Contributions of local, lateral and contextual habitat variables to explaining variation in fisheries productivity metrics in the littoral zone of a reservoir

Puisque l’altération des habitats d’eau douce augmente, il devient critique d’identifier les composantes de l’habitat qui influencent les métriques de la productivité des pêcheries. Nous avons comparé la contribution relative de trois types de variables d’habitat à l’explication de la variance de métriques d’abondance, de biomasse et de richesse à l’aide de modèles d’habitat de poissons, et avons identifié les variables d’habitat les plus efficaces à expliquer ces variations. Au cours des étés 2012 et 2013, les communautés de poissons de 43 sites littoraux ont été échantillonnées dans le Lac du Bonnet, un réservoir dans le Sud-est du Manitoba (Canada). Sept scénarios d’échantillonnage, différant par l’engin de pêche, l’année et le moment de la journée, ont été utilisés pour estimer l’abondance, la biomasse et la richesse à chaque site, toutes espèces confondues. Trois types de variables d’habitat ont été évalués: des variables locales (à l’intérieur du site), des variables latérales (caractérisation de la berge) et des variables contextuelles (position relative à des attributs du paysage). Les variables d’habitat locales et contextuelles expliquaient en moyenne un total de 44 % (R2 ajusté) de la variation des métriques de la productivité des pêcheries, alors que les variables d’habitat latérales expliquaient seulement 2 % de la variation. Les variables les plus souvent significatives sont la couverture de macrophytes, la distance aux tributaires d’une largeur ≥ 50 m et la distance aux marais d’une superficie ≥ 100 000 m2, ce qui suggère que ces variables sont les plus efficaces à expliquer la variation des métriques de la productivité des pêcheries dans la zone littorale des réservoirs.

Étude du rôle des régions variables 4 et 5 dans les changements de conformation de la gp120 du VIH-1

Le VIH infecte les cellules par fusion de sa membrane avec la membrane de la cellule cible. Cette fusion est effectuée par les glycoprotéines de l'enveloppe (Env) qui sont synthétisées en tant que précurseur, gp160, qui est ensuite clivé en gp120 et gp41. La protéine gp41 est la partie transmembranaire du complexe de l'enveloppe et l’ancre à la particule virale alors que la gp120 assure la liaison au récepteur cellulaire CD4 et corécepteur CCR5 ou CXCR4. Ces interactions successives induisent des changements de conformation d’Env qui alimentent le processus d'entrée du virus conduisant finalement à l'insertion du peptide de fusion de la gp41 dans la membrane de la cellule cible. La sous-unité extérieure gp120 contient cinq régions variables (V1 à V5), dont trois (V1, V2 et V3) étant capables d’empêcher l’adoption spontanée de la conformation liée à CD4. Cependant, le rôle de régions variables V4 et V5 vis-à-vis de ces changements de conformation reste inconnu. Pour étudier leur effet, des mutants de l'isolat primaire de clade B YU2, comprenant une délétion de la V5 ou une mutation au niveau de tous les sites potentiels de N-glycosylation de la V4 (PNGS), ont été générés. L'effet des mutations sur la conformation des glycoprotéines d'enveloppe a été analysé par immunoprécipitation et résonance de plasmon de surface avec des anticorps dont la liaison dépend de la conformation adopté par la gp120. Ni le retrait des PNGS de la V4 ni la délétion de V5 n’a affecté les changements conformationnels d’Env tels que mesurés par ces techniques, ce qui suggère que les régions variables V1, V2 et V3 sont les principaux acteurs dans la prévention de l’adoption de la conformation lié de CD4 d’Env.

Production, purification, genetic characterization and application studies of tannase enzyme from marine fungus Aspergillus awamori

Marine fungi remain totally unexplored as a source of industrial enzyme and prospective applications. Further tannase production by a marine organism has so far not been established. The primary objective of this study included the evaluation of the potential of Aspergillus awamori isolated from sea water as part of an earlier study and available in the culture collection of the Microbial technology laboratory for tannase production through different fermentation methods, optimization of bioprocess variables by statistical methods, purification and characterization of the enzyme, genetic study, and assessment of its potential applications.

Characterization of polyhydroxyalkanoates accumulating vibrios from marine benthic environments and production studies of polyhydroxyalkanoates by Vibrio sp. BTKB33

The present work deals with the characterization of polyhydroxyalkanoates accumulating vibrios from marine benthic environments and production studies of polyhydroxyalkanoates by vibrio sp.BTKB33. Vibrios are a group of (iram negative, curved or straight motile rods that normally inhabit the aquatic environments.The present study therefore aimed at evaluating the occurrence of PHA accumulating vibrios inhabiting marine benthic environments; characterizing the potential PHA accumulators employing phenotypic and genotypic approaches and molecular characterization of the PHA synthase gene. The study also evaluated the PHA production in V:'hri0 sp. strain BTKB33, through submerged fennentation using statistical optimization and characterized the purified biopolymer. Screening for PHA producing vibrios from marine benthic environments. Characterization of PHA producers employing phenotypic and genotypic approaches.The incidence of PHA accumulation in Vibrio sp. isolated from marine sediments was observed to be high, indicating that the natural habitat of these bacteria are stressful. Considering their ubiquitous nature, the ecological role played by vibrios in maintaining the delicate balance of the benthic ecosystem besides returning potential strains, with the ability to elaborate a plethora of extracellular enzymes for industrial application, is significant. The elaboration of several hydrolytic enzymes by individuals also emphasize the crucial role of vibrios in the mineralization process in the marine environment. This study throws light on the extracellular hydrolytic enzyme profile exhibited by vibrios. It was concluded that apart from the PHA accumulation, presence of exoenzyme production and higher MAR index also aids in their survival in the highly challenging benthic enviromnents. The phylogenetic analysis of the strains and studies on intra species variation within PHA accumulating strains reveal their diversity. The isolate selected for production in this study was Vibrio sp. strain BTKB33, identified as V.azureus by 16S rDNA sequencing and phenotypic characterization. The bioprocess variables for PHA production utilising submerged fermentation was optimized employing one-factor-at-a-time-method, PB design and RSM studies. The statistical optimization of bioprocess variables revealed that NaCl concentration, temperature and incubation period are the major bioprocess variables influencing PHA production and PHA content. The presence of Class I PHA synthase genes in BTKB33 was also unveiled. The characterization of phaC genes by PCR and of the extracted polymer employing FTIR and NMR analysis revealed the presence of polyhydroxybutyrate, smallest known PI-IAs, having wider domestic, industrial and medical application. The strain BTKB33 bearing a significant exoenzyme profile, can thus be manipulatedin future for utilization of diverse substrates as C- source for PHA production. In addition to BTKB33, several fast growing Vibrio sp. having PHA accumulating ability were also isolated, revealing the prospects of this environment as a mine for novel PHA accumulating microbes. The findings of this study will provide a reference for further research in industrial production of PHAs from marine microorganisms .

Hysteresis in a system driven by either generalized force or displacement variables: martensitic phase transition in single-crystalline Cu-Zn-Al

We report on experiments aimed at comparing the hysteretic response of a Cu-Zn-Al single crystal undergoing a martensitic transition under strain-driven and stress-driven conditions. Strain-driven experiments were performed using a conventional tensile machine while a special device was designed to perform stress-driven experiments. Significant differences in the hysteresis loops were found. The strain-driven curves show reentrant behavior yield point which is not observed in the stress-driven case. The dissipated energy in the stress-driven curves is larger than in the strain-driven ones. Results from recently proposed models qualitatively agree with experiments.

Development of Hierarchical Clustering Techniques for Gridded Data from Mixed Data Sequences

Knowledge discovery in databases is the non-trivial process of identifying valid, novel potentially useful and ultimately understandable patterns from data. The term Data mining refers to the process which does the exploratory analysis on the data and builds some model on the data. To infer patterns from data, data mining involves different approaches like association rule mining, classification techniques or clustering techniques. Among the many data mining techniques, clustering plays a major role, since it helps to group the related data for assessing properties and drawing conclusions. Most of the clustering algorithms act on a dataset with uniform format, since the similarity or dissimilarity between the data points is a significant factor in finding out the clusters. If a dataset consists of mixed attributes, i.e. a combination of numerical and categorical variables, a preferred approach is to convert different formats into a uniform format. The research study explores the various techniques to convert the mixed data sets to a numerical equivalent, so as to make it equipped for applying the statistical and similar algorithms. The results of clustering mixed category data after conversion to numeric data type have been demonstrated using a crime data set. The thesis also proposes an extension to the well known algorithm for handling mixed data types, to deal with data sets having only categorical data. The proposed conversion has been validated on a data set corresponding to breast cancer. Moreover, another issue with the clustering process is the visualization of output. Different geometric techniques like scatter plot, or projection plots are available, but none of the techniques display the result projecting the whole database but rather demonstrate attribute-pair wise analysis

Optimization of Lignin Peroxidase, Manganese Peroxidase, and Lac Production from Ganoderma lucidum Under Solid State Fermentation of Pineapple Leaf

This study was undertaken to isolate ligninase-producing white-rot fungi for use in the extraction of fibre from pineapple leaf agriwaste. Fifteen fungal strains were isolated from dead tree trunks and leaf litter. Ligninolytic enzymes (lignin peroxidase (LiP), manganese peroxidase (MnP), and laccase (Lac)), were produced by solid-state fermentation (SSF) using pineapple leaves as the substrate. Of the isolated strains, the one showing maximum production of ligninolytic enzymes was identified to be Ganoderma lucidum by 18S ribotyping. Single parameter optimization and response surface methodology of different process variables were carried out for enzyme production. Incubation period, agitation, and Tween-80 were identified to be the most significant variables through Plackett-Burman design. These variables were further optimized by Box-Behnken design. The overall maximum yield of ligninolytic enzymes was achieved by experimental analysis under these optimal conditions. Quantitative lignin analysis of pineapple leaves by Klason lignin method showed significant degradation of lignin by Ganoderma lucidum under SSF

Factors affecting peasants’ empowerment in West Halmahera District – a case study from Indonesia

Agricultural development has not yet created empowered farmers in Indonesia. Most farmers living in eastern Indonesia are peasants with low access to development resources. This condition causes most of the peasants to be classified as poor citizens. This research was meant to formulate improvement strategies for empowerment of the peasants. The data were collected between March – May 2012 using the following methods: observation, interview and focus group discussion. The data was analysed using descriptive statistic and structural equation modelling (SEM) and showed that: (1) the empowerment of peasants was within the lowest category for all variables, namely: the peasant characteristics, the role of the agents for development, program quality, the learning process and access to environmental support, (2) the determining factors affecting the empowerment of the peasants were: program implementation quality, the role of the agents of development, environmental access and support, the peasant characteristics, and the appropriateness of the learning process and (3) the strategy to improve empowerment of the peasants could be through corrective efforts towards program implementation quality, the role of facilitators, environmental access and support while considering the peasant characteristics and the learning process of the peasants.

Interpretation of wind components as compositional variables

The classical statistical study of the wind speed in the atmospheric surface layer is made generally from the analysis of the three habitual components that perform the wind data, that is, the component W-E, the component S-N and the vertical component, considering these components independent. When the goal of the study of these data is the Aeolian energy, so is when wind is studied from an energetic point of view and the squares of wind components can be considered as compositional variables. To do so, each component has to be divided by the module of the corresponding vector. In this work the theoretical analysis of the components of the wind as compositional data is presented and also the conclusions that can be obtained from the point of view of the practical applications as well as those that can be derived from the application of this technique in different conditions of weather

Inteligencia emocional en adolescentes de dos colegios de Bogotá y variables asociadas

En 1990 Mayer y Salovey acuñan el término Inteligencia Emocional. La Trait Meta-Mood Scale 24 (TMMS-24) es la versión española de la primera medida de autoinforme de la IE basada en el modelo de Mayer y Salovey. Objetivo: Explorar las diferencias en el grado de desarrollo de la IE asociadas a género, edad y escolaridad. Método: Diseño observacional de corte transversal, comparativo entre dos grupos de adolescentes escolarizados en educación oficial, uno en colegio femenino y el otro en colegio masculino. Resultados: Se incluyó un total de 451 adolescentes, 224 mujeres con una edad de 14,04 ±1,58 años y 227 hombres con una edad de 14,25 ±1,68 años. Los alfas de Cronbach de la TMMS-24 para esta investigación fueron de 0,802 en Percepción, 0,756 en Comprensión y 0,748 en Regulación. Las mujeres puntuaron mejor que los hombres en Percepción (p=0,007). Se encontró mayor puntuación en Regulación en los grados 6º, 7º y 11º en las mujeres (p=0,005). No hubo evidencia de relación entre la edad y la IE. Conclusiones: La TMMS-24 es una medida de la IE con una adecuada consistencia interna al ser empleada en adolescentes entre los 12 y 17 años de edad de colegios de la ciudad de Bogotá. Este estudio muestra la importancia de combinar métodos de evaluación de la IE con el fin de mejorar su valoración, así como la necesidad de realizar más investigación acerca de IE en nuestro medio.

Conceptualización del EVA e identificación de las variables características que lo componen

Las empresas necesitan estar midiendo constantemente los resultados de las operaciones y la eficiencia de sus negocios. Tradicionalmente se han utilizado una serie de indicadores financieros para medir estos resultados siendo insuficientes en su análisis. El EVA, sin ser el indicador que puede solventar estas falencias sí es el indicador más completo y el que puede reflejar una información más real de la empresa al incorporar, entre otros, el concepto del costo de oportunidad que representa el dinero para los accionistas.

Actitudes hacia la discapacidad : la influencia de variables individuales y contextuales

Este trabajo constituye una revisión de la influencia de las variables individuales y contextuales sobre las actitudes hacia la discapacidad. Para alcanzar este objetivo, se describió el concepto de discapacidad desde una perspectiva social, en donde se concibió la discapacidad como un aspecto relacional en vez de una característica individual. Por otra parte se describieron las actitudes hacia la discapacidad, los tipos y sus consecuencias, teniendo en cuenta las percepciones, creencias, emociones, información sobre discapacidad y variables sociodemográficas las cuales tienen un papel significativo en la formación y mantenimiento de las actitudes hacia la discapacidad. Adicionalmente se presentaron algunas de las estrategias de intervención que tiene como propósito mejorar las actitudes, aspecto que puede ayudar o contribuir a la aceptación de las personas con discapacidad. Finalmente, el presente trabajo muestra la necesidad de continuar el estudio de las actitudes hacia la discapacidad, y el mejorar las intervenciones basadas en los hallazgos presentados.

Cambios observados en las variables clínicas y paraclínicas en las primeras 48 horas de hospitalización en la Unidad de Cuidados Intensivos de pacientes con neumonía severa adquirida en la comunidad y su relación con la mortalidad

El pronóstico de la Neumonía Adquirida en la Comunidad Severa (NAC-S) depende de decisiones terapéuticas instauradas tempranamente. Los cambios fisiológicos ocurridos en las primeras horas pueden ser difíciles de detectar. No existe ningún modelo para la determinación temprana del éxito de la terapia instaurada en NAC-S. Metodología: Descripción de la totalidad de los pacientes con NAC-S hospitalizados en la Unidad de Cuidado Intensivo de la Fundación Cardioinfantil entre los años 2008 y 2012 haciendo comparaciones entre grupos (muertos vs. supervivientes) y entre momentos (0, 24 y 48 horas desde el ingreso a la UCI) y realizando regresión logística binaria. Resultados: Entre los pacientes que fallecieron la necesidad de soporte vasoactivo fue mayor en todos los momentos evaluados (sig=0.001), en la línea de base tuvieron mayores requerimientos de la Fracción Inspirada de O2 (mediana 0.55% vs. 0.50%, sig=0.011), a las 24 horas tuvieron pH (mediana 7.345 vs.7.370, sig=0.025) y tensión arterial diastólica (mediana 58.5mmHg vs.61.0mmHg, sig =0.049) menores, y a las 48 horas glicemia (mediana 157mg/dL vs.142mg/dL, sig =0.026) creatinina (mediana 1.1mg/dL vs.0.7mg/dL, sig =0.062) y nitrógeno ureico (mediana 35mg/dL vs. 22mg/dL, sig =0.003) mayores comparados con los pacientes que sobrevivieron. Entre los pacientes supervivientes hubo una disminución de la frecuencia cardiaca entre las 0 y 24 horas (mediana 97lpm vs. 86lpm, sig =0.000) y entre las 0 y las 48 horas (mediana 97lpm vs. 81lpm, sig=0.000) y una disminución de los neutrófilos entre las 0 y las 48 horas (mediana 9838 vs. 8617, sig=0.062). Conclusiones: Nuestros hallazgos sugieren la existencia de una secuencia de fenómenos fisiopatológicos que al ser reconocida temprana y claramente permitiría establecer un plan de reanimación más especifico y eficaz. Estas diferencias se pueden plantear en el contexto de un modelo mixto predictivo

The differential effect on dropout of increasing grades' supply by integrating or expanding schools: evidence from a quasi-experiment in Bogotá

En el año 2002, la Secretaría de Educación de Bogotá estipuló la Resolución 2101 que tenía por objeto asegurar el ciclo de la educación completo en los colegios públicos. El propósito de este trabajo es evaluar el impacto de los mecanismos seguidos a la aplicación de esta política sobre la tasa de deserción escolar. Las escuelas tenían tres mecanismos diferentes para alcanzar el objetivo de la presente resolución: expandir los grados escolares ofertados, integrarse con otros colegios de la zona, o ambos. Para ello, utilizo variables instrumentales para resolver el sesgo causado por el hecho de que los colegios que siguen determinada estrategia eran los que tenían altas tasas de deserción inicialmente. Usando datos sobre las características institucionales y las características socio-demográficas de la población cerca del colegio, evalúo el impacto de estos tres mecanismos sobre las tasas de deserción escolar. Los resultados sugieren que las instituciones que aumentaron los grados experimentan un aumento en el número de estudiantes que abandonan el colegio en 12.1 puntos porcentuales, mientras que las instituciones que complementaron este mecanismo con la integración de un colegio próximo pre existente mostraron una reducción en la tasa de deserción escolar de 9.8 puntos porcentuales.

Conflict-induced poverty: Evidence from Colombia

En Colombia, la pobreza y el conflicto están estrechamente relacionados. Este estudio usa medidas de disuasión del gobierno como instrumentos de varias variables específicas de conflicto para estimar el impacto del conflicto sobre la pobreza en Colombia. Usando datos del censo a nivel municipal para el año 2005, evalúo el efecto sobre la incidencia urbana y rural del recientemente-desarrollado Índice de Pobreza Multidimensional. Los resultados sugieren que el conflicto aumenta significativamente la pobreza rural. Esto es consistente con el hecho que la mayor parte del conflicto en Colombia ocurre en las áreas rurales. También evalúo el efecto rezagado del conflicto en la pobreza para concluir que éste dura por al menos tres años pero que decae en el tiempo. Finalmente, pruebo que mis resultados son robustos a una batería de especificaciones adicionales, incluyendo una versión modificada de mi variable dependiente y el uso de una base alternativa de conflicto.