Solution structures by H-1 NMR of the novel cyclic trypsin inhibitor SFTI-1 from sunflower seeds and an acyclic permutant

SFTI-1 is a recently discovered cyclic peptide trypsin inhibitor from sunflower seeds comprising 14 amino acid residues. It is the most potent known Bowman-Birk inhibitor and the only naturally occurring cyclic one. The solution structure of SFTI-1 has been determined by H-1-NMR spectroscopy and compared with a synthetic acyclic permutant. The solution structures of both are remarkably similar. The lowest energy structures from each family of 20 structures of cyclic and acyclic SFTI-1 have an rmsd over the backbone and heavy atoms of 0.29 Angstrom and 0.66 Angstrom, respectively. The structures consist of two short antiparallel beta -strands joined by an extended loop containing the active site at one end. Cyclic SFTI-1 also has a hairpin turn completing the cycle. Both molecules contain particularly stable arrangements of cross-linking hydrogen bonds between the beta -strands and a single disulfide bridge, making them rigid and well defined in solution. These stable arrangements allow both the cyclic and acyclic variants of SFTI-1 to inhibit trypsin with very high potencies (0.5 nM and 12.1 nM, respectively). The cyclic nature of SFTI-1 appears to have evolved to provide higher trypsin inhibition as well as higher stability. The solution structures are similar to the crystal structure of the cyclic inhibitor in complex with trypsin. The lack of a major conformational change upon binding suggests that the structure of SFTI-1 is rigid and already pre-organized for maximal binding due to minimization of entropic losses compared to a more flexible ligand. These properties make SFTI-1 an ideal platform for the design of small peptidic pharmaceuticals or pesticides. (C) 2001 Academic Press.

Reorganization of structural proteins in vascular smooth muscle cells grown in collagen gel and basement membrane matrices (Matrigel): A comparison with their in situ counterparts

When smooth muscle cells are enzyme-dispersed from tissues they lose their original filament architecture and extracellular matrix surrounds. They then reorganize their structural proteins to accommodate a 2-D growth environment when seeded onto culture dishes. The aim of the present study was to determine the expression and reorganization of the structural proteins in rabbit aortic smooth muscle cells seeded into 3-D collagen gel and Matrigel (a basement membrane matrix). It was shown that smooth muscle cells seeded in both gels gradually reorganize their structural proteins into an architecture similar to that of their in vivo counterparts. At the same time, a gradual decrease in levels of smooth muscle-specific contractile proteins (mainly smooth muscle myosin heavy chain-2) and an increase in p-nonmuscle actin occur, independent of both cell growth and extracellular matrix components. Thus, smooth muscle cells in 3-D extracellular matrix culture and in vivo have a similar filament architecture in which the contractile proteins such as actin, myosin, and alpha -actinin are organized into longitudinally arranged myofibrils and the vimentin-containing intermediate filaments form a meshed cytoskeletal network, However, the myofibrils reorganized in vitro contain less smooth muscle-specific and more nonmuscle contractile proteins. (C) 2001 Academic Press.

Antigenicity and immunogenicity of novel chimeric hepatitis B surface antigen particles with exposed hepatitis C virus epitopes

The small envelope protein of hepatitis B virus (HBsAg-S) can self-assemble into highly organized virus like particles (VLPs) and induce an effective immune response. In this study, a restriction enzyme site was engineered into the cDNA of HBsAg-S at a position corresponding to the exposed site within the hydrophilic a determinant region (amino acid [aa] 127-128) to create a novel HBsAg vaccine vector allowing surface orientation of the inserted sequence. We inserted sequences of various lengths from hypervariable region 1 (HVR1) of the hepatitis C virus (HCV) E2 protein containing immunodominant epitopes and demonstrated secretion of the recombinant HBsAg VLPs from transfected mammalian cells. A number of different recombinant proteins were synthesized, and HBsAg VLPs containing inserts up to 36 aa were secreted with an efficiency similar to that of wild-type HBsAg. The HVR1 region exposed on the particles retained an antigenic structure similar to that recognized immunologically during natural infection. VLPs containing epitopes from either HCV-1a or -1b strains were produced that induced strain-specific antibody responses in immunized mice. Injection of a combination of these VLPs induced antibodies against both HVR1 epitopes that resulted in higher titers than were achieved by vaccination with the individual VLPs, suggesting a synergistic effect. This may lead to the development of recombinant particles which are able to induce a broad anti-HCV immune response against the HCV quasispecies or other quasispecies-like infectious agents.

A role for Rho in smooth muscle phenotypic regulation

The role of the small GTP-binding protein Rho in the process of smooth muscle cell (SMC) phenotypic modulation was investigated using cultured rabbit aortic SMCs. Both Rho transcription and Rho protein expression were high for the first 3 days of culture ("contractile" state cells), with expression decreasing after change to the "synthetic" state and peaking upon return to the contractile phenotype. Activation of Rho (indicated by translocation to the membrane) also peaked upon return to the contractile state and was low in synthetic state SMCs. Transient transfection of synthetic state rabbit SMCs with constitutively active Rho (vall4rho) caused a dramatic decrease in cell size and reorganization of cytoskeletal proteins to resemble those of the contractile phenotype; alpha-actin and myosin adopted a tightly packed, highly organized arrangement, whereas vimentin localized to the immediate perinuclear region and focal adhesions were enlarged. Conversely, specific inhibition of endogenous Rho, by expression of C3 transferase, resulted in the complete loss of actin and myosin filaments without affecting the distribution of vimentin. Focal adhesions were reduced in number. Thus, Rho plays a key role in regulating SMC phenotypic expression.

Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection

The RIKEN Mouse Gene Encyclopaedia Project, a systematic approach to determining the full coding potential of the mouse genome, involves collection and sequencing of full-length complementary DNAs and physical mapping of the corresponding genes to the mouse genome. We organized an international functional annotation meeting (FANTOM) to annotate the first 21,076 cDNAs to be analysed in this project. Here we describe the first RIKEN clone collection, which is one of the largest described for any organism. Analysis of these cDNAs extends known gene families and identifies new ones.

Characterization of mouse profilaggrin: Evidence for nuclear engulfment and translocation of the profilaggrin B-domain during epidermal differentiation

Filaggrin is a keratin filament associated protein that is expressed in granular layer keratinocytes and derived by sequential proteolysis from a polyprotein precursor termed profilaggrin. Depending on the species, each profilaggrin molecule contains between 10 and 20 filaggrin subunits organized as tandem repeats with a calcium-binding domain at the N-terminal end. We now report the characterization of the complete mouse gene. The structural organization of the mouse gene is identical to the human profilaggrin gene and consists of three exons with a 4 kb intron within the 5' noncoding region and a 1.7 kb intron separating the sequences encoding the calcium-binding EF-hand motifs. A processed pseudogene was found embedded within the second intron. The third and largest exon encodes the second EF-hand, a basic domain (designated the B-domain) followed by 12 filaggrin repeats and a unique C-terminal tail domain. A polyclonal anti-body raised against the conceptually translated sequence of the B-domain specifically stained keratohyalin granules and colocalized with a filaggrin antibody in granular layer cells. In upper granular layer cells, B-domain containing keratohyalin granules were in close apposition to the nucleus and, in some cells, appeared to be completely engulfed by the nucleus. In transition layer cells, B-domain staining was evident in the nucleus whereas filaggrin staining remained cytoplasmic. Nuclear staining of the B-domain was also observed in primary mouse keratinocytes induced to differentiate. This study has also revealed significant sequence homology between the mouse and human promoter sequences and in the calcium-binding domain but the remainder of the protein-coding region shows substantial divergence.

Structural ordering of coal char during heat treatment and its impact on reactivity

The effect of heat treatment on the structure of an Australian semi-anthracite char was studied in detail in the 850-1150degreesC temperature range using XRD, HRTEM, and electrical resistivity techniques. It was found that the carbon crystallite size in the char does not change significantly during heat treatment in the temperature range studied, for both the raw coal and its ash-free derivative obtained by acid treatment. However, the fraction of the organized carbon in the raw coal chars, determined by XRD, increased with increase of heat treatment time and temperature, while that for the ash-free coal chars remained almost unchanged. This suggests the occurrence of catalytic ordering during heat treatment, supported by the observation that the electrical resistivity of the raw coal chars decreased with heat treatment, while that of the ash-free coal chars did not vary significantly. Further confirmatory evidence was provided by high resolution transmission electron micrographs depicting well-organized carbon layers surrounding iron particles. It is also found that the fraction of organized carbon does not reach unity, but attains an apparent equilibrium value that increases with increase in temperature, providing an apparent heat of ordering of 71.7 kJ mol(-1) in the temperature range studied. Good temperature-independent correlation was found between the electrical resistivity and the organized carbon fraction, indicating that electrical resistivity is indeed structure sensitive. Good correlation was also found between the electrical resistivity and the reactivity of coal char. All these results strongly suggest that the thermal deactivation is the result of a crystallite-perfecting process, which is effectively catalyzed by the inorganic matter in the coal char. Based on kinetic interpretation of the data it is concluded that the process is diffusion controlled, most likely involving transport of iron in the inter-crystallite nanospaces in the temperature range studied. The activation energy of this transport process is found to be very low, at about 11.8 kJ mol(-1), which is corroborated by model-free correlation of the temporal variation of organized carbon fraction as well as electrical resistivity data using the superposition method, and is suggestive of surface transport of iron. (C) 2002 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

Conformationally constrained macrocycles that mimic tripeptide beta-strands in water and aprotic solvents

The beta-strand conformation is unknown for short peptides in aqueous solution, yet it is a fundamental building block in proteins and the crucial recognition motif for proteolytic enzymes that enable formation and turnover of all proteins. To create a generalized scaffold as a peptidomimetic that is preorganized in a beta-strand, we individually synthesized a series of 15-22-membered macrocyclic analogues of tripeptides and analyzed their structures. Each cycle is highly constrained by two trans amide bonds and a planar aromatic ring with a short nonpeptidic linker between them. A measure of this ring strain is the restricted rotation of the component tyrosinyl aromatic ring (DeltaG(rot) 76.7 kJ mol(-1) (16-membered ring), 46.1 kJ mol(-1) (17-membered ring)) evidenced by variable temperature proton NMR spectra (DMF-d(7), 200-400 K). Unusually large amide coupling constants ((3)J(NH-CHalpha) 9-10 Hz) corresponding to large dihedral angles were detected in both protic and aprotic solvents for these macrocycles, consistent with a high degree of structure in solution. The temperature dependence of all amide NH chemical shifts (Deltadelta/T7-12 ppb/deg) precluded the presence of transannular hydrogen bonds that define alternative turn structures. Whereas similar sized conventional cyclic peptides usually exist in solution as an equilibrium mixture of multiple conformers, these macrocycles adopt a well-defined beta-strand structure even in water as revealed by 2-D NMR spectral data and by a structure calculation for the smallest (15-membered) and most constrained macrocycle. Macrocycles that are sufficiently constrained to exclusively adopt a beta-strand-mimicking structure in water may be useful pre-organized and generic templates for the design of compounds that interfere with beta-strand recognition in biology.

How important are brain banks for alcohol research?

This article contains the proceedings of a symposium at the 2002 RSA/ISBRA Meeting in San Francisco, organized and chaired by Clive Harper and co-chaired by Izuru Matsumoto. The presentations were (1) Introduction, by Clive Harper; (2) The quality of tissue-a critical issue, by Therese Garrick; (3) The first systematic brain tissue donor program in Japan, by Izuru Matsumoto; (4) Brain scans after death-really! by Adolf Pfefferbaum, Elfar Adalsteinsson, and Edith Sullivan; (5) Capture that (genial) expression, by Joanne Lewohl and Peter Dodd; and (6) Neurochemical/pharmacological studies: experimental design and limitations, by Roger Butterworth.

Desafios da administra????o p??blica brasileira: governan??a, autonomia, neutralidade

O objetivo deste texto ?? iniciar um levantamento da dificuldades impostas ?? reforma administrativa a partir da considera????o do problema da neutralidade da burocracia versus o requisito da autonomia de decis??o, elemento fundamental do Modelo de Administra????o P??blica Gerencial. Tal problema assume especial relev??ncia frente aos objetivos de aumentar a governan??a do Estado e constitui um dos desafios centrais do Plano Diretor da Reforma do Aparelho do Estado, particularmente no que diz respeito ?? forma de administra????o do chamado ???n??cleo estrat??gico??? ??? respons??vel pela defini????o das leis e pol??ticas p??blicas ??? e das ???atividades exclusivas de Estado??? ??? caracterizadas pelo exerc??cio do poder de legislar e tributar, fiscalizando, regulamentando e transferindo recursos. Para isso, a discuss??o est?? organizada em quatro se????es. Na primeira, s??o rapidamente apresentados os conceitos de governabilidade e governan??a, com ??nfase no fato de que a distin????o entre eles representa apenas um recurso anal??tico. Na segunda se????o, a partir das distin????es cl??ssicas de Max Weber entre pol??tica e administra????o, pol??ticos e burocratas, busca-se caracterizar a neutralidade burocr??tica e mostrar que representa, na realidade, apenas um dos elementos de uma constru????o t??pico ideal, cada vez mais distante de qualquer correspond??ncia com o mundo real. Em seguida, comenta-se rapidamente o processo de mudan??a do modelo de administra????o p??blica; e s??o apresentadas algumas das caracter??sticas do chamado Modelo de Administra????o P??blica Gerencial que, em lugar da neutralidade, implicam elevado grau de autonomia por parte dos agentes burocr??ticos. Por fim, s??o tecidas algumas considera????es, procurando mostrar que, da mesma maneira que a neutralidade, a autonomia burocr??tica apresenta dificuldades e que a proposta da ???autonomia imersa??? ou ???autonomia inserida??? exibe implica????es que merecem reflex??o mais demorada.

Educa????o do campo no Estado de S??o Paulo: an??lise do n??vel de ruralidade das escolas no desempenho escolar

Este trabalho tem como objetivo central analisar a influ??ncia da localiza????o da escola e da origem dos alunos (rural e urbano) na taxa de evas??o, na taxa de aprova????o/reprova????o, no desempenho obtido no Ideb e na Prova Brasil. Para tanto, foram considerados os alunos do 5?? ano (quarta s??rie) do ensino fundamental das redes municipais e estaduais do Estado de S??o Paulo. A tipologia do IBGE para classifica????o das escolas em rurais e urbanas e o local de moradia dos alunos foram utilizados como forma de caracterizar o n??vel de ruralidade das escolas. O trabalho organiza um diagn??stico das pol??ticas em andamento; aponta algumas diretrizes para o aperfei??oamento das futuras interven????es na ??rea espec??fica de atua????o governamental; e mostra que, em v??rias situa????es, o desempenho das escolas ???rurais???, considerando os itens analisados, ?? inferior ao desempenho das escolas urbanas

A criança com Síndrome de Asperger na educação infantil : um estudo de caso

Esta pesquisa teve como objetivo compreender as ações pedagógicas constituídas por uma unidade municipal de ensino de Vitória/ES, visando ao processo de inclusão escolar de uma criança com Síndrome de Asperger no contexto da Educação Infantil. Contou com as contribuições teóricas dos estudos da matriz histórico-cultural e de autores dedicados a estudar a infância, como Kramer, Sarmento, Aries, dentre outros, bem como de pesquisadores interessados em investigar os pressupostos da Educação Especial em uma perspectiva inclusiva. Como aporte teórico-metodológico, apoiou-se no estudo de caso do tipo etnográfico que advoga pela possibilidade de, por meio da pesquisa científica, produzir conhecimento sobre a realidade social. O trabalho de pesquisa foi realizado em uma unidade municipal de Educação Infantil de Vitória/ES, envolvendo uma criança com Síndrome de Asperger, professores, pedagogos, dirigente escolar e responsável pelo estudante investigado. O processo de coleta de dados se efetivou no período de março de 2013 a setembro de 2013. O pesquisador esteve de uma a duas vezes por semana no campo de pesquisa, participando das observações em sala de aula, em espaços para planejamento e formação continuada e também observando momentos informais na entrada, recreio e saída dos alunos. Para a organização do estudo, trabalhou com quatro eixos: a) ações implementadas em favor do processo de inclusão escolar de alunos com Síndrome de Asperger no contexto da Educação Infantil; b) proposta pedagógica do CMEI “Alegria da Cinderela”: espaços de planejamento, formação e utilização dos apoios pedagógicos para a inclusão escolar; c) concepções dos profissionais envolvidos na pesquisa e da família sobre a inclusão escolar da criança com Síndrome de Asperger; d) principais possibilidades e/ou dificuldades encontradas pela unidade de ensino mediante o processo de ensino-aprendizagem da criança com Síndrome de Asperger. Como resultados, a pesquisa aponta: a importância de pensar nessas crianças como sujeitos de direitos e capazes de aprender; a necessidade de investimentos na formação inicial e continuada de professores para que os estudantes tenham maiores possibilidades de aprender; a urgência de o professor assumir a inclusão escolar como um movimento ético comprometido com a formação e com o reconhecimento da diversidade/diferença humana; a necessidade de reconhecer o cotidiano da Educação Infantil como um rico espaço para todas as crianças se desenvolverem e produzirem conhecimentos com seus pares e por meio das mediações pedagógicas dos professores.

Interfaces : educação especial & seguridade social

Com a Constituição da República Federativa do Brasil (1988), a intersetorialidade imprimiu nas políticas públicas de educação e seguridade social uma construção e uma operacionalidade mais articuladas e interdependentes. Entre as leis e portarias interministeriais, destaca-se o Programa Benefício de Prestação Continuada na Escola, que atende pessoas com deficiência de zero a dezoito anos de idade. Nesta pesquisa, questionam-se as interfaces entre as políticas públicas da educação especial e da seguridade social. São objetivos da pesquisa: analisar as interfaces das políticas públicas sociais – educação especial e seguridade social – no que se refere à garantia de direitos à educação de crianças com deficiência ou Transtornos Globais do Desenvolvimento, entre zero e cinco anos, no município de Vitória, Estado do Espírito Santo; identificar como se configuram as interdependências entre profissionais da educação especial e da seguridade social e os familiares (pais ou responsáveis) dessas crianças perante seus processos educacionais; compreender os diferentes movimentos entre as instituições de educação e da seguridade social e suas implicações para a inclusão escolar das crianças com deficiência ou Transtorno Global do Desenvolvimento; analisar como os profissionais da educação e da seguridade social lançam perspectivas para os processos de inclusão escolar e estabelecem diálogo com a família acerca da educação dessas crianças. Esta é uma pesquisa de natureza qualitativa, estudo de caso com coleta de dados empíricos e bibliográficos, na qual foram sujeitos: mães de três crianças de três Centros Municipais de Educação Infantil de Vitória; professoras da sala de atividades e de educação especial, pedagogas e diretoras; técnicos das Secretarias Municipais de Vitória: Educação, Saúde e Assistência Social e do Instituto Nacional do Seguro Social. As técnicas empregadas para coleta de dados foram a entrevista o grupo focal e o diário de itinerância. Foram procedimentos adotados para o registro dos dados a audiogravação de entrevistas e de grupos focais e anotações em diário de itinerância. Os dados foram organizados em cinco categorias de análise, produzidas por meio das narrativas dos familiares e dos profissionais participantes da pesquisa. Os conceitos de Norbert Elias, interdependência e configuração, relação de poder – estabelecidos e outsiders –, processos sociais e relação entre sociedade e Estado (balança do poder) contribuíram para compreender os dados, por serem observados nas categorias produzidas. Os resultados apontam para a fragilidade de Global do Desenvolvimento, no município de Vitória. Revelam, ainda, uma inconsistência de fluxos de referência e contrarreferência e lacunas na dimensão técnica e operativa para as interfaces das políticas públicas intersetoriais com práticas profissionais que cumpram o papel político conforme outorga a legislação federal e municipal. As considerações se ampliam para discussões entre o instituído e o instituinte – políticas públicas e práticas profissionais – que priorizem a efetivação da intersetorialidade diante das demandas do público investigado com vista à garantia dos direitos de acesso a uma educação de qualidade.

Crítica à concepção hegemônica de "erradicação da pobreza" : um estudo sobre a estratégia de naturalização e gestão da barbárie no Espírito Santo

Com base em pesquisa bibliográfica e documental, e fazendo uso da análise de conteúdo, este trabalho tem como objetivo geral analisar a meta erradicar a pobreza até 2025, constituinte do Plano de Desenvolvimento Espírito Santo 2025. Compreendemos que essa meta faz parte do modelo de ―desenvolvimento sustentado‖ elaborado pela burguesia capixaba, organizada no Movimento Empresarial Espírito Santo em Ação, e em articulação com o executivo estadual e a Petrobrás, sem que tenha havido participação de trabalhadores na elaboração do Plano mencionado. Seguem-se as principais conclusões. A meta em questão foi construída sob o marco ideopolítico e teórico da ―internacionalização do combate à pobreza‖, transpondo-se para o território estadual o discurso hegemônico de erradicação daquela condição social, entendida como sendo, em última análise, de responsabilidade do indivíduo, e não enquanto consequência direta do modo de produção capitalista. Além disso, os pobres são compreendidos, na elaboração da meta, de forma dual: ora identificados através do ―pressuposto da falta‖, ora enquanto ―agentes‖ livres para construir seu próprio futuro. Em consequência dessa dualidade, são propostas duas vias de ação tidas como essenciais para ―erradicar a pobreza‖: uma, centrada na transferência de renda para os que vivem na pobreza mais acentuada, e outra, na concessão de (micro)crédito para os pobres não miseráveis, com vistas a possibilitar que se tornem ―empreendedores‖. A meta analisada visa contribuir para promover a ―paz social‖, através da contenção dos pobres e de sua latente revolta diante de sua degradada condição de vida em território espírito-santense, o que demonstra sua funcionalidade para naturalizar e gerir a barbárie que marca a contemporaneidade capitalista.

Acessibilidade e longitudinalidade no pré-natal : análise de um grupo de puérperas atendidas no Hospital Universitário Cassiano Antônio de Moraes

A atenção primária visa garantir cobertura e acesso a cuidados de saúde abrangentes e aceitáveis pela população enfatizando a prevenção e a educação (STARFIELD, 2004). No Brasil a Estratégia Saúde da Família (ESF) é o modelo implantado pelo Ministério da Saúde (MS) com a finalidade de reestruturação da atenção primária e já abrange cerca de 50% da população. Segundo Starfield (2004) a atenção primária pode ser avaliada através de seus atributos essenciais: atenção de primeiro contato (utilização e acessibilidade), longitudinalidade, integralidade e coordenação de cuidados. No contexto da atenção à saúde brasileira, a mortalidade infantil é fato preocupante, principalmente a mortalidade que ocorre nos primeiros dias de vida. Este componente da mortalidade é intimamente relacionado à qualidade da atenção recebida no período gestacional. A atenção pré-natal deve incluir ações organizadas, amplas, integradas e com cobertura abrangente de promoção e prevenção da saúde, além de diagnóstico e tratamento adequado dos problemas que possam vir a ocorrer nesse período. O objetivo do presente estudo foi analisar o pré-natal de um grupo de puérperas quanto aos atributos da atenção primária acessibilidade e longitudinalidade. Para alcançar este objetivo foram realizadas 80 entrevistas com mulheres que realizaram pré-natal na atenção primária e 19 mulheres que realizaram pré-natal no Hospital Universitário Cassiano Antônio de Moraes (HUCAM). Utilizou-se parcialmente o questionário de avaliação da atenção primária PCATool. As puérperas também foram questionadas quanto à percepção da adequação do pré-natal realizado. A acessibilidade foi baixa para a maioria das entrevistadas. Nas puérperas que realizaram o pré-natal na Atenção primária a acessibilidade foi estatisticamente maior naquelas que realizaram pré-natal na ESF e naquelas que utilizaram as unidades de saúde do município de Vitória (ES). A longitudinalidade se relacionou ao tipo de unidade de saúde do pré-natal, ao número de consultas realizadas e ao índice de Ápgar no primeiro minuto. A percepção de um pré-natal adequado se relacionou com a utilização da ESF como serviço de pré-natal e à realização de seis ou mais consultas. Apesar de as puérperas do grupo que realizou o pré-natal no HUCAM perceberem o atendimento pré-natal como adequado, algumas questões revelaram fragilidades na assistência, principalmente quanto ao acesso ao serviço. A impossibilidade de receber atendimento pela equipe fora dos horários de funcionamento do ambulatório, a falta de um número de telefone no qual possam sanar dúvidas ou falar com o médico responsável pelo pré-natal, a percepção de dificuldade na marcação de consultas e a espera prolongada no dia do atendimento são pontos que devem ser melhorados nessa assistência.