Linked Open Data and Islandora

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Fedora 4 as a Shared Linked Data repository for the Art Institute of Chicago Collections

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Digital Preservation Tools, Practices, and Policies in Islandora

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

A Distributed Microservices Framework Integrating Taverna

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

The Human Communication Science Virtual Lab (HCS vLab): A repository microclimate in a rapidly evolving research-ecosystem

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

APIs and Datasets everywhere

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

CO2:n adsorptio Loviisan voimalaitoksen päästöilmasta 14C-päästöjen määrittämiseksi

Tämän kandidaatintyön tavoitteena oli selvittää mahdollisuuksia 14C:n kemiallisten muotojen eriyttämiseen käyttäen Loviisan voimalaitoksella olemassa olevaa näytteenkeräyslaitteistoa. Lisäksi tarkoituksena oli selvittää parhaiten tähän käyttötarkoitukseen soveltuva zeoliittityyppiä tyypeistä 4A, 5A ja 13X. Työn kirjallisessa osassa käsitellään ydinvoimalaitoksen C14-päästöjä keskittyen pääosin Loviisan VVER-laitokseen. Adsorption osalta esitellään kaupallisesti käytettyjä adsorptiomateriaaleja ja paneudutaan adsorptioon fysikaalisena ja kemiallisena ilmiönä. Lisäksi esitellään kahden desorptiomenetelmän perusperiaatteet. Kirjallisen osan lopussa kootaan tutkimukseen vaikuttavia tekijöitä ja esitellään aiemmin käytössä ollut näytteenkeräyslaitteisto. Kokeellisessa osassa esitellään työssä käytetyt laitteistot. Lisäksi on kuvattu mittausten suoritus nestetuikelaskurilla. Tämän jälkeen työssä esitellään mittaustuloksien käsittely ja näin saadut tulokset.

Entsyymien talteenotto ja kierrätys selluloosaetanolin valmistuksessa

Bioetanolin valmistus selluloosapitoisista raaka-aineista vaatii selluloosapolymeerien pilkkomisen liukoisiksi sokereiksi. Tämä voidaan toteuttaa entsymaattisella hydrolyysillä. Selluloosan pilkkomiseen tarkoitetut entsyymit, sellulaasit, ovat entsymaattisen hydrolyysin jälkeen sitoutuneet joko kiintoainefaasiin tai ovat nestemäisessä faasissa ns. vapaina entsyymeinä. Prosessin taloudellisuuden kannalta on erityisen tärkeää minimoida siinä käytettävien entsyymien tarve, sillä tehokkaat entsyymivalmisteet ovat suhteellisen kalliita. Yksi varteenotettava vaihtoehto bioetanoliprosessin saamiseksi taloudellisemmaksi on käytettyjen entsyymien talteenotto ja kierrätys. Työn tarkoituksena oli selvittää kirjallisuudesta, millaisia menetelmiä on kehitetty entsyymien talteenottoon ja kierrätykseen lignoselluloosasta valmistettavan bioetanolin valmistuksessa. Työssä on keskitytty tuoreisiin tutkimuksiin ja menetelmien käyttökelpoisuuteen ja taloudellisuuteen. Viime vuosina sellulaasien talteenotto- ja kierrätysmenetelmiä koskevat tutkimukset ovat keskittyneet pääasiassa käsittelemään nanopartikkelien avulla tapahtuvaa entsyymien immobilisointia, ultrasuodatusta, erilaisia desorptiomenetelmiä, kiinteän hydrolyysijäännöksen kierrättämistä, tuoreen substraatin lisäämistä sekä myös tislausvaiheen jälkeistä entsyymien kierrättämistä. Jotta kierrätysmenetelmä olisi tehokas, tulisi sen pyrkiä säilyttämään entsyymien aktiivisuuksia, sokerisaantoa menettämättä ja sisältää sekä neste-, että kiintoainefaasista tapahtuva kierrätys. Jokaisella kierrätysmenetelmällä on hyvät ja huonot puolensa. Entsyymien talteenottoastetta saadaan kuitenkin parannettua yhdistämällä erilaisia menetelmiä. Useista tutkimuksista huolimatta, taloudellisinta ja käyttökelpoisinta entsyymien talteenotto- ja kierrätysmenetelmää ei ole vielä saavutettu.

Sellulaasit ja niiden käyttö teollisuudessa

Kandidaatintyön kirjallisuuskatsauksessa esitellään selluloosan entsymaattisen hydrolyysin toimintamekanismi ja kerrotaan sellulaasien käytöstä aiheutuvista eduista ja haitoista eri teollisuussovelluksissa.

Pattern of Wnt ligand expression during chick eye development

The dorsoventral axis of the eye is determined prior to optic cup invagination. A variety of signaling pathways have been implicated in the maintenance of the optic dorsoventral axis, including, but not limited to, bone morphogenetic protein 4, Sonic Hedgehog and retinoic acid. Here, we investigated the possible contribution of Wnt ligands to the establishment or maintenance of the optic axis by analyzing their expression pattern during early chick optic development. We performed in situ hybridization of Wnt-1, Wnt-3a, Wnt-4, and Wnt-5a during the optic vesicle, early optic cup and established optic cup stages and focused our analysis on the optic region. Our data showed that Wnt-5a, but none of the others, is expressed in the dorsal region of the eye starting from the Hamburger and Hamilton stage 14 (HH14). These results are supported by cryosections of the labeled optic region, which further reveal that Wnt-5a is expressed only in the dorsal retinal pigmented epithelium. Thus, we propose that Wnt-5a is a marker for dorsal retinal pigmented epithelium in chick embryos from HH14 to HH19.

Cytotoxic and DNA-topoisomerase effects of lapachol amine derivatives and interactions with DNA

The cytotoxic activity of amino (3a-e), aza-1-antraquinone (4a-e) lapachol derivatives against Ehrlich carcinoma and human K562 leukemia cells was investigated. Cell viability was determined using MTT assay, after 48 (Ehrlich) or 96 h (K562) of culture, and vincristine (for K562 leukemia) and quercetin (for Ehrlich carcinoma) were used as positive controls. The results showed dose-dependent growth-inhibiting activities and that the amino derivatives were active against the assayed cells, whereas the 4a-e derivatives were not. The allylamine derivative 3a was the most active against Ehrlich carcinoma, with IC50 = 16.94 ± 1.25 µM, and against K562 leukemia, with IC50 = 14.11 ± 1.39 µM. The analogous lawsone derivative, 5a, was also active against Ehrlich carcinoma (IC50 = 23.89 ± 2.3 µM), although the 5d and 5e derivatives showed lower activity. The interaction between 3a-d and calf thymus DNA was investigated by fluorimetric titration and the results showed a hyperchromic effect indicating binding to DNA as presented of ethidium bromide, used as positive control. The inhibitory action on DNA-topoisomerase II-a was also evaluated by a relaxation assay of supercoiled DNA plasmid, and the etoposide (200 µM) was used as positive control. Significant inhibitory activities were observed for 3a-d at 200 µM and a partial inhibitory action was observed for lapachol and methoxylapachol.

Avaliação de diferentes híbridos suínos submetidos à insensibilização elétrica e gasosa (CO2): parte 2 - mensurações objetivas de qualidade

Suínos provenientes de três linhagens genética (A, B e C) comercializados no Brasil, com peso vivo de 100 a 120 kg foram submetidos ao insensibilizador elétrico manual (Karl Schermer 220-230/250 volts, 45-60 Hz e 1,4-1,5A) e ao gasoso coletivo (Combi-Butina 90% CO2) no mesmo abatedouro. O sistema gasoso proporcionou aos híbridos valores (b*) superiores (p<0,001) quando comparados ao sistema elétrico, assim como diferenças nos valores médios de refletância luminosa interna (Hennessy-gp4) aos 45 min. pm e 24ª h pm (p<0,05). Quando submetidos ao sistema gasoso, diferenças entre os híbridos nos valores médios de luminosidade superficial (L) 24ª h pm (p<0,0001), pH 24ª h pm (SM) (p<0,0001), valores (b*) 24ª h pm (p<0,05), reflectância luminosa interna aos 45 min e 24ª h (LD) (p<0,001) foram observadas. Utilizando-se o sistema manual elétrico verificaram-se diferenças significativas nos valores médios de refletância luminosa interna (LD) aos 45 min. e 24ª h pm (p<0,001), assim como nos valores médios de pH 24ª h pm (SM) e (SC) (p<0,05). Entretanto as diferenças obtidas entre os sistemas de insensibilização e híbridos estudados não foram suficientes para proporcionar diferenças significativas nos valores de capacidade de retenção de água, perda por exsudação e "umidade exprimível".

Isolation and characterization of bacterial strains with a hydrolytic profile with potential use in bioconversion of agroindustial by-products and waste

There is a trend towards the use of novel technologies nowadays, mainly focused on biological processes, for recycling and the efficient utilization of organic residues that can be metabolized by different microorganisms as a source of energy. In the present study the isolation of bacterial strains from six different agro-industrial by-products and waste was performed with the objective of evaluating their hydrolytic capacities and suitability for use in bioconversion of specific substrates. The 34 isolated strains were screened in specific culture media for the production of various hydrolytic enzymes (lipase, protease, cellulase, and amylase). It was found that 28 strains exhibited proteolytic activity, 18 had lipolytic activity, 13 had caseinolytic activity, 15 had amylolytic activity, and 11 strains exhibited cellulolytic activity. The strains that showed the highest hydrolytic capacities with biotechnological potential were selected, characterized genotipically, and identified as Bacillus, Serratia, Enterococcus, Klebsiella, Stenotrophomonas, Lactococcus, and Escherichia genera. It was concluded that the strain isolates have a high potential for use in the bioconversion of agro-industrial waste, both as a pure culture and as a microbial consortium.

Magnetic properties of the Biâ Srâ CaCuâ Oâ single crystal

The Bi2Sr2CaCu20g single crystal with a superconducting transition temperature equal to 90 ± 2 K was prepared. The irreversibility line of the single crystal for a mgnetic field direction along the c-axis and T* in the ab-plane was determined. The reduced temperature (l - T ) is proportional to H 1.1 for fields below 004 T and proportional to HO.09 for fields above 0.4 T. The zero temperature upper critical field Hc2(0) and coherence length ~ (0) were determined from the magnetization meaurements to be H-lC2=35.9T , H//C2=31.2T, ~c(0)=35.0 A, and ~ab(0)=32.5A,and from the magnetoresistance measurements to be H-lc2 = 134.6T , H//C2=55.5T '~c(0)=38.1 A, and ~ab(0)=2404 A for both directions of the applied magnetic field. The results obtained for Hc2(0) and ~(O) are not reliable due to the rounding that the single crystal exhibits in the magnetization and magnetoresistance curves. The magnetization relaxation of the single crystal was investigated, and was found to be logarithmic in time, and the relaxation rate increases with temperature up to 50 -60 K, then decreases at higher temperatures.