Identification and study of novel genes expressed in the heart precursor cells

Understanding heart development on a molecular level is a requirement for uncovering the causes of congenital heart diseases. Several genes have been implicated as critical for heart development. However, the inducers of these genes as well as their targets and pathways, remain largely unknown. We have identified a promoter element of chick cCer able to drive EGFP expression in a population of cells that consistently exit from the anterior primitive streak region, from as early as stage HH3+, and that later will populate the heart. Using this promoter element as a tool allowed us to identify novel genes previously not known to potentially play a role in heart development. In order to identify and study genes expressed and involved in the correct development and differentiation of the vertebrate heart precursor cell (HPC) lineages, a differential screening using Affymetrix GeneChip® system technologies was performed. Remarkably, this screening led to the identification of more than 700 transcripts differentially expressed in the heart forming regions (HFR). Bioinformatic tools allowed us to filter the large amount of data generated from this approach and to select a few transcripts for in vivo validation. Five genes were selected for further characterization by whole mount in situ hybridization leading to the validation of their expression in the HPC. From those, Adtk1 and Ccbe1 were selected for functional analysis. Regarding to ccbe1, a more detailed WISH analysis was performed and showed that Ccbe1 is expressed specifically on the cardiac progenitors regions at HH4, more specifically in primary heart field and at later stages is present in the second heart field. Further functional analyses by knockdown and overexpression revealed an important role for Ccbe1 in early heart tube formation. Moreover, the results presented in this thesis suggested that Ccbe1 is a key gene during heart development and might be limited to multipotent and highly proliferative progenitors and downregulated upon cellular commitment into more specific cardiac phenotypes. Other of the genes identified, Adtk1 was also subjected to further functional studies. Knockdown of Adtk1 using morpholino oligonucleotides suggested that it might be necessary for the migration and fusion of the heart tube as well as for neural tube closure.

An integrated and comparative approach to genetic selection of the aquaculture species Dicentrarchus labrax

The European sea bass, Dicentrarchus labrax, is one of the most important marine species cultivated in Southern Europe and has not benefited from selective breeding. One of the major goals in the sea bass (D. labrax) aquaculture industry is to understand and control the complexity of growth associated traits. The aim of the methodology developed for the studies reported in the thesis was not only to establish genetic and genomic resources for sea bass, but to also develop a conceptual strategy to efficiently create knowledge in a research environment that can easily be transferred to the aquaculture industry. The strategy involved; i) establishing an annotated sea bass transcriptome and then using it to, ii) identify new genetic markers for target QTL regions so that, iii) new QTL analysis could be performed and marker based resolution of the DNA regions of interest increased, and then iv) to merge the linkage map and the physical map in order to map the QTL confidence intervals to the sea bass genome and identify genes underlying the targeted traits. Finally to test if genes in the QTL regions that are candidates for divergent growth phenotypes have modified patterns of transcription that reflects the modified whole organism physiology SuperSAGE-SOLiD4 gene expression was used with sea bass with high growth heterogeneity. The SuperSAGE contributed to significantly increase the transcriptome information for sea bass muscle, brain and liver and also led to the identification of putative candidate genes lying in the genomic region of growth related QTL. Lastly all differentially expressed transcripts in brain, liver and muscle of the European sea bass with divergent specific growth rates were mapped to gene pathways and networks and the regulatory pathways most affected identified and established the tissue specific changes underlying the divergent SGR. Owing to the importance of European sea bass to Mediterranean aquaculture and the developed genomics resources from the present thesis and from other studies it should be possible to implement genetic selection programs using marker assisted selection.

Tecnologia lítica da Middle Stone Age da Gruta da Leba (Huíla, SW Angola)

África é hoje o foco principal na investigação sobre a problemática da emergência da humanidade. O registo arqueológico actual sugere que também alinhagem do Homo sapiens surgiu na África subsaariana, tornando a Middle Stone Age no período chave no debate sobre a emergência do comportamento humano moderno. Os primeiros indícios de comportamento humano presumivelmente moderno provêm da África do Sul, mas há um enorme vazio arqueográfico sobre as áreas limítrofes desse território como é o caso de Angola que podem trazer novos dados à discussão. A presente dissertação debruça-se sobre a colecção arqueológica da Gruta da Leba (Huíla, SW de Angola), actualmente parte do Arquivo Científico Tropical (Instituto de Investigação Científica Tropical), que permanece inédita, apesar de recolhida em escavação arqueológica pela Junta de Investigações do Ultramar durante os anos 1950, no âmbito da Missão Antropobiológica de Angola. O conjunto é composto por uma indústria lítica com mais de 1500 peças, bem como restos faunísticos e amostras de sedimentos, de uma sequência estratigráfica com três níveis de ocupação da Middle Stone Age. O principal objectivo deste estudo é caracterizar a produção e utilização dos materiais líticos da Middle Stone Age da Gruta da Leba, através da sistematização da informação de cariz tecnológico e tipológico do conjunto artefactual. A partir da análise dos materiais líticos é possível definir padrões de variabilidade na exploração das matérias-primas e cadeias operatórias de produção do sítio. Pretende-se, assim, enquadrar regionalmente as indústrias líticas no panorama mais alargado da Pré-História da África subsaariana, para a validação dos modelos crono-culturais convencionais e avaliação dos parâmetros teórico-metodológicos aplicados na abordagem à tecnologia lítica africana em relação à problemática do comportamento humano moderno.

Inovação e tecnologia no turismo. O sector hoteleiro do Algarve

Dissertação de mestrado, Ciências Económicas e Empresariais, Faculdade de Economia, Universidade do Algarve, 2004

Evaluation of the protective effect of Phlomis purpurea against Phytophthora cinnamomi in Fagaceae and of root metabolites involved

Tese de doutoramento, Ciências Agrárias (Proteção de Plantas), Faculdade de Ciência e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2014

Neuroendocrinology of cooperation: the role of neuropeptides on the modulation of mutualistic behaviour of the Indo-Pacific Cleaner Wrasse (Labroides dimidiatus)

Tese de doutoramento, Ciências do Mar, da Terra e do Ambiente, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Acoustic-oceanographic data fusion for prediction of oceanic acoustic elds

Tese de doutoramento, Engenharia Electrónica e Telecomunicações (Processamento de Sinal), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2014

Investigating the role of Annexin A2 in Epidermal Growth Factor (EGF) induced signalling in cancer

Dissertação de mestrado, Qualidade em Análises, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve; Universitat de Barcelona; Gdansk University of Technology, Universidad de Cádiz, Universitas Bergensis; 2015

Referencial de competências-chave na área de sociedade, tecnologia e ciência : adequação e pertinência

Trabalho de projecto de mestrado, Ciências da Educação (Formação de Adultos), Universidade de Lisboa, Instituto de Educação, 2011

Aquaporins in adipocytes:insights into the pathophysiology of human obesity

Tese de doutoramento, Farmácia (Bioquímica), Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2014

Automatic extraction of definitions

Tese de doutoramento, Informática (Engenharia Informática), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

Molecular bases of classic galactosemia : searching for new therapeutic strategies

Tese de doutoramento, Farmácia (Biologia Celular e Molecular), Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2014

Das ciências naturais à genética : a divulgação científica na revista brotéria (1902-2002) e o ensino científico da companhia de Jesus nos séculos XIX e XX em Portugal

Tese de doutoramento, História e Filosofia das Ciências, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

Real-time scheduling in multicore : time- and space-partitioned architectures

Tese de doutoramento, Informática (Engenharia Informática), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

Do plano de educação popular ao plano de formação social e corporativa : Henrique Veiga de Macedo, subsecretário de estado da educação nacional (1949-1955) e ministro das corporações e da previdência social (1955-1961)

Tese de doutoramento, Educação (História da Educação), Universidade de Lisboa, Instituto de Educação, 2014