miRPlant : an integrated tool for identification of plant miRNA from RNA sequencing data

Background Small RNA sequencing is commonly used to identify novel miRNAs and to determine their expression levels in plants. There are several miRNA identification tools for animals such as miRDeep, miRDeep2 and miRDeep*. miRDeep-P was developed to identify plant miRNA using miRDeep’s probabilistic model of miRNA biogenesis, but it depends on several third party tools and lacks a user-friendly interface. The objective of our miRPlant program is to predict novel plant miRNA, while providing a user-friendly interface with improved accuracy of prediction. Result We have developed a user-friendly plant miRNA prediction tool called miRPlant. We show using 16 plant miRNA datasets from four different plant species that miRPlant has at least a 10% improvement in accuracy compared to miRDeep-P, which is the most popular plant miRNA prediction tool. Furthermore, miRPlant uses a Graphical User Interface for data input and output, and identified miRNA are shown with all RNAseq reads in a hairpin diagram. Conclusions We have developed miRPlant which extends miRDeep* to various plant species by adopting suitable strategies to identify hairpin excision regions and hairpin structure filtering for plants. miRPlant does not require any third party tools such as mapping or RNA secondary structure prediction tools. miRPlant is also the first plant miRNA prediction tool that dynamically plots miRNA hairpin structure with small reads for identified novel miRNAs. This feature will enable biologists to visualize novel pre-miRNA structure and the location of small RNA reads relative to the hairpin. Moreover, miRPlant can be easily used by biologists with limited bioinformatics skills.

Social media in selected Australian federal and state election campaigns, 2010-15

Campaigning in Australian election campaigns at local, state, and federal levels is fundamentally affected by the fact that voting is compulsory in Australia, with citizens who are found to have failed to cast their vote subject to fines. This means that - contrary to the situation in most other nations – elections are decided not by which candidate or party has managed to encourage the largest number of nominal supporters to make the effort to cast their vote, but by some 10-20% of genuine ‘swinging voters’ who change their party preferences from one election to the next. Political campaigning is thus aimed less at existing party supporters (so-called ‘rusted on’ voters whose continued support for the party is essentially taken for granted) than at this genuinely undecided middle of the electorate. Over the past decades, this has resulted in a comparatively timid, vague campaigning style from both major party blocs (the progressive Australian Labor Party [ALP] and the conservative Coalition of the Liberal and National Parties [L/NP]). Election commitments that run the risk of being seen as too partisan and ideological are avoided as they could scare away swinging voters, and recent elections have been fought as much (or more) on the basis of party leaders’ perceived personas as they have on stated policies, even though Australia uses a parliamentary system in which the Prime Minister and state Premiers are elected by their party room rather than directly by voters. At the same time, this perceived lack of distinctiveness in policies between the major parties has also enabled the emergence of new, smaller parties which (under Australia’s Westminster-derived political system) have no hope of gaining a parliamentary majority but could, in a close election, come to hold the balance of power and thus exert disproportionate influence on a government which relies on their support.

Senso comum e filosofia

Verifica-se, no correr da história da filosofia, dois sentidos próximos, mas divergentes, no emprego da expressão senso comum. Propõe-se a designação de senso comum natural para um e a de senso comum cultural para o outro, designações estas que unificam razoavelmente, dentro de suas próprias vertentes, os conceitos de senso comum e às quais corresponde algo de concreto, segundo definições estritas. A partir dessas definições, estuda-se o relacionamento entre a filosofia e o senso comum, procurando estabelecer até que ponto se trata de uma relação de antagonismo ou de dependência, na busca de um conhecimento que possa ser tido por verdadeiro.

La estratigrafía analítica: 25 años de ensayo y aprendizaje en el análisis e interpretación del registro arqueológico

Homenaje a Georges Laplace, realizado en Vitoria-Gasteiz el 13,14 y 15 de noviembre de 2012. Edición a cargo de Aitor Calvo, Aitor Sánchez, Maite García-Rojas y Mónica Alonso-Eguíluz.

Professoras Negras na UERJ e Cotidianos Curriculares, a partir dos primeiros tempos do acervo fotográfico J. Vitalino

Nesta dissertação pesquiso sobre a presença de professoras negras na Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ) tendo como metodologia fotografias do acervo oficial desta universidade de 1950 a 1976. Busco através de fotografias (re)contar o caminho percorrido por uma professora negra em uma instituição de ensino superior em uma sociedade marcada pelo racismo e na qual poucas mulheres negras ocupavam/ocupam cargos considerados de poder. Estabeleço os modos como esta apropriou-se do currículo como meio para trazer aqueles(as) que passaram por processos históricos de invisibilização, silenciamentos e discriminações para dentro da Universidade. Além das fotografias, através de narrativas daqueles(as) que conviveram com esta professora, discuto a formação identitária dessa mulher, suas lutas e vivências traçando como estas podem influenciar suas práticas profissionais, tendo como apoios teóricos Michel de Certeau, Nilma Gomes, Boris Kossoy, Marcelo Paixão, Stuart Hall, Moema Teixeira, Iolanda de Oliveira, Boaventura de Sousa Santos, Nilda Alves, Nei Lopes, Jerry Dávila, Antônio Guimarães, entre outros. Com essa dissertação, espero contribuir para visibilizar as mudanças ocorridas quanto ao lugar das mulheres negras no Brasil, em especial na Universidade em questão. Nessas idas e vindas, vou tecendo a história da Prof Maria José Alves de Oliveira, do Instituto de Educação Física, da UERJ, fornecendo pistas que permitam entrelaçar esta história com tantas outras de diferentes mulheres negras, em suas lutas, práticas, processos identitários e superações, buscando desnaturalizar práticas sexistas, racistas e discriminatórias

O Supereu na clínica psicanalítica: avesso do desejo?

Este estudo aborda o supereu a partir da expressão avesso do desejo, extraída do texto de Gerez-Ambertin. Avesso é uma palavra de origem latina que possui, entre os seus significados, as expressões: ser fronteira, estar defronte. De acordo com essa perspectiva, a pesquisa caminhou na direção de considerar o supereu como ocupando o lugar de uma dobradiça entre o campo do gozo, o campo do Outro e o do desejo, ou seja, entre a lei simbólica do desejo e a lei de ferro do gozo. O primeiro capítulo apresenta um percurso pela obra freudiana, desde os primórdios da psicanálise, quando Freud lidava com o que, posteriormente, passou a caracterizar o que ele nomearia como supereu: a culpa, o parricídio e a punição. Nesse trajeto, a pesquisa cotejou Totem e Tabu com o objetivo de trabalhar as leis de gozo do pai tirano e a lei simbólica representada pelo totem. Os textos Sobre o narcisismo: uma introdução e O eu e o isso ajudaram a abordar a relação entre o ideal do eu e o supereu. Para finalizar, lançamos mão das elaborações freudianas da virada de 1920 e da segunda teoria pulsional que possibilitaram a formulação do conceito do supereu. O segundo capítulo traz as abordagens iniciais de Lacan a respeito do supereu. Para tanto, fez-se um percurso retomando o conceito freudiano do ideal do eu, uma vez que a diferença entre este e o supereu não se apresenta muito clara na obra freudiana. Em Lacan, a constituição do ideal do eu tem como base o olhar do Outro, fundamentalmente simbólico e intimamente vinculado àquilo que se busca no Outro como ideal para a unidade do eu. O supereu está relacionado ao simbólico como discurso interrompido que instaura uma lei de caráter incompreensível. Para trabalhar a relação entre o gozo e o desejo e os extremos do gozo, recorremos aos texto Kant com Sade, de Lacan. O terceiro capítulo aborda o supereu para além do Édipo, a partir das últimas elaborações de Lacan. Para tanto, retomamos as elaborações de Melanie Klein que tratou o supereu como um desenvolvimento pré-edípico, essencialmente pulsional, ou seja, para além do Édipo e das identificações, o que possibilitou a Lacan aproximar esse conceito do registro do real, vinculando-o ao objeto a como voz e ao imperativo de gozo. Para concluir, trabalhamos com o supereu como borda entre o campo do Outro e o campo do gozo, de acordo com a concepção de Lacan da não relação sexual.

Competências estratégicas de negociação em gestão comercial

Dissertação de Mestrado apresentada à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Ciências Empresariais

L'apophtegme de Grégoire de Nysse au Deir Abou Hennis

Réédition d'une inscription copte peinte au plafond de l'église rupestre de Deir Abou Hennis. Le texte n'avait pas été correctement traduit ou interprété par les premiers éditeurs. Le texte se présente comme une citation de Grégoire de Nysse, et on trouve en effet à deux reprises dans son œuvre la phrase qui est traduite en copte dans l'inscription. Mais il s'agit en réalité chez Grégoire d'une citation biblique (Prov. 13, 13). L'inscription est donc bien une citation de Grégoire de Nysse, qui est elle-même une citation du livre des Proverbes.

Transmission electron microscopy of marine crustacean eggs

Ultrastructural investigations of eggs can be important in helping to understand embryonic development. There are few transmission electron microscope studies of marine arthropod eggs, however, as they have proved difficult to fix and infiltrate with resin. Here, we describe a modification of a standard method that allows the preparation of the quite different eggs of the marine copepod, Acartia tonsa and the lobster, Homarus gammarus, for transmission electron microscopy. By using double fixation and an extended resin infiltration time we obtained good preparations for electron microscopy. We anticipate that these modifications to the standard protocol will be widely applicable and useful for the study of the eggs and early developmental stages of many marine arthropod taxa. Les recherches sur l'ultrastructure des oeufs peuvent être importantes en aidant à comprendre le développement embryonnaire. Il existe cependant peu d'études en microscopie électronique à transmission sur les oeufs d'arthropodes marins, car il est difficile de les fixer et d'y infiltrer de la résine. Dans ce travail, nous décrivons une modification de la méthode standard, qui permet la préparation pour la microscopie électronique à transmission d'oeufs aussi différents que ceux du copépode marin Acartia tonsa et du homard Homarus gammarus. En utilisant une double fixation et un temps plus long d'infiltration de la résine, nous avons obtenu de bonnes préparations pour la microscopie électronique. Nous prévoyons que ces modifications du protocole standard seront largement applicables et utiles pour l'étude des oeufs et des premiers stades de développement de nombreux taxons d'arthropodes marins.

Inscribir el declive en el tiempo. Detroit: Auge y crisis de la ciudad industrial

A comienzos del siglo XX, Detroit era una ciudad dinámica en pleno desarrollo. Pronto se convirtió en la cuarta ciudad de Estados Unidos, la capital de la naciente industria automovilística. El crecimiento se prolongó hasta finales de los años 50, cuando, a pesar del auge económico de Estados Unidos y de su área metropolitana, Detroit comenzó a mostrar los primeros signos de estancamiento. La crisis se ha prolongado hasta hoy, cuando Detroit constituye el paradigma de la ciudad industrial en declive. Estas dos imágenes contrapuestas, el auge y la crisis, no parecen explicar por sí mismas las causas de la intensidad y persistencia del declive de Detroit. Analizar las interacciones entre crecimiento económico, políticas públicas locales y desarrollo urbano a lo largo del tiempo permitirá subrayar las continuidades y comprender en qué medida el declive de Detroit ancla sus raíces en el modelo planteado durante la etapa de auge.

Distance and Proximity in Service to the Empire: Ulster and New Zealand between the Wars

This essay uses the concepts of ‘distance’ and ‘proximity’ to investigate and assess perceptions of community, nation and empire in inter-war New Zealand and Ulster (as well as Ireland and Northern Ireland) within a British imperial context, and explores the extent to which service of the empire (for example in the First World War) promoted both notions of imperial unity and local autonomy. It focuses on how these perceptions were articulated in the inter-war years during visits to Northern Ireland by three New Zealand premiers – Massey, Forbes and Coates – and to New Zealand by the Prime Minister of Northern Ireland, Lord Craigavon. It discusses the significant ways in which distance from their ‘home base’ and proximity to expatriate communities (in Craigavon's case) and Irish unionists and nationalists (in the case of the New Zealand premiers) inflected public statements during their visits. By examining these inter-war visits and investigating the rhetoric used and the cultural demonstrations associated with them, the factors of both distance and proximity can be used to evaluate similarities and difference across two parts of the empire. Thus, we can throw some light on the nature and dynamics of British imperial identity in the early twentieth century.

La clarté cognitive et l'entrée dans l'écrit

Partant de la diversité des compétences des enfants face à l'écrit en entrant en 1re année, nous avons vérifié, si dès la maternelle, une intervention portant directement sur la représentation de la langue écrite, de la clarté cognitive et de la conscience linguistique pouvait favoriser les premiers apprentissages formels (lecture et écriture). L'échantillon auprès duquel a été menée l'expérimentation était constituée de 4 groupes d'enfants de maternelle (5 ans) provenant de milieu socio-économique moyen; 2 de ces groupes ont reçu une stimulation à l'écrit tandis que les autres ont suivi le programme du MEQ. Notre plan d'expérimentation partant des théories de Downing, Fijalkow et Ferreiro s'est déroulé sur une période de neuf mois. L'analyse des résultats nous permet d'avancer que l'intervention sur l'écrit à la maternelle favorise l'accroissement de la clarté cognitive et contribue à élargir leur conscience linguistique.

Entre Zêzere e Tejo propriedade e povoamento : (séculos XII-XIV)

Tese de doutoramento, História (História Medieval), Universidade de Lisboa, Faculdade de Letras, 2014

Levantamento de práticas ambientais e energéticas de PMEs em Portugal

Para qualquer empresa o seu maior objetivo passa pela produção de lucro e, atualmente, esse aspeto está diretamente relacionado com a sua capacidade de manter uma gestão que incorpore a responsabilidade social, ambiental e económica, em prol de um desenvolvimento global mais sustentável. As grandes empresas já iniciaram e continuam este processo de mudança, desenvolvendo medidas e estratégias neste sentido. Porém, apesar de representarem o grosso do tecido empresarial, as Pequenas e Médias Empresas só agora começam a dar os primeiros passos em direção a uma gestão mais ponderada ambiental e energeticamente. Com este trabalho pretende-se reunir informação relativa às Pequenas e Médias Empresas portuguesas de forma a compreender quais as principais áreas de atuação, as medidas que poderão ser implementadas e, consolidar o ponto de situação deste sector acerca dos vários temas ao nível do meio ambiente e da energia. Para tal, foram realizados levantamentos energéticos e aplicado um questionário acerca dos comportamentos e práticas ambientais. Verificou-se que apesar da grande maioria das empresas analisadas já terem ponderado a importância e as vantagens da eficiência energética, ainda são poucas as organizações que têm implementados planos, estratégias ou instrumentos para melhoria do seu desempenho ambiental e energético.

Tradições orais como subsídio para escritas de cena: das tradições orais à artes performativas

Projeto para obtenção do Grau de Mestre em Teatro. Especialização em Artes Performativas — Escritas de Cena.