Prediction of individual genetic risk to prostate cancer using a polygenic score

BACKGROUND Polygenic risk scores comprising established susceptibility variants have shown to be informative classifiers for several complex diseases including prostate cancer. For prostate cancer it is unknown if inclusion of genetic markers that have so far not been associated with prostate cancer risk at a genome-wide significant level will improve disease prediction. METHODS We built polygenic risk scores in a large training set comprising over 25,000 individuals. Initially 65 established prostate cancer susceptibility variants were selected. After LD pruning additional variants were prioritized based on their association with prostate cancer. Six-fold cross validation was performed to assess genetic risk scores and optimize the number of additional variants to be included. The final model was evaluated in an independent study population including 1,370 cases and 1,239 controls. RESULTS The polygenic risk score with 65 established susceptibility variants provided an area under the curve (AUC) of 0.67. Adding an additional 68 novel variants significantly increased the AUC to 0.68 (P = 0.0012) and the net reclassification index with 0.21 (P = 8.5E-08). All novel variants were located in genomic regions established as associated with prostate cancer risk. CONCLUSIONS Inclusion of additional genetic variants from established prostate cancer susceptibility regions improves disease prediction. Prostate 75:1467–1474, 2015. © 2015 Wiley Periodicals, Inc.

Tight co-degree condition for perfect matchings in 4-graphs

We will give a tight minimum co-degree condition for a 4-uniform hypergraph to contain a perfect matching.

Energy-dependent orbital modulation of X-rays and constraints on emission of the jet in Cyg X-3

We study the orbital modulation of X-rays from Cyg X-3, using data from Swift, INTEGRAL and RXTE. Using the wealth of data presently available and an improved averaging method, we obtain energy-dependent folded and averaged light curves with unprecedented accuracy. We find that above similar to 5?keV the modulation depth decreases with increasing energy, which is consistent with the modulation being caused by both boundfree absorption and Compton scattering in the stellar wind of the donor, with minima corresponding to the highest optical depth, which occurs around the superior conjunction. We find a decrease of the depth below similar to 3?keV, which appears to be due to re-emission of the absorbed continuum by the wind in soft X-ray lines. Based on the shape of the folded light curves, any X-ray contribution from the jet in Cyg X-3, which emits ?-rays detected at energies >0.1?GeV in the soft spectral states, is found to be minor up to similar to 100?keV. This implies the presence of a rather sharp low-energy break in the jet MeV-range spectrum. We also calculate phase-resolved RXTE X-ray spectra and show that the difference between the spectra corresponding to phases around superior and inferior conjunctions can indeed be accounted for by the combined effect of boundfree absorption in an ionized medium and Compton scattering.

Rough feature selection for intelligent classifiers

Q. Shen. Rough feature selection for intelligent classifiers. LNCS Transactions on Rough Sets, 7:244-255, 2007.

Społeczna interpretacja wybranych wczesnośredniowiecznych cmentarzysk rzędowych w perspektywie gender studies i lifecycle analysis

Wydział Historyczny: Instytut Prahistorii

The Discontinuity of Cultural Process in the Digital Civilization. Main Dangers

Keynote presentation on ETHICOMP2001.

Religijno-filozoficzne konteksty narracji apokryficznych w kulturze współczesnej

Wydział Nauk Społecznych: Instytut Kulturoznawstwa

Akcesja Polski do Unii Europejskiej na łamach prasy regionalnej Ziem Zachodnich

Wydział Nauk Politycznych i Dziennikarstwa

Optymalizacja metod analizy Főrsterowskiego rezonansowego przeniesienia energii (FRET) pojedynczych cząsteczek

Wydział Chemii: Zakład Chemii Fizycznej

Kształcenie zdalne w szkole wyższej – stan i perspektywy

Wydział Studiów Edukacyjnych

Rola systemu podatkowego przed, w trakcie i po kryzysie finansowym

Celem niniejszego artykułu jest podsumowanie najnowszych wyników badań analizujących rolę systemu podatkowego w kolejnych fazach kryzysu zapoczątkowanego w 2008 r. Przeprowadzona w opracowaniu analiza wskazuje, że jego rola ulegała istotnym zmianom: 1) przed wybuchem kryzysu stwarzał bodźce do takich zachowań podmiotów gospodarczych, które przyczyniały się do narastania nierównowagi leżącej u podstaw kryzysu; 2) po jego wybuchu wzrosło znaczenie stabilizacyjne systemu podatkowego: zarówno w obszarze oddziaływania tak zwanych automatycznych stabilizatorów, jak i dyskrecjonalnych zmian obciążeń podatkowych; 3) obecnie zmiany systemu podatkowego zmierzają w kierunku wsparcia procesu konsolidacji fiskalnej oczekiwanej w najbliższych latach w wielu gospodarkach rozwiniętych i w części krajów rozwijających się.

Wydajność asymilacji azotu na przykładzie wybranych gatunków roślin wodnych

Organizmy autotroficzne żyjące w ekosystemach wodnych, czerpią azot nieorganiczny z azotanów, azotynów i amoniaku. Związki te dostają się do zbiorników wodnych wraz ze spływem powierzchniowym, opadami oraz wodami gruntowymi. Wszystkie formy związków azotu ulegają licznym przemianom biochemicznym zachodzącym w słupie wody. Mowa tu głównie o amonifikacji, nitryfikacji oraz denitryfikacji częściowej i całkowitej. Jako, że z tymi przemianami wiąże się także zmiana stopnia utlenienia, zajście powyższych reakcji w głównej mierze zależy od stężenia tlenu w wodzie (Lampert i Sommer 2001). Glony z rodzaju błonica (Ulva) i gałęzatka (Cladophora) większą część swojego cyklu życiowego spędzają blisko powierzchni wody, gdzie przeprowadzają fotosyntezę i intensywnie się namnażają. Wiąże się również z wysokim zapotrzebowaniem na biogeny oraz z silną konkurencją o inne zasoby (jak np. światło) z innymi roślinami wodnymi. Obok węgla, wodoru i tlenu glony i rośliny wodne wymagają do wzrostu i swojego rozwoju dodatkowych elementów (między innymi N, P i mikroelementy). Większość z tych składników jest zwykle obecna w ekosystemie wodnym w odpowiednich ilościach w stosunku do potrzeb organizmów fotosyntetyzujących i nie należy od czynników limitujących wzrost. Jednak zawartości nieorganicznych form azotu i fosforu mogą być na tyle niskie, że powodują limitację wzrostu makroglonów w wodach powierzchniowych. Asymilacja pierwiastków biogennych (N, P) z wody zachodzi dzięki specjalnym, energo-zależnym i powiązanych z błoną komórkową systemom permeazy, których funkcją jest zapewnienie podwyższonego, wewnątrzkomórkowego stężenia tych jonów jako substratów do dalszych szlaków i procesów enzymatycznych (Gumiński 1990).

Rodzina podstawową instytucją i wspólnotą życia społecznego

Rodzina to wspólnota osób i instytucja społeczna. Jej podstawą jest związek małżeński mężczyzny i kobiety oparty na ich wzajemnej miłości i wolnym wyborze. To instytucja prawa naturalnego, którego twórcą jest sam Bóg. Małżeństwo i rodzina to głęboka wspólnota życia i miłości oraz komunia osób. Ta specyficzna wspólnota odpowiada wzajemnie za siebie, rodzi i wychowuje następne pokolenie, humanizując społeczeństwo. Rodzina jest dobrem społecznym, którego potrzebuje społeczeństwo.

Masturbacja w świetle katolickiego spojrzenia na ludzką płciowość

Masturbacja jako zagadnienie naukowe nadal budzi kontrowersje. Autor niniejszego artykułu prezentuje ten temat w szerokim kontekście współczesnej psychologii, pedagogiki i innych dyscyplin wiedzy zajmujących się ludzką egzystencją. Moralny wymiar masturbacji musi być rozpatrywany świetle problematyki ludzkiego bycia, ponieważ tylko w takiej perspektywie można stworzyć uzasadnioną opinię o tej delikatnej kwestii.