Ocorrência de Badnavirus em frutos de bananeira no estado do Amazonas, Brasil

A produção brasileira de bananas atende principalmente ao mercado interno, no entanto, em função de problemas fitossanitários, a produtividade dos bananais, principalmente no Estado do Amazonas é extremamente baixa. Recentemente, foi constatada no Estado do Amazonas a ocorrência de lesões necróticas de formato irregular, nos frutos de plantas híbridas tetraploides 'FHIA 01', 'FHIA 18', 'BRS Caprichosa', 'BRS Garantida', 'Preciosa' e 'Pacovan Ken' depreciando-os completamente para a comercialização. Através de PCR, utilizando-se dos primers BADNA 1A e BADNA 4 foi detectada a presença de Badnavirus correlacionada com a estirpe BSV-BR1, e com o Banana streak Uganda B vírus. Esta é a primeira vez em que se relatam tais sintomas em frutos associados à Badnavirus, no País.

Comparison of Immunogenicity in Rhesus Macaques of Transmitted-Founder, HIV-1 Group M Consensus, and Trivalent Mosaic Envelope Vaccines Formulated as a DNA Prime, NYVAC, and Envelope Protein Boost.

An effective human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) vaccine must induce protective antibody responses, as well as CD4(+) and CD8(+) T cell responses, that can be effective despite extraordinary diversity of HIV-1. The consensus and mosaic immunogens are complete but artificial proteins, computationally designed to elicit immune responses with improved cross-reactive breadth, to attempt to overcome the challenge of global HIV diversity. In this study, we have compared the immunogenicity of a transmitted-founder (T/F) B clade Env (B.1059), a global group M consensus Env (Con-S), and a global trivalent mosaic Env protein in rhesus macaques. These antigens were delivered using a DNA prime-recombinant NYVAC (rNYVAC) vector and Env protein boost vaccination strategy. While Con-S Env was a single sequence, mosaic immunogens were a set of three Envs optimized to include the most common forms of potential T cell epitopes. Both Con-S and mosaic sequences retained common amino acids encompassed by both antibody and T cell epitopes and were central to globally circulating strains. Mosaics and Con-S Envs expressed as full-length proteins bound well to a number of neutralizing antibodies with discontinuous epitopes. Also, both consensus and mosaic immunogens induced significantly higher gamma interferon (IFN-γ) enzyme-linked immunosorbent spot assay (ELISpot) responses than B.1059 immunogen. Immunization with these proteins, particularly Con-S, also induced significantly higher neutralizing antibodies to viruses than B.1059 Env, primarily to tier 1 viruses. Both Con-S and mosaics stimulated more potent CD8-T cell responses against heterologous Envs than did B.1059. Both antibody and cellular data from this study strengthen the concept of using in silico-designed centralized immunogens for global HIV-1 vaccine development strategies. IMPORTANCE: There is an increasing appreciation for the importance of vaccine-induced anti-Env antibody responses for preventing HIV-1 acquisition. This nonhuman primate study demonstrates that in silico-designed global HIV-1 immunogens, designed for a human clinical trial, are capable of eliciting not only T lymphocyte responses but also potent anti-Env antibody responses.

Caracterização física e química de bananas produzidas em sistemas de cultivo convencional e orgânico

A demanda por frutos orgânicos cresce a cada ano em todo o mundo, e a bananicultura pode apresentar crescimento nesse setor, tanto no mercado interno quanto no externo. No entanto, há falta de informações que justifiquem a produção de frutos orgânicos e que atestem as vantagens e desvantagens dos dois sistemas de cultivo. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar bananas provenientes de sistema de cultivo convencional e orgânico quanto aos seus aspectos físicos e químicos. Utilizaram-se as cultivares Caipira (AAA), Maravilha (AAAB), Pacovan Ken (AAAB), Prata-Anã (AAB), Thap Maeo (AAB) e Tropical (AAAB). No cultivo orgânico, foi utilizada cobertura verde (Canavalia ensiformis e Arachis pintoi) e fertilização com composto orgânico, fosfato natural, torta de mamona e cinzas de madeira. No cultivo convencional, não se utilizou cobertura verde, procedendo-se apenas a fertilização química com ureia (100 kg ha-1), superfosfato simples (280 kg ha-1) e cloreto de potássio (540 kg ha-1). Foram avaliados os atributos físicos: peso de frutos com e sem casca, diâmetro e comprimento do fruto, peso da penca, número de frutos por penca e espessura da casca; e os atributos químicos: sólidos solúveis, acidez titulável, ratio, pH, umidade e os teores de açúcares solúveis (redutores, não redutores e totais). O delineamento utilizado foi o inteiramente casualizado, com 3 repetições, e os dados submetidos à análise de variância e teste de Tukey, a 5% de probabilidade. Pode-se afirmar que o manejo convencional ou orgânico não alterou as características físico-químicas das bananas, com exceção para os teores de umidade e de açúcares não redutores, sólidos solúveis, comprimento e diâmetro do fruto para algumas cultivares.

Características vegetativas e seus efeitos sobre a produção de bananeira em três ciclos

A produtividade em bananeira é um caráter complexo que resulta da associação de diferentes fatores, influenciados pelo ambiente. Este trabalho teve por objetivo estudar os efeitos diretos e indiretos de características vegetativas sobre a produção de bananeira em três ciclos. O trabalho foi conduzido no campo experimental da Embrapa Acre, em Rio Branco, Acre, entre os anos de 2003 e 2006. Foram avaliados 13 genótipos de bananeira (Preciosa, Japira, Pacovan-Ken, Pacovan, BRS Platina, Prata-Anã, ST12-31, Nanicão, Grande Naine, Calipso, Ambrosia, Bucaneiro e FHIA-02), no espaçamento de 3 m x 2 m, no esquema de blocos ao acaso, com cinco repetições. Determinaram-se a altura de plantas, diâmetro do pseudocaule, número de folhas na floração e na colheita, peso do cacho e número de pencas no cacho. Realizou-se a análise de variância para cada ciclo e estimaram-se os coeficientes de correlação fenotípicos e os coeficientes de trilha. Adotou-se como variável básica o peso do cacho, e as demais, como variáveis explicativas. O estudo dos efeitos diretos e indiretos evidenciou que o caráter produção é bastante influenciado pelo ambiente no primeiro ciclo, e, nos ciclos seguintes, a produção é muito influenciada pelas características vegetativas, principalmente número de folhas na colheita.

Avaliação agronômica de genótipos de bananeiras em condições subtropicais, Vale do Ribeira, São Paulo - Brasil

Existe grande número de cultivares de bananeira no Brasil, porém quando se consideram aspectos como preferência dos consumidores, produtividade, tolerância às pragas e doenças, porte adequado e resistência à seca e ao frio, restam poucas com potencial agronômico para serem usadas comercialmente. Objetivando avaliar o desenvolvimento vegetativo de genótipos de bananeiras nas condições edafoclimáticas do Vale do Ribeira (Brasil), foram testados os seguintes materiais, separados em dois grupos genômicos: AAAA (Bucaneiro, FHIA 02 e FHIA 17); e AAAB, sendo este subdividido de acordo com a genitora utilizada no melhoramento: Prata (BRS Garantida, FHIA 18, BRS FHIA Maravilha, BRS Platina e PA94-01); Pacovan (BRS Japira, BRS Pacovan Ken, PV79-34, PV94-01 e BRS Vitória); e Yangambi n.2 (BRS Tropical, BRS Princesa e YB42-03). As cultivares Grande Naine (AAA), Pacovan (AAB), Prata-anã (AAB) e Yangambi ou Caipira (AAA) apresentam desenvolvimento e produção semelhantes aos genótipos avaliados, portanto foram utilizadas como padrão comparativo. Durante dois ciclos, foram avaliadas as seguintes características de desenvolvimento: altura, diâmetro do pseudocaule, número de folhas ativas (florescimento e colheita), intervalo entre plantio e florescimento, e entre plantio e colheita (dias). Calcularam-se os intervalos de confiança (média ± erro-padrão) nos diferentes grupos e tipos de banana. Diante dos resultados obtidos conclui-se que os genótipos do grupo AAAB e genitora 'Pacovan' não são adequados para o cultivo na região devido ao porte alto das plantas, e os genótipos de bananeiras que possuem potencial de cultivo na região do Vale do Ribeira são: grupo AAAA (FHIA 02 e FHIA 17); grupo AAAB: genitora 'Prata' (FHIA 18, BRS Garantida e PA94-01) e genitora 'Yangambi n.2' (BRS Tropical, BRS Princesa e Yangambi).

Avaliação de cultivares de bananeira em sistema de cultivo convencional e orgânico

A bananicultura apresenta importância social na geração de emprego e renda e como fonte alimentar para pessoas em todo o mundo. A crescente demanda por frutos de alta qualidade tem contribuído para a conversão de áreas manejadas convencionalmente para sistemas de manejo orgânico. Contudo, inexistem informações seguras referentes às vantagens de cada tipo de manejo, que possam subsidiar os agricultores nessa importante tomada de decisão. Assim, com o objetivo de comparar cultivares de bananeira, em manejo convencional e orgânico, foram avaliadas as características agronômicas e o estado nutricional das bananeiras, quantificando-se o teor de minerais nas folhas. Foram avaliadas as cultivares Caipira (AAA), Maravilha (AAAB), Pacovan Ken (AAAB), Prata-Anã (AAB), Thap Maeo (AAB) e Tropical (AAAB). Os dados foram submetidos à análise de variância, e as médias, comparadas pelos testes Scott Knott e Tukey, a 5% de probabilidade de erro. O sistema de cultivo afetou os parâmetros agronômicos de bananeira, destacando-se a cultivar Thap Maeo, que apresentou superioridade para algumas características agronômicas, podendo ser facilmente utilizado em sistema orgânico de cultivo. As cultivares apresentaram diferenças agronômicas, independentemente do sistema de manejo adotado. O tipo de manejo afeta a maioria das variáveis, exceto para peso do cacho, peso total da penca, número de frutos por penca, despencamento e firmeza do fruto com casca.

Características agronômicas e ocorrência de mal-do-panamá em bananeiras tipo Pacovan

Este trabalho objetivou avaliar características vegetativas, de rendimento e incidência de maldo-panamá na 'Pacovan', em dois ciclos de produção, nos híbridos 'Japira', 'Pacovan-Ken', 'Preciosa' e 'Garantida', recomendados para produtores pela Embrapa Mandioca e Fruticultura, e no 'PV79-34', em seleção. Utilizou-se o delineamento experimental inteiramente casualizado, com seis tratamentos e cinco repetições. Os dados foram submetidos à análise de variância, e as médias, agrupadas pelo critério de Scott-Knott (P<0,05). Há variabilidade genética entre as cultivares. 'Garantida' apresenta menor rendimento expresso pela massa das pencas e do cacho e pelo número de frutos. 'PV79-34' é a mais vigorosa, de menor porte e com maior rendimento, porém é suscetível ao mal-do-panamá.

Effective Electrodiffusion equation for non uniform nanochannels

We derive a one dimensional formulation of the Planck-Nernst-Poisson equation to describe the dynamics of of a symmetric binary electrolyte in channels whose section is of nanometric section and varies along the axial direction. The approach is in the spirit of the Fick-Jacobs di fusion equation and leads to a system of coupled equations for the partial densities which depends on the charge sitting at the walls in a non trivial fashion. We consider two kinds of non uniformities, those due to the spatial variation of charge distribution and those due to the shape variation of the pore and report one and three-dimensional solutions of the electrokinetic equations.

DIVERSIDADE FÍSICO-QUÍMICA DOS FRUTOS DE JABUTICABEIRAS EM UM SÍTIO DE OCORRÊNCIA NATURAL

RESUMO Conhecer a variabilidade genética de uma espécie, manifestada em caracteres morfológicos e agronômicos, é fundamental para orientar sua conservação e manejo, e subsidiar programas de melhoramento. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade físico-química dos frutos de jabuticabeiras (Plinia cauliflora) em um sítio de ocorrência natural, no município de Passo Fundo-RS. Em uma população de aproximadamente 300 jabuticabeiras, coletaram-se frutos de 40 genótipos para a avaliação de doze caracteres. Os dados foram submetidos à análise descritiva, de correlação e multivariada. Utilizou-se do método de agrupamento UPGMA, a partir da distância euclidiana média. Os genótipos G18 e G35 destacaram-se pelas características relacionadas com o tamanho e o sabor dos frutos, e também por apresentarem alta divergência genética com os demais genótipos. A relação SST/ATT foi o caractere que mais contribuiu para a divergência genética (41,56%), seguido pela porcentagem de polpa (25,76%) e de casca (23,24%). Houve a formação de seis grupos de genótipos similares. Verificou-se, portanto, que jabuticabeiras nativas de um mesmo sítio de ocorrência apresentam frutos com características físico-químicas variáveis, revelando a existência de genótipos com caracteres de interesse no melhoramento da espécie.

The Influence of Age and Sex on Genetic Associations with Adult Body Size and Shape: A Large-Scale Genome-Wide Interaction Study.

Genome-wide association studies (GWAS) have identified more than 100 genetic variants contributing to BMI, a measure of body size, or waist-to-hip ratio (adjusted for BMI, WHRadjBMI), a measure of body shape. Body size and shape change as people grow older and these changes differ substantially between men and women. To systematically screen for age- and/or sex-specific effects of genetic variants on BMI and WHRadjBMI, we performed meta-analyses of 114 studies (up to 320,485 individuals of European descent) with genome-wide chip and/or Metabochip data by the Genetic Investigation of Anthropometric Traits (GIANT) Consortium. Each study tested the association of up to ~2.8M SNPs with BMI and WHRadjBMI in four strata (men ≤50y, men >50y, women ≤50y, women >50y) and summary statistics were combined in stratum-specific meta-analyses. We then screened for variants that showed age-specific effects (G x AGE), sex-specific effects (G x SEX) or age-specific effects that differed between men and women (G x AGE x SEX). For BMI, we identified 15 loci (11 previously established for main effects, four novel) that showed significant (FDR<5%) age-specific effects, of which 11 had larger effects in younger (<50y) than in older adults (≥50y). No sex-dependent effects were identified for BMI. For WHRadjBMI, we identified 44 loci (27 previously established for main effects, 17 novel) with sex-specific effects, of which 28 showed larger effects in women than in men, five showed larger effects in men than in women, and 11 showed opposite effects between sexes. No age-dependent effects were identified for WHRadjBMI. This is the first genome-wide interaction meta-analysis to report convincing evidence of age-dependent genetic effects on BMI. In addition, we confirm the sex-specificity of genetic effects on WHRadjBMI. These results may provide further insights into the biology that underlies weight change with age or the sexually dimorphism of body shape.

Synthetic long peptide booster immunization in rhesus macaques primed with replication-competent NYVAC-C-KC induces a balanced CD4/CD8 T-cell and antibody response against the conserved regions of HIV-1.

The Thai trial (RV144) indicates that a prime-boost vaccine combination that induces both T-cell and antibody responses may be desirable for an effective HIV vaccine. We have previously shown that immunization with synthetic long peptides (SLP), covering the conserved parts of SIV, induced strong CD4 T-cell and antibody responses, but only modest CD8 T-cell responses. To generate a more balanced CD4/CD8 T-cell and antibody response, this study evaluated a pox-vector prime/SLP boost strategy in rhesus macaques. Priming with a replication-competent NYVAC, encoding HIV-1 clade C gag, pol and nef, induced modest IFNγ T-cell immune responses, predominantly directed against HIV-1 Gag. Booster immunization with SLP, covering the conserved parts of HIV-1 Gag, Pol and Env, resulted in a more than 10-fold increase in IFNγ ELISpot responses in four of six animals, which were predominantly HIV-1 Pol-specific. The animals showed a balanced polyfunctional CD4 and CD8 T-cell response and high Ab titres.

Head-to-Head Comparison of Poxvirus NYVAC and ALVAC Vectors Expressing Identical HIV-1 Clade C Immunogens in Prime-Boost Combination with Env Protein in Nonhuman Primates.

UNLABELLED: We compared the HIV-1-specific cellular and humoral immune responses elicited in rhesus macaques immunized with two poxvirus vectors (NYVAC and ALVAC) expressing the same HIV-1 antigens from clade C, Env gp140 as a trimeric cell-released protein and a Gag-Pol-Nef polyprotein as Gag-induced virus-like particles (VLPs) (referred to as NYVAC-C and ALVAC-C). The immunization protocol consisted of two doses of the corresponding poxvirus vector plus two doses of a combination of the poxvirus vector and a purified HIV-1 gp120 protein from clade C. This immunogenicity profile was also compared to that elicited by vaccine regimens consisting of two doses of the ALVAC vector expressing HIV-1 antigens from clades B/E (ALVAC-vCP1521) plus two doses of a combination of ALVAC-vCP1521 and HIV-1 gp120 protein from clades B/E (similar to the RV144 trial regimen) or clade C. The results showed that immunization of macaques with NYVAC-C stimulated at different times more potent HIV-1-specific CD4(+) T-cell responses and induced a trend toward higher-magnitude HIV-1-specific CD8(+) T-cell immune responses than did ALVAC-C. Furthermore, NYVAC-C induced a trend toward higher levels of binding IgG antibodies against clade C HIV-1 gp140, gp120, or murine leukemia virus (MuLV) gp70-scaffolded V1/V2 and toward best cross-clade-binding IgG responses against HIV-1 gp140 from clades A, B, and group M consensus, than did ALVAC-C. Of the linear binding IgG responses, most were directed against the V3 loop in all immunization groups. Additionally, NYVAC-C and ALVAC-C also induced similar levels of HIV-1-neutralizing antibodies and antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC) responses. Interestingly, binding IgA antibody levels against HIV-1 gp120 or MuLV gp70-scaffolded V1/V2 were absent or very low in all immunization groups. Overall, these results provide a comprehensive survey of the immunogenicity of NYVAC versus ALVAC expressing HIV-1 antigens in nonhuman primates and indicate that NYVAC may represent an alternative candidate to ALVAC in the development of a future HIV-1 vaccine. IMPORTANCE: The finding of a safe and effective HIV/AIDS vaccine immunogen is one of the main research priorities. Here, we generated two poxvirus-based HIV vaccine candidates (NYVAC and ALVAC vectors) expressing the same clade C HIV-1 antigens in separate vectors, and we analyzed in nonhuman primates their immunogenicity profiles. The results showed that immunization with NYVAC-C induced a trend toward higher HIV-1-specific cellular and humoral immune responses than did ALVAC-C, indicating that this new NYVAC vector could be a novel optimized HIV/AIDS vaccine candidate for human clinical trials.

Genetic associations at 53 loci highlight cell types and biological pathways relevant for kidney function.

Reduced glomerular filtration rate defines chronic kidney disease and is associated with cardiovascular and all-cause mortality. We conducted a meta-analysis of genome-wide association studies for estimated glomerular filtration rate (eGFR), combining data across 133,413 individuals with replication in up to 42,166 individuals. We identify 24 new and confirm 29 previously identified loci. Of these 53 loci, 19 associate with eGFR among individuals with diabetes. Using bioinformatics, we show that identified genes at eGFR loci are enriched for expression in kidney tissues and in pathways relevant for kidney development and transmembrane transporter activity, kidney structure, and regulation of glucose metabolism. Chromatin state mapping and DNase I hypersensitivity analyses across adult tissues demonstrate preferential mapping of associated variants to regulatory regions in kidney but not extra-renal tissues. These findings suggest that genetic determinants of eGFR are mediated largely through direct effects within the kidney and highlight important cell types and biological pathways.