A comparison of methods for classifying clinical samples based on proteomics data : a case study for statistical and machine learning approaches

The discovery of protein variation is an important strategy in disease diagnosis within the biological sciences. The current benchmark for elucidating information from multiple biological variables is the so called “omics” disciplines of the biological sciences. Such variability is uncovered by implementation of multivariable data mining techniques which come under two primary categories, machine learning strategies and statistical based approaches. Typically proteomic studies can produce hundreds or thousands of variables, p, per observation, n, depending on the analytical platform or method employed to generate the data. Many classification methods are limited by an n≪p constraint, and as such, require pre-treatment to reduce the dimensionality prior to classification. Recently machine learning techniques have gained popularity in the field for their ability to successfully classify unknown samples. One limitation of such methods is the lack of a functional model allowing meaningful interpretation of results in terms of the features used for classification. This is a problem that might be solved using a statistical model-based approach where not only is the importance of the individual protein explicit, they are combined into a readily interpretable classification rule without relying on a black box approach. Here we incorporate statistical dimension reduction techniques Partial Least Squares (PLS) and Principal Components Analysis (PCA) followed by both statistical and machine learning classification methods, and compared them to a popular machine learning technique, Support Vector Machines (SVM). Both PLS and SVM demonstrate strong utility for proteomic classification problems.

The influence of digital technology on the performance space

Through practice-led research, TESSA SMALLHORN examines the influence of digital technology on the performance space. From the mechanisation of modernist culture to the digitalisation of present day, technology acts as response material for scenographers investigating the stage as machine. The interactive, real-time tools of digital culture encourage a systems-orientated approach that challenges user and operator alike. This article explores the studio practice and critical theory that was combined to offer a functional model of a digital stage machine.

Amateur-to-amateur

Copyright, it is commonly said, matters in society because it encourages the production of socially beneficial, culturally significant expressive content. Our focus on copyright's recent history, however, blinds us to the social information practices that have always existed. In this Article, we examine these social information practices, and query copyright's role within them. We posit a functional model of what is necessary for creative content to move from creator to user. These are the functions dealing with the creation, selection, production, dissemination, promotion, sale, and use of expressive content. We demonstrate how centralized commercial control of information content has been the driving force behind copyright's expansion. All of the functions that copyright industries once controlled, however, are undergoing revolutionary decentralization and disintermediation. Different aspects of information technology, notably the digitization of information, widespread computer ownership, the rise of the Internet, and the development of social software, threaten the viability and desirability of centralized control over every one of the content functions. These functions are increasingly being performed by individuals and disaggregated groups. This raises an issue for copyright as the main regulatory force in information practices: copyright assumes a central control requirement that no longer applies for the development of expressive content. We examine the normative implications of this shift for our information policy in this new post-copyright era. Most notably, we conclude that copyright law needs to be adjusted in order to recognize the opportunity and desirability of decentralized content, and the expanded marketplace of ideas it promises.

My Fair Lady på skandinaviska : En studie i funktionell sångöversättning

The dissertation presents a functional model for analysis of song translation. The model is developed on the basis of an examination of theatrical songs and a comparison of three translations: the songs of the Broadway musical My Fair Lady (Lerner and Loewe, 1956), made for the premiere productions (1959–1960) in Swedish, Danish, and Norwegian. The analysis explores the three challenges of a song translator: the fitting of a text to existing music, the consideration of a prospective sung performance, and the verbal approximation of the content of the source lyric. The theoretical foundation is based on a functional approach to translation studies (Christiane Nord) and a structuralist/semiotic analysis of a theatrical message (Ivo Osolsobě, building on Roman Jakobson). Thus, three functional levels in the fitting of a text to music are explored: first, a prosodic/phonetic format; secondly, a poetic/rhetoric format; and thirdly, semantic/reflexive values (verbalizing musical expression). Similarly, three functional levels in the textual connections to a prospective performance are explored: first, a presentational goal; secondly, the theatrical potential; and thirdly, dramaturgic values (for example dramatic information and linguistic register). The functionality of Broadway musical theatre songs is analyzed, and the song score of My Fair Lady, source and target lyrics, is studied, with an in-depth analysis of seven of the songs. The three translations were all considered very well-made and are used in productions of the musical to this day. The study finds that the song translators appear to have worked from an understanding of the presentational goal, designed their target texts on the prosodic and poetic shape of the music, and pursued the theatrical functionality of the song, not by copying, but by recreating connections to relevant contexts, partly independently of the source lyrics, using the resources of the target languages. Besides metaphrases (closest possible transfer), paraphrases and additions seem normally to be expected in song translation, but song translators may also follow highly individual strategies – for example, the Norwegian translator is consistently more verbally faithful than the Danish and Swedish translators. As a conclusion, it is suggested that although linguistic and cultural difference play a significant role, a translator’s solution must nevertheless be arrived at, and assessed, in relation to the song as a multimedial piece of material. As far as a song can be considered a theatrical message – singers representing the voice, person, and situation of the song – the descriptive model presented in the study is also applicable to the translation of other types of song.

Uuden median murros Alma Mediassa, Sanoma Oy:ssä ja Yleisradiossa 1994-2004

This is a qualitative and multimethodological comparative study, which consists of two main parts: examining the development of new media and analysing and comparing the new media strategies of the three companies studied (Alma Media, Sanoma and the Finnish Broadcasting Company Yleisradio). The study includes the first large-scale review in Finnish of the development of new media, paying attention to the birth of the Internet as well as to mobile media, web TV and any other element of new media. It also concentrates on the function of electronic distribution channels before the age of the Internet, e.g. cable text and videotext. Answers about how the three traditional Finnish media houses began spreading their content to the Internet and wireless applications in 1994–2004 are also given. In researching the new media strategies the study pays special attention to the attitudes that the three media companies adopted towards the Internet and other forms of new media in their strategies during the years in question. By analysing and comparing, e.g., the companies’ strategies and their investments, the study ascertains whether the companies had a joint functional model in adopting new media or acted totally on their own without taking too much notice of the media field overall. The study makes extensive use of previously published material. The researcher has also interviewed almost twenty people who were involved in getting the companies’ new media functions under way. The methods for the interviews were dialogue and snowball sampling. The researcher has created a classification in which he divides the business strategies into four different categories: active strategy, careful strategy, permissive strategy, and passive strategy. In comparing and analysing the companies the researcher has used the classification devised by Allan Afuah & Christopher L. Tucci. The seven element classification consists of dominant managerial logic, competency trap, fear of cannibalisation and loss of revenue, channel conflict, political power, co-opetitor power and emotional attachment. In analysing the company strategies the researcher has also noted the classifications of convergence made by Everette E. Dennis and Graham Murdock as well as the aspects formulated by Sylvia Chan-Olmsted and Louisa Ha concerning the success of the companies in adopting the Internet into their functions. Based on all these classifications and by further developing them the researcher analyses and compares the success of the new media strategies of the three Finnish companies. The outcome of the study is a conclusion as to what kind of strategies the companies have carried out their new media functions and how they have succeeded in it.

Accelerating multi-core simulators

Simulation is an important means of evaluating new microarchitectures. With the invention of multi-core (CMP) platforms, simulators are becoming larger and more complex. However, with the availability of CMPs with larger caches and higher operating frequency, the wall clock time required for simulating an application has become comparatively shorter. Reducing this simulation time further is a great challenge, especially in the case of multi-threaded workload due to indeterminacy introduced due to simultaneously executing various threads. In this paper, we propose a technique for speeding multi-core simulation. The model of the processor core and cache are replaced with functional models, to achieve speedup. A timed Petri net model is used to estimate the execution time of the processor and the memory access latencies are estimated using hit/miss information obtained from the functional model of the cache. This model can be used to predict performance of data parallel applications or multiprogramming workload on CMP platform with various cache hierarchies and shared bus interconnect. The error in estimation of the execution time of an application is within 6%. The speedup achieved ranges between an average of 2x--4x over the cycle accurate simulator.

Abstract Characteristic Function

The characteristic function for a contraction is a classical complete unitary invariant devised by Sz.-Nagy and Foias. Just as a contraction is related to the Szego kernel k(S)(z, w) = ( 1 - z(w)over bar)- 1 for |z|, |w| < 1, by means of (1/k(S))( T, T *) = 0, we consider an arbitrary open connected domain Omega in C(n), a kernel k on Omega so that 1/k is a polynomial and a tuple T = (T(1), T(2), ... , T(n)) of commuting bounded operators on a complex separable Hilbert spaceHsuch that (1/k)( T, T *) >= 0. Under some standard assumptions on k, it turns out that whether a characteristic function can be associated with T or not depends not only on T, but also on the kernel k. We give a necessary and sufficient condition. When this condition is satisfied, a functional model can be constructed. Moreover, the characteristic function then is a complete unitary invariant for a suitable class of tuples T.

A note on tetrablock contractions

A commuting triple of operators (A, B, P) on a Hilbert space H is called a tetrablock contraction if the closure of the set E = {(a(11),a(22),detA) : A = GRAPHICS] with parallel to A parallel to <1} is a spectral set. In this paper, we construct a functional model and produce a set of complete unitary invariants for a pure tetrablock contraction. In this construction, the fundamental operators, which are the unique solutions of the operator equations A - B* P = DPX1DP and B - A* P = DPX2DP where X-1, X-2 is an element of B(D-P) play a pivotal role. As a result of the functional model, we show that every pure tetrablock isometry (A, B, P) on an abstract Hilbert space H is unitarily equivalent to the tetrablock contraction (MG1*+G2z, MG2*+G1z, M-z) on H-DP*(2). (D), where G(1) and G(2) are the fundamental operators of (A*, B*, P*). We prove a Beurling Lax Halmos type theorem for a triple of operators (MF1*+F2z, MF2*+F1z, M-z), where epsilon is a Hilbert space and F-1, F-2 is an element of B(epsilon). We also deal with a natural example of tetrablock contraction on a functions space to find out its fundamental operators.

Aproximación a la estética de Penderecki

Resumen: Krzysztof Penderecki (Dębica, 1933) ha sido considerado una ‘verdadera leyenda de la historia de la música’ y ‘el compositor vivo más reconocido por el público en general’. ¿Cuál es la estética de este artista polaco que compone para príncipes, catedrales y ciudades, y ha recibido más de medio centenar de honores y reconocimientos internacionales? A dicha estética, plasmada en la producción musical pendereckiana, nos aproximaremos a través de un enfoque diacrónico-sincrónico y descriptivo-normativo, debido a la naturaleza de ésta. Después de exponer los estímulos musicales de la infancia y juventud de Penderecki, describiremos las distintas fases de su producción, deteniéndonos en sus respectivas obras y particularidades; luego, a modo de síntesis, examinaremos las características inherentes a la totalidad de dicha producción, resumida gráficamente a través de un modelo funcional; por último, abordaremos las concepciones subyacentes en lo más profundo de la creación del artista polaco con quien hemos tenido el privilegio de estudiar.

Algorithms for colour image processing based on neurological models

373 p. : il., gráf., fot., tablas

Participação do estresse oxidativo na lesão pulmonar induzida por lipopolissacarídeo: repercussões inflamatórias estruturais e funcionais

O objetivo do presente estudo foi investigar o envolvimento do estresse oxidativo na lesão pulmonar aguda (LPA) induzida por lipopolissacarídeo (LPS) e as repercussões inflamatórias, estruturais e funcionais, através de análises bioquímicas de estresse oxidativo, prova de função pulmonar, análise histológica e RT-PCR para citocinas e fatores de transcrição pró-inflamatórios. Na primeira etapa foram utilizados camundongos machos C57BL6 foram divididos em sete grupos: Grupo controle (CTR) (50 μL de solução fisiológica) administrados via intratraqueal [it], LPS 6 horas (10 μL de LPS) [it], LPS 12 horas (10 μL de LPS) [it], LPS 24 horas (10 μL de LPS) [i], LPS 48 horas (10 μL de LPS). Para verificar que as alterações observadas eram estresse oxidativo dependentes camundongos machos C57BL6 foram pré-tratados com N-acetilcisteína (NAC) 1 hora antes do estímulo com LPS e sacrifícados 24 horas depois do estímulo com LPS. Os animais foram divididos da seguinte forma: Grupo LPS 24 horas (10 μL) [it], grupo NAC 40 mg/kg (gavagem) + LPS (10 μL) [it] e grupo NAC 100 mg/kg (gavagem) + LPS (10 μL) [it]. O sistema antioxidante enzimático protegeu o pulmão do estresse oxidativo nas primeiras 12 horas. O estresse oxidativo foi caracterizado em 24 horas e em 48 horas observou-se falência do sistema antioxidante enzimático. Parâmetros de função pulmonar se mostraram alterados nos grupo estimulados com LPS principalmente no grupo LPS. A elastância (p<0,001), resistência de via aérea periférica (ΔP2) (p<0,001), resistência de via aérea central (ΔP1) (p<0,001) e resistência de via aérea total (ΔPtot) (p<0,001) se mostraram principlamente alteradas no grupo LPS 24 horas. O pré-tratamento com NAC impediu o aumento dos parâmetros de elastância (p<0,001), resistência de via aérea periférica (ΔP2) (p<0,001) resistência de via aérea central (ΔP1) (p<0,05) e resistência de via aérea total (ΔPtot) (p<0,001) comparado com o grupo LPS 24 horas. As alterações histológicas como espessamento de septo alveolar, influxo de células inflamatórias e hemorragia mostraram-se tempo dependentes. O pré-tratamento NAC impediu as alterações observadas nos grupo estimulados com LPS. Alterações inflamatórias foram observadas no grupo estimulado com LPS como IL-6 (p<0,001), iNOS (p<0,001), COX2 (p<0,05), TNF-α (p<0,001) e NFκB (p<0,001) quando comparados ao grupo controle. O pré-tratamento com NAC impediu o aumento desses parâmetros como IL-6 (p<0,001), iNOS (p<0,001), COX2 (p<0,05), TNF-α (p<0,05) e NFκB (p<0,001) quando comparados ao grupo LPS 24 horas. Nossos resultados sugerem que o estresse oxidativo desempenha um papel importante nas respostas inflamatórios, estruturais e funcionais no modelo de LPA induzido por LPS e que essas alterações são estresse oxidativo dependentes.

Fe3O4 magnetic nanoparticles as peroxidase mimetics and their applications in H2O2 and glucose detection

Artificial enzyme mimetics are a current research interest because natural enzymes bear some serious disadvantages, such as their catalytic activity can be easily inhibited and they can be digested by proteases. A very recently study reported by Yan et al. has proven that Fe3O4 magnetic nanoparticles (MNPs) exhibit an intrinsic enzyme mimetic activity similar to that found in natural peroxidases, though MNPs are usually thought to be biological and chemical inert (Gao, L. Z.; Zhuang, J.; Nie, L.; Zhang, J. B.; Zhang, Y.; Gu, N.; Wang, T. H.; Feng, J.; Yang, D. L.; Perrett, S.; Yan, X. Y. Nat. Nanotechnol. 2007, 2, 577-583).

基于天际线识别的无人机实时姿态角估计

以无人机天际线识别为背景,提出了一种准确、实时的天际线识别算法,并由此估计姿态角。在结合实际情况的基础上,对天际线建立能量泛函模型,利用变分原理推出相应偏微分方程。在实际应用中出于对实时性的考虑,引入直线约束对该模型进行简化,然后利用由粗到精的思想识别天际线。首先,对图像预处理并垂直剖分,然后利用简化的水平直线模型对天际线进行粗识别,通过拟合获得天际线粗识别结果,最后在基于梯度和区域混合开曲线模型约束下精确识别天际线,并由此估计无人机滚动和俯仰姿态角。实验结果表明,该算法对天际线识别具有较好的鲁棒性、准确性和实时性。

Rapport à la nature et stratégies intégrées de conservation et développement : le cas de São Tomé et Principe

Depuis les années 90, les Projets Intégrés de Conservation et Développement ont été présentés comme des modèles fonctionnels de développement durable pour un site spécifique dans une perspective de réalisation. Le but est d’intégrer les objectifs biologiques de la conservation aux objectifs sociaux et économiques du développement. Ces projets, qui répondent à de multiples dénominations et stratégies, sont implantés dans des contextes naturellement hétérogènes et dynamiques, où l’aménagement du territoire ne doit pas être un outil de planification étatique, désigné et imposé dans une logique conservationniste. Les aires protégées représentent une certaine vision du rapport entre l’être humain et la nature, apparue dans le contexte nord-américain avec la création des premiers grands parcs nationaux en 1870. Aujourd'hui, la forte volonté d'impliquer la population se heurte avec la difficulté de concilier la gestion de ces espaces avec les pratiques, les nécessités et les intérêts locaux. Le parc naturel Obô, qui occupe 30% du territoire de São Tomé et Principe, doit affronter la difficile intégration entre les représentations de la nature et les usages locaux avec les objectifs globaux des politiques conservationnistes, ainsi qu’avec les intérêts touristiques et économiques des investisseurs locaux et étrangers. Les représentations sociales de la nature, établissant une forme de connaissance pratique, déterminent la vision du monde et la relation qu'un certain groupe social peut avoir avec le territoire. Ainsi, chaque communauté possède ses propres mécanismes d'adaptation au milieu basés sur ce système représentationnel. Dans le cas des communautés sãotoméennes, la nature présente un caractère spirituel (associé à des croyances, des rites et des pratiques médicales traditionnelles) et utilitaire (la nature, à travers l'agriculture, la récolte ou la chasse, répond au besoin de subsistance). L’objectif de ce projet de thèse est donc de mieux comprendre la synergie existante entre savoir endogène et gestion de la biodiversité pour adapter l’aménagement du territoire à la réalité des populations qui y vivent.

Caractéristiques et origine fonctionnelle des propriétés fréquentielles du noeud auriculoventriculaire

Le nœud auriculoventriculaire (AV) joue un rôle vital dans le cœur normal et pathologique. Il connecte les oreillettes aux ventricules et, grâce à sa conduction lente, génère un délai entre les contractions auriculaire et ventriculaire permettant d’optimiser le pompage sanguin. Sa conduction lente et sa longue période réfractaire font du nœud AV un filtre d’impulsions auriculaires lors de tachyarythmies assurant ainsi une fréquence ventriculaire plus lente favorable au débit cardiaque. L’optimisation de ce filtrage est une cible dans le traitement de ces arythmies. Malgré ce rôle vital et de nombreuses études, le nœud AV demeure l’objet de plusieurs controverses qui en rendent la compréhension laborieuse. Nos études expérimentales sur des préparations isolées de cœurs de lapin visent à apporter des solutions à certains des problèmes qui limitent la compréhension des propriétés fréquentielles du nœud AV. Le premier problème concerne la définition de la propriété de récupération nodale. On s’accorde généralement sur la dépendance du temps de conduction nodale (intervalle auriculo-Hissien, AH) du temps de récupération qui le précède mais un débat presque centenaire persiste sur la façon de mesurer ce temps de récupération. Selon que l’on utilise à cette fin la longueur du cycle auriculaire (AA) ou l’intervalle His-auriculaire précédent (HA), la même réponse nodale montre des caractéristiques différentes, un paradoxe à ce jour inexpliqué. Le temps de conduction nodale augmente aussi avec le degré et la durée d'une fréquence rapide, un phénomène appelé fatigue. Or, les caractéristiques de la fatigue mesurée varient avec l’indice de récupération utilisé (AA vs. HA). De plus, une troisième propriété appelée facilitation qui entraîne un raccourcissement du temps de conduction diffère aussi avec l’indice de récupération utilisé. Pour établir l’origine de ce problème, nous avons déterminé les différences entre les courbes de récupération (AH compilé en fonction du AA ou HA) pour 30 états fonctionnels nodaux différents. Ces conditions étaient obtenues à l’aide de protocoles permettant la variation du cycle de base (BCL) et du cycle prétest (PTCL), deux paramètres connus pour altérer la fonction nodale. Nous avons pu établir que pour chaque état fonctionnel, la forme de la courbe de récupération et le niveau de fatigue étaient les mêmes pour les deux indices de récupération. Ceci s’applique aussi aux données obtenues à des BCL et PTCL égaux comme dans les protocoles de stimulation prématurée conventionnels couramment utilisés. Nos résultats ont établi pour la première fois que les propriétés nodales de récupération et de fatigue sont indépendantes de l’indice de récupération utilisé. Nos données montrent aussi que les différences entre les courbes de récupération en fonction de l’indice utilisé proviennent d’effets associés aux variations du PTCL. Notre deuxième étude établit à partir des mêmes données pourquoi les variations du PTCL altèrent différemment les courbes de récupération selon l’indice utilisé. Nous avons démontré que ces différences augmentaient en proportion directe avec l’augmentation du temps de conduction au battement prétest. Cette augmentation cause un déplacement systématique de la courbe construite avec l’intervalle AA vers la droite et de celle construite avec l’intervalle HA vers la gauche. Ce résultat met en évidence l’importance de tenir compte des changements du temps de conduction prétest dans l’évaluation de la fonction nodale, un paramètre négligé dans la plupart des études. Ce résultat montre aussi que chacun des deux indices a des limites dans sa capacité d’évaluer le temps de récupération nodale réel lorsque le temps de conduction prétest varie. Lorsque ces limites sont ignorées, comme c’est habituellement le cas, elles entraînent un biais dans l’évaluation des effets de fatigue et de facilitation. Une autre grande difficulté dans l’évaluation des propriétés fréquentielles du nœud AV concerne son état réfractaire. Deux indices sont utilisés pour évaluer la durée de la période réfractaire nodale. Le premier est la période réfractaire efficace (ERPN) définie comme l’intervalle AA le plus long qui n’est pas conduit par le nœud. Le deuxième est la période réfractaire fonctionnelle (FRPN) qui correspond à l’intervalle minimum entre deux activations mesurées à la sortie du nœud. Paradoxalement et pour des raisons obscures, l’ERPN augmente alors que la FRPN diminue avec l’augmentation de la fréquence cardiaque. De plus, ces effets varient grandement avec les sujets, les espèces et l’âge. À partir des mêmes données que pour les deux autres études, nous avons cherché dans la troisième étude l’origine des variations fréquentielles de l’ERPN et de la FRPN. Le raccourcissement du BCL prolonge l’ERPN mais n’affecte pas la FRPN. L’allongement de l’ERPN provient principalement d’un allongement du temps de conduction prétest. Un PTCL court en comparaison avec un BCL court allonge encore plus substantiellement le temps de conduction prétest mais raccourcit en même temps l’intervalle His-auriculaire, ces deux effets opposés s’additionnent pour produire un allongement net de l’ERPN. Le raccourcissement de l’intervalle His-auriculaire par le PTCL court est aussi entièrement responsable pour le raccourcissement de la FRPN. Nous avons aussi établi que, lorsque la composante du temps de conduction prétest est retirée de l’ERPN, un lien linéaire existe entre la FRPN et l’ERPN à cause de leur dépendance commune de l’intervalle His-auriculaire. Le raccourcissement combiné du BCL et du PTCL produit des effets nets prévisibles à partir de leurs effets individuels. Ces effets reproduisent ceux obtenus lors de protocoles prématurés conventionnels. Ces observations supportent un nouveau schème fonctionnel des variations fréquentielles de l’ERPN et de la FRPN à partir des effets distincts du BCL et du PTCL. Elles établissent aussi un nouveau lien entre les variations fréquentielles de l’ERPN et de la FRPN. En conclusion, la modulation fréquentielle de la fonction du nœud AV provient de la combinaison d’effets concurrents cumulatifs liés au cycle de base et non-cumulatifs liés au cycle prétest. Ces effets peuvent être interprétés de façon consistante indépendamment de l’indice de récupération en tenant compte des changements du temps de conduction au battement prétest. Les effets fréquentiels disparates sur l’ERPN et la FRPN sont aussi grandement liés aux changements du temps de conduction prétest. Lorsque l’analyse tient compte de ce facteur, l’ERPN et la FRPN montrent des variations parallèles fortement liées à celles de l’intervalle His-auriculaire. Le nouveau schème fonctionnel des propriétés fréquentielles du nœud AV supporté par nos données aidera à mieux cibler les études sur les mécanismes cellulaires contrôlant la modulation fréquentielle nodale. Nos données pourraient aider à l’interprétation et au contrôle des réponses nodales diverses associées aux tachyarythmies supraventriculaires et à leur traitement pharmacologique. En bref, nos travaux supportent une compréhension factuelle améliorée du comportement fréquentiel du nœud AV, un domaine aux applications multiples en rythmologie cardiaque.