Argemone mexicana decoction versus artesunate-amodiaquine for the management of malaria in Mali: policy and public-health implications.

A classic way of delaying drug resistance is to use an alternative when possible. We tested the malaria treatment Argemone mexicana decoction (AM), a validated self-prepared traditional medicine made with one widely available plant and safe across wide dose variations. In an attempt to reflect the real situation in the home-based management of malaria in a remote Malian village, 301 patients with presumed uncomplicated malaria (median age 5 years) were randomly assigned to receive AM or artesunate-amodiaquine [artemisinin combination therapy (ACT)] as first-line treatment. Both treatments were well tolerated. Over 28 days, second-line treatment was not required for 89% (95% CI 84.1-93.2) of patients on AM, versus 95% (95% CI 88.8-98.3) on ACT. Deterioration to severe malaria was 1.9% in both groups in children aged </=5 years (there were no cases in patients aged >5 years) and 0% had coma/convulsions. AM, now government-approved in Mali, could be tested as a first-line complement to standard modern drugs in high-transmission areas, in order to reduce the drug pressure for development of resistance to ACT, in the management of malaria. In view of the low rate of severe malaria and good tolerability, AM may also constitute a first-aid treatment when access to other antimalarials is delayed.

Important role of ventromedial hypothalamic carnitine palmitoyltransferase-1a in the control of food intake

Carnitine palmitoyltransferase-1 (CPT-1) liver isoform or CPT-1a is implicated in CNS control of food intake. However, the exact brain nucleus site(s) in mediating this action of CPT-1a has not been identified. In this report, we assess the role of CPT-1a in hypothalamic ventromedial nucleus (VMN). We stereotaxically injected an adenoviral vector containing CPT-1a coding sequence into the VMN of rats to induce overexpression and activation of CPT-1a. The VMN-selective activation of CPT-1a induced orexigenic effect, suggesting CPT-1a in the VMN is involved in the central control of feeding. Intracerebroventricular administration of etomoxir, a CPT-1 inhibitor, decreases food intake. Importantly, in the animals with VMN-overexpression of a CPT-1a mutant that antagonizes the CPT-1 inhibition by etomoxir, the anorectic response to etomoxir was attenuated. This suggests that VMN is involved in mediating the anorectic effect of central inhibition of CPT-1a. In contrast, Arc overexpression of the mutant did not alter etomoxir-induced inhibition of food intake, suggesting that Arc CPT-1a does not play significant roles in this anorectic action. Furthermore, in the VMN, CPT-1a appears to act downstream of hypothalamic malonyl-CoA action of feeding. Finally, we show that in the VMN, CPT-1 activity altered in concert with fasting and refeeding states, supporting a physiological role of CPT-1a in mediating the control of feeding. Taking together, CPT-1a in the hypothalamic VMN appears to play an important role in the central control of food intake. VMN-selective modulation of CPT-1a activity may therefore be a promising strategy in controlling food intake and maintaining normal body weight.

YRITYKSEN VERKOSTOITUMISKYKY, Verkostoitumisen hyöty- ja haittatasapainon arviointi

Useilla toimialoilla kuten infra-alalla verkostoituminen on ollut vieras käsite. Hankintamallit, lainsäädäntö ja alalle ominaiset lyhytkestoiset projektit ovat olleet kumppanuuksien esteenä. Uudet hankintamallit ja toimijoille asetetut roolijakovaatimukset antavat infra-toimialan yrityksille mahdollisuuksia kumpanuuksien rakentamiseen. Tutkimuksen tavoitteena on löytää syitä ja motiiveja jotka johtavat verkostoitumiseen infra-alalla. Tutkimuksessa esitellään verkostoitumisen näkökulmasta käsin infra-alan keskeisen rakennuttaja-organisaation hankintastrategiaa, sekä siitä muodostettua alan arvoketjua. Verkostoituminen on prosessi, jonka aikana arvioidaan yrityksen kykyä toimia kumppanina. Vertikaalisen verkostoitumisen haasteena on yritysten välille syntyvä yhteinen näkemys toimintatavoista, joilla kahdenvälinen markkinaehtoinen liikesuhde voidaan muuttaa kumppanuudeksi. Tavoitteena on oikean tasapainon löytäminen hyötyjen ja haittojen välillä. Tutkimuksessa esitellään niitä hyötyjä ja haittoja, jotka liittyvät yritystenväliseen vertikaalisen verkostoitumiseen. Tutkimuksessa esitellään myös kaksi valmista verkostoitumistyökalua, jotka on tarkoitettu yritysten käyttöön verkostoitumisprosessin tueksi. Työkalut on valittu siten, että niiden käyttäminen on mahdollista ja hyödyllistä heti verkostoitumisprosessin alku- eli rakennusvaiheessa.

Six new loci associated with body mass index highlight a neuronal influence on body weight regulation.

Common variants at only two loci, FTO and MC4R, have been reproducibly associated with body mass index (BMI) in humans. To identify additional loci, we conducted meta-analysis of 15 genome-wide association studies for BMI (n > 32,000) and followed up top signals in 14 additional cohorts (n > 59,000). We strongly confirm FTO and MC4R and identify six additional loci (P < 5 x 10(-8)): TMEM18, KCTD15, GNPDA2, SH2B1, MTCH2 and NEGR1 (where a 45-kb deletion polymorphism is a candidate causal variant). Several of the likely causal genes are highly expressed or known to act in the central nervous system (CNS), emphasizing, as in rare monogenic forms of obesity, the role of the CNS in predisposition to obesity.

Aineettoman pääoman mittaaminen ja tietämyksen hallinnan kehittäminen metsäteollisuusyrityksessä

Tieto on aina ollut yksi yrityksen tärkeimmistä resursseista, mutta vasta nyt siihen on alettu kiinnittää enemmän huomiota. Tiedonjohtaminen ja tietämyksen hallinta ovat haastavia ja osin hankaliakin toimintoja, koska on vaikeaa johtaa sellaista, mitä ei voi kuvata. Tietojohtamista voidaan kuitenkin ajatella prosessina, joka koostuu useammasta alaprosessista, kuten tiedon hankinta, tiedon luominen, tiedon varastointi, tiedon jakaminen ja tiedon soveltaminen. Kun ongelma-alue pilkotaan pienempiin kokonaisuuksiin, on siihen helpompi vaikuttaa. Tässä diplomityössä kehitettiin Stora Enso Publication Papers Oy Ltd Varkauden tehtaalle toimivia työkaluja/-menetelmiä tiedonjohtamisen ja tietämyksen hallinnan tueksi. Työssä luotiin yrityksen tarpeita vastaava mittaristomalli ja keskityttiin siinä erityisesti aineettomaan pääomaan liittyviin mittareihin. Jotta voidaan mitata jotain, on se ensin pystyttävä kuvaamaan. Siksi työssä käsiteltiin myös prosessijohtamista ja analysoitiin hieman yrityksen prosesseja sekä kehitettiin yritykselle uusi "tietojohtaminen" -prosessi. Mittariston ja prosessin luomisen lisäksi työssä esitettiin muutamia toimivia työkaluja/ menetelmiä tiedonjohtamisen ja tietämyksen hallinnan avuksi. Työn teoriaosuudessa tutustuttiin ensin prosessijohtamisen yleisimpiin teorioihin ja tarvittaviin käsitteisiin. Tämän jälkeen luotiin teoriapohja mittariston rakentamiseksi määrittelemällä käsitteet tieto ja aineeton pääoma sekä käsittelemällä muutamia mittaristomalleja, mittariston rakentamista ja aineettoman pääoman mittaamista. Tutkimuksen empiirisessä osassaanalysoitiin yrityksen johtamismalleja sekä määriteltiin prosessijohtamisessa käytetyt termit teorian pohjalta. Pääpaino työssä oli mittariston rakentamisessa ja tiedonjohtamisen sekä tietämyksen hallinnan tehostamisessa. Mittaristomalli luotiin useamman teorian pohjalta painottuen kuitenkinselvästi Balanced Scorecard -menetelmään. Työn tuloksena oli kattava mittaristomalli, aineettoman pääoman mittareita sekä uusia työkaluja/-menetelmiä tiedonjohtamiseen ja tietämyksen hallintaan.

Pienvesivoimalanmallinnus ja jakeluverkkovaikutusten tarkastelu

Tässä työssä simuloitiin Valkealassa sijaitsevaa Tirvan pienvesivoimalaitosta ja sen vaikutusta sähkönjakeluverkkoon. Pienvesivoimalaitos mallinnettiin PSCAD-ympäristöön verkko- ja voimalaitostietojen perusteella. Sähköverkko kuvattiin malliin koko 110 kV:n siirtävän verkon ja Tirvan pienjänniteverkon väliltä. Mallin avulla tehtiin sarja hajautettua sähköntuotantoa koskevia tarkasteluita. Tarkasteluissa huomattiin voimalaitoksen verkkoonliitynnän aiheuttavan standardien ylärajoilla olevan transienttisen muutoksen voimalaitoksen jännitteisiin. Työssä tehtiin yksityiskohtaisempi jännitehäviöiden mittaus voimalaitoksen pullonkaulana toimivalle pienitehoiselle jakelumuuntajalle. Tuotannon lisäämisen yhteydessä näkyvän yllättävän jännitteen laskun syyt paikannettiin muuntajalla tapahtuviin loistehon siirrosta johtuviin ylimääräisiin jännitehäviöihin. Voimalaitoksella ei ole merkittävää vaikutusta vikatilanteiden virtoihin.

Esituotannon aikainen konseptien verifiointi muovituotteen valmistusessa

 Diplomityön tavoitteena on tutkia ja kehittää muovituotteen valmistuskonseptien verifiointimenetelmiä ja luoda malli, jolla saadaan esituotantovaiheestalähtien parannettu tuotantoprosessi massatuotannon aloittamiseen (ramp up). Työn tavoitteena on myös toimia viestintäkeinona lisäämässä organisaation tietoisuutta esituotantovaiheen tärkeydestä. Työ pohjautuu tekijän aikaisempaan tutkimukseen "esituotantoprosessista oppimisen vaikutukset massatuotannon aloitukseen", joka on tehty erikoistyönä v.2006. Tutkimus menetelminä on käytetty pääasiassa prosessien kuvaamista, benchmarkingia, asiantuntijoiden haastatteluja sekä analysoitu toteutuneita projekteja. Lopputuloksena on saatu toimintamalli, joka vastaa hyvin pitkälle prosessien kuvausten aikana syntynyttä mallia. Keskeisenä ajatuksena on valmistuskonseptin verifioinnin kytkeminen tuotteen mekaniikkasuunnittelun kypsyyteen. Koko projektia koskevien tavoitteiden määrittäminen johdetaan ramp up tavoitteista. Verifioitavaksi valitaan kriittisin tuote ja prosessi. Tähän on teoreettisena viitekehyksenä käytetty Quality Function Deployment (QFD) menetelmää. Jatkotoimenpiteiksi esitetään ramp up tavoitteiden ja mittareiden kehittämistä, joilla pystytään seuraamaan ja ohjaamaan projektia jo heti alusta alkaen. Lisätutkimusta tarvitaan myös esituotannon aikaisten prosessiparametrien suunnitteluun ja optimointiin.

On the transcriptional role of NLRC5 and the function of NLRC5-driven MHC class I expression in the immune system

Major histocompatibility complex (MHC) molecules are of crucial importance for the immune system to recognize and defend the body against external attacks. Foreign antigens are presented by specialized cells, called antigen presenting cells, to T lymphocytes in the context of MHC molecules, thereby inducing T cell activation. In addition, MHC molecules are essential for Natural Killer (NK) cell biology, playing a role in NK cell education and activation. Recently, the NOD-like receptor (NLR) family member NLRC5 (NLR caspase recruitment domain containing protein 5) was found to act as transcriptional regulator of MHC class I, in particular in T and NK cells. Its role in MHC class I expression is however minor in dendritic cells (DCs). This raised the question of whether inflammatory conditions, which augment the levels of NLRC5 in DCs, could increase its contribution to MHC class I expression. Our work shows that MHC class I transcript and intracellular levels depend on NLRC5, while its role in MHC class I surface expression is instead negligible. We describe however a general salvage mechanism that enables cells with low intracellular MHC class I levels to nevertheless maintain relatively high MHC class I on the cell surface. In addition, we lack a thorough understanding of NLRC5 target gene specificity and mechanism of action. Our work delineates the unique consensus sequence in MHC class I promoters required for NLRC5 recruitment and pinpoints conserved features conferring its specificity. Furthermore, through genome-wide analyses, we confirm that NLRC5 regulates classical MHC class I genes and identify novel target genes all encoding non-classical MHC class I molecules exerting an array of functions in immunity and tolerance. We finally asked why a dedicated factor co-regulates MHC class I expression specifically in T and NK lymphocytes. We show that deregulated NLRC5 expression affects the education of NK cells and alters the crosstalk between T and NK cells, leading to NK cell-mediated killing of T lymphocytes. Altogether this thesis work brings insights into molecular and physiological aspects of NLRC5 function, which might help understand certain aspects of immune responses and disorders. -- Les molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) sont essentielles au système immunitaire pour l'initiation de la réponse immunitaire. En effet, l'activation des lymphocytes T nécessite la reconnaissance d'un antigène étranger présenté par les cellules présentatrices d'antigènes sur une molécule du CMH. Les molécules du CMH ont également un rôle fondamental pour la fonction des cellules Natural Killer (NK) puisqu'elles sont nécessaires à leur processus d'éducation et d'activation. Récemment, NLRC5 (NLR caspase recruitment domain containing protein 5), un membre de la famille des récepteurs de type NOD (NLRs), a été décrit comme un facteur de transactivation de l'expression des gènes du CMH de classe I. A l'état basai, cette fonction transcriptionnelle est essentielle dans les lymphocytes T et NK, alors que ce rôle reste mineur pour l'expression des molécules du CMH de classe I dans les cellules dendritiques (DCs). Dans des conditions inflammatoires, l'expression de NLRC5 augmente dans les DCs. Notre travail démontre que, dans ces conditions, les transcrits et les niveaux intracellulaires des molécules du CMH de classe I augmentent aussi d'une façon dépendante de NLRC5. A contrario, le rôle de NLRC5 sur les niveaux de molécules de surface reste minoritaire. Cette observation nous a conduits à l'identification d'un mécanisme général de compensation qui permet aux cellules de maintenir des niveaux relativement élevés de molécules de CMH de class I à leur surface malgré de faibles niveaux intracellulaires. De plus, il semblait nécessaire de s'orienter vers une approche plus globale afin de déterminer l'étendue de la fonction transcriptionnelle de NLRC5. Par une approche du génome entier, nous avons pu décrire une séquence consensus conservée présente dans les promoteurs des gènes du CMH de classe I, sur laquelle NLRC5 est spécifiquement recruté. Nous avons pu également identifier de nouveaux gènes cibles codant pour des molécules de CMH de classe I non classiques impliqués dans l'immunité et la tolérance. Finalement, nous nous sommes demandé quel est l'intérêt d'avoir un facteur transcriptionnel, en l'occurrence NLRC5, qui orchestre l'expression du CMH de classe I dans les lymphocytes T et NK. Nous montrons que la dérégulation de l'expression de NLRC5 affecte l'éducation des cellules NK et conduit à la mort cellulaire des lymphocytes T médiée par les cellules NK. Dans l'ensemble ce travail de thèse contribue à la caractérisation du rôle de NLRC5, tant au niveau moléculaire que physiologique, ce qui présente un intérêt dans le cadre de la compréhension de certains aspects physiopathologique de la réponse immunitaire.

In vivo nuclear translocation of mineralocorticoid and glucocorticoid receptors in rat kidney: differential effect of corticosteroids along the distal tubule.

Aldosterone and corticosterone bind to mineralocorticoid (MR) and glucocorticoid receptors (GR), which, upon ligand binding, are thought to translocate to the cell nucleus to act as transcription factors. Mineralocorticoid selectivity is achieved by the 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 (11β-HSD2) that inactivates 11β-hydroxy glucocorticoids. High expression levels of 11β-HSD2 characterize the aldosterone-sensitive distal nephron (ASDN), which comprises the segment-specific cells of late distal convoluted tubule (DCT2), connecting tubule (CNT), and collecting duct (CD). We used MR- and GR-specific antibodies to study localization and regulation of MR and GR in kidneys of rats with altered plasma aldosterone and corticosterone levels. In control rats, MR and GR were found in cell nuclei of thick ascending limb (TAL), DCT, CNT, CD cells, and intercalated cells (IC). GR was also abundant in cell nuclei and the subapical compartment of proximal tubule (PT) cells. Dietary NaCl loading, which lowers plasma aldosterone, caused a selective removal of GR from cell nuclei of 11β-HSD2-positive ASDN. The nuclear localization of MR was unaffected. Adrenalectomy (ADX) resulted in removal of MR and GR from the cell nuclei of all epithelial cells. Aldosterone replacement rapidly relocated the receptors in the cell nuclei. In ASDN cells, low-dose corticosterone replacement caused nuclear localization of MR, but not of GR. The GR was redistributed to the nucleus only in PT, TAL, early DCT, and IC that express no or very little 11β-HSD2. In ASDN cells, nuclear GR localization was only achieved when corticosterone was replaced at high doses. Thus ligand-induced nuclear translocation of MR and GR are part of MR and GR regulation in the kidney and show remarkable segment- and cell type-specific characteristics. Differential regulation of MR and GR may alter the level of heterodimerization of the receptors and hence may contribute to the complexity of corticosteroid effects on ASDN function.

Uudistumista tukeva johtaminen ja organisaation uudistumiskyvyn mittaaminen

Tämän työn tavoitteena on tarkastella sitä mitä tarkoitetaan organisaation uudistumiskyvyllä sekä mikä tämän yhteys on organisaation kilpailuetuun ja suorituskykyyn. Tarkimmin keskitytään siihen, millaista on uudistumista tukeva johtajuus. Samoin kerrotaan lyhyesti millaisin mittarein uudistumiskykyä voidaan mitata. Tutkielman empiirinen osuus keskittyy erään Suomessa toimivan palvelualan yrityksen uudistumiskyvyn mittaamiseen. Erityishuomiossa ovat johtajuus, ajan hyödyntäminen sekä oppiminen. Tutkimus suoritettiin strukturoituna teemahaastatteluina ORCI¿-uudistumiskykymittarin perusteella lokakuussa 2007. Tutkitun organisaation uudistumiskyvystä voidaan sanoa, että se on hyvä. Tutkittujen ORCI¿-uudistumiskykymittariston kriteerien mukaan sekä muiden kirjallisuudessa havaittujen uudistumiskyvyn näkemysten mukaan, tutkittu organisaatio kykenee toimimaan tavalla, jolla sen voidaan katsoa olevan uudistumiskykyinen organisaatio. Ennen kaikkea organisaatio kykenee oppimaan ja kehittämään toimintaansa sekä tekemään havaintoja näistä asioista. Haastatteluiden perusteella tutkitusta organisaatiosta nousi esiin päätöksenteon vapaus ja helppous, luottamus sekä valtuuttaminen. Tämä tutkimus ei tuonut uusia näkökulmia uudistumiskykyyn, mutta empiirinen tutkimus vahvisti niitä aspekteja, joita kirjallisuudessa oltiin jo havaittu.

Osuustoiminnallisen yrityksen yhteiskuntavastuu - esimerkkinä suomalainen metsäteollisuus

Tämä Pro gradu -tutkielma osallistuu osuustoiminta- ja yhteiskuntavastuukeskusteluun yhdistämällä nämä kaksi käsitettä toisiinsa. Tavoitteena on kuvata osuustoiminnallisten arvojen ja periaatteiden heijastumista osuustoimintayritysten yhteiskuntavastuullisuuteen ja erityisesti yhteiskuntavastuusta raportointiin. Tutkimuson laadullinen tutkimus. Empiirinen aineisto koostuu kolmen metsäteollisuusyhtiön, yhden osuuskunnan ja kahden osakeyhtiön, yhteiskuntavastuuraporteista, vuosikertomuksista, Internet-sivuista ja yritysten yhteiskuntavastuuasiantuntijoille tehdyistä haastatteluista. Aineistoa kerättiin syksystä 2006 alkukevääseen 2007 asti. Tutkimustulokset ovat yhdenmukaisia aiemman tutkimuksenkanssa siinä, että osuustoimintayritysten arvot ja periaatteet ohjaavat yhteiskuntavastuulliseen toimintaan. Osuustoimintayritykset toimivat yhteiskuntavastuullisesti, mutta eivät viesti vastuullisuudestaan yhtä aktiivisesti kuin osakeyhtiöt. Maailman nykytilanteessa pehmeämmät arvot ovat alkaneet löytää entistä enemmän jalansijaa, ja vastuullisuus tulee jatkossa varmasti korostumaan liiketoiminnassa entistäkin enemmän. Osuustoimintayritykset voivatkin vastuuviestintää lisäämällä löytää vastuullisuudesta tulevaisuuden menestystekijän.

Control of gene expression in melanocytes and RPE by conserved distal regulatory elements

Résumé Durant le développement embryonnaire, les cellules pigmentaires des mammifères se développent à partir de deux origines différentes : les melanocytes se développent à partir de la crête neurale alors que les cellules de la rétine pigmentaire (RP) ont une origine neuronale. Un grand nombre de gènes sont impliqués dans la pigmentation dont les gènes de la famille tyrosinase à savoir Tyr, Tyrp1 et Dct. Certaines études ont suggéré que les gènes de la pigmentation sont régulés de manière différentielle dans les mélanocytes et dans la RP. Dans ce travail, les gènes de la famille tyrosinase ont été étudiés comme modèle de la régulation des gènes de la pigmentation par des éléments régulateurs agissant à distance. II a été montré que le promoteur du gène Tyrp1pouvait induire l'expression d'un transgène uniquement dans la RP alors que ce gène est aussi exprimé dans les mélanocytes comme le montre le phénotype des souris mutantes pour Tyrp1. Ce résultat suggère que les éléments régulateurs du promoteur sont suffisants pour l'expression dans la RP mais pas pour l'expression dans les mélanocytes. J'ai donc cherché à identifier la séquence qui régule l'expression dans les mélanocytes. Un chromosome artificiel bactérien (CAB) contenant le gène Tyrp1 s'est avéré suffisant pour induire l'expression dans les mélanocytes, comme démontré par la correction du phénotype mutant. La séquence de ce CAB contient plusieurs régions très conservées qui pourraient représenter de nouveaux éléments régulateurs. Par la suite, j'ai focalisé mon analyse sur une séquence située à -I5 kb qui s'est révélée être un amplificateur spécifique aux mélanocytes comme démontré par des expériences de cultures cellulaire et de transgenèse. De plus, une analyse poussée de cet élément a révélé que le facteur de transcription Sox 10 représentait un transactivateur de cet amplificateur. Comme pour Tyrp1, la régulation du gène tyrosinase est contrôlée par différents éléments régulateurs dans les mélanocytes et la RP. Il a été montré que le promoteur de tyrosinase n'était pas suffisant pour une forte expression dans les mélanocytes et la RP. De plus, l'analyse de la région située en amont a révélé la présence d'un amplificateur nécessaire à l'expression dans les mélanocytes à la position -15 kb. Cet amplificateur n'est toutefois pas actif dans la RP mais agit comme un répresseur dans ces cellules. Ces résultats indiquent que certains éléments nécessaires à l'expression dans les deux types de cellules pigmentaires sont absents de ces constructions. Comme pour Tyrp1, j'ai en premier lieu démontré qu'un CAB était capable de corriger le phénotype albinique, puis ai inséré un gène reporter (lacZ) dans le CAB par recombinaison homologue et ai finalement analysé l'expression du reporter en transgenèse. Ces souris ont montré une expression forte du lacZ dans les mélanocytes et la RP, ce qui indique que le CAB contient les séquences régulatrices nécessaires à l'expression correcte de tyrosinase. Afin de localiser plus précisément les éléments régulateurs, j'ai ensuite généré des délétions dans le CAB et analysé l'expression du lacZ en transgenèse. La comparaison de séquences génomiques provenant de différentes espèces a permis par la suite d'identifier des régions représentant de nouveaux éléments régulateurs potentiels. En utilisant cette approche, j'ai identifié une région qui se comporte comme un amplificateur dans la RP et qui est nécessaire à l'expression de tyrosinase dans ce tissu. De plus, j'ai identifié les facteurs de transcription Mitf et Sox10 comme transactivateurs de l'amplificateur spécifique aux mélanocytes situé à -15 kb. L'identification et la caractérisation des ces éléments régulateurs des gènes tyrosinase et Tyrp1confirme donc que la régulation différentielle des gènes dans les mélanocytes et la RP est liée à des éléments régulateurs séparés. Summary Pigment cells of mammals originate from two different lineages: melanocytes arise from the neural crest, whereas cells of the retinal pigment epithelium (RPE) originate from the optic cup of the developing forebrain. A large set of genes are involved in pigmentation, including the members of the tyrosinase gene family, namely tyrosinase, Tyrp1 and Dct. Previous studies have suggested that pigmentation genes are differentially regulated in melanocytes and RPE. In this work, the tyrosinase gene family was used as a model for studying the involvement of distal regulatory elements in pigment cell-specific gene expression. The promoter of the Tyrp1 gene has been shown to drive detectable transgene expression only to the RPE, even though the gene is also expressed in melanocytes as evident from Tyrp1-mutant mice. This indicates that the regulatory elements responsible for Tyrp1 gene expression in the RPE are not sufficient for expression in melanocytes. I thus searched for a putative melanocyte-specific regulatory sequence and demonstrate that a bacterial artificial chromosome (BAC) containing the Tyrp1 gene and surrounding sequences is able to target transgenic expression to melanocytes and to rescue the Tyrp1 b (brown) phenotype. This BAC contains several highly conserved non-coding sequences that might represent novel regulatory elements. I further focused on a sequence located at -15 kb which I identified as amelanocyte-specific enhancer as shown by cell culture and transgenic mice. In addition, further functional analysis identified the transcription factor Sox10 as being able to bind and transactivate this enhancer. As for Tyrp1, tyrosinase gene regulation is mediated by different cis-regulatory elements in melanocytes and RPE. It was shown that the tyrosinase promoter was not sufficient to confer strong and specific expression in melanocytes and RPE. Moreover, analysis of tyrosinase upstream sequence, revealed the presence of a specific enhancer at position -15 kb which was necessary to confer strong expression in melanocytes. This enhancer element however failed to act as an enhancer in the RPE, but rather repressed expression. This indicates that some regulatory elements required for tyrosinase expression in both RPE and melanocytes are still missing from these constructs. As for Tyrp1, I first demonstrated that a BAC containing the Tyr gene is able to rescue the Tyr c (albino) phenotype in mice, then I inserted a lacZ reporter gene in the BAC by homologous recombination, and finally analysed the pattern of lacZ expression in transgenic mice. These mice showed strong lacZ expression in both RPE and melanocytes, indicating that the BAC contains the regulatory sequences required for proper tyrosinase expression. In order to localize more precisely these regulatory elements, I have then generated several deletions in the BAC and analysed lacZ expression in transgenic mice. Multi-species comparative genomic analysis then allowed identifying conserved sequences that potentially represent novel regulatory elements. Using this experimental approach, I identified a region that behaves as a RPE-specific enhancer and that is required for tyrosinase expression in the retina] pigment epithelium. In addition, I identified the transcription factors Mitf and Sox l0 as being transactivators of the melanocyte-specific enhancer located at -l5 kb. The identification and characterization of these tyrosinase and Tyrp1 distal regulatory element supports the idea that separate regulatory sequences mediate differential gene expression in melanocytes and RPE.

Role of mutations in the phosphoprotein on RNA polymerase activity of canine distemper virus following cell culture adaptation

Abstract: The canine distemper virus A75/17 wild-type strain, which is unable to replicate in cell lines, was adapted to growth in Vero cells. Sequence comparison between the A75/17 and the Vero cell-adapted A75/17-V virus revealed 7 amino acid differences between the 2 viruses. Three of these were located in the matrix protein, three in the phosphoprotein also changing the V protein but not the C protein and one in the large protein. The phosphoprotein and the large protein constituted the viral RNA polymerase whose activity was studied by transfection experiments using a reverse genetic system with a plasmid encoding a minireplicon and expression plasmids encoding the nucleocapsid protein and the viral RNA polymerase subunits. Surprinsingly, the enzyme of A75/17 CDV was significantly more active in cell lines compared to the polymerase of A75/17-V CDV. The decrease in overall enzyme activity was found to be due to both decreased replication and transcription activity. This polymerase attenuation was confirmed in CHO cells infection stably expressing the dog SLAM receptor mainly found in dog's lymphoid organs and allowing both virus strains to enter these cells at the same efficiency. A75/17-V CDV replicated more slowly in CHODogSLAM cells than A75/17 CDV and syncytium formation was significantly decreased compared to A75/17 infected CHODogSLAM cells.. Cell culture adaptation lead to an attenuated virus strain both in vitro and in vivo with decreased polymerase activity and syncytium forming capability showing an important role of the polymerase in determining the phenoytpe of the virus. In addition, this reduced phenotype of A75/17-V CDV was shown to be due to the P mutations in the P protein only, showing an important function of the polycistronic P gene in the adaptation process. The role of the matrix protein was found not to have any effect on polymerase activity, however its participation in the adaptation process still needs to be elucidated. The accessory proteins V and C were shown to act on polymerase activity, but their functions in virus pathogenicity and in inhibiting the interferon system have not been studied in this thesis. The V proteins have an activating effect on the polymerase of both the A75/17 and the A75/17-V CDV strains. Although the C protein amino acid sequence was not changed during adaptation of wild-type canine distemper virus in Vero cells, the C protein was demonstrated to have opposite effects on polymerase activity of both virus strains suggesting a different interaction of the C protein with the proteins forming the polymerase complex, which could modulate polymeras activity. These effects were demonstrated by transfection experiments and studying recombinant viruses not expressing the C protein. Thus, the abrogation of the C protein decrease the activity of the wild-type polymerase. In contrast, the polymerase activity of the Vero cell- adapted virus is enhanced in the absence of the C protein and this has also been demonstrated with a recombinant virus, which grew faster in the first 48 hours of infection. Future studies will focus on the generation of recombinant wild-type viruses, which should be very helpful in understanding the molecular mechanisms underlying the adaptation process and the loss of pathogenicity.

Vaarinpidosta virtuaaliaikaan : Sata vuotta suomalaista tilintarkastusta

Tämän tutkimuksen aiheena on tilintarkastuksen historiallinen kehittyminen Suomessa runsaan sadan vuoden aikana. Tutkimuksen tavoitteena on analysoida osakeyhtiön tilintarkastuksen kehitystä ja yhdistää vuosisadan kehityspiirteet tilintarkastuksen kokonaiskuvaksi. Tutkittava periodi alkaa 1800-luvun lopulta ja päättyy 2000-luvun taitteeseen. Tutkimuksessa tarkastellaan suomalaista tilintarkastusinstituutiota, joka jaetaan kolmeen osaan: tilintarkastusta säätelevään normistoon (normit), tilintarkastajajärjestelmään (toimijat) ja tilintarkastuksen sisältöön (tehtävät). Tutkimuksessa tavoitellaan vastauksia kysymyksiin: mitä tarkastettiin, milloin tarkastettiin, kuka tarkasti ja miten tarkastettiin eri aikakausina? Tutkimus perustuu historialliseen lähdeaineistoon, jonka muodostavat tutkimusajanjakson lainsäädäntö, lainvalmisteluasiakirjat, viranomaisten ohjeet ja päätökset, alan järjestöjen suositukset, ammattilehtien artikkelit sekä laskentatoimen ja tilintarkastuksen ammattikirjallisuus. Metodologisesti tutkimus on teoreettinen, kvalitatiivinen historiantutkimus, jossa lähdeaineistoa käsitellään lähdekriittisesti ja osittain sisältöanalyysin keinoin. Tilintarkastusta säätelevässä normistossa keskeisiä lakeja ovat olleet osakeyhtiölaki, kirjanpitolaki ja tilintarkastuslaki. Lakisääteinen tilintarkastus alkoi vuoden 1895 osakeyhtiölaista, joka uudistui vuonna 1978 ja jälleen vuonna 1997. Kirjanpitolainsäädäntö on uudistunut viidesti: 1925 ja 1928, 1945, 1973, 1993 sekä 1997. Vuoden 1994 tilintarkastuslakiin koottiin tilintarkastuksen säädökset useista laeista. Muita normistoja ovat olleet EY:n direktiivit, Kilan ohjeet, KHT-yhdistyksen suositukset, Keskuskauppakamarin säännökset ja viimeisimpinä IAS- ja ISA-standardit. Ammattimainen tilintarkastajajärjestelmä saatiin maahamme kauppiaskokousten ansiosta. Ammattimaisena tilintarkastuksen toimijana aloitti Suomen Tilintarkastajainyhdistys vuonna 1911, ja sen toimintaa jatkoi KHT-yhdistys vuodesta 1925 alkaen. Tilintarkastajien auktorisointi siirtyi Keskuskauppakamarille vuonna 1924. HTM-tilintarkastajat ovat olleet alalla vuodesta 1950 lähtien. Kauppakamarijärjestö on toiminut hyväksyttyjen tilintarkastajien valvojana koko ammattimaisen tilintarkastustoiminnan ajan. Valtion valvontaa suorittaa VALA (Valtion tilintarkastuslautakunta). Koko tutkittavan periodin ajan auktorisoitujen tilintarkastajien rinnalla osakeyhtiöiden tarkastajina ovat toimineet myös maallikot.Tilintarkastuksen tehtäviin kuului vuoden 1895 osakeyhtiölain mukaan hallinnon ja tilien tarkastus. Myöhemmin sisältö täsmentyi tilinpäätöksen, kirjanpidon ja hallinnon tarkastukseksi. Tutkimusajanjakson alussa tilintarkastus oli manuaalista kaikkien tositteiden prikkausta ja virheiden etsimistä. Myöhemmin tarkastus muuttui pistokokeiksi. Kertatarkastuksesta siirryttiin jatkuvaan valvontatarkastukseen 1900-luvun alkupuolella. Dokumentoinnista ja työpapereista alkaa olla havaintoja 1930-luvulta lähtien. Atk-tarkastus yleistyi 1970- ja 1980-luvuilla, jolloin myös riskianalyyseihin alettiin kiinnittää huomiota. Hallinnon tarkastuksen merkitys on kasvanut kaiken aikaa. Tilintarkastuskertomukset olivat tutkimusajanjakson alussa vapaamuotoisia ja sisällöltään ilmaisurikkaita ja kuvailevia. Kertomus muuttui julkiseksi vuoden 1978 osakeyhtiölain myötä. Myöhemmin KHT-yhdistyksen vakiokertomusmallit yhdenmukaistivat ja pelkistivät raportointia. Tutkimuksen perusteella tilintarkastuksen historia voidaan jakaa kolmeen kauteen, jotka ovat tilintarkastusinstituution rakentumisen kausi (1895 - 1950), vakiintumisen kausi (1951 - 1985) ja kansainvälistymisen ja julkisuuden kausi (1986 alkaen). Tutkimusajanjakson jokaisella vuosikymmenellä keskusteltiin jatkuvasti tilintarkastajien riittävyydestä, alalle pääsyn ja tutkintojen vaikeudesta, tilintarkastajien ammattitaidon tasosta,hallinnon tarkastuksen sisällöstä, tilintarkastuskertomuksesta sekä maallikkotarkastajien asemasta. 1990-luvun keskeisimmät keskusteluaiheet olivat konsultointi, riippumattomuus, odotuskuilu sekä tilintarkastuksen taso ja laadunvalvonta. Analysoitaessa tilintarkastuksen muutoksia runsaan sadan vuoden ajalta voidaan todeta, että tilintarkastuksen ydintehtävät eivät juurikaan ole muuttuneet vuosikymmenien kuluessa. Osakeyhtiön tilintarkastus on edelleenkin laillisuustarkastusta. Sen tarkoituksena on yhä kirjanpidon, tilinpäätöksen ja hallinnon tarkastus. Tilintarkastajat valvovat osakkeenomistajien etua ja raportoivat heille tarkastuksen tuloksista. Tilintarkastuksen ulkoinen maailma sen sijaan on muuttunut vuosikymmenten saatossa. Kansainvälistyminen on lisännyt säännösten määrää, odotuksia ja vaatimuksia on nykyisin enemmän, uusi tekniikka mahdollistaa nopean tiedonkulun ja valvonta on lisääntynyt nykypäivää kohti tultaessa. Tilintarkastajan pätevyys perustuu nykyään tietotekniikan, tietojärjestelmien ja yrityksen toimialantuntemukseen. Runsaan sadan vuoden takaisen lain vaarinpitovaatimuksesta on tultu virtuaaliaikaiseen maailmaan!

Studies on coordination of systems development process

This thesis examines coordination of systems development process in a contemporary software producing organization. The thesis consists of a series of empirical studies in which the actions, conceptions and artifacts of practitioners are analyzed using a theory-building case study research approach. The three phases of the thesis provide empirical observations on different aspects of systemsdevelopment. In the first phase is examined the role of architecture in coordination and cost estimation in multi-site environment. The second phase involves two studies on the evolving requirement understanding process and how to measure this process. The third phase summarizes the first two phases and concentrates on the role of methods and how practitioners work with them. All the phases provide evidence that current systems development method approaches are too naïve in looking at the complexity of the real world. In practice, development is influenced by opportunity and other contingent factors. The systems development processis not coordinated using phases and tasks defined in methods providing universal mechanism for managing this process like most of the method approaches assume.Instead, the studies suggest that managing systems development process happens through coordinating development activities using methods as tools. These studies contribute to the systems development methods by emphasizing the support of communication and collaboration between systems development participants. Methods should not describe the development activities and phases in a detail level, butshould include the higher level guidance for practitioners on how to act in different systems development environments.