OntoRama: Browsing RDF ontologies using a hyperbolic-style browser

This paper presents a Java-based hyperbolic-style browser designed to render RDF files as structured ontological maps. The program was motivated by the need to browse the content of a web-accessible ontology server: WEB KB-2. The ontology server contains descriptions of over 74,500 object types derived from the WordNet 1.7 lexical database and can be accessed using RDF syntax. Such a structure creates complications for hyperbolic-style displays. In WEB KB-2 there are 140 stable ontology link types and a hyperbolic display needs to filter and iconify the view so different link relations can be distinguished in multi-link views. Our browsing tool, OntoRama, is therefore motivated by two possibly interfering aims: the first to display up to 10 times the number of nodes in a hyperbolic-style view than using a conventional graphics display; secondly, to render the ontology with multiple links comprehensible in that view.

Image retrieval on the Honeycomb Image Browser

Efficient and effective approaches of dealing with the vast amount of visual information available nowadays are highly sought after. This is particularly the case for image collections, both personal and commercial. Due to the magnitude of these ever expanding image repositories, annotation of all images images is infeasible, and search in such an image collection therefore becomes inherently difficult. Although content-based image retrieval techniques have shown much potential, such approaches also suffer from various problems making it difficult to adopt them in practice. In this paper, we follow a different approach, namely that of browsing image databases for image retrieval. In our Honeycomb Image Browser, large image databases are visualised on a hexagonal lattice with image thumbnails occupying hexagons. Arranged in a space filling manner, visually similar images are located close together enabling large image datasets to be navigated in a hierarchical manner. Various browsing tools are incorporated to allow for interactive exploration of the database. Experimental results confirm that our approach affords efficient image retrieval. © 2010 IEEE.

Integration and visualization of systems biology data in context of the genome

Background: High-density tiling arrays and new sequencing technologies are generating rapidly increasing volumes of transcriptome and protein-DNA interaction data. Visualization and exploration of this data is critical to understanding the regulatory logic encoded in the genome by which the cell dynamically affects its physiology and interacts with its environment. Results: The Gaggle Genome Browser is a cross-platform desktop program for interactively visualizing high-throughput data in the context of the genome. Important features include dynamic panning and zooming, keyword search and open interoperability through the Gaggle framework. Users may bookmark locations on the genome with descriptive annotations and share these bookmarks with other users. The program handles large sets of user-generated data using an in-process database and leverages the facilities of SQL and the R environment for importing and manipulating data. A key aspect of the Gaggle Genome Browser is interoperability. By connecting to the Gaggle framework, the genome browser joins a suite of interconnected bioinformatics tools for analysis and visualization with connectivity to major public repositories of sequences, interactions and pathways. To this flexible environment for exploring and combining data, the Gaggle Genome Browser adds the ability to visualize diverse types of data in relation to its coordinates on the genome. Conclusions: Genomic coordinates function as a common key by which disparate biological data types can be related to one another. In the Gaggle Genome Browser, heterogeneous data are joined by their location on the genome to create information-rich visualizations yielding insight into genome organization, transcription and its regulation and, ultimately, a better understanding of the mechanisms that enable the cell to dynamically respond to its environment.

A synchronous multimedia annotation system for secure collaboratories

In this paper, we describe the Vannotea system - an application designed to enable collaborating groups to discuss and annotate collections of high quality images, video, audio or 3D objects. The system has been designed specifically to capture and share scholarly discourse and annotations about multimedia research data by teams of trusted colleagues within a research or academic environment. As such, it provides: authenticated access to a web browser search interface for discovering and retrieving media objects; a media replay window that can incorporate a variety of embedded plug-ins to render different scientific media formats; an annotation authoring, editing, searching and browsing tool; and session logging and replay capabilities. Annotations are personal remarks, interpretations, questions or references that can be attached to whole files, segments or regions. Vannotea enables annotations to be attached either synchronously (using jabber message passing and audio/video conferencing) or asynchronously and stand-alone. The annotations are stored on an Annotea server, extended for multimedia content. Their access, retrieval and re-use is controlled via Shibboleth identity management and XACML access policies.

XSophe-Sophe-XeprView (R). A computer simulation software suite (v. 1.1.3) for the analysis of continuous wave EPR spectra

The XSophe-Sophe-XeprView((R)) computer simulation software suite enables scientists to easily determine spin Hamiltonian parameters from isotropic, randomly oriented and single crystal continuous wave electron paramagnetic resonance (CW EPR) spectra from radicals and isolated paramagnetic metal ion centers or clusters found in metalloproteins, chemical systems and materials science. XSophe provides an X-windows graphical user interface to the Sophe programme and allows: creation of multiple input files, local and remote execution of Sophe, the display of sophelog (output from Sophe) and input parameters/files. Sophe is a sophisticated computer simulation software programme employing a number of innovative technologies including; the Sydney OPera HousE (SOPHE) partition and interpolation schemes, a field segmentation algorithm, the mosaic misorientation linewidth model, parallelization and spectral optimisation. In conjunction with the SOPHE partition scheme and the field segmentation algorithm, the SOPHE interpolation scheme and the mosaic misorientation linewidth model greatly increase the speed of simulations for most spin systems. Employing brute force matrix diagonalization in the simulation of an EPR spectrum from a high spin Cr(III) complex with the spin Hamiltonian parameters g(e) = 2.00, D = 0.10 cm(-1), E/D = 0.25, A(x) = 120.0, A(y) = 120.0, A(z) = 240.0 x 10(-4) cm(-1) requires a SOPHE grid size of N = 400 (to produce a good signal to noise ratio) and takes 229.47 s. In contrast the use of either the SOPHE interpolation scheme or the mosaic misorientation linewidth model requires a SOPHE grid size of only N = 18 and takes 44.08 and 0.79 s, respectively. Results from Sophe are transferred via the Common Object Request Broker Architecture (CORBA) to XSophe and subsequently to XeprView((R)) where the simulated CW EPR spectra (1D and 2D) can be compared to the experimental spectra. Energy level diagrams, transition roadmaps and transition surfaces aid the interpretation of complicated randomly oriented CW EPR spectra and can be viewed with a web browser and an OpenInventor scene graph viewer.

ISELnet: um portal internet para o ISEL

O contínuo desenvolvimento na área da Web 2.0 potencia a implementação de portais Web de carácter multi-funcional com uma elevada versatilidade e uma grande riqueza interactiva. Este projecto pretende tirar partido do desenvolvimento ocorrido nas tecnologias desta área de forma a apresentar uma proposta de portal institucional para o Instituto Superior de Engenharia de Lisboa (ISEL) que espelhe a Instituição como inovadora e actual. Para a implementação desta proposta foi desenvolvida uma plataforma de integração ao nível da camada de apresentação, seguindo os conceitos Web 2.0 aplicáveis, assente em tecnologias cliente suportadas em browser. Com esta plataforma pretende-se disponibilizar os alicerces para a integração das várias aplicações de front-office da Instituição numa camada homogénea, reduzindo a curva de aprendizagem das várias aplicações e contribuindo para uma integração destas que diminua a complexidade de utilização e facilite a manutenção e evolução. Sendo uma plataforma de integração, foi disponibilizada a possibilidade de efectuar as comunicações com base em JSON, XML, cabeçalhos dos pedidos http e Web services SOAP, sendo utilizadas mensagens ACL a nível aplicacional. O que permite um maior desacoplamento tecnológico entre a plataforma e os serviços utilizados. O desenvolvimento do projecto foi assente nos conceitos de desenvolvimento ágil, baseado na prototipagem. A gestão do projecto foi feita com recurso a uma aplicação de gestão de projecto colaborativa, o Redmine, que permitiu a adequação do projecto às necessidades ao longo do desenvolvimento e uma partilha mais fácil do estado do mesmo e de informações críticas do seu desenvolvimento aos vários intervenientes.

Monitorização integrada para sistemas de alimentação distribuídos

Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Aplicação web para tratamento estatístico de dados de teste

Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Projecto dum laboratório remoto para automação de processos industriais

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica

Suporte a testes automáticos em aplicações web geradas com a OutSystems Platform

Dissertação de natureza científica para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores

Operação em ambiente móvel baseado em modelo de mercado

Projecto Final para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores

Projecto de uma câmara em rede em FPGA

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia de Electrónica e Telecomunicações

Aplicações web multimédia com realidade aumentada “Magic Catalog”

A Realidade Aumentada veio alterar a percepção que o ser humano tem do mundo real. A expansão da nossa realidade à Realidade Virtual possibilita a criação de novas experiencias, cuja aplicabilidade é já tida como natural em diversas situações. No entanto, potenciar este tipo de interacção pode ser um processo complexo, quer por limitações tecnológicas, quer pela gestão dos recursos envolvidos. O desenvolvimento de projectos com realidade aumentada para fins comerciais passa assim muitas vezes pela optimização dos recursos utilizados tendo em consideração as limitações das tecnologias envolventes (sistemas de detecção de movimento e voz, detecção de padrões, GPS, análise de imagens, sensores biométricos, etc.). Com a vulgarização e aceitação das técnicas de Realidade Aumentada em muitas áreas (medicina, educação, lazer, etc.), torna-se também necessário que estas técnicas sejam transversais aos dispositivos que utilizamos diariamente (computadores, tablets, telemóveis etc.). Um dominador comum entre estes dispositivos é a internet uma vez que as aplicações online conseguem abarcar um maior número de pessoas. O objectivo deste projecto era o de criar uma aplicação web com técnicas de Realidade Aumentada e cujos conteúdos fossem geridos pelos utilizadores. O processo de investigação e desenvolvimento deste trabalho passou assim por uma fase fundamental de prototipagem para seleccionar as tecnologias que melhor se enquadravam no tipo de arquitectura pretendida para a aplicação e nas ferramentas de desenvolvimento utilizadas pela empresa onde o projecto foi desenvolvido. A aplicação final é composta por um FrontOffice, responsável por mostrar e interpretar as aplicações criadas e possibilitar a integração com outras aplicações, e um BackOffice que possibilita aos utilizadores, sem conhecimentos de programação, criar novas aplicações de realidade aumentada e gerir os conteúdos multimédia utilizados. A aplicação desenvolvida pode servir de base para outras aplicações e ser reutilizável noutros âmbitos, sempre com o objectivo de reduzir custos de desenvolvimento e de gestão de conteúdos, proporcionando assim a implementação de uma Framework que permite a gestão de conteúdos em diferentes áreas (medicina, educação, lazer, etc.), onde os utilizadores podem criar as suas próprias aplicações, jogos e ferramentas de trabalho. No decorrer do projecto, a aplicação foi validada por especialistas garantindo o cumprimento dos objectivos propostos.