Detection of metabolite induction in fungal co-cultures on solid media by high-throughput differential ultra-high pressure liquid chromatography-time-of-flight mass spectrometry fingerprinting.

Access to new biological sources is a key element of natural product research. A particularly large number of biologically active molecules have been found to originate from microorganisms. Very recently, the use of fungal co-culture to activate the silent genes involved in metabolite biosynthesis was found to be a successful method for the induction of new compounds. However, the detection and identification of the induced metabolites in the confrontation zone where fungi interact remain very challenging. To tackle this issue, a high-throughput UHPLC-TOF-MS-based metabolomic approach has been developed for the screening of fungal co-cultures in solid media at the petri dish level. The metabolites that were overexpressed because of fungal interactions were highlighted by comparing the LC-MS data obtained from the co-cultures and their corresponding mono-cultures. This comparison was achieved by subjecting automatically generated peak lists to statistical treatments. This strategy has been applied to more than 600 co-culture experiments that mainly involved fungal strains from the Fusarium genera, although experiments were also completed with a selection of several other filamentous fungi. This strategy was found to provide satisfactory repeatability and was used to detect the biomarkers of fungal induction in a large panel of filamentous fungi. This study demonstrates that co-culture results in consistent induction of potentially new metabolites.

Electronic Reference Library Phase I Report, 1999

This report describes the first phase in a project to develop an electronic reference library (ERL) to help Iowa transportation officials efficiently access information in critical and heavily used documents. These documents include Standard Specifications for Bridge and Highway Construction (hereinafter called Standard Specifications), design manuals, standard drawings, the Construction Manual, and Material Instruction Memoranda (hereinafter called Material IMs). Additional items that could be included to enhance the ERL include phone books, letting dates, Internet links, computer programs distributed by the Iowa Department of Transportation (DOT), and local specifications, such as the Urban Standard Specifications of Public Improvements. All cross-references should be hyper linked, and a search engine should be provided. Revisions noted in the General Supplemental Specifications (hereinafter called the Supplemental Specifications) should be incorporated into the text of the Standard Specifications. The Standard Specifications should refer to related sections of other documents, and there should be reciprocal hyper links in those other documents. These features would speed research on critical issues and save staff time. A master plan and a pilot version were both developed in this first phase of the ERL.

On-line desorption of dried blood spots coupled to hydrophilic interaction/reversed-phase LC/MS/MS system for the simultaneous analysis of drugs and their polar metabolites.

An assay for the simultaneous analysis of pharmaceutical compounds and their metabolites from micro-whole blood samples (i.e. 5 microL) was developed using an on-line dried blood spot (on-line DBS) device coupled with hydrophilic interaction/reversed-phase (HILIC/RP) LC/MS/MS. Filter paper is directly integrated to the LC device using a homemade inox desorption cell. Without any sample pretreatment, analytes are desorbed from the paper towards an automated system of valves linking a zwitterionic-HILIC column to an RP C18 column. In the same run, the polar fraction is separated by the zwitterionic-HILIC column while the non-polar fraction is eluted on the RP C18. Both fractions are detected by IT-MS operating in full scan mode for the survey scan and in product ion mode for the dependant scan using an ESI source. The procedure was evaluated by the simultaneous qualitative analysis of four probes and their relative phase I and II metabolites spiked in whole blood. In addition, the method was successfully applied to the in vivo monitoring of buprenorphine metabolism after the administration of an intraperitoneal injection of 30 mg/kg on adult female Wistar rat.

siRNA-Mediated Knock-Down of P-Glycoprotein Expression Reveals Distinct Cellular Disposition of Anticancer Tyrosine Kinases Inhibitors.

Studies on the cellular disposition of targeted anticancer tyrosine kinases inhibitors (TKIs) have mostly focused on imatinib while the functional importance of P-glycoprotein (Pgp) the gene product of MDR1 remains controversial for more recent TKIs. By using RNA interference-mediated knockdown of MDR1, we have investigated and compared the specific functional consequence of Pgp on the cellular disposition of the major clinically in use TKIs imatinib, dasatinib, nilotinib, sunitinib and sorafenib. siRNA-mediated knockdown in K562/Dox cell lines provides a unique opportunity to dissect the specific contribution of Pgp to TKIs intracellular disposition. In these conditions, abrogating specifically Pgp-mediated efflux in vitro revealed the remarkable and statistically significant cellular accumulation of imatinib (difference in cellular levels between Pgp-expressing and silenced cells, at high and low incubation concentration, respectively: 6.1 and 6.6), dasatinib (4.9 and 5.6), sunitinib (3.7 and 7.3) and sorafenib (1.2 and 1.4), confirming that these TKIs are all substrates of Pgp. By contrast, no statistically significant difference in cellular disposition of nilotinib was observed as a result of MDR1 expression silencing (differences: 1.1 and 1.5) indicating that differential expression and/or function of Pgp is unlikely to affect nilotinib cellular disposition. This study enables for the first time a direct estimation of the specific contribution of one transporter among the various efflux and influx carriers involved in the cellular trafficking of these major TKIs in vitro. Knowledge on the distinct functional consequence of Pgp expression for these various TKIs cellular distribution is necessary to better appreciate the efficacy, toxicity, and potential drug-drug interactions of TKIs with other classes of therapeutic agents, at the systemic, tissular and cellular levels.

Exploratory survey about dietary supplement use: a hazardous and erratic way to improve one's health?

INTRODUCTION: Dietary supplement (DS) use increased rapidly in recent years. However, evidence of benefits of many DSs for healthy users is scarce and may not equate with known risks of overdose, drug interaction and recently discovered negative long-term effects. This exploratory study aimed to investigate the perceptions and motivations of DS users in Lausanne, Switzerland. METHOD: A convenience sample (n = 147) was recruited at the entrances of local sales points. Data were collected in on-site semistructured interviews that assessed dietary supplementation habits. RESULTS: The majority of DSs were all-in-one products, containing a mixture of minerals and vitamins, or products containing only minerals. Among the 147 users, 72 (49%) used one all-in-one product and 3 (2%) used two all-in-one products. Thirty-one (21%) consumers did not know for at least one product what the purpose of their DS use was. Seventy-five percent of participants thought that DS use presents no risk or nearly no risk. Only 49% of participants stated that their physicians were informed about their consumption. Although men searched more often for potential risks (p <0.001), they turned less frequently to health professionals to get this information (p = 0.007). DISCUSSION: As in other surveys performed elsewhere, our study shows that, in Lausanne (Switzerland), DSs are commonly used as mixed products. Risk perception seems generally low among DS users. Physicians should be trained to evaluate patients' perceived needs and DS consumption in order to provide good evidence-based information or to propose alternatives to DS use.

Length variation in HIV-1 gp120 as the product of DNA misalignment mechanism

Background: To determine whether misalignment structures such as duplications, repeats, and palindromes are associated to insertions/deletions (indels) in gp120, indicating that indels are indeed frameshift mutations generated by DNA misalignment mechanism. Methods: Cloning and sequencing of a fragment of HIV-1 gp120 spanning C2-C4 derived from plasma RNA in 12 patients with early chronic disease and naïve to antiretroviral therapy. Results: Indels in V4 involved always insertion and deletion of duplicated nucleotide segments, and AAT repeats, and were associated to the presence of palindromic sequences. No duplications were detected in V3 and C3. Palindromic sequences occurred with similar frequencies in V3, C3 and V4; the frequency of palindromes in individual genes was found to be significantly higher in structural (gp120, p ≤ 3.00E-7) and significantly lower in regulatory (Tat, p ≤ 9.00E-7) genes, as compared to the average frequency calculated over the full genome. Discussion: Indels in V4 are associated to misalignment structures (i.e. duplications repeat and palindromes) indicating DNA misalignment as the mechanism underlying length variation in V4. The finding that indels in V4 are caused by DNA misalignment has some very important implications: 1) indels in V4 are likely to occur in proviral DNA (and not in RNA), after integration of HIV into the host genome; 2) they are likely to occur as progressive modifications of the early founder virus during chronic infection, as more and more cells get infected; 3) frameshift mutations involving any number of base pairs are likely to occur evenly across gp120; however, only those mutants carrying a functional gp120 (indels as multiples of three base pairs) will be able to perpetuate the virus cycle and to keep spreading through the population.

Electronic control device exposure: a review of morbidity and mortality.

The use of electronic control devices has expanded worldwide during the last few years, the most widely used model being the Taser. However, the scientific knowledge about electronic control devices remains limited. We reviewed the medical literature to examine the potential implications of electronic devices in terms of morbidity and mortality, and to identify and evaluate all the existing experimental human studies. A single exposure of an electronic control device on healthy individuals can be assumed to be generally safe, according to 23 prospective human experimental studies and numerous volunteer exposures. In case series, however, electronic control devices could have deleterious effects when used in the field, in particular if persons receive multiple exposures, are intoxicated, show signs of "excited delirium," or present with medical comorbidities. As the use of electronic control devices continues to increase, the controversy about its safety, notably in potentially high-risk individuals, is still a matter of debate. The complications of electronic control device exposure are numerous but often recognizable, usually resulting from barbed dart injuries or from falls. Persons exposed to electronic control devices should therefore be fully examined, and traumatic lesions must be ruled out.

Product Perfect Codes and Steganography

A new coding technique to be used in steganography is evaluated. The performanceof this new technique is computed and comparisons with the well-known theoreticalupper bound, Hamming upper bound and basic LSB are established.

Patient hand hygiene compliance in the hemodialysis environment

Hand hygiene compliance of patients receiving hemodialysis treatment is a contemporary discussion topic among health care professionals in the Nephrology Clinic of Helsinki University City Hospital. The purpose of the Final Thesis is to review patient hand hygiene in terms of risks its lack entails and based on the evidence based findings to design an end product as a poster. The poster can be utilised in the Nephrology Clinic's nursing environment to educate and motivate patients to pay specifid attention to the importance of hand hygiene. The method used was a systematic literature review. The most important evidence based findings were extracted from the chosen thirteen scientific articles. All articles were searched from the Cumulative Index to Nursing and Allied Health Literature electronic database. The gathered information was then used to build the content of a patient education tool that for this project was defined as a Poster. The findings in this study showed that transmission of bloodborne infections, like Hepatitis B or C virus can occur through a vascular access and that the consequences of this can be very fatal. Additionally, environmental surfaces such as furniture, door knobs and dialysis machine control knobs were all possible infection sources for the patient receiving hemodialysis treatment. Adherence to good hand hygiene behaviour lowered the risk for infections. The end product of this study is a poster that is targeted to patients undergoing hemodialysis treatment. Using a health promotion agenda in the Poster, it is hoped that patients will pay more attention to the importance of hand hygiene and that they will be more motivated to use aseptic methods such as alcohol based hand rubs in the hemodialysis setting.

Product costing in SAP environment

Kustannuslaskennan ala on muuttumassa. IT teknologian hämmästyttävän nopea kehitys viime vuosina on luonut kustannuslaskennalle uusia mahdollisuuksia. Toisaalta myös kustannuslaskennalle asetetut vaatimukset ovat muuttuneet. Nykyisin kustannustietoutta tarvitaan erityisesti päätöksenteon tueksi. Kaikesta huolimatta yleisesti käytetyt laskentamenetelmät eivät ole muuttuneet. Työn tavoite on tutkia mahdollisia tapoja tuotekohtaisen kustannuslaskennan toteuttamiseksi SAP toiminnanohjausjärjestelmän avulla. Erityisesti toiminnanohjausjärjestelmien nopea kehitys on mahdollistanut aikaisempaa nopeamman ja tarkemman kustannuslaskennan. On kuitenkin muistettava, että järjestelmät ovat vaintyökaluja. On siis erittäin tärkeää valita tarkoituksenmukainen laskentamenetelmä. Työn perimmäinen tarkoitus onkin valita kyseessä olevaan tilanteeseen sopivin menetelmä.Viime vuosien akateemisessa kirjoittelussa on esitelty useita uusia kustannuslaskentamenetelmiä. Toimintolaskennan uusi versio, Time-Driven Activity-Based Costing, on eräs varteenotettava vaihtoehto tuotekohtaisen kustannuslaskennan toteuttamiseksi SAP-ympäristössä. Toinen hyvin soveltuva menetelmä on Resource Consumption Accounting (RCA), joka soveltuu erityisen hyvin SAP-ympäristöön.Molemmilla menetelmillä on hyvät ja huonot puolet, mutta tässä tapauksessa RCA soveltuu tehtävään paremmin. RCA on joustava ja tarjoaa laaja-alaista tietoa. Tästä syystä Resource Consumption Accounting oli paras vaihtoehto.Työssä rakennettu RCA malli testattiin kolmen erilaisen tuotteen historiallisella datalla. RCA:ntuomia mahdollisuuksia pohdittiin ja ongelmia selvitettiin. RCA on hyvin saman tyyppinen yrityksessä jo käytettävän laskentamenetelmän kanssa. Implementointi ei siis olisi mahdoton tehtävä. RCA kuitenkin tarjoaa mahdollisuuksia, joita nykyisellä menetelmällä ei voida saavuttaa.

Product Line Profitability- Case Halton Indoors

Diplomityön tavoitteena on rakentaa malli kohdeyrityksen yhden strategisen liiketoimintayksikön tuoteryhmänkohtaisten kannattavuuksien selvittämiseksi yli kokotoimitusketjun. Työssä on keskitytty vain välillisiin kustannuksiin ja välittömien kustannusten osalta on luotettu toiminnanohjausjärjestelmän antamiin tietoihin. Työn lähtökohtana ja teoreettisena viitekehikkona on toimintoperustainen kustannuslaskenta, jonka periaatteita noudattaen kannattavuusmalli rakennettiin. Mallin periaatteet on esitetty työssä mutta sen tuottamia tuloksia ei ole syvemmin analysoitu. Ongelma osoittautui haasteelliseksi ja tulosten verifiointi lähes mahdottomaksi käytettyjen subjektiivisten arvioiden ja ennalta odottamattomien välittömien tuotekustannusten suurten virheiden vuoksi. Työn johtopäätöksissä keskitytään sisäisen laskentatoimen kulttuurin kehittämiseen tuotekustannuslaskennan ja yleisen kustannusvalvonnan näkökulmasta kohdeyrityksessä.

Learning in Product Development Projects - Responding to challenges in global industrial company

Verkostoitunut kansainvälinen tuotekehitys on tärkeä osa menestystä nykypäivän muuttuvassa yritysmaailmassa. Toimintojen tehostamiseksi myös projektitoiminnot on sopeutettava kansainväliseen toimintaympäristöön. Kilpailukyvyn säilyttämiseksi projektitoimintoja on lisäksi jatkuvasti tehostettava. Yhtenäkeinona nähdään projektioppiminen, jota voidaan edistää monin eri tavoin. Tässätyössä keskitytään projektitiedonhallinnan kehittämisen tuomiin oppimismahdollisuuksiin. Kirjallisuudessa kerrotaan, että projektitiedon jakaminen ja sen hyödyntäminen seuraavissa projekteissa on eräs projektioppimisen edellytyksistä. Tämäon otettu keskeiseksi näkökulmaksi tässä tutkimuksessa. Lisäksi tutkimusalueen rajaamiseksi työ tarkastelee erityisesti projektioppimista kansainvälisten tuotekehitysprojektien välillä. Työn tavoitteena on esitellä keskeisiä projektioppimisen haasteita ja etsiä konkreettinen ratkaisu vastaamaan näihin haasteisiin. Tuotekehitystoiminnot ja kansainvälinen hajautettu projektiorganisaatio kohtaavat lisäksi erityisiä haasteita, kuten tiedon hajautuneisuus, projektihenkilöstön vaihtuvuus, tiedon luottamuksellisuus ja maantieteelliset haasteet (esim. aikavyöhykkeet ja toimipisteen sijainti). Nämä erityishaasteet on otettu huomioon ratkaisua etsittäessä. Haasteisiin päädyttiin vastaamaan tietotekniikkapohjaisella ratkaisulla, joka suunniteltiin erityisesti huomioiden esimerkkiorganisaation tarpeet ja haasteet. Työssä tarkastellaan suunnitellun ratkaisun vaikutusta projektioppimiseen ja kuinka se vastaa havaittuihin haasteisiin. Tuloksissa huomattiin, että projektioppimista tapahtui, vaikka oppimista oli vaikea suoranaisesti huomata tutkimusorganisaation jäsenten keskuudessa. Projektioppimista voidaan kuitenkin sanoa tapahtuvan, jos projektitieto on helposti koko projektiryhmän saatavilla ja se on hyvin järjesteltyä. Muun muassa nämä ehdot täyttyivät. Projektioppiminen nähdään yleisesti haastavana kehitysalueena esimerkkiorganisaatiossa. Suuri osa tietämyksestä on niin sanottua hiljaistatietoa, jota on hankala tai mahdoton saattaa kirjalliseen muotoon. Näin olleen tiedon siirtäminen jää suurelta osin henkilökohtaisen vuorovaikutuksen varaan. Siitä huolimatta projektioppimista on mahdollista kehittää erilaisin toimintamallein ja menetelmin. Kehitys vaatii kuitenkin resursseja, pitkäjänteisyyttä ja aikaa. Monet muutokset voivat vaatia myös organisaatiokulttuurin muutoksen ja vaikuttamista organisaation jäseniin. Motivaatio, positiiviset mielikuvat ja selkeät strategiset tavoitteet luovat vakaan pohjan projektioppimisen kehittämiselle.

Factors affecting the adoption of electronic invoicing

Tämän diplomityön tarkoituksena oli selvittää tekijät, jotka vaikuttavat verkkolaskutuksen leviämiseen yrityksissä sekä selvittää verkkolaskutuksen levinneisyys Etelä-Karjalassa. Erityisesti haluttiin selvittää tekijät, jotka hidastavat diffuusiota. Työn teoreettinen osuus esittelee lyhyesti diffuusionkäsitettä; pääpaino on kirjallisuudesta löytyvillä innovaatioiden omaksumiseen vaikuttavilla tekijöillä. Teorian pohjalta muodostettiin 16 hypoteesia, jotka testattiin empiirisessä osassa. Empiirinen aineisto kerättiin eteläkarjalaisilta pk-yrityksiltä postikyselyn avulla. Vastanneet yritykset jaettiin verkkolaskutuksen omaksuneisiin ja ei-omaksuneisiin yrityksiin. Vastanneista yrityksistä 7.5 % käytti verkkolaskutusta. 17.8 % vasta testasi verkkolaskujen lähetystä ja/tai vastaanottamista. Näin ollen 25.3 % yrityksistä oli verkkolaskuominaisuudet tietojärjestelmissään. Suurin osa vastaajista ei ollut tehnyt päätöstä verkkolaskutukseen siirtymisen suhteen. Seitsemän hypoteesia jäi voimaan ja yhdeksän hylättiin.Hypoteesien ulkopuolelta löydettiin lisäksi kaksi tärkeää tekijää, joilla on mahdollisesti vaikutusta verkkolaskutuksen omaksumiseen yrityksissä. Yritykset kokivat, että suurempi painostus yrityksen ulkopuolelta nopeuttaisi penetraatiota, ja toisaalta verkkolaskutusta koskevan informaation määrä on koettu liian alhaiseksi. Työn lopussa esitellään toimenpide-ehdotuksia verkkolaskutuksen leviämisennopeuttamiseksi.

Electronic Business Model for International Software Market

Tämän diplomityön tavoitteena on muodostaa sähköinen liiketoimintamalli kansainvälisen ohjelmistoyrityksen tarpeisiin. Ohjelmiston uusi ominaisuus antaa kolmansille osapuolille mahdollisuuden määritellä itse rakennusmallintamisessa tarvittavia komponentteja, mikä luo mahdollisuuden uuteen liiketoimintaan. Liiketoimintamallien teoria ja asiantuntijoiden haastattelut tulevat osoittamaan, että paras ratkaisu tässä tapauksessa on portaali, joka rakentuu komponenttimarkkinoista, e-kaupasta ja virtuaaliyhteisöstä. Komponenttimarkkinat on jaettu vapaaseen vaihdantaan ja sertifioitujen kehittäjien kaupankäyntiin. Tämä tarjoaa mahdollisuuksia kehittäjille valita sitoutuneisuutensa taso, samoin kuin motivoi heitä osallistumaan. E-kauppa on suunniteltu sovelluksille ja monimutkaisemmille komponenteille. Virtuaaliyhteisön kautta käyttäjät voivat keskustella mielipiteistään ja saada tukea ohjelmiston käyttämiseen sekä komponenttien kehittämiseen.

Exchange of Product-related Data between a Pulp and Paper Machinery Supplier and Its Partners

Kiihtyvä kilpailu yritysten välillä on tuonut yritykset vaikeidenhaasteiden eteen. Tuotteet pitäisi saada markkinoille nopeammin, uusien tuotteiden pitäisi olla parempia kuin vanhojen ja etenkin parempia kuin kilpailijoiden vastaavat tuotteet. Lisäksi tuotteiden suunnittelu-, valmistus- ja muut kustannukset eivät saisi olla suuria. Näiden haasteiden toteuttamisessa yritetään usein käyttää apuna tuotetietoja, niiden hallintaa ja vaihtamista. Andritzin, kuten muidenkin yritysten, on otettava nämä asiat huomioon pärjätäkseen kilpailussa. Tämä työ on tehty Andritzille, joka on maailman johtavia paperin ja sellun valmistukseen tarkoitettujen laitteiden valmistajia ja huoltopalveluiden tarjoajia. Andritz on ottamassa käyttöön ERP-järjestelmän kaikissa toimipisteissään. Sitä halutaan hyödyntää mahdollisimman tehokkaasti, joten myös tuotetiedot halutaan järjestelmään koko elinkaaren ajalta. Osan tuotetiedoista luo Andritzin kumppanit ja alihankkijat, joten myös tietojen vaihto partnereiden välillä halutaan hoitaasiten, että tiedot saadaan suoraan ERP-järjestelmään. Tämän työn tavoitteena onkin löytää ratkaisu, jonka avulla Andritzin ja sen kumppaneiden välinen tietojenvaihto voidaan hoitaa. Tämä diplomityö esittelee tuotetietojen, niiden hallinnan ja vaihtamisen tarkoituksen ja tärkeyden. Työssä esitellään erilaisia ratkaisuvaihtoehtoja tiedonvaihtojärjestelmän toteuttamiseksi. Osa niistä perustuu yleisiin ja toimialakohtaisiin standardeihin. Myös kaksi kaupallista tuotetta esitellään. Tarkasteltavana onseuraavat standardit: PaperIXI, papiNet, X-OSCO, PSK-standardit sekä RosettaNet. Lisäksi työssä tarkastellaan ERP-järjestelmän toimittajan, SAP:in ratkaisuja tietojenvaihtoon. Näistä vaihtoehdoista parhaimpia tarkastellaan vielä yksityiskohtaisemmin ja lopuksi eri ratkaisuja vertaillaan keskenään, jotta löydettäisiin Andritzin tarpeisiin paras vaihtoehto.