Phylogeography of an Atlantic forest passerine reveals demographic stability through the last glacial maximum

In this study we analyzed the phylogeographic pattern and historical demography of an endemic Atlantic forest (AF) bird, Basileuterus leucoblepharus, and test the influence of the last glacial maximum (LGM) on its population effective size using coalescent simulations. We address two main questions: (i) Does B. leucoblepharus present population genetic structure congruent with the patterns observed for other AF organisms? (ii) How did the LGM affect the effective population size of B. leucoblepharus? We sequenced 914 bp of the mitochondrial gene cytochrome b and 512 bp of the nuclear intron 5 of beta-fibrinogen of 62 individuals from 15 localities along the AF. Both molecular markers revealed no genetic structure in B. leucoblepharus. Neutrality tests based on both loci showed significant demographic expansion. The extended Bayesian skyline plot showed that the species seems to have experienced demographic expansion starting around 300,000 years ago, during the late Pleistocene. This date does not coincide with the LGM and the dynamics of population size showed stability during the LGM. To further test the effect of the LGM on this species, we simulated seven demographic scenarios to explore whether populations suffered specific bottlenecks. The scenarios most congruent with our data were population stability during the LGM with bottlenecks older than this period. This is the first example of an AF organism that does not show phylogeographic breaks caused by vicariant events associated to climate change and geotectonic activities in the Quaternary. Differential ecological, environmental tolerances and habitat requirements are possibly influencing the different evolutionary histories of these organisms. Our results show that the history of organism diversification in this megadiverse Neotropical forest is complex. Crown Copyright (c) 2012 Published by Elsevier Inc. All rights reserved.

History and Epistemology of Science in the Classroom: The Synthesis of Quinine as a Proposal

The history of the quinine synthesis can be used as a case study to emphasize that science is influenced by social and historical processes. The first efforts toward the synthesis of this substance, which until recently was the only treatment for malaria, were by Perkin in 1856 when, trying to obtain quinine,,. he synthesized mauveine. Since then, the quest for the total synthesis of quinine involved several characters in a web of controversies. A major step in this process was made in 1918 by Rabe and Kindler, who proposed the synthesis of quinine from quinotoxine. Twenty-six years later, after obtaining the total synthesis of quinotoxine, Woodward and Doering announced the total synthesis of quinine. However, the lack of experimental details about Rabe and Kindler's process, associated with Woodward and Doering's failure to reproduce it, raised a series of doubts about the synthesis. Stork and colleagues questioned the veracity of the experimental data and even the scientific reputation of the involved researchers. Doubts remained alive until 2008, when Williams and Smith reported, not without reservations, the reproducibility of Rabe and Kindler's protocol. The scientific knowledge as a social and historical development, its legitimating process, and the absence of neutrality in science constitute aspects that can be discussed from this case study, providing significant contributions to science education, in particular, to the initial or continued training of chemistry teachers.

Pluralismo metodológico, incomensurabilidade e o status científico do conhecimento tradicional

Os valores culturais podem ter um impacto construtivo nas práticas científicas e levar a variações culturais legítimas nas abordagens sobre as mesmas. Segue-se que o conhecimento tradicional ou indígena não precisa opor-se ao conhecimento científico, e somente a investigação caso-a-caso pode estabelecer se as credenciais cognitivas de itens particulares do conhecimento tradicional são adequadas ou deficientes. Com base em uma análise de como as estratégias metodológicas podem tanto competir quanto complementar umas às outras, eu argumento que o que há de defensável na noção de incomensurabilidade de Thomas Kuhn e a possibilidade da solidez do status científico do conhecimento tradicional compartilham da mesma fonte.

Molekulardynamik-Untersuchungen zur atomistischen Struktur & Dynamik von binären Mischgläsern

Mit Hilfe von Molekulardynamik-Computersimulationen werdenin dieser Arbeit die Struktur und Dynamik von Gläsern undSchmelzen der Systeme 'NSx'=(Na2O)(xSiO2), mit x=2,3,5, und'AS2'=(Al2O3)(2SiO2) untersucht. Zur Beschreibung dermikroskopischen Wechselwirkungen dient ein Modellpotenzial,das auf einem effektiven Paarpotenzial aus der Literaturaufbaut. Simuliert wurden Teilchentrajektorien über mehrereNanosekunden im Bereich 6100 K >= T >= 2100 K sowie dieGlasstruktur bei 100 K (NSx) bzw. 300 K (AS2). Das Aufbrechen der tetraedrischen Netzwerkstruktur durch denNetzwerkmodifikator Na2O führt zur Ausbildung einerzusätzlichen Struktur auf intermediären Längenskalen, diebei allen Systemen NSx etwa dem Abstand übernächster Na-bzw. Si-Nachbarn eines Na-Atoms entspricht. Die diffusiveDynamik ist in allen Systeme NSx bis zu drei Größenordnungenschneller als in SiO2 . Sie nimmt mit wachsenderNa-Konzentration zu. Die Na-Diffusion zeigtArrhenius-Verhalten; hierbei vollführen die Na-Atome einaktiviertes Hüpfen durch eine erstarrte Si-O-Matrix. DieZustandsdichten werden bis ca. 20 THz durch dominanteNa-Moden bestimmt. Bei hohen Frequenzen weichen die für SiO2 typischen intratetraedrischen Si-O-Schwingungsmodenauf.Im Gegensatz zu Na2O wird Al2O3 in die tetraedrischeNetzwerkstruktur eingebunden. AS2 zeigt eine überwiegend ausAlO4- und SiO4-Tetraedern verknüpfte Polyederstruktur, beider sich die AlO4-Tetraeder lokal anders anordnen als dieSiO4-Tetraeder, um Ladungsausgleich zu gewährleisten. Esbilden sich typische 3(Si,Al)O4-Bausteine ('3-Cluster'). Sie führen auf intermediären Längenskalen zur Ausbildungeines Al-reichen perkolierenden Netzwerks, das dieSiO4-Struktur durchdringt. Im Vergleich zu SiO2 erhöht sichdie diffusive Dynamik aller Komponenten in AS2 um ca. zweiGrößenordnungen. Die intratetraedrischenAl-O-Steckschwingungsmoden sind wesentlich weicher als die typischen intratetraedrischen Si-O-Moden des SiO2.

The incomplete ionization of substitutional dopants in Silicon Carbide

This thesis analyzes theoretically and computationally the phenomenon of partial ionization of the substitutional dopants in Silicon Carbide at thermal equilibrium. It is based on the solution of the charge neutrality equation and takes into account the following phenomena: several energy levels in the bandgap; Fermi-Dirac statistics for free carriers; screening effects on the dopant ionization energies; the formation of impurity bands. A self-consistent model and a corresponding simulation software have been realized. A preliminary comparison of our calculations with existing experimental results is carried out.

Doppia imposizione sui redditi transfrontalieri tra ordinamenti tributari e mercato europeo.

La ricerca affronta in modo unitario e nell’ottica europea i multiformi fenomeni della doppia imposizione economica e giuridica, assumendo come paradigma iniziale la tassazione dei dividendi cross-border. Definito lo statuto giuridico della doppia imposizione, se ne motiva la contrarietà all’ordinamento europeo e si indagano gli strumenti comunitari per raggiungere l’obiettivo europeo della sua eliminazione. In assenza di un’armonizzazione positiva, il risultato sostanziale viene raggiunto grazie all’integrazione negativa. Si dimostra che il riserbo della Corte di Giustizia di fronte a opzioni di politica fiscale è soltanto un’impostazione di facciata, valorizzando le aperture giurisprudenziali per il suo superamento. Questi, in sintesi, i passaggi fondamentali. Si parte dall’evoluzione delle libertà fondamentali in diritti di rango costituzionale, che ne trasforma il contenuto economico e la portata giuridica, attribuendo portata costituzionale ai valori di neutralità e non restrizione. Si evidenzia quindi il passaggio dal divieto di discriminazioni al divieto di restrizioni, constatando il fallimento del tentativo di configurare il divieto di doppia imposizione come principio autonomo dell’ordinamento europeo. Contemporaneamente, però, diventa opportuno riesaminare la distinzione tra doppia imposizione economica e giuridica, e impostare un unico inquadramento teorico della doppia imposizione come ipotesi paradigmatica di restrizione alle libertà. Conseguentemente, viene razionalizzato l’impianto giurisprudenziale delle cause di giustificazione. Questo consente agevolmente di legittimare scelte comunitarie per la ripartizione dei poteri impositivi tra Stati Membri e l’attribuzione delle responsabilità per l’eliminazione degli effetti della doppia imposizione. In conclusione, dunque, emerge una formulazione europea dell’equilibrato riparto di poteri impositivi a favore dello Stato della fonte. E, accanto ad essa, una concezione comunitaria del principio di capacità contributiva, con implicazioni dirompenti ancora da verificare. Sul piano metodologico, l’analisi si concentra criticamente sull’operato della Corte di Giustizia, svelando punti di forza e di debolezza della sua azione, che ha posto le basi per la risposta europea al problema della doppia imposizione.

Chemistry of aerosol particles and fog droplets during fall-winter season in the Po Valley

Air quality represents a key issue in the so-called pollution “hot spots”: environments in which anthropogenic sources are concentrated and dispersion of pollutants is limited. One of these environments, the Po Valley, normally experiences exceedances of PM10 and PM2.5 concentration limits, especially in winter when the ventilation of the lower layers of the atmosphere is reduced. This thesis provides a highlight of the chemical properties of particulate matter and fog droplets in the Po Valley during the cold season, when fog occurrence is very frequent. Fog-particles interactions were investigated with the aim to determine their impact on the regional air quality. Size-segregated aerosol samples were collected in Bologna, urban site, and San Pietro Capofiume (SPC), rural site, during two campaigns (November 2011; February 2013) in the frame of Supersito project. The comparison between particles size-distribution and chemical composition in both sites showed the relevant contribution of the regional background and secondary processes in determining the Po Valley aerosol concentration. Occurrence of fog in November 2011 campaign in SPC allowed to investigate the role of fog formation and fog chemistry in the formation, processing and deposition of PM10. Nucleation scavenging was investigated with relation to the size and the chemical composition of particles. We found that PM1 concentration is reduced up to 60% because of fog scavenging. Furthermore, aqueous-phase secondary aerosol formation mechanisms were investigated through time-resolved measurements. In SPC fog samples have been systematically collected and analysed since the nineties; a 20 years long database has been assembled. This thesis reports for the first time the results of this long time series of measurements, showing a decrease of sulphate and nitrate concentration and an increase of pH that reached values close to neutrality. A detailed discussion about the occurred changes in fog water composition over two decades is presented.

Effetti dell’introduzione dei Principi contabili internazionali sul principio di derivazione del reddito d’impresa dal risultato di bilancio

Con il presente lavoro si è tentato di verificare se le ragioni che hanno portato l’ordinamento italiano ad adottare il principio della derivazione del reddito d'impresa dal risultato contabile, possano essere considerate ancora attuali alla luce dell'introduzione dei principi IAS/IFRS nel nostro sistema contabile. In particolare, si è cercato di esaminare se questo collegamento ai principi contabili internazionali, introdotto nel nostro ordinamento anche per la redazione dei bilanci d'esercizio, abbia comportato il venir meno della neutralità dell'imposizione fiscale tra le società cd. Ias adopter e no Ias adopter. L'analisi di questa problematica è stata condotta anche prendendo come riferimento le modalità di recepimento delle opzioni contenute nel Regolamento n. 1606/2002 da parte dei legislatori di alcuni Stati europei, e valutando se le conseguenze fiscali emergenti tra i vari ordinamenti possano creare possibili distorsioni alla concorrenza ed alle libertà fondamentali dell’Unione europea.

Iva e Pubblica Autorità: coerenza del sistema e dimensioni nazionali

Il sistema comune europeo dell’imposta sul valore aggiunto privilegia caratteri e finalità economiche nel definire chi siano gli operatori economici soggetti all’IVA. Una disciplina particolare è, tuttavia, prevista per i soggetti di diritto pubblico che, oltre alla principale attività istituzionale, esercitano un’attività di carattere economico. Ai sensi dell’articolo 13 della Direttiva del 28 novembre 2006, 2006/112/CE, gli Stati, le Regioni, le Province, i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, in relazione alle attività ed operazioni che essi effettuano in quanto pubbliche autorità, non sono considerati soggetti passivi IVA anche se in relazione ad esse percepiscono diritti, canoni, contributi o retribuzioni. La vigente disciplina europea delle attività economiche esercitate dagli enti pubblici, oltre che inadeguata al contesto economico attuale, rischia di diventare un fattore che influenza negativamente l’efficacia del modello impositivo dell’IVA e l’agire degli enti pubblici. La tesi propone un modello alternativo che prevede l’inversione dell’impostazione attuale della Direttiva IVA al fine di considerare, di regola, soggetti passivi IVA gli organismi pubblici che svolgono - ancorché nella veste di pubblica autorità - attività oggettivamente economiche.

Il diritto alla detrazione e le frodi Iva

Il presente lavoro parte dalla constatazione che l’Imposta sul valore aggiunto è stata introdotta con lo scopo specifico di tassare il consumo in modo uniforme a livello europeo. La globalizzazione dell’economia con l’abolizione delle frontiere ha tuttavia favorito la nascita non solo di un mercato unico europeo, ma anche di “un mercato unico delle frodi”. L’esistenza di abusi e frodi in ambito Iva risulta doppiamente dannosa per l’Unione europea: tali condotte incidono quantitativamente sull'ammontare delle risorse proprie dell’Unione e sulle entrate fiscali dei singoli Stati membri nonché violano il principio di concorrenza e producono distorsioni nel mercato unico. È in questo contesto che intervengono i giudici nazionali e la Corte di Giustizia, al fine di porre un freno a tali fenomeni patologici. Quest’ultima, chiamata a far rispettare il diritto comunitario, ha sviluppato una misura antifrode e antiabuso consistente nel diniego del diritto alla detrazione qualora lo stesso venga invocato dal soggetto passivo abusivamente o fraudolentemente. Vedremo però che il problema non può essere facilmente ridotto a formule operative: al di là dello schema, fin troppo scontato, dell’operatore apertamente disonesto e degli operatori con esso dichiaratamente correi, rimane il territorio grigio dei soggetti coinvolti, qualche volta inconsapevolmente qualche volta consapevolmente, ma senza concreta partecipazione nella frode da altri orchestrata. Permane a questo punto la domanda se sia coerente - in un sistema impositivo che privilegia i profili oggettivi, prescindendo, salvo gli aspetti sanzionatori, da quelli soggettivi- negare il diritto alla detrazione Iva per asserita consapevolezza di comportamenti fraudolenti altrui o se non vi siano regole più adatte al fine di porre un freno alle frodi e dunque più conformi al principio di proporzionalità.

El principio de neutralidad interna en el IVA

La tesis estudia el principio de neutralidad en su vertiente interna y su aplicación efectiva en el IVA. Se centra en los principales aspectos de la configuración jurídica del impuesto: derecho de deducción, exenciones y tipos reducidos. Se realiza en primer lugar una aproximación teórica al principio desde un punto de vista jurídico y también económico. Una vez construido el principio se acomete una comparación de las distintas clases de impuestos indirectos que pueden establecerse y se analiza su cumplimiento del principio de neutralidad fiscal. El énfasis es mayor en los impuestos en cascada, impuestos monofásicos minoristas y en el IVA. El objetivo de la tesis es, por tanto, concretar el contenido del principio, desarrollar sus implicaciones económicas principales y analizar el grado de cumplimiento real de la Directiva IVA. Desde el punto de vista del derecho de deducción y de las exenciones el estudio se apoya en el análisis de la jurisprudencia del Tribunal de Justicia de la Unión Europea, donde se profundizará en cuestiones como la utilización de bienes de uso mixto, la consideración de costes como directos o generales y las formas de ejercicio del exceso de deducción (devolución y compensación). Además, la tesis muestra las principales excepciones al principio de neutralidad establecidas en la Directiva IVA: prohibiciones al derecho de deducción, exenciones y tipos reducidos. En esta parte también se apoyará el estudio en la jurisprudencia del TJUE, que ha construido en gran medida los criterios de interpretación de estas excepciones. En conclusión, el objetivo de la tesis es medir si la directiva IVA cumple con el principio de neutralidad fiscal, para lo que deberá haberse especificado primero su significado concreto y se habrá debido diferenciar entre sus dos dimensiones: interna y externa.

La neutralità della rete

La tesi analizza il problema della Net Neutrality, prendendo in esame le aziende telefoniche italiane e la loro posizione rispetto al problema.

Applicazione dell'IVA e rilevanza degli obblighi strumentali nella analisi giuridica del modello impositivo

L'imposta sul valore aggiunto è caratterizzata da un meccanismo applicativo complesso preordinato al raggiungimento della neutralità in cui rivestono fondamentale rilevanza particolari obblighi strumentali richiesti al contribuente (fatturazione, registrazioni contabili, dichiarazioni). Il presente progetto di ricerca è finalizzato a valutare la propensione e funzionalità del meccanismo applicativo rispetto al generale principio di neutralità dell’imposta e la valenza svolta dagli obblighi strumentali rispetto alla qualificazione della fattispecie impositiva.

Metacommunity Dynamics Of Benthic Macroinvertebrates In A Large River

Metacommunity ecology focuses on the interaction between local communities and is inherently linked to dispersal as a result. Within this framework, communities are structured by a combination of in-site responses to the immediate environment (species sorting), stochasticity (patch dynamics), and connections to other communities via distance between communities and dispersal (neutrality), and source-sink dynamics (mass effects; see Chapter 1 for a detailed description of metacommunity theory, the study site, and macroinvertebrate communities found). In Chapter 2 I describe spatial scale of study and dispersal ability as both have the ability to influence the degree to which communities interact. However, little is known about how these factors influence the importance of all metacommunity dynamics. I compared dispersal mode of immature aquatic insects and dispersal ability of winged adults across multiple spatial scales in a large river. The strongest drivers of river communities were patch dynamics, followed by species sorting, then neutrality. Active dispersers during aquatic lifestages on average exhibited lower patch dynamics, higher species sorting, and significant mass effects compared to passive dispersers. Active and strong dispersers also had a scale-independent influence of neutrality, while neutrality was stronger at broader spatial scale for passive and weak dispersers. These results indicate as dispersal ability increases patch dynamics decreases, species sorting increases, and neutrality should decrease. The perceived influence of neutrality may also be dependent on spatial scale and dispersal ability. In Chapter 3 I describe how river benthic macroinvertebrate communities may influence tributary invertebrate communities via adult flight and tributaries may influence mainstem communities via immature drift. This relationship may also depend on relative mainstem and tributary size, as well as abiotic tributary influence on mainstem habitat. To investigate the interaction between a larger river and tributary I sampled mainstem benthic invertebrate communities and quantified habitat of a 7th order river (West Branch Susquehanna River) above and below a 5th order tributary confluence, as well as 0.95-3.2 km upstream in the tributary. Non-metric multidimensional scaling showed similar patterns of clustering between sampling locations for both habitat characteristics and invertebrate communities. In addition, mainstem river communities and habitat directly downstream of the tributary confluence cluster tightly together, intermediate between tributary and mid-channel river samples. In Bray-Curtis dissimilarity comparisons between tributary and mainstem river communities the furthest upstream tributary communities were least similar to river communities. Middle tributary samples were also closest by Euclidean distance to the upstream mainstem riffle and exhibited higher similarity to mid-channel samples than the furthest downstream tributary communities. My results indicate river and tributary benthic invertebrate communities may interact and likely result in direct and indirect mass effects of a tributary on the downstream mainstem community by invertebrate drift and habitat restructuring via material delivery from the tributary. I also showed likely direct effects of adult dispersal from the river and oviposition in proximal tributary locations where Euclidian, rather than river, distance may be more important in determining river-tributary interactions.

PHYLOGENETIC ANALYSES, GENE DOSAGE EFFECT AND SELECTION IN MEMBERS OF THE LATERAL BOUNDARY DOMAIN (LBD) GENES TRANSCRIPTION FACTOR FAMILY

Wood formation is an economically and environmentally important process and has played a significant role in the evolution of terrestrial plants. Despite its significance, the molecular underpinnings of the process are still poorly understood. We have previously shown that four Lateral Boundary Domain (LBD) transcription factors have important roles in the regulation of wood formation with two (LBD1 and LBD4) involved in secondary phloem and ray cell development and two (LBD15 and LBD18) in secondary xylem formation. Here, we used comparative phylogenetic analyses to test potential roles of the four LBD genes in the evolution of woodiness. We studied the copy number and variation in DNA and amino acid sequences of the four LBDs in a wide range of woody and herbaceous plant taxa with fully sequenced and annotated genomes. LBD1 showed the highest gene copy number across the studied species, and LBD1 gene copy number was strongly and significantly correlated with the level of ray seriation. The lianas, cucumber and grape, with multiseriate ray cells showed the highest gene copy number (12 and 11, respectively). Because lianas’ growth habit requires significant twisting and bending, the less lignified ray parenchyma cells likely facilitate stem flexibility and maintenance of xylem conductivity. We further demonstrate conservation of amino acids in the LBD18 protein sequences that are specific to woody taxa. Neutrality tests showed evidence for strong purifying selection on these gene regions across various orders, indicating adaptive convergent evolution of LBD18. Structural modeling demonstrates that the conserved amino acids have a significant impact on the tertiary protein structure and thus are likely of significant functional importance.