Inferring the mode of origin of polyploid species from next-generation sequence data.

Many eukaryote organisms are polyploid. However, despite their importance, evolutionary inference of polyploid origins and modes of inheritance has been limited by a need for analyses of allele segregation at multiple loci using crosses. The increasing availability of sequence data for nonmodel species now allows the application of established approaches for the analysis of genomic data in polyploids. Here, we ask whether approximate Bayesian computation (ABC), applied to realistic traditional and next-generation sequence data, allows correct inference of the evolutionary and demographic history of polyploids. Using simulations, we evaluate the robustness of evolutionary inference by ABC for tetraploid species as a function of the number of individuals and loci sampled, and the presence or absence of an outgroup. We find that ABC adequately retrieves the recent evolutionary history of polyploid species on the basis of both old and new sequencing technologies. The application of ABC to sequence data from diploid and polyploid species of the plant genus Capsella confirms its utility. Our analysis strongly supports an allopolyploid origin of C. bursa-pastoris about 80 000 years ago. This conclusion runs contrary to previous findings based on the same data set but using an alternative approach and is in agreement with recent findings based on whole-genome sequencing. Our results indicate that ABC is a promising and powerful method for revealing the evolution of polyploid species, without the need to attribute alleles to a homeologous chromosome pair. The approach can readily be extended to more complex scenarios involving higher ploidy levels.

Beyond the Net Generation debate: A comparison between digital learners in face-to-face and virtual universities

This paper is based on the hypothesis that the use of technology to support learning is not related to whether a student belongs to the Net Generation, but that it is mainly influenced by the teaching model. The study compares behaviour and preferences towards ICT use in two groups of university students: face-to-face students and online students. A questionnaire was applied to asample of students from five universities with different characteristics (one offers online education and four offer face-to-face education with LMS teaching support).

Report on theorerical results of power generation and conversion

Experimental results of a new controller able to support bidirectional power flow in a full-bridge rectifier with boost-like topology are obtained. The controller is computed using port Hamiltonian passivity techniques for a suitable generalized state space averaging truncation system, which transforms the control objectives, namely constant output voltage dc-bus and unity input power factor, into a regulation problem. Simulation results for the full system show the essential correctness of the simplifications introduced to obtain the controller, although some small experimental discrepancies point to several aspects that need further improvement.

Upgrading of thethird generation of the Remote Diagnostic Systems for ABB Marine Propulsion Systems

Remote diagnostics has become very popular in marine industry. Diagnostic systems are improved all the time and the newest monitoring systems are constantly taken into operation. Most vessels are, however, rigged up by outmoded facilities, which should be updated. In this work the principles of operating of such a remote diagnostic system as the ABB's third generation remote diagnostic system (RDS) and the newest Propulsion Condition Management System (PCMS) are studied. As a result of the thesis the ways of upgrading the old systems of RDS are presented. Specifically, the work focuses on the establishment of the connection between Advant controller AC-110 from the old system and PCMS server, and in other words how to get Modbus data by OPC server.

Öljyvahinkojätteiden käsittely Kymenlaakson alueella alusonnettomuuden jälkeen

Työn tavoitteena oli selvittää Suomenlahdella tapahtuvasta alusöljyvahingosta syntyvän öljyisen jätteen käsittelymahdollisuudet ja -kapasiteetit sekä loppusijoitusmahdollisuudet ja -kapasiteetit Kymenlaakson alueella. Lisäksi tavoitteena oli selvittää, miten öljy-vahinkojätettä voidaan esikäsitellä välivarastoinnin aikana puhdistuksen ja loppusijoituksen tehostamiseksi. Työn alussa on perehdytty öljyvahinkojätteen muodostumiseen vaikuttaviin tekijöihin: öljylaatujen ominaisuuksiin, öljyn kulkeutumiseen rannalle, ranta- ja saaristomaisemaan, öljyntorjuntaan jarantojen puhdistamiseen. Työssä on kuvattu öljyvahinkojätteen käsittelymenetelmien periaatteet ja menetelmien rajoituksia käsitellä öljyvahinkojätettä. Lisäksityö sisältää tutkimusta Suomen aluevesillä ja maailmalla tapahtuneista öljyonnettomuuksista. Onnettomuuksista on selvitetty erityisesti öljyvahinkojätteen määrä, koostumus ja käsittely. Työn loppuosassa on esitelty Kymenlaakson alueen laitosten mahdollisuuksia käsitellä öljyvahinkojätettä. Tietoa onkerätty haastattelemalla puhelimitse laitosten edustajia keväällä 2007. Alueella voidaan polttaa leijupedissä puhtaaseen polttoaineeseen sekoitettua öljyistä orgaanista ainesta ja puhdistustyössä käytettyjä varusteita arviolta 19 000 t/a, homogenoitua öljyistä orgaanista ainesta voidaan polttaa rumpu-uunissa arviolta 1200 t/a. Alueen polttokapasiteetti kasvaa, kun työn aikana rakenteilla oleva jätteenpolttolaitos valmistuu ja jätettä voidaan polttaa laitoksen arinalla. Lisäksi erityisesti öljyisiä maa-aineksia voidaan alipainekäsitellä, bitumistabiloida, kompostoida sekä pestä. Saadut tutkimustulokset ovat hyödynnettävissä erityisesti Kymenlaakson alueella. Tiedot käsittelymenetelmistä ja niiden rajoitteista ovat hyödynnettävissä valtakunnallisesti.

Evaluation of Routing solution for Next Generation Open Platform

Verkkoon kytkettävien laitteiden määrä on lisääntynyt viime vuosina, joka luo tarpeen reitittimille ja niiden ominaisuuksille. On muodostunut uusi tarve laitteille, jotka voivat yhdistää erilaisia verkkoja toisiinsa. Tällaisen reitittimen rakentamiseen tarvitaan vakaa alusta. Tällaisella alustalla luodaan mahdollisuus kuormittaa järjestelmää ilman suuria ongelmia. Tällainen alusta on Open Platform, joka on suunniteltu tällaisille toiminnoille ja yhdessä oikeanlaisen verkkoratkaisun kanssa sitä voidaan käyttää sille suunnitellussa ympäristössä. Tämän diplomityön tarkoituksena on arvioida neljää eri reititysohjelmistoa ja kahta eri IP pinoa. Työssä käytetyt testit on suunniteltu arviointia varten ja niiden tarkoituksena on tuoda esille ohjelmistoissa esiintyvät viat ja ongelmat. Kaikki testit ovat samoja kaikille ohjelmille ja tehdään samassa ympäristössä. Testit analysoidaan niiden ajon jälkeen ja niiden tulosten avulla tehdään päätös mitä näistä ohjelmistoista tullaan käyttämään seuraavan sukupolven avoimella alustalla, joka tulee toimimaan Nokian Intelligent Service Nodessa. Tämä verkon laite toimii yhdyskäytävänäerilaisten verkkojen välillä.

The electricity distribution network in Saint-Petersburg area and benchmark between Saint-Petersburg and City of Stockholm related distribution companies' performance

The main objective of the Thesis is the description of the electricity distribution networks in Saint-Petersburg area and Stockholm as well. Main similarity and differences in the construction and technicalperformance are presented in the study. Present and future development and investment into the electricity distribution network of OJSC Lenenergo are viewed. The Thesis presents the overview of the power industry reform in Russia. The current state of the electricity distribution sector is described. The study views the participation of the foreign investor "Fortum Power and Heat Oy" inthe development and management of the OJSC Lenenergo. Benchmark comparison of the prices and tangible assets of the main electricity distribution companies in Saint-Petersburg and Stockholm areas is done.

Scenarios for electricity power sector development in the North-West of Russia

Focus of this thesisis made on development of electricity sector of Russian North-West. The objective was to determine the most likely scenarios for development of the most critical (western) part of Interregional Power System of North-West, from where the most part of Russian electricity exports to the countries of European Union take place. For this purpose all the involved sides were analyzed: generation, transmission system and electricity consumption in different regions of Russian North-West. The analysis was performed through investigation of existing generation andtransmission capacities and plans for their development to be performed by the generation and transmission companies operating in the region. Principles of Russian electricity sector restructuring and electricity market design are also discussed as well as factors that may influence on future electricity price in the region.

Automating The User Interface Implementation Process by Code Generation

3G-radioverkon asetusten hallinnointi suoritetaan säätämällä radioverkkotietokantaan talletettavia parametreja. Hallinnointiohjelmistossa tuhannetradioverkon parametrit näkyvät käyttöliittymäkomponentteina, joita ohjelmiston kehityskaaressa jatkuvasti lisätään, muutetaan ja poistetaan asiakkaan tarpeidenmukaan. Parametrien lisäämisen toteutusprosessi on ohjelmistokehittäjälle työlästä ja mekaanista. Diplomityön tavoitteeksi asetettiin kehittää koodigeneraattori, joka luo kaiken toteutusprosessissa tuotetun koodin automaattisesti niistä määrittelyistä, jotka ovat nykyäänkin saatavilla. Työssä kehitetty generaattori nopeuttaa ohjelmoijan työtä eliminoimalla yhden aikaa vievän ja mekaanisen työvaiheen. Seurauksena saadaan yhtenäisempää ohjelmistokoodia ja säästetään yrityksen ohjelmistotuotannon kuluissa, kun ohjelmoijan taito voidaan keskittää vaativimpiin tehtäviin.

De novo T cell generation and cell cycle analysis of CD4 and CD8 T cells during HIV-disease

RESUME POUR UN LARGE PUBLIC Parmi les globules blancs, les lymphocytes T 004 jouent un rôle primordial dans la coordination de la réponse immunitaire contre les pathogènes et les lymphocytes T CD8 dans leur élimination. Lors d'une infection par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH-1), non seulement les cellules T CD4 sont les principales cibles d'infections, mais aussi elles disparaissent progressivement tout au long de la maladie. Ce phénomène, appelé aussi épuisement des lymphocytes T CD4, est la principale cause provoquant le Syndrome d'Immunodéficience Acquise (SIDA). Malgré de grands efforts de recherche, nous ne sommes toujours pas en mesure de dire si ce phénomène est dû à un défaut dans la production de nouvelles cellules ou à une destruction massive de cellules en circulation. Dans cette étude, nous nous proposions, dans un premier temps, de comparer la production de nouvelles cellules T CD4 et CD8 chez des individus VIH-négatifs et positifs. Les cellules nouvellement produites portent un marqueur commun que l'on appelle TREC et qui est facilement mesurable. En considérant des paramètres cliniques, nous étions en mesure de déterminer le niveau de TRECs de cellules T CD4 et CD8 dans différentes phases de la maladie. De là, nous avons pu déterminer que le niveau de TREC est toujours plus bas dans les cellules T CD8 de patients VIH-positifs comparativement à notre groupe contrôle. Nous avons pu déterminer par une analyse ultérieure que cette différence est due à une forte prolifération de ces cellules chez les patients VIH-positifs, ce qui a pour effet de diluer ce marqueur. En revanche, la production de nouvelles cellules T CD4 chez des patients VIH-positifs est accentuée lors de la phase précoce de la maladie et largement réprimée lors de la phase tardive. Dans un second temps, nous avons effectué une analyse à grande échelle de l'expression de gènes associés à la division cellulaire sur des lymphocytes T CD4 et CD8 d'individus VIH-¬positifs et négatifs, avec comme contrôle des cellules proliférant in vitro. De cette étude, nous avons pu conclure que les cellules T CD8 de patients VIH-positifs étaient en état de prolifération, alors que les lymphocytes T CD4 présentaient des défauts majeurs conduisant à un arrêt de la division cellulaire. Nos résultats montrent que la capacité à produire de nouvelles cellules chez des patients VIH¬positifs reste active longtemps pendant la maladie, mais que l'incapacité des cellules T CD4 à proliférer peut enrayer la reconstitution immunitaire chez ces individus. ABSTRACT The hallmark of HIV-1 infection is the depletion of CD4 T cells. Despite extensive investigation, the mechanisms responsible for the loss of CD4 T cells have been elucidated only partially. In particular, it remains controversial whether CD4 T cell depletion results from a defect in T cell production or from a massive peripheral destruction. In this study, de novo T cell generation has been investigated by measuring T cell receptor rearrangement excision circles (TRECs) on large cohorts of HIV-negative (N=120) and HIV-1 infected (N=298) individuals. Analysis of TREC levels was performed in HIV-infected subjects stratified by the stage of HIV disease based on CD4 T cell counts (early: >500 CD4 T cells/µl; intermediate: <500>200; late: <200) and by age (20 to 60 years, n = 259). Our data show that TREC levels in CD8 T cells were significantly lower in HIV-infected subjects at any stage of disease compared to the control group. In contrast, TREC levels in CD4 T cells were significantly higher in HIV-infected subjects at early stages disease while no significant differences were observed at intermediate stages of the disease and were severely reduced only at late stages of disease. To investigate further the status of cell cycle in peripheral CD4 and CD8 T cells in HIV-1 infections, we determined the pattern of gene expression with the microarray technology. In particular, CD4 and CD8 T cells of HIV-1 infected and HIV-negative subjects were analysed by Cell Cycle cDNA expression array. The patterns of gene expression were compared to in vitro stimulated CD4 and CD8 T cells and this analysis showed that CD8 T cells of HIV-1 infected subjects had a pattern of gene expression very similar to that of in vitro stimulated CD8 T cells thus indicating ongoing cell cycling. In contrast, CD4 T cells of HIV-1 infected subjects displayed a complex pattern of gene expression. In fact, CD4 T cells expressed high levels of genes typically associated with cell activation, but low levels of cell cycle genes. Therefore, these results indicated that activated CD4 T cells of HIV-1 infected subjects were in cell cycle arrest. Taking together these results indicate that thymus function is preserved for long time during HIV- 1 infection and the increase observed in early stage disease may represent a compensatory mechanism to the depletion of CD4 T cells. However, we provide evidence for a cell cycle arrest of peripheral CD4 T cells that may prevent potentially the replenishment of CD4 T cells. RESUME Les mécanismes responsables de la perte des lymphocytes T CD4 lors de l'infection pas VIH n'ont été élucidés que partiellement. Nous ne savons toujours pas si l'épuisement des lymphocytes T CD4 résulte d'un défaut dans la production de cellules ou d'une destruction périphérique massive. Dans cette étude, la production de cellules T a été étudiée en mesurant les cercles d'excision générés lors du réarrangement du récepteur au cellules T (TRECs) chez des individus VIH-négatifs (N=120) et VIH-1 positifs (N=298). L'analyse des niveaux de TREC a été faite chez sujets HIV-infectés en considérant les phases de la maladie sur la base des comptes CD4 (phase précoce: > 500 cellules CD4/µl; intermédiaire: < 500>200; tardive: < 200) et par âge. Nos données démontrent que les niveaux de TRECs des cellules T CD8 étaient significativement plus bas chez les sujets VIH-1 infectés, à tous les stades de la maladie comparativement au groupe contrôle. En revanche, les niveaux de TRECs des cellules T CD4 étaient significativement plus élevés chez les sujets VIH-1 infectés durant la phase précoce de la maladie, tandis qu'aucune différence significative n'était observée durant la phase intermédiaire et étaient très réduits dans la phase tardive. Dans une deuxième partie, nous avons utilisé la technique des biopuces à d'ADN complémentaire pour analyser la régulation du cycle cellulaire chez les lymphocytes T CD4 et CD8 périphériques lors d'une infection au VIH-1. Des profils d'expression ont été déterminés et comparés à ceux de cellules T CD4 et CD8 stimulées in vitro, démontrant que les cellules T CD8 des sujets VIH-positifs avaient un profil d'expression très semblable à celui des cellules stimulées in vitro en prolifération. En revanche, les lymphocytes T CD4 des sujets VIH-1 positifs avaient un profil d'expression de gène plus complexe. En fait, leur profil montrait une sur- expression de gènes associés à une activation cellulaire, mais une sous-expression de ceux induisant une division. Ainsi, ces résultats indiquent que les lymphocytes T CD4 d'individus VIH-positifs présentent des dérégulations qui conduisent à un arrêt du cycle cellulaire. Ces résultats montrent que la fonction thymique est préservée longtemps pendant l'infection au VIH-1 et que l'augmentation de la quantité de TRECs dans la phase précoce de la maladie peut représenter un mécanisme compensatoire à l'épuisement des cellules T CD4. Cependant, nous démontrons aussi un clair dysfonctionnement du cycle cellulaire chez les cellules T CD4 d'individus infectés par VIH-1 ce qui peut enrayer la reconstitution du système immunitaire.

New telecom services over next generation SDH

Our main aim in this report is to use Next generation SDH to solve the problem associated with the new telecom services. We have tried to analyze the different services and in this way identified some drawbacks which can be seen as hindrances in supporting these services. In this thesis we will first try to have idea of the past SDH technology and how the next generation SDH came into effect overriding the drawbacks of the past SDH technology. Our main concern throughout the report will be the way we can use next generation SDH to provide quality telecommunication services. In the section dealing with the telecommunication services through next generation SDH we will consider how we can transport Ethernet services through the Next generation SDH and what are the benefits to the customer and the service provider in using next generation SDH as a carrier. We will also see to improve to the ATM services through Next generation SDH. And finally towards the end I have identified some possible future work can be done in this area.

Global Distributed Delivery Model for Internet Service Provider

Globaalin talouden rakenteet muuttuvat jatkuvasti. Yritykset toimivat kansainvälisillä markkinoilla aiempaa enemmän. Tuotannon lisäämiseksi monet yritykset ovat ulkoistaneet tuotteidensa tuki- ja ylläpitotoiminnot halvan työvoiman maihin. Yritykset voivat tällöin keskittää toimintansa ydinosamiseensa. Vapautuneita resursseja voidaan käyttää yrityksen sisäisessä tuotekehityksessä ja panostaa seuraavan sukupolven tuotteiden ja teknologioiden kehittämiseen. Diplomityö esittelee Globaalisti hajautetun toimitusmallin Internet-palveluntarjoajalle jossa tuotteiden tuki- ja ylläpito on ulkoistettu Intiaan. Teoriaosassa esitellään erilaisia toimitusmalleja ja keskitytään erityisesti hajautettuun toimitusmalliin. Tämän lisäksi luetellaan valintakriteerejä joilla voidaan arvioida projektin soveltuvuutta ulkoistettavaksi sekä esitellään mahdollisuuksia ja uhkia jotka sisältyvät globaaliin ulkoistusprosessiin. Käytäntöosassa esitellään globaali palvelun toimittamisprosessi joka on kehitetty Internet-palveluntarjoajan tarpeisiin.

Innovation Benchmark Study: Analysis of Innovation Processes in Finnish Companies

Liikevaihdon orgaaninen kasvu on ensisijainen tekijä ja haaste yritysjohdolle yrityksen omistaja-arvon kasvattamiseksi. Tutkimus tarkastelee suosivatko suomalaisyritykset pääasiallisesti olemassa olevaa liiketoimintaa palvelevia innovaatioita vai tukevatko nykyhetken toimintatavat myös uusia kasvua kiihdyttäviä radikaaleja innovaatioita. Lisäksi työ kartoitti suomalaisyritysten innovaatioprosessien kehitysalueita käyttäen itsearviointitutkimusta.Tulokset johtivat kolmeen johtopäätökseen. Tutkimus osoitti, että vastaajayritykset ovat keskittyneet innovaatiotoiminnassaan vahvasti ydinliiketoimintaansa, jättäen potentiaaliset kasvumahdollisuudet huomioimatta. Yritykset tavoittelevat maksimaalisia tuottoja keskittymällä tuotteidensa korkeaan suorituskykyyn. Lyhyen aikavälin epärealistiset tuotto-odotukset sekä projekteille suunnatut arviointikriteerit rajoittavat liiketoimintaa mullistavien radikaalien innovaatioiden kehittymistä organisaatiossa. Toiseksi, tutkimus osoitti, että suuri osa yrityksistä käyttää perinteisen projektien arviointi- ja kehitysprosessin lisäksi vaihtoehtoisia ja huonosti kontrolloitavissa olevia kehitysprosesseja, mikäli projektille annetaan kielteinen rahoituspäätös standardin prosessin sisällä. Kolmanneksi, suomalaisyritysten innovaatioprosesseissa paljastui merkittäviä puutteita mitattavien elementtien suhteen.

Model for managing non-core ideas to new companies, products and services in a Finnish forest company

Suomalainen metsäteollisuus on muutoksen partaalla. Uutisissa on nähty miten metsäyrityksen sulkevat tehtaita ja paperikoneita. Suomalaisessa metsäteollisuudessa keskitytään tällä hetkellä lähinnä kulujen alentamiseen ja tuottavuuden parantamiseen. Edellytyssille, että suomalainen metsäteollisuus pysyy kilpailukykyisenä, ovat kuitenkinuudet innovaatiot ja toimialojen välinen yhteistyö. Työn tavoitteena oli luoda toimintamalli UPM-Kymmene Oyj:lle, minkä avulla ydinliiketoimintaan kuulumattomat tuote- ja palveluideat saataisiin hyödynnettyä. Aihe on erittäin ajankohtainen, mikäli halutaan pitää tuotanto jatkossakin Suomessa. Luotumalli painottaa pk-sektorin roolia ja potentiaalia kehittää UPM-Kymmeneltä peräisin olevia ja heidän ydinliiketointaan kuulumattomista tuote ja palveluideoistauusia yrityksiä, tuotteita ja palveluita. Malli edustaa uudenlaista ajattelutapaa ja sen käyttöönotto vaatii perinteisen yrityskulttuurin uudistamista UPM-Kymmenessä.

Scandinavian companies of banking, retailing and hotel sectors investing into the Baltic States-developing service sector

Diplomityö tehtiin Lappeenrannan yliopistossa päätavoitteenaan selvittää tärkeimmät motiivit, jotka ovat saaneet pohjoismaiset palvelualan yrityksetinvestoimaan Baltian maiden kehittyvillä markkinoilla. Pohjoismaiset yritykset ovat olleet aiemmin aktiivisia hyödyntämään Baltian maiden työvoimaa tuotantosektorilla. Suomalaiset yritykset ovat investoineet aiemmin telekommunikaatio- sekävaatetussektoreihin, mutta nykyisin investointien pääpaino on siirtynyt palvelualalle. Pankkisektori on erittäin kehittynyt pohjoismaissa ja ruotsalaiset yritykset ovat onnistuneet myös Baltiassa siirtyen markkinoille yksityistämisen tuomien mahdollisuuksien avulla. Nykyisin näillä yrityksillä on vahva jalansija Virossa sekä ovat etabloituneet myös Latviaan ja Liettuaan. Suomalaiset pankkialan yritykset ovat olleet vaatimattomampia tällä sektorilla. Vähittäiskauppiaat ovat vasta kansainvälistymisprosessinsa alkutaipaleella. Suomalaiset yritykset ovat laajentuneet Viroon ja tehneet yhteistyötä ruotsalaisten yritysten kanssa. Hotellisektorilla suomalaiset ja ruotsalaiset ovat edenneet rauhallisesti, mutta norjalainen ketju, Reval Hotel, on laajentunut kaikkiin Baltian maihin. Hotellisektorilla on luvassa kasvua lähivuosina. Kilpailutilanne on kiristynyt kaikilla palvelualan sektoreilla sekä paikallisten yritysten kasvun että ulkomaisten investoijien myötä. Elinolojen paraneminen vaikuttaa myös kilpailutilanteeseen kiristävästi, sillä se luo mahdollisuuksia yrityksille laajentua. Tämä diplomityö selvittäätilannetta valittujen yritysten kannalta niiden kansainvälistymisen alkutaipaleella.