Sylvia Rivera (Cynthia) was one of Stonewall patrons arrested in the Stonewall Inn in June 1969. She has been a "Remember Stonewall" member since 1970

General note: Title and date provided by Bettye Lane.

Dynamique de la variation génétique et épigénétique chez un vertébré kleptogène

La variation phénotypique est essentielle à la persistance des organismes dans le temps ainsi qu’à la colonisation de nouveaux habitats. Les principales sources de variation phénotypique sont la génétique et l'épigénétique. L'épigénétique a été proposé comme un atout important pour les organismes asexués pour compenser le manque de diversité génétique. L'objectif de cette étude est d'évaluer si l’absence de variation génétique est compensée par l'épigénétique en comparant les profils de méthylation d’individus gynogènes et kleptogènes des hybrides de salamandre à points bleus. Les individus échantillonnés s’organisent en cinq groupes génétiquement différenciés, provenant du même haplome paternel A. jeffersonianum. Deux des cinq groupes sont exclusivement gynogènes, pour des raisons écologiques ou génomiques. Les trois autres groupes sont formés d’individus parfois kleptogènes, car ils présentent une variation génétique plus élevée au sein d’un site qu’entre les sites, en plus de porter des allèles très divergents par rapport à la distribution globale des allèles hybrides, trouvés en haute fréquence dans les populations sympatriques de A. laterale. Les patrons épigénétiques sont variables et distincts entre les cinq groupes génétiques. Les groupes gynogènes sont les seuls à présenter un effet environnemental significatif sur leurs patrons épigénétiques, suggérant que ces individus clonaux doivent être en mesure de maximiser leur potentiel de variation épigénétique pour faire face à des variations environnementales.

Patrons spatiaux d'une épidémie de la tordeuse des bourgeons de l'épinette sur la Côte-Nord : une approche de télédétection

La tordeuse des bourgeons de l’épinette (Choristoneura fumiferana, TBE) est l’insecte ravageur le plus important de la forêt boréale de l’est de l’Amérique du Nord. Depuis 2006, la région de la Côte-Nord est affectée par une épidémie de TBE et les superficies forestières infestées doublent annuellement. Des images satellitaires Landsat ont été utilisées pour cartographier la sévérité de l’épidémie avec une approche de détection de changements, en utilisant une image pré-épidémie (2004) et une image prise pendant l’épidémie (2013). Des relevés terrains de la défoliation par la TBE ont été utilisés pour développer (R2 = 0,50) une cartographie fiable (R2 de validation = 0,64) et non biaisée de la sévérité des infestations de la TBE sur une échelle continue de sévérité (0-100%) pour la région d’étude. Une analyse des facteurs environnementaux affectant la sévérité des infestations (extraite de la carte de défoliation) a démontré l’importance de la composition forestière en sapin baumier tant à l’échelle locale qu’à l’échelle du paysage. De plus, une analyse de contexte spatial montre que dans les sites peu défoliés (défoliation cumulée < 50%), le meilleur prédicteur est plutôt son abondance à l’échelle du paysage (distance > 500 m). Ces résultats suggèrent une interaction entre les échelles spatiales et temporelles lors des épidémies de TBE.

Effets de la disponibilité spatiotemporelle des partenaires et des coûts de déplacement sur les patrons de paternité hors couple chez l’hirondelle bicolore (Tachycineta bicolor)

La connectivité fonctionnelle est reconnue pour altérer la fréquence des rencontres entre les individus et potentiellement affecter les coûts en lien avec la recherche de partenaires sexuels. La structure du paysage peut conséquemment engendrer de la variation dans le succès reproducteur des individus et par le fait même, modifier les opportunités de sélection sexuelle. Le but de cette étude était d’identifier l’influence de la structure du paysage sur les patrons de paternités hors couple (EPP) chez l’Hirondelle bicolore (Tachycineta bicolor), un insectivore aérien en déclin depuis environ 30 ans au Québec. Plus précisément, il était question d’évaluer l’importance relative de la disponibilité spatiotemporelle des partenaires potentiels, de la perméabilité de l’environnement aux mouvements, des caractéristiques individuelles, et des interactions entre certaines de ces variables sur la probabilité qu’un mâle fertilise une femelle, sur le nombre de mâles hors couple ayant fertilisé une femelle et enfin, sur le nombre de jeunes hors couple produits par une femelle. Pour se faire, une approche spatialement explicite basée sur la théorie des circuits a été employée. La collecte de données s’est faite sur 8 saisons de reproduction au sein d’un réseau de 40 fermes (10 nichoirs/ferme) situé le long d’un gradient d’intensification agricole de manière à ce que les individus se retrouvent dans des conditions socioécologiques contrastées. Selon les résultats obtenus, la densité de partenaires potentiels non locaux (i.e. hors ferme, mais au sein d’un rayon de 15 km) a eu un effet négatif sur la probabilité que deux individus produisent des jeunes hors couple, probablement à cause de l’effet de dilution entre compétiteurs. Cette même variable a également induit une augmentation du nombre de pères hors couple non locaux et de leurs jeunes dans une couvée donnée, mais seulement lorsque la résistance aux déplacements était faible. La densité locale a pour sa part eu l’effet inverse, ce qui laisse penser que les femelles auraient tendance à se contenter de leurs voisins immédiats quand les coûts de recherche dans le paysage sont trop élevés en comparaison à ce qui est disponible à proximité. Quant aux caractéristiques individuelles, leurs effets semblent négligeables à l’exception faite de la charge parasitaire moyenne des mâles locaux, laquelle pousserait les femelles à chercher des mâles en dehors de la ferme lorsqu’elle est élevée. Ce facteur ne représente toutefois pas seulement un indice potentiel de la qualité des jeunes produits par ces mâles, mais aussi un risque direct de transmission de parasites lors de copulations hors couple. Somme toute, il semble que les patrons de EPP soient davantage affectés par les variables du paysage que par la morphologie et la condition physique des individus. Ces découvertes sont d’un intérêt particulier puisque la compréhension des effets de l’écologie sur les paternités hors couple est essentielle pour une meilleure connaissance de la sélection sexuelle, des stratégies d’appariement et par le fait même, des processus évolutifs. De plus, identifier le rôle joué par le paysage dans les stratégies sexuelles pourrait aider à élaborer des plans de conservation appropriés pour les espèces dont le déclin est attribuable à des changements dans l’environnement.

Influence du climat, de la disponibilité des ressources et de la taille des populations sur la phénologie et les patrons de migration du caribou migrateur, "Rangifer tarandus"

De nombreuses populations migratrices sont actuellement en déclin. Les changements climatiques entrainent des modifications dans les habitats des espèces migratrices et la phénologie des processus naturels, lesquels se répercutent sur la migration, une période critique pour ces espèces. Comprendre comment les variables environnementales et climatiques affectent la phénologie et les patrons de migration est donc crucial. Ma thèse s’intéresse à l’impact du climat, des ressources alimentaires et de la compétition sur les migrations printanières et automnales des caribous migrateurs, Rangifer tarandus, des troupeaux Rivière-George (TRG) et Rivière-aux-Feuilles (TRF) du Nord-du-Québec et du Labrador. Le premier volet de ma thèse propose une approche objective, basée sur la détection des changements dans la structure des déplacements saisonniers, pour identifier les dates de départ et arrivée en migration. Validée à l’aide de trajets simulés, elle a été appliquée aux migrations printanières et automnales de femelles caribous. Le second volet porte sur l’impact des conditions environnementales sur la phénologie des migrations de printemps et d’automne. Il montre que la phénologie de la migration est principalement affectée par les conditions climatiques rencontrées lors de la migration, les conditions d’enneigement affectant notamment les coûts des déplacements. Au printemps, les caribous subissent des conditions défavorables lorsque la fonte des neiges est précoce. À l’automne, ils semblent ajuster leurs déplacements et migrent plus vite quand la neige débute tôt pour limiter les coûts de déplacement dans une neige profonde. Le troisième volet porte sur les patrons de migration à l’automne et montre que ceux-ci sont affectés essentiellement par une compétition intra- et inter-troupeaux pour les aires d’hivernages. Les caribous du TRG répondent à une augmentation de la compétition sur les aires les plus proches de l’aire de mise bas, liée à une taille de population élevée, en migrant préférentiellement vers les aires les plus éloignées. L’utilisation des aires hivernales par les caribous du TRF est, quant à elle, contrainte par la présence et l’abondance du TRG, cette contrainte diminuant à mesure que le TRG décline et abandonne les migrations vers les aires d’hivernages communes aux deux troupeaux. Cette thèse améliore notre compréhension de l’influence des facteurs environnementaux sur la phénologie et les patrons de migration du caribou migrateur. Ces connaissances sont très utiles pour comprendre l’impact des changements climatiques et établir les plans de conservation pour les espèces migratrices.

Génération de patrons de conception et restructuration de code vers un patron de conception pour Java

(POO) est l’utilisation de patrons de conception (PC). Un PC est un arrangement caractéristique de classes permettant d’offrir une solution éprouvée, tout en obtenant un code réutilisable et compréhensible. Plusieurs PC sont définis, dont 24 par la GoF [12] et plusieurs autres sont apparus par la suite. Le concept de PC est abstrait ce qui peut amener différentes interprétations. Ces différences peuvent aussi causer une mauvaise implémentation qui peut réduire les avantages d’utiliser ce patron. Ce projet consiste à concevoir un outil facilitant l’utilisation des PC. L’outil Génération et Restructuration de Patrons de Conception(GRPC) permet la génération automatique du squelette d’un patron de conception ainsi que la restructuration d’un code en le transformant structure respectant un PC. La génération et la restructuration automatique permettent d’obtenir un code uniforme et de qualité tout en respectant le patron de conception. La compréhension et la maintenance du code sont ainsi améliorées. GRPC est module d’extension pour l’environnement de développement Eclipse écrit en Java. Le code est conçu pour être facilement compréhensible et extensible. Les deux principaux objectifs de GRPC sont de restructurer (refactoring) une section de code vers l’architecture d’un patron de conception et de générer des squelettes de patrons de conception. Une interface graphique permet de guider l’utilisateur et d’aller chercher toutes les informations importantes pour le fonctionnement du logiciel. Elle permet aussi de configurer les éléments du patron de conception. Pour s’assurer de la possibilité d’effectuer une restructuration, chaque patron est associé avec une ou plusieurs règles qui analysent le code pour détecter la présence d’une structure particulière. Des procédures aident les développeurs à ajouter de nouveaux PC dans GRPC. GRPC fournit des fonctionnalités permettant d’implémenter quelques patrons de conception de la POO définis dans le livre Design Patterns : Elements of Reusable Object-Oriented Software.

Dynamique de la variation génétique et épigénétique chez un vertébré kleptogène

La variation phénotypique est essentielle à la persistance des organismes dans le temps ainsi qu’à la colonisation de nouveaux habitats. Les principales sources de variation phénotypique sont la génétique et l'épigénétique. L'épigénétique a été proposé comme un atout important pour les organismes asexués pour compenser le manque de diversité génétique. L'objectif de cette étude est d'évaluer si l’absence de variation génétique est compensée par l'épigénétique en comparant les profils de méthylation d’individus gynogènes et kleptogènes des hybrides de salamandre à points bleus. Les individus échantillonnés s’organisent en cinq groupes génétiquement différenciés, provenant du même haplome paternel A. jeffersonianum. Deux des cinq groupes sont exclusivement gynogènes, pour des raisons écologiques ou génomiques. Les trois autres groupes sont formés d’individus parfois kleptogènes, car ils présentent une variation génétique plus élevée au sein d’un site qu’entre les sites, en plus de porter des allèles très divergents par rapport à la distribution globale des allèles hybrides, trouvés en haute fréquence dans les populations sympatriques de A. laterale. Les patrons épigénétiques sont variables et distincts entre les cinq groupes génétiques. Les groupes gynogènes sont les seuls à présenter un effet environnemental significatif sur leurs patrons épigénétiques, suggérant que ces individus clonaux doivent être en mesure de maximiser leur potentiel de variation épigénétique pour faire face à des variations environnementales.

Xanten-Vetera - Analyse et caractérisation du processus de colonisation et de romanisation d’une région frontalière en Germanie inférieure

Ce mémoire analyse le processus de romanisation et de colonisation de Xanten-Vetera, une région frontalière de l’Empire romain située en basse Rhénanie dans la province romaine de Germania inferior. À l’intérieur d’un cadre temporel inclus entre les conquêtes de Jules César et le milieu du second siècle apr. J.-C., l’étude cherche à comprendre et à restituer la présence militaire ainsi que le développement des peuplades civiles sur place, du fait des transferts de population et de l’immigration gallo-romaine. Le processus de romanisation est analysé en tenant compte des réalités ethnographiques, sociales et culturelles et selon les théories les plus actuelles de la recherche moderne sur ce sujet. Comme il s’agit d’une agglomération située sur une voie fluviale en périphérie de l’Empire, le concept de « frontière » y est évalué afin d’estimer si Xanten-Vetera constituait une zone de convergence ou de divergence par rapport à l’espace rhénan. Dans un deuxième temps, cette recherche analyse le contexte militaire et social durant lequel l’empereur Trajan prit la décision d’octroyer le statut de colonie à ce territoire qui devint la Colonia Ulpia Traiana. Cette démarche qui se veut régionale souligne la nature particulière de l’histoire de Xanten-Vetera sous le Haut Empire ; les migrations et les tragédies à l’intérieur de cet espace géographique ont façonné un endroit au destin unique en Germanie et dans l’Empire romain. Enfin, ce travail fournit un exemple pertinent de l’évolution des motivations qui ont guidé les politiques coloniales sous les Julio-Claudiens, les Flaviens et les Antonins et suggère l’essor des groupes de pression non militaires dans ce contexte.

Approche basée sur des patrons pour concevoir des logiciels d’enseignement adaptés aux technologies du Web

Les applications Web en général ont connu d’importantes évolutions technologiques au cours des deux dernières décennies et avec elles les habitudes et les attentes de la génération de femmes et d’hommes dite numérique. Paradoxalement à ces bouleversements technologiques et comportementaux, les logiciels d’enseignement et d’apprentissage (LEA) n’ont pas tout à fait suivi la même courbe d’évolution technologique. En effet, leur modèle de conception est demeuré si statique que leur utilité pédagogique est remise en cause par les experts en pédagogie selon lesquels les LEA actuels ne tiennent pas suffisamment compte des aspects théoriques pédagogiques. Mais comment améliorer la prise en compte de ces aspects dans le processus de conception des LEA? Plusieurs approches permettent de concevoir des LEA robustes. Cependant, un intérêt particulier existe pour l’utilisation du concept patron dans ce processus de conception tant par les experts en pédagogie que par les experts en génie logiciel. En effet, ce concept permet de capitaliser l’expérience des experts et permet aussi de simplifier de belle manière le processus de conception et de ce fait son coût. Une comparaison des travaux utilisant des patrons pour concevoir des LEA a montré qu’il n’existe pas de cadre de synergie entre les différents acteurs de l’équipe de conception, les experts en pédagogie d’un côté et les experts en génie logiciel de l’autre. De plus, les cycles de vie proposés dans ces travaux ne sont pas complets, ni rigoureusement décrits afin de permettre de développer des LEA efficients. Enfin, les travaux comparés ne montrent pas comment faire coexister les exigences pédagogiques avec les exigences logicielles. Le concept patron peut-il aider à construire des LEA robustes satisfaisant aux exigences pédagogiques ? Comme solution, cette thèse propose une approche de conception basée sur des patrons pour concevoir des LEA adaptés aux technologies du Web. Plus spécifiquement, l’approche méthodique proposée montre quelles doivent être les étapes séquentielles à prévoir pour concevoir un LEA répondant aux exigences pédagogiques. De plus, un répertoire est présenté et contient 110 patrons recensés et organisés en paquetages. Ces patrons peuvent être facilement retrouvés à l’aide du guide de recherche décrit pour être utilisés dans le processus de conception. L’approche de conception a été validée avec deux exemples d’application, permettant de conclure d’une part que l’approche de conception des LEA est réaliste et d’autre part que les patrons sont bien valides et fonctionnels. L’approche de conception de LEA proposée est originale et se démarque de celles que l’on trouve dans la littérature car elle est entièrement basée sur le concept patron. L’approche permet également de prendre en compte les exigences pédagogiques. Elle est générique car indépendante de toute plateforme logicielle ou matérielle. Toutefois, le processus de traduction des exigences pédagogiques n’est pas encore très intuitif, ni très linéaire. D’autres travaux doivent être réalisés pour compléter les résultats obtenus afin de pouvoir traduire en artéfacts exploitables par les ingénieurs logiciels les exigences pédagogiques les plus complexes et les plus abstraites. Pour la suite de cette thèse, une instanciation des patrons proposés serait intéressante ainsi que la définition d’un métamodèle basé sur des patrons qui pourrait permettre la spécification d’un langage de modélisation typique des LEA. L’ajout de patrons permettant d’ajouter une couche sémantique au niveau des LEA pourrait être envisagée. Cette couche sémantique permettra non seulement d’adapter les scénarios pédagogiques, mais aussi d’automatiser le processus d’adaptation au besoin d’un apprenant en particulier. Il peut être aussi envisagé la transformation des patrons proposés en ontologies pouvant permettre de faciliter l’évaluation des connaissances de l’apprenant, de lui communiquer des informations structurées et utiles pour son apprentissage et correspondant à son besoin d’apprentissage.

Histopathological events and detection of Metarhizium anisopliae using specific primers in infected immature stages of the fruit fly Anastrepha fraterculus (Wiedemann, 1830) (Diptera: Tephritidae)

The fungus Metarhizium anisopliae is used on a large scale in Brazil as a microbial control agent against the sugar cane spittlebugs, Mahanarva posticata and M. fimbriolata (Hemiptera., Cercopidae). We applied strain E9 of M. anisopliae in a bioassay on soil, with field doses of conidia to determine if it can cause infection, disease and mortality in immature stages of Anastrepha fraterculus, the South American fruit fly. All the events were studied histologically and at the molecular level during the disease cycle, using a novel histological technique, light green staining, associated with light microscopy, and by PCR, using a specific DNA primer developed for M. anisopliae capable to identify Brazilian strains like E9. The entire infection cycle, which starts by conidial adhesion to the cuticle of the host, followed by germination with or without the formation of an appressorium, penetration through the cuticle and colonisation, with development of a dimorphic phase, hyphal bodies in the hemocoel, and death of the host, lasted 96 hours under the bioassay conditions, similar to what occurs under field conditions. During the disease cycle, the propagules of the entomopathogenic fungus were detected by identifying DNA with the specific primer ITSMet: 5' TCTGAATTTTTTATAAGTAT 3' with ITS4 (5' TCCTCCGCTTATTGATATGC 3') as a reverse primer. This simple methodology permits in situ studies of the infective process, contributing to our understanding of the host-pathogen relationship and allowing monitoring of the efficacy and survival of this entomopathogenic fungus in large-scale applications in the field. It also facilitates monitoring the environmental impact of M. anisopliae on non-target insects.

Osmoregulation of the Australian freshwater crocodile, Crocodylus johnstoni, in fresh and saline waters

An unusual saltwater population of the "freshwater" crocodilian, Crocodylus johnstoni, was studied in the estuary of the Limmen Bight River in Australia's Northern Territory and compared with populations in permanently freshwater habitats. Crocodiles in the river were found across a large salinity gradient, from fresh water to a salinity of 24 mg.ml-1, more than twice the body fluid concentration. Plasma osmolarity, concentrations of plasma Na+, Cl-, and K+, and exchangeable Na+ pools were all remarkably constant across the salinity spectrum and were not substantially higher or more variable than those in crocodiles from permanently freshwater habitats. Body fluid volumes did not vary; condition factor and hydration status of crocodiles were not correlated with salinity and were not different from those of crocodiles from permanently fresh water. C. johnstoni clearly has considerable powers of osmoregulation in waters of low to medium salinity. Whether this osmoregulatory competence, extends to continuously hyperosmotic environments is not known, but distributional data suggest that C. johnstoni in hyperosmotic conditions may require periodic access to hypoosmotic water. The study demonstrates a physiological capacity for colonisation of at least some estuarine waters by this normally stenohaline freshwater crocodilian.

Effect of smoke-free policies on the behaviour of social smokers

Objective-To test the hypothesis that proposed amendments to the Occupational Safety and Health Act making all enclosed workplaces in Western Australia smoke free would result in a decrease in cigarette consumption by patrons at nightclubs, pubs, and restaurants without adversely affecting attendance. Design-Cross sectional structured interview survey. Participants and setting-Patrons of several inner city pubs and nightclubs in Perth were interviewed while queuing for admission to these venues. Outcome measures-Current social habits, smoking habits, and how these might be affected by the proposed regulations. Persons who did not smoke daily were classified as social smokers. Results-Half (50%) of the 374 patrons interviewed were male, 51% currently did not smoke at all, 34.3% smoked every day, and the remaining 15.7% smoked, brat not every day. A clear majority (62.5%) of all 374 respondents anticipated no change to the frequency of their patronage of hospitality venues if smoke-free policies became mandatory One in five (19.3%) indicated that they would,ao out more often, and 18.2% said they would go out less often. Half (52%) of daily smokers anticipated no change to their cigarette consumption, while 44.5% of daily smokers anticipated a reduction in consumption. A majority of social smokers (54%) predicted a reduction in their cigarette consumption, with 42% of these anticipating quitting. Conclusions-One in nine (11.5%) of smokers say that adoption of smoke-Pi ee policies would prompt them to quit smoking entirely without a significant decrease in attendance at pubs and nightclubs. There can be few other initiatives as simple, cheap, and popular that would achieve so much for public health.

Acute susceptibility of aged mice to infection with Candida albicans

The effect of aging on host resistance to systemic candidosis was assessed by monitoring the course of infection in 16-month-old CBA/CaH mice (aged non-immune) and in a comparable group that had been infected with a sublethal dose of Candida albicans at 6 weeks of age (aged immune). Aged non-immune mice showed rapid progression of the disease, with a marked increase in the number of mycelia in the brain and kidney, and early morbidity, Foci of myocardial necrosis were evident, but inflammatory cells were sparse. The histological picture in the aged immune mice was similar to that in the aged non-immune group, although fewer mycelial aggregates were seen. Both groups of aged mice showed a significantly lower fungal burden in the brain on day 1 of infection, but on day 4, colony counts increased significantly in the aged non-immune mice, Comparison of cytokine gene expression in the infected brains showed that the relative amount of interferon-gamma and tumour necrosis factor-alpha cDNA were similar in all three groups. Interleukin-6 was elevated in both infected non-immune and uninfected aged mice. Aged immune mice showed no morbidity after challenge, and both colonisation and tissue damage were reduced in comparison with the aged non-immune animals.

Spatial distribution of pink wax scale, Ceroplastes rubens Maskell (Hemiptera: Coccidae), on umbrella trees in south-eastern Queensland: The pattern of outbreaks

The spatial pattern of outbreaks of pink wax scale, Ceroplastes rubens Maskell, within and among umbrella trees, Schefflera actinophylla (Endl.), in southeastern Queensland was investigated. Pink wax scale was common on S. actinophylla, with approximately 84% of trees positive for scale and 14% of bees recording outbreak densities exceeding 0.4 adults per leaflet. Highly aggregated distributions of C. rubens occur within and among umbrella trees. Clumped distributions within trees appear to result from variable birth and death rates and limited movement of first instar crawlers. The patchy distribution of pink wax scale among trees is probably a consequence of variation in dispersal success of scale, host and environmental suitability for establishment and rates of biological control. Pink wax scale was more prevalent on trees in roadside positions and in exposed situations, indicating that such trees are more suitable and/or susceptible to scale colonisation.

Structure of TcpG, the DsbA protein folding catalyst from Vibrio cholerae

The efficient and correct folding of bacterial disulfide bonded proteins in vivo is dependent upon a class of periplasmic oxidoreductase proteins called DsbA, after the Escherichia coli enzyme. In the pathogenic bacterium Vibrio cholerae, the DsbA homolog (TcpG) is responsible for the folding, maturation and secretion of virulence factors. Mutants in which the tcpg gene has been inactivated are avirulent; they no longer produce functional colonisation pill and they no longer secrete cholera toxin. TcpG is thus a suitable target for inhibitors that could counteract the virulence of this organism, thereby preventing the symptoms of cholera. The crystal structure of oxidized TcpG (refined at a resolution of 2.1 Angstrom) serves as a starting point for the rational design of such inhibitors. As expected, TcpG has the same fold as E. coli DsbA, with which it shares similar to 40% sequence identity. Ln addition, the characteristic surface features of DsbA are present in TcpG, supporting the notion that these features play a functional role. While the overall architecture of TcpG and DsbA is similar and the surface features are retained in TcpG, there are significant differences. For example, the kinked active site helix results from a three-residue loop in DsbA, but is caused by a proline in TcpG (making TcpG more similar to thioredoxin in this respect). Furthermore, the proposed peptide binding groove of TcpG is substantially shortened compared with that of DsbA due to a six-residue deletion. Also, the hydrophobic pocket of TcpG is more shallow and the acidic patch is much less extensive than that of E. coli DsbA. The identification of the structural and surface features that are retained or are divergent in TcpG provides a useful assessment of their functional importance in these protein folding catalysts and is an important prerequisite for the design of TcpG inhibitors. (C) 1997 Academic Press Limited.