Computational differentiation of N-terminal signal peptides and transmembrane helices

Signal peptides and transmembrane helices both contain a stretch of hydrophobic amino acids. This common feature makes it difficult for signal peptide and transmembrane helix predictors to correctly assign identity to stretches of hydrophobic residues near the N-terminal methionine of a protein sequence. The inability to reliably distinguish between N-terminal transmembrane helix and signal peptide is an error with serious consequences for the prediction of protein secretory status or transmembrane topology. In this study, we report a new method for differentiating protein N-terminal signal peptides and transmembrane helices. Based on the sequence features extracted from hydrophobic regions (amino acid frequency, hydrophobicity, and the start position), we set up discriminant functions and examined them on non-redundant datasets with jackknife tests. This method can incorporate other signal peptide prediction methods and achieve higher prediction accuracy. For Gram-negative bacterial proteins, 95.7% of N-terminal signal peptides and transmembrane helices can be correctly predicted (coefficient 0.90). Given a sensitivity of 90%, transmembrane helices can be identified from signal peptides with a precision of 99% (coefficient 0.92). For eukaryotic proteins, 94.2% of N-terminal signal peptides and transmembrane helices can be correctly predicted with coefficient 0.83. Given a sensitivity of 90%, transmembrane helices can be identified from signal peptides with a precision of 87% (coefficient 0.85). The method can be used to complement current transmembrane protein prediction and signal peptide prediction methods to improve their prediction accuracies. (C) 2003 Elsevier Inc. All rights reserved.

OxyR acts as a repressor of catalase expression in Neisseria gonorrhoeae

It has been reported that Neisseria gonorrhoeae possesses a very high level of catalase activity, but the regulation of catalase expression has not been investigated extensively. In Escherichia coli and Salmonella enterica serovar Typhimurium, it has been demonstrated that OxyR is a positive regulator of hydrogen peroxide-inducible genes, including the gene encoding catalase. The oxyR gene from N. gonorrhoeae was cloned and used to complement an E. coli oxyR mutant, confirming its identity and function. The gene was inactivated by inserting a kanamycin resistance cassette and used to make a knockout allele on the chromosome of N. gonorrhoeae strain 1291. In contrast to E. coli, the N. gonorrhoeae oxyR::kan mutant expressed ninefold-more catalase activity and was more resistant to hydrogen peroxide killing than the wild type. These data are consistent with OxyR in N. gonorrhoeae acting as a repressor of catalase expression.

Novas tend??ncias do mercado de trabalho

Na ruptura social fordista, o desemprego cresce bruscamente, fazendo surgir configura????es vari??veis, onde o conceito de press??o salarial passa a designar o complemento monet??rio indireto, destinado a assegurar a reprodu????o intergeneracional nas sociedades capitalistas plenamente desenvolvidas. A nova rela????o salarial compreende a rela????o de emprego (rela????o monet??ria direta) e a press??o salarial (rela????o monet??ria indireta). O aparecimento de rela????es de trabalho prec??rias for??a a press??o salarial a substituir a prote????o social em decad??ncia. Dos arranjos em forma????o, impor-se-??o os que encontrarem uma coer??ncia sist??mica m??nima. O poder p??blico agir?? como regulador da rela????o salarial e garantidor ??ltimo da press??o salarial, respeitando a flexibilidade do aparelho produtivo e a mobilidade e flexibilidade do trabalho. O autor tra??a trajet??rias nacionais baseados em 2 cen??rios estilizados, que s??o a variante americana (modelo t??pico da desregulamenta????o e flexibilidade externa) e a variante europ??ia (modelo t??pico da gest??o institucionalizada e flexibilidade interna).

Fundamentos para uma pol??tica de carreiras no contexto da reforma gerencial

Com o advento da administra????o gerencial no ??mbito do aparelho do Estado, em complementa????o ?? administra????o burocr??tica, verifica-se certa turbul??ncia na gest??o de pessoal na administra????o p??blica, decorrente da s??bita aus??ncia de fundamentos conceituais s??lidos que permitam pensar a administra????o do capital humano do Estado em um contexto de transforma????o. Este artigo procura estabelecer as bases para a recupera????o destes fundamentos, propondo tr??s crit??rios de design de carreiras: a estrutura de incentivos, os mecanismos de governan??a e a gest??o do conhecimento. Em seguida, exemplifica-se a utiliza????o destes crit??rios pela an??lise de seis temas pr??prios ?? discuss??o sobre carreiras no servi??o p??blico: remunera????o, sele????o, recrutamento e desenvolvimento, mobilidade, promo????o, carreiras para ag??ncias executivas e controle social da burocracia.

Currículo e atendimento educacional especializado na educação infantil : possibilidades e desafios à inclusão escolar

Esta pesquisa teve como objetivo geral compreender a proposta/ prática curricular do Atendimento Educacional Especializado (AEE) na Sala de Recursos Multifuncionais (SRM) enquanto função complementar na educação da criança pequena com deficiência e Transtornos Globais do Desenvolvimento (TGD). Partimos das constatações de que, nas duas últimas décadas, documentos oficiais, assim como pesquisas na área, apontam a necessidade de um trabalho pedagógico inclusivo, que atenda às demandas e características dos diferentes sujeitos matriculados. Questionamos se a proposta e prática curricular complementar do AEE, por meio da SRM, têm contribuído para a inclusão da criança pequena, público alvo da educação especial, nas práticas pedagógicas da sala de aula comum? Teoricamente buscamos as contribuições da Abordagem Histórico-Cultural para compreender o desenvolvimento e aprendizagem da criança com deficiência, assim como procuramos a interlocução com os teóricos do currículo, entre os quais Sacristán. Como metodologia, utilizamos a pesquisa-ação colaborativo-crítico. O lócus da pesquisa foi um Centro de Educação Infantil, situado em Vitória/ES, com uma sala de recurso multifuncional, modelo proposto pelo Ministério da Educação (MEC). Os sujeitos participantes foram crianças de 3 a 7 anos matriculadas no Centro Municipal de Educação Infantil (CMEI) e encaminhadas para o AEE, na SRM (seis crianças surdas, sete crianças com manifestações de TGD e uma criança com Síndrome de Down); dois professores de educação especial da SRM (uma professora da área da área de Deficiência Intelectual (DI), uma professora bilíngue e um instrutor surdo); professores regentes do turno da manhã CMEI e dois pedagogos. Como perspectiva teórico-metodológica, optamos pela rede significações (Rossetti-Ferreira, 2004) que tem seus pressupostos fundamentados na teoria histórico-cultural, que compreende os processos de desenvolvimento humano como atos de significação constituídos por múltiplas interações estabelecidas social e culturalmente pelos sujeitos durante toda a vida. A organização e análise dos dados ocorreram por meio dos movimentos, cenários e atores; as práticas curriculares inclusivas na/da escola: a SRM e a sala de aula comum em seus encontros e desencontros; a preocupação com o desenvolvimento psicomotor da criança; o brincar versus a aquisição da leitura e escrita; o diálogo entre o currículo da SRM e a sala de aula comum e os encontros colaborativos com os professores de educação especial, com as pedagogas e com as professoras regentes do CMEI. Algumas considerações importantes se destacam, entre as quais: a falta de formação e desconhecimento por parte dos professores de educação especial sobre a proposta curricular da educação infantil e práticas pedagógicas descontextualizadas e fragmentadas desenvolvidas na SRM, que dificultam a ação complementar ao trabalho da classe comum. Para as professoras das salas de atividades o AEE é viável na escola de educação infantil, mas não somente na SRM, concordam que deve haver o atendimento educacional especializado no turno em que a criança esteja matriculada; que ele pode ajudar na inclusão da criança público alvo da educação especial, por meio de práticas sociais e culturais lúdicas, linguísticas e intelectuais. Concluímos que as professoras desejam um AEE dinâmico, interlocutor, que se movimente na escola como um todo.

O pátio jesuítico no Palácio Anchieta: narrativas tipomorfológicas e paisagísticas na cidade de Vitória (ES)

A hipótese defendida nesta pesquisa se baseia na possibilidade de a arquitetura jesuítica implantada em terras brasileiras (século XVI) dialogar e agenciar, num mesmo corpo edificado, e de modo inter-relacionado, aspectos relativos à morfologia urbana, tipologia e paisagem. Lama explica que, como disciplina, a morfologia urbana agrega para si não somente o ambiente construído, mas os meios pelos quais este foi construído em sua interação com a forma urbana, ou seja, os “fenômenos sociais, econômicos e outros motores da urbanização” (LAMAS, 1992). Entender a forma urbana é entender seus elementos constituintes, “quer em ordem à leitura ou análise do espaço, quer em ordem à sua concepção ou produção” (LAMAS, 1992). Estudar a forma urbana significa compreender o lugar onde se insere a cidade e seus elementos constituintes, seus espaços e a inter-relação entre eles e seu contexto, em um espectro abrangente do que se denomina cidade, e urbano. A tipologia arquitetônica e a morfologia urbana estão interligadas no cerne de suas análises, considerando que ambas, segundo Pereira, estudam “duas ordens de fatos homogêneos” (PEREIRA, 2012); estudam elementos constituintes da cidade – arquitetônicos e espaciais – que se sobrepõem ou se complementam de acordo com a escala de análise utilizada. A arquitetura jesuítica do Brasil colonial modela de modo determinante a construção de distintos núcleos urbanos originários na costa brasileira no século XVI. Isso, por meio da implantação de tipologia edilícia que acompanha a doutrina jesuítica de localização e escolha do sítio para suas construções, preconizando segurança, visibilidade do entorno e facilidade de acesso por rios ou pelo mar. Essas construções, realizadas em áreas elevadas, marcaram, por conseguinte, no tempo e no espaço, a paisagem dos primeiros núcleos urbanos brasileiros. A pesquisa analisou um dos exemplares históricos da arquitetura jesuítica no Estado do Espírito Santo, especificamente na cidade de Vitória, capital e núcleo urbano original da colonização portuguesa neste Estado. A instalação dos jesuítas na antiga Vila da Vitória, no séc. XVI, através de sua igreja dedicada a São Tiago e de seu colégio anexo, marca a presença tipológica de uma arquitetura religiosa que influencia a própria morfologia da cidade – caracterizando esta arquitetura como um tipomorfológico - e, por reflexo, participa da construção de sua paisagem urbana secular. Entende-se que o antigo complexo jesuítico de São Tiago e atual Palácio Anchieta, sede governamental e prédio cultural capixaba, é uma arquitetura que permeia estas três grandes narrativas arquitetônicas e urbanas: a tipologia, a morfologia e a paisagem.

Estudo da resistência não drenada de solo de baixa consistência por meio de ensaios de campo e laboratório

A variabilidade natural dos solos torna complexo o conhecimento de suas propriedades na elaboração de projetos geotécnicos, sendo a determinação da resistência ao cisalhamento não drenada um parâmetro importante nas análises de estabilidade de solos moles. Os ensaios de laboratório de cone e palheta, não convencionais, os ensaios de campo de palheta e piezocone e os ensaios de compressão simples e triaxial não adensado e não drenado foram utilizados para mensurar a resistência não drenada de uma camada de argila marinha mole localizada na planície costeira central brasileira. Os ensaios de laboratório foram realizados em amostras indeformadas coletadas com amostradores de pistão estacionário em vertical próxima à realização dos ensaios de campo. O sítio foi investigado preliminarmente por sondagens de simples reconhecimento, sendo apresentado o perfil estratigráfico por meio de modelagem computacional. Foram também realizados ensaios para caracterização física (análise granulométrica, teor de umidade, limites de liquidez e plasticidade, densidade real dos grãos) e mineralógica (difração de raios X), e ensaios de adensamento para obtenção do histórico de tensões e classificação de qualidade das amostras indeformadas. Os valores de resistência não drenada obtidos pelos ensaios de laboratório foram comparados ao perfil contínuo de resistência determinado empiricamente pelo ensaio de piezocone, com fator de cone Nkt calibrado pelo ensaio de palheta de campo, apresentando boa concordância, com a variabilidade natural do solo influenciando de forma preponderante a qualidade das amostras na variação entre os resultados. Os valores de resistência obtidos pelos ensaios de laboratório de cone e palheta foram comparados entre si, apresentando boa compatibilidade. Ambos, quando comparados ao ensaio de palheta de campo, não apresentaram boa concordância. Os resultados de resistência obtidos pelos ensaios de compressão simples e triaxial apresentaram boa compatibilidade com os resultados do ensaio de laboratório de cone, o que não ocorreu com os resultados do ensaio de laboratório de palheta. Na comparação entre a resistência normalizada pela tensão de sobreadensamento obtida pelos diversos métodos e algumas correlações empíricas da literatura internacional, foi observado para as amostras de solo com índice de plasticidade superior a 60% boa concordância com as correlações de Mesri (1975) e Jamiolkowski et al (1985). Os ensaios não convencionais apresentaram boa confiabilidade, que aliado a simplicidade e agilidade de execução, justificam a difusão destes na prática da investigação geotécnica brasileira como método alternativo para complementar e dar suporte às estimativas de resistência não drenada de solos moles.

Tecnologias e metodologias na ensinagem de inglês no século XXI : elaboração e análise de webquests

Este trabalho tem como objetivo geral apresentar mecanismos de análise e validação de propostas de material didático na forma de Webquests e, com base nesses mecanismos, elaborar e validar três propostas de material didático em forma de WebQuests criticamente situados para a ensinagem de inglês como língua adicional. As WebQuests elaboradas visam priorizar o desenvolvimento do letramento digital crítico e da competência comunicativa em inglês como língua adicional do aprendiz. A WebQuest se insere na perspectiva de uma metodologia que tem esse mesmo nome e consiste na proposta de uma pesquisa orientada e organizada em etapas em que toda ou grande parte do conteúdo a ser acessado e necessário para a realização da(s) tarefa(s) encontra-se disponível online (DODGE, 1995). A metodologia deste estudo é de cunho qualitativo e também se insere na perspectiva da metodologia de desenvolvimento. O design metodológico dessa investigação foi organizado em três etapas, quais sejam, a análise de necessidades, a elaboração de três WebQuests e a análise das WebQuests elaboradas a partir de uma rubrica. A revisão de literatura, que constituiu parte da análise de necessidades, sugere que as demandas do século XXI exigem maior atenção e investimento para o desenvolvimento de letramentos múltiplos e críticos, de competências comunicativas e interacionais e de formação de cidadania. A análise de WebQuests disponíveis para ensinagem de inglês no principal sítio brasileiro de WebQuests, que compôs a segunda parte da análise de necessidades desse estudo, evidenciou a escassez de WebQuests que abordam de forma significativa tanto as questões do letramento digital crítico quanto os aspectos da competência comunicativa na língua adicional do indivíduo. A análise de necessidades como um todo forneceu subsídios relevantes para o processo de elaboração das WebQuests propostas neste estudo, que também se embasou nas diretrizes e princípios do modelo WebQuest e em grande parte do seu embasamento teórico. Como fase final deste estudo, as três WebQuests elaboradas foram submetidas à validação a partir de uma rubrica criada especialmente para esse propósito. Os resultados das análises de validação das três WebQuests elaboradas sugerem que a proposta desses materiais é válida sob o ponto de vista teórico, pois mostram que as ferramentas criadas vão ao encontro da proposta do modelo WebQuests de Dodge (1995, 2001) e das recomendações de qualidade sugeridas por Bottentuit Junior e Coutinho (2008a, 2012), bem como estão ancoradas na teoria sócio-construtivista e do ensino situado e nos princípios metodológicos da abordagem de ensino baseada em tarefas e da abordagem de ensino de conteúdos diversos por meio da língua (CLIL). Concluímos que as três WebQuests são materiais de ensinagem de inglês que fogem do enfoque tradicional conteudista historicamente voltado para o ensino de vocabulário e gramática na língua-alvo, extrapolando os objetivos linguísticos para alcançar também objetivos sociais e culturais da ensinagem de inglês como língua adicional, na medida em que se trabalha paralelamente (e intencionalmente, por entender que ambos se complementam) o desenvolvimento da competência comunicativa e do letramento digital crítico do indivíduo, contribuindo, assim, para a sua formação cidadã e colaborando para a “inclusão” do aprendiz no mundo social e digital.

Museu e escola : espaços de sentidos

Esta pesquisa procurou compreender como o Museu de Arte do Espírito Santo (MAES) atua na produção de sentidos dos estudantes, a partir das relações estabelecidas com a escola, e, nesse proceder, como o museu compreende a arte e a escola como destinatária de suas ações. Os sujeitos da pesquisa foram 98 crianças, do 5º ano do Ensino Fundamental I, de uma escola privada de Vitória. A pesquisa teve como corpus os discursos verbo-visuais produzidos pelas crianças nessa relação museu e escola, bem como as performances discursivas do Programa de Ação Educativa do Museu, no que concerne à formação de educadores e ao programa ciclo de palestras. Como metodologia de pesquisa, utilizou-se o estudo exploratório, e o aporte teórico foi a semiótica discursiva. A coleta de dados ocorreu no museu e na escola. No Museu, a partir de eventos que nortearam a exposição “Meu País Tropical”, da artista alemã, Heidi Lieberman, e das ações educativas propostas pelo MAES; na Escola, com o mapeamento inicial para compreender como e quais os sentidos eram apontados pelas crianças quanto ao conhecimento delas sobre a arte e sobre um museu de arte (antes da realização de sua primeira visita a esse espaço, o que elas sabem e qual a compreensão que elas têm da arte), bem como, nas produções plásticas e verbo-visuais produzidas por elas após a visita à instituição museal. Os resultados da pesquisa apontam que a metodologia analítica da semiótica discursiva contribuiu, de forma significativa, para desvelar os sentidos apontados pelas crianças no museu e na escola. Por meio dos discursos verbo-visuais produzidos por elas, compreendeu-se que uma educação pelo sensível, em consonância com relações de bons encontros no museu e na escola, pode propiciar uma experiência singular e significativa, que aguce a sensibilidade e reencante a educação.

Organizational and accounting change within the context of the environmental agenda: evidence from Portugal

Purpose – The purpose of this paper is to explore the process of organizational change undergone by a large Portuguese business group within the context of the environmental agenda and the role of accounting as a mechanism for change. Design/methodology/approach – The paper reports the results of a case study conducted between 2006 and 2009. Information was obtained from semi-structured interviews and secondary sources. Organizational changes were analyzed using Laughlin’s model in order to identify which category reflected most of the changes introduced to address environmental matters. Findings – This paper offers evidence that change is not a homogeneous phenomenon. Additionally, it confirms previous studies’ findings which found that accounting did not play a significant role in the process of organizational change within the context of the environmental agenda. Originality/value – This paper seeks to complement the research in this area by integrating observations from a case study into an existing model of levels of organizational change according to how a Portuguese business group incorporated environmental issues into its processes, policies and corporate culture.

Survival analysis: a tool in the study of post-harvest diseases in peaches

Survival analysis is applied when the time until the occurrence of an event is of interest. Such data are routinely collected in plant diseases, although applications of the method are uncommon. The objective of this study was to use two studies on post-harvest diseases of peaches, considering two harvests together and the existence of random effect shared by fruits of a same tree, in order to describe the main techniques in survival analysis. The nonparametric Kaplan-Meier method, the log-rank test and the semi-parametric Cox's proportional hazards model were used to estimate the effect of cultivars and the number of days after full bloom on the survival to the brown rot symptom and the instantaneous risk of expressing it in two consecutive harvests. The joint analysis with baseline effect, varying between harvests, and the confirmation of the tree effect as a grouping factor with random effect were appropriate to interpret the phenomenon (disease) evaluated and can be important tools to replace or complement the conventional analysis, respecting the nature of the variable and the phenomenon.

Automação e controlo de um sistema de armazenamento de bicicletas

A crescente procura da bicicleta como meio de transporte alternativo torna relevante a criação e desenvolvimento de infra-estruturas de apoio, tais como ciclovias e parques para bicicletas. Os sistemas tradicionais de parqueamento de bicicletas com recurso a correntes e cadeados não fornecem segurança nem comodidade. No entanto, começam a surgir, em várias cidades do mundo, parque automáticos onde é possível guardar uma bicicleta em segurança, protegendo-a quer das intempéries quer de actos de vandalismo. Este trabalho apresenta uma proposta para um parque automático de armazenamento de bicicletas, com recurso a caixas individualizadas que garantem a sua segurança, e também de outros bens que podem ser guardados junto da mesma, como por exemplo um capacete ou uma mochila. O sistema proposto no âmbito deste trabalho é um complemento às alternativas existentes. As vantagens apresentadas pelo sistema proposto são: a sua construção modular e personalizada; e a possibilidade de instalação num terreno plano, sem recurso a obras de construção civil. O objectivo foi criar um projecto de automação e controlo de um protótipo, com base na proposta apresentada. O projecto de automação e controlo engloba a escolha dos sensores e dos actuadores. Para o dimensionamento dos motores foi necessário recorrer a um cálculo simplificado da estrutura do robô manipulador. Foi feita a escolha dos sensores, actuadores e do controlador com base nos requisitos funcionais. A programação foi desenvolvida numa linguagem normalizada. O modelo desenvolvido poderá servir de base para um projecto multidisciplinar entre vários departamentos do Instituto e dessa cooperação poderá surgir um novo projecto optimizado para produção e de menor custo.

Revestimentos descontínuos de coberturas: análise da normalização europeia aplicável

Esta dissertação tem como principais objectivos analisar a conformidade das características de revestimentos descontínuos de coberturas produzidos ou comercializados em Portugal com as exigências preconizadas nas normas europeias aplicáveis. Contudo, e tendo em conta a diversidade do tema, o presente estudo centralizou-se em três tipos de revestimentos descontínuos: fibrocimento, metais e plásticos. Optou-se por uma abordagem teórica complementada por uma campanha experimental. No caso da primeira, serão descritas as características de uma cobertura inclinada e alguns dos principais tipos de revestimentos descontínuos existentes. No que concerne à campanha experimental, para além da pesquisa efectuada ao nível do mercado nacional e dos contactos desenvolvidos para a recolha de amostras, realizaram-se ensaios de natureza geométrica de todas as amostras recolhidas. Em suma, a presente dissertação foi validada através de uma campanha experimental simples, que consistiu na análise do cumprimento das exigências das normas europeias aplicáveis aos produtos ensaiados, resultando numa avaliação crítica aos valores obtidos.

Revision of the portuguese catalog of tsunamis

Catastrophic tsunamis are described in historical sources for all regions around the Gulf of Cadiz, at least since 60 BC. Most of the known events are associated with moderate to large earthquakes and among them the better studied is 1 November 1755. We present here a review of the events which effects, on the coasts of the Portuguese mainland and Madeira Island, are well described in historical documents or have been measured by tide gauges since the installation of these instruments. For a few we include new relevant information for the assessment of the tsunami generation or effects, and we discard events that are included in existing compilations but are not supported by quality historical sources or instrumental records. We quote the most relevant quantitative descriptions of tsunami effects on the Portuguese coast, including in all pertinent cases a critical review of the coeval sources, to establish a homogenous event list. When available, instrumental information is presented. We complement all this information with a summary of the conclusions established by paleo-tsunami research.

Intervenções em estruturas antigas

O presente relatório de estágio, definido como Trabalho Final de Mestrado, surge como resultado de um estágio profissional realizado no âmbito do Mestrado em Engenharia Civil do Instituto Superior de Engenharia de Lisboa, e tem como objectivos primordiais, expor as actividades realizadas e reflectir os conhecimentos adquiridos durante o período de estágio. Após uma formação académica maioritariamente vocacionada para os aspectos teóricos e de natureza científica, tornou-se fundamental ao estagiário garantir um contacto real com a profissão de Engenheiro Civil antes do ingresso no mercado de trabalho. Foi com base nesse pressuposto que a opção do Trabalho Final de Mestrado incidiu sobre a realização de um estágio curricular em detrimento das restantes possibilidades. O período de estágio iniciou-se a 14 de Março de 2011 e incidiu sobre a área de Conservação, Restauro e Reabilitação de edifícios com valor patrimonial, sendo feito referência no capítulo 2 aos princípios importantes da intervenção neste tipo de edifícios. O capítulo 3 faz uma abordagem geral do que são as coberturas servindo de complemento ao capítulo 4, onde são abordados e analisados os processos e métodos construtivos envolvidos, contemplando a evolução construtiva da cobertura do Cruzeiro, no Convento de Cristo em Tomar. Nos restantes capítulos, 5 e 6, é feita a caracterização e constituição da estrutura de um edifício da segunda metade do século XVIII, e a análise estrutural feita ao edifício no Antigo Convento do Santíssimo Sacramento, em Lisboa, respectivamente. O capítulo 4 é complementado pelo Anexo A, sendo utilizado como referência ao esquema da estrutura artesanal encontrada na cobertura do Cruzeiro.