Functional studies of the deubiquitinating enzymes USP19, USP4 and UCH-L1

El marcaje de proteínas con ubiquitina, conocido como ubiquitinación, cumple diferentes funciones que incluyen la regulación de varios procesos celulares, tales como: la degradación de proteínas por medio del proteosoma, la reparación del ADN, la señalización mediada por receptores de membrana, y la endocitosis, entre otras (1). Las moléculas de ubiquitina pueden ser removidas de sus sustratos gracias a la acción de un gran grupo de proteasas, llamadas enzimas deubiquitinizantes (DUBs) (2). Las DUBs son esenciales para la manutención de la homeostasis de la ubiquitina y para la regulación del estado de ubiquitinación de diferentes sustratos. El gran número y la diversidad de DUBs descritas refleja tanto su especificidad como su utilización para regular un amplio espectro de sustratos y vías celulares. Aunque muchas DUBs han sido estudiadas a profundidad, actualmente se desconocen los sustratos y las funciones biológicas de la mayoría de ellas. En este trabajo se investigaron las funciones de las DUBs: USP19, USP4 y UCH-L1. Utilizando varias técnicas de biología molecular y celular se encontró que: i) USP19 es regulada por las ubiquitin ligasas SIAH1 y SIAH2 ii) USP19 es importante para regular HIF-1α, un factor de transcripción clave en la respuesta celular a hipoxia, iii) USP4 interactúa con el proteosoma, iv) La quimera mCherry-UCH-L1 reproduce parcialmente los fenotipos que nuestro grupo ha descrito previamente al usar otros constructos de la misma enzima, y v) UCH-L1 promueve la internalización de la bacteria Yersinia pseudotuberculosis.

Is there a common genetic basis for autoimmune diseases?

Autoimmune diseases (ADs) represent a diverse collection of diseases in terms of their demographic profile and primary clinical manifestations. The commonality between them however, is the damage to tissues and organs that arises from the response to self-antigens. The presence of shared pathophysiological mechanisms within ADs has stimulated searches for common genetic roots to these diseases. Two approaches have been undertaken to sustain the “common genetic origin” theory of ADs. Firstly, a clinical genetic analysis showed that autoimmunity aggregates within families of probands diagnosed with primary Sjögren's (pSS) syndrome or type 1 diabetes mellitus (T1D). A literature review supported the establishment of a familiar cluster of ADs depending upon the proband's disease phenotype. Secondly, in a same and well-defined population, a large genetic association study indicated that a number of polymorphic genes (i.e. HLA-DRB1, TNF and PTPN22) influence the susceptibility for acquiring different ADs. Likewise, association and linkage studies in different populations have revealed that several susceptibility loci overlap in ADs, and clinical studies have shown that frequent clustering of several ADs occurs. Thus, the genetic factors for ADs consist of two types: those which are common to many ADs (acting in epistatic pleitropy) and those that are specific to a given disorder. Their identification and functional characterization will allow us to predict their effect as well as to indicate potential new therapeutic interventions. Both autoimmunity family history and the co-occurrence of ADs in affected probands should be considered when performing genetic association and linkage studies.

Diferencias entre la regla de exclusión probatoria nacional y la regla de exclusión del Derecho Internacional Penal: análisis de tres casos de injerencias en comunicaciones privadas.

Teniendo en cuenta tres casos dentro del contexto del conflicto armado donde la jurisdicción penal colombiana estudia la admisión o exclusión de medios probatorios producidos a partir de injerencias de comunicaciones, encontramos que no siempre se aplica la regla de exclusión cuando no cuentan con una orden judicial previa. Ante este problema, buscamos como se ha solucionado, teniendo como referente la el Derecho Internacional Humanitario, el Derecho Internacional de los Derechos Humanos. Lo anterior nos da base para entender la regla de exclusión de que se ha venido desarrollando dentro del Derecho Internacional Penal. Si bien estas reglas nos sirven para solucionar estos tres casos, terminan siendo contradictorios a lo que ha venido desarrollando la Corte Constitucional. De esta manera, si bien esta Corte consideró que la regla de Estatuto de Roma, va en concordancia con la nuestra regla de exclusión nacional, tal afirmación es errónea.

Modelo de gestión del conocimiento para una empresa del sector de insumos químicos para la industria farmacéutica, cosmética y de alimentos: caso Disaromas S.A.

La creación de conocimiento al interior de las organizaciones es visible mediante la dirección adecuada del conocimiento de los individuos, sin embargo, cada individuo debe interactuar de tal manera que forme una red o sistema de conocimiento organizacional que consolide a largo plazo las empresas en el entorno en el que se desenvuelven. Este documento revisa elementos centrales acerca de la gestión de conocimiento visto desde varios autores y perspectivas e identifica puntos clave para diseñar un modelo de gestión de conocimiento para una empresa del sector de insumos químicos para la industria farmacéutica, cosmética y de alimentos de la ciudad de Bogotá.

Factores asociados a recaída en pacientes con cáncer de mama de una institución de Bogotá

Introducción: El cáncer de seno es la primera causa de cáncer entre las mujeres, además es la primera causa de muerte por cáncer entre las hispanas y la segunda entre otras razas, sin contar con el gran impacto social y económico que conlleva esta patología. Esto motiva la realización de estudios propios, que permitan ampliar nuestro conocimiento y aportar a la literatura colombiana, una publicación que refleje los factores asociados a la recaída en el cáncer de mama. Métodos: Estudio observacional analítico retrospectivo de casos y controles en el que se tomaron 267 historias clínicas de pacientes con diagnóstico de cáncer de seno, clasificadas según estadio clínico y expresión molecular del tumor, se analizaron los factores más fuertemente asociados a la recaída. Resultados: La población total consistió en 267 mujeres de las cuales 58 presentaron recaída, con un relación caso – control, 1:3. Al evaluar los grupos se evidencia homogeneidad en cuanto a edad, tipo de neoplasia, paridad e histología con lo que concluimos que estos grupos son comparables. Se presentó una tasa de mortalidad de 13,8 % en las pacientes que presentaron recaída tumoral vs un 0% de mortalidad en aquellas pacientes sin recaída. Adicionalmente se evidencia una relación entre la presencia del receptor HER 2 y recaída tumoral, que aunque no es estadísticamente significativa (p = 0.112) es importante tener en cuenta por su significancia clínica. Por su parte la presencia de receptor de estrógenos y progestágenos no es un predictor de recaída. La realización de cirugía se muestra como un factor de protección (OAR: 0.046 p = 0.008). Finalmente se encontró una asociación estadísticamente significativa como variables de asociación a recaída tumoral: la edad (p=0.009), el estadio clínico en el momento del diagnóstico (p= <0.001) y la clasificación molecular del tumor (p= 0.016). Conclusiones: Se identificaron como factores asociados a recaída tumoral en pacientes con cáncer de mama de una institución de Bogotá, Colombia a: la edad, el estadio clínico en el momento del diagnóstico y la clasificación molecular del tumor, confirmando la agresividad de los tumores triple negativos. Todos los hallazgos son compatibles a lo descrito en la literatura mundial. Esto permite definir la necesidad de generar en nuestro país estrategias de salud pública, que permitan la educación a todos los grupos etarios para el tamizaje en población joven que está siendo afectada, la detección en estadios tempranos del cáncer de mama, asociados a priorización del manejo y mejoras en la ruta de atención de las pacientes que permitan impactar positivamente en el desenlace y calidad de vida de las mujeres con esta patología. Adicionalmente estos resultados impulsan a la continua investigación de nuevas tecnologías y medicamentos que permitan combatir los tumores más agresivos molecularmente hablando.

Factores asociados a mortalidad en pacientes colombianos con enfermedades autoinmunes en la unidad de cuidado intensivo, de un hospital de tercer nivel en Bogotá Colombia

Antecedentes: El interés en las enfermedades autoinmunes (EA) y su desenlace en la unidad de cuidado intensivo (UCI) han incrementado debido al reto clínico que suponen para el diagnóstico y manejo, debido a que la mortalidad en UCI fluctúa entre el 17 – 55 %. El siguiente trabajo representa la experiencia de un año de nuestro grupo en un hospital de tercer nivel. Objetivo: Identificar factores asociados a mortalidad particulares de los pacientes con enfermedades autoinmunes que ingresan a una UCI, de un hospital de tercer nivel en Bogotá, Colombia. Métodos: El uso de análisis de componentes principales basado en el método descriptivo multivariado y análisis de múltiple correspondencia fue realizado para agrupar varias variables relacionadas con asociación significativa y contexto clínico común. Resultados: Cincuenta pacientes adultos con EA con una edad promedio de 46,7 ± 17,55 años fueron evaluados. Los dos diagnósticos más comunes fueron lupus eritematoso sistémico y esclerosis sistémica, con una frecuencia de 45% y 20% de los pacientes respectivamente. La principal causa de admisión en la UCI fue la infección seguido de actividad aguda de la EA, 36% y 24% respectivamente. La mortalidad durante la estancia en UCI fue del 24%. El tiempo de hospitalización antes de la admisión a la UCI, el choque, soporte vasopresor, ventilación mecánica, sepsis abdominal, Glasgow bajo y plasmaféresis fueron factores asociados con mortalidad. Dos fenotipos de variables fueron definidos relacionadas con tiempo en la UCI y medidas de soporte en UCI, las cuales fueron asociadas supervivencia y mortalidad. Conclusiones: La identificación de factores individuales y grupos de factores por medio del análisis de componentes principales permitirá la implementación de medidas terapéutica de manera temprana y agresiva en pacientes con EA en la UCI para evitar desenlaces fatales.

Language teaching : theoretical basis and curricular design.

Este libro intenta ofrecer una panorámica diferente de la enseñanza de idiomas y llenar el vacío con el que con mucha frecuencia se encuentran los opositores al cuerpo de Enseñanza de Escuelas Oficiales de Idiomas y de Secundaria cuando deciden buscar información sobre un amplio temario. Esta obra combina una base teórica, que cubre aspectos sobre las teorías del lenguaje y de la enseñanza, con un diseño curricular práctico. La primera parte consta de cuatro bloques: 1) El proceso de comunicación, funciones del lenguaje y comunicación oral y escrita. 2) Competencia comunicativa y enseñanza comunicativa del inglés. 3) Teorías sobre el aprendizaje y la adquisición de un idioma extranjero, el concepto de interlenguaje y el tratamiento de error. 4) Evolución de la enseñanza de idiomas. La segunda parte trata del diseño curricular: los objetivos principales que se persiguen en la enseñanza de un idioma, los contenidos, la metodología a seguir con los estudiantes y criterios de evaluación. Es un tratado basado en la propia experiencia personal de la autora como profesora de inglés.

Basis set superposition error-counterpoise corrected potential energy surfaces : application to hydrogen peroxide ... X (X=F-, Cl-, Br-, Li+, Na+) complexes

Møller-Plesset (MP2) and Becke-3-Lee-Yang-Parr (B3LYP) calculations have been used to compare the geometrical parameters, hydrogen-bonding properties, vibrational frequencies and relative energies for several X- and X+ hydrogen peroxide complexes. The geometries and interaction energies were corrected for the basis set superposition error (BSSE) in all the complexes (1-5), using the full counterpoise method, yielding small BSSE values for the 6-311 + G(3df,2p) basis set used. The interaction energies calculated ranged from medium to strong hydrogen-bonding systems (1-3) and strong electrostatic interactions (4 and 5). The molecular interactions have been characterized using the atoms in molecules theory (AIM), and by the analysis of the vibrational frequencies. The minima on the BSSE-counterpoise corrected potential-energy surface (PES) have been determined as described by S. Simón, M. Duran, and J. J. Dannenberg, and the results were compared with the uncorrected PES

A chemical Hamiltonian approach study of the basis set superposition error changes on electron densities and one- and two-center energy components

A comparision of the local effects of the basis set superposition error (BSSE) on the electron densities and energy components of three representative H-bonded complexes was carried out. The electron densities were obtained with Hartee-Fock and density functional theory versions of the chemical Hamiltonian approach (CHA) methodology. It was shown that the effects of the BSSE were common for all complexes studied. The electron density difference maps and the chemical energy component analysis (CECA) analysis confirmed that the local effects of the BSSE were different when diffuse functions were present in the calculations

Counterpoise-corrected geometries and harmonic frequencies of N-body clusters: application to (HF)n (n=3,4)

A study was conducted on the methods of basis set superposition error (BSSE)-free geometry optimization and frequency calculations in clusters larger than a dimer. In particular, three different counterpoise schemes were critically examined. It was shown that the counterpoise-corrected supermolecule energy can be easily obtained in all the cases by using the many-body partitioning of energy

Europe's single supervisory mechanism and the long journey towards banking union. Bruegel Policy Contribution 2012/16, 4 October 2012

Problems in the banking system are at the core of the current crisis. The establishment of a banking union is a necessary (though not sufficient) condition for eventual crisis resolution that respects the integrity of the euro. The European Commission’s proposal for the establishment of a Single Supervisory Mechanism and related reform of the European Banking Authority (EBA) do not and cannot create a fully-fledged banking union, but represent a broadly adequate step on the basis of the leaders’ declaration of 29 June 2012 and of the decision to use Article 127(6) of the treaty as legal basis. The proposal rightly endows the European Central Bank (ECB) with broad authority over banks within the supervisory mechanism’s geographical perimeter; however, the status of non-euro area member states willing to participate in this mechanism, and the governance and decision-making processes of the ECB in this respect, call for further elaboration. Further adjustments are also desirable in the proposed reform of the EBA, even though they must probably retain a stopgap character pending the more substantial review planned in 2014.

Sampling uncertainties in surface radiation budget calculations in RADAGAST

In the Radiative Atmospheric Divergence Using ARM Mobile Facility GERB and AMMA Stations (RADAGAST) project we calculate the divergence of radiative flux across the atmosphere by comparing fluxes measured at each end of an atmospheric column above Niamey, in the African Sahel region. The combination of broadband flux measurements from geostationary orbit and the deployment for over 12 months of a comprehensive suite of active and passive instrumentation at the surface eliminates a number of sampling issues that could otherwise affect divergence calculations of this sort. However, one sampling issue that challenges the project is the fact that the surface flux data are essentially measurements made at a point, while the top-of-atmosphere values are taken over a solid angle that corresponds to an area at the surface of some 2500 km2. Variability of cloud cover and aerosol loading in the atmosphere mean that the downwelling fluxes, even when averaged over a day, will not be an exact match to the area-averaged value over that larger area, although we might expect that it is an unbiased estimate thereof. The heterogeneity of the surface, for example, fixed variations in albedo, further means that there is a likely systematic difference in the corresponding upwelling fluxes. In this paper we characterize and quantify this spatial sampling problem. We bound the root-mean-square error in the downwelling fluxes by exploiting a second set of surface flux measurements from a site that was run in parallel with the main deployment. The differences in the two sets of fluxes lead us to an upper bound to the sampling uncertainty, and their correlation leads to another which is probably optimistic as it requires certain other conditions to be met. For the upwelling fluxes we use data products from a number of satellite instruments to characterize the relevant heterogeneities and so estimate the systematic effects that arise from the flux measurements having to be taken at a single point. The sampling uncertainties vary with the season, being higher during the monsoon period. We find that the sampling errors for the daily average flux are small for the shortwave irradiance, generally less than 5 W m−2, under relatively clear skies, but these increase to about 10 W m−2 during the monsoon. For the upwelling fluxes, again taking daily averages, systematic errors are of order 10 W m−2 as a result of albedo variability. The uncertainty on the longwave component of the surface radiation budget is smaller than that on the shortwave component, in all conditions, but a bias of 4 W m−2 is calculated to exist in the surface leaving longwave flux.

An interpretation of baroclinic initial value problems: results for simple basic states with nonzero interior PV gradients

In the Eady model, where the meridional potential vorticity (PV) gradient is zero, perturbation energy growth can be partitioned cleanly into three mechanisms: (i) shear instability, (ii) resonance, and (iii) the Orr mechanism. Shear instability involves two-way interaction between Rossby edge waves on the ground and lid, resonance occurs as interior PV anomalies excite the edge waves, and the Orr mechanism involves only interior PV anomalies. These mechanisms have distinct implications for the structural and temporal linear evolution of perturbations. Here, a new framework is developed in which the same mechanisms can be distinguished for growth on basic states with nonzero interior PV gradients. It is further shown that the evolution from quite general initial conditions can be accurately described (peak error in perturbation total energy typically less than 10%) by a reduced system that involves only three Rossby wave components. Two of these are counterpropagating Rossby waves—that is, generalizations of the Rossby edge waves when the interior PV gradient is nonzero—whereas the other component depends on the structure of the initial condition and its PV is advected passively with the shear flow. In the cases considered, the three-component model outperforms approximate solutions based on truncating a modal or singular vector basis.

Isolating the 'farmer' effect as a component of the advantage of growing genetically modified varieties in developing countries: a Bt cotton case study from Jalgaon, India

The present paper explores the 'farmer' effect in economic advantages often claimed for Bt cotton varieties (those with the endotoxin gene from Bacillus thuringiensis conferring resistance to some insect pests) compared to non-Bt varieties. Critics claim that much of the yield advantage of Bt cotton could be due to the fact that farmers adopting the technology are in a better position to provide inputs and management and so much of any claimed Bt advantage is an artefact rather than reflecting a real advantage of the variety per se. The present paper provides an in-depth analysis of 63 non-adopting and 94 adopting households of Bt cotton in Jalgaon, Maharashtra State, India, spanning the seasons 2002 and 2003. Results suggest that Bt adopters are indeed different from non-adopters in a number of ways. Adopters appear to specialize more on cotton (at least in terms of the land area they devote to the crop), spend more money on irrigation and grow well-performing non-Bt varieties of cotton (Bunny). Taking gross margin as the basis for comparison, Bt plots had 2.5 times the gross margin of non-Bt plots in both seasons. If only adopters are considered then the gross margin advantage of Bt plots reduces to 1.6 times that of non-Bt plots. This is still a significant advantage and could well explain the popularity of Bt in Maharashtra. However, it is clear that great care needs to be taken with such comparative studies.