Ecological modelling for next generation sequencing data

Le tecniche di next generation sequencing costituiscono un potente strumento per diverse applicazioni, soprattutto da quando i loro costi sono iniziati a calare e la qualità dei loro dati a migliorare. Una delle applicazioni del sequencing è certamente la metagenomica, ovvero l'analisi di microorganismi entro un dato ambiente, come per esempio quello dell'intestino. In quest'ambito il sequencing ha permesso di campionare specie batteriche a cui non si riusciva ad accedere con le tradizionali tecniche di coltura. Lo studio delle popolazioni batteriche intestinali è molto importante in quanto queste risultano alterate come effetto ma anche causa di numerose malattie, come quelle metaboliche (obesità, diabete di tipo 2, etc.). In questo lavoro siamo partiti da dati di next generation sequencing del microbiota intestinale di 5 animali (16S rRNA sequencing) [Jeraldo et al.]. Abbiamo applicato algoritmi ottimizzati (UCLUST) per clusterizzare le sequenze generate in OTU (Operational Taxonomic Units), che corrispondono a cluster di specie batteriche ad un determinato livello tassonomico. Abbiamo poi applicato la teoria ecologica a master equation sviluppata da [Volkov et al.] per descrivere la distribuzione dell'abbondanza relativa delle specie (RSA) per i nostri campioni. La RSA è uno strumento ormai validato per lo studio della biodiversità dei sistemi ecologici e mostra una transizione da un andamento a logserie ad uno a lognormale passando da piccole comunità locali isolate a più grandi metacomunità costituite da più comunità locali che possono in qualche modo interagire. Abbiamo mostrato come le OTU di popolazioni batteriche intestinali costituiscono un sistema ecologico che segue queste stesse regole se ottenuto usando diverse soglie di similarità nella procedura di clustering. Ci aspettiamo quindi che questo risultato possa essere sfruttato per la comprensione della dinamica delle popolazioni batteriche e quindi di come queste variano in presenza di particolari malattie.

A numerical study of turbulent Rayleigh-Bénard convection

Il flusso di Rayleigh-Bénard, costituito da un fluido racchiuso fra due pareti a diversa temperatura, rappresenta il paradigma della convezione termica. In natura e nelle applicazioni industriali, il moto convettivo avviene principalmente in regime turbolento, rivelando un fenomeno estremamente complesso. L'obiettivo principale di questo elaborato di tesi consiste nell'isolare e descrivere gli aspetti salienti di un flusso turbolento di Rayleigh-Bénard. L'analisi è applicata a dati ottenuti da tre simulazioni numeriche dirette effettuate allo stesso numero di Rayleigh (Ra=10^5) e a numeri di Prandtl differenti (Pr=0.7,2,7). Sulla base di alcune statistiche a singolo punto, vengono definite nel flusso tre regioni caratteritiche: il bulk al centro della cella, lo strato limite termico e quello viscoso in prossimità delle pareti. Grazie all'analisi dei campi istantanei e delle correlazioni spaziali a due punti, sono state poi individuate due strutture fondamentali della convezione turbolenta: le piume termiche e la circolazione a grande scala. L'equazione generalizzata di Kolmogorov, introdotta nell'ultima parte della trattazione, permette di approcciare il problema nella sua complessità, visualizzando come l'energia cinetica viene immessa, si distribuisce e viene dissipata sia nello spazio fisico, sia in quello delle scale turbolente. L'immagine che emerge dall'analisi complessiva è quella di un flusso del tutto simile a una macchina termica. L'energia cinetica viene prodotta nel bulk, considerato il motore del flusso, e da qui fluisce verso le pareti, dove viene infine dissipata.

Il Montalbano nel Medioevo: Strumenti informatici per l’analisi archeologica del territorio e delle strutture architettoniche

La ricerca ha preso in esame l’analisi archeologica di un territorio medievale e la sperimentazione di strumenti informatici per la gestione e l’analisi dei dati prodotti dalla ricerca stessa. Il Montalbano, oggetto della ricerca, è una microregione caratterizzata da elementi che la rendono molto interessante. Si tratta di una catena submontana che divide la piana di Firenze-Prato-Pistoia dal Valdarno inferiore. Questa posizione di frontiera ne ha fatto l’oggetto di mire espansionistiche da parte delle principali famiglie signorili prima, dei comuni poi. In una prima fase sono stati censiti i siti attestati dalle fonti documentarie e materiali per capire le dinamiche insediative del popolamento medievale e le strategie di controllo di un territorio caratterizzato dall’assenza di un’egemonia da parte di un solo potere (almeno fino a metà ‘300). L’analisi stratigrafica si è poi concentrata sulle strutture architettoniche religiose, in quanto offrono la maggior quantità di dati dal punto di vista documentario e archeologico. È stato così possibile ottenere un quadro delle tecniche costruttive medievali e delle influenze culturali che lo hanno prodotto. I dati archeologici sono stati gestiti attraverso una piattaforma gis sviluppata all’interno del Laboratorio di Archeologia Medievale dell’Università di Firenze in collaborazione con il laboratorio LSIS del CNRS di Marsiglia. Questa è stata appositamente strutturata secondo le procedure di raccolta e organizzazione dati utilizzate durante l’analisi archeologica. Le singole strutture indagate sono inoltre state oggetto di un rilievo 3d fotogrammetrico che in alcuni casi studio è stato anche utilizzato come base di accesso ai dati derivanti dall’analisi stratigrafica, all’interno di un’applicazione gis 3d (Arpenteur). Questo ha permesso di connettere all’interno di un’unica piattaforma i dati geometrici ed archeometrici con quelli archeologici, utilizzando i primi come interfaccia di accesso ai secondi.

Development and testing of the atlas ibl rod pre production boards

Il lavoro di questa tesi riguarda principalmente la progettazione, simulazione e test di laboratorio di tre versioni successive di schede VME, chiamate Read Out Driver (ROD), che sono state fabbricate per l'upgrade del 2014 dell'esperimento ATLAS Insertable B-Layer (IBL) al CERN. IBL è un nuovo layer che diverrà parte del Pixel Detector di ATLAS. Questa tesi si compone di una panoramica descrittiva dell'esperimento ATLAS in generale per poi concentrarsi sulla descrizione del layer specifico IBL. Inoltre tratta in dettaglio aspetti fisici e tecnici: specifiche di progetto, percorso realizzativo delle schede e test conseguenti. Le schede sono state dapprima prodotte in due prototipi per testare le prestazioni del sistema. Queste sono state fabbricate al fine di valutare le caratteristiche e prestazioni complessive del sistema di readout. Un secondo lotto di produzione, composto di cinque schede, è stato orientato alla correzione fine delle criticità emerse dai test del primo lotto. Un'indagine fine e approfondita del sistema ha messo a punto le schede per la fabbricazione di un terzo lotto di altre cinque schede. Attualmente la produzione è finita e complessivamente sono state realizzate 20 schede definitive che sono in fase di test. La produzione sarà validata prossimamente e le 20 schede verranno consegnate al CERN per essere inserite nel sistema di acquisizione dati del rivelatore. Al momento, il Dipartimento di Fisica ed Astronomia dell'Università di Bologna è coinvolto in un esperimento a pixel solamente attravers IBL descritto in questa tesi. In conclusione, il lavoro di tesi è stato prevalentemente focalizzato sui test delle schede e sul progetto del firmware necessario per la calibrazione e per la presa dati del rivelatore.

Il potere normativo delle Corti sul processo

La tesi intende offrire una riflessione in merito al potere degli organi giurisdizionali di disporre normativamente su determinati aspetti del processo che si svolge dinanzi ad essi, sostituendosi così al legislatore. Il piano di indagine della tesi si sviluppa prevalentemente nella descrizione della realtà europea davanti alle autorità giurisdizionali di Lussemburgo, attraverso continui riferimenti a pronunce giurisprudenziali. La candidata si sofferma, preliminarmente, definendo, in termini generali, l’origine e l’applicazione dei c.d. atti di soft law in ambito europeo e soffermandosi sul ruolo che ricopre la giurisprudenza nell’ordinamento europeo. Sempre nel capitolo di apertura, un accenno è dedicato al panorama italiano che, alla luce delle recenti e continue riforme processuali ed, in particolare, della lettura costituzionalmente orientata del processo civile in forza della sua ragionevole durata, sta conoscendo, sempre più largamente, il fenomeno dei c.d. protocolli. La tesi si sviluppa, poi, in altri tre capitoli, nei quali sono analizzati tre esempi di manifestazione del potere normativo degli organi giurisdizionali europei sul processo. La candidata passa, così, all’esame delle “Istruzioni pratiche alle parti”, sviscerando le disposizioni ivi contenute alla luce di casi giurisprudenziali, al fine di poter definire la reale efficacia di tali atti e la loro vincolatività nei confronti dei rappresentanti delle parti. A tale capitolo segue quello sull’applicazione del rinvio pregiudiziale tra soft law (c.d. Raccomandazioni) e giurisprudenza. Infine, la candidata svolge le ultime riflessioni sul potere “eccezionale” della Corte di giustizia di limitare nel tempo gli effetti delle proprie sentenze interpretative. Potere che, in questo caso, si manifesta non mediante l’emanazione di atti di soft law, ma attraverso le proprie pronunce giurisprudenziali.

"Filosofia dell'ineguaglianza" di Nikolaj Berdjaev

Il nostro lavoro è incentrato su Filosofia dell’ineguaglianza, acceso libello di filosofia sociale in forma epistolare, composto da Nikolaj Berdjaev all’inizio del 1918. Nelle quattordici veementi lettere che costituiscono l’opera, egli critica aspramente l’idea di eguaglianza sociale e metafisica propagandata dai rivoluzionari, schierandosi a favore dell’ineguaglianza gerarchica, da lui considerata l’unica garanzia della libertà e della statura teantropica dell’uomo. Abbiamo suddiviso la nostra indagine in tre parti: il primo capitolo è un’introduzione storico-filosofica al testo, in cui sono evidenziati i concetti fondamentali del pensiero del Nostro; nel secondo capitolo abbiamo messo in luce il legame tra lo “stile filosofico” di Berdjaev e la cultura religiosa a cui egli appartiene, riflettendo poi sui problemi traduttivi che ne derivano; in particolare ci siamo soffermati sull’aforisticità del suo pensiero e sullo spiccato afflato emotivo che pervade la sua esposizione. Infine, abbiamo incluso nel terzo capitolo la traduzione di quattro lettere (Sulla rivoluzione, Sui fondamenti ontologico-religiosi della socialità, Sullo Stato, Sul regno di Dio) e della postfazione aggiunta da Berdjaev a Berlino nel 1923, in occasione della pubblicazione del libro.

Il cambiamento della ruralità nell'Unione Europea. Tipologie, evoluzione e risposte alle politiche

Obiettivo del lavoro è migliorare la lettura della ruralità europea. A fronte delle profonde trasformazioni avvenute, oggi non è più possibile analizzare i territori rurali adottando un mero approccio dicotomico che semplicemente li distingua dalle città. Al contrario, il lavoro integra l’analisi degli aspetti socio-economici con quella degli elementi territoriali, esaltando le principali dimensioni che caratterizzano le tante tipologie di ruralità oggi presenti in Europa. Muovendo dal dibattito sulla classificazione delle aree rurali, si propone dapprima un indicatore sintetico di ruralità che, adottando la logica fuzzy, considera congiuntamente aspetti demografici (densità), settoriali (rilevanza dell’attività agricola), territoriali e geografici (accessibilità e uso del suolo). Tale tecnica permette di ricostruire un continuum di gradi di ruralità, distinguendo così, all’interno dell’Unione Europea (circa 1.300 osservazioni), le aree più centrali da quelle progressivamente più rurali e periferiche. Successivamente, attraverso un’analisi cluster vengono individuate tipologie di aree omogenee in termini di struttura economica, paesaggio, diversificazione dell’attività agricola. Tali cluster risentono anche della distribuzione geografica delle aree stesse: vengono infatti distinti gruppi di regioni centrali da gruppi di regioni più periferiche. Tale analisi evidenzia soprattutto come il binomio ruralità-arretratezza risulti ormai superato: alcune aree rurali, infatti, hanno tratto vantaggio dalle trasformazioni che hanno interessato l’Unione Europea negli ultimi decenni (diffusione dell’ICT o sviluppo della manifattura). L’ultima parte del lavoro offre strumenti di analisi a supporto dell’azione politica comunitaria, analizzando la diversa capacità delle regioni europee di rispondere alle sfide lanciate dalla Strategia Europa 2020. Un’analisi in componenti principali sintetizza le principali dimensioni di tale performance regionale: i risultati sono poi riletti alla luce delle caratteristiche strutturali dei territori europei. Infine, una più diretta analisi spaziale dei dati permette di evidenziare come la geografia influenzi ancora profondamente la capacità dei territori di rispondere alle nuove sfide del decennio.

Il rogo degli eretici nel Medioevo

Il presente lavoro mette in luce i diversi aspetti che ruotano intorno all’istituzione del rogo, cioè la condanna di un eretico alle fiamme e la conseguente morte per vivicombustione, che arrivò a imporsi nella procedura inquisitoriale come punizione ultima e unica nei casi di eresia. La prima parte del lavoro è dedicata ai fondamenti giuridici che caratterizzano questa pena. L’attenzione è rivolta poi alla letteratura controversistica di parte cattolica, usata dalla Chiesa a difesa della legittima occisio degli eretici. La parte centrale dello studio riguarda l’aspetto storico con una recensio dei principali roghi avvenuti prima e dopo la nascita dell’Inquisizione. Infine la riflessione si sposta sulla scelta e il significato di tale pena da un punto di vista antropologico.

Per un atlante dei castelli dell’Emilia Romagna: Rubiera, Salvaterra, Dinazzano e la difesa del confine orientale

Il lavoro è stato strutturato in due parti distinte. La prima riguarda il riordino delle informazioni contenute nella Banca Dati sui Castelli dell’Emilia Romagna ultimata nel 2004, arricchendo le informazioni con nuove fonti sia edite che inedite e fotografie, mettendo poi tutti i dati online sul sito Geologia Storia Turismo della Regione Emilia Romagna. La seconda parte ha riguardato invece l’analisi dell’area reggiana e, in particolare, di tre castelli: Rubiera, Salvaterra e Dinazzano che, a partire dalla fine del XII secolo, hanno costituito quella che è stata definita la Cintura sul Secchia, una vera e propria catena difensiva costruita dal comune di Reggio Emilia a protezione del suo confine orientale, quello con Modena. Nella prima parte si è predisposto l’avvio di un Atlante dei castelli esistenti e scomparsi dell’Emilia Romagna, strutturato provincia per provincia, con corredo di piante e grafici che indicano la consistenza del fenomeno nelle diverse aree della Regione; poi, per l’area reggiana, si è completata la disamina con una serie di grafici che mettono in luce la dislocazione per aree, la localizzazione sicura dei castelli in rapporto alla loro condizione attuale e la densità per aree del fenomeno. Infine si sono inserite informazioni ricavate da materiale inedito per verificare possibili sviluppi della Banca Dati. La seconda parte ha ricostruito non solo le vicende storico-costruttive dei castelli di Rubiera, Salvaterra e Dinazzano, ma ha approfondito anche la genesi e l’evoluzione di questo progetto di difesa territoriale: studiare questo progetto significa capire come il comune di Reggio Emilia, nell’arco di oltre un secolo, ha governato i propri castelli, come ne ha organizzato la difesa e la manutenzione e come ne ha progettato il popolamento.

Il vocabolario del potere fra intento etico-morale e tutela sociale. I lemmi dei Capitolari Carolingi nel Regnum Italicum (774-813)

Il vocabolario del potere fra intento etico-morale e tutela sociale. I lemmi dei Capitolari Carolingi nel Regnum Italicum (774-813), costituisce il risultato di una ricerca condotta sul lessico della legislazione carolingia promulgata per il Regno Italico dal momento della conquista dei Franchi sino alla morte di Carlomagno. L’analisi ha preso in esame tutti i lemmi, soprattutto sostantivi e aggettivi, riconducibili alla sfera etica e morale, e alla concezione della libertà della persona. Il lavoro si è giovato delle analisi più specifiche in merito ai concetti giuridico-istituzionali che fonti normative come quelle prese in esame portano inevitabilmente in primo piano. La ricerca, partita da una completa catalogazione dei lemmi, si è concentrata su quelli che maggiormente consentissero di valutare le interazioni fra la corte intellettuale dei primi carolingi – formata come noto da uomini di chiesa – e le caratteristiche di pensiero di quegli uomini, un pensiero sociale e istituzionale insieme. Il lavoro ha analizzato un lessico specifico per indagare come la concezione tradizionale della societas Christiana si esprimesse nella legislazione attraverso lemmi ed espressioni formulari peculiari: la scelta di questi da parte del Rex e della sua cerchia avrebbe indicato alla collettività una pacifica convivenza e definito contestualmente “l’intento ordinatore e pacificatore” del sovrano. L’analisi è stata condotta su un periodo breve ma assai significativo – un momento di frattura politica importante – per cogliere, proprio sfruttando la sovrapposizione e talvolta lo scontro fra i diversi usi di cancelleria del regno longobardo prima e carolingio poi, la volontarietà o meno da parte dei sovrani nell’uso di un lessico specifico. Questo diventa il problema centrale della tesi: tale lessico impone con la sua continuità d’uso modelli politici o invece è proprio un uso consapevole e strumentale di un determinato apparato lessicale che intende imporre alla società nuovi modelli di convivenza?

Farmacocinetica della buprenorfina, e del suo metabolita norbuprenorfina, somministrata come infusione costante nel periodo post-operatorio in cagne sane sottoposte ad ovariectomia

Il dolore non è solo una conseguenza della malattia ma un fattore patogeno che è di per se stesso in grado di perpetuare il danno all’organismo. Il suo trattamento non è quindi solo un atto di umanità ma un contributo ad arrestare la malattia e restituire la salute al paziente. Tra i farmaci più popolari per la terapia del dolore negli animali da affezione si trova la buprenorfina. Questa molecola viene impiegata con successo da anni nel cane e nel gatto per motivi riconducibili, oltre che alla sua efficacia (la sua potenza è diverse volte quella della morfina), alla lunga durata d’azione e alla scarsità degli effetti collaterali. Nonostante l’ampia diffusione e longevità del suo utilizzo, però, sappiamo poco della farmacocinetica di questa molecola negli animali da affezione; i dosaggi clinicamente impiegati sono di fatto estrapolati dagli studi nell’uomo oppure basati su semplici osservazioni degli effetti; i pochi dati farmacocinetici ottenuti nel cane fanno riferimento a singoli boli di dosi che non sempre corrispondono a quelle clinicamente impiegate. Nonostante la buprenorfina trovi il suo principale impiego nelle somministrazioni protratte a lungo (durante il periodo post-operatorio o la degenza ospedaliera) non è mai stato indagato il profilo farmacocinetico della molecola somministrata a boli ripetuti o come infusione continua. Il nostro studio si pone come obiettivo di indagare la farmacocinetica della buprenorfina somministrata come bolo di carico seguito da un’infusione costante a dosaggi considerati clinici in cani sani nel periodo post operatorio. Lo scopo ultimo è quello di sviluppare un protocollo per la somministrazione di questa molecola in modo prolungato in pazienti degenti ed addolorati per poi, in futuro, confrontare la somministrazione come infusione continua con i tradizionali boli ripetuti. Per lo studio sono state utilizzate giovani cagne adulte di taglia media o grande sottoposte ad intervento di ovariectomia.

Caratterizzazione meccanica di materiali compositi mediante attrezzatura CLC

L'obiettivo della tesi è diradare, almeno parzialmente, le incertezze che potrebbero essere presenti nella caratterizzazione a compressione di materiali compositi. Per quanto concerne la compressione, in un primo momento, non essendo ritenuta una caratteristica troppo rilevante, si considerava che il materiale composito avesse proprietà equivalenti a quelle in trazione. Solo successivamente, dai primi anni ’70, si sono iniziate ad indagare in modo approfondito e mirato le proprietà meccaniche a compressione di tali materiali. Si sono sviluppati e normati nel tempo vari metodi che vengono classificati in base al modo di applicazione del carico sul provino. Ci si è quindi proposti, basandosi anche sulle richieste mosse dalla Scuderia Toro Rosso di Faenza, di determinare, dopo aver analizzato tutti i vantaggi e gli svantaggi di ciascuna metodologia, quella migliore a cui attenersi per tutte le prove di compressione che seguiranno. A tale scopo, dopo una attenta e approfondita analisi dei vari metodi di prova, si è scelto di utilizzare il Combined Loading Compression (CLC) Test Fixture: attrezzatura leggera e molto compatta, che dimostra una affidabilità dei risultati superiore alle altre tecnologie. Si è, inoltre, deciso di testare laminati non unidirezionali, evitando così molte problematiche quali, ad esempio, quelle dovute all’utilizzo di tabs o al possibile insorgere di microbuckling delle fibre. Si è risaliti, poi, al valore di resistenza a compressione della lamina unidirezionale attraverso il metodo di calcolo indiretto del Back-Out Factor (BF). Di tale metodo si sono indagate le basi teoriche, a partire dalla teoria classica dei laminati, e si sono ricavate le formule necessarie per l'applicazione pratica sperimentale. Per quanto riguarda la campagna sperimentale, svolta presso i laboratori ENEA di Faenza – Unità Tecnica Tecnologie dei Materiali Faenza (UTTMATF), sono stati realizzati 6 laminati di materiale composito, ognuno con differente sequenza di laminazione e percentuale di fibre nelle diverse direzioni. Due laminati sono stati ottenuti impilando lamine unidirezionali preimpregnate, in modo da ottenere una configurazione cross-ply (0°\90°), due in configurazione angle-ply (0°\90°\±45°) e due materiali unidirezionali (0° e 90°). Da questi 6 laminati sono stati ricavati 12/13 provini ciascuno. I provini cross-ply e angle-ply sono stati testati per ricavarne la resistenza a compressione, da cui, poi, risalire a quella della lamina unidirezionale a 0° mediante il BF. Dal confronto dei risultati ottenuti attraverso l'applicazione combinata di CLC e Back-Out Factor, con i dati riportati nel datasheet ufficiale, si è avuta conferma dell'affidabilità della metodologia scelta. Per quanto concerne l'elaborazione dei dati ricavati dalle prove sperimentali, è stato utilizzato un opportuno programma realizzato con il software Matlab. Con l'estensione GUI, poi, è stata creata un'interfaccia grafica per agevolare la comprensione delle fasi di elaborazione anche ad un utente non esperto.

Italian texts as networks: Topological measurements, Zipf and Heaps' laws

In questa tesi si è studiato un corpus di importanti testi della letteratura Italiana utilizzando la teoria dei network. Le misure topologiche tipiche dei network sono state calcolate sui testi letterari, poi sono state studiate le loro distribuzioni e i loro valori medi, per capire quali di esse possono distinguere un testo reale da sue modificazioni. Inoltre si è osservato come tutti i testi presentino due importanti leggi statistiche: la legge di Zipf e quella di Heaps.

Il polinomio cromatico di un grafo e il teorema dei quattro colori

La seguente tesi affronta la dimostrazione del teorema dei quattro colori. Dopo un introduzione dei concetti cardine utili alla dimostrazione, quali i concetti ed i risultati principali della teoria dei grafi e della loro colorazione, viene affrontata a livello prima storico e poi tecnico l'evoluzione della dimostrazione del teorema, che rimase congettura per 124 anni.

Pllm-gestione del ciclo di vita di un impianto. Il caso dell' azienda ospedaliera di Perugia

Obiettivo della presente tesi è l’ipotesi di applicazione dell’approccio PLLM (Plant Lifecycle Management) in un contesto sanitario sfruttando moderni metodi di organizzazione e coordinamento delle fasi del ciclo di vita di un impianto e nuove tecnologie per la realizzazione di un database informatizzato per la gestione dei dati e delle informazioni all’interno di una struttura sanitaria, nel caso specifico del Blocco Operatorio ‘Vittorio Trancanelli’ dell’Azienda Ospedaliera di Perugia. Per raggiungere tale obiettivo ho prima di tutto analizzato il contesto aziendale, studiate le realtà esistenti, per poi affrontare in dettaglio le variabili del problema. I dati ottenuti in seguito all’attività di ricerca sono stati utilizzati per conoscere e avere una dimensione della mole di informazioni e beni che vengono annualmente smistati e gestiti quotidianamente all’interno della struttura ospedaliera per andare ad analizzare più nello specifico la strutturazione e la complessità di un impianto complesso quale il Blocco Operatorio “Vittorio Trancanelli”. In ultima istanza sono state redatte delle metodologie per la corretta implementazione della piattaforma gestionale in ottica PLLM al fine di garantire una snella e tempestiva fruizione della documentazione utile alla corretta gestione del ciclo di vita di un impianto complesso.