HLA-A Typing in formalin-fixed paraffin embedded tissue samples : towards potential retrospective analysis

El Antígeno Leucocitario Humano (HLA en inglés) ha sido descrito en muchos casos como factor de pronóstico para cáncer. La característica principal de los genes de HLA, localizados en el cromosoma 6 (6p21.3), son sus numerosos polimorfismos. Los análisis de secuencia de nucleótidos muestran que la variación está restringida predominantemente a los exones que codifican los dominios de unión a péptidos de la proteína. Por lo tanto, el polimorfismo del HLA define el repertorio de péptidos que se unen a los alotipos de HLA y este hecho define la habilidad de un individuo para responder a la exposición a muchos agentes infecciosos durante su vida. La tipificación de HLA se ha convertido en un análisis importante en clínica. Muestras de tejido embebidas en parafina y fijadas con formalina (FFPE en inglés) son recolectadas rutinariamente en oncología. Este procedimiento podría ser utilizado como una buena fuente de ADN, dado que en estudios en el pasado los ensayos de recolección de ADN no eran normalmente llevados a cabo de casi ningún tejido o muestra en procedimientos clínicos regulares. Teniendo en cuenta que el problema más importante con el ADN de muestras FFPE es la fragmentación, nosotros propusimos un nuevo método para la tipificación del alelo HLA-A desde muestras FFPE basado en las secuencias del exón 2, 3 y 4. Nosotros diseñamos un juego de 12 cebadores: cuatro para el exón 2 de HLA-A, tres para el exón 3 de HLA-A y cinco para el exón 4 de HLA-A, cada uno de acuerdo las secuencias flanqueantes de su respectivo exón y la variación en la secuencia entre diferentes alelos. 17 muestran FFPE colectadas en el Hospital Universitario de Karolinska en Estocolmo Suecia fueron sometidas a PCR y los productos fueron secuenciados. Finalmente todas las secuencias obtenidas fueron analizadas y comparadas con la base de datos del IMGT-HLA. Las muestras FFPE habían sido previamente tipificadas para HLA y los resultados fueron comparados con los de este método. De acuerdo con nuestros resultados, las muestras pudieron ser correctamente secuenciadas. Con este procedimiento, podemos concluir que nuestro estudio es el primer método de tipificación basado en secuencia que permite analizar muestras viejas de ADN de las cuales no se tiene otra fuente. Este estudio abre la posibilidad de desarrollar análisis para establecer nuevas relaciones entre HLA y diferentes enfermedades como el cáncer también.

Análisis de iniciativas de memoria colectiva de víctimas del conflicto armado en Colombia a través de expresiones artísticas musicales en Bogotá. Periodo 1991−2010

Dentro del conflicto armado en Colombia, algunas expresiones artísticas musicales se han convertido en mecanismos alternativos de construcción de memoria colectiva, al rescatar y hacer público memorias de individuos y hechos violentos que los relatos oficiales de poder pretenden olvidar.

Social skills of children with different disabilities: Assessment and implications for interventions

This study characterizes the differences and similarities in the repertoire of social skills of children from 12 different categories of special educational needs: autism, hearing impairment, mild intellectual disabilities, moderate intellectual disabilities, visual impairment, phonological disorder, learning disabilities, giftedness and talent, externalizing behavior problems, internalizing behavior problems, internalizing and externalizing behavior problems and attention deficit hyperactivity disorder. Teachers of 120 students in regular and special schools, aged between 6 and 14 years old, from four Brazilian states, responded to the Social Skills Rating System. Children with ADHD, autism, internalizing and externalizing behavior problems and externalizing behavior problems presented comparatively lower frequency of social skills. The intervention needs of each evaluated category are discussed.

Paz en el territorio: dinámica de expansión geográfica del accionar colectivo por la paz en colombia 1978-2003

This article is an attempt to make an introduction, both empirical grounded and descriptive, of the dynamic that the collective action for peace shows in the Colombian society, with special emphasis in the geographical dimension. The article is developed in two main parts: firstly, the key characteristics of such social mobilization for peace are presented (an important and massive mobilization, which displays a varied repertoire of action forms and reaches a countrywide scale). Secondly, using the data of the Cinep’s collective action for peace database (Datapaz), the process of geographical expansion of those actions are showed. Tour periods of time are considered: the antecedents of the peace mobilization (1978-1985),the activation of the peace mobilization (1986-1992), the blossoming of the peace organizations and massive demonstrations (1993-1999), and, finally, the crisis of the massive demonstrations but a great dynamism at the local level (2000-2003). Summarizing, the article starts to elaborate which can be called a geography of peace; that is to say, it is an analysis that shows the geographical dynamic of the collective efforts for peace in the Colombian society. It aims to demonstrate that the Colombian reality is not only armed conflict, but also a growing confluence of initiatives and efforts towards finding alternatives to violence.

Movimientos sociales su construcción narrativa desde los nuevos medios: los Indignados bogotanos en Twitter

Se analiza la relación entre movimientos sociales y nuevos medios en Colombia, preguntando en particular por las posibilidades narrativas que tienen los movimientos sociales en el nuevo espacio comunicativo abierto por internet. Para ello, se lleva a cabo un estudio descriptivo del relato elaborado en la red social Twitter por activistas virtuales del movimiento de indignación surgido en Bogotá tras la destitución del alcalde mayor, Gustavo Petro, a finales de 2013. Se encontró que Twitter fue un espacio esencialmente de disputa. El relato del movimiento fue construido en permanente contrapunteo no solo con las informaciones de los medios de comunicación tradicionales y las intervenciones de los líderes políticos, sino también con expresiones ciudadanas rivales, que se movilizaron paralelamente en la misma red social en un ejercicio de contestación. Esta investigación emplea como marco analítico la “autocomunicación de masas” propuesta por Manuel Castells.

La política exterior turca en el marco del Complejo de Seguridad Regional de Medio Oriente. Del soft power al smart power. (2002 - 2013)

Dada la confluencia de Turquía en Asia, Medio Oriente, los Balcanes y Europa, el gobierno está en la necesidad de responder a los desafíos de ser un Estado pivote. Es en este punto donde su política exterior se convierte en la mayor herramienta para sobresalir y sobrevivir en un ambiente heterogéneo. El objetivo de esta monografía de grado es analizar la política exterior turca en el marco del Complejo de Seguridad Regional de Medio Oriente a partir de los aportes de la Escuela de Copenhague y su Teoría de los Complejos de Seguridad Regional, para comprender sus estrategias de soft y hard power en su política exterior a fin de analizar si se consolidó un smart power que permita posicionar a Turquía en una potencia regional.

Limitaciones y obstáculos de MINUSTAH en materia de cooperación humanitaria y desarrollo en Haití (2000-2014)

Este estudio de caso pretende analizar las limitaciones y obstáculos a los que la misión de estabilización, MINUSTAH, se ha enfrentado en el proceso de reconstrucción de Haití antes, durante y después del terremoto de 2010. Además, busca identificar los elementos que han hecho de MINUSTAH una misión cuyo objetivo inicial de carácter político y estabilización se orientó hacia la asistencia humanitaria a causa de una catástrofe natural tal como el terremoto de 2010. En esta medida y bajo el marco de cooperación internacional para el desarrollo, este estudio de caso avanza por un proceso evaluativo del papel de MINUSTAH en la consolidación del Estado haitiano.

Fatiga Laríngea: efectos del uso prolongado de la voz

La voz como herramienta de trabajo de los docentes, puede afectarse por su uso prolongado, abuso o conductas de mal uso, que desencadenan limitaciones funcionales de origen laboral. Uno de los síntomas más frecuentes de quienes usan masivamente su voz con fines ocupacionales es la fatiga laríngea (FL), o cansancio vocal por debilitamiento muscular. El presente estudio quasiexperimental longitudinal pre- postest evaluó el efecto que el uso de la voz, analizando variables sociodemográficas, de salud y trabajo, los estilos de vida y los factores de riesgo ocupacionales, pero principalmente el efecto que produce el uso prolongado de la voz sobre las variables físico acústicas después de un día de trabajo, en 99 docentes de una institución de educación superior en Colombia, en comparación con trabajadores con menor uso vocal. Se aplicó un cuestionario de sintomatología vocal para controlar los sesgos, se le tomaron grabaciones pre y post jornada a cada trabajador con el software Speech Analizer® y se reportaron los cambios subjetivos tras un día de trabajo a cada trabajador. Fueron hallados cambios en las variables físico – acústicas como efecto del uso prolongado de la voz después de un día de trabajo en los dos grupos de participantes, en cuyo caso el efecto fue más significativo en los docentes que en los administrativos – no docentes. El riesgo de presentar trastornos de la voz se asoció directamente con la exposición a factores de riesgo ocupacionales y aquellos asociados a condiciones de salud y al estilo de vida de los individuos, cuyas consecuencias fueron mayores para el grupo de docentes; dado que al ser la voz su principal herramienta de trabajo, el uso fue mayor y asimismo la probabilidad de desencadenar sintomatología vocal, derivada de la fatiga laríngea. La variable de fo promedio para la fonación sostenida de la vocal /a/, que representa una sonido neutro en tonalidad o el tono habitual, mostró diferencias significativas entre grupos (p=0,048). Para este caso, el grupo de docentes registró un aumento de la fo en el postest en comparación con un cambio no significativo para el grupo de administrativos luego del uso prolongado de la voz. En consecuencia, hubo diferencias en el valor registrado para la máxima fo (p =0,025), mínima fo (p=0,011) y el rango de fo (p=0,012) en la emisión sostenida de la vocal /a/. Para el caso del grupo de administrativos, las diferencias significativas estuvieron dadas por la disminución de la fo, rango y máxima y mínima frecuencia en las tres vocales (/a/, /i/, /o/) en contraste con lo ocurrido para el grupo de docentes. En la intensidad de la voz fueron encontradas también diferencias significativas entre grupos (p=0,001) con un decrecimiento del volumen en el postest, tanto promedio como mínimo, máximo y rango de la intensidad, en la fonación sostenida de la vocal /a/ para el grupo de docentes; ninguna significancia estadística fue hallada en el grupo de administrativos para estas variables. Se demostró a través de mediciones objetivas y resultados verificables, el fenómeno de la fatiga laríngea, asociados a los efectos que se presentan tras la demanda vocal continua, discriminando el impacto, entre las variables de cargo y género.

El cant coral infantil i juvenil educa en valors, hàbits i competències

This doctoral thesis is the result of the experience, continuous practice and day to day work as head of infant and youth choirs that the candidate has developed for over more than thirty years. The motivation, the concerns and the questions formulated with regards to choral singing, have underpinned this research. The thesis has focused on the learning of values, habits and competences in order to demonstrate that singing in an infant or youth choir is educational and goes far beyond the mere act of singing in a choir. We can therefore state that education is continuous, it never comes to an end and, furthermore, it unfolds in divergent ways. In summary to show that singing in an infant or youth choir is educational in the widest possible sense.

Vestígios da prática cerimonial judaica no Cante : o canto colectivo do Baixo Alentejo

Trata-se de uma dimensão da cultura portuguesa em muitos aspectos ignorada. Está ainda por conhecer a influência das vivências cripto-judaicas na conformação de determinadas práticas tradicionais populares, mesmo naquelas que foram absorvidas por práticas de âmbito religioso e integradas na cultura cristã numa perspectiva até litúrgica (ou que se afastaram desse prisma inicial, no sentido de uma expressão da vida profana).

Entre la nostalgia y la melancolía (Glosas sobre un pasillo y su alcance en la construcción simbólica de una comunidad) [Dossier: Literaturas de la integración, el Sur y su diversidad]

El autor examina un pasillo ecuatoriano, “Manabí”, con el propósito de llamar la atención a los varios componentes que una canción popular puede tener en la creación simbólica del imaginario social de una comunidad. Entre los factores que indaga están: el lugar de origen, la historia, la presencia de los usos sociales y de familia, el repertorio nacional de sones y su función en la creación de identidades locales, elementos que en conjunto contribuyen al inescapable “peso” de la tradición. Peso evidente en la tensión entre lo regional y lo de allende que se produce no solo en “Manabí” (homenaje de Elías Cedeño Jerves a su provincia natal), sino en latitudes continentales (López Velarde, Borges, Rulfo). Concluye el autor con una lectura crítica de “Manabí” en la que puntualiza la soledad infecunda que conllevan los desencuentros del exilio interior y exterior, de la nostalgia y la melancolía, de la tradición y las expectativas.

Wavelets and the generalization of the variogram

The experimental variogram computed in the usual way by the method of moments and the Haar wavelet transform are similar in that they filter data and yield informative summaries that may be interpreted. The variogram filters out constant values; wavelets can filter variation at several spatial scales and thereby provide a richer repertoire for analysis and demand no assumptions other than that of finite variance. This paper compares the two functions, identifying that part of the Haar wavelet transform that gives it its advantages. It goes on to show that the generalized variogram of order k=1, 2, and 3 filters linear, quadratic, and cubic polynomials from the data, respectively, which correspond with more complex wavelets in Daubechies's family. The additional filter coefficients of the latter can reveal features of the data that are not evident in its usual form. Three examples in which data recorded at regular intervals on transects are analyzed illustrate the extended form of the variogram. The apparent periodicity of gilgais in Australia seems to be accentuated as filter coefficients are added, but otherwise the analysis provides no new insight. Analysis of hyerpsectral data with a strong linear trend showed that the wavelet-based variograms filtered it out. Adding filter coefficients in the analysis of the topsoil across the Jurassic scarplands of England changed the upper bound of the variogram; it then resembled the within-class variogram computed by the method of moments. To elucidate these results, we simulated several series of data to represent a random process with values fluctuating about a mean, data with long-range linear trend, data with local trend, and data with stepped transitions. The results suggest that the wavelet variogram can filter out the effects of long-range trend, but not local trend, and of transitions from one class to another, as across boundaries.

Plant U13 orthologues and orphan snoRNAs identified by RNomics of RNA from Arabidopsis nucleoli

Small nucleolar RNAs (snoRNAs) and small Cajal body-specific RNAs (scaRNAs) are non-coding RNAs whose main function in eukaryotes is to guide the modification of nucleotides in ribosomal and spliceosomal small nuclear RNAs, respectively. Full-length sequences of Arabidopsis snoRNAs and scaRNAs have been obtained from cDNA libraries of capped and uncapped small RNAs using RNA from isolated nucleoli from Arabidopsis cell cultures. We have identified 31 novel snoRNA genes (9 box C/D and 22 box H/ACA) and 15 new variants of previously described snoRNAs. Three related capped snoRNAs with a distinct gene organization and structure were identified as orthologues of animal U13snoRNAs. In addition, eight of the novel genes had no complementarity to rRNAs or snRNAs and are therefore putative orphan snoRNAs potentially reflecting wider functions for these RNAs. The nucleolar localization of a number of the snoRNAs and the localization to nuclear bodies of two putative scaRNAs was confirmed by in situ hybridization. The majority of the novel snoRNA genes were found in new gene clusters or as part of previously described clusters. These results expand the repertoire of Arabidopsis snoRNAs to 188 snoRNA genes with 294 gene variants.

Genesis and expansion of metazoan transcription factor gene classes

We know little about the genomic events that led to the advent of a multicellular grade of organization in animals, one of the most dramatic transitions in evolution. Metazoan multicellularity is correlated with the evolution of embryogenesis, which presumably was underpinned by a gene regulatory network reliant on the differential activation of signaling pathways and transcription factors. Many transcription factor genes that play critical roles in bilaterian development largely appear to have evolved before the divergence of cnidarian and bilaterian lineages. In contrast, sponges seem to have a more limited suite of transcription factors, suggesting that the developmental regulatory gene repertoire changed markedly during early metazoan evolution. Using whole- genome information from the sponge Amphimedon queenslandica, a range of eumetazoans, and the choanoflagellate Monosiga brevicollis, we investigate the genesis and expansion of homeobox, Sox, T- box, and Fox transcription factor genes. Comparative analyses reveal that novel transcription factor domains ( such as Paired, POU, and T- box) arose very early in metazoan evolution, prior to the separation of extant metazoan phyla but after the divergence of choanoflagellate and metazoan lineages. Phylogenetic analyses indicate that transcription factor classes then gradually expanded at the base of Metazoa before the bilaterian radiation, with each class following a different evolutionary trajectory. Based on the limited number of transcription factors in the Amphimedon genome, we infer that the genome of the metazoan last common ancestor included fewer gene members in each class than are present in extant eumetazoans. Transcription factor orthologues present in sponge, cnidarian, and bilaterian genomes may represent part of the core metazoan regulatory network underlying the origin of animal development and multicellularity.

New challenges in the study of the mammalian tachykinins

There is an expanding repertoire of mammalian tachykinins produced by a variety of tachykinin genes, gene splicing events and peptide processing. Novel tachykinin-binding molecules/receptors are proposed, but only, three tachykinin receptors are identified with certainty. The question remains - do more tachykinin receptors exist or is there just the need to reappraise Our understanding of the known receptors? The tachykinin NK1 receptor, the preferred receptor for both substance P and the peripheral SP-like endokinins, exists in several tissue-specific conformations and isoforms and may provide some clues. This review addresses recent advances in this exciting field and raises challenging new concepts. (c) 2005 Elsevier Inc. All rights reserved.