Minimal requirements for parameters to be used for the development of predictive models for microbial source tracking. The example of the pair somatic coliphages and phages infecting Bacteroides

Several methods and approaches for measuring parameters to determine fecal sources of pollution in water have been developed in recent years. No single microbial or chemical parameter has proved sufficient to determine the source of fecal pollution. Combinations of parameters involving at least one discriminating indicator and one universal fecal indicator offer the most promising solutions for qualitative and quantitative analyses. The universal (nondiscriminating) fecal indicator provides quantitative information regarding the fecal load. The discriminating indicator contributes to the identification of a specific source. The relative values of the parameters derived from both kinds of indicators could provide information regarding the contribution to the total fecal load from each origin. It is also essential that both parameters characteristically persist in the environment for similar periods. Numerical analysis, such as inductive learning methods, could be used to select the most suitable and the lowest number of parameters to develop predictive models. These combinations of parameters provide information on factors affecting the models, such as dilution, specific types of animal source, persistence of microbial tracers, and complex mixtures from different sources. The combined use of the enumeration of somatic coliphages and the enumeration of Bacteroides-phages using different host specific strains (one from humans and another from pigs), both selected using the suggested approach, provides a feasible model for quantitative and qualitative analyses of fecal source identification.

Optimizing the Anti-VEGF Treatment Strategy for Neovascular Age-Related Macular Degeneration: From Clinical Trials to Real-Life Requirements.

NlmCategory="UNASSIGNED">This Perspective discusses the pertinence of variable dosing regimens with anti-vascular endothelial growth factor (VEGF) for neovascular age-related macular degeneration (nAMD) with regard to real-life requirements. After the initial pivotal trials of anti-VEGF therapy, the variable dosing regimens pro re nata (PRN), Treat-and-Extend, and Observe-and-Plan, a recently introduced regimen, aimed to optimize the anti-VEGF treatment strategy for nAMD. The PRN regimen showed good visual results but requires monthly monitoring visits and can therefore be difficult to implement. Moreover, application of the PRN regimen revealed inferior results in real-life circumstances due to problems with resource allocation. The Treat-and-Extend regimen uses an interval based approach and has become widely accepted for its ease of preplanning and the reduced number of office visits required. The parallel development of the Observe-and-Plan regimen demonstrated that the future need for retreatment (interval) could be reliably predicted. Studies investigating the observe-and-plan regimen also showed that this could be used in individualized fixed treatment plans, allowing for dramatically reduced clinical burden and good outcomes, thus meeting the real life requirements. This progressive development of variable dosing regimens is a response to the real-life circumstances of limited human, technical, and financial resources. This includes an individualized treatment approach, optimization of the number of retreatments, a minimal number of monitoring visits, and ease of planning ahead. The Observe-and-Plan regimen achieves this goal with good functional results. Translational Relevance: This perspective reviews the process from the pivotal clinical trials to the development of treatment regimens which are adjusted to real life requirements. The article discusses this translational process which- although not the classical interpretation of translation from fundamental to clinical research, but a subsequent process after the pivotal clinical trials - represents an important translational step from the clinical proof of efficacy to optimization in terms of patients' and clinics' needs. The related scientific procedure includes the exploration of the concept, evaluation of security, and finally proof of efficacy.

Quality and safety requirements for sustainable phage therapy products.

The worldwide antibiotic crisis has led to a renewed interest in phage therapy. Since time immemorial phages control bacterial populations on Earth. Potent lytic phages against bacterial pathogens can be isolated from the environment or selected from a collection in a matter of days. In addition, phages have the capacity to rapidly overcome bacterial resistances, which will inevitably emerge. To maximally exploit these advantage phages have over conventional drugs such as antibiotics, it is important that sustainable phage products are not submitted to the conventional long medicinal product development and licensing pathway. There is a need for an adapted framework, including realistic production and quality and safety requirements, that allowsa timely supplying of phage therapy products for 'personalized therapy' or for public health or medical emergencies. This paper enumerates all phage therapy product related quality and safety risks known to the authors, as well as the tests that can be performed to minimize these risks, only to the extent needed to protect the patients and to allow and advance responsible phage therapy and research.

Toimintajärjestelmän hallintaohjelmiston suunnittelu ja toteutus yritysverkostojen käyttöön

Tässä diplomityössä kuvataan sähköisen toimintajärjestelmän hallintaohjelmiston toteuttaminen yritysverkostojen käyttöön. Jokainen toimintajärjestelmän osa on kuvattu erikseen ja sitä vastaamaan on toteutettu oma osio, joka vastaa nykyisten standardien ja spesifikaatioiden vaatimuksiin. Tämän työn standardit ja spesifikaatiot ovat ISO 9001:2000 (laatustandardi), ISO 14001 (ympäristöstandardi) ja OHSAS 18001 (turvallisuusjärjestelmäspesifikaatio). Hallintaohjelmistolla pystytään ylläpitämään toimintajärjestelmän perusosat, joita ovat prosessikuvaukset, asiakirjat, raportit ja mittarit. Ohjelma toteutetaan servlet-tekniikalla web-ympäristöön. Tietokantaratkaisuna käytetään SQL:ää, joka sopii hyvin yhteen Javan kanssa. Käyttöliittymänä on selain, mikä osaltaan helpottaa käyttöönottoa yrityksissä, koska erillisiä asennuksia käyttäjien koneisiin ei tarvita. Ohjelma on tarkoitettu asennettavaksi yrityksen sisäverkkoon.

Komposiittivaipan moderni optimisuunnittelu ja toteutus

Tavoitteena tällä tutkimuksella on soveltaa modernin optimisuunnittelun keinoja komposiittimuovisen nestesäiliön lieriömäisen vaipparakenteen suunnittelemiseksi optimaalisen tyydyttäviksi valmistustekniikan ja kustannusten kannalta. Kuormituksia on kahdenlaisia. Säiliön sisällä on neste, joka tuottaa hydrostaattisen painekuorman ja järjestelmään kytketty puhallin tuottaa ulkoisen ylipaineen. Säiliöt ovat pystysäiliöitä ja ne tukeutuvat alustaan suoran pohjalaatan avulla. FEM- malleissa kuoren alaosat ovat jäykästi kiinnitettyjä ja yläosissa säteensuuntaiset siirtymät ovat estettyjä. Materiaaleiksi kuoreen on valittu kahdella eri menetelmällä lujitetut komposiittimateriaalit. Kantavan kerroksen toimintona on kantaa kuormat. Sulkukerros toimii korroosiosuojana ja sen lujuus on kantavaa kerrosta pienempi. Keinoina käytetään ensin innovatiivista suunnittelua optimaalisten lähtövaihtoehtojen ideoimiseksi ja valitsemiseksi jatkokehittelyä varten. Tavoitteena on asiakkaan tyytyväisyyden maksimointi huomioiden tuotteen kustannukset ja kesto. Yhtenä suunnittelun keinona on käytetty kuoriteoriaa ja komposiittien materiaalimalleja. Kestoehtoina on sovellettu komposiiteille soveltuvia kriteerejä. Toisena keinona käytetään FEM-laskentaa. Elementtityypiksi on valittu kaksiulotteinen kuorielementti, jossa on ortotrooppisen ainemallin mukaiset materiaaliominaisuudet. Jännitystuloksien merkittävyys keston kannalta selvitettiin Tsai-Hillin kriteerillä. Tuloksina saatiin ensin innovoitua rakenteelle kaksi päävaihtoehtoa, joita alettiin optimoida. Valitussa ratkaisussa on huomioitu kokonaisuus ja eri yksityiskohdat, kuten paino, jäykisteet kustannustehokkuus, valmistusnopeus, laatu, hävikit, päästöt, lujuus ja kilpailukykyinen myyntihinta. Yhteenvetona voidaan todeta, että käytetyt keinot ovat hyvin tehokkaita ja niillä voidaan suunnitella ja toteuttaa komposiittirakenteita, jotka tyydyttävät optimaalisesti loppukäyttäjän teknis- taloudelliset vaatimukset. Lisäksi tulokset osoittavat, että standardin ja FEM-laskennan ennustukset ovat lähellä toisiaan sylinterimäisillä kuoriosilla, mutta standardit suosittavat suurempia mittoja itse jäykisteille.

Evaluation of an eLearning pilot course based on user experiences: corporate case study

Diplomityön tavoitteena oli arvioida sähköisen oppimisen soveltuvuutta kohdeyrityksessä ja selvittää, voidaanko luokkahuonekoulutusta korvata sähköisen oppimisen kursseilla. Tietojärjestelmän raportoinnista tehtiin sähköisen oppimisen kurssi, joka oli koekäytössä. Koekäytön jälkeen tehtiin käyttäjäkysely, kerättiin käyttötietoja kurssista ja tehtiin haastatteluja. Koekäyttäjien kokemuksista tehdyn arvioinnin perusteella sähköinen oppiminen soveltuu käytettäväksi selkeiden asioiden koulutukseen kohdeyrityksessä, mutta se ei voi kokonaan korvata luokkahuonekoulutusta. Luokkahuonekoulutuksessa tulisi keskittyä monimutkaisempiin asioihin ja ongelmanratkaisuun. Positiivisten tulosten perusteella sähköisen oppimisen kehittämistä päätettiin jatkaa yrityksessä. Sähköisen oppimisen kurssin avulla saadaan kustannussäästöjä kohdeyrityksessä, kun käyttäjämäärä on suurempi kuin 66. Jos koko koekäytössä olleen kurssin kohdeyleisö suorittaa kurssin sähköisesti, ovat kustannukset vain noin 15% vastaavista kustannuksista luokkahuoneessa järjestettynä. Lisäksi sähköisen oppimisen tehokkuutta tutkittiin ja koekäytössä olleen kurssin arvioitiin olevan positiivinen työssä kehitetyn Consensus-mallin mukaan.

Achieving Traceability

Tämä diplomityö käsittelee vaatimusmäärittelyä. Erityinen keskittymisalue on vaatimusten jäljitettävyys. Vaatimusmäärittely on osa ohjelmistokehitysprosessia. Insinöörit tietävät, että ymmärtääkseen ongelmaa on sen lähtökohdat ymmärrettävä. Tästä huolimatta määrittelyvaihe epähuomioidaan helposti. Diplomityössä kartoitetaan ensin vaatimusmäärittelyä järjestelmäprojektin osana. Vaatimusmäärittelyn rakennetta tarkennetaan ja sen sisältöä tuodaan esille. Olemassaolevana projektina analysoidaan, kuinka Soneran Mobile Pay osaston suorittama vaatimusmäärittely on toteutunut Mobile Payment Platform projektin alkuvaiheessa. Lähinnä keskitytään näyttämään, kuinka vaatimukset on kirjattu ylös. Tämän jälkeen tarkastellaan jäljitettävyyden olemusta. Työssä kartoitetaan lukijalle, mitä jäljitettävyys tarkoittaa. Kartoituksen jälkeen käydään läpi jäljitettävyyttä tukevia toimenpiteitä Sonera Mobile Payn tuotekehitysprosessissa.

Application Architecture Design for an Industrial Service Company

Työssä oli tavoitteena suunnitella globaali sovellusarkkitehtuuri, joka ohjaa teollisen huoltoyrityksen sovellusten kehitystyötä. Sovellusarkkitehtuuri kuvaa tietokoneohjelmien toiminnallisuuteen loppukäyttäjien näkökulmasta ja sen laatiminen on osa strategista tietojärjestelmäsuunnittelua. Arkkitehtuurin tehtävänä on varmistaa, että tietojärjestelmät suunnitellaan kokonaisuutena tukemaan organisaation toimintaa. Arkkitehtuurin tekemistä ohjasi strategisen tietojärjestelmäsuunnittelun periatteet ja mallit. Tekniikat olivat samoja kuin projektikohtaisessa tietojärjestelmäsuunnittelussa. Sovellusarkkitehtuurin tekeminen alkoi tutustumalla yrityksessä vallitsevaan tilanteeseen sekä liiketoiminta- ja tietotekniikkastrategioihin. Tarkastelun kohteena olivat pääasiassa liiketoimintaprosessit ja käytössä olevat sovellukset. Tutustuminen tapahtui lähinnä haastatteluin ja dokumentteihin tutustumalla. Seuraavaksi johdettiin vaatimukset tulevaisuuden sovelluksille haastatteluista ja edellisen vaiheen materiaalin perusteella. Liiketoiminnan kannalta tärkeimmät vaatimukset valittiin täytettäväksi arkkitehtuurilla. Varsinaisen arkitehtuurin tekeminen oli lähinnä sovellusten valitsemisesta ja niiden keskinäisten suhteiden määrittelyä. Arkkitehtuurin perusteella määritettiin kehityshankeet.

Neonates with Bartter syndrome have enormous fluid and sodium requirements.

AIM: Managing neonatal Bartter syndrome by achieving adequate weight gain is challenging. We assessed the correlation between weight gain in neonatal Bartter syndrome and the introduction of fluid and sodium supplementations and indomethacin during the first 4 weeks of life. METHODS: Daily fluid and electrolytes requirements were analysed using linear regression and Spearman correlation coefficients. The weight gain coefficient was calculated as daily weight gain after physiological neonatal weight loss. RESULTS: We studied seven infants. The highest weight gain coefficients occurred between weeks two and four in the five neonates who either received prompt amounts of fluid (maximum 810 mL/kg/day) and sodium (maximum 70 mmol/kg/day) or were treated with indomethacin. For the two patients with the highest weight gain coefficient, water and sodium supplementations were decreased in weeks two to four leading to a significant negative Spearman correlation between weight gain and fluid supplements (r = -0.55 and -0.68) and weight gain and sodium supplementations (r = -0.96 and -0.72). The two patients with the lowest weight gain coefficient had positive Spearman correlation coefficients between weight gain and fluid and sodium supplementations. CONCLUSION: Infants with neonatal Bartter syndrome required rapid and enormous fluid and sodium supplementations or the early introduction of indomethacin treatment to achieve adequate weight gain during the early postnatal period.

Henkilökohtaisen päätelaitteen käyttö lähimaksujärjestelmässä

Henkilökohtaista luotettavaa päätelaitetta voidaan käyttää maksuvälineenä langattomissa maksujärjestelmissä. Päätelaitteen luotettavuus saadaan aikaan sen sisältämien tietojen salauksen ja käyttäjän tunnistuksen avulla. Kaupankäynnin tietoturvan kannalta järjestelmien tärkeimpiä tehtäviä ovat osapuolten tunnistaminen ja tietoyhteyden suojaaminen. Tässä työssä esitellään automaatti- ja ruokalamaksamisen järjestelmä, jossa käytetään maksuvälineenä Bluetooth-ominaisuudella varustettua kämmentietokonetta. Henkilökohtaisen luotettavan päätelaitteen vaatimuksia ja uhkia käydään läpi. Samoin erilaisia menetelmiä käyttäjän ja laitteiden tunnistukseen sekä tietoyhteyden suojaamiseen. Käyttäjän tunnistus perustuu julkisten avainten varmenteisiin, joihin on sisällytetty tietoa niin asiakkaasta, maksuvälineestä kuin maksumenetelmästäkin. Maksumenetelmäksi on valittu tilien käyttö. Tietoyhteyden suojaamiseen käytetään epäsymmetristä salausta.

Business Process Modeling in Software Requirements Engineering for Small and Medium Software Projects

Vaatimusmäärittelyn tavoitteena on luoda halutun järjestelmän kokonaisen, yhtenäisen vaatimusluettelon vaatimusten määrittämiseksi käsitteellisellä tasolla. Liiketoimintaprosessien mallintaminen on varsin hyödyllinen vaatimusmäärittelyn varhaisissa vaiheissa. Tämä työ tutkii liiketoimintaprosessien mallintamista tietojärjestelmien kehittämistä varten. Nykyään on olemassa erilaisia liiketoimintaprosessien mallintamiseen tarkoitettuja tekniikoita. Tämä työ tarkastaa liiketoimintaprosessien mallintamisen periaatteet ja näkökohdat sekä eri mallinnustekniikoita. Uusi menetelmä, joka on suunniteltu erityisesti pienille ja keskisuurille ohjelmistoprojekteille, on kehitetty prosessinäkökohtien ja UML-kaavioiden perusteella.

Context-based services for mobile devices

The subject of this master’s thesis was developing a context-based reminder service for mobile devices. Possible sources of context were identified and analyzed. One such source is geographical location obtained via a GPS receiver. These receivers consume a lot of power and techniques and algorithms for reducing power consumptions were proposed and analyzed. The service was implemented as an application on a series 60 mobile phone. The application requirements, user interface and architecture are presented. The end-user experiences are discussed and possible future development and research areas are presented.

Offering Analysis in New Product Launch and Sales Planning

This Master's Thesis has been written for Stora Enso Flexible Packaging Papers business unit. In the North-American mills, the business unit has developed a range of new flexible packaging paper grades. The Master's Thesis researches opportunities for sales of these new flexible packaging papers in selected Western-European markets. This study consists of theoretical and empirical part. Theoretical part presents supply chain of flexible packaging, discovering of customer requirements, concept of an offering, general market analysis, customer analysis and basis for sales planning. Empirical part includes preliminary market analysis based on secondary sources, results of lead user interviews and conclusions and recommendations. Potential customers' technical and commercial requirements were found and these were compared to current Stora Enso Flexible Packaging Papers offering. Also a list of potential new customers was made and sales action suggestions were presented in order to gain new accounts.

Paikallisen WLAN-operaattorin liiketoimintasuunnitelma: Case Wireless

Työn tavoitteena oli selvittää uudenlaisen WLAN-verkkoyhteyden tarjoajan liiketoiminnallisia mahdollisuuksia ja -edellytyksiä. Uudenlaisessa mallissa loppukäyttäjällä on langatonta lähiverkkoa käyttäessään mahdollisuus valita mieleisensä Internet-operaattori sekä käyttää paikallisia palveluja ilman Internet-yhteyttä, alueverkon kautta. Lisaksi tutkittiin langattoman tiedonsiirron markkinointia. Työn case-osuudessa tutkittiin Lappeen¬rannan teknillisen korkeakoulun WLAN-hanketta, ja siinä rakennettua access-verkkoa. Koko langattoman tiedonsiirron liiketoimintakenttä on vasta hakemassa lopullisia muotojaan. Nopeasta yleistymisestä huolimatta WLAN:in massamarkkinoille tuloa hidastavat tietyt ongelmat, mm. verkkovierailut (sekä WLAN-verkkojen että eri langattomien tiedonsiirtoteknologioiden välillä), epäselvät laskutusmallit sekä yhteensopivuusongelmat. Tietoturva on WLAN:in ongelmista kuuluisin, mutta ei suurin este todellisten massamarkkinoiden saavuttamisessa. Hyödyntämällä teknologian omaksujaryhmien erilaisia piirteitä saadaan etua tavoiteltaessa massamarkkinoita. Case-verkon liiketoimintasuunnitelmasta käy ilmi, että mikäli WLAN yleistyy, kuten on odotettu, esitetty uudenlainen alueellinen liiketoimintamalli voi olla taloudellisesti mahdollinen. Esitetyt riskit ja oletukset on huomioitava alan epävarman kehityksen takia.

Monikappalesysteemin esikäsittelijä kaupallisessa ympäristössä

Työn tavoitteena oli tehdä monikappalesysteemin esikäsittelijä, joka toimii CAD-ohjelmiston yhteydessä. CAD-ohjelmistoksi valittiin SolidWorks-ohjelmisto. Esikäsittelijästä tehtiin yhteensopiva monikappaledynamiikan simulointi ohjelmiston kanssa, joka on kehitetty Lappeenrannan teknillisessä yliopistossa. Aikaansaadun esikäsittelijän avulla pystytään tuottamaan monikappaledynamiikan simuloinnissa tarvittavat lähtötiedot. Lähtötiedot esikäsittelijä laskee käyttäjän tekemästä kokoonpanokuvasta ja käyttäjän antamista tiedoista. Esikäsittelijän toiminta verifioitiin kaupallisin simulointiohjelmisto ADAMS:n avulla. Esikäsittelijän todettiin toimivan luotettavasti ja täyttävän sille asetetut vaatimukset. Lisäksi esikäsittelijän todettiin nopeuttavan huomattavasti simulointimallien tekoa.