bHLH class transcription factors take centre stage in phytochrome signalling.

The phytochrome family of photoreceptors (there are five phytochromes in Arabidopsis, named phyA to phyE) maximally absorbs red and far-red light and plays important functions throughout the life cycle of plants. Several recent studies have shown that multiple related bHLH (basic helix-loop-helix) class transcription factors play key roles in phytochrome signal transduction. Somewhat surprisingly these transcription factors primarily act as negative regulators of phytochrome signalling. Moreover, in some cases, the phytochromes inhibit those negative regulators.

Dynamic impacts of the inhibition of the molecular chaperone hsp90 on the T-cell proteome have implications for anti-cancer therapy.

The molecular chaperone Hsp90-dependent proteome represents a complex protein network of critical biological and medical relevance. Known to associate with proteins with a broad variety of functions termed clients, Hsp90 maintains key essential and oncogenic signalling pathways. Consequently, Hsp90 inhibitors are being tested as anti-cancer drugs. Using an integrated systematic approach to analyse the effects of Hsp90 inhibition in T-cells, we quantified differential changes in the Hsp90-dependent proteome, Hsp90 interactome, and a selection of the transcriptome. Kinetic behaviours in the Hsp90-dependent proteome were assessed using a novel pulse-chase strategy (Fierro-Monti et al., accompanying article), detecting effects on both protein stability and synthesis. Global and specific dynamic impacts, including proteostatic responses, are due to direct inhibition of Hsp90 as well as indirect effects. As a result, a decrease was detected in most proteins that changed their levels, including known Hsp90 clients. Most likely, consequences of the role of Hsp90 in gene expression determined a global reduction in net de novo protein synthesis. This decrease appeared to be greater in magnitude than a concomitantly observed global increase in protein decay rates. Several novel putative Hsp90 clients were validated, and interestingly, protein families with critical functions, particularly the Hsp90 family and cofactors themselves as well as protein kinases, displayed strongly increased decay rates due to Hsp90 inhibitor treatment. Remarkably, an upsurge in survival pathways, involving molecular chaperones and several oncoproteins, and decreased levels of some tumour suppressors, have implications for anti-cancer therapy with Hsp90 inhibitors. The diversity of global effects may represent a paradigm of mechanisms that are operating to shield cells from proteotoxic stress, by promoting pro-survival and anti-proliferative functions. Data are available via ProteomeXchange with identifier PXD000537.

Dissecting the role of low-complexity regions in the evolution of vertebrate proteins

Low-complexity regions (LCRs) in proteins are tracts that are highly enriched in one or a few aminoacids. Given their high abundance, and their capacity to expand in relatively short periods of time through replication slippage, they can greatly contribute to increase protein sequence space and generate novel protein functions. However, little is known about the global impact of LCRs on protein evolution. We have traced back the evolutionary history of 2,802 LCRs from a large set of homologous protein families from H.sapiens, M.musculus, G.gallus, D.rerio and C.intestinalis. Transcriptional factors and other regulatory functions are overrepresented in proteins containing LCRs. We have found that the gain of novel LCRs is frequently associated with repeat expansion whereas the loss of LCRs is more often due to accumulation of amino acid substitutions as opposed to deletions. This dichotomy results in net protein sequence gain over time. We have detected a significant increase in the rate of accumulation of novel LCRs in the ancestral Amniota and mammalian branches, and a reduction in the chicken branch. Alanine and/or glycine-rich LCRs are overrepresented in recently emerged LCR sets from all branches, suggesting that their expansion is better tolerated than for other LCR types. LCRs enriched in positively charged amino acids show the contrary pattern, indicating an important effect of purifying selection in their maintenance. We have performed the first large-scale study on the evolutionary dynamics of LCRs in protein families. The study has shown that the composition of an LCR is an important determinant of its evolutionary pattern.

Katko vai eiku? : Itsekorjauksen aloitustavat ja vuorovaikutustehtävät

E. Summary: Cut-off, the particle eiku and other particles for initiating self-repair, and the interactional functions of self-repair

General electromagnetic simulation tool to predict the microwave nonlinear response of planar, arbitrarily-shaped HTS structures

This work describes a simulation tool being developed at UPC to predict the microwave nonlinear behavior of planar superconducting structures with very few restrictions on the geometry of the planar layout. The software is intended to be applicable to most structures used in planar HTS circuits, including line, patch, and quasi-lumped microstrip resonators. The tool combines Method of Moments (MoM) algorithms for general electromagnetic simulation with Harmonic Balance algorithms to take into account the nonlinearities in the HTS material. The Method of Moments code is based on discretization of the Electric Field Integral Equation in Rao, Wilton and Glisson Basis Functions. The multilayer dyadic Green's function is used with Sommerfeld integral formulation. The Harmonic Balance algorithm has been adapted to this application where the nonlinearity is distributed and where compatibility with the MoM algorithm is required. Tests of the algorithm in TM010 disk resonators agree with closed-form equations for both the fundamental and third-order intermodulation currents. Simulations of hairpin resonators show good qualitative agreement with previously published results, but it is found that a finer meshing would be necessary to get correct quantitative results. Possible improvements are suggested.

The evolution ofRussian power industry from monopoly to market operation

ei

The cell cycle–regulated genes of schizosaccharomyces pombe

Many genes are regulated as an innate part of the eukaryotic cell cycle, and a complex transcriptional network helps enable the cyclic behavior of dividing cells. This transcriptional network has been studied in Saccharomyces cerevisiae (budding yeast) and elsewhere. To provide more perspective on these regulatory mechanisms, we have used microarrays to measure gene expression through the cell cycle of Schizosaccharomyces pombe (fission yeast). The 750 genes with the most significant oscillations were identified and analyzed. There were two broad waves of cell cycle transcription, one in early/mid G2 phase, and the other near the G2/M transition. The early/mid G2 wave included many genes involved in ribosome biogenesis, possibly explaining the cell cycle oscillation in protein synthesis in S.pombe. The G2/M wave included at least three distinctly regulated clusters of genes: one large cluster including mitosis, mitotic exit, and cell separation functions, one small cluster dedicated to DNA replication, and another small cluster dedicated to cytokinesis and division. S. pombe cell cycle genes have relatively long, complex promoters containing groups of multiple DNA sequence motifs, often of two, three, or more different kinds. Many of the genes, transcription factors, and regulatory mechanisms are conserved between S. pombe and S. cerevisiae. Finally, we found preliminary evidence for a nearly genome-wide oscillation in gene expression: 2,000 or more genes undergo slight oscillations in expression as a function of the cell cycle, although whether this is adaptive, or incidental to other events in the cell, such as chromatin condensation, we do not know.

Des faux documents d'identité au renseignement forensique : développement d'une approche systématique et transversale du traitement de la donnée forensique à des fins de renseignement criminel

La fabrication, la distribution et l'usage de fausses pièces d'identité constituent une menace pour la sécurité autant publique que privée. Ces faux documents représentent en effet un catalyseur pour une multitude de formes de criminalité, des plus anodines aux formes les plus graves et organisées. La dimension, la complexité, la faible visibilité, ainsi que les caractères répétitif et évolutif de la fraude aux documents d'identité appellent des réponses nouvelles qui vont au-delà d'une approche traditionnelle au cas par cas ou de la stratégie du tout technologique dont la perspective historique révèle l'échec. Ces nouvelles réponses passent par un renforcement de la capacité de comprendre les problèmes criminels que posent la fraude aux documents d'identité et les phénomènes qui l'animent. Cette compréhension est tout bonnement nécessaire pour permettre d'imaginer, d'évaluer et de décider les solutions et mesures les plus appropriées. Elle requière de développer les capacités d'analyse et la fonction de renseignement criminel qui fondent en particulier les modèles d'action de sécurité les plus récents, tels que l'intelligence-led policing ou le problem-oriented policing par exemple. Dans ce contexte, le travail doctoral adopte une position originale en postulant que les fausses pièces d'identité se conçoivent utilement comme la trace matérielle ou le vestige résultant de l'activité de fabrication ou d'altération d'un document d'identité menée par les faussaires. Sur la base de ce postulat fondamental, il est avancé que l'exploitation scientifique, méthodique et systématique de ces traces au travers d'un processus de renseignement forensique permet de générer des connaissances phénoménologiques sur les formes de criminalité qui fabriquent, diffusent ou utilisent les fausses pièces d'identité, connaissances qui s'intègrent et se mettent avantageusement au service du renseignement criminel. A l'appui de l'épreuve de cette thèse de départ et de l'étude plus générale du renseignement forensique, le travail doctoral propose des définitions et des modèles. Il décrit des nouvelles méthodes de profilage et initie la constitution d'un catalogue de formes d'analyses. Il recourt également à des expérimentations et des études de cas. Les résultats obtenus démontrent que le traitement systématique de la donnée forensique apporte une contribution utile et pertinente pour le renseignement criminel stratégique, opérationnel et tactique, ou encore la criminologie. Combiné aux informations disponibles par ailleurs, le renseignement forensique produit est susceptible de soutenir l'action de sécurité dans ses dimensions répressive, proactive, préventive et de contrôle. En particulier, les méthodes de profilage des fausses pièces d'identité proposées permettent de révéler des tendances au travers de jeux de données étendus, d'analyser des modus operandi ou d'inférer une communauté ou différence de source. Ces méthodes appuient des moyens de détection et de suivi des séries, des problèmes et des phénomènes criminels qui s'intègrent dans le cadre de la veille opérationnelle. Ils permettent de regrouper par problèmes les cas isolés, de mettre en évidence les formes organisées de criminalité qui méritent le plus d'attention, ou de produire des connaissances robustes et inédites qui offrent une perception plus profonde de la criminalité. Le travail discute également les difficultés associées à la gestion de données et d'informations propres à différents niveaux de généralité, ou les difficultés relatives à l'implémentation du processus de renseignement forensique dans la pratique. Ce travail doctoral porte en premier lieu sur les fausses pièces d'identité et leur traitement par les protagonistes de l'action de sécurité. Au travers d'une démarche inductive, il procède également à une généralisation qui souligne que les observations ci-dessus ne valent pas uniquement pour le traitement systématique des fausses pièces d'identité, mais pour celui de tout type de trace dès lors qu'un profil en est extrait. Il ressort de ces travaux une définition et une compréhension plus transversales de la notion et de la fonction de renseignement forensique. The production, distribution and use of false identity documents constitute a threat to both public and private security. Fraudulent documents are a catalyser for a multitude of crimes, from the most trivial to the most serious and organised forms. The dimension, complexity, low visibility as well as the repetitive and evolving character of the production and use of false identity documents call for new solutions that go beyond the traditional case-by-case approach, or the technology-focused strategy whose failure is revealed by the historic perspective. These new solutions require to strengthen the ability to understand crime phenomena and crime problems posed by false identity documents. Such an understanding is pivotal in order to be able to imagine, evaluate and decide on the most appropriate measures and responses. Therefore, analysis capacities and crime intelligence functions, which found the most recent policing models such as intelligence-led policing or problem-oriented policing for instance, have to be developed. In this context, the doctoral research work adopts an original position by postulating that false identity documents can be usefully perceived as the material remnant resulting from the criminal activity undertook by forgers, namely the manufacture or the modification of identity documents. Based on this fundamental postulate, it is proposed that a scientific, methodical and systematic processing of these traces through a forensic intelligence approach can generate phenomenological knowledge on the forms of crime that produce, distribute and use false identity documents. Such knowledge should integrate and serve advantageously crime intelligence efforts. In support of this original thesis and of a more general study of forensic intelligence, the doctoral work proposes definitions and models. It describes new profiling methods and initiates the construction of a catalogue of analysis forms. It also leverages experimentations and case studies. Results demonstrate that the systematic processing of forensic data usefully and relevantly contributes to strategic, tactical and operational crime intelligence, and also to criminology. Combined with alternative information available, forensic intelligence may support policing in its repressive, proactive, preventive and control activities. In particular, the proposed profiling methods enable to reveal trends among extended datasets, to analyse modus operandi, or to infer that false identity documents have a common or different source. These methods support the detection and follow-up of crime series, crime problems and phenomena and therefore contribute to crime monitoring efforts. They enable to link and regroup by problems cases that were previously viewed as isolated, to highlight organised forms of crime which deserve greatest attention, and to elicit robust and novel knowledge offering a deeper perception of crime. The doctoral research work discusses also difficulties associated with the management of data and information relating to different levels of generality, or difficulties associated with the implementation in practice of the forensic intelligence process. The doctoral work focuses primarily on false identity documents and their treatment by policing stakeholders. However, through an inductive process, it makes a generalisation which underlines that observations do not only apply to false identity documents but to any kind of trace as soon as a profile is extracted. A more transversal definition and understanding of the concept and function of forensic intelligence therefore derives from the doctoral work.

Strategisen hankintatoimminnan kehittäminen

Diplomityö on tehty Uudessakaupungissa sijaitsevalle Segerström & Svensson Oy:lle. Työn päätarkoituksena oli kartoittaa yrityksen hankintatoimen tavoitteet ja muodostaa tämän pohjalta yrityksen hankintatoimintoja ohjaava hankintastrategia. Päämääränä oli kohdistaa yrityksen huomio sille tärkeimpiin hankintojen osa-alueisiin ja kehittää strategia joka ottaa huomioon hankintojen erilaisuuden eri toimittaja- ja tuoteryhmille. Strategian tavoite on kehittää hankintatoimintoja systemaattiseen ja tavoitteelliseen työskentelyyn koko yrityksen kannattavuutta parantaen. Työn aikana yrityksen asiakaskunnassa ja toiminnassa tapahtui suuria muutoksia, jotka piti ottaa huomioon kehitettäessä hankintastrategiaa ja hankintojen eri toimintoja. Strategian kehittäminen alkoi yrityksen nykytilanteen analysoinnilla ja tulevaisuuden tarpeiden määrityksellä. Seuraavaksi analysoitiin hankintatoimintojen nykyinen asema ja sen eri toiminnot. Tämän pohjalta luotiin tarvemääritys tulevalle strategialle ja hankintojen eri toiminnoille. Strategiassa luotiin hankintojen organisoinnille, nimikkeiden ohjaukselle, hankintojen kustannustehokkuudelle ja toimittajayhteistyölle toimittajaryhmittäiset tavoitteet ja työskentelytavat. Hankintatoimelle kehitettiin seurantaperusteet, jonka avulla todennetaan strategiassa asetettujen tavoitteiden toteutuminen. Strategian määrityksen lisäksi uusittiin useita hankintojen toimintoja. Esimerkkeinä tästä uudet tilausmenetelmät ja toimittajaseuranta. Hankintojen jatkokehitystä varten on yrityksessä käynnistetty 'Supply Management' kehitysprojekti.

Ohjelmistotalon toimintaprosessien kehittäminen

Työn tavoitteena oli kehittää MaestroYhtiöiden liiketoimintaprosesseja. Ensin selvitettiin liiketoimintaprosessien nykytila, jonka perusteella kehitettiin, kuvattiin rajapintoineen ja ohjeistettiin uudet liiketoimintaprosessit. Lopuksi määriteltiin muutamia prosessimittareita lähinnä tuotantotiimin käyttöön. Prosessien kehittämisen lisäksi tehtiin toiminnan kehittämissuunnitelma ohjausryhmäksi kutsutun kehittämistiimin toimesta ulkopuolisen konsultin avustamana. Ohjausryhmä määritteli tavoitteita toiminnalle ja konkreettisia keinoja niiden saavuttamiseksi. Tämän jälkeen tehtiin aikataulu tavoitteiden toteuttamiseksi. Tavoitteiden toteutumista seurataan säännöllisesti. Yrityksen kasvaessa on henkilökunnan määrä lisääntynyt nopeasti. Henkilöstömäärän kasvuvauhti on edennyt siinä määrin, että toimintatapoja on kehitettävä ja vakinaistettava, jotta pystytään toimimaan tehokkaasti ja sujuvasti. Taustalla on myös kahden eri toimipisteen erilaiset vaiheet. Savonlinnan toimipisteessä toiminta on jo vakiintunutta, mutta siellä onkin toimittu ohjelmistotuotannon parissa useita vuosia pidempään kuin Lappeenrannassa. Lappeenrannassa puolestaan tuotanto aloitettiin noin puolet pienemmällä miehityksellä kuin mitä se nykyään on ja toiminta hakee vielä muotoaan. Tarvetta toimintojen yhtenäistämiseen ja kehittämiseen eri tiimeissä ja toimipisteissä on, sillä yhteiset toimintatavat parantavat työn laatua ja tehokkuutta. Tuloksena työstä syntyi uudet prosessit kaikille tiimeille. Uudet rajapintoineen kuvatut prosessit on myös ohjeistettuna. Uusitut prosessit ovat seuraavassa vaiheessa saatava käyttöön. Prosessien käyttöönotto on tiiminvetäjien vastuulla. Myös prosessimittareiden käyttö ja seuraaminen on tiiminvetäjien vastuulla. Ohjausryhmän toiminnasta syntyi lista tavoitteita ja aikataulu tavoitteiden saavuttamiseksi. Tämän työn aikana päästiin ensimmäiseen aikataulun mukaiseen etappiin ja tavoitteet olivat toteutuneet melko hyvin. Tämä ohjausryhmän toiminta jatkuu tulevaisuudessakin tavoitteiden seurannan muodossa. Mahdollisesti ohjausryhmä voi myös luoda uusia tavoitteita samalla tavalla ja seurata niiden toteutumista.

Architecture for a Session Initiation Protocol Based Presence Client

Mitä on läsnäolo? Tämä työ määrittelee läsnäolon tietyn henkilön, laitteen tai palvelun halukkuudeksi kommunikoida. Nykyään on olemassa lukuisia läsnäolotietoa levittäviä sovelluksia, joista jokainen käyttää erilaista protokollaa tehtävän suorittamiseen. Vasta viime aikoina sovellusten kehittäjät ovat huomanneet tarpeen yhdelle sovellukselle, joka kykenee tukemaan lukuisia läsnäoloprotokollia. Session Initiation Protocol (SIP) voi levittää läsnäolotietoa muiden ominaisuuksiensa lisäksi. Kun muita protokollia käytetään vain reaaliaikaiseen viestintään ja läsnäolotiedon lähetykseen, SIP pystyy moniin muihinkin asioihin. Se on alunperin suunniteltu aloittamaan, muuttamaan ja lopettamaan osapuolien välisiä multimediaistuntoja. Arkkitehtuurin toteutus käyttää kahta Symbian –käyttöjärjestelmän perusominaisuutta: asiakas-palvelin rakennetta ja kontaktitietokantaa. Asiakaspalvelin rakenne erottaa asiakkaan protokollasta tarjoten perustan laajennettavalle usean protokollan arkkitehtuurille ja kontaktitietokanta toimii läsnäolotietojen varastona. Työn tuloksena on Symbianin käyttöjärjestelmässä toimiva läsnäoloasiakas.

LAAJENNUS- JA KORVAUSINVESTOINTIEN JÄLKI TARKKAILU PÄÄOMAVALTAISESSA TEOLLISUUDESSA

Työn tavoitteena on selvittää pääomavaltaisen teollisuudenalan yritysten käyttämiä investointien suunnittelu- ja jälkitarkkailumenetelmiä. Työn keskeisintä aluetta ovat operatiiviset tuottavuusinvestoinnit, kuten laajennus- ja korvausinvestoinnit. Tutkimuksen teoriaosassa käsitellään investointiprosessia ja siihen kiinteästi liittyviä käsitteitä ja toimintoja. Myös käytetyimpien investointilaskentamenetelmien laskentakaavat esitetään. Muita työssä käsiteltäviä aiheita ovat mm. laskentakorkokannan määrittäminen, riskin huomioiminen investointihankkeissa ja reaalioption käsite. Työssä keskitytään eri laskentamenetelmien tulosten antaman informaation tulkintaan. Työssä selvitetään mm. pääoman tuottoasteen (ROI), hyötykustannussuhteen, nykyarvomenetelmän (NPV) ja sisäisen koron menetelmän (IRR) tulosten tulkitsemista. Työssä selvitetään myös käsitteet: taloudellinen lisäarvo (EVA) ja jäännöskate (RI). Työssä tutkitaan investointiprosessia investoinnin jälkitarkkailun kannalta, eli miten mahdollistetaan luotettava ja systemaattinen investoinnin jälkitarkkailu. Myös jälkitarkkailulla saavutettavan tiedon hyödyntämiseen otetaan kantaa. Yhden haasteen työhön asettaa tutkittavan teollisuudenalan konsernien suuri koko. Investointilaskentamenetelmiä on osattava käyttää monipuolisesti. Investointien jälkitarkkailu on huomioitava jo suunnitteluvaiheessa. Yleisesti ottaen yritysten tulisi lisätä nykyarvomenetelmän käyttöä. Jälkitarkkailussa havaittuihin poikkeamiin täytyy reagoida mahdollisimman aikaisessa vaiheessa. Suunnittelun ja jälkitarkkailun apuna voidaan käyttää asiantuntijoista koottua arviointiryhmää. Suuren konsernin on tärkeää kiinnittää huomiota investointien suunnittelu- ja jälkitarkkailutoimintojen yhtenäistämiseen eri tuotantoyksikköjen sisällä. Työn ensisijainen kohdeyritys, UPM-Kymmene Oyj, on yksi maailman suurimmista metsäteollisuusyrityksistä. Tutkimuksen empiirisen osan teossa oli mukana UPM-Kymmenen lisäksi kolme muuta suurta suomalaista pääomavaltaisella teollisuudenalalla toimivaa yritystä: M-Real, Outokumpu ja Stora Enso. Tutkimukseen osallistuneiden yritysten investointiprosessin läpivientiin liittyviä ajatuksia ja toimintamalleja selvitettiin haastattelemalla investointisuunnittelun parissa toimivia henkilöitä.

Toiminnanohjausjärjestelmän kehityssuunnat projektipohjaisessa yrityksessä

The master’s thesis focuses on the ERP system of a project company that delivers large-scale industrial plants from a purchasing point of view. The point of time is couple of years after implementation. Opinion of the people working in purchasing is that the ERP system isn’t performing satisfyingly. The first objective for the thesis is to find out the causes of the problems based on theory. It’s possible the system may not be suitable for project business or there may be deficiencies in the system that cause the problems. The second objective for the thesis is to propose solutions to the observed problems based on theory and vision how the system should function. The outcome of the thesis was that the main causes for the problems were connected to the ways of using the system and engineering activities being left outside the scope of ERP. The processes connected to the ERP system are not documented, so the rules for using the system are missing. The thesis describes developing and influences to the organization of a function that enables uploading purchase requisitions to projects from a text file. It was discovered that the function solves many problems and enables other functions that enhance further ambitions to integrate even more of the company’s processes to the ERP system. Conclusion to the thesis is a vision how the system should function and development activities needed to achieve this vision.

A multistep process of cancer associated fibroblasts determination under CSL-p53 control

Stromal fibroblast senescence has been linked to the aging-associated increase of tumors. However, in epithelial cancer, density and proliferation of cancer associated fibroblasts (CAF) are frequently increased, rather than decreased. We previously showed that genetic deletion or down-modulation of the canonical Notch effector CSL/RBP-JK in dermal fibroblasts is sufficient for CAF activation with consequent development of keratinocyte-derived tumors. We show here that CSL silencing induces senescence of primary fibroblasts from dermis, oral mucosa, breast and lung. CSL functions in these cells as direct repressor of multiple senescence- and CAF-effector genes. It also physically interacts with p53, repressing its activity. CSL is down-modulated in stromal fibroblasts of premalignant skin actinic keratosis lesions and squamous cell carcinomas (SCC), while p53 gene expression and function is down-modulated only in the latter, with paracrine influences of incipient cancer cells as a likely culprit. Concomitant loss of CSL and p53 overcomes fibroblast senescence, enhances CAF effector gene expression and promotes stromal and cancer cell expansion. The findings support a CAF activation/stromal co-evolution model under convergent CSL/p53 control of likely clinical relevance.