The integration of ProxiMAX randomisation with CIS display for the production of novel peptides

Saturation mutagenesis is a powerful tool in modern protein engineering, which permits key residues within a protein to be targeted in order to potentially enhance specific functionalities. However, the creation of large libraries using conventional saturation mutagenesis with degenerate codons (NNN or NNK/S) has inherent redundancy and consequent disparities in codon representation. Therefore, both chemical (trinucleotide phosphoramidites) and biological methods (sequential, enzymatic single codon additions) of non-degenerate saturation mutagenesis have been developed in order to combat these issues and so improve library quality. Large libraries with multiple saturated positions can be limited by the method used to screen them. Although the traditional screening method of choice, cell-dependent methods, such as phage display, are limited by the need for transformation. A number of cell-free screening methods, such as CIS display, which link the screened phenotype with the encoded genotype, have the capability of screening libraries with up to 1014 members. This thesis describes the further development of ProxiMAX technology to reduce library codon bias and its integration with CIS display to screen the resulting library. Synthetic MAX oligonucleotides are ligated to an acceptor base sequence, amplified, and digested, subsequently adding a randomised codon to the acceptor, which forms an iterative cycle using the digested product of the previous cycle as the base sequence for the next. Initial use of ProxiMAX highlighted areas of the process where changes could be implemented in order to improve the codon representation in the final library. The refined process was used to construct a monomeric anti-NGF peptide library, based on two proprietary dimeric peptides (Isogenica) that bind NGF. The resulting library showed greatly improved codon representation that equated to a theoretical diversity of ~69%. The library was subsequently screened using CIS display and the discovered peptides assessed for NGF-TrkA inhibition by ELISA. Despite binding to TrkA, these peptides showed lower levels of inhibition of the NGF-TrkA interaction than the parental dimeric peptides, highlighting the importance of dimerization for inhibition of NGF-TrkA binding.

Hatékonyság növelése tervezéssel - avagy: aggregált tervezés alkalmazása egy magyar vállalatnál = Improving efficiency with production planning - Applying aggregate planning at a Hungarian company

A cikk alapvető kérdése, hogy miképpen használható a tervezés a termelési folyamatok, s ezzel a vállalati m}uködés egészének hatékonyságnövelése érdekében. A termeléstervezés szintjei és eszközei közül a középtávú aggregált tervezésre koncentrálunk. Ennek oka elsősorban az, hogy tapasztalatunk szerinte tervezési szint gyakorlati alkalmazása még nem tekinthető elterjedtnek, s ebből következően az eszköz alaposabb ismerete és alkalmazásának elterjedése jelentős tartalékokat tárhat fel a m}uködési hatékonyság növelése terén. A dolgozat a termeléstervezés klasszikusnak tekinthető modelljét alkalmazza egy hazai vállalat esetében. Az elemzés során vizsgáljuk a modell alkalmazhatóságát és a különböző tervezési alternatívák hatását a hatékonyság növelésére. A modell számítógépes megoldását a Microsoft Excel Solver programjával végeztük. _______ The article demonstrates how production planning, especially aggregate production planning can positively influence the competitiveness of production firms. First the structure of production planning, different, but interconnected levels of it are introduced than the aggregate planning is elaborated in more details. Reason for focusing on aggregate planning lies in the fact that according to our experience aggregate planning is an operation planning method applied least of all production planning methods in Hungary. Due to this we are convinced that demonstrating a real case study in this area can help managers to realize that adopting it can significantly influence e±ciency in operation and represent important source of development. We applied a classic aggregate planning model for a Hungarian producing company. We have tested the adaptability of the model and also the effect of different concrete planning scenarios on efficiency. Solution of the mathematical model is calculated using the program of Microsoft Excel Solver.

Fenntarthatósági szempontok beépítése a beszállító értékelésébe a DEA/CI összetett indikátorok módszere alkalmazásával (Integrating sustainability criteria in supplier evaluation with application of the method of of DEA/CI complex indicators)

A környezeti hatások rendszerint túlmutatnak egy vállalat határain, éppen ezért az ellátási lánc kontextusban a környezeti szempontok érvényesítése során fontos szerep jut a beszerzési döntéseknek is. Számos olyan példát lehetne említeni, amikor egy adott szempont szerint egy alternatíva környezetileg előnyös, de az ellátási lánc egészét nézve már környezetterhelő. A környezeti hatások ellátási lánc szinten való mérése azonban komoly kihívásokat jelent. Ezzel jelentős kutatásokat és fejlesztéseket inspirált a téma. Az egyik olyan terület, amelyben komoly kutatási eredmények születtek, az a környezeti szempontok beszállítói értékelésbe való beépítése. A kutatások ezen irányához csatlakozva a szerzők tanulmányunkban azt keresik, hogyan lehet meghatározni az egyik legáltalánosabban használt szállítóértékelési módszerben, a súlyozott pontrendszerben egy adott szemponthoz azt a súlyt, amely mellett az adott szempont már döntésbefolyásoló tényezővé válik. Ehhez a DEA (Data Envelopment Analysis) összetett indikátorok (Composite Indicators, CI) módszerét alkalmazzák. A szempontok közös súlyának fontossága megállapításához a lineáris programozás elméletét használják. _____ Management decisions often have an environmental effect not just within the company, but outside as well, this is why supply chain context is highlighted in literature. Measuring environmental issues of supply decisions raise a lot of problems from methodological and practical point of view. This inspires a rapidly growing literature as a lot of studies were published focusing on how to incorporate environmental issues into supplier evaluation. This paper contributes to this stream of research as it develops a method to help weight selection. In the authors’ paper the method of Data Envelope Analysis (DEA) is used to study the extension of traditional supplier selection methods with environmental factors. The selection of the weight system can control the result of the selection process.

Le cycle hydrosocial et la fluoration de l'eau : la production des eaux fluorées

La fluoration artificielle de l’eau est une méthode employée en tant que moyen de prévention de la carie dentaire. Il s’agit d’un traitement de l’eau dont le but est d’ajuster de façon « optimale » la concentration en fluorure dans l’eau potable pour la prévention de la carie dentaire, par l’ajout d’un composé fluoré. La fluoration de l’eau fait l’objet d’un débat de société depuis le début des années 1950. La théorie du cycle hydrosocial nous invite à réfléchir sur la manière dont l’eau et la société se définissent et se redéfinissent mutuellement dans le temps et dans l’espace. Cette théorie nous permet d’aborder l’étude du sujet de la fluoration avec une nouvelle perspective d’analyse. Il y a peu d’études en sciences sociales qui portent sur le sujet de la fluoration, généralement abordé d’un point de vue des sciences de la santé. Nous proposons de décrire le processus de production des eaux fluorées dans un contexte hydrosocial. Ce mémoire est structuré en quatre chapitres. Nous commençons par familiariser le lecteur avec la théorie du cycle hydrosocial. Ensuite, nous faisons une mise en contexte de la fluoration de l’eau, d’une part en présentant un état des lieux, et d’autre part en présentant ce en quoi consiste la pratique de la fluoration de l’eau. Après avoir familiarisé le lecteur avec les thèmes généraux concernant la fluoration de l’eau, nous proposons de reconstituer une histoire hydrosociale de la fluoration. Cette histoire nous permet de mettre en évidence les relations hydrosociales desquelles découle la production des eaux fluorées. L’histoire hydrosociale de la fluoration comporte une phase contemporaine que nous abordons en présentant les principales idées de l’opposition à la fluoration artificielle de l’eau à l’aide notamment d’une analyse iconographique d’images portant sur le thème de la fluoration. Finalement, nous discutons des implications de la théorie du cycle hydrosocial pour étudier la problématique de la fluoration.

Chlorophyll-a, primary production rates, carbon concentrations and cell counts of coccolithophores, diatoms and microzooplankton measured in water samples from the North Atlantic during the M87/1 cruise in April 2012

The Deep Convection cruise repeatedly sampled two locations in the North Atlantic, sited in the Iceland and Norwegian Basins, onboard the RV Meteor (19 March - 2 May 2012). Samples were collected from multiple casts of a conductivity-temperature-depth (CTD) - Niskin rosette at each station. Water samples for primary production rates, community structure, chlorophyll a [Chl a], calcite [PIC], particulate organic carbon [POC] and biogenic silicic acid [BSi] were collected from predawn casts from six light depths (55%, 20%, 14%, 7%, 5% and 1% of incident PAR). Additional samples for community structure and ancillary parameters were collected from a second cast. Carbon fixation rates were determined using the 13C stable isotope method. Water samples for diatom and micro zooplankton counts, collected from the predawn casts, were preserved with acidic Lugol's solution (2% final solution) and counted using an inverted light microscope. Water samples for coccolithophore counts were collected onto cellulose nitrate filters and counted using polarising light microscopy. Water samples for Chl a analysis were filtered onto MF300 and polycarbonate filters and extracted in 90% acetone. PIC and BSi samples were filtered onto polycarbonate filters and analysed using an inductively coupled plasma emission optical spectrometer and a SEAL QuAAtro autoanalyser respectively.

Assessing hydrothermal liquefaction for the production of bio-oil and enhanced metal recovery from microalgae cultivated on acid mine drainage

The hydrothermal liquefaction(HTL) of algal biomass is a promising route to viable second generation biofuels. In this investigation HTL was assessed for the valorisation of algae used in the remediation of acid mine drainage (AMD). Initially the HTL process was evaluated using Arthrospira platensis (Spirulina) with additional metal sulphates to simulate metal remediation. Optimised conditions were then used to process a natural algal community (predominantly Chlamydomonas sp.) cultivated under two scenarios: high uptake and low uptake of metals from AMD. High metal concentrations appear to catalyse the conversion to bio-oil, and do not significantly affect the heteroatom content or higher heating value of the bio-oil produced. The associated metals were found to partition almost exclusively into the solid residue, favourable for potential metal recovery. High metal loadings also caused partitioning of phosphates from the aqueous phase to the solid phase, potentially compromising attempts to recycle process water as a growth supplement. HTL was therefore found to be a suitable method of processing algae used in AMD remediation, producing a crude oil suitable for upgrading into hydrocarbon fuels, an aqueous and gas stream suitable for supplementing the algal growth and the partitioning of most contaminant metals to the solid residue where they would be readily amenable for recovery and/or disposal.

Assessing hydrothermal liquefaction for the production of bio-oil and enhanced metal recovery from microalgae cultivated on acid mine drainage

The hydrothermal liquefaction(HTL) of algal biomass is a promising route to viable second generation biofuels. In this investigation HTL was assessed for the valorisation of algae used in the remediation of acid mine drainage (AMD). Initially the HTL process was evaluated using Arthrospira platensis (Spirulina) with additional metal sulphates to simulate metal remediation. Optimised conditions were then used to process a natural algal community (predominantly Chlamydomonas sp.) cultivated under two scenarios: high uptake and low uptake of metals from AMD. High metal concentrations appear to catalyse the conversion to bio-oil, and do not significantly affect the heteroatom content or higher heating value of the bio-oil produced. The associated metals were found to partition almost exclusively into the solid residue, favourable for potential metal recovery. High metal loadings also caused partitioning of phosphates from the aqueous phase to the solid phase, potentially compromising attempts to recycle process water as a growth supplement. HTL was therefore found to be a suitable method of processing algae used in AMD remediation, producing a crude oil suitable for upgrading into hydrocarbon fuels, an aqueous and gas stream suitable for supplementing the algal growth and the partitioning of most contaminant metals to the solid residue where they would be readily amenable for recovery and/or disposal.

Production of Highly Monolayer Enriched Dispersions of Liquid-Exfoliated Nanosheets by Liquid Cascade Centrifugation

While liquid exfoliation is a powerful technique to produce defect-free nanosheets in large quantities, its usefulness is limited by broad nanosheet thickness distributions and low monolayer contents. Here we demonstrate liquid processing techniques, based on iterative centrifugation cascades, which can be designed to achieve either highly efficient nanosheet size-selection and/ or monolayer enrichment. The resultant size-selected dispersions were used to establish quantitative metrics to determine monolayer volume fraction, as well as mean nanosheet size and thickness, from standard spectroscopic measurements. Such metrics allowed us to design and optimize centrifugation cascades to enrich liquid exfoliated WS2 dispersions up to monolayer contents of 75%. Monolayer-rich dispersions show relatively bright photoluminescence with narrow line widths (

Efficient and Selectable Production of Reactive Species Using a Nanosecond Pulsed Discharge in Gas Bubbles in Liquid

A plasma gas bubble-in-liquid method for high production of selectable reactive species using a nanosecond pulse generator has been developed. The gas of choice is fed through a hollow needle in a point-to-plate bubble discharge, enabling improved selection of reactive species. The increased interface reactions, between the gas-plasma and water through bubbles, give higher productivity. H₂O₂ was the predominant species produced using Ar plasma, while predominantly  and NO₂ were generated using air plasma, in good agreement with the observed emission spectra. This method has nearly 100% selectivity for H₂O₂, with seven times higher production, and 92% selectivity for , with nearly twice the production, compared with a plasma above the water.

Production d'IgG sialylées en CHO et impact sur leurs fonctions effectrices

La sialylation des N-glycanes du fragment Fc des immunogobulines G (IgG) est une modification peu fréquente des IgG humaines. Pourtant, elle est l’objet de beaucoup d’attention depuis que deux articles fondateurs ont été publiés, qui montrent l’un que la sialylation des IgG diminue leur capacité à déclencher la cytotoxicité cellulaire dépendant de l’anticorps (ADCC), et l’autre que les IgG sialylées en α2,6 seraient la fraction efficace des IgG intraveineuses (IgIV) anti-inflammatoires. Les anticorps monoclonaux thérapeutiques, qui sont le plus souvent des IgG recombinantes produites en culture de cellules de mammifère, connaissent depuis la fin des années 90 un succès et une croissance phénoménaux sur le marché pharmaceutique. La maîtrise de la N-glycosylation du Fc des IgG est une clé de l’efficacité des anticorps monoclonaux. Si les IgG sialylées sont des molécules peu fréquentes in vivo, elles sont très rares en culture cellulaire. Dans cette étude, nous avons développé une méthode de production d’IgG avec une sialylation de type humain en cellules CHO. Nous avons travaillé principalement sur la mise au point d’une stratégie de production d’IgG sialylées par co-expression transitoire d’une IgG1 avec la β1,4-galactosyltransférase I (β4GTI) et la β-galactoside-α2,6-sialyltransférase I (ST6GalI). Nous avons montré que cette méthode permettait d’enrichir l’IgG1 en glycane fucosylé di-galactosylé mono-α2,6-sialylé G2FS(6)1, qui est le glycane sialylé présent sur les IgG humaines. Nous avons ensuite adapté cette méthode à la production d’IgG présentant des profils de glycosylation riches en acides sialiques, riches en galactose terminal, et/ou appauvris en fucosylation. L’analyse des profils de glycosylation obtenus par la co-expression de diverses combinaisons enzymatiques avec l’IgG1 native ou une version mutante de l’IgG1 (F243A), a permis de discuter des influences respectives de la sous-galactosylation des IgG1 en CHO et des contraintes structurales du Fc dans la limitation de la sialylation des IgG en CHO. Nous avons ensuite utilisé les IgG1 produites avec différents profils de glycosylation afin d’évaluer l’impact de la sialylation α2,6 sur l’interaction de l’IgG avec le récepteur FcγRIIIa, principal récepteur impliqué dans la réponse ADCC. Nous avons montré que la sialylation α2,6 augmentait la stabilité du complexe formé par l’IgG avec le FcγRIIIa, mais que ce bénéfice n’était pas directement traduit par une augmentation de l’efficacité ADCC de l’anticorps. Enfin, nous avons débuté le développement d’une plateforme d’expression stable d’IgG sialylées compatible avec une production à l’échelle industrielle. Nous avons obtenu une lignée capable de produire des IgG enrichies en G2FS(6)1 à hauteur de 400 mg/L. Cette étude a contribué à une meilleure compréhension de l’impact de la sialylation sur les fonctions effectrices des IgG, et a permis d’augmenter la maîtrise des techniques de modulation du profil de glycosylation des IgG en culture cellulaire.

Risque de prix et décisions de production et d'exportation : le cas de l'agriculture au Québec

Cette thèse porte sur l’effet du risque de prix sur la décision des agriculteurs et les transformateurs québécois. Elle se divise en trois chapitres. Le premier chapitre revient sur la littérature. Le deuxième chapitre examine l’effet du risque de prix sur la production de trois produits, à savoir le maïs grain, la viande de porc et la viande d’agneau dans la province Québec. Le dernier chapitre est centré sur l’analyse de changement des préférences du transformateur québécois de porc pour ce qui est du choix de marché. Le premier chapitre vise à montrer l’importance de l’effet du risque du prix sur la quantité produite par les agriculteurs, tel que mis en évidence par la littérature. En effet, la littérature révèle l’importance du risque de prix à l’exportation sur le commerce international. Le deuxième chapitre est consacré à l’étude des facteurs du risque (les anticipations des prix et la volatilité des prix) dans la fonction de l’offre. Un modèle d’hétéroscédasticité conditionnelle autorégressive généralisée (GARCH) est utilisé afin de modéliser ces facteurs du risque. Les paramètres du modèle sont estimés par la méthode de l’Information Complète Maximum Vraisemblance (FIML). Les résultats empiriques montrent l’effet négatif de la volatilité du prix sur la production alors que la prévisibilité des prix a un effet positif sur la quantité produite. Comme attendu, nous constatons que l’application du programme d’assurance-stabilisation des revenus agricoles (ASRA) au Québec induit une plus importante sensibilité de l’offre par rapport au prix effectif (le prix incluant la compensation de l’ASRA) que par rapport au prix du marché. Par ailleurs, l’offre est moins sensible au prix des intrants qu’au prix de l’output. La diminution de l’aversion au risque de producteur est une autre conséquence de l’application de ce programme. En outre, l’estimation de la prime marginale relative au risque révèle que le producteur du maïs est le producteur le moins averse au risque (comparativement à celui de porc ou d’agneau). Le troisième chapitre consiste en l’analyse du changement de préférence du transformateur québécois du porc pour ce qui est du choix de marché. Nous supposons que le transformateur a la possibilité de fournir les produits sur deux marchés : étranger et local. Le modèle théorique explique l’offre relative comme étant une fonction à la fois d’anticipation relative et de volatilité relative des prix. Ainsi, ce modèle révèle que la sensibilité de l’offre relative par rapport à la volatilité relative de prix dépend de deux facteurs : d’une part, la part de l’exportation dans la production totale et d’autre part, l’élasticité de substitution entre les deux marchés. Un modèle à correction d’erreurs est utilisé lors d’estimation des paramètres du modèle. Les résultats montrent l’effet positif et significatif de l’anticipation relative du prix sur l’offre relative à court terme. Ces résultats montrent donc qu’une hausse de la volatilité du prix sur le marché étranger par rapport à celle sur le marché local entraine une baisse de l’offre relative sur le marché étranger à long terme. De plus, selon les résultats, les marchés étranger et local sont plus substituables à long terme qu’à court terme.

PHC Production Management System Based on RFID

At present, in large precast concrete enterprises, the management over precast concrete component has been chaotic. Most enterprises take labor-intensive manual input method, which is time consuming and laborious, and error-prone. Some other slightly better enterprises choose to manage through bar-code or printing serial number manually. However, on one hand, this is also labor-intensive, on the other hand, this method is limited by external environment, making the serial number blur or even lost, and also causes a big problem on production traceability and quality accountability. Therefore, to realize the enterprise’s own rapid development and cater to the needs of the time, to achieve the automated production management has been a big problem for a modern enterprise. In order to solve the problem, inefficiency in production and traceability of the products, this thesis try to introduce RFID technology into the production of PHC tubular pile. By designing a production management system of precast concrete components, the enterprise will achieve the control of the entire production process, and realize the informatization of enterprise production management. RFID technology has been widely used in many fields like entrance control, charge management, logistics and so on. RFID technology will adopt passive RFID tag, which is waterproof, shockproof, anti-interference, so it’s suitable for the actual working environment. The tag will be bound to the precast component steel cage (the structure of the PHC tubular pile before the concrete placement), which means each PHC tubular pile will have a unique ID number. Then according to the production procedure, the precast component will be performed with a series of actions, put the steel cage into the mold, mold clamping, pouring concrete (feed), stretching, centrifugalizing, maintenance, mold removing, welding splice. In every session of the procedure, the information of the precast components can be read through a RFID reader. Using a portable smart device connected to the database, the user can check, inquire and management the production information conveniently. Also, the system can trace the production parameter and the person in charge, realize the traceability of the information. This system can overcome the disadvantages in precast components manufacturers, like inefficiency, error-prone, time consuming, labor intensity, low information relevance and so on. This system can help to improve the production management efficiency, and can produce a good economic and social benefits, so, this system has a certain practical value.

Adoption of catamaran fishing method for mukene (Rastrineobola argentea) in off shore waters of Lake Victoria

This report presents information on the development of a system for commercial harvesting of Rastrineobola argentea (Mukene) in Lake Victoria. The objective of this work is to develop a system for commercial Harvesting of Mukene with: •Targeted output above 1,000 kg per working night per boat. •Target area to be off shore waters of Lake Victoria. •Drying under hygienic conditions for production of high quality poultry and animal feeds. •Supply to be continuous with predicable prices