A single amino acid substitution in the mRNA capping enzyme λ2 of a mammalian orthoreovirus mutant increases interferon sensitivity.

In the last few years, the development of a plasmid-based reverse genetics system for mammalian reovirus has allowed the production and characterization of mutant viruses. This could be especially significant in the optimization of reovirus strains for virotherapeutic applications, either as gene vectors or oncolytic viruses. The genome of a mutant virus exhibiting increased sensitivity to interferon was completely sequenced and compared with its parental virus. Viruses corresponding to either the parental or mutant viruses were then rescued by reverse genetics and shown to exhibit the expected phenotypes. Systematic rescue of different viruses harboring either of the four parental genes in a mutant virus backbone, or reciprocally, indicated that a single amino acid substitution in one of λ2 methyltransferase domains is the major determinant of the difference in interferon sensitivity between these two viruses.

Further characterization and determination of the single amino acid change in the tsI138 reovirus thermosensitive mutant

Many temperature-sensitive mutants have been isolated in early studies of mammalian reovirus. However, the bio- logical properties and nature of the genetic alterations remain incompletely explored for most of these mutants. The mutation harbored by the tsI138 mutant was already assigned to the L3 gene encoding the l1 protein. In the present study, this mu- tant was further studied as a possible tool to establish the role of the putative l1 enzymatic activities in viral multiplication. It was observed that synthesis of viral proteins is only marginally reduced, while it was difficult to recover viral particles at the nonpermissive temperature. A single nucleotide substitution resulting in an amino acid change was found; the position of this amino acid is consistent with a probable defect in assembly of the inner capsid at the nonpermissive temperature.

Rêves et émotions chez des sujets souffrant du trouble comportemental en sommeil paradoxal

Le trouble comportemental en sommeil paradoxal (TCSP) est caractérisé par des rêves intenses et une perte de l’atonie musculaire normalement présente au cours du sommeil paradoxal qui permet l’apparition de comportements oniriques isomorphiques au contenu des rêves. Quelques chercheurs ont étudié le contenu des rêves des patients atteints du TCSP, plusieurs ont trouvé une plus grande présence de thèmes menaçants et agressifs, d’autres ont obtenu des résultats plus mitigés. Ces études comportent des failles méthodologiques importantes, comme l’absence d’un groupe contrôle ou l’inclusion de patients consommant une médication psychoactive. La présence de rêves à caractère dysphorique a été associée, dans d’autres populations, à une psychopathologie marquée et à des difficultés émotionnelles, et cette association, quoiqu’inexplorée pourrait aussi être présente chez patients ayant un TCSP. La raison pour laquelle ces patients font des rêves plus dysphoriques est encore largement inconnue, de même qu’une partie des mécanismes qui génèrent les comportements oniriques. Le but du premier article de cette thèse était de mesurer l’alexithymie et la détresse des cauchemars chez les patients atteints du TCSP par rapport à des contrôles. Les résultats indiquent que les patients souffrent davantage d’alexithymie, et particulièrement d’une difficulté à identifier leurs émotions et qu’elle corrélait avec la détresse due aux cauchemars. Le second article estimait, à l'aide d'un questionnaire validé, la présence de rêves, la diversité des thèmes des rêves chez les patients et examinait leurs thèmes au cours de leur vie. Les patients rapportaient beaucoup plus de cauchemars et plus de thèmes à caractère menaçant, comme des agressions, des catastrophes, et des rêves où le rêveur a peu de contrôle. Le troisième article avait pour objectif de clarifier les écarts dans les résultats des études sur les rêves des patients, c'est-à-dire déterminer si l'agressivité rapportée par ces patients est vraiment une différence au niveau du contenu des rêves, ou s'il s'agit plutôt d'un problème dû à la détresse liée aux rêves. Un second objectif était de mesurer le degré de corrélation entre les comportements à l’éveil, comme les comportements miroirs, et les comportements oniriques chez les patients. L’article démontre que les patients ressentaient une plus grande détresse à l'éveil en lien avec leurs expériences oniriques et que leurs rêves étaient plus dysphoriques et contenaient plus d'anxiété. De plus, leurs résultats au questionnaire de comportements miroirs corrélaient avec la sévérité de leurs comportements oniriques, ce qui suggère que le système de neurones miroirs pourrait avoir une influence sur les manifestations de ces comportements chez les patients. Globalement, ces résultats suggèrent que des difficultés au niveau de la régulation émotionnelle pourraient expliquer à la fois les symptômes émotionnels à l’éveil et les difficultés nocturnes des patients. Nous suggérons qu'un déficit au niveau des régions régulatrices frontales pourrait être à la base des différentes difficultés éprouvées par les patients. De plus, il est possible que des anomalies au niveau du système de neurones miroirs aient à la fois un impact sur la capacité des patients à réguler leurs émotions, mais aussi sur les manifestations de comportements oniriques.

Transient high level mammalian reovirus replication in a bat epithelial cell line occurs without cytopathic effect

Mammalian reoviruses exhibit a large host range and infected cells are generally killed; however, most studies examined only a few cell types and host species, and are probably not representative of all possible interactions between virus and host cell. Many questions thus remain concerning the nature of cellular factors that affect viral replication and cell death. In the present work, it was observed that replication of the classical mammalian reovirus serotype 3 Dearing in a bat epithelial cell line, Tb1.Lu, does not result in cell lysis and is rapidly reduced to very low levels. Prior uncoating of virions by chymotrypsin treatment, to generate infectious subviral particles, increased the initial level of infection but without any significant effect on further viral replication or cell survival. Infected cells remain resistant to virus reinfection and secrete an antiviral factor, most likely interferon, that is protective against the unrelated encephalomyocarditis virus. Although, the transformed status of a cell is believed to promote reovirus replication and viral “oncolysis”, resistant Tb1.Lu cells exhibit a classical phenotype of transformed cells by forming colonies in semisolid soft agar medium. Further transduction of Tb.Lu cells with a constitutively-active Ras oncogene does not seem cell growth or reovirus effect on these cells. Infected Tb1.Lu cells can produce low-level of infectious virus for a long time without any apparent effect, although these cells are resistant to reinfection. The results suggest that Tb1.Lu cells can mount an unusual antiviral response. Specific properties of bat cells may thus be in part responsible for the ability of the animals to act as reservoirs for viruses in general and for novel reoviruses in particular. Their peculiar resistance to cell lysis also makes Tb1.Lu cells an attractive model to study the cellular and viral factors that determine the ability of reovirus to replicate and destroy infected cells.

Essays in resource economics

Cette thèse comporte trois essais en économie des ressources naturelles. Le Chapitre 2 analyse les effets du stockage d’une ressource naturelle sur le bien-être et sur le stock de celle-ci, dans le contexte de la rizipisciculture. La rizipisciculture consiste à élever des poissons dans une rizière en même temps que la culture du riz. Je développe un modèle d’équilibre général, qui contient trois composantes principales : une ressource renouvelable à accès libre, deux secteurs de production et le stockage du bien produit à partir de la ressource. Les consommateurs stockent la ressource lorsqu’ils spéculent que le prix de cette ressource sera plus élevé dans le futur. Le stockage a un effet ambigu sur le bien-être, négatif sur le stock de ressource au moment où le stockage a lieu et positive sur le stock de ressource dans le futur. Le Chapitre 3 étudie les effects de la migration de travailleurs qualifiés dans un modèle de commerce international lorsqu’il y a présence de pollution. Je développe un modèle de commerce à deux secteurs dans lequel j’introduis les questions de pollution et de migration dans l’objectif de montrer que le commerce interrégional peut affecter le niveau de pollution dans un pays composé de régions qui ont des structures industrielles différentes. La mobilité des travailleurs amplifie les effets du commerce sur le capital environnemental. Le capital environnemental de la région qui a la technologie la moins (plus) polluante est positivement (négativement) affecté par le commerce. De plus, je montre que le commerce interrégional est toujours bénéfique pour la région avec la technologie la moins polluante, ce qui n’est pas toujours le cas pour la région qui a la technologie la plus polluante. Finalement, le Chapitre 4 est coécrit avec Yves Richelle. Dans ce chapitre, nous étudions l’allocation efficace de l’eau d’un lac entre différents utilisateurs. Nous considérons dans le modèle deux types d’irréversibilités : l’irréversibilité d’un investissement qui crée un dommage à l’écosystème et l’irréversibilité dans l’allocation des droits d’usage de l’eau qui provient de la loi sur l’eau (irréversibilité légale). Nous déterminons d’abord la valeur de l’eau pour chacun des utilisateurs. Par la suite, nous caractérisons l’allocation optimale de l’eau entre les utilisateurs. Nous montrons que l’irréversibilité légale entraîne qu’il est parfois optimal de réduire la quantité d’eau allouée à la firme, même s’il n’y a pas de rivalité d’usage. De plus, nous montrons qu’il n’est pas toujours optimal de prévenir le dommage créé par un investissement. Dans l’ensemble, nous prouvons que les irréversibilités entraînent que l’égalité de la valeur entre les utilisateurs ne tient plus à l’allocation optimale. Nous montrons que lorsqu’il n’y a pas de rivalité d’usage, l’eau non utilisée ne doit pas être considérée comme une ressource sans limite qui doit être utilisée de n’importe quelle façon.

De l'engagement communautaire à la défense du territoire : les voix politiques des femmes innues face à l'exploitation minière

Le point de départ de cette étude est un sujet d’actualité qui fait l’objet de controverses au Québec depuis 2011 : le Plan Nord, un projet de développement économique visant la mise en valeur et l’exploitation des ressources naturelles au nord du Québec. En particulier, cette étude s’intéresse à la résistance des innu ishkueu (femmes innues) à ce projet, plus précisément dans un contexte d’exploitation minière. L’angle choisi est celui du parcours d’engagement des actrices participant à ces mouvements de résistance. L’analyse proposée s’appuie sur une enquête de terrain de trois mois, réalisée au sein des communautés de Uashat mak Mani- Utenam et Matimekush-Lac John, au cours de laquelle des entretiens semi-dirigés furent réalisés. Conjuguant les théories féministes autochtones, la notion de résistance au quotidien et l’étude des carrières militantes, cette recherche a pour objectif de démystifier certaines dimensions des voix politiques féminines innues dans la défense du territoire. Dans un premier temps, elle présente une perspective ethnohistorique de la résistance des femmes innues face à l’exploitation minière. Le but est de contribuer aux initiatives offrant une alternative à la version dominante de l’histoire minière du Québec (blanche, masculine), qui a doublement occulté les savoirs situés des femmes autochtones. Dans un second temps, elle s’attarde aux parcours d’engagement des femmes rencontrées et à leur engagement communautaire. Ceci nous a amené à examiner dans quelle mesure les modes d’action locale des femmes innues au sein de leur communauté se transfèrent dans la défense du territoire. Enfin, elle s’intéresse à la construction des subjectivités politiques des innu ishkueu en s’appuyant sur des repères théoriques situant la politique de résistance des femmes autochtones.

Amino acid substitutions in σ1 and μ1 outer capsid proteins are selected during mammalian reovirus adaptation to Vero cells

Establishment of viral persistence in cell culture has previously led to the selection of mammalian reovirus mutants, although very few of those have been characterized in details. In the present study, reovirus was adapted to Vero cells that, in contrast to classically-used L929 cells, are inefficient in supporting the early steps of reovirus uncoating and are also unable to produce interferon as an antiviral response once infection occurs. The Vero cell-adapted reovirus exhibits amino acids substitutions in both the σ1 and μ1 proteins. This contrasts with uncoating mutants from persistently-infected L929 cells, and various other cell types, that generally harbor amino acids substitutions in the σ3 outer capsid protein. The Vero cell-adapted virus remained sensitive to an inhibitor of lysosomal proteases; furthermore, in the absence of selective pressure for its maintenance, t he virus has partially lost its ability to resist interferon. The positions of the amino acids substitutions on the known protein structures suggest an effect on binding of the viral σ1 protein to the cell surface and on μ1 disassembly from the outer capsid.

Addition of exogenous polypeptides on the mammalian reovirus outer capsid using reverse genetics

Addition of exogenous peptide sequences on viral capsids is a powerful approach to study the process of viral infection or to retarget viruses toward defined cell types. Until recently, it was not possible to manipulate the genome of mammalian reovirus and this was an obstacle to the addition of exogenous sequence tags onto the capsid of a replicating virus. This obstacle has now been overcome by the advent of the plasmid-based reverse genetics system. In the present study, reverse genetics was used to introduce different exogenous peptides, up to 40 amino acids long, at the carboxyl-terminal end of the σ1 outer capsid protein. The tagged viruses obtained were infectious, produce plaques of similar size, and could be easily propagated at hight titers. However, attempts to introduce a 750 nucleotides-long sequence failed, even when it was added after the stop codon, suggesting a possible size limitation at the nucleic acid level.

Amino acids substitutions in σ1 and μ1 outer capsid proteins of a Vero cell-adapted mammalian orthoreovirus are required for optimal virus binding and disassembly

In a recent study, the serotype 3 Dearing strain of mammalian orthoreovirus was adapted to Vero cells; cells that exhibit a limited ability to support the early steps of reovirus uncoating and are unable to produce interferon as an antiviral response upon infection. The Vero cell-adapted virus (VeroAV) exhibits amino acids substitutions in both the σ1 and μ1 outer capsid proteins but no changes in the σ3 protein. Accordingly, the virus was shown not to behave as a classical uncoating mutant. In the present study, an increased ability of the virus to bind at the Vero cell surface was observed and is likely associated with an increased ability to bind onto cell-surface sialic acid residues. In addition, the kinetics of μ1 disassembly from the virions appears to be altered. The plasmid-based reverse genetics approach confirmed the importance of σ1 amino acids substitutions in VeroAV's ability to efficiently infect Vero cells, although μ1 co-adaptation appears necessary to optimize viral infection. This approach of combining in vitro selection of reoviruses with reverse genetics to identify pertinent amino acids substitutions appears promising in the context of eventual reovirus modification to increase its potential as an oncolytic virus.

Voyage au pays de la peur : rumeur et récit dans "La Classe de neige" d’Emmanuel Carrère

"La Classe de neige" d’Emmanuel Carrère entretient avec la rumeur des liens que je me propose d’examiner. Ce récit permet en effet de capter la rumeur à l’état latent, dans l’imaginaire du jeune Nicolas marqué par les contes, les catastrophes des actualités télévisées et les récits donnés pour vrais. De ce tissu narratif traversé par des motifs similaires surgit une histoire qui, dès lors que Nicolas la raconte, actualise la rumeur et son mode de propagation constitutif. En même temps, elle exacerbe les pouvoirs de la rumeur, puisqu’elle provoque le dénouement tragique du récit de Carrère. L’histoire qui se propage ainsi est elle-même une rumeur attestée – celle du trafic des organes – dont j’analyse l’émergence, la transformation, la circulation et la dramatisation dans "La Classe de neige" afin d’en ressaisir le régime discursif en lien avec l’intrigue narrative. Ce faisant, ce sont bien les pouvoirs de la rumeur dans la société contemporaine que je vise à souligner.

El Lloc dels riscos naturals als Annales de Géographie (1891-1991)

L'étude des risques naturels est devenu un sujet de débat entre les géographes physiques français, de plus en plus conscients de l'exposition croissante des sociétés aux risques naturels et du besoin d'évaluer leurs compétences et leurs moyens d'intervention. Mais l'étude des risques naturels a aussi été un sujet récurrent dans l'histoire de la géographie française. Cet article prétend être une approche au traitement qu'a reçu ce thème dans les Annales de Géographie depuis sa création jusqu'h aujourd’hui. Après avoir distingué trois étapes (1891-1930, 1930-1975 et 1975-1991) on a établi les rapports existants entre les différents moments de la géographie française et l'étude des risques naturels et on a analysé autant le contenu des notices sur les divers évènements catastrophiques que les travaux des auteurs les plus représentatifs. I1 s'agit, en résumé, de proposer une réflexion sur la façon dont la géographie française a abordé ce sujet

Natural disasters and clientelism: the case of floods and landslides in Colombia

What are the effects of natural disasters on electoral results? Some authors claim that catastrophes have a negative effect on the survival of leaders in a democracy because voters have a propensity to punish politicians for not preventing or poorly handling a crisis. In contrast, this paper finds that these events might be beneficial for leaders. Disasters are linked to leader survival through clientelism: they generate an in-flow of resources in the form of aid, which increase money for buying votes. Analyzing the rainy season of 2010-2011 in Colombia, considered its worst disaster in history, I use a difference-in-differences strategy to show that in the local election incumbent parties benefited from the disaster. The result is robust to different specifications and alternative explanations. Moreover, places receiving more aid and those with judicial evidence of vote-buying irregularities, are more likely to reelect the incumbent, supporting the mechanism proposed by this paper.

Análisis de perdurabilidad de las empresas que se acogieron a la ley 550 de 1999

A finales del Siglo XX, Colombia se encontraba en un escenario bastante complicado en relación con la situación del país en años anteriores. Todo esto, debido a que el país se vio afligido por una serie de situaciones adversas: el desempleo, la violencia y catástrofes naturales, fueron una de las muchas cosas que generaron un grave periodo de recesión en el país. Frente a estos desafortunados acontecimientos, y en búsqueda de propiciar y fortalecer la economía del país, el Gobierno decide en su momento, intervenir en la economía local, principalmente en el Sector Privado, con el fin de normalizar la actividad productiva del país en todos los sectores económico. Para esto, el Gobierno en conjunto con la Superintendencia de Sociedades y teniendo en cuenta la devaluación de la moneda, las altas tasas de interés que existían en ese entonces, y, la disminución de la demanda, deciden desarrollar mecanismos de conciliación tanto para los deudores como para los acreedores con el fin de reactivar la economía y mejorar la situación financiera y contable del sector productivo y de servicios, con el fin de superar la crisis en la que se encontraban sumergidos en ese entonces. La ley 550, constituida en el año 1999 y también conocida como la Ley de Insolvencia Económica, otorgo herramientas para la reestructuración de empresas que decidieron acogerse a dicha ley, a un total de 1.323 empresas que se encontraban en proceso de liquidación. Para poder acceder a este proceso de reestructuración, además de cumplir con ciertos requisitos que se mencionaran posteriormente, las empresas que podían acceder a esta ley, debían encontrarse en mora en el pago de 2 o más obligaciones por un periodo mayor a noventa días, o, se debían encontrar envueltas en por lo menos 2 demandas ejecutivas por mora en el pago de cualquier deuda adquirida en nombre de dichas empresas.

El fenómeno de los refugiados ambientales en Haití y su repercusión en la seguridad regional (2010-2015)

Esta monografía busca analizar cómo el fenómeno de los refugiados ambientales que se generó a partir del terremoto en Haití de 2010, ha influido sobre el complejo de seguridad en la región de el Caribe, desde el 2010 hasta el 2015, teniendo en cuenta la crisis social provocada por el desastre ambiental, ya que en razón de la carencia de estatus legal y de amenazas interdependientes y multidimensionales obligó a los Estados del área a modificar sus políticas de seguridad, mediante la interacción de los países, puesto que se presentaron diferentes cambios en las relaciones del complejo de seguridad, lo cual determino nuevas transformaciones en la securitización de la región. Esta monografía recurrirá a la teoría de Complejos de Seguridad Regional de autores como: Barry Buzan, Ole Waever, Derrick Frazier y Robert Stewart.

Els remences de l'Almoina del Pa de la Seu de Girona (segles XIV i XV)

L'objectiu d'aquesta tesi és estudiar el funcionament real de la servitud catalana medieval. Per això s'estudien els homenatges i els cobraments dels mals usos rebuts i aplicats per l'Almoina del Pa de la Seu de Girona sobre els seus remences al llarg dels segles XIV i XV i, més concretament, entre 1331 i 1458. Aquestes dates han estat determinades per la documentació generada per l'esmentada institució benèfica. El primer llibre de comptes conservat és de l'any 1331. En aquests llibres de comptes els pabordes encarregats de gestionar l'Almoina hi consignaven tots els seus ingressos i totes les despeses. La data final també ha estat fixada per la documentació, perquè a partir d'aquest moment deixem de trobar constància escrita del pagament dels mals usos i de la prestació d'homenatges. La importància dels mals usos, és a dir, aquells pagaments que gravaven als serfs pel fet de ser-ho, a la Catalunya de la baixa edat mitjana és una qüestió fora de discussió. Bona part dels historiadors -Hinojosa, Vicens Vives, Freedman, etc.- atribueixen als mals usos, als homenatges i a la seva continuada exigència els dos alçaments remences contra les senyories feudals a partir de l'any 1462. Segons aquestes hipòtesis, la lluita per suprimir els mals usos i aconseguir la llibertat individual és la raó de les guerres remences de finals del segle XV. Com és sabut van quedar resoltes amb la Sentència Arbitral de Guadalupe, dictada pel rei Ferran II, que va suprimir definitivament la servitud de les terres catalanes. Malgrat la importància que els historiadors han concedit a l'existència dels mals usos i, sobretot, a la manca de llibertat dels remences, no hi ha estudis sistemàtics sobre la seva aplicació a la pràctica. Per això, l'objectiu d'aquesta tesi és estudiar tots els mals usos i tots els homenatges aplicats i rebuts per una sola senyoria -l'Almoina del Pa de la Seu de Girona-, els remences de la qual van participar activament en ambdues guerres i que és representativa, sense cap mena de dubte, del que succeïa en la diòcesi gironina. A més a més, cal assenyalar que l'estudi comprèn un període de temps que inclou circumstàncies tan cabdals com la pesta negra i la resta de catàstrofes del segle XIV i el segle XV fins a la primera guerra remença. Com és sabut, els remences catalans estaven sotmesos a sis mals usos: la redempció de persones (mitjançant la qual aconseguien la seva llibertat), les firmes d'espoli forçades (que havien de pagar quan es casaven en determinades circumstàncies), la intèstia i l'eixòrquia (que gravaven la mort intestada i sense descendents), l'àrsia (que penalitzava la crema accidental del mas o la masada) i la cugúcia (exigida a les dones considerades adúlteres). Els remences confirmaven la seva dependència d'una senyoria en els corresponents homenatges o reconeixements de domini que havien de prestar quan n'eren requerits. Aquesta tesi consta de deu capítols a més d'una introducció (o primer capítol) i d'unes conclusions. El segon capítol és dedicat a la descripció de les fonts utilitzades, entre les que destaquen els llibres de comptes dels pabordes, i on queda prou palesa la importància del fet d'haver pogut disposar d'una excepcional font seriada, a més a més de pergamins. El tercer correspon a l'estudi de la institució tractada, que tenia terres a les actuals comarques del Gironès, La Selva, l'Alt i el Baix Empordà i el Pla de l'Estany. En el quart capítol hi analitzo els problemes generats a l'hora d' intentar conèixer el nombre de persones que eren pròpies de l'Almoina i saber de quins masos provenien. A continuació segueixen els quatre capítols que constitueixen el cos central de la tesi. Al seu torn, la seva anàlisi va ocasionar l'elaboració dels tres darrers. En el capítol cinquè s'estudien tots els homenatges rebuts per l'Almoina entre els anys 1300 i 1457, tant els que figuren en els manuals de comptes com els conservats en pergamí. En total, tenim documentats 1258 dels homenatges o reconeixements de domini rebuts per la institució. El capítol següent és dedicat a l'estudi de les firmes d'espoli forçades i als 424 cobraments fets per l'Almoina per aquest concepte, entre els anys 1331 i 1452. En els capítols setè i vuitè, s'analitzen els mals usos que gravaven les sortides del domini, tant les voluntàries com les involuntàries. El resultat obtingut és que entre 1331 i 1458, la institució va concedir la llibertat a 557 persones bona part de les quals van tornar a adscriure's de nou a una altra senyoria. El nombre d'aquests sortides contrasta amb el cobrament per part de l'Almoina, entre aquestes mateixes dates, de només 105 intèsties i eixòrquies; dit d'una altra manera, fins l'any 1445 va ingressar diners en concepte de 23 intèsties, fins el 1458 per 68 eixòrquies i fins el 1406 per 14 intèsties i/o eixòrquies. Els capítols 9 i 10 tracten del significat i les limitacions que comportaven els mals usos, com a trets definitoris de la pertinença a la servitud, sobre les persones que hi estaven sotmeses. Finalment, el darrer capítol analitza el compliment de la sentència dictada pel rei Alfons el Magnànim l'any 1457 en la que suspenia la servitud al Principat de Catalunya. Queda fora de dubte que pocs anys abans de la primera guerra remença els homenatges i els mals usos havien deixat d'aplicar-se.