Parámetros cuantitativos de la resonancia magnética cerebral en esclerosis múltiple y su correlación con la discapacidad

A pesar del amplio uso de la resonancia magnética en la esclerosis múltiple no se ha logrado una adecuada correlación clínico-imagenológica en esta enfermedad. Objetivo: Determinar la correlación del volumen normalizado de sustancia gris y del volumen de lesiones hipointensas en T1 obtenidos a partir de la resonancia magnética cerebral con la escala de discapacidad extendida en pacientes con diagnóstico de esclerosis múltiple. Materiales y métodos: Estudio retrospectivo en pacientes con diagnóstico de esclerosis múltiple de la Fundación Cardioinfantil. Se obtuvieron los resultados de la escala de discapacidad expandida así como análisis cuantitativo de las imágenes correspondientes de resonancia magnética por medio de la herramienta SIENA. Se cuantificaron el volumen del parénquima cerebral, sustancia gris, sustancia blanca y volumen de lesiones hipointensas en T1. Posteriormente, se relacionaron estos resultados con la escala de discapacidad extendida de Kurtzke previamente obtenida. Para el análisis estadístico se emplearon el test correlación de Spearman y t de Student y Hotelling. Resultados: Se incluyeron 58 pacientes, encontrándose correlaciones estadísticamente significativas entre la escala de discapacidad extendida y volumen de parénquima cerebral, volumen de sustancia gris y volumen de lesiones hipointensas en T1; de 0.384, 0.386 y 0.39. No se encontró una relación entre el volumen de sustancia blanca y la escala de discapacidad. Conclusiones: Existe una correlación clínico-imagenológica moderada en la esclerosis múltiple. La cuantificación de los parámetros propuestos en este estudio podría ser utilizada como herramienta en el seguimiento de la enfermedad y monitorización de nuevos tratamientos.

Asociación entre los valores de RANTES y la clínica en pacientes con rinitis alérgica

Objetivo: El siguiente estudio tiene como objetivo determinar, los valores de RANTES, posterior a la exposición a ácaros, para evaluar su asociación con la escala ARIA, en el grupo de pacientes seleccionado. Diseño: Estudio descriptivo correlacional, Materiales y Métodos: Se incluyeron 17 pacientes que consultaron por Rinitis Alérgica al Hospital de la Samaritana entre el 01 Julio del 2010 y el 01 Julio del 2011, y que cumplieron los criterios de selección, de los cuales se obtuvieron 34 muestras de lavados nasales posterior a provocación intranasal con ácaros. Resultados: Los pacientes mostraron mayor tendencia a pertenecer al grupo de síntomas de mayor severidad y frecuencia según la escala ARIA. Los valores de RANTES encontrados en lavados nasales tuvieron un promedio de 8,1 pg/ml (+/- 19DS). Conclusión: Se encontró una positividad en los valores de la citoquina CCL5 en los lavados nasales del 20% de los pacientes. El coeficiente de correlación obtenido, muestra una asociación débil.

Concordancia de presión sistólica pulmonar estimada por ultrasonografía y cateterismo cardíaco derecho en pacientes candidatos a trasplante cardíaco

Introducción: A los pacientes con Insuficiencia Cardíaca (IC) estadio D candidatos a trasplante cardiaco se les realiza la determinación de las presiones de la arteria pulmonar por CCD considerada como prueba de oro. Se decidió conocer si la medición de las presión de la arteria pulmonar obtenidas por ECO TT tenían concordancia con las obtenidas por el CCDen estos paciente que fueron evaluados para trasplante cardiaco. Metodología: Se realizó una recolección retrospectiva de los datos consignados en las historias clínicas de todos los pacientes que fueron receptores de un trasplante cardiaco en la FCI-IC desde septiembre del 2005 hasta Mayo del 2013 y se determinó la concordancia entre la presión sistólica pulmonar evaluado por ECO TT y CCD. Resultados: Se incluyeron 46 pacientes. El 76,1% son hombres y con edad promedio de 46,4 ± 13,1. La PSAP estimada por CCD fue 48,3 ± 13,1 mmHg Vs 45,1 ± 12,1 mmHg por ECO TT. La fracción de eyección fue 15,1 ± 4,06% (IC: 13,95-16,36). El 75,9% de los pacientes tenían HTP moderada y severa. La concordancia entre la PSAP determinada por ambos métodos fue 0,475 (I,C: 0.256 - 0.694), y el coeficiente de correlación intraclase fue de 0,090, indicando una baja concordancia entre los dos métodos. Discusión: La determinación de las presiones pulmonares determinada por ECO TT tiene mala concordancia con las obtenidas por CCD. No se debe usar este estudio para excluir los pacientes candidatos a trasplante cardiaco ni para evaluar las variaciones de las misma en la evolución de la enfermedad.

Presión arterial en preescolares de la localidad de Usaquén en Bogotá

Introducción: La hipertensión arterial es un problema de salud pública tanto en países industrializados como en vía de desarrollo. Su prevalencia en la infancia viene en aumento por lo que es relevante determinarla en niños preescolares a nivel local. Objetivo: Determinar la prevalencia de hipertensión arterial en niños de tres a cinco años de una cohorte de 14 hogares infantiles del ICBF de la localidad de Usaquén en Bogotá. Materiales y métodos: Se realizó un estudio de corte transversal analítico, utilizando la base de datos de un ensayo aleatorizado y controlado del año 200913, y se evaluaron las cifras de tensión arterial de acuerdo a sexo, edad, talla y su correlación con el IMC con un nivel de confianza del 95% y precisión del 1%. Se calcularon las medias, desviaciones estándar, percentiles y prevalencia. Resultados: Se obtuvo una muestra de 1035 casos, encontrándose una prevalencia de 4,5% de HTA sistólica, 10,4% de diastólica, ambas en estadio I; teniendo en cuenta tanto sistólica como diastólica, fue de 11,6% en estadio I. Se determinaron los valores de presión arterial sistólica y diastólica en cuartiles de acuerdo a edad, sexo y talla. El coeficiente de correlación entre el IMC y los niveles de presión arterial sistólica y diastólica fueron de 0.0992 y 0.0362 respectivamente. Conclusión: La prevalencia de HTA general fue de 11,6%, predominando la diastólica en estadio I en niños preescolares. No se encontró correlación entre el IMC y las cifras de tensión arterial sistólica y diastólica.

Correlación entre perfil psicomotor y rendimiento lógico-matemático en niños de 4 a 8 años

Objetivo: determinar la correlación entre el perfil psicomotor y el rendimiento lógico-matemáticoen los niños entre 4 y 8 años. Materiales y métodos: estudio de corte transversal en 389niños y niñas estudiantes de ocho instituciones educativas públicas de la ciudad de Barranquillay del municipio de Puerto Colombia. Se evaluó el perfil psicomotor con la batería de Vítor DaFonseca y el rendimiento lógico-matemático mediante el promedio académico durante el períodode la medición. Se calculó la media aritmética, la desviación estándar y las proporciones, asícomo el coeficiente de correlación de Pearson. Resultados: la media para la edad fue 5,5±1,2años. Un60% fue de sexo femenino. Se encontró una correlación entre el perfil psicomotor y elrendimiento lógico-matemático de 0,12 (p=0,01). Conclusiones: existe una correlación directaentre el perfil psicomotor y el rendimiento lógico-matemático.

The Role of Kinaesthetic Motor Imagery in Promoting Activation of the Lumbrical Muscles in the Hemiparetic Hand: a Randomised Controlled Study

The objective of the investigation who gave as result this work was to investigate the effectiveness of kinaesthetic motor imagery in the activation of the hemiplegic hand muscles following stroke. The experiment consisted of two random groups. Movements were measured after treatment. The participants were ten patients with hemiplegic hands (men who mean age was 74.4 years; mean time since stroke 3.05 months). All patients received three sessions of physical treatment based on an identical treatment protocol. Five patients were randomly assigned to an experimental group practising kinaesthetic motor imagery of a grasp using the 'lumbrical action' (experimental group). The others five (control group) followed a relaxation script. All the patients were then asked to grasp an object using the 'lumbrical action'. The grasps were recorded using an optoelectronic motion capture system. The magnitude of the extension of the index finger and the correlation of the angular displacement of the proximal phalangeal joints and the metacarpophalangeal joints were calculated. The movement time for the whole grip was calculated. The experimental group demonstrated higher extension in the index finger (p = < 0.01) and they had a higher correlation coefficient (0.99) than the control group (0.77) for the displacement of the proximal interphalangeal joint and the metacarpophalangeal joints. The movement time for the experimental group was faster, although the difference was not significant.

Reproducibilidad de las pruebas Arm Curl y Chair Stand para evaluar resistencia muscular en población adulta mayor

Objetivo: evaluar la reproducibilidad prueba-reprueba y el nivel de acuerdo entre mediciones de las pruebas 30 seg (30-s) Arm Curl y 30-s Chair Stand en una muestra de adultos mayores de Bucaramanga. Materiales y métodos: se realizó un estudio de evaluación de tecnologías diagnósticas. Ambas pruebas fueron administradas en dos oportunidades por el mismo evaluador a 111 adultos mayores de 59 años (70,4 ± 7,3), con un intervalo de 4 a 8 días. En el análisis se determinó la reproducibilidad prueba-reprueba mediante el coeficiente de correlación intraclase, CCI= 2,1 con sus respectivos intervalos de confianza de 95% (IC 95%). El nivel de acuerdo se estableció mediante el método de Bland y Altman. Resultados: la reproducibilidad prueba-reprueba para el 30-s Arm Curl test fue muy buena, con un CCI= 0,88 y para el 30-s Chair Stand test fue buena,con un CCI= 0,78. Así, el acuerdo fue muy bueno para las dos pruebas de resistencia muscular. Los límites de acuerdo de 95% estuvieron entre -3,8 y 3,2 repeticiones para la prueba 30-s ChairStand y entre -3,1 y 2,8 repeticiones para la prueba 30-s Arm Curl. Conclusión: las pruebas 30-s Arm Curl y 30-s Chair Stand tienen buena reproducibilidad y nivel de acuerdo para evaluar resistencia muscular en adultos mayores funcionalmente independientes.

Propiedades psicométricas del test de competencias motoras Bruininks Oseretsky en versión corta para niños entre 4 y 7 años en Chía y Bogotá – Colombia.

Existen importantes pruebas de valoración que miden habilidades o competencias motoras en el niño; a pesar de ello Colombia carece de estudios que demuestren la validez y la confiabilidad de un test de medición que permita emitir un juicio valorativo relacionado con las competencias motoras infantiles, teniendo presente que la intervención debe basarse en la rigurosidad que exigen los procesos de valoración y evaluación del movimiento corporal. Objetivo. El presente estudio se centró en determinar las propiedades psicométricas del test de competencias motoras Bruininiks Oseretsky –BOT 2- segunda edición. Materiales y métodos. Se realizó una evaluación de pruebas diagnósticas con 24 niños aparentemente sanos de ambos géneros, entre 4 y 7 años, residentes en las ciudades de Chía y Bogotá. La evaluación fue realizada por 3 evaluadores expertos; el análisis para consistencia interna se realizó utilizando el Coeficiente Alfa de Cronbach, el análisis de reproducibilidad se estableció a través del Coeficiente de Correlación Intraclase –CCI- y para el análisis de la validez concurrente se utilizó el Coeficiente de Correlación de Pearson, considerando un alfa=0.05. Resultados. Para la totalidad de las pruebas, se encontraron altos índices de confiabilidad y validez. Conclusiones. El BOT 2 es un instrumento válido y confiable, que puede ser utilizado para la evaluación e identificación del nivel de desarrollo en que se encuentran las competencias motoras en el niño.

Correlación y concordancia entre ecocardiografía y cateterismo cardiaco derecho para determinación de la presión sistólica de arteria pulmonar

Introducción. El cateterismo cardiaco derecho representa el estándar de referencia para el diagnóstico de hipertensión pulmonar, sin embargo el rendimiento de la ecocardiografía como estudio inicial ha mostrado buena correlación con las variables medidas por cateterismo. El presente estudio pretende describir el grado de correlación y concordancia entre la ecocardiografía y el cateterismo cardiaco derecho para la medición de la presión sistólica de la arteria pulmonar. Materiales y métodos. Se realizó un estudio observacional retrospectivo de los pacientes sometidos a cateterismo cardiaco derecho entre los años 2009 a 2014 y se compararon con los datos de ecocardiograma más cercano a este cateterismo, teniendo en cuenta la presión sistólica de la arteria pulmonar (PSAP) en las dos modalidades diagnósticas mediante correlación y concordancia estadística según los coeficientes de Pearson y el índice de Lin respectivamente. Resultados. Se recolectaron un total de 169 pacientes con un índice de correlación (r) obtenido para la medición de PSAP del total de la muestra de 0.73 p < 0.0001 mostrando un grado de correlación alto para toda la muestra evaluada. El análisis de concordancia obtenido para toda la población a partir del índice de Lin fue de 0.71 lo que determinó una pobre concordancia. Discusión. Se encontró buena correlación entre ecocardiografía y cateterismo cardiaco derecho para la medición de la PSAP, sin embargo la concordancia entre los métodos diagnósticos es pobre, por tanto el ecocardiograma no reemplaza al cateterismo cardiaco derecho como estudio de elección para diagnóstico y seguimiento de pacientes con hipertensión pulmonar.

Processament de la informació en nens de pre-escolar de les comarques gironines. Implicacions pedagògiques

La nostra investigació s'inscriu en la concepció dinàmica de la intel·ligència, i concretament en el processos que configuren el processament cerebral en el Model d'integració de la informació descrit per Das, Kirby i Jarman (1979). Els dos processos cerebrals que constitueixen la base de la conducta intel·ligent són el processament simultani i el processament seqüencial; són les dues estratègies principals del processament de la informació. Tota classe d'estímul és susceptible d'ésser processat o bé seqüencialment (seriació, verbal, anàlisi), o be simultàniament (global, visual, síntesi). Basant-nos en el recull bibliogràfic i amb la convicció de que apropant-nos al coneixement de les peculiaritats del processament de la informació, ens endinsem en la comprensió del procés que mena a la conducta intel·ligent, i per tant, a l'aprenentatge, formulem la següent hipòtesi de treball: en els nens de preescolar (d'entre els 3 i els sis anys) es donaran aquest dos tipus de processament i variaran en funció de l'edat, el sexe, l'atenció, les dificultats d'aprenentatge, els problemes de llenguatge, el bilingüisme, el nivell sociocultural, la dominància manual, el nivell mental i de la presència de patologia. Les diferències que s'esdevinguin ens permetran de formular criteris i pautes per a la intervenció educativa. Els nostres objectius es refonen en mesurar el processament en nens de preescolar de les comarques gironines, verificar la relació de cada tipus de processament amb les variables esmentades, comprovar si s'estableix un paral·lelisme entre el processament i les aportacions de concepció localitzacionista de les funcions cerebrals en base als nostres resultats, i pautes per a la intervenció pedagògica. Quant al mètode, hem seleccionat una mostra representativa dels nens i nenes matriculats a les escoles publiques de les comarques gironines durant el curs 92/93, mitjançant un mostreig aleatori estratificat i per conglomerats. El tamany real de la mostra és de dos-cents seixanta un subjectes. Els instruments emprats han estat els següents: el Test K-ABC de Kaufman & Kaufman (1983) per a la avaluació del processament; un formulari dirigit als pares per a la recollida de la informació pertinent; entrevistes amb les mestres, i el Test de la Figura Humana de Goodenough. Pel que fa referència als resultats de la nostra recerca i en funció dels objectius proposats, constatem els fets següents. En els nens de preescolar, amb edats d'entre els tres i els sis anys, es constata l'existència dels dos tipus de processament cerebral, sense que es doni un predomini d'un sobre de l'altre; ambdós processaments actuen interrelacionadament. Ambdós tipus de processament milloren a mesura que augmenta l'edat, però es constaten diferències derivades del nivell mental: amb un nivell mental normal s'hi associa una millora d'ambdós processaments, mentre que amb un nivell mental deficient només millora fonamentalment el processament seqüencial. Tanmateix, el processament simultani està més relacionat amb les funcions cognitives complexes i és més nivell mental dependent que el processament seqüencial. Tant les dificultats d'aprenentatge com els problemes de llenguatge predominen en els nens i nenes amb un desequilibri significatiu entre ambdós tipus de processament; les dificultats d'aprenentatge estan més relacionades amb una deficiència del processament simultani, mentre que els problemes de llenguatge es relacionen més amb una deficiència en el processament seqüencial. Els nivells socioculturals baixos es relacionen amb resultats inferiors en ambdós tipus de processament. Per altra part, entre els nens bilingües és més freqüent el processament seqüencial significatiu. El test de la Figura Humana es comporta com un marcador de processament simultani i el nivell atencional com un marcador de la gravetat del problema que afecta al processament i en el següent ordre: nivell mental deficient, dificultats, d'aprenentatge i problemes de llenguatge . Les deficiències atencionals van lligades a deficiències en el processament simultani i a la presencia de patologia. Quant a la dominància manual no es constaten diferències en el processament. Finalment, respecte del sexe només podem aportar que quan un dels dos tipus de processament és deficitari,i es dóna per tant, un desequilibri en el processament, predomina significativament el nombre de nens afectats per sobre del de nenes.

The impact of North Atlantic Oscillation on the atmospheric pollutant variability in the Porto region, Portugal

The North Atlantic Oscillation (NAO) is an important large-scale atmospheric circulation that influences the European countries climate. This study evaluated NAO impact in air quality in Porto Metropolitan Area (PMA), Portugal, for the period 2002-2006. NAO, air pollutants and meteorological data were statistically analyzed. All data were obtained from PMA Weather Station, PMA Air Quality Stations and NOAA analysis. Two statistical methods were applied in different time scale : principal component and correlation coefficient. Annual time scale, using multivariate analysis (PCA, principal component analysis), were applied in order to identified positive and significant association between air pollutants such as PM10, PM2.5, CO, NO and NO2, with NAO. On the other hand, the correlation coefficient using seasonal time scale were also applied to the same data. The results of PCA analysis present a general negative significant association between the total precipitation and NAO, in Factor 1 and 2 (explaining around 70% of the variance), presented in the years of 2002, 2004 and 2005. During the same years, some air pollutants (such as PM10, PM2.5, SO2, NOx and CO) present also a positive association with NAO. The O3 shows as well a positive association with NAP during 2002 and 2004, at 2nd Factor, explaining 30% of the variance. From the seasonal analysis using correlation coefficient, it was found significant correlation between PM10 (0.72., p<0.05, in 2002), PM2.5 (0 74, p<0.05, in 2004), and SO2 (0.78, p<0.01, in 2002) with NAO during March-December (no winter period) period. Significant associations between air pollutants and NAO were also verified in the winter period (December to April) mainly with ozone (2005, r=-0.55, p.<0.01). Once that human health and hospital morbidities may be affected by air pollution, the results suggest that NAO forecast can be an important tool to prevent them, in the Iberian Peninsula and specially Portugal.

A cross-calibration of chlorine isotopic measurements and suitability of seawater as the international reference material

A collection of 24 seawaters from various worldwide locations and differing depth was culled to measure their chlorine isotopic composition (delta(37)Cl). These samples cover all the oceans and large seas: Atlantic, Pacific, Indian and Antarctic oceans, Mediterranean and Red seas. This collection includes nine seawaters from three depth profiles down to 4560 mbsl. The standard deviation (2sigma) of the delta(37)Cl of this collection is +/-0.08 parts per thousand, which is in fact as large as our precision of measurement ( +/- 0.10 parts per thousand). Thus, within error, oceanic waters seem to be an homogeneous reservoir. According to our results, any seawater could be representative of Standard Mean Ocean Chloride (SMOC) and could be used as a reference standard. An extended international cross-calibration over a large range of delta(37)Cl has been completed. For this purpose, geological fluid samples of various chemical compositions and a manufactured CH3Cl gas sample, with delta(37)Cl from about -6 parts per thousand to +6 parts per thousand have been compared. Data were collected by gas source isotope ratio mass spectrometry (IRMS) at the Paris, Reading and Utrecht laboratories and by thermal ionization mass spectrometry (TIMS) at the Leeds laboratory. Comparison of IRMS values over the range -5.3 parts per thousand to +1.4 parts per thousand plots on the Y=X line, showing a very good agreement between the three laboratories. On 11 samples, the trend line between Paris and Reading Universities is: delta(37)Cl(Reading)= (1.007 +/- 0.009)delta(37)Cl(Paris) - (0.040 +/- 0.025), with a correlation coefficient: R-2 = 0.999. TIMS values from Leeds University have been compared to IRMS values from Paris University over the range -3.0 parts per thousand to +6.0 parts per thousand. On six samples, the agreement between these two laboratories, using different techniques is good: delta(37)Cl(Leeds)=(1.052 +/- 0.038)delta(37)Cl(Paris) + (0.058 +/- 0.099), with a correlation coefficient: R-2 = 0.995. The present study completes a previous cross-calibration between the Leeds and Reading laboratories to compare TIMS and IRMS results (Anal. Chem. 72 (2000) 2261). Both studies allow a comparison of IRMS and TIMS techniques between delta(37)Cl values from -4.4 parts per thousand to +6.0 parts per thousand and show a good agreement: delta(37)Cl(TIMS)=(1.039 +/- 0.023)delta(37)Cl(IRMS)+(0.059 +/- 0.056), with a correlation coefficient: R-2 = 0.996. Our study shows that, for fluid samples, if chlorine isotopic compositions are near 0 parts per thousand, their measurements either by IRMS or TIMS will give comparable results within less than +/- 0.10 parts per thousand, while for delta(37)Cl values as far as 10 parts per thousand (either positive or negative) from SMOC, both techniques will agree within less than +/- 0.30 parts per thousand. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.

Solute movement through intact columns of cryoturbated Upper Chalk

Cryoturbated Upper Chalk is a dichotomous porous medium wherein the intra-fragment porosity provides water storage and the inter-fragment porosity provides potential pathways for relatively rapid flow near saturation. Chloride tracer movement through 43 cm long and 45 cm diameter undisturbed chalk columns was studied at water application rates of 0.3, 1.0, and 1.5 cm h(-1). Microscale heterogeneity in effluent was recorded using a grid collection system consisting of 98 funnel-shaped cells each 3.5 cm in diameter. The total porosity of the columns was 0.47 +/- 0.02 m(3) m(-3), approximately 13% of pores were >15 mu m diameter, and the saturated hydraulic conductivity was 12.66 +/- 1.31 m day(-1). Although the column remained unsaturated during the leaching even at all application rates, proportionate flow through macropores increased as the application rate decreased. The number of dry cells (with 0 ml of effluent) increased as application rate decreased. Half of the leachate was collected from 15, 19 and 22 cells at 0.3, 1.0, 1.5 cm h(-1) application rates respectively. Similar breakthrough curves (BTCs) were obtained at all three application rates when plotted as a function of cumulative drainage, but they were distinctly different when plotted as a function of time. The BTCs indicate that the columns have similar drainage requirement irrespective of application rates, as the rise to the maxima (C/C-o) is almost similar. However, the time required to achieve that leaching requirement varies with application rates, and residence time was less in the case of a higher application rate. A two-region convection-dispersion model was used to describe the BTCs and fitted well (r(2) = 0.97-0-99). There was a linear relationship between dispersion coefficient and pore water velocity (correlation coefficient r = 0.95). The results demonstrate the microscale heterogeneity of hydrodynamic properties in the Upper Chalk. Copyright (C) 2007 John Wiley & Sons, Ltd.

Studies on particulate matter (PM10) and its precursors over urban environment of Reading, UK

The extent to which airborne particles penetrate into the human respiratory system is determined mainly by their size, with possible health effects. The research over the scientific evidence of the role of airborne particles in adverse health effects has been intensified in recent years. In the present study, seasonal variations of PM10 and its relation with anthropogenic activities have been studied by using the data from UK National Air Quality Archive over Reading, UK. The diurnal variation of PM10 shows a morning peak during 7:00-10:00 LT and an evening peak during 19:00-22:00 LT. 3 The variation between 12:00 and 17:00 LT remains more or less steady for PM10 with the minimum value of similar to 16 mu g m(-3). PM10 and black smoke (BS) concentrations during weekdays were found to be high compared to weekends. A reduction in the concentration of PM10 has been found during the Christmas holidays compared to normal days during December. Seasonal variations of PM10 showed high values during spring compared to other seasons. A linear relationship has been found between PM10 and NO, during March, July, November and December suggesting that most of the PM10 is due to local traffic exhaust emissions. PM10 and SO2 concentrations showed positive correlation with the correlation coefficient of R-2 = 0.65 over the study area. Seasonal variations of SO2 and NOx showed high concentrations during winter and low concentrations during spring. Fraction of BS in PM10 has been found to be 50% during 2004 over the study area. (C) 2005 Elsevier Ltd. All rights reserved.

The binding site distance test score: a robust method for the assessment of predicted protein binding sites

We propose a novel method for scoring the accuracy of protein binding site predictions – the Binding-site Distance Test (BDT) score. Recently, the Matthews Correlation Coefficient (MCC) has been used to evaluate binding site predictions, both by developers of new methods and by the assessors for the community wide prediction experiment – CASP8. Whilst being a rigorous scoring method, the MCC does not take into account the actual 3D location of the predicted residues from the observed binding site. Thus, an incorrectly predicted site that is nevertheless close to the observed binding site will obtain an identical score to the same number of nonbinding residues predicted at random. The MCC is somewhat affected by the subjectivity of determining observed binding residues and the ambiguity of choosing distance cutoffs. By contrast the BDT method produces continuous scores ranging between 0 and 1, relating to the distance between the predicted and observed residues. Residues predicted close to the binding site will score higher than those more distant, providing a better reflection of the true accuracy of predictions. The CASP8 function predictions were evaluated using both the MCC and BDT methods and the scores were compared. The BDT was found to strongly correlate with the MCC scores whilst also being less susceptible to the subjectivity of defining binding residues. We therefore suggest that this new simple score is a potentially more robust method for future evaluations of protein-ligand binding site predictions.