Sistema de informação geográfica de meteorologia e oceanografia para apoio operacional

Trabalho de projecto apresentado como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Ciência e Sistemas de Informação Geográfica

Development of procedures for the simulation of atmospheric flows over complex terrain, using OpenFOAM

The main purpose of this work was the development of procedures for the simulation of atmospheric ows over complex terrain, using OpenFOAM. For this aim, tools and procedures were developed apart from this code for the preprocessing and data extraction, which were thereafter applied in the simulation of a real case. For the generation of the computational domain, a systematic method able to translate the terrain elevation model to a native OpenFOAM format (blockMeshDict) was developed. The outcome was a structured mesh, in which the user has the ability to de ne the number of control volumes and its dimensions. With this procedure, the di culties of case set up and the high computation computational e ort reported in literature associated to the use of snappyHexMesh, the OpenFOAM resource explored until then for the accomplishment of this task, were considered to be overwhelmed. Developed procedures for the generation of boundary conditions allowed for the automatic creation of idealized inlet vertical pro les, de nition of wall functions boundary conditions and the calculation of internal eld rst guesses for the iterative solution process, having as input experimental data supplied by the user. The applicability of the generated boundary conditions was limited to the simulation of turbulent, steady-state, incompressible and neutrally strati ed atmospheric ows, always recurring to RaNS (Reynolds-averaged Navier-Stokes) models. For the modelling of terrain roughness, the developed procedure allowed to the user the de nition of idealized conditions, like an uniform aerodynamic roughness length or making its value variable as a function of topography characteristic values, or the using of real site data, and it was complemented by the development of techniques for the visual inspection of generated roughness maps. The absence and the non inclusion of a forest canopy model limited the applicability of this procedure to low aerodynamic roughness lengths. The developed tools and procedures were then applied in the simulation of a neutrally strati ed atmospheric ow over the Askervein hill. In the performed simulations was evaluated the solution sensibility to di erent convection schemes, mesh dimensions, ground roughness and formulations of the k - ε and k - ω models. When compared to experimental data, calculated values showed a good agreement of speed-up in hill top and lee side, with a relative error of less than 10% at a height of 10 m above ground level. Turbulent kinetic energy was considered to be well simulated in the hill windward and hill top, and grossly predicted in the lee side, where a zone of ow separation was also identi ed. Despite the need of more work to evaluate the importance of the downstream recirculation zone in the quality of gathered results, the agreement between the calculated and experimental values and the OpenFOAM sensibility to the tested parameters were considered to be generally in line with the simulations presented in the reviewed bibliographic sources.

Polimorfismos da região da integrase, do gene pol, em doentes infectados por VIH-1

Ciências biomédicas

Obtenção de exoantígenos de Histoplasma capsulatum em meio de neopeptona, glicose, tiamina e asparagina (NGTA)

O presente trabalho teve como objetivo a produção de exoantígenos H e M das amostras 58, B-679, A-811 e O187 de Histoplasma capsulatum, utilizando o meio NGTA (neopeptona, glicose, tiamina e asparagina) em períodos de cultivo de 1, 2 e 3 meses, a 36ºC, sob agitação constante (50 v.p.m.). Os antígenos brutos foram avaliados contra anti-soro e antígeno de Histoplasma capsulatum de referência (Center for Disease Control), 4 soros de pacientes portadores de paracoccidioidomicose, 7 de histoplasmose e soro hiperimune anti-H. capsulatum produzido em coelhos, através da reação de imunodifusão dupla. Verificou-se que, com exceção de B-679 com 1 mês de crescimento, todos os demais exoantígenos apresentaram as frações H e M de precipitação. Os exoantígenos obtidos de A-811 apresentaram só a banda H. Excetuando-se os exoantígenos 58 e B-679 com 1 mês de crescimento, todos os demais exoantígenos reagiram contra soros de pacientes com histoplasmose. Em relação aos soros de pacientes com paracoccidioidomicose, somente os exoantígenos 58 e O187 não apresentaram reação cruzada. Todos os exoantígenos reagiram frente ao soro hiperimune de coelho anti-H. capsulatum. Para obtenção de exoantígenos de H. capsulatum, sugerimos que as amostras sejam cultivadas sob as condições anteriormente descritas, adotando-se o período de 3 meses de crescimento, utilizando-se exoantígenos de referência como controles da reação.

Pesquisa do antígeno circulante de Cryptococcus neoformans em líquido cefalorraqueano pelo teste de coaglutinação

Foram utilizadas 82 LCR de transplantados renais (24 pacientes), 43 LCR de pacientes com críptococose comprovada (controles positivos), 35 LCR de pacientes com outras doenças (histoplasmose, paracoccidioidomicose e infecções bacterianas) como controles negativos. Os primeiros foram cultivados em ágar Sabouraud com sementes de girassol e juntamente com os demais examinado pelo teste de látex para pesquisa de antígeno circulante de C. neoformans, qualitativamente. O teste de Coaglutinação foi realizado qualitativamente e quantitativamente, encontrando-se títulos até a diluição 1:2048. Não foram detectadas reações falso-positivas ou falso-negativas entre os controles. Como prova de valor diagnóstico demonstrou: sensibilidade - 92,1%; especificidade - 92,6% e eficiência - 92,3%. Provou também ser um teste rápido, exato e econômico, embora sua escolha dependa do pré-tratamento de LCR (80ºC por 3 a 5 minutos) e soros (diluição ou álcali-precipitação) para evitar autoaglutinação e aumentar a sensibilidade da reação.

Dissociação directa e estatística de iões negativos por colisão átomo-molécula

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Física, na especialidade de Física Atómica e Molecular pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Roedores silvestres como modelos experimentais da esquistossomose mansônica: Akodon arviculoides (Rodentia: Cricetidae)

A infecção experimental do A. arviculoides através de diferentes vias de penetração das cercárias de Schistosoma mansoni (transcutânea e subeutânea) foi estudada pela cinética de eliminação de ovos nas fezes, pela recuperação dos vermes adultos (no sistema porta e nos vasos mesentéricos) e pelo oograma quantitativo. Demonstrou-se que a infecção do A. arviculoides assemelha-se à dos camundongos albinos que serviram de controle, quanto a eficácia das vias de penetração, ao habitat dos vermes adultos e ao oograma. Esses resultados sugerem que se avaliem outros aspectos da relação parasito-hospedeiro para que o A. arviculoides possa ser indicado como modelo experimental alternativo, nos estudos sobre a esquistossomose.

Paracoccidioidomicose entre o grupo indígena Suruí de Rondônia, Amazônia, Brasil: registro de caso

Os Autores apresentam um caso de paracoccidioidomicose em indígena da tribo Suruí, Estado de Rondônia. Trata-se de paciente adulto, sexo masculino, tendo sido o diagnóstico confirmado com base em exame micológico, sorológico e radiográfico. Foi insitituída terapêutica com a associação sulfametoxazol 800 mg + trimetoprima 160 mg a cada 12 horas. A avaliação do paciente realizada seis meses após o início do tratamento revelou melhora no estado geral, regressão do quadro radiológico, negativação da prova de precipitação em tubo capilar e positivação da intradermorcação com paracoccidioidina. Os Autores também revêem os casos de paracoccidioidomicose descritos na região, em particular no que ser refere ao grupo indígena Suruí.

Dispositivos moleculares com base em sistemas fotocrómicos

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Química,especialidade de Química-Física, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Efeito de flutuações de composição química nas transformações dos aços: aplicação a um aço-ferramenta DIN X 38 CrMoV 51

Dissertação apresentada para obtenção do grau de Doutor em Ciência dos Materiais, especialidade de Metalurgia, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Obtenção e avaliação de antígenos de Aspergillus fumigatus

Antígenos de três amostras de A. fumigatus (354, 356, JIG) e antissoro contra a mistura destes antígenos foram produzidos e avaliados imunoquimicamente. Os antígenos de filtrado de cultura foram obtidos após concentração com acetona conforme adaptação da técnica descrita por Coleman & Kaufman. Em prova de ID obteve-se 100% de positividade com os soros de pacientes com aspergilose estudados. Com relação aos soros heterólogos encontramos reatividade com soro de um paciente com candidíase e com soro de um paciente com histoplasmose; foi encontrado padrão idêntico de resposta quando se utilizou o antígeno de referência. O antissoro foi titulado por ID, CIE e RFC MI contra o antígeno específico apresentando títulos respectivos de 1:32, 1:32 e 1:128, e utilizado para reagir contra o mesmo antígeno por IEF, demonstrando 8 linhas de precipitação, sendo 5 na região anódica e 3 na região catódica. O perfil de bandeamento do antígeno em eletroforese utilizando gel de poliacrilamida (SDS-PAGE) a 12,5% apresentou-se complexo com 26 sub-unidades protéicas, cujos pesos moleculares variaram de 18 a > 100kDa. Quando estes componentes foram eletrotransferidos e reagidos com o antissoro específico ("immunoblotting"), verificou-se imunogenicidade em todas as frações bandeadas.

Desenvolvimento de métodos de análise físico-química em águas usando um analisador multiparamétrico AQUAKEM

Trabalho Final de mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Química e Biológica

Novos instrumentos de gestão para a profissionalização da administração pública : a avaliação de desempenho

Comunicação apresentada no XIII Congreso Internacional del CLAD sobre la Reforma del Estado y de la Administración Pública, em Buenos Aires, Argentina, de 4 a 7 de Novembro de 2008.

Caracterização preliminar da bioenergética do efluxo pelo sistema AcrAB-TolC em Escherichia coli

A resistência aos antibióticos em bactérias Gram-negativas pode ser aumentada pela extrusão de antibióticos através de sistemas de efluxo. Em Escherichia coli, o principal sistema de efluxo é o AcrAB-TolC o qual tem como principal fonte energética a força proto-motriz. Este trabalho pretendeu estudar alguns aspectos essenciais da bioenergética na actividade de efluxo de E. coli usando três estirpes bem caracterizadas genotipica e fenotipicamente. Foi utilizado um método fluorimétrico semi-automático no qual a fluorescência do fluorocromo brometo de etídeo, substrato de bombas de efluxo foi seguida, permitindo a medição em tempo real da actividade de efluxo e acumulação de fluorocromo (inibição do efluxo). A utilização de brometo de etídeo é particularmente vantajosa pois emite baixa fluorescência no exterior da célula bacteriana tornando-se extremamente fluorescente no seu interior. Este método é uma nova aplicação do termociclador em tempo real RotorGeneTM 3000 que permite o cálculo da cinética de transporte reflectindo o balanço entre acumulação de substrato por difusão passiva através da membrana e a sua extrusão/efluxo, proporcionando uma detecção rápida e económica de inibidores de efluxo. Os resultados obtidos mostram, para todas as estirpes, que a GLU e o pH afectam a acumulação e o efluxo do brometo de etídeo. De todos os inibidores de vias biossintéticas testados, o ortovanadato de sódio, foi o que demonstrou maior actividade inibitória, a qual é revertida na presença de GLU. Em conclusão, este estudo mostra que a actividade de efluxo de E. coli depende não só da fosforilação oxidativa por via da força proto-motriz mas também da energia proveniente da hidrólise de ATP pelas ATPases. O ortovanadato de sódio tem potencial para ser um novo inibidor de bombas de efluxo de largo espectro. A tecnologia utilizada neste trabalho demonstrou ser apropriada para a caracterização bioenergética da actividade de bombas de efluxo e permite a selecção de novos inibidores de bombas de efluxo em bactérias.

O citocromo b5 no complexo enzimático do citocromo P450

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina