Molecular characterization of the contribution of autophagy to antigen presentation using quantitative proteomics

L’autophagie est une voie hautement conservée de dégradation lysosomale des constituants cellulaires qui est essentiel à l’homéostasie cellulaire et contribue à l’apprêtement et à la présentation des antigènes. Les rôles relativement récents de l'autophagie dans l'immunité innée et acquise sous-tendent de nouveaux paradigmes immunologiques pouvant faciliter le développement de nouvelles thérapies où la dérégulation de l’autophagie est associée à des maladies auto-immunes. Cependant, l'étude in vivo de la réponse autophagique est difficile en raison du nombre limité de méthodes d'analyse pouvant fournir une définition dynamique des protéines clés impliquées dans cette voie. En conséquence, nous avons développé un programme de recherche en protéomique intégrée afin d’identifier et de quantifier les proteines associées à l'autophagie et de déterminer les mécanismes moléculaires régissant les fonctions de l’autophagosome dans la présentation antigénique en utilisant une approche de biologie des systèmes. Pour étudier comment l'autophagie et la présentation antigénique sont activement régulés dans les macrophages, nous avons d'abord procédé à une étude protéomique à grande échelle sous différentes conditions connues pour stimuler l'autophagie, tels l’activation par les cytokines et l’infection virale. La cytokine tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha) est l'une des principales cytokines pro-inflammatoires qui intervient dans les réactions locales et systémiques afin de développer une réponse immune adaptative. La protéomique quantitative d'extraits membranaires de macrophages contrôles et stimulés avec le TNF-alpha a révélé que l'activation des macrophages a entrainé la dégradation de protéines mitochondriales et des changements d’abondance de plusieurs protéines impliquées dans le trafic vésiculaire et la réponse immunitaire. Nous avons constaté que la dégradation des protéines mitochondriales était sous le contrôle de la voie ATG5, et était spécifique au TNF-alpha. En outre, l’utilisation d’un nouveau système de présentation antigènique, nous a permi de constater que l'induction de la mitophagie par le TNF-alpha a entrainée l’apprêtement et la présentation d’antigènes mitochondriaux par des molécules du CMH de classe I, contribuant ainsi la variation du répertoire immunopeptidomique à la surface cellulaire. Ces résultats mettent en évidence un rôle insoupçonné du TNF-alpha dans la mitophagie et permet une meilleure compréhension des mécanismes responsables de la présentation d’auto-antigènes par les molécules du CMH de classe I. Une interaction complexe existe également entre infection virale et l'autophagie. Récemment, notre laboratoire a fourni une première preuve suggérant que la macroautophagie peut contribuer à la présentation de protéines virales par les molécules du CMH de classe I lors de l’infection virale par l'herpès simplex virus de type 1 (HSV-1). Le virus HSV1 fait parti des virus humains les plus complexes et les plus répandues. Bien que la composition des particules virales a été étudiée précédemment, on connaît moins bien l'expression de l'ensemble du protéome viral lors de l’infection des cellules hôtes. Afin de caractériser les changements dynamiques de l’expression des protéines virales lors de l’infection, nous avons analysé par LC-MS/MS le protéome du HSV1 dans les macrophages infectés. Ces analyses nous ont permis d’identifier un total de 67 protéines virales structurales et non structurales (82% du protéome HSV1) en utilisant le spectromètre de masse LTQ-Orbitrap. Nous avons également identifié 90 nouveaux sites de phosphorylation et de dix nouveaux sites d’ubiquitylation sur différentes protéines virales. Suite à l’ubiquitylation, les protéines virales peuvent se localiser au noyau ou participer à des événements de fusion avec la membrane nucléaire, suggérant ainsi que cette modification pourrait influer le trafic vésiculaire des protéines virales. Le traitement avec des inhibiteurs de la réplication de l'ADN induit des changements sur l'abondance et la modification des protéines virales, mettant en évidence l'interdépendance des protéines virales au cours du cycle de vie du virus. Compte tenu de l'importance de la dynamique d'expression, de l’ubiquitylation et la phosphorylation sur la fonction des proteines virales, ces résultats ouvriront la voie vers de nouvelles études sur la biologie des virus de l'herpès. Fait intéressant, l'infection HSV1 dans les macrophages déclenche une nouvelle forme d'autophagie qui diffère remarquablement de la macroautophagie. Ce processus, appelé autophagie associée à l’enveloppe nucléaire (nuclear envelope derived autophagy, NEDA), conduit à la formation de vésicules membranaires contenant 4 couches lipidiques provenant de l'enveloppe nucléaire où on retrouve une grande proportion de certaines protéines virales, telle la glycoprotéine B. Les mécanismes régissant NEDA et leur importance lors de l’infection virale sont encore méconnus. En utilisant un essai de présentation antigénique, nous avons pu montrer que la voie NEDA est indépendante d’ATG5 et participe à l’apprêtement et la présentation d’antigènes viraux par le CMH de classe I. Pour comprendre l'implication de NEDA dans la présentation des antigènes, il est essentiel de caractériser le protéome des autophagosomes isolés à partir de macrophages infectés par HSV1. Aussi, nous avons développé une nouvelle approche de fractionnement basé sur l’isolation de lysosomes chargés de billes de latex, nous permettant ainsi d’obtenir des extraits cellulaires enrichis en autophagosomes. Le transfert des antigènes HSV1 dans les autophagosomes a été determine par protéomique quantitative. Les protéines provenant de l’enveloppe nucléaire ont été préférentiellement transférées dans les autophagosome lors de l'infection des macrophages par le HSV1. Les analyses protéomiques d’autophagosomes impliquant NEDA ou la macroautophagie ont permis de decouvrir des mécanismes jouant un rôle clé dans l’immunodominance de la glycoprotéine B lors de l'infection HSV1. Ces analyses ont également révélées que diverses voies autophagiques peuvent être induites pour favoriser la capture sélective de protéines virales, façonnant de façon dynamique la nature de la réponse immunitaire lors d'une infection. En conclusion, l'application des méthodes de protéomique quantitative a joué un rôle clé dans l'identification et la quantification des protéines ayant des rôles importants dans la régulation de l'autophagie chez les macrophages, et nous a permis d'identifier les changements qui se produisent lors de la formation des autophagosomes lors de maladies inflammatoires ou d’infection virale. En outre, notre approche de biologie des systèmes, qui combine la protéomique quantitative basée sur la spectrométrie de masse avec des essais fonctionnels tels la présentation antigénique, nous a permis d’acquérir de nouvelles connaissances sur les mécanismes moléculaires régissant les fonctions de l'autophagie lors de la présentation antigénique. Une meilleure compréhension de ces mécanismes permettra de réduire les effets nuisibles de l'immunodominance suite à l'infection virale ou lors du développement du cancer en mettant en place une réponse immunitaire appropriée.

Quatre pièces pour voix : une analyse de l’écriture vocale accompagnée

L'exécution des pièces jointes au corpus a été rendue possible grâce à la générosité des ensembles qui en font l'interprétation. Les partitions ont été réalisées avec le logiciel FINALE 2011.

Le gouvernement du Québec, les relations internationales et l'environnement économique international (1973-1994)

L'objectif de ce mémoire est de jeter les bases d'un nouveau récit historique portant sur les relations internationales du Québec, en rupture partielle avec le récit traditionnel, essentiellement issu des écrits provenant de la science politique, qui décrit l'activité internationale du gouvernement québécois en cherchant dans les particularités de l'histoire québécoise elle-même les forces de changement. Ce faisant, nous tentons plutôt de montrer que l'histoire des relations internationales du Québec est inexorablement enchâssée dans l'histoire canadienne, dans l'histoire nord-américaine et surtout dans l'histoire du capitalisme et du néolibéralisme. Depuis le début de son existence en tant qu'entité politique moderne, le gouvernement québécois entretient des liens avec des gouvernements étrangers, l'intensité de ceux-ci étant function des grandes transformations affectant le système capitaliste international au grand complet. Vers la fin de la période 1867-1973, la politique internationale du gouvernement québécois est institutionnalisée politiquement et juridiquement grâce à la formulation de la doctrine Gérin-Lajoie, qui s'appuie sur les dispositions constitutionnelles propres au Canada pour élaborer la politique internationale québécoise. Dans la période 1973-1981, les relations internationales du Québec se focalisent davantage sur des questions économiques, telles que la quête de capitaux étrangers et la projection d'une image de marque positive sur les marchés étrangers. Puis, dans la période 1981-1994, l'activité internationale du Québec est marquée par le virage néolibéral qui affecte tous les gouvernements capitalistes dans le monde. Ainsi, l'appareil diplomatique du Québec est de plus en plus perçu comme un outil de promotion des exportations des entreprises québécoises et d'adaptation à l'augmentation de l'interdépendance économique, et de moins en moins comme un réseau de contacts politiques et culturels. Afin de faire cette démonstration, nous puisons essentiellement dans deux types de sources primaires : d'une part, des sources gouvernementales, dont les rapports annuels des différents ministères associés aux relations internationales du Québec et du Canada au fil de la période et les livres blancs de politique internationale qu'ils ont publié, et d'autre part, des publications issues du milieu des affaires, dont la revue Les Affaires, excellent baromètre de la mentalité dominante de la classe entrepreneuriale du Québec et du Canada francophone.

O professor do magistério de primeiro grau: sua origem social, visão de mundo e prática docente

o tema deste trabalho - o professor do magistério de Primeiro Grau - foi analisado em um estudo de caso, realizado em urna escola da rede pública do município do Rio de Janeiro. Optamos por um quadro de referências dentro da concepção dialética da educação, o que possibilitou articular o ambiente pedagógico à totalidade social mais ampla. Isto nos pareceu fundamental uma vez que pretendíamos estudar o assunto em torno de categorias gerais - a origem social, a visão de mundo e a prática docente, entendidas em conexão e interdependência. A análise do desenvolvimento histórico da educação elementar no Brasil serviu de base para que se pudesse distinguir o contexto no qual se deu a elaboração de teorias e pesquisas pedagógicas sobre o terna em questão. Na investigação foi utilizada a observação participante, questionário e entrevistas gravadas com os professores da escola. O núcleo em torno do qual se deu a pesquisa foi: - a origem do professor de Primeiro Grau, entendida em sua dimensão de classe social e envolvendo a especificidade de suas frações; - a forma de conceber a sociedade, a educação e o trabalho escolar, enquanto consciência do professor, permeada por suas limitações e avanços, e enquanto ideologia deste grupo; - a prática docente, entendida de forma mais ampla que o mero aspecto didático-pedagógico. No texto, observou-se a forma imbricada em que se apresentam estas três categorias e as contradições que se interpõem à prática docente. Esta se realiza em um ambiente onde o conflito entre as classes, a tensão entre os diferentes valores culturais e,em especial, a estratégia política do Estado de oferecer escolas sem realizar a real democratização do ensino acabam por estabelecer a cisão entre professores e alunos. A percepção, em termos do processo de conscientização, da identidade de interesses entre professores, alunos e pais, intermediados por intelectuais orgânicos e por movimentos sociais, é a forma de romper esta cadeia de impasses e forçar a saída das promessas de democratização do ensino básico do discurso vazio do poder dominante para a realidade da relação político - pedagógica.

Paisagens sonoras, tempos e autoformação

Les sociétés actuelles vivent des temps de vitesse, de l'individualisme, de l'absence d'enracinement historique: en harmonie avec le processus de formation de la civilisation du monde occidental contemporain profondément marqué par le paradigme de la globalisation. La pollution visuelle et sonore des grandes villes est, en même temps, l'expression de la pollution des sens et des affections humaines. En reflétant sur ce processus, la thèse discuter em faveur d'une formation réglée dans la logique du sensible qu'il a dans l'écouter près de la nature (Lévi-Strauss) un de leurs piliers épistémologiques ondamentales. Cette forme de penser et vivre reconnaît dans l'autoformation (Edgar Morin), et dans l'exercice de construction, par le sujet, de leurs propres paysages sonores (Murray Schafer), deux opérateurs cognitifs capables de nourrir les principes de la diversité, complexité, interdépendance et respect à la nature (Fritjof Capra). Dans le parcours argumentatif de la thèse gagnent emphase les savoirs de la tradition, les pratiques et les connaissances produites par les sociétés le plus proche de la nature qui, par des stratégies cognitives ouvertes et des polyphoniques, donnent importance aux facultés sensibles et à la complémentarité des deux itinéraires de la pensée: symbolique/mythologique/magique et empirique/technique/rationnel (Edgar Morin). Proche d'une perspective autobiographique, la thèse se présente dans la forme narrative d'un registre avec des évocations poétiques, philosophiques et musicales germées de l'écouter d'un paysage particulier, la Lagon du Piató, localisé dans la région de l'Assu (Rio Grande do Norte) et, en particulier, des récits et des évocations de mémoire d'un de leurs habitants auxlesquels nous pourrions appeler d'un philosophe de la nature , Francisco Lucas da Silva (Chico Lucas). Ensuite, ils sont décrits non-place (Marc-Augé) des scénarios métropolitains, en discutant ainsi les excès de pollution sonore, visuelle et de l'afection. En ayant comme estimé une éducation complexe ancrée dans non séparation il entre réforme de l'éducation et reforme de la pensée, de la formation et autoformation (Edgar Morin), à la fin, la thèse propose des ateliers d'expérimentation de l'écouter sensible entre des jeunes et des enfants sur le contexte scolaire, en pariant dans les futures générations (Ilya Prigogine) pour la reconstruction d'un monde plus juste et solidaire

Anayde Beiriz e a escrita de si: (Educação, história e relações de gênero)

Le thème de cette dissertation est l Histoire de l éducation de la femme. Une analyse des pratiques culturelles de la professeur Anayde da Costa Beiriz (1905-1930), dans le contexte paraibanais du début du XXe siècle, est proposée. Le référentiel théoricométhodologique de l Histoire Culturelle est utilisé, pour aller contre l histoire passée sous silence dans le canon traditionnel. Basée sur le concept de représentation (Chartier, 1990), rompant avec les anciennes idées de sens intrinsèque, absolu, unique, liée aux pratiques complexes, multiples et différenciées, qui construisent le monde comme représentation. Basée aussi sur le concept de configuration (Elias, 1980), en comprenant que apparemment individu et société sont deux objets qui existent indépendamment, mais en vérité, se rapportent à deux niveaux inséparables du monde social, sont unis par des liens d interdépendance. Un dialogue est recherché entre le passé et le présent et les différentes dimensions: historique, sociale, politique et culturelle vécues par la professeur Anayde Beiriz. Pour obtenir des informations sur ses pratiques culturelles, une recherche des marques de cette histoire dans de multiples sources est effectuée: dans la bibliographie disponible parmi les domaines de la littérature, de l histoire, dês sciences sociales et de l éducation; dans des archives de l Institut Historique et Géographique de la Paraiba et de Natal; dans les Bibliothèques de l Université Fédérale de la Paraiba et du Rio Grande do Norte et chez des bouquinistes. L inventaire comprend: des périodiques, la législation en vigueur, des écrits de contemporains, dês témoignages oraux de parents, des lettres et des photos. On comprend de cette façon, que l idée d éplucher au travers de cette étude, des aspects qui n ont pas encore été vus et rappelés, peut non seulement répondre à nos doutes, mais, peut à partir de la réflexion qui se fait, se traduire par une nouvelle compréhension de cette histoire. En conclusion, des significations multiples sont contenues dans le processus d insertion de la femme dans l éducation à partir des Écoles Normales, qui englobent les relations de genre, l histoire du pouvoir, de la morale, de surpassement, des luttes et insatisfactions. On perçoit l héritage de résistances et de conquêtes. Cela a été sous l inspiration des airs de la modernité avec la Belle Époque, en répercutant dans le monde et aussi dans la Parahyba du Nord, que s est concrétisée la formation sociale de la professeur Anayde Beiriz et des femmes de son temps. L analyse de l écriture de soi confirme le discours normatif du contrôle moral social, le joug et les préjugés soufferts par Anayde Beiriz et l éducation différencié de genre qui ont déterminé ses habitudes et coutumes. C est-àdire, pour la femme, la permanence dans l espace privé, la retenue, l anoblissement des tâches ménagères et de la maternité comme sa plus haute aspiration, le support moral de la famille, la préservation de la tradition et la perpétuation des règles religieuses

Mondialisation et développement: un regard de l'Amérique Latine et des Caraïbes

Inclut la bibliographie

Geomorphologische Untersuchungen im Land der tausend Hügel - oder: Wie europäisch ist die rwandische Landschaftsentwicklung?

Das ursprüngliche Ziel der vorliegenden Dissertation war die Untersuchung der Talgenese im Zentralen Hügelland Rwandas. Entstehung und Form der Täler, die Stratigraphie und das Alter der Hang- und Talsedimente sowie die wirkenden reliefgestaltenden Prozesse sind bei weitem nicht abschließend erforscht. Da Strukturen und Prozesse im Rahmen von Prozessresponssystemen in Wechselwirkung stehen, bietet die Untersuchung der Strukturen gleich zwei Möglichkeiten, sich den Prozessen zu nähern: Strukturen sind sowohl Verursacher als auch Indikatoren von Prozessen. Entsprechend der ursprünglichen Fragestellung sollten nach einer Beschreibung der gegenwärtigen Strukturen (morphographische Geomorphologie) die formbildenden Prozesse ergründet werden (funktionale Geomorphologie), um dann die Entwicklung der Strukturen und Prozesse unter Einbeziehung der relevanten Phasen der Erdgeschichte und des Paläoklimas zu rekonstruieren (genetische Geomorphologie). Im Verlauf der zu diesem Zweck durchgeführten geomorphologisch-stratigraphischen Untersuchungen in den Tälern der Region von Butare (Südrwanda) stellten sich aber die holozänen Hangdeckschichten und Talfüllungen als derart mächtig heraus, dass tiefer liegende Sedimente nicht erschlossen werden konnten. Die älteren Strukturen ließen sich daher nur unzureichend rekonstruieren und die eingangs formulierte Fragestellung konnte nicht wie erwartet bearbeitet werden. Angesichts der Mächtigkeit der Sedimente wurde offensichtlich, dass sowohl die spätpleistozäne als auch die holozäne Dimension der Sedimentbildung völlig unterschätzt wurde. Diese Beobachtungen warfen zwei grundlegende Fragen auf: einerseits die Frage warum die holozänen Sedimente so mächtig ausgebildet sind, und andererseits, weshalb ihre Mächtigkeit derartig unterschätzt wurde. Rasch stellte sich heraus, dass die Bearbeitung der ersten Frage eine interdisziplinäre Öffnung und die der zweiten Frage eine interkulturelle Öffnung der Fragestellung erforderte. Dabei stellen sich vor allem zwei Fragen: Zum einen, inwiefern der europäische Ursprung der Begriffe, Theorien und Modelle, die zur Beschreibung und Interpretation der rwandischen landschaftlichen und landschaftsgestaltenden Prozesse verwendet werden, eben jene Beschreibung und Interpretation beeinflusst, und zum anderen, ob und inwiefern auch naturwissenschaftliche Disziplinen in ihrem Umgang mit ‚natürlich gedachten’ Strukturen und Prozessen von diesen Konstruktionen betroffen sind. Ziel der Dekonstruktion der Begriffe, Theorien und Modelle ist kein ‚richtigerer’ oder ‚wahrhaftigerer’, sondern ein ‚bewussterer’ Umgang mit den Begriffen, Theorien und Modellen und dadurch eine bewusstere Rekonstruktion der Strukturen und Prozesse der Landschaften und Paläolandschaften des rwandischen Zentralen Hügellandes.rn

Pour une approche ressourcielle du développement durable

Cet article défend la thèse de la pertinence d’une approche « ressourcielle » du développement durable. Pour ce faire, l’article montre dans quelle mesure la gestion durable des systèmes de ressource – et notamment des ressources communes, que celles-ci soient naturelles, infrastructurelles ou encore culturelles – constitue une condition sine qua non de la durabilité ; ceci dans la mesure où les questions de ressources sont autant des questions « environnementales », que « sociales » et « économiques », et qu’elles concernent ou mieux, relient – en montrant leur interdépendance – les trois dimensions de la durabilité. Pour ce faire, l’article propose un cadre d’analyse fondé sur les concepts de « ressource » et de « régime institutionnel de ressource » et illustre ces deux concepts à l’aide d’une application empirique à des ressources infrastructurelles que sont les réseaux de transport aérien et ferroviaire.

Le fonctionnement interne des équipes de travail : conceptualisation, mesure et validation

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les interventions régulatrices groupales et l'efficacité des équipes de travail : développement et vérification d'un modèle théorique

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Processus d'action organisée d'un groupe de paysans de Fonds-Jean-Noël, Jacmel, Haïti

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