Model-based clustering in gene expression microarrays: An application to breast cancer data

In microarray studies, the application of clustering techniques is often used to derive meaningful insights into the data. In the past, hierarchical methods have been the primary clustering tool employed to perform this task. The hierarchical algorithms have been mainly applied heuristically to these cluster analysis problems. Further, a major limitation of these methods is their inability to determine the number of clusters. Thus there is a need for a model-based approach to these. clustering problems. To this end, McLachlan et al. [7] developed a mixture model-based algorithm (EMMIX-GENE) for the clustering of tissue samples. To further investigate the EMMIX-GENE procedure as a model-based -approach, we present a case study involving the application of EMMIX-GENE to the breast cancer data as studied recently in van 't Veer et al. [10]. Our analysis considers the problem of clustering the tissue samples on the basis of the genes which is a non-standard problem because the number of genes greatly exceed the number of tissue samples. We demonstrate how EMMIX-GENE can be useful in reducing the initial set of genes down to a more computationally manageable size. The results from this analysis also emphasise the difficulty associated with the task of separating two tissue groups on the basis of a particular subset of genes. These results also shed light on why supervised methods have such a high misallocation error rate for the breast cancer data.

Anaphoric choices in Japanese fictional novels: the discourse arrangement of noun phrases, zero and third person pronouns

By examining Japanese fictional novels, this article will discuss how anaphoric devices (noun phrases (NPs), third person pronouns (TPPs), and zero anaphors) are selected and arranged in a given discourse. The traditional view of anaphora considers the co-referential relationship between anaphoric devices to be syntagmatic; that is, a pronoun, for example, refers back to its antecedent. It also declares the hierarchical order of information values between anaphoric devices; NPs are semantically the most informative, indicating an episode boundary, and pronouns less informative. Furthermore, zero anaphora is the most referentially transparent, showing the most accessibility of a topic. However, real text shows the contrary. NPs occur frequently while there is no apparent discourse boundary, and the same episode is continuous. This is because zero anaphors and TPPs (if they occur) break down readily due to the nature of a forthcoming sentence and the NP is reinstated, in order to continue the same topic in a given discourse. Therefore, the article opposes the traditional view of anaphora. Based on the concept of text processing, using ‘mental representations’, this article will determine certain occurrence patterns of the three anaphoric devices.

A longitudinal analysis of sex differences in bone mineral accrual in healthy 8-19-year-old boys and girls

Background: Although early in life there is little discernible difference in bone mass between boys and girls, at puberty sex differences are observed. It is uncertain if these differences represent differences in bone mass or just differences in anthropometric dimensions. Aim: The study aimed to identify whether sex independently affects bone mineral content (BMC) accrual in growing boys and girls. Three sites are investigated: total body (TB), femoral neck (FN) and lumbar spine (LS). Subjects and methods: 85 boys and 67 girls were assessed annually for seven consecutive years. BMC was assessed by dual energy X-ray absorptiometry (DXA). Biological age was defined as years from age at peak height velocity (PHV). Data were analysed using a hierarchical (random effects) modelling approach. Results: When biological age, body size and body composition were controlled, boys had statistically significantly higher TB and FN BMC at all maturity levels (p < 0.05). No independent sex differences were found at the LS (p > 0.05). Conclusion: Although a statistical significant sex effect is observed, it is less than the error of the measurement, and thus sex difference are debatable. In general, sex difference are explained by anthropometric difference

Genetic structure of Mycosphaerella fijiensis populations from Australia, Papua New Guinea and the Pacific Islands

Single-copy restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers were used to determine the genetic structure of Mycosphaerella fijiensis, the cause of black leaf streak (black Sigatoka) disease of banana and plantain, in the Torres Strait, Papua New Guinea (PNG), and the Pacific Islands. A moderate level of genetic variation was observed in all populations with genotypic diversity values of 60-78% of the theoretical maximum, and gene diversity (H) values between 0.269 and 0.336. All populations were at gametic equilibrium, and with the high level of genotypic diversity observed this indicated that sexual reproduction has a major role in the genetic structure of the M. fijiensis populations examined. Population differentiation was tested on several hierarchical scales. No evidence of population differentiation was observed between sites on Mer Island. A moderate level of population differentiation was observed within the Torres Strait, between Badu and Mer Islands (F-ST = 0.097). On a regional scale, the greatest differentiation was found between the populations of the Torres Strait and the Pacific. Populations from these regions were more closely related to the PNG population than to each other, suggesting they were founded in separate events from the same population.

Inova????o na administra????o p??blica estadual: o 1o pr??mio excel??ncia em gest??o p??blica do estado de Minas Gerais

O texto apresenta as oito experi??ncias vencedoras do 1o Pr??mio Excel??ncia em Gest??o P??blica do Estado de Minas Gerais, realizado em 2006, procurando destacar suas diferen??as e semelhan??as. Tem como par??metro de refer??ncia os principais temas do movimento internacional te??rico e pr??tico de renova????o da administra????o p??blica conhecido como Gest??o P??blica: descentraliza????o e horizontaliza????o de estruturas, foco no usu??rio-cidad??o, maior participa????o e responsabiliza????o de agentes p??blicos, formas de controle n??o-hier??rquico, uso adequado dos recursos p??blicos. Para concluir, comenta o potencial de concursos que valorizam a excel??ncia no setor p??blico para permitir a inova????o, promover a a????o e n??o o imobilismo, desenvolver o campo de conhecimento da administra????o p??blica, valorizar os servidores p??blicos e colocar o tema da melhoria da gest??o p??blica na agenda de mudan??as da sociedade e dos governos.

Intraempreendedorismo e a inova????o na gest??o p??blica federal

O objetivo deste artigo ?? apresentar tr??s a????es empreendedoras em organiza????es p??blicas premiadas pela ENAP no concurso Inova????o na Gest??o P??blica Federal. A partir da revis??o de literatura e estudo de caso, ser??o confrontados os diversos tipos e modelos de processos de inova????o, para identificar as dificuldades apontadas e as solu????es adotadas nas a????es premiadas. Foram selecionados tr??s casos de iniciativas inovadoras no INSS, apontando a origem, caracter??sticas, amplitude e o modelo do processo. Nosso quadro te??rico de refer??ncia est?? estruturado no sentido de aprofundar a percep????o, bem como nos dar condi????es de comparar alguns estudos e apontar lacunas, se existentes. A pesquisa foi realizada por meio de metodologia qualitativa, explorat??ria e adotando a estrat??gia de investiga????o do estudo de caso. A revis??o de literatura teve como objetivo identificar o que se encontra dispon??vel em livros, artigos, teses e, inclusive, experi??ncias. A conclus??o alcan??ada no artigo ?? a de que, apesar dos alegados entraves e limita????es, o intraempreendedorismo se faz presente nas organiza????es p??blicas e vem crescentemente sendo adotado pelas chefias ou mesmo por funcion??rios sem nenhum tipo de fun????o comissionada, como relatado em um dos casos. A inova????o nas organiza????es p??blicas, representada pelo intraempreendedorismo das experi??ncias premiadas pelo concurso, confirma nosso quadro te??rico na medida em que a????es empreendedoras geradoras de inova????o se fazem presentes nas organiza????es p??blicas, em todos os seus processos e meios.

Basis set convergence in Hartree-Fock calculations of some diatomic molecules containing first and second-row atoms

Investiga-se a convergência de conjuntos de bases em direção ao limite numérico da energia Hartree-Fock (HF) total para as seqüências hierárquicas dos conjuntos de bases XZP e ccpVXZ. Para as duas hierarquias, melhoramentos significativos são obtidos com cada incremento em X. Para estimar o limite do conjunto de base completo, uma forma exponencial foi usada. Entre as várias aproximações consideradas aqui, uma extrapolação exponencial de três parâmetros aplicada aos resultados TZP, QZP e 5ZP deu os limites do conjunto de bases mais precisos. Em adição, energias HF dos orbitais moleculares ocupados mais altos de algumas moléculas diatômicas foram calculadas com o conjunto 5ZP e comparadas com as correspondentes obtidas com o conjunto cc-pV5Z e com um método numérico HF.

Sentidos que emergem do/circulam no trabalho docente na educação infantil

Este estudo focaliza a constituição do trabalho docente na Educação Infantil (EI), tomando como referência o cenário da EI articulado ao campo profissional, vinculado às especificidades da EI, na indissociabilidade do educar e do cuidar, no contexto de transformações do sistema educativo e da expansão da oferta da EI. Perspectiva compreender os sentidos que emergem do/circulam no trabalho docente na EI das auxiliares de creche e professoras que atuam com crianças de zero a três anos, quando mediadas por um processo de formação. É sustentado pelos pressupostos teórico-metodológicos bakhtinianos vinculados aos referenciais do trabalho docente e da formação no campo da educação infantil, com base numa configuração dialógica da compreensão. Articula essa ancoragem à pesquisa de abordagem qualitativa por meio dos procedimentos metodológicos de observação participante e entrevistas, tendo como campo de estudo a experiência de uma instituição de Educação Infantil. Os resultados demonstram tensionamentos entre formação continuada e vivência profissional, estendendo-se às profissionais docentes em situação funcional díspar diante da perspectiva pedagógica da indissociabilidade do educar e do cuidar. Os sentidos que emergiram e circularam, a partir das rodas de conversa propostas nesta pesquisa, abrangem a complexidade do trabalho docente na EI, configurado por lógicas hierárquicas no exercício da docência. Tais fundamentos incidem na diluição de um trabalho educativo pautado no compromisso pedagógico e na formação das crianças, pois, da forma como vêm sendo ampliadas e flexibilizadas as contratações, intensificam a fragilidade da função docente, no que tange à formação mínima exigida em lei para atuar na EI quanto na formação continuada.

Redes de saberesfazeres, complexidade e tensões : os cotidianos do ensino médio de uma escola pública do Espírito Santo

A ciência com suas verdades passou a ser um artefato essencial nos cotidianos escolares. Esses saberes se enredam com outros saberes que despotencializados e silenciados, permanecem nos interstícios do discurso hegemônico da modernidade na escola causando tensões. Potencializar a ocorrência dessas redes nesses cotidianos pode intensificar essas tensões e assim abalar esse domínio da ciência. Os muitos caminhos possíveis de serem percorridos nas tessituras desprivilegiam quaisquer saberes e fazeres que se pretendem exclusivos. Assumindo a metáfora das redes, os praticantes da escola podem potencializar as inter-relações que ocorrem na vida. A remoção de instâncias de poder hierárquico de saberes, enredando-os e o compartilhamento solidário das práticasteoriaspráticas, não significa a diluição da autoridade. Agora a autoridade cumpre um novo papel que é de constituir uma rede de relações de autoridade partilhada. Desejamos perceber esses múltiplos sentidos e problematizar o quão potentes são ou não para a vida. Participamos juntamente com os alunos e alunas das aulas e posteriormente, os convidamos para conversasentrevistas, gravando e fotografando esses momentos. Percorremos, nos turnos matutino e noturno, todos os seus espaçostempos, nos conectando nas redes que se tecem. Optamos por estar nas turmas de ensino médio de formação geral e nas turmas de ensino médio na modalidade Educação de Jovens e Adultos. As entrevistasconversas foram feitas com três alunos ao mesmo tempo, sempre de uma mesma turma, para que se estabelecesse uma conversa e para que a produção de sentidos dos cotidianos da escola pudesse ser mais potencializada. Dos alunos entrevistados, estão entre os seus desejos mais comuns para além dos saberes científicos, as atividades esportivas, artísticas, literárias, religiosas, cursos de formação profissional, dança, canto, campanhas educativas, passeios. As relações de amizade e outros modos relacionais como entre professores e alunos, têm sido citados com grande frequência, pelos estudantes, nas entrevistasconversas. Não tem se conseguido implantar na sua totalidade os preceitos da modernidade nos escola. Há, portanto, um visível esgotamento do monopólio do comportamento científico nos cotidianos da escola pública pesquisada. São nesses espaçostempos escolares nos quais pode se dar a experiência. Apesar do discurso moderno na escola produzir mecanismos que impedem a experiência, esse controle é acompanhado de diversos mecanismos de escapes. É pela “voz” dos alunos que se apresentam as ausências da escola. A “voz” dos estudantes é a grande presença na escola e sua grande potência. Talvez esse seja o maior desperdício no contexto educacional escolar.

Lucidez-Embriaguez, movimento e arrebatamento: homens,(Semi)deuses que perambulam e a educação menor num bairro de uma rede municipal

A tese afirma a vida por meio das biopotências que se manifestam em movimentações invisíveis aos olhos acostumados a permitir o ver, o julgar e o falar. Foca o tempo presente, na comunicação em redes, traz em si a potência de reatar a multidão, com a capacidade de sondar possibilidades mostrando o que antes parecia opaco e impossível. Perambular é ligar nas redes quentes de um bairro com/no/do território ao privilegiar o movimento, o processo, sempre caminhando pelas vias e conexões abertas, aposta estética-ética-política nos paradoxos sem superação e não hierarquizados. Toma como método de pesquisa-intervenção elementos de uma cartografia de movimentos e devires, traçando um perambular rizomático em que são problematizados a constituição do problema de pesquisa, que considera a construção do conhecimento diversificada, descentralizada e horizontalizada. Problematiza as práticas discursivas de si em suas relações com a biopolítica, a governabilidade e a biopolítica das populações. O que está(rá) rolando nesse bairro, no que foi chamado de criança, adolescente, escola, compor para que as coisas apareçam, junto com outros que vivem a loucura em duplas e trios. A tese é a possibilidade da existência de uma educação menor na periferia para as populações marginalizadas, muçulmanizadas. Educação menor, da sala de aula, do bairro, do cotidiano de professores, familiares e alunos. Educação que permite revolucionários, na medida em que alguma revolução ainda faz sentido na educação nesses dias. A educação menor constitui-se, assim, num empreendimento de militância, de professores militantes. Plano das afecções em que não há unidades, apenas intensidade. A tese fala do processo, de como reproduzir, ou não, os modos de subjetividade dominante, não se trata de medidas - "menor" ou "pequeno". Nesse sentido, é preciso considerar os efeitos de produção de subjetividade e a incorporação dos fatos à própria vida. A tese analisa movimentos instituintes buscando reconhecê-los em sua natureza contestatória e transgressora e ter conhecimento de como se organiza na escola e muito além dela. Discutindo a produtividade dessa coreografia do perambular, esboçamos movimentos que denominamos: estradas que levam a nada, além muro

Práticas de militância nômades : experimentações rebeldes e novas estéticas de luta no contemporâneo

A presente dissertação, realizada no âmbito da experiência de militância deste pesquisador em três coletivos distintos, Brigada Indígena (2005-2008), Assembléia Popular (2009) e Fórum Municipal dos Psicólogos da Secretaria de Assistência Social da Prefeitura de Vitória (2009-2011), se propõem a discutir os modos de funcionamento e as formas de organização dos movimentos sociais na invenção de estéticas de luta problematizadoras das redes de poder e resistência instituídas no contemporâneo. Por meio da narrativa dessas experiências, procura-se evidenciar, no interior dessas movimentações, a gestação de práticas de militância (pré) ocupadas não apenas com a concretização de projetos, mas principalmente, com a experimentação de novos modos de existência avessos à lógica de funcionamento do aparelho estatal. Vamos, ao longo do texto, mostrar como esses coletivos caracterizam-se pela insubmissão às condutas regradas de espaços institucionalizados, exercitando levantes provisórios, anônimos, situados e descentralizados, instituídos por e instituinte de ecossistemas afetivos-políticossociais autônomos. As análises aqui empreendidas se fizeram no entrecruzamento dos aportes teóricos advindos dos trabalhos de Foucault, Lourau, Lapassade, Deleuze e Guattari, Hakim Bey, Michel Hardt e Toni Negri. Ao final, a pesquisa sinaliza a possibilidade de pensarmos uma antropologia rebelde, no qual grupos de afinidade com padrão horizontalizado de funcionamento interpelam relações hierárquicas e centralizadoras que marcam o modo de funcionamento da máquina administrativa do Estado e dos próprios movimentos sociais, potencializando agenciamentos nômades implicados na construção de espaços auto-gestionados.

Para crítica ao campo dos determinantes sociais da saúde

O presente estudo analisa as relações entre a ‘saúde’ e o ‘social’ na Saúde Pública brasileira, especificamente a partir da noção de ‘determinação social da saúde’, focando-a em dois momentos importantes: a década de 70, quando ocorre a construção dessa noção a partir da corrente médico-social latino-americana, e a retomada dessa discussão no século XXI sobre a chancela de ‘determinantes sociais da saúde’. Possuiu como objetivos: Caracterizar a noção de ‘determinação social’ a partir do positivismo nas ciências sociais; pesquisar a construção da noção de ‘determinação social da saúde’ na Saúde Pública brasileira; descrever perspectivas de análises sobre o campo dos determinantes sociais da saúde a partir da polaridade entre a ‘saúde’ e o ‘social’. Para o alcance dos objetivos, foi realizado um estudo exploratório, através da pesquisa bibliográfica (livros e bases de dados virtuais) e da pesquisa documental. Inicialmente apresentamos os pressupostos teórico-filosóficos sobre os quais a ciência moderna se assentou e que construíram a base da corrente positivista. Após, caracterizamos, em linhas gerais, essa corrente de pensamento, para, finalmente, interpretarmos a noção de ‘determinação social’ a partir de Durkheim – uma das principais análises dentro do campo das ciências sociais. Logo após, trazemos a construção da noção de determinação social da saúde a partir da crítica latino-americana da década de 70 ao discurso hegemônico do período sobre o processo saúde-doença. O pensamento latino-americano teve grande produção teórico-política brasileira em um lugar de vanguarda quando comparado a todos os países da América do Sul e Central. Entre outras agendas, a noção de determinação social da saúde, oriunda dos movimentos sociais, pautou a reforma sanitária brasileira, colocando-se como cerne do debate. Noção esta que sustentou a ‘bandeira política’ defendida pelo movimento sanitário na luta por melhores condições de vida e de saúde no Brasil. Em seguida, apresentamos a configuração político-científica mais recente do campo dos determinantes sociais da saúde, destacando que ocorre um enfoque predominantemente reducionista sobre o social. Logo após, trazemos categorias do pensamento da sociologia crítica e da sociologia contemporânea, de forma a oferecer elementos de análise para a crítica à forma como hegemonicamente vem se pautando o discurso no interior do campo dos determinantes sociais da saúde. Ambas as perspectivas apresentam-se de forma não excludentes, não hierárquicas e não concorrentes. Finalizamos tecendo considerações que, longe de serem finais, sinalizam para a necessidade de uma nova perspectiva de partida para os estudos atuais no campo dos determinantes sociais da saúde.

Eigenvalue computations in the context of data-sparse approximations of integral operators

In this work, we consider the numerical solution of a large eigenvalue problem resulting from a finite rank discretization of an integral operator. We are interested in computing a few eigenpairs, with an iterative method, so a matrix representation that allows for fast matrix-vector products is required. Hierarchical matrices are appropriate for this setting, and also provide cheap LU decompositions required in the spectral transformation technique. We illustrate the use of freely available software tools to address the problem, in particular SLEPc for the eigensolvers and HLib for the construction of H-matrices. The numerical tests are performed using an astrophysics application. Results show the benefits of the data-sparse representation compared to standard storage schemes, in terms of computational cost as well as memory requirements.

Error bounds for low-rank approximations of the first exponential integral kernel

A hierarchical matrix is an efficient data-sparse representation of a matrix, especially useful for large dimensional problems. It consists of low-rank subblocks leading to low memory requirements as well as inexpensive computational costs. In this work, we discuss the use of the hierarchical matrix technique in the numerical solution of a large scale eigenvalue problem arising from a finite rank discretization of an integral operator. The operator is of convolution type, it is defined through the first exponential-integral function and, hence, it is weakly singular. We develop analytical expressions for the approximate degenerate kernels and deduce error upper bounds for these approximations. Some computational results illustrating the efficiency and robustness of the approach are presented.

DESENVOLVIMENTO DE UM CLASSIFICADOR PARA ANÁLISE BIOMÉTRICA DE UM COLETE INSTRUMENTADO PARA REEDUCAÇÃO POSTURAL

Ao longo dos tempos tem existido um avanço, nas empresas, dirigido à preocupação com o bemestar dos trabalhadores, adotando por isso medidas preventivas. A formação especializada em Medicina do Trabalho é indispensável para o exercício de atividades de prevenção dos riscos profissionais e de promoção da saúde. A postura corporal pode ser definida como a posição e a orientação global do corpo e membros relativamente uns aos outros. Qualquer desvio na forma da coluna vertebral pode gerar solicitações funcionais prejudiciais que ocasionam um aumento de fadiga no trabalhador e leva ao longo do tempo a lesões graves. Cada vez mais surgem doenças profissionais provocadas pela adoção de más posturas, na realização de tarefas diárias dos trabalhadores. A boa postura corporal é uma tarefa específica que representa uma interação complexa entre a função biomecânica e neuromuscular. No presente plano de dissertação foram estudados diferentes classificadores tendo como objetivo classificar boas e más posturas corporais de trabalhadores em contexto de trabalho. Assim foram estudados diferentes classificadores de machine learnig, redes neuronais artificiais, support vector machine, árvores de decisão, análise discriminante, regressão logística, treebagger e naíve bayes. Para treino de classificadores foi realizada a aquisição tridimensional da postura da espinha a 100 pessoas, passando por uma parametrização e treino de diferentes classificadores para a determinação automática do tipo de postura corporal. O classificador que obteve melhor desempenho foi o Treebagger com uma classificação para True Positive de 93,3% e True Negative de 96,2%.