Development of novel ionic liquids based on valproate anion

Valproic acid (2-propyl pentanoic acid) is a pharmaceutical drug used for treatment of epileptic seizures absence, tonic-clonic (grand mal), complex partial seizures, and mania in bipolar disorder [1]. Valproic acid is a slightly soluble in water and therefore as active pharmaceutical ingredient it is most commonly applied in form of sodium or magnesium valproate salt [1].However the list of adverse effects of these compounds is large and includes among others: tiredness, tremor, sedation and gastrointestinal disturbances [2]. Ionic liquids (ILs) are promising compounds as Active Pharmaceutical Ingredients (APIs)[3]. In this context, the combinations of the valproate anion with appropriate cation when ILs and salts are formed can significantly alter valproate physical, chemical and thermal properties.[4] This methodology can be used for drug modification (alteration of drug solubility in water, lipids, bioavailability, etc)[2] and therefore can eliminate some adverse effect of the drugs related to drug toxicity due for example to its solubility in water and lipids (interaction with intestines). Herein, we will discuss the development of ILs based on valproate anion (Figure 1) prepared according a recent optimized and sustainable acid-base neutralization method [4]. The organic cations such as cetylpyridinium, choline and imidazolium structures were selected based on their biocompatibility and recent applications in pharmacy [3]. All novel API-ILs based on valproate have been studied in terms of their physical, chemical (viscosity, density, solubility) and thermal (calorimetric studies) properties as well as their biological activity.

Processing XML with Java – a performance benchmark

Over time, XML markup language has acquired a considerable importance in applications development, standards definition and in the representation of large volumes of data, such as databases. Today, processing XML documents in a short period of time is a critical activity in a large range of applications, which imposes choosing the most appropriate mechanism to parse XML documents quickly and efficiently. When using a programming language for XML processing, such as Java, it becomes necessary to use effective mechanisms, e.g. APIs, which allow reading and processing of large documents in appropriated manners. This paper presents a performance study of the main existing Java APIs that deal with XML documents, in order to identify the most suitable one for processing large XML files

Performance analysis of Java APIS for XML processing

Over time, XML markup language has acquired a considerable importance in applications development, standards definition and in the representation of large volumes of data, such as databases. Today, processing XML documents in a short period of time is a critical activity in a large range of applications, which imposes choosing the most appropriate mechanism to parse XML documents quickly and efficiently. When using a programming language for XML processing, such as Java, it becomes necessary to use effective mechanisms, e.g. APIs, which allow reading and processing of large documents in appropriated manners. This paper presents a performance study of the main existing Java APIs that deal with XML documents, in order to identify the most suitable one for processing large XML files.

Remoção hierárquica de geometria por oclusão em simulações em tempo real

Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Análise de risco em organizações: caso de estudo

Dissertação Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica no perfil de Manutenção e Produção

Evaluation of solubility and partition properties of ampicillin-based ionic liquids

In order to overcome the problems associated with low water solubility, and consequently low bioavailability of active pharmaceutical ingredients (APIs), herein we explore a modular ionic liquid synthetic strategy for improved APIs. Ionic liquids containing l-ampicillin as active pharmaceutical ingredient anion were prepared using the methodology developed in our previous work, using organic cations selected from substituted ammonium, phosphonium, pyridinium and methylimidazolium salts, with the intent of enhancing the solubility and bioavailability of l-ampicillin forms. In order to evaluate important properties of the synthesized API-ILs, the water solubility at 25 °C and 37 °C (body temperature) as well as octanol–water partition coefficients (Kow's) and HDPC micelles partition at 25 °C were measured. Critical micelle concentrations (CMC's) in water at 25 °C and 37 °C of the pharmaceutical ionic liquids bearing cations with surfactant properties were also determined from ionic conductivity measurements.

Sobrevivência: jogo interactivo para estudo de arquitecturas de agentes autónomos

Trabalho de projeto para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores

GuideMe: service for consulting, publication and recommendation of touristic locations

Trabalho de Projeto realizado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores

Leis de potência em sistemas naturais e artificiais

A Lei de Potência é uma particularidade de um sistema não linear, revelando um sistema complexo próximo da auto-organização. Algumas características de sistemas naturais e artificiais, tais como dimensão populacional das cidades, valor dos rendimentos pessoais, frequência de ocorrência de palavras em textos e magnitude de sismos, seguem distribuições do tipo Lei de Potência. Estas distribuições indicam que pequenas ocorrências são muito comuns e grandes ocorrências são raras, podendo porém verificar-se com razoável probabilidade. A finalidade deste trabalho visa a identificação de fenómenos associados às Leis de Potência. Mostra-se o comportamento típico destes fenómenos, com os dados retirados dos vários casos de estudo e com a ajuda de uma meta-análise. As Leis de Potência em sistemas naturais e artificiais apresentam uma proximidade a um padrão, quando os valores são normalizados (frequências relativas) para dar origem a um meta-gráfico.

Agrupamento de dados visual interactivo

Com a crescente geração, armazenamento e disseminação da informação nos últimos anos, o anterior problema de falta de informação transformou-se num problema de extracção do conhecimento útil a partir da informação disponível. As representações visuais da informação abstracta têm sido utilizadas para auxiliar a interpretação os dados e para revelar padrões de outra forma escondidos. A visualização de informação procura aumentar a cognição humana aproveitando as capacidades visuais humanas, de forma a tornar perceptível a informação abstracta, fornecendo os meios necessários para que um humano possa absorver quantidades crescentes de informação, com as suas capacidades de percepção. O objectivo das técnicas de agrupamento de dados consiste na divisão de um conjunto de dados em vários grupos, em que dados semelhantes são colocados no mesmo grupo e dados dissemelhantes em grupos diferentes. Mais especificamente, o agrupamento de dados com restrições tem o intuito de incorporar conhecimento a priori no processo de agrupamento de dados, com o objectivo de aumentar a qualidade do agrupamento de dados e, simultaneamente, encontrar soluções apropriadas a tarefas e interesses específicos. Nesta dissertação é estudado a abordagem de Agrupamento de Dados Visual Interactivo que permite ao utilizador, através da interacção com uma representação visual da informação, incorporar o seu conhecimento prévio acerca do domínio de dados, de forma a influenciar o agrupamento resultante para satisfazer os seus objectivos. Esta abordagem combina e estende técnicas de visualização interactiva de informação, desenho de grafos de forças direccionadas e agrupamento de dados com restrições. Com o propósito de avaliar o desempenho de diferentes estratégias de interacção com o utilizador, são efectuados estudos comparativos utilizando conjuntos de dados sintéticos e reais.

Análise TG-ROC de testes de imunofluorescência no diagnóstico de leishmaniose visceral canina

OBJETIVO: Analisar a acurácia do diagnóstico de dois protocolos de imunofluorescência indireta para leishmaniose visceral canina. MÉTODOS: Cães provenientes de inquérito soroepidemiológico realizado em área endêmica nos municípios de Araçatuba e de Andradina, na região noroeste do estado de São Paulo, em 2003, e área não endêmica da região metropolitana de São Paulo, foram utilizados para avaliar comparativamente dois protocolos da reação de imunofluorescência indireta (RIFI) para leishmaniose: um utilizando antígeno heterólogo Leishmania major (RIFI-BM) e outro utilizando antígeno homólogo Leishmania chagasi (RIFI-CH). Para estimar acurácia utilizou-se a análise two-graph receiver operating characteristic (TG-ROC). A análise TG-ROC comparou as leituras da diluição 1:20 do antígeno homólogo (RIFI-CH), consideradas como teste referência, com as diluições da RIFI-BM (antígeno heterólogo). RESULTADOS: A diluição 1:20 do teste RIFI-CH apresentou o melhor coeficiente de contingência (0,755) e a maior força de associação entre as duas variáveis estudadas (qui-quadrado=124,3), sendo considerada a diluição-referência do teste nas comparações com as diferentes diluições do teste RIFI-BM. Os melhores resultados do RIFI-BM foram obtidos na diluição 1:40, com melhor coeficiente de contingência (0,680) e maior força de associação (qui-quadrado=80,8). Com a mudança do ponto de corte sugerido nesta análise para a diluição 1:40 da RIFI-BM, o valor do parâmetro especificidade aumentou de 57,5% para 97,7%, embora a diluição 1:80 tivesse apresentado a melhor estimativa para sensibilidade (80,2%) com o novo ponto de corte. CONCLUSÕES: A análise TG-ROC pode fornecer importantes informações sobre os testes de diagnósticos, além de apresentar sugestões sobre pontos de cortes que podem melhorar as estimativas de sensibilidade e especificidade do teste, e avaliá-los a luz do melhor custo-benefício.

Conectividade estrutural do cérebro: diferenças entre um cérebro normal e um cérebro com patologia

Perceber a rede estrutural formada pelos neurónios no cérebro a nível da macro escala é um desafio atual na área das neurociências. Neste estudo analisou-se a conectividade estrutural do cérebro em 22 indivíduos saudáveis e em dois doentes com epilepsia pós-traumática. Avaliaram-se as diferenças entre estes dois grupos. Também se pesquisaram diferenças a nível do género e idade no grupo de indivíduos saudáveis e os que têm valores médios mais elevados nas métricas de caracterização da rede. Para tal, desenvolveu-se um protocolo de análise recorrendo a diversos softwares especializados e usaram-se métricas da Teoria dos Grafos para a caracterização da conectividade estrutural entre 118 regiões encefálicas distintas. Dentro do grupo dos indivíduos saudáveis concluiu-se que os homens, no geral, são os que têm média mais alta para as métricas de caracterização da rede estrutural. Contudo, não se observaram diferenças significativas em relação ao género nas métricas de caracterização global do cérebro. Relativamente à idade, esta correlaciona-se negativamente, no geral, com as métricas de caracterização da rede estrutural. As regiões onde se observaram as diferenças mais importantes entre indivíduos saudáveis e doentes são: o sulco rolândico, o hipocampo, o pré-cuneus, o tálamo e o cerebelo bilateralmente. Estas diferenças são consistentes com as imagens radiológicas dos doentes e com a literatura estudada sobre a epilepsia pós-traumática. Preveem-se desenvolvimentos para o estudo da conectividade estrutural do cérebro humano, uma vez que a sua potencialidade pode ser combinada com outros métodos de modo a caracterizar as alterações dos circuitos cerebrais.

Arrow plot and CA maps on microarray preprocessing methods

Microarray allow to monitoring simultaneously thousands of genes, where the abundance of the transcripts under a same experimental condition at the same time can be quantified. Among various available array technologies, double channel cDNA microarray experiments have arisen in numerous technical protocols associated to genomic studies, which is the focus of this work. Microarray experiments involve many steps and each one can affect the quality of raw data. Background correction and normalization are preprocessing techniques to clean and correct the raw data when undesirable fluctuations arise from technical factors. Several recent studies showed that there is no preprocessing strategy that outperforms others in all circumstances and thus it seems difficult to provide general recommendations. In this work, it is proposed to use exploratory techniques to visualize the effects of preprocessing methods on statistical analysis of cancer two-channel microarray data sets, where the cancer types (classes) are known. For selecting differential expressed genes the arrow plot was used and the graph of profiles resultant from the correspondence analysis for visualizing the results. It was used 6 background methods and 6 normalization methods, performing 36 pre-processing methods and it was analyzed in a published cDNA microarray database (Liver) available at http://genome-www5.stanford.edu/ which microarrays were already classified by cancer type. All statistical analyses were performed using the R statistical software.

Síntese e caracterização de redes metalo-orgânicas de fármacos

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Química e Biológica

e-Recruitment: descrição e inferência sobre oferta e procura

Trabalho de Projeto para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores