Genome-wide DNA polymorphism analyses using VariScan

BACKGROUND: DNA sequence polymorphisms analysis can provide valuable information on the evolutionary forces shaping nucleotide variation, and provides an insight into the functional significance of genomic regions. The recent ongoing genome projects will radically improve our capabilities to detect specific genomic regions shaped by natural selection. Current available methods and software, however, are unsatisfactory for such genome-wide analysis. RESULTS: We have developed methods for the analysis of DNA sequence polymorphisms at the genome-wide scale. These methods, which have been tested on a coalescent-simulated and actual data files from mouse and human, have been implemented in the VariScan software package version 2.0. Additionally, we have also incorporated a graphical-user interface. The main features of this software are: i) exhaustive population-genetic analyses including those based on the coalescent theory; ii) analysis adapted to the shallow data generated by the high-throughput genome projects; iii) use of genome annotations to conduct a comprehensive analyses separately for different functional regions; iv) identification of relevant genomic regions by the sliding-window and wavelet-multiresolution approaches; v) visualization of the results integrated with current genome annotations in commonly available genome browsers. CONCLUSION: VariScan is a powerful and flexible suite of software for the analysis of DNA polymorphisms. The current version implements new algorithms, methods, and capabilities, providing an important tool for an exhaustive exploratory analysis of genome-wide DNA polymorphism data.

GTK+ toolkit on mobile Linux devices

Linux -käyttöjärjestelmä on laajasti käytössä palvelin- ja työpöytätietokoneissa. Linux on lisäämässä suosiotaan kuitenkin myös sulautetuissa laitteissa, kuten PDA:issa, kännyköissä sekä erilaisissateollisuusjärjestelmissä. Näytön koko, suorituskyky ja käytettävyys asettavat omia erityisiä tarpeitaan laitteiden graafiselle käyttöliittymälle. Linux -käyttöjärjestelmälle on olemassa useita käyttöliittymäkirjastoja, joista GTK+ on yksi yleisimmin käytetyistä. Tämä diplomityö esittelee sulautetun Linux -käyttöjärjestelmän ja GTK+ käyttöliittymäkirjaston, selvittäen miten hyvin ne soveltuvat mobiileihin päätelaitteisiin. Yksi suurimmista esteistä työpöytäkäyttöön suunnattujen teknologioiden, kuten GTK+, muokkaamisessa mobiileihin päätelaitteisiin on suorituskyky. Osana tätä työtä kehitettiin GtkPerf -niminen työkalu, jolla GTK+:n suorituskykyä eri alustoilla pystytään helposti mittaamaan ja havaitsemaan mahdollisia pullonkauloja. Tämän työn johtopäätöksenä on, että pienillä muokkailuilla ja optimoinneilla GTK+ soveltuu myös mobiileihin päätelaitteisiin. Ensimmäinen kaupallisesti saatavilla oleva GTK+ -pohjainen päätelaite, Nokia 770 Internet Tablet, on tästä osoituksena.

Rakenteellisen jouston kuvaus reaaliaikasimuloinnissa

Työn tavoitteena oli tuottaa rakenteellisen jouston huomioiva monikappaledynmiikan simulointiohjelma Matlab-ympäristöön. Rakenteellinen jousto huomioitiin kelluvan koordinaatiston menetelmällä ja joustavuutta kuvaavat muodot ratkaistiin elementtimenetelmällä. Tehdyn ohjelman avulla voidaan koostaa joustavista kappaleista koostuvia avaruusmekanismeja ja tutkia niiden dynaamista käyttäytymistä. Simulointitulosta verrattiin kaupallisen ohjelmiston tuottamaan tulokseen. Työssä havaittiin, että kelluvan koordinaatiston menetelmä on käyttökelpoinen reaaliaikaiseen simulointiin. Työssä toteutetun ohjelman tulokset vastasivat kaupallisen simulointiohjelman tuloksia.

SAP R/3 -toimimianohjausjärjestelmän käytettävyyden parantaminen metsäteollisuusyrityksessä

Työn tavoitteena on parantaa SAP R/3-järjestelmän käytettävyyttä muutoksenhallintaprosessia mallintamalla. Työn alussa selkeytetään järjestelmän käytön nykytilaa yrityksessä sekä käyttäjien vaatimia parannuskohteita. Työn teoriaosassa käsitellään asiakasnäkökulmasta prosessien kehittämisen sekä niiden mallintamisen teoriaa. Teoriaosassa haetaan vastauksia järjestelmiin liittyviin kysymyksiin: - Kuinka selkeytetään käyttöönottoa sekä hyödynnetään toiminnan prosessilähtöistä kehittämistä? - Kuinka asiakastarpeita kartoittamalla huomioidaan käyttäjien tulevat taipeet? - Miten prosessimallintaminen lisää käyttäjien luottamusta ja yrityksen kilpailukykyä? Soveltavassa osassa tutkitaan vika- ja pienkehityspyyntöjen hallintaa ARIS-mallinnuksen avulla. Toimintoketjun avulla luodaan M-real-konsemissa käyttäjien ja palveluntarjoajan yhteinen toimintamalli. Prosessin omistajuus, käyttäjien liittymäpinta sekä toiminnan organisointi huomioidaan kaikkien osapuolten kesken

Satamanosturin dynamiikan reaaliaikasimulointi

Työn tavoitteena oli mallintaa satamanosturin dynamiikkaa mahdollisimman tarkasti kuvaava yksinkertaistettu malli Simulink-ohjelmalla, jonka jälkeen malli käännettiin edelleen reaaliaikasimulaattorille soveltuvaan muotoon. Nosturin malli yksinkertaistettiin käsittämään kolme osaa: Nosturin rungon, nostovaunun ja kontin. Voimista mallinnettiin pyörien kontaktivoimat, köysivoimat sekä siirtovoima. Reaaliaikasimulaattorina käytettiin Opal-RT:n RT-LAB reaaliaikasimulointiohjelmistoa, sekä tavallisia PC-tietokoneita. Simulointiin liitettiin myös 3D-animaatio, jolla nosturin liikkeet saatiin visualisoitua. Animoitava grafiikka luotiin WorldUp-ohjelmistolla ja liitettiin RT-LAB-simulaatioon RT3D-rajapinnan ja WorldUp Player:n avulla. Työn tuloksena saatiin satamanosturin dynaamista käyttäytymistä kuvaava Simulink-malli, jota on mahdollista käyttää reaaliaikaisessa simuloinnissa. Mallia testattiin RT-LAB reaaliaikasimulaattorissa, ja simuloinnista saatuja tuloksia verrattiin Adams:lla simuloituihin tuloksiin. Saatujen tulosten perusteella mallia voidaan pitää onnistuneena. Myös RT-LAB reaaliaikasimulaattori visualisointeineen vaikuttaa toimivalta kokonaisuudelta.

Tietoverkon varmistusten simulointi ja optimointi

Tässä diplomityössä määritellään varmistusjärjestelmän simulointimalli eli varmistusmalli. Varmistusjärjestelmän toiminta optimoidaan kyseisen varmistusmallin avulla. Optimoinnin tavoitteena on parantaa varmistusjärjestelmän tehokkuutta. Parannusta etsitään olemassa olevien varmistusjärjestelmän resurssien maksimaalisella hyödyntämisellä. Varmistusmalli optimoidaan evoluutioalgoritmin avulla. Optimoinnissa on useita tavoitteita, jotka ovat ristiriidassa keskenään. Monitavoiteoptimointiongelma muunnetaan yhden tavoitteen optimointiongelmaksi muodostamalla tavoitefunktio painotetun summan menetelmän avulla. Rinnakkain edellisen menetelmän kanssa käytetään myös Pareto-optimointia. Pareto-optimaalisen rintaman pisteiden etsintä ohjataan lähelle painotetun summan menetelmän optimipistettä. Evoluutioalgoritmin toteutuksessa käytetään hyväksi varmistusjärjestelmiin liittyvää ongelmakohtaista tietoa. Työn tuloksena saadaan varmistusjärjestelmän simulointi- sekä optimointityökalu. Simulointityökalua käytetään kartoittamaan nykyisen varmistusjärjestelmän toimivuutta. Optimoinnin avulla tehostetaan varmistusjärjestelmän toimintaa. Työkalua voidaan käyttää myös uusien varmistusjärjestelmien suunnittelussa sekä nykyisten varmistusjärjestelmien laajentamisessa.

Supporting Business Model Modelling: a Compromise between Creativity and Constraints

Diagrams and tools help to support task modelling in engi- neering and process management. Unfortunately they are unfit to help in a business context at a strategic level, because of the flexibility needed for creative thinking and user friendly interactions. We propose a tool which bridges the gap between freedom of actions, encouraging creativity, and constraints, allowing validation and advanced features.

Moottoriajoneuvon suorituskyvyn mittausjärjestelmä

Työn tarkoituksena oli toteuttaa moottoriajoneuvon suorituskyvyn mittaukseen käytettävä järjestelmä. Järjestelmä koostuu sylinterin muotoisesta rullasta ja tiedonkeruujärjestelmästä. Rullaa, jonka hitausmomentti tunnetaan kiihdytetään ajoneuvon vetopyörien välityksellä ja mitatuista arvoista lasketaan teho ja vääntömomenttiarvot moottorin kierrosluvun funktiona. Tiedonkeruu tapahtuu PC-mikrotietokoneen avulla, johon on liitetty tiedonkeruukortti. PC-mikrotietokone muodostaa käyttöliittymän, jonka avulla saadut tulokset esitetään kuvaajien avulla käyttäjälle. Käyttöliittymän avulla suoritetaan myös tulosten talletus ja raportin tulostus. Teoriaosassa tarkastellaan suorituskyvyn mittaamiseen käytettyjä menetelmiä ja laitteistoja, sekä tiedonkeruujärjestelmän rakennetta ja sen valintaan vaikuttavia tekijöitä. Käytännön osassa suunnitellaan muokkainkortti, jonka avulla erilaisilta antureilta saadut signaalit voidaan sovittaa tiedonkeruukortin tuloalueelle sopiviksi. Myös käyttöliittymän toimintaa ja sen rakentamiseen käytettyjä työkaluja tarkastellaan.

Context-based services for mobile devices

The subject of this master’s thesis was developing a context-based reminder service for mobile devices. Possible sources of context were identified and analyzed. One such source is geographical location obtained via a GPS receiver. These receivers consume a lot of power and techniques and algorithms for reducing power consumptions were proposed and analyzed. The service was implemented as an application on a series 60 mobile phone. The application requirements, user interface and architecture are presented. The end-user experiences are discussed and possible future development and research areas are presented.

Mobile Protocol Stack Simulator

Nykypäivän maailma tukeutuu verkkoihin. Tietokoneverkot ja langattomat puhelimet ovat jo varsin tavallisia suurelle joukolle ihmisiä. Uusi verkkotyyppi on ilmestynyt edelleen helpottamaan ihmisten verkottunutta elämää. Ad hoc –verkot mahdollistavat joustavan verkonmuodostuksen langattomien päätelaitteiden välille ilman olemassa olevaa infrastruktuuria. Diplomityö esittelee uuden simulaatiotyökalun langattomien ad hoc –verkkojen simulointiin protokollatasolla. Se esittelee myös kyseisten verkkojen taustalla olevat periaatteet ja teoriat. Lähemmin tutkitaan OSI-mallin linkkikerroksen kaistanjakoprotokollia ad hoc –verkoissa sekä vastaavan toteutusta simulaattorissa. Lisäksi esitellään joukko simulaatioajoja esimerkiksi simulaattorin toiminnasta ja mahdollisista käyttökohteista.

Tasapainotettu tuloskortti energiayhtiön strategisena työvälineenä

Tutkimuksen tavoitteena oli suunnitella ja toteuttaa tasapainotetun mittariston rakentamisprojekti Kotkan Energia Oy:ssä. Mittaristosta oli tarkoitus luoda ylimmän johdon käyttöön työväline, jota voidaan hyödyntää suorituskyvyn seuraamisen lisäksi myös organisaation strategisessa ohjauksessa. Rakennetun mittariston perustana käytettiin Kaplanin ja Nortonin kehittämää Balanced Scorecardia, jossa strategista suorituskykyä tarkastellaan talouden, asiakkaiden, sisäisten prosessien sekä innovatiivisuuden ja oppimisen näkökulmista. Tutkimusmetodologiana käytettiin konstruktiivista lähestymistapaa. Mittaristoprojektin tuloksena Kotkan Energia Oy:lle luotiin tasapainotettu tuloskortti, joka pohjautuu yhtiön missioon, visioon ja strategiaan. Tuloskortin näkökulmiin määritettiin kriittisten menestystekijöiden perusteella mittarit, jotka jaoteltiin varsinaisiin mittareihin, seurantamittareihin ja valmisteilla oleviin mittareihin. Varsinaisille mittareille asetettiin sekä lyhyen että pitkän tähtäimen tavoitteet. Mittaristoa ja mittareita analysoitiin useista näkökulmista projektin eri vaiheissa. Mittareihin liittyvät tiedot dokumentoitiin mittarikuvauksiin. Mittareille määritettiin raportointitaajuudet ja –ajankohdat. Lisäksi tutkittiin mittaritietojen vertailtavuutta muihin organisaatioihin. Projektin osana yhtiön intranet-sivuille luotiin käyttöliittymä, jonka avulla yhtiön koko henkilöstö pystyy hyödyntämään mittariston tietoja. Mittariston viimeistelyyn ja kehittämiseen liittyvät ideat muotoiltiin jatkosuunnitelmiksi.

Energiansiirtoketjun energiatehokkuus

Tämän työn tavoitteena oli tarkastella energiansiirtoketjun kokonaisenergiatehokkuutta, alkaen polttoaineesta ja päättyen sähköenergian loppukäyttäjään. Tarkasteltava energiansiirtoketju alkaa polttoaineen tuotannosta ja siirrosta. Tämän jälkeen tulee sähköenergian tuottaminen, siirtäminen, jakelu ja loppukäyttö. Sähköntuotannon osalta tarkasteltiin myös vesivoimaa ja tuulivoimaa, jolloin energiansiirtoketjusta jää polttoaineen tuotannon ja siirron häviöt pois. Työn pääpaino kohdistui sähköenergian tuotannon, siirron, jakelun ja loppukäytön energiatehokkuuksien tarkastelemiseen. Työssä selvitettiin myös tulevaisuuden näkymiä, miten hyötysuhteita saataisiin parannettua eri osa-alueilla uusilla tekniikoilla ja käyttötottumuksilla. Loppukäyttäjä saa polttoaineen energiasta hyödyksi noin neljänneksen. Suurimmat häviöt syntyvät sähköenergian tuotannossa, lukuun ottamatta vesivoimalaitoksia, joiden hyötysuhde on erittäin korkea.

Optical Character Recognition for Symbian OS

This Master's thesis addresses the design and implementation of the optical character recognition (OCR) system for a mobile device working on the Symbian operating system. The developed OCR system, named OCRCapriccio, emphasizes the modularity, effective extensibility and reuse. The system consists of two parts which are the graphical user interface and the OCR engine that was implemented as a plug-in. In fact, the plug-in includes two implementations of the OCR engine for enabling two types of recognition: the bitmap comparison based recognition and statistical recognition. The implementation results have shown that the approach based on bitmap comparison is more suitable for the Symbian environment because of its nature. Although the current implementation of bitmap comparison is lacking in accuracy, further development should be done in its direction. The biggest challenges of this work were related to developing an OCR scheme that would be suitable for Symbian OS Smartphones that have limited computational power and restricted resources.

Desarrollo de mejoras y nuevas funcionalidades a eXeLearning.net y colaboración con la comunidad de software libre exelearning.net

En este TFM se detallan las mejoras realizadas a la aplicación eXeLearning.net, así como otras aportaciones a la comunidad realizadas durante el proyecto de fin de máster de Software libre. eXeLearning.net es una aplicación de software libre para la creación de materiales educativos digitales, desarrollada en Python, con una interfaz web (HTML + JavaScript). En este proyecto se desarrollaron entre otras cosas: un repositorio de estilos en la web oficial de la aplicación, disponibles para su descarga desde la aplicación de escritorio, la creación y mantenimiento de un repositorio en Launchpad y una funcionalidad para publicar los contenidos creados con eXeLearning.net directamente en Google Drive.

Technical Wind Energy Potential in Russia

The goal of the master's thesis is a detailed research of the technical wind energy potential in Russian Federation: the distribution of the potential all over the territory of the country and the possibility of the application of the potential for power supply of various objects. The main attention of the thesis is devoted to the assessment of wind energy resources (potential) of Russian Federation, both for the territory of country in whole and for every region. Theoretical basic wind energy concepts and the scheme of transformation of kinetic energy of a wind into electric energy by modern wind turbines are given in the work. Also the costs of energy, stimuli of development of wind-engineering and obstacles which impact the industry development are analyzed. The review of existent and projected wind power plants in Russia is carried out.