Development of new methodologies in sample treatment for proteomics workflow based on enzymatic probe sonication technology and mass spectrometry

Thesis submitted to the Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia, for the degree of Doctor of Philosophy in Biochemistry

Probabilistic maintenance and optimization strategies for deteriorating civil infrastructures

In developed countries, civil infrastructures are one of the most significant investments of governments, corporations, and individuals. Among these, transportation infrastructures, including highways, bridges, airports, and ports, are of huge importance, both economical and social. Most developed countries have built a fairly complete network of highways to fit their needs. As a result, the required investment in building new highways has diminished during the last decade, and should be further reduced in the following years. On the other hand, significant structural deteriorations have been detected in transportation networks, and a huge investment is necessary to keep these infrastructures safe and serviceable. Due to the significant importance of bridges in the serviceability of highway networks, maintenance of these structures plays a major role. In this paper, recent progress in probabilistic maintenance and optimization strategies for deteriorating civil infrastructures with emphasis on bridges is summarized. A novel model including interaction between structural safety analysis,through the safety index, and visual inspections and non destructive tests, through the condition index, is presented. Single objective optimization techniques leading to maintenance strategies associated with minimum expected cumulative cost and acceptable levels of condition and safety are presented. Furthermore, multi-objective optimization is used to simultaneously consider several performance indicators such as safety, condition, and cumulative cost. Realistic examples of the application of some of these techniques and strategies are also presented.

Caracterização e Planeamento Urbano da Zona de Intervenção Prioritária da Cidade do Porto pela Porto Vivo, SRU

O presente relatório de estágio descreve as atividades realizadas durante o período do estágio curricular, com a duração de 6 meses, na empresa Porto Vivo, SRU – Sociedade de Reabilitação Urbana da Baixa Portuense S.A. Inicialmente efetua-se uma descrição da empresa, indicando a missão, os objetivos e alguns dos seus projetos realizados ou em realização. De seguida e com o intuito de compreender a área em que Porto Vivo, SRU atua, é realizado um enquadramento demográfico e geográfico da zona de intervenção prioritária da cidade do Porto. As atividades realizadas, nomeadamente os levantamentos da dinâmica imobiliária, das unidades de alojamento, do edificado e ainda o acompanhamento de vistorias ao estado de conservação dos edifícios, são descritas destacando-se os objetivos e todos os procedimentos necessários á sua execução. Com base nas duas primeiras atividades, realizou-se um estudo de forma a compreender a relação de desenvolvimento do estado de conservação das edificações com a dinâmica imobiliária. Por último é desenvolvido um caso de estudo onde se analisa a evolução do quarteirão Carlos Alberto, descrevendo todas as fases do seu processo de reabilitação. Menciona-se a estratégia implementada pela Porto Vivo, SRU e de que forma é que esta influencia a execução do projeto de reabilitação.

Coordenação e fiscalização de obras de reabilitação urbana - acompanhamento de operações de reabilitação no Morro da Sé

O presente relatório descreve o trabalho desenvolvido durante os 6 meses de estágio curricular no âmbito do mestrado em construções. O estágio decorreu na Porto Vivo, SRU, uma empresa pública responsável pela dinamização social e económica do Centro Histórico do Porto – Património Mundial. Ao longo do estágio foram realizadas tarefas relacionadas com o tema Coordenação e Fiscalização de Obras, integrando a equipa do Núcleo de Execução de Obras (NEO), acompanhando as obras a decorrer no Centro Histórico do Porto, como por exemplo as Operações de Reabilitação e Realojamento no Morro da Sé. Procedeu-se também à realização de várias vistorias (segurança, salubridade e estética, determinação do nível de conservação e vistorias para efeitos de receção provisória de edifícios), embargo de obras e também o estudo do estado de conservação do edificado nas Áreas de Reabilitação Urbana (ARU) em Santos Pousada e Lapa. Desta forma, tornou-se possível reunir uma diversa quantidade de informação para a realização deste relatório, abordando assuntos importantes tais como as adversidades e anomalias observadas nas visitas às Operações de Reabilitação e Realojamento no Morro da Sé, como também a sugestão de um material estrutural alternativo, o Light Steel Framing.

Inspeção a sistemas de climatização e conceção de um sistema de gestão da manutenção aplicado em edifícios universitários

Os requisitos legais impostos ao processo de manutenção das instalações de AVAC em edifícios evoluíram nos últimos 10 anos no sentido de uma crescente exigência, obrigando à existência de planos de manutenção preventiva, livros de ocorrências, inspeções obrigatórias a equipamentos, auditorias ou certi cações energéticas. Para os responsáveis da gestão da manutenção de edifícios, em particular para os que gerem uma quantidade signi cativa de equipamentos e instalações, fazê-lo sem o auxílio de uma ferramenta informática é um desa o considerável. Este trabalho visou a arquitetura de um sistema de gestão da manutenção de edifícios que foi aplicado a um caso real, nomeadamente o campus de Azurém da Universidade do Minho. Foi desenvolvida uma metodologia de inspeção, recolha e tratamento da informação para os sistemas técnicos de AVAC existentes nos edifícios. Esta metodologia foi implementada numa aplicação informática que permite aos técnicos responsáveis pela manutenção uma agilização de tarefas, resultado de um vasto conjunto de informações e de ferramentas desenvolvidas propositadamente, facilmente acessíveis através da rede Wi-Fi universitária. A integração das tarefas de manutenção na aplicação informática permitirá aumentar o grau de e ciência e e cácia nas atividades inerentes à manutenção, aumentando o grau de satisfação dos técnicos envolvidos no processo e dos utentes dos edifícios. O registo das tarefas de manutenção realizadas e dos respetivos custos em bases de dados, tornará também possível a geração de relatórios que sustentarão decisões mais assertivas. A implementação na aplicação informática dos seis módulos estruturais do Sistema de Gestão da Manutenção e Consumos Energéticos, SGMCE, permitirá atingir um nível de gestão da manutenção mais elevado, criando condições para o efetuar o comissionamento. O comissionamento prolonga-se por toda a vida do edifício, permitindo atingir os objetivos designados pelo seu promotor, dentro de patamares de custos de exploração energéticos e de custos optimizados de manutenção.

Validation of QuEChERS method for organochlorine pesticides analysis in tamarind (Tamarindus indica) products: Peel, fruit and commercial pulp

In this study a citrate-buffered version of QuEChERS (Quick, Easy, Cheap, Effective, Rugged and Safe) method for determination of 14 organochlorine pesticides (OCPs) residues in tamarind peel, fruit and commercial pulp was optimized using gas chromatography (GC) coupled with electron-capture detector (ECD) and confirmation by GC tandem mass spectrometry (GC–MS/MS). Five procedures were tested based on the original QuEChERS method. The best one was achieved with increased time in ultrasonic bath. For the extract clean-up, primary secondary amine (PSA), octadecyl-bonded silica (C18) and magnesium sulphate (MgSO4) were used as sorbents for tamarind fruit and commercial pulp and for peel was also added graphitized carbon black (GCB). The samples mass was optimized according to the best recoveries (1.0 g for peel and fruit; 0.5 g for pulp). The method results showed the matrix-matched calibration curve linearity was r2 > 0.99 for all target analytes in all samples. The overall average recoveries (spiked at 20, 40 and 60 μg kg−1) have been considered satisfactory presenting values between 70 and 115% with RSD of 2–15 % (n = 3) for all analytes, with the exception of HCB (in peel sample). The ranges of limits of detection (LOD) and quantification (LOQ) for OCPs were for peel (LOD: 8.0–21 μg kg−1; LOQ: 27–98 μg kg−1); for fruit (LOD: 4–10 μg kg−1; LOQ: 15–49 μg kg−1) and for commercial pulp (LOD: 2–5 μg kg−1; LOQ: 7–27 μg kg−1). The method was successfully applied in tamarind samples being considered a rapid, sensitive and reliable procedure.

Impacto da infiltração e afluência de águas pluviais na rede de saneamento

A existência de contribuições significativas de águas de infiltração e de águas pluviais nas redes de drenagem de águas residuais urbanas, motivaram a realização deste trabalho. Este estudo foi realizado no sistema de saneamento de Gondomar, utilizando os registos de caudais e qualidade das águas residuais em quatro estações de tratamento de águas residuais, durante quatro anos. O principal objectivo deste trabalho foi estimar as afluências de infiltração e precipitação ao sistema de saneamento e a identificação dos subsistemas críticos. Concluiu-se que a percentagem de volume excedente é cerca de 30% nos anos com maior ocorrência de precipitação. O propósito deste estudo foi também apresentar soluções para este problema, incluindo técnicas de inspecção e reparação dos elementos de drenagem, as quais foram definidas para os subsistemas identificados como críticos, Freixo e Rio Tinto. No Freixo mostrou-se importante a inspecção dos colectores, ramais e câmaras de visita, uma vez que o caudal afluente a este subsistema é muito superior ao esperado e a água residual apresenta-se diluída. Em Rio Tinto evidenciou-se como prioritária a detecção e eliminação de ligações abusivas, dado que são frequentes as ocorrências de exfiltração, com danos significativos. Para além das técnicas de detecção apresentadas considera-se que é necessário manter a monitorização de caudais e recipitação nos subsistemas, e se possível com registo contínuo ao longo do dia. Para a quantificação de precipitação é sugerida a utilização de três udómetros, de forma a permitir estabelecer com maior exactidão, a relação entre as contribuições pluviais e o caudal afluente. São apresentadas propostas, que incluem além de inspecções, ensaios e reparações, como um ponto de partida para a recolha de informação para actualização do adastro, com vista a uma futura aplicação da modelação matemática de previsão do comportamento destes subsistemas.

In situ measured cross section geometry of old timber structures and its influence on structural safety

Old timber structures may show significant variation in the cross section geometry along the same element, as a result of both construction methods and deterioration. As consequence, the definition of the geometric parameters in situ may be both time consuming and costly. This work presents the results of inspections carried out in different timber structures. Based on the obtained results, different simplified geometric models are proposed in order to efficiently model the geometry variations found. Probabilistic modelling techniques are also used to define safety parameters of existing timber structures, when subjected to dead and live loads, namely self-weight and wind actions. The parameters of the models have been defined as probabilistic variables, and safety of a selected case study was assessed using the Monte Carlo simulation technique. Assuming a target reliability index, a model was defined for both the residual cross section and the time dependent deterioration evolution. As a consequence, it was possible to compute probabilities of failure and reliability indices, as well as, time evolution deterioration curves for this structure. The results obtained provide a proposal for definition of the cross section geometric parameters of existing timber structures with different levels of decay, using a simplified probabilistic geometry model and considering a remaining capacity factor for the decayed areas. This model can be used for assessing the safety of the structure at present and for predicting future performance.

Produção de Biodiesel em reator de ultrassons

A contínua subida dos preços dos combustíveis fósseis tradicionais aliada à crescente pressão por parte de várias instituições mundiais para uma política “verde” no que diz respeito aos combustíveis, levam a um aumento da procura dos biocombustíveis e é neste contexto que surge o biodiesel como um dos principais intervenientes. O biodiesel pode ser definido como um derivado éster monoalquílico de ácidos gordos de cadeia longa proveniente de fontes renováveis como óleos vegetais ou gorduras animais e que apresenta características semelhantes ao diesel de petróleo, podendo ser utilizado sem qualquer problema em motores de ignição por compressão. Este trabalho apresenta como principal objetivo o estudo da aplicação da tecnologia de ultrassons na produção de biodiesel. Foi utilizado neste trabalho como matéria-prima um óleo doméstico usado. Este óleo foi previamente filtrado sendo depois analisado o seu índice de acidez para avaliar o seu teor em ácidos gordos livres. O valor obtido para o índice de acidez do óleo foi de 1,91 mg KOH/g, um valor relativamente baixo permitindo a sua utilização sem ser necessário um tratamento inicial via esterificação para diminuir a acidez do mesmo. Foram realizados três ensaios de reação independentes, o primeiro recorrendo ao método tradicional de produção de biodiesel através de transesterificação e recorrendo a agitação mecânica e aquecimento, o segundo utilizando uma sonda de ultrassons com a potência de 500 W e um terceiro ensaio de reação utilizando uma sonda de ultrassons de 2000 W. Em todas as reações foi utilizada uma proporção de 1:5 de óleo usado e metanol e 0,5 % (em relação á massa de óleo utilizada) de catalisador metilato de sódio. Todas as alíquotas recolhidas durante os ensaios foram analisadas através de cromatografia gasosa de modo a determinar o conteúdo em ésteres presente em cada uma delas. A reação convencional teve uma duração total de 150 minutos e decorreu a uma temperatura de 65ºC e a agitação constante de 500 rpm. Ao longo da reação foram retiradas alíquotas de cerca de 25 ml, que foram tratadas de imediato e posteriormente analisadas de modo a estudar-se o comportamento da reação ao longo do tempo. A percentagem de ésteres metílicos no biodiesel obtida ao fim de 90 minutos foi de 81,3%. Em seguida realizou-se uma reação utilizando uma sonda de ultrassons de 500 W de potência mergulhada num recipiente reacional devidamente isolado com uma rolha de cortiça de modo a minimizar as perdas de metanol por evaporação. O tempo total de reação foi de 90 minutos e foram-se retirando alíquotas de cerca de 25 ml para acompanhar o desenrolar da reação, tendo-se obtido uma percentagem de ésteres metílicos de 85,9% ao fim dos 90 minutos. Foi realizada por fim um terceiro ensaio de reação utilizando uma sonda de 2000 W com uma duração total de 90 minutos, tendo-se obtido resultados pouco satisfatórios (77,7%), provavelmente devido a algum problema operacional relacionado com a sonda de ultrassons utilizada ou devido a uma geometria do reator pouco eficiente. Os produtos resultantes da reação convencional e da reação utilizando a sonda de ultrassons de 500 W, assim como o óleo utilizado como matéria-prima foram caracterizados em termos de índice de acidez, densidade a 15ºC e viscosidade a 40ºC.

Projeto de uma unidade de produção de biodiesel num reator ultrassónico pela via supercrítica

A concretização deste estágio na INCBIO teve como principal objetivo o projeto e dimensionamento de uma unidade de produção de biodiesel por transesterificação nãocatalítica num reator ultrassónico com condições supercríticas de pressão e temperatura. Com vista à concretização do trabalho, iniciou-se a realização do estudo do estado da arte relativo à produção de biodiesel, com particular enfoque na produção de biodiesel por via catalítica e por via supercrítica e na produção de biodiesel com uso de tecnologia ultrassónica. Conclui-se que nenhum estudo contempla a combinação simultânea da produção de biodiesel por via supercrítica através da tecnologia ultrassónica. Este estudo do estado da arte permitiu ainda definir as condições de temperatura, pressão e rácio mássico (250 °C, 95 bar e 1:1 respetivamente) a considerar no projeto da unidade de produção de biodiesel deste trabalho. Com base no estudo do estado da arte efetuado e com base nas características da matéria procedeu-se à definição do processo de produção de biodiesel. Para a definição do processo começou-se por elaborar o diagrama de blocos do processo (BFD) e o diagrama de fluxo do processo (PFD). Com base nos diagramas e na composição da matéria-prima, procedeu-se à quantificação dos reagentes (metanol) com base na estequiometria das reações envolvidas e ao cálculo do balanço de massa. O balanço de massa foi calculado com base na estequiometria das reações envolvidas e foi também calculado através do software de simulação ASPEN PLUS. Após o cálculo do balanço de massa elaborou-se o diagrama de tubulação e instrumentação (P&ID), que contém todos os equipamentos, válvulas, instrumentação e tubagens existentes na unidade. Após a definição do processo e cálculo do balanço de massa procedeu-se ao dimensionamento mecânico e cálculo hidráulico dos tanques, tubagem, bombas, permutador de calor, reator ultrassónico, válvulas de controlo e instrumentação de acordo com as normas ASME. Nesta fase do trabalho foram consultados diversos fornecedores possíveis para a compra de todo o material necessário. O dimensionamento mecânico e cálculo hidráulico efetuados permitiram, entre outras informações relevantes, obter as dimensões necessárias à construção do layout e à elaboração do desenho 3D. Com os resultados obtidos e desenhos elaborados, é possível avançar com a construção da unidade, pelo que pode-se inferir que o objetivo de projetar uma unidade de produção de biodiesel num reator ultrassónico com condições supercríticas foi alcançado. Por fim, efetuou-se uma análise económica detalhada que possibilita a comparação de uma unidade de produção de biodiesel por via catalítica (unidade de produção da INCBIO) com a unidade de produção de biodiesel num reator ultrassónico com condições supercríticas (unidade projetada neste trabalho). Por questões de confidencialidade, não foram revelados maior parte dos resultados da análise económica efetuada. No entanto, conclui-se que os custos de construção da unidade de produção de biodiesel num reator ultrassónico com condições supercríticas são mais baixos cerca de 35 a 40%, quando comparados com os custos de construção da unidade de produção de biodiesel por via catalítica, evidenciando assim que a combinação em simultâneo das condições supercríticas com a tecnologia ultrassónica possibilita a diminuição dos custos de produção.

Verificação e Acompanhamento em Obra das Medidas de Segurança Contra Incêndios em Edifícios

A Segurança Contra Incêndios em Edifícios representa uma parte importante nos projetos de engenharia, uma vez que tem de ser analisada e implementada desde o início da construção. O principal objetivo é oferecer confiança aos utilizadores dos edifícios, aos seus bens e sistemas, sempre de acordo com a lei. Em qualquer tipo de edifício é iminente a capacidade de, por diversos motivos e circunstâncias, se iniciar um incêndio. O que se pretende com toda a regulamentação e matéria sobre a Segurança Contra Incêndios em Edifícios é a aplicação de sistemas de deteção, prevenção e extinção de incêndios, conseguindo, deste modo, reduzir os seus efeitos negativos. Este relatório de estágio apresenta, de um modo geral, a importância da Segurança Contra Incêndios em Edifícios atualmente nas construções, quais as principais regras neste âmbito, bem como a apresentação de todos os equipamentos e sistemas que fazem parte dos sistemas de SCIE. O presente relatório culmina com a vertente prática que consiste na descrição de casos acompanhados durante os meses de estágio, vistorias efetuadas e ensaios de incêndio. Os fenómenos inerentes a um alarme de incêndio serão descritos e comprovados em situações reais de simulação.

Study on the development of an autonomous mobile robot

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Eletrotécnica e de Computadores

Gold nanoparticles for the detection of DNA adducts as biomarkers of exposure to acrylamide

The main objective of this thesis was the development of a gold nanoparticle-based methodology for detection of DNA adducts as biomarkers, to try and overcome existing drawbacks in currently employed techniques. For this objective to be achieved, the experimental work was divided in three components: sample preparation, method of detection and development of a model for exposure to acrylamide. Different techniques were employed and combined for de-complexation and purification of DNA samples (including ultrasonic energy, nuclease digestion and chromatography), resulting in a complete protocol for sample treatment, prior to detection. The detection of alkylated nucleotides using gold nanoparticles was performed by two distinct methodologies: mass spectrometry and colorimetric detection. In mass spectrometry, gold nanoparticles were employed for laser desorption/ionisation instead of the organic matrix. Identification of nucleotides was possible by fingerprint, however no specific mass signals were denoted when using gold nanoparticles to analyse biological samples. An alternate method using the colorimetric properties of gold nanoparticles was employed for detection. This method inspired in the non-cross-linking assay allowed the identification of glycidamide-guanine adducts and DNA adducts generated in vitro. For the development of a model of exposure, two different aquatic organisms were studies: a goldfish and a mussel. Organisms were exposed to waterborne acrylamide, after which mortality was recorded and effect concentrations were estimated. In goldfish, both genotoxicity and metabolic alterations were assessed and revealed dose-effect relationships of acrylamide. Histopathological alterations were verified primarily in pancreatic cells, but also in hepatocytes. Mussels showed higher effect concentrations than goldfish. Biomarkers of oxidative stress, biotransformation and neurotoxicity were analysed after prolonged exposure, showing mild oxidative stress in mussel cells, and induction of enzymes involved in detoxification of oxygen radicals. A qualitative histopathological screening revealed gonadotoxicity in female mussels, which may present some risk to population equilibrium.

Towards printed carbon nanotube transistors on paper substrates

This thesis reports the work performed in the optimization of deposition parameters of Multi – Walled Carbon Nanotubes (MWCNT) targeting the development of a Field Effect Transistors (FET) on paper substrates. The CNTs were dispersed in a water solution with sodium dodecyl sulphate (SDS) through ultrasonication, ultrasonic bath and a centrifugation to remove the supernatant and have a homogeneous solution. Several deposition tests were performed using different types of CNTs, dis-persants, papers substrates and deposition techniques, such as spray coating and inkjet printing. The characterization of CNTs was made by Scanning Electron Microscopy (SEM) and Hall Effect. The most suitable CNT coatings able to be used as semiconductor in FETs were deposited by spray coat-ing on a paper substrate with hydrophilic nanoporous surface (FS2) at 100 ºC, 4 bar, 10 cm height, 5 second of deposition time and 90 seconds of drying between steps (4 layers of CNTs were deposited). Planar electrolyte gated FETs were produced with these layers using gold-nickel gate, source and drain electrodes. Despite the small current modulation (Ion/Ioff ratio of 1.8) one of these devices have p-type conduction with a field effect mobility of 1.07 cm2/V.s.

Cuidados de saúde primários em Portugal

RESUMO - A evolução dos cuidados de saúde primários em Portugal nos últimos trinta anos conheceu várias fases. A partir de 1971 foram criados os primeiros centros de saúde — os centros de saúde de primeira geração, associados ao que então se entendia por saúde pública —, incluindo actividades como a vacinação, vigilância de saúde da mulher, da grávida e da criança, saúde escolar e ambiental, entre outras. Em 1983 os primeiros centros de saúde foram integrados com os numerosos postos dos ex-Serviços Médico- -Sociais («caixas»). Este processo de fusão conduziu a uma maior racionalidade formal, mas não resultou numa melhoria naquilo que eram as principais virtudes dos componentes integrados — acessibilidade a consultas e a visitas domiciliárias, por um lado, e, por outro, a programação de actividades com objectivos de saúde. Em 1999 foi publicada a legislação sobre os «centros de saúde de terceira geração». Esta aparece na sequência de experiências sobre o terreno — «projectos Alfa» e outras iniciativas semelhantes, baseados numa filosofia de «prática de grupo» — e do início de um regime remuneratório experimental para a clínica geral. As unidades operativas dos novos centros de saúde pressupõem um processo de mudança organizacional que não pode ser implementada pela via normativa clássica tipo top down. Embora necessite de um enquadramento «de cima», a sua realização dependerá essencialmente da capacidade de despoletar uma dinâmica de mudança em cada centro de saúde e de proporcionar acompanhamento e apoio técnico a esses processos de mudança locais.