctrico-ópticas (OEO), evitando as suas limitações e custos. A tecnologia baseada em amplificadores ópticos de semicondutor (SOA) é promissora graças aos seus efeitos não-lineares ultra-rápidos e eficientes, ao potencial para integração, reduzido consumo de potência e custos. Conversores de comprimento de onda são o elemento óptico básico para aumentar a capacidade da rede e evitar o bloqueio de comprimentos de onda. Neste trabalho, são estudados e analisados experimentalmente métodos para aumentar a largura de banda operacional de conversores de modulação cruzada de ganho (XGM), a fim de permitir a operação do SOA para além das suas limitações físicas. Conversão de um comprimento de onda, e conversão simultânea de múltiplos comprimentos de onda são testadas, usando interferómetros de Mach-Zehnder com SOA. As redes DWDM de alto débito binário requerem formatos de modulação optimizados, com elevada tolerância aos efeitos nefastos da fibra, e reduzida ocupação espectral. Para esse efeito, é vital desenvolver conversores integramente ópticos de formatos de modulação, a fim de permitir a interligação entre as redes já instaladas, que operam com modulação de intensidade, e as redes modernas, que utilizam formatos de modulação avançados. No âmbito deste trabalho é proposto um conversor integralmente óptico de formato entre modulação óptica de banda lateral dupla e modulação óptica de banda lateral residual; este é caracterizado através de simulação e experimentalmente. Adicionalmente, é proposto um conversor para formato de portadora suprimida, através de XGM e modulação cruzada de fase. A interligação entre as redes de transporte com débito binário ultra-elevado e as redes de acesso com débito binário reduzido requer conversão óptica de formato de impulso entre retorno-a-zero (RZ) e não-RZ. São aqui propostas e investigadas duas estruturas distintas: uma baseada em filtragem desalinhada do sinal convertido por XGM; uma segunda utiliza as dinâmicas do laser interno de um SOA com ganho limitado (GC-SOA). Regeneração integralmente óptica é essencial para reduzir os custos das redes. Dois esquemas distintos são utilizados para regeneração: uma estrutura baseada em MZI-SOA, e um método no qual o laser interno de um GC-SOA é modulado com o sinal distorcido a regenerar. A maioria dos esquemas referidos é testada experimentalmente a 40 Gb/s, com potencial para aplicação a débitos binários superiores, demonstrado que os SOA são uma tecnologia basilar para as redes ópticas do futuro.